Trim Galore! のインストール
Written by bonohu in misc on 月 26 12月 2016.
Trim Galore! (trim_galore)を使うためにはfastqcとcutadaptのインストールが必要となる。cutadaptはpipでインストールできるのだが、そのpipはデフォ …
倉廩実ちて礼節を知る
Written by bonohu in misc on 日 25 12月 2016.
今月(2016年12月)は、AJACSadvanced講習会や共同研究関係で、次世代シークエンサーから得られたデータを自ら直接解析することに …
bashのバッチスクリプト
Written by bonohu in misc on 金 23 12月 2016.
ワイルドカードによるファイル指定でそのコマンドに一括で引数で指定できず、数多くのファイルに対して同じ処 …
バックアップツールとしてのrsync
Written by bonohu in misc on 金 23 12月 2016.
卒論、修論、追い込みの方も多い今日このごろ、バックアップは重要。大事なデータほどきっちりとバックアップを。もち …
Pfamから得たプロファイルHMMでhmmsearch
Written by bonohu in misc on 木 22 12月 2016.
カイコ(Bombyx mori)のEnolaseに関する論文がacceptになりました。研究成果としてすでに公開されている配列情報データベースから …
PGXユーザー勉強会#1
Written by bonohu in misc on 火 20 12月 2016.
Oracle Labs PGX(Parallel Graph Analytics) というグラフに対するクエリや分析のためのフレームワークのユーザー勉強会にお誘いいただいた …
Trinityの結果をtransdecoderでアミノ酸配列に翻訳する
Written by bonohu in misc on 月 19 12月 2016.
先日のAJACSadvanced講習会で、Trinityで得た結果をアミノ酸配列に翻訳するプログラムをここで言及していないのに気がついたの …
遺伝研研究会+DDBJing+AJACSadvanced講習会
Written by bonohu in misc on 土 17 12月 2016.
今回の遺伝研研究会では、初の試みとして講習会を連続開催してみた。つまり、研究会をやる前(1日目午前)と後(2日目 …
次世代モデル生物におけるゲノム情報利用ワークショップ
Written by bonohu in misc on 金 16 12月 2016.
遺伝研研究会として「次世代モデル生物におけるゲノム情報利用ワークショップ」を2016年12月15,16日にオーガナイズ …
BH16.12 2日目
Written by bonohu in misc on 火 13 12月 2016.
2日目。引き続き、SRAからのRNA-seqデータ回収のパイプライン作り検討。それ以外に、統合TVがflashで再生できなくなっていた …
BH16.12 1日目
Written by bonohu in misc on 月 12 12月 2016.
今日2016年12月12日から、国内版Biohackathon(BH16.12)、山口県湯田温泉にて。「公共遺伝子発現データ目次AOEを使ったデータ解析事例作 …
'Mishima.syk #9'
Written by bonohu in misc on 土 10 12月 2016.
今回が9回目のMishima.syk(ミシマ・エス・ワイ・ケー、三島創薬勉強会)。今回は仮想環境の上のLinuxでTensorFlow（てんさーふろー、と読 …
知のめぐりは果たして良くなったのか?
Written by bonohu in misc on 日 04 12月 2016.
第39回日本分子生物学会年会にて、「いかにして使えるデータベースを維持し続けるか?」というフォーラムをオーガナ …
ArrayExpressデータのFTPミラーサイト構築
Written by bonohu in misc on 月 28 11月 2016.
要するに、ArrayExpressのデータをコピった。やった事自体、簡単そうだが、転送量が数十TByteもあると、そう簡単にいかなかった。2016年 …
SPARQLthon50 day2
Written by bonohu in misc on 火 22 11月 2016.
地震で飛び起きたSPARQLthon50の2日目。結局、ArrayExpressのmirrorは終わらず。来月のSPARQLthonへと持ち越し。それ以外のデータ収集手段についてupdate …
SPARQLthon50 day1
Written by bonohu in misc on 月 21 11月 2016.
久しぶりの参加。ArrayExpressのmirrorに関しても目処がついて、次期開発に向けてのちょうど良いタイミング。RDFやSPARQLの利用実例と …
Pitagora Galaxy Meetup 2016-11
Written by bonohu in misc on 木 17 11月 2016.
AJACSadvanced三島３でPitagora GalaxyをNGSデータ解析環境として紹介したいと考え、Pitagora Galaxy Meetup 2016-11に参加。仮想環境のダウンロードページにある …
Aspera ascp
Written by bonohu in misc on 水 16 11月 2016.
