Review 2020 1st part

2020年を振り返って（前編）

もう今年(2020年）も振り返りエントリ。 2020年は13年ぶりに転職したので、盛りだくさん。 年頭の「2020年の計」に対する振り返りは「後編」にて。

まずはいうまでもなく、大きく変わったのは本業。 具体的には、本業が公共データベースの大規模データ解析手法の開発とその普及活動からバイオインフォマティクス教育に変わった。 これまでのように出張で出回り1年の1/4ほど外泊ということもなく、主に託されたバイオインフォマティクス講義15回をやり通すことがミッションだった。 なので、今年2020年世界をおそったコロナ禍がなくても大きく出張回数は減っていたことだっただろう。

新たな本業としての講義は、5月に1回（「先端生命技術概論」で「生命科学データベースの活用法」）、10-11月に15回（「バイオインフォマティクス」）。 特に後者の準備にはかなり時間をかけたこともあり、自分としては上出来だったと思う。

それ以外にも大学院の教員として2020年10月からは学生を受け入れることになり、その指導も。 社会人大学院生でしかも遠隔ではあるが、SlackとGitHubを使いこなすことで今のところはうまくできていると思う。

そして、研究活動としては公共データベースからのメタ解析を引き続き継続して。 これに関しては、上述の大学院生がこのテーマで頑張ってくれることになり、低酸素トランスクリプトームのメタ解析はそちらでやってもらうことに。 自らは別テーマで空き時間に進めており、それを現在論文にまとめているところ。

今年は論文が大豊作で、結果として16本（査読付きが10本）で、昨年の2倍に。 このうち、3本がfirst&corresponding authorだった。 スタッフが自分だけのぼっちラボとしては、大健闘ではないだろうか。 詳細なリストは以下の通りで、PMIDが入っているものがPubMedに入っているもので査読付き。

Bono first & corresponding author

  1. Bono H, Hirota K. Meta-Analysis of Hypoxic Transcriptomes from Public Databases. Biomedicines. 2020 Jan;8(1) . doi: https://doi.org/10.3390/biomedicines8010010. PMID: 31936636; PMCID: PMC7168238.
  2. Bono H. All of gene expression (AOE): An integrated index for public gene expression databases. PLoS One. 2020;15(1) e0227076. doi: https://doi.org/10.1371/journal.pone.0227076. PMID: 31978081; PMCID: PMC6980531.
  3. Bono H, Kasukawa T. TogoEx: the integration of gene expression data. BioHackrXiv 2020 Jul. doi: https://doi.org/10.37044/osf.io/esrc9

Insect

  1. Sakamoto T, Nishiko M, Bono H, Nakazato T, Yoshimura J, Tabunoki H, Iwabuchi K. Analysis of molecular mechanism for acceleration of polyembryony using gene functional annotation pipeline in Copidosoma floridanum. BMC Genomics. 2020 Feb;21(1) 152. doi: https://doi.org/10.1186/s12864-020-6559-3. PMID: 32046635; PMCID: PMC7014612.
  2. Nakane W, Nakamura H, Nakazato T, Kaminaga N, Nakano M, Sakamoto T, Nishiko M, Bono H, Ogiwara I, Kitano Y, Iwabuchi K, Kinoshita K, Simpson RJ, Tabunoki H. Construction of TUATinsecta database that integrated plant and insect database for screening phytophagous insect metabolic products with medicinal potential. Sci Rep. 2020 Oct;10(1) 17509. doi: https://doi.org/10.1038/s41598-020-74590-z. PMID: 33060804; PMCID: PMC7566601.
  3. Yokoi K, Kimura K, Bono H. Evolutionary insights into Mariner-like elements in Apis species. doi: https://doi.org/10.1101/2020.04.15.035063. PPR:PPR151670.

