SPARQLthon@新潟大学
Written by bonohu in misc on 日 24 7月 2016.
明日、明後日(2016/7/25-26)に、新潟大学にてSPAQRLthon開催(SPARQLthon46)。いつもの柏とは別の地域で開催することは、RDFの普及という意味で重要 …
非モデル生物から新規モデル生物へ
Written by bonohu in misc on 土 23 7月 2016.
前職では、基礎と臨床を医学の研究をやろうということで、ノーベル賞を取った線虫(C.elegans)を使ったprogramed cell deathの研究が当 …
アクセッション番号のバージョン
Written by bonohu in misc on 金 22 7月 2016.
データベース(DB)、とくに塩基配列DBは公共DBに登録しないと論文が受理されないこともあって、DBのアクセッション …
第16回日本スポットファイアーワークショップ(創薬研究領域)
Written by bonohu in misc on 木 21 7月 2016.
沼津でのSpotfireワークショップ2日目。今日は丸一日で、午前中はトレーニングセッション、午後はPKJ社セッションとJASPUGユ …
第15回日本スポットファイアーワークショップ(創薬研究領域)
Written by bonohu in misc on 水 20 7月 2016.
今年も沼津駅北口のプラザヴェルデで開催のスポットファイアーワークショップ。2日間開催の1日目は第15回と …
スポットファイアーワークショップ2016 at 沼津
Written by bonohu in misc on 火 19 7月 2016.
明日明後日、2016年7月20,21日は昨年に引き続き、沼津駅北口のプラザヴェルデにてスポットファイアーワークショッ …
'Shizuoka.py #5'
Written by bonohu in misc on 日 10 7月 2016.
- Docker
静岡県富士市吉原で開催されたShizuoka.py #5に参加してきた。第3回目から参加しているものの、自分でscratchからPythonのコー …
新規モデル生物NGS解析にpitagora-galaxyは使えるか?
Written by bonohu in misc on 金 08 7月 2016.
pitagora-galaxy meet-up(2016/07)に飛び入り参加してきた。昨年にGalaxy Workshop Tokyo 2015に参加し、VirtualBoxを使って仮想環境でデータ解析する仕組みのチュー …
統合データベース講習会AJACS安芸
Written by bonohu in misc on 木 07 7月 2016.
2016年7月5,6日に広島大学霞キャンパスでの統合データベース講習会AJACS安芸に講師として参りました。今年度、1回 …
遺伝子機能予測から遺伝子機能アノテーションへの20年
Written by bonohu in misc on 土 02 7月 2016.
このブログでも紹介したカイコアノテーションパイプラインは急に思い立ってそれを開発したわけでなく、大学院 …
SayaMatcherはどうなったのか?
Written by bonohu in misc on 金 01 7月 2016.
かつて埼玉県狭山地方に勤務していた時にSayaMatcherという計算する仕組みを作って、転写因子結合配列などをゲノム配列 …
2016年前半戦終了
Written by bonohu in misc on 木 30 6月 2016.
今年も早いもので前半戦終了。出張はかなり多かったようで、外泊数がなんと合計43泊。一月に約7泊ということで、勤 …
群馬大学大学院医学研究科非常勤講師
Written by bonohu in misc on 木 23 6月 2016.
「オミックス医学とバイオインフォマティクス」というお題で。やはり90分では短く、珍しく時間オーバー気味。じっくり …
2016 BioHackathon 5日目
Written by bonohu in misc on 土 18 6月 2016.
最終日。ひきつづき。そして最後にwrapアップ。今回、AOE2のデータ作成パイプラインの構築に取り組み、機械的に単純にindexと …
2016 BioHackathon 4日目
Written by bonohu in misc on 木 16 6月 2016.
一昨日に仕込んだArrayExpress(AE)のファイルリストの取得が終わったので、AOE1の更新を続き。もうちょっとファイルリストが高 …
2016 BioHackathon 3日目
Written by bonohu in misc on 木 16 6月 2016.
中間発表を1時間で。午後はExcursionということで、目の前の温海岳(標高736m)にbug取りがてら山登り。意外に険しい山道だった …
2016 BioHackathon 2日目
Written by bonohu in misc on 火 14 6月 2016.