普通のftpやrsyncでコピーするとしたら、数ヶ月単位かかるような数十Tbyteのデータを転送する必要があり、先方にAsperaを設 …
第14回がんとハイポキシア研究会2日目
Written by bonohu in misc on 土 05 11月 2016.
今年(2016年)の３月に急逝したLorenz Poellinger氏の追悼シンポジウム(Professor Lorenz Poellinger Memorial Symposium)で縁の深かった方々によるプレゼンテーションは、泣 …
第14回がんとハイポキシア研究会1日目
Written by bonohu in misc on 金 04 11月 2016.
去年は三島でお世話させていただいた、がんとハイポキシア研究会。今年は岐阜で。実は、2年続けての東海地方開催。今 …
遺伝研研究会「次世代モデル生物におけるゲノム情報利用ワークショップ」
Written by bonohu in misc on 水 02 11月 2016.
今年度(2016年度)採択していただいた国立遺伝学研究所研究会「次世代モデル生物におけるゲノム情報利用ワークショ …
'Update of the FANTOM web resource: high resolution transcriptome of diverse
Written by bonohu in misc on 土 29 10月 2016.
cell types in mammals' wordpress_id: 2863 categories:
READとFANTOMDB論文以来、なんと15年ぶりにNucleic Acids Research (NAR) Database issueに名前が入った標記の論文が掲載。
Nucl. Acids Res. (2016) doi: 10 …
Japan Spotfire User Group Meeting 2016
Written by bonohu in misc on 金 28 10月 2016.
去年は参加できなかったJASPUGMだが、今年は参加。今回はとくに発表とかなく。実質アカデミックフリーになって、公式にユ …
'第2回 SPARC Japan セミナー2016「研究データオープン化推進に向けて : インセンティブとデータマネジメント」'
Written by bonohu in misc on 水 26 10月 2016.
今週はオープンアクセスウィーク。ということで、連動企画として、2016年のSPARC Japanセミナー2回目はこのタイミングで。
今 …
第1回オモロイ生き物研究会
Written by bonohu in misc on 日 23 10月 2016.
札幌の定山渓にて、10/22-23の一泊二日で。研究会のお題目の通り、オモロイ生き物でさまざまな生命現象を解明しようと …
ファイルの捜し物
Written by bonohu in misc on 日 16 10月 2016.
MacOSXだとSpotlight検索が中身まで検索対象になっていて便利だが、ファイル名でのみ検索したいときがある。しかもコマンド …
第75回日本癌学会学術総会@横浜
Written by bonohu in misc on 土 08 10月 2016.
今年はトーゴーの日シンポジウム(10/5-6)と1日被り、大会2日目からの参加。企業展示ならびにポスター会場がスカス …
トーゴーの日シンポジウム2016
Written by bonohu in misc on 水 05 10月 2016.
今年も、10月5日ということで、「トーゴーの日」シンポジウム。今では、この1年の進捗を発表する機会となっているが、統 …
XXV International Congress of Entomology (ICE2016) 参加
Written by bonohu in misc on 土 01 10月 2016.
Entomology（昆虫学）の国際学会に参加。初参加でアウェーの学会だったが、来てみると全く問題なかった。自分は、いわば系統樹を …
日本生物工学会誌連載1回目「ウェブ上に散在する情報を生命科学研究にどう役立てるか」掲載
Written by bonohu in misc on 日 25 9月 2016.
日本生物工学会誌に「バイオインフォマティクスを使い尽くす秘訣教えます!」という連載が開始。2ヶ月に1回、全7回 …
1 month past rsyncing ArrayExpress data
Written by bonohu in misc on 月 12 9月 2016.
ArrayExpressのdataをrsync開始してから今日でちょうど一ヶ月。前回と変わらず、experimentディレクトリのミラーが終わらない。データ転送 …
考えていることの体系化に向けて
Written by bonohu in misc on 日 11 9月 2016.
いろいろ書き散らす。2016年の計として元旦に誓ったことでもあるし。まさかこういう形で転ぶとは思っていなかった …
Trailblazer
Written by bonohu in misc on 土 10 9月 2016.
