2016年前半戦終了

Written by bonohu in misc on 木 30 6月 2016.

今年も早いもので前半戦終了。出張はかなり多かったようで、外泊数がなんと合計43泊。一月に約7泊ということで、勤 …

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Homebrewと暮らす

Written by bonohu in misc on 月 06 6月 2016.

Homebrew便利だが、しばらく経つとソフトウェアがアップデートされていってローカルに持っているインデックス情報が …

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Trinity on MacOSX

Written by bonohu in misc on 月 09 5月 2016.

de novo transcriptome assemblyをするソフトウェアの定番のTrinityがhomebrewで入って動くようになりました(v2.2.0)。これまでhomebrewには入っていたも …

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行番号を付ける

Written by bonohu in misc on 月 11 4月 2016.

バイオの業界ではとくに、IDが重複していることがある。Rでの処理の場合、それでは入力が受け付けてもらえず実行 …

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BH15.15 3日目

Written by bonohu in misc on 水 16 3月 2016.

ArrayExpressのメタデータにBioProjectがなかったので、GEO由来のエントリだけでもBioProjectIDが付けられないか模索中…。すべてのデータをスク …

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BH15.15 2日目

Written by bonohu in misc on 火 15 3月 2016.

2日目は抽出したメタデータの抜けをチェックして出来る限り取りこぼさないようparserを改良。1つのメタデータに …

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BH15.15 1日目

Written by bonohu in misc on 月 14 3月 2016.

今日2016年3月14日から、国内版Biohackathon(BH15.15)。2015年15月ということで、2016年3月の開催となったが、このパターンでの開催もつ …

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あれから5年

Written by bonohu in misc on 金 11 3月 2016.

これからどうなるのか。そう思ったあの日から5年経ち、活動本拠地は静岡県三島市の国立遺伝学研究所に移動した …

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タブをgrep

Written by bonohu in misc on 木 03 3月 2016.

grep便利ですね。タブ区切りのテキストで必要な情報を持つ行だけ取ってくるとか、多用されます。ですが、 [shell] grep chr1 hoge.gff [/shell …

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