温泉インフォマティクス研究会足湯支部に入部するも、蚊と雨の襲撃により敢え無く延期。今月のAOE1の更新も進めつ …
2016 BioHackathon 1日目
Written by bonohu in misc on 月 13 6月 2016.
本日6/13から6/17までBioHackathon。今回も引き続きAOE2.0に向けてhackします。メタボにならないように、今回はランチはホテルで …
2016 BioHackathon Symposium
Written by bonohu in misc on 日 12 6月 2016.
今年もBioHackathonは、シンポジウムからの参加。皆さん、進捗していますなあ。
2016 SPARC Japan ワーキンググループキックオフミーティング
Written by bonohu in misc on 木 09 6月 2016.
今年度(2016年度)から国際学術情報流通基盤整備事業(SPARC Japan)のセミナー企画ワーキンググループのメンバーとして関わ …
Homebrewと暮らす
Written by bonohu in misc on 月 06 6月 2016.
Homebrew便利だが、しばらく経つとソフトウェアがアップデートされていってローカルに持っているインデックス情報が …
localBLASTのblastdbcmdを使って配列エントリの特定の領域を取得する
Written by bonohu in misc on 木 02 6月 2016.
新規なモデル生物では、ゲノム配列が公開されていても多くの場合染色体ごとに配列が一本につながっていない。ど …
'Mishima.syk #8'
Written by bonohu in misc on 日 29 5月 2016.
今回が8回目のMishima.syk（三島創(製?)薬勉強会）。三島で開催されたSPARQLthon44の次の日に開催をはたらきかけて、異分野交流を目論ん …
Trinityで転写産物を定量する
Written by bonohu in misc on 金 27 5月 2016.
Trinityの出力結果は、転写単位ごとの塩基配列のFASTA形式ファイルだが、付属のプログラム(align_and_estimate_abundance.pl)を使うと、転写量を見 …
Trinity on MacOSX
Written by bonohu in misc on 月 09 5月 2016.
de novo transcriptome assemblyをするソフトウェアの定番のTrinityがhomebrewで入って動くようになりました(v2.2.0)。これまでhomebrewには入っていたも …
データベースとは1
Written by bonohu in misc on 水 04 5月 2016.
昨今、インターネット上には利用可能なデータリソースが溢れている。 データベース(DB)とは、生命の持つ情報を再利用 …
圧縮したファイルで処理する
Written by bonohu in misc on 日 17 4月 2016.
NGSデータ解析の出発点は、シーケンサーやSRA (Sequence Read Archive)から取得したFASTQ形式のファイルなのは同じだろうが、これを圧縮 …
行番号を付ける
Written by bonohu in misc on 月 11 4月 2016.
バイオの業界ではとくに、IDが重複していることがある。Rでの処理の場合、それでは入力が受け付けてもらえず実行 …
joinコマンドの出力をタブ区切りに
Written by bonohu in misc on 水 06 4月 2016.
joinというUNIXコマンドは、2つのファイルの同じ値のある行をjoinして、一行にまとめてくれるコマンド。
join -j 1 file1 file2
でタ …
scikit-learnのインストール
Written by bonohu in misc on 水 30 3月 2016.
pythonの機械学習ライブラリ。ふとしたキッカケで入れてみようと、思い立ったが吉日。
pythonのバージョン3が入っていなけ …
RNA-Seq実験ハンドブック
Written by bonohu in misc on 土 19 3月 2016.
RNA-Seq実験ハンドブックという本が出版されます。出版社のページによれば2016年03月23日発行予定とのこと(2016年3月発 …
第60回 人工知能学会 分子生物情報研究会(SIG-MBI)
Written by bonohu in misc on 金 18 3月 2016.
続けて同じ場所で開催されたSIG-MBIにかなり久しぶりに参加。SIG-MBIの開催が第60回にもなっていたとは。続けて開催されて …
BH15.15成果報告会と第20回オープンバイオ研究会
Written by bonohu in misc on 木 17 3月 2016.
朝からみんなでバスでJAISTに移動して成果報告会。遺伝子発現目次の進捗状況に関して報告。いつもどおり、みんなで議 …
BH15.15 3日目
Written by bonohu in misc on 水 16 3月 2016.
