BH16.12 2日目

Written by bonohu in misc on 火 13 12月 2016.

2日目。引き続き、SRAからのRNA-seqデータ回収のパイプライン作り検討。それ以外に、統合TVがflashで再生できなくなっていた …

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BH16.12 1日目

Written by bonohu in misc on 月 12 12月 2016.

今日2016年12月12日から、国内版Biohackathon(BH16.12)、山口県湯田温泉にて。「公共遺伝子発現データ目次AOEを使ったデータ解析事例作 …

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SPARQLthon50 day2

Written by bonohu in misc on 火 22 11月 2016.

地震で飛び起きたSPARQLthon50の2日目。結局、ArrayExpressのmirrorは終わらず。来月のSPARQLthonへと持ち越し。それ以外のデータ収集手段についてupdate …

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SPARQLthon50 day1

Written by bonohu in misc on 月 21 11月 2016.

久しぶりの参加。ArrayExpressのmirrorに関しても目処がついて、次期開発に向けてのちょうど良いタイミング。RDFやSPARQLの利用実例と …

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Aspera ascp

Written by bonohu in misc on 水 16 11月 2016.

普通のftpやrsyncでコピーするとしたら、数ヶ月単位かかるような数十Tbyteのデータを転送する必要があり、先方にAsperaを設 …

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Trailblazer

Written by bonohu in misc on 土 10 9月 2016.

昨日のセミナーで知った言葉だが、どうも気にかかると思ったら、やはり自分たちが果たしてきた役割をいう言葉だ …

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Trinityがコケる

Written by bonohu in misc on 月 29 8月 2016.

single end readsのTrinityの実行がこけて、hoge.fq.readcountファイルに以下のような記述が。

Error, cannot convert fastq file to fasta since cannot recognize read orientation as /1 or /2 (instead: F)

このエ …

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inodeの枯渇

Written by bonohu in misc on 土 13 8月 2016.

ストレージの容量は多くの場合ファイルサイズで問題になることが多いが、たくさんファイルを作るようなプログ …

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rsync ArrayExpress data

Written by bonohu in misc on 金 12 8月 2016.

2016年8月12日日本時間午後2時頃、ArrayExpressのFTPにあるデータをミラー開始。ポイントはFTPではなく、rsyncでやっているという …

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bam2wig

Written by bonohu in misc on 木 28 7月 2016.

bam形式なリファレンスゲノムへのアラインメントの情報をwig形式のcoverageファイルへ変換。 実は昔もやったことがあり …

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SPARQLthon46 day2

Written by bonohu in misc on 火 26 7月 2016.

昨日の続き。直で職場のサーバーにsshできないのはやはり不便だ。 やはり、1日経ってもファイルリストの取得、終わっ …

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SPARQLthon46 day1

Written by bonohu in misc on 月 25 7月 2016.

今回はいつもと違い、DBCLSではなく新潟大学での開催ということで、RDFやSPARQLの入門的な講習会がほぼ1日開催された。こ …

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