Meta-analysis of transcriptomes in insects showing density-dependent polyphenism published
密度依存的なポリフェニズムを示す昆虫のトランスクリプトームのメタ解析論文出版
プレプリントとして2022年5月にbioRxivにアップロードしてあったプロジェクト研究員による混み合い刺激のメタ解析論文がInsectsから公開。
Meta-analysis of transcriptomes in insects showing density-dependent polyphenism
https://doi.org/10.3390/insects13100864
昨年2021年に出版した低酸素トランスクリプトームのメタ解析論文をモデルケースとして取り組んでもらった。 しかし、その場合と違ってトランスクリプトーム解析(RNA-Seqデータ解析)の対象生物は非モデル生物の昆虫で、ゲノム配列がまだ解読されてない種も解析対象に。 また、公共DBとして利用可能な機能アノテーションも不十分な生物種が対象ということで、これまた昨年2021年に出版したナナフシ中腸比較トランスクリプトーム論文などを参考に色々と手法を模索する必要があった。 データ数としてはそれほど多くないものの、きっちりpositive controlとしてこれまでに報告されてきた遺伝子が作成した指標で上位にきたり、ということで多くの他の候補遺伝子がリストアップできている。
昆虫の配列データ解析の入門編としてとても良い肩慣らしであったとともに、論文としてまとめられてとても良かった。