昨日のセミナーで知った言葉だが、どうも気にかかると思ったら、やはり自分たちが果たしてきた役割をいう言葉だ …
第1回 SPARC Japan セミナー2016「オープンアクセスへの道」
Written by bonohu in misc on 金 09 9月 2016.
前にも書いたとおり、今年度(2016年度)から国際学術情報流通基盤整備事業(SPARC Japan)のセミナー企画ワーキンググループの …
3 weeks past rsyncing ArrayExpress data
Written by bonohu in misc on 金 02 9月 2016.
ArrayExpressのdataをrsync開始してから3週間。だが、experimentディレクトリのミラーが終わらない。データ転送量的には、合計0.9Tbyteほどで、約 …
遺伝研研究会「次世代モデル生物におけるゲノム情報利用ワークショップ」やります
Written by bonohu in misc on 水 31 8月 2016.
今年度、申請して遺伝研研究会としての開催が決まっている「次世代モデル生物におけるゲノム情報利用ワークショ …
Trinityがコケる
Written by bonohu in misc on 月 29 8月 2016.
single end readsのTrinityの実行がこけて、hoge.fq.readcountファイルに以下のような記述が。
Error, cannot convert fastq file to fasta since cannot recognize read orientation as /1 or /2 (instead: F)
このエ …
NBDCヒトデータベースとJGAに感謝
Written by bonohu in misc on 金 26 8月 2016.
かつて関わった厚生労働科学研究費補助金(2009年度〜2011年度)による高齢者のがん研究のデータがNBDCヒトデータベース …
「次世代シークエンサーDRY解析教本」2刷
Written by bonohu in NGS_DAT on 木 25 8月 2016.
DRY解析教本ですが、2015年の10月に出版されて早10ヶ月。 その間、「細胞工学」の発刊が最終号を迎えるなどいろいろありま …
trim_galoreでトリミングとQC
Written by bonohu in misc on 火 23 8月 2016.
トリミングしたうえでfastqcをかけてくれるソフトがこのtrim_galore。CutadaptとFastQCがすでにインストールされていることが必須(以 …
1 week past rsyncing ArrayExpress data
Written by bonohu in misc on 金 19 8月 2016.
ArrayExpressのdataをrsync開始してから1週間。atlasディレクトリは終わったものの、残りの2つ、arrayとexperimentは終わらない。データ転送量的 …
Say good bye to our deer twitterer
Written by bonohu in misc on 日 14 8月 2016.
初めての山の日(8/11)、急逝した研究者仲間のtwittererの初盆に名古屋へ。同じ分野の研究者というわけでもなく、オフライン …
inodeの枯渇
Written by bonohu in misc on 土 13 8月 2016.
ストレージの容量は多くの場合ファイルサイズで問題になることが多いが、たくさんファイルを作るようなプログ …
rsync ArrayExpress data
Written by bonohu in misc on 金 12 8月 2016.
2016年8月12日日本時間午後2時頃、ArrayExpressのFTPにあるデータをミラー開始。ポイントはFTPではなく、rsyncでやっているという …
「新米探偵、データ分析に挑む」を読んで
Written by bonohu in misc on 水 10 8月 2016.
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新米探偵本、ようやく通読。出てきたことが一度だけでなく、俵太のまとめと天羽社長の統計学指南で波状 …
TIBCO Spotfire アカデミックフリー化
Written by bonohu in misc on 火 09 8月 2016.
先日の沼津でのワークショップで伺った、嬉しいニュース。
アカデミアの方々などに無料でご利用頂けるようになりま …
bam2wig
Written by bonohu in misc on 木 28 7月 2016.
bam形式なリファレンスゲノムへのアラインメントの情報をwig形式のcoverageファイルへ変換。 実は昔もやったことがあり …
'jPOST Workshop 2016 : プロテオームデータと生命科学データベース'
Written by bonohu in misc on 水 27 7月 2016.
東京白金台の北里大学薬学部にて、「ゲノムと遺伝子発現DBの現状ートランスオミクスのための基礎知識」というタイ …
SPARQLthon46 day2
Written by bonohu in misc on 火 26 7月 2016.
昨日の続き。直で職場のサーバーにsshできないのはやはり不便だ。 やはり、1日経ってもファイルリストの取得、終わっ …
SPARQLthon46 day1
Written by bonohu in misc on 月 25 7月 2016.
今回はいつもと違い、DBCLSではなく新潟大学での開催ということで、RDFやSPARQLの入門的な講習会がほぼ1日開催された。こ …