BioHackathon Europe 2019 day3

#BH2019Europe day3

やはり今日も、時差ボケでやはり朝早く起きてしまう。 3日目にして初めて、gitterというメッセージングツールが使われていることを知る。 そこに中間報告関係のサイトへのリンクがあって、我々の本家Biohackathonと同じくGoogle driveでプレゼン資料を作成。 ただし、時間は全体で1時間。 34プロジェクトあるから、1プロジェクトあたり、約2分とかなり短かったので、書いたことを読むぐらいでほぼ終了。

我々の 24 TogoEx: the integration of gene expression data の中間報告は以下の通り。

  • Achievements:
    1. Clarified what is needed in the data production for gene expression data collection
    1. Discussed how to re-use expression data with long non-coding RNA (lncRNA) knockdown from FANTOM6
    1. Designed the implementation to search an expression profile against data matrix above for associatable long non-coding RNA.
  • Problems: human resources!
  • Skills Needed: processing expression data using any computer language Judging Success: Deciding implementation plans and schedules to implement a system for the search interface within this hackathon
  • Jupyter Notebook/BioHackrXiv: We have intention to code with Jupyter Notebook while currently no codes and want to contribute to BioHackrXiv.


Written by Hidemasa Bono in misc on 水 20 11月 2019.