ArrayExpressのメタデータにBioProjectがなかったので、GEO由来のエントリだけでもBioProjectIDが付けられないか模索中…。すべてのデータをスク …
BH15.15 2日目
Written by bonohu in misc on 火 15 3月 2016.
2日目は抽出したメタデータの抜けをチェックして出来る限り取りこぼさないようparserを改良。1つのメタデータに …
BH15.15 1日目
Written by bonohu in misc on 月 14 3月 2016.
今日2016年3月14日から、国内版Biohackathon(BH15.15)。2015年15月ということで、2016年3月の開催となったが、このパターンでの開催もつ …
あれから5年
Written by bonohu in misc on 金 11 3月 2016.
これからどうなるのか。そう思ったあの日から5年経ち、活動本拠地は静岡県三島市の国立遺伝学研究所に移動した …
標準出力と標準エラー出力をまとめる
Written by bonohu in misc on 金 04 3月 2016.
UNIXのコマンドラインには標準出力と標準エラー出力があります。プログラムの出力結果は通常標準出力で、
[shell] sh run.sh …
タブをgrep
Written by bonohu in misc on 木 03 3月 2016.
grep便利ですね。タブ区切りのテキストで必要な情報を持つ行だけ取ってくるとか、多用されます。ですが、 [shell] grep chr1 hoge.gff [/shell …
samtools view も並列化
Written by bonohu in misc on 水 02 3月 2016.
ときすでにsamtoolsのバージョンは1.3。single threadで遅く、時にはそれが律速になっていたsambam変換も並列化されている。 samtools sortの時 …
'ファイルの移動方法: tar編'
Written by bonohu in misc on 火 01 3月 2016.
大量のファイルの移動が必要な季節になってきましたが、我々DB屋は年がら年中です。複数のディレクトリ階層構造を …
統合データベース講習会AJACSa三島2やりました
Written by bonohu in NGS_DAT on 月 29 2月 2016.
中上級向けの統合データベース講習会AJACSadvanced(AJACSa)の第二弾として、2016年2月25日と26日の両日、国立遺伝学研究所内のDBCLS三 …
統合データベース講習会AJACSa三島2やります
Written by bonohu in NGS_DAT on 火 23 2月 2016.
すでにDBCLSのニュースでもアナウンスしておりますが、2016年2月25日と26日の両日、国立遺伝学研究所内になるライフ …
SPARQLthon41
Written by bonohu in misc on 水 17 2月 2016.
2016年2月16,17日に理研和光にてSPARQLthon41に参加。引き続き、DBCLSで開発中の遺伝子発現目次AOEに公共遺伝子発現データベース …
統合データベース講習会AJACS薩摩
Written by bonohu in misc on 日 31 1月 2016.
2016年1月26,27日に鹿児島大学桜ヶ丘キャンパスでの統合データベース講習会AJACS薩摩に講師として参りました。今年 …
command lineで github に pull request を送る
Written by bonohu in misc on 木 21 1月 2016.
統合データベース講習会の資料はmarkdownで書かれており、それらをgithub上にアップすることで講習会資料のPDFになったり …
2016年の計
Written by bonohu in misc on 金 01 1月 2016.
2015年は、5月に領域融合レビュー「次世代シークエンサーにより得られたデータの解析」を公開、10月に「次世代シークエ …
「次世代シークエンサー Dry解析教本」正誤表
Written by bonohu in NGS_DAT on 金 18 12月 2015.
印刷物には誤表示等はつきものですが。Dry解析教本にもそれが見つかってまいりました。とくにUNIXのコマンドに間違 …
sequenceserver
Written by bonohu in misc on 木 29 10月 2015.
先月のBioHackathonで参加者たちがそれぞれに持ってきた研究紹介のパンフレットを見ていて発見したのが、このsequenceserver。何の事は …
細胞工学別冊「次世代シークエンサー Dry解析教本」
Written by bonohu in NGS_DAT on 水 07 10月 2015.
いよいよ出版されます。本日、2015年10月8日からの第74回日本癌学会学術総会@名古屋国際会議場にて先行発売されま …