RSEM with bowtie2
Written by bonohu in misc on 火 13 6月 2017.
RSEM (RNA-Seq by Expectation-Maximization)は、内部からaligner programを呼び出して使うタイプの発現定量プログラム。 しっかりしたチュートリアルが用意され …
MacPro不具合
Written by bonohu in misc on 月 12 6月 2017.
週末火を落として十分に冷却して見たものの、やはり起動が途中で止まる。そして、shiftを押しながら起動のセーフモー …
MacPro起動せず
Written by bonohu in misc on 金 09 6月 2017.
計算途中に急に再起動がかかる。そして、再起動せず…。一回休みorz
transdecoderがコケる
Written by bonohu in misc on 木 08 6月 2017.
しばらくぶりにtransdecoderを実行したところ、TransDecoder.Predictコマンドでコケた。 エラーメッセージ曰く、
% TransDecoder.Predict -t Trinity.fasta
CMD: /usr/local/Cellar/transdecoder/3.0.1/libexec …ゲノムリスト
Written by bonohu in misc on 水 07 6月 2017.
解読されたゲノムデータのDBとしては、Genome OnLine Database (GOLD)が有名だが、この種のデータの本家NCBIのそれもかなり充実している …
GATKのライセンス変更
Written by bonohu in misc on 火 06 6月 2017.
ちょっと前の話題になるが。GATKのバージョン4がGATKのブログで紹介された。それと同時に、GATK4 is completely open sourceというブログエ …
データベースを作るということ
Written by bonohu in misc on 土 03 6月 2017.
リトリートに参加してちょっと引っかかったことがあった。データベース(DB)を作るということに関する認識の違い …
NIG retreat 2017 2日目
Written by bonohu in misc on 金 02 6月 2017.
引き続き。研究支援としてやっている事業に対して、事あるごとに説明して理解を深めてもらういいチャンスだった …
NIG retreat 2017 1日目
Written by bonohu in misc on 木 01 6月 2017.
帰国して次の朝から遺伝研リトリートへ。 情報発信していることは思っている以上に見られていることが判明(この …
PAG ASIA 2017 3rd day
Written by bonohu in misc on 水 31 5月 2017.
最終日。やはり、来たら来ただけ、学ぶことがあった。PAG終了後同じホテルで開催された 2017 PacBio APAC User Group Meetingもフライトの時間 …
PAG ASIA 2017 2nd day
Written by bonohu in misc on 火 30 5月 2017.
海外なのに時差が全くないのは素晴らしい。シャワートイレだし、メシマズじゃないし。信号もそっくりだが、右側通行 …
PAG ASIA 2017 1st day
Written by bonohu in misc on 月 29 5月 2017.
2017年国立遺伝学研究所 国際シンポジウム 最終日は研究者向けの英語での講演。その後、中座してNHDへ。実は今日から始 …
DDBJ 30周年記念シンポジウム
Written by bonohu in misc on 日 28 5月 2017.
2017年国立遺伝学研究所 国際シンポジウムとして、DDBJ 30周年記念シンポジウムが三島にて。 Janet ThorntonさんはBritish Airwaysのシステム …
All-in-one 合同講習会 2017
Written by bonohu in misc on 土 27 5月 2017.
生命科学データベースの構築・管理・運営を担う
Spliced Transcripts Alignment to a Reference (STAR)
Written by bonohu in misc on 金 26 5月 2017.
また別のtranscript alignerのSpliced Transcripts Alignment to a Reference (STAR)によるgenome mappingを試してみた。まずは、STAR用のReference genomeのindex作成から。 [shell] time STAR --runThreadN 12 --runMode genomeGenerate --genomeDir genome4star --genomeFastaFiles hogenome …
Genome-guided Trinity
Written by bonohu in misc on 木 25 5月 2017.
ゲノム配列も読んである場合に使えるGenome-guided Trinity De novo Transcriptome Assembly。まずは、TopHatやSTARなどでリードをゲノム配列マッピング(RNA用)して …
SAMファイルをmerge?
Written by bonohu in misc on 水 24 5月 2017.