Hypoxia

  1. Matsuo Y, Komiya S, Yasumizu Y, Yasuoka Y, Mizushima K, Takagi T, Kryukov K, Fukuda A, Morimoto Y, Naito Y, Okada H, Bono H, Nakagawa S, Hirota K. Full-length 16S rRNA gene amplicon analysis of human gut microbiota using MinION™ nanopore sequencing confers species-level resolution. doi: https://doi.org/10.1101/2020.05.06.078147. PPR:PPR160032.
  2. Kakita-Kobayashi M, Murata H, Nishigaki A, Hashimoto Y, Komiya S, Tsubokura H, Kido T, Kida N, Tsuzuki-Nakao T, Matsuo Y, Bono H, Hirota K, Okada H. Thyroid Hormone Facilitates in vitro Decidualization of Human Endometrial Stromal Cells via Thyroid Hormone Receptors. Endocrinology. 2020 Jun;161(6) . doi: https://doi.org/10.1210/endocr/bqaa049. PMID: 32242219.
  3. Shimamoto K, Tanimoto K, Fukazawa T, Nakamura H, Kanai A, Bono H, Ono H, Eguchi H, Hirohashi N. GLIS1, a novel hypoxia-inducible transcription factor, promotes breast cancer cell motility via activation of WNT5A. Carcinogenesis. 2020 Sep;41(9) 1184-1194. doi: https://doi.org/10.1093/carcin/bgaa010. PMID: 32047936.

DBCLS

  1. Vos RA, Katayama T, Mishima H, Kawano S, Kawashima S, Kim JD, Moriya Y, Tokimatsu T, Yamaguchi A, Yamamoto Y, Wu H, Amstutz P, Antezana E, Aoki NP, Arakawa K, Bolleman JT, Bolton E, Bonnal RJP, Bono H, Burger K, Chiba H, Cohen KB, Deutsch EW, Fernández-Breis JT, Fu G, Fujisawa T, Fukushima A, García A, Goto N, Groza T, Hercus C, Hoehndorf R, Itaya K, Juty N, Kawashima T, Kim JH, Kinjo AR, Kotera M, Kozaki K, Kumagai S, Kushida T, Lütteke T, Matsubara M, Miyamoto J, Mohsen A, Mori H, Naito Y, Nakazato T, Nguyen-Xuan J, Nishida K, Nishida N, Nishide H, Ogishima S, Ohta T, Okuda S, Paten B, Perret JL, Prathipati P, Prins P, Queralt-Rosinach N, Shinmachi D, Suzuki S, Tabata T, Takatsuki T, Taylor K, Thompson M, Uchiyama I, Vieira B, Wei CH, Wilkinson M, Yamada I, Yamanaka R, Yoshitake K, Yoshizawa AC, Dumontier M, Kosaki K, Takagi T. BioHackathon 2015: Semantics of data for life sciences and reproducible research. F1000Res. 2020;9 136. doi: https://doi.org/10.12688/f1000research.18236.1. PMID: 32308977; PMCID: PMC7141167.
  2. Vos RA, Katayama T, Mishima H, Kawano S, Kawashima S, Kim J, Moriya Y, Tokimatsu T, Yamaguchi A, Yamamoto Y, Wu H, Amstutz P, Antezana E, Aoki NP, Arakawa K, Bolleman JT, Bolton E, Bonnal RJP, Bono H, Burger K, Chiba H, Cohen KB, Deutsch EW, Fernández-Breis JT, Fu G, Fujisawa T, Fukushima A, García A, Goto N, Groza T, Hercus C, Hoehndorf R, Itaya K, Juty N, Kawashima T, Kim J, Kinjo AR, Kotera M, Kozaki K, Kumagai S, Kushida T, Lütteke T, Matsubara M, Miyamoto J, Mohsen A, Mori H, Naito Y, Nakazato T, Nguyen-Xuan J, Nishida K, Nishida N, Nishide H, Ogishima S, Ohta T, Okuda S, Paten B, Perret J, Prathipati P, Prins P, Queralt-Rosinach N, Shinmachi D, Suzuki S, Tabata T, Takatsuki T, Taylor K, Thompson M, Uchiyama I, Vieira B, Wei C, Wilkinson M, Yamada I, Yamanaka R, Yoshitake K, Yoshizawa AC, Dumontier M, Kosaki K, Takagi T. BioHackathon 2015: Semantics of data for life sciences and reproducible research. doi: https://doi.org/10.12688/f1000research.18236.1. PPR:PPR114365.

