blast2html

Written by bonohu in misc on 日 23 8月 2015.

paintBLASTとか知っているだろうか?かつてNCBIのウェブサイトでBLAST検索した時に上部に、queryのどの部分にDB中の配列がマッチ …

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圧縮を並列化

Written by bonohu in misc on 土 22 8月 2015.

データ量は大きくなるばかりで、それをファイル圧縮して保存しておくなり、転送するなりが当たり前になっている …

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SPARQLthon35

Written by bonohu in misc on 火 11 8月 2015.

2015/08/10-11は、DBCLS三島というか、DDBJのある国立遺伝学研究所にてSPARQLthon35回目。前回の続きで、SRAに登録されているものの遺伝子発 …

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SPARQLthon34

Written by bonohu in misc on 金 17 7月 2015.

2015/07/16-17の両日は、SPARQLthonの34回目でDBCLS柏。前回からやっている、SRAに登録されているものGEOやArrayExpressといった遺伝子発現データ …

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SPARQLthon33

Written by bonohu in misc on 火 23 6月 2015.

2015/06/22-23の両日は、SPARQLthonの33回目でDBCLS柏。以前より、この会で取り組み続けている「NGSデータ解析ツールのDocker化とその環境づ …

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匍匐前進

Written by bonohu in misc on 月 13 4月 2015.

年度初めからショッキングな出来事が多く、仕事がなかなかはかどっている感じがしませんし、実際そうだと思いま …

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突然のreboot

Written by bonohu in misc on 土 04 4月 2015.

- Docker

前日に引き続き。同じようにO/Nでtophat走らせていたが、やっぱり突然virtualboxがreboot。なんなのだろう?

root@21ee049caf37:/data# tophat -o test_out -p 12 …

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SPARQLthon31

Written by bonohu in misc on 木 02 4月 2015.

- Docker

SPARQLthonが、職場のある三島での開催の今回。だが、自分は引き続きDockerでbioなツールを動かす系の構築に勤しむ。今回のキー …

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ブログ回帰

Written by bonohu in misc on 水 01 4月 2015.

twitterによる情報発信に依存するようになってもう5年以上になるだろうか。引っ越しする前の職場では多くのアルバ …

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Picard MarkDuplicates

Written by bonohu in misc on 月 23 3月 2015.

NGSな変異解析にはsamtoolsの他にGATKやPicardといったツールを使うらしい。Picardだが、「ピカール」と読むらしい実は「ピカード」という …

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cuffdiffの怪

Written by bonohu in misc on 土 21 3月 2015.

cufflinksに含まれるプログラムのcuffdiffは発現差を調べるのに有用なのだが、うまく動かないことも。その場合にしたこととし …

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SPARQLthon30

Written by bonohu in misc on 金 13 3月 2015.

理研和光にて。NGSなツールたちをDocker上で実行するための検討を引き続き。 そのためにはそれぞれのツールを実際に動 …

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Trinity on docker in Mac

Written by bonohu in misc on 土 14 2月 2015.

- Docker

SPARQLthon29では何故かネットワークの調子も悪く(DHCPが急に取れなくなったり)。容量の大きなFASTQファイルが手元になく、ダウ …

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BioDockerthon day4

Written by bonohu in misc on 木 05 2月 2015.

- Docker

国内版Biohackathon(BH14.14)4日目。昨日までのhmmerとは打って変わってより実際的なNGS解析のそれをということで、RNAseqにおけるspliced …

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BioDockerthon day3

Written by bonohu in