SAMファイルをmergeしてからBAMファイルに変換してsortしようとしたが。一度、BAMに変換してからsortするしかないのか? まず …
StringTie
Written by bonohu in misc on 火 23 5月 2017.
RNA-seqのためのtranscript assemblyとquantificationのプログラムStringTie。またオプションが変わっているかもしれんが、前に動かした時のそれ。 [shell] stringtie fuga.bam …
hisat2
Written by bonohu in misc on 月 22 5月 2017.
hisat2でreference genomeにmappingする場合。hisat2のウェブサイトにすでにindexずみのそれがある場合はしなくていいが、まずはindex作成。hisat2-buildコマ …
pip update
Written by bonohu in misc on 金 19 5月 2017.
pip updateコマンドはないので、pipで入れたパッケージのアップデートは以下のようにする。 [shell] pip3 list --outdated | awk '{print $1}' | xargs pip3 install -U [/shell] そ …
ChIPデータのアノテーション
Written by bonohu in misc on 木 18 5月 2017.
近頃はChromatin ImmunoPrecipitation(ChIP)データの再利用がしやすくなっている。それらのデータをアノテーションしているDBとして、UCSC Genome Browserの …
SPARQLthon56 day2
Written by bonohu in misc on 火 16 5月 2017.
統合TVのコンテンツ(.movファイル)だけでなく、Togo Picture Galleryのコンテンツも生命科学系データベースアーカイブに移行。統合 …
SPARQLthon56 day1
Written by bonohu in misc on 月 15 5月 2017.
AOEの追加機能の計算をpythonでやろうとするが、データがでかすぎて思うようにできず。できる手段を探しつつ、データを …
転置するUNIXコマンド
Written by bonohu in misc on 金 12 5月 2017.
きっとあるだろうと思ったら、やっぱりググって出て来たこのページを参考に。 transposeというコマンドもあるらしいが、こ …
みんなのPython勉強会#24
Written by bonohu in misc on 水 10 5月 2017.
みんなのPython勉強会に参加してきた。今回、奇しくも第24回目。月1回なので、ちょうど丸2年ということだった。 内容的に …
Mishima.syk#10開催打ち合わせ
Written by bonohu in misc on 月 08 5月 2017.
Mishima.syk開催打ち合わせで、三島広小路のあの店へ。その際の写真はこちらに。個人的には、生姜まみれのホタルイカが圧巻 …
ぶらっとBLAT
Written by bonohu in misc on 日 07 5月 2017.
BLATはThe BLAST Like Alignment Toolで、UCSC Genome Browser のサイトにあるリファレンスゲノム配列に特化した配列類似性というか配列マッピング …
ゲゲゲのゲノム
Written by bonohu in misc on 土 06 5月 2017.
配列パターン検索はリファレンスゲノム中に探すのであれば、ゲゲゲのゲノムことGGGenomeでやるのが手っ取り早い。ゲノ …
曖昧配列パターン検索
Written by bonohu in misc on 金 05 5月 2017.
配列パターン検索はUNIX的にはgrepでできるが、バイオな配列に対してだと、パターン中に改行が入った場合やヘッダ行 …
非モデル生物での転写因子結合サイト予測
Written by bonohu in misc on 木 04 5月 2017.
もちろん、ChIP-seqのデータがあればそれを利用すればいいのだが、多くの場合そういったデータのない非モデル生物種で …
UTRの抽出
Written by bonohu in misc on 水 03 5月 2017.
モデル生物ではきっちりアノテーションがなされ、UTR(UnTranslated Region)の配列抽出とか、EnsemblのBiomartを使えば簡単にできる。Ensemblにない生 …
samtools indexも並列化
Written by bonohu in misc on 火 02 5月 2017.
割とすぐに終わるからこれまで特に気にしていなかったが。調べてみたら、やはりsamtools indexもスレッドオプションがあっ …
samtools merge の並列化と sort へのパイプライン処理
Written by bonohu in misc on 月 01 5月 2017.
今日から5月。絶好のデータ解析日和ということで(^_^)。 TopHatの結果を処理するコマンドは以前はやっつけでinteractiveに処理して …
BAMからCRAMへのバッチ変換
Written by bonohu in misc on 金 28 4月 2017.
ファイル変換weekになってしまったので、BAMからCRAMへのバッチスクリプトも紹介しておく。 SAMBAM変換とは異なり、リファレ …
SAMからBAMへのバッチ変換
Written by bonohu in misc on 木 27 4月 2017.
SAMからBAMに変換して、そのまま中間ファイルを作らずにBAMをソートする。それをバッチで処理するには。 SAMファイルの …
FAST5からFASTQへの変換
Written by bonohu in misc on 水 26 4月 2017.
現在お世話になっている研究所でOxford Nanopore Technologies のセミナーがあり、参加させていただいた。 大変興味深く聞かせてもらった …
Quanto論文
Written by bonohu in misc on 火 25 4月 2017.
ぼうのブログによると、2009年の7月29日に初めてDBCLSに来てくれた当時M1の学生さんだった。その後、Research Assistantとして統合牧 …
満を持して
Written by bonohu in misc on 月 24 4月 2017.
ついにこの日がやってきた。各所に働きかけた末に。
That's one small step for (a) man, one giant leap for mankind.
ただの盛り上がったミーティングに …
背水の陣
Written by bonohu in misc on 金 21 4月 2017.
配列データ解析、頑張らないと。それを後押しする事象発生。折しもそれ関連の計算を始めていたのは、虫が知らせたか …
CRAMによる圧縮効率
Written by bonohu in misc on 木 20 4月 2017.
昨日のエントリの続きで、複数のBAMファイルをCRAMに変換し、そのサイズを比べてみた。
それぞれのファイルサイズを同 …
BAMからCRAMへの変換、そしてその逆
Written by bonohu in misc on 火 18 4月 2017.
BAMからCRAMへの変換を試してみた。samtoolsを使えば良いだけの模様。 [shell] samtools view -@ 4 -T hogenome.fa -C -o hoge.cram hoge.bam [/shell] 3,091,833,154byteあったファイ …
アクセッション番号すら諸行無常
Written by bonohu in misc on 火 18 4月 2017.
dottupの説明を書くため、EMBOSSのチュートリアルを見ていたら、XL23808というアクセッション番号の配列が使われていた。チュー …
春の心の嵐
Written by bonohu in misc on 月 17 4月 2017.
直接は被っていないものの、それでも学生委員会の同窓会で最近も何回か会った、同学年の同志の訃報。そんな私にも …
Libraries of Life
Written by bonohu in misc on 土 15 4月 2017.
米国のアウトリーチ活動に関して、2016年9月のICE2016に参加した時に紹介してもらった Library of Life Collection Card が断舎離していたら …
SPARQLthon55 day2
Written by bonohu in misc on 金 14 4月 2017.
AWSに移設したAOE2の更新ができるように、いろいろと準備してもらいつつ。昨日やったことのまとめ。 AWSにsshできるよう …
SPARQLthon55 day1
Written by bonohu in misc on 木 13 4月 2017.
AOE2いよいよ公開へ。セキュリティ強化と停電のないサーバーでのサービスを、ということでAWS化を急遽。達人たちに教 …
EnsemblでもTrack Hubs
Written by bonohu in misc on 水 12 4月 2017.
これまで試したことなかったが、EnsemblでもTrack Hubsが使えるらしい。 追加する際に見に行く先の Track Hub registry はかつてのDAS registryのよ …
国の機関サイトの5年残存率
Written by bonohu in misc on 火 11 4月 2017.
ショッキングな統計値を教えてもらった。国の機関サイトの残存率というもので、5年残存率は40% (2015年)というもので …
Trinity実行時のFASTQヘッダ問題
Written by bonohu in misc on 月 10 4月 2017.
Trinityを実行する際にFASTQのヘッダが問題となる事例。以前から同様の事が起きており、その場合は、 [shell] bzcat file.fq.bz2 | awk '{if(NR%4==3 …
諸行無常
Written by bonohu in misc on 日 09 4月 2017.
未来永劫続くプロジェクトやデータベースはないとはわかっていても、その継続を仮定してしまうのはなぜだろう …