Naked mole-rat

  1. Oiwa Y, Oka K, Yasui H, Higashikawa K, Bono H, Kawamura Y, Miyawaki S, Watarai A, Kikusui T, Shimizu A, Okano H, Kuge Y, Kimura K, Okamatsu-Ogura Y, Miura K. Characterization of brown adipose tissue thermogenesis in the naked mole-rat (Heterocephalus glaber), a poikilothermic mammal. doi: https://doi.org/10.1101/2020.04.28.062737. PPR:PPR156957.
  2. Kawamura Y, Oka K, Takamori M, Sugiura Y, Oiwa Y, Fujioka S, Homma S, Miyawaki S, Narita M, Fukuda T, Suematsu M, Bono H, Okano H, Miura K. Senescent cell death as an aging resistance mechanism in naked mole-rat. doi: https://doi.org/10.1101/2020.07.02.155903. PPR:PPR183661.
  3. Oiwa Y, Oka K, Yasui H, Higashikawa K, Bono H, Kawamura Y, Miyawaki S, Watarai A, Kikusui T, Shimizu A, Okano H, Kuge Y, Kimura K, Okamatsu-Ogura Y, Miura K. Characterization of brown adipose tissue thermogenesis in the naked mole-rat (Heterocephalus glaber), a heterothermic mammal. Sci Rep. 2020 Nov;10(1) 19488. doi: https://doi.org/10.1038/s41598-020-74929-6. PMID: 33173084; PMCID: PMC7656259.

RIKEN FANTOM

  1. Ramilowski JA, Yip CW, Agrawal S, Chang JC, Ciani Y, Kulakovskiy IV, Mendez M, Ooi JLC, Ouyang JF, Parkinson N, Petri A, Roos L, Severin J, Yasuzawa K, Abugessaisa I, Akalin A, Antonov IV, Arner E, Bonetti A, Bono H, Borsari B, Brombacher F, Cameron CJ, Cannistraci CV, Cardenas R, Cardon M, Chang H, Dostie J, Ducoli L, Favorov A, Fort A, Garrido D, Gil N, Gimenez J, Guler R, Handoko L, Harshbarger J, Hasegawa A, Hasegawa Y, Hashimoto K, Hayatsu N, Heutink P, Hirose T, Imada EL, Itoh M, Kaczkowski B, Kanhere A, Kawabata E, Kawaji H, Kawashima T, Kelly ST, Kojima M, Kondo N, Koseki H, Kouno T, Kratz A, Kurowska-Stolarska M, Kwon ATJ, Leek J, Lennartsson A, Lizio M, López-Redondo F, Luginbühl J, Maeda S, Makeev VJ, Marchionni L, Medvedeva YA, Minoda A, Müller F, Muñoz-Aguirre M, Murata M, Nishiyori H, Nitta KR, Noguchi S, Noro Y, Nurtdinov R, Okazaki Y, Orlando V, Paquette D, Parr CJC, Rackham OJL, Rizzu P, Sánchez Martinez DF, Sandelin A, Sanjana P, Semple CAM, Shibayama Y, Sivaraman DM, Suzuki T, Szumowski SC, Tagami M, Taylor MS, Terao C, Thodberg M, Thongjuea S, Tripathi V, Ulitsky I, Verardo R, Vorontsov IE, Yamamoto C, Young RS, Baillie JK, Forrest ARR, Guigó R, Hoffman MM, Hon CC, Kasukawa T, Kauppinen S, Kere J, Lenhard B, Schneider C, Suzuki H, Yagi K, de Hoon MJL, Shin JW, Carninci P. Functional annotation of human long noncoding RNAs via molecular phenotyping. Genome Res. 2020 Jul;30(7) 1060-1072. doi: https://doi.org/10.1101/gr.254219.119. PMID: 32718982; PMCID: PMC7397864.
  2. Abugessaisa I, Ramilowski JA, Lizio M, Severin J, Hasegawa A, Harshbarger J, Kondo A, Noguchi S, Yip CW, Ooi JLC, Tagami M, Hori F, Agrawal S, Hon CC, Cardon M, Ikeda S, Ono H, Bono H, Kato M, Hashimoto K, Bonetti A, Kato M, Kobayashi N, Shin J, de Hoon M, Hayashizaki Y, Carninci P, Kawaji H, Kasukawa T. FANTOM enters 20th year: expansion of transcriptomic atlases and functional annotation of non-coding RNAs. Nucleic Acids Res. 2020 Nov . doi: https://doi.org/10.1093/nar/gkaa1054. PMID: 33211864.
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 30 12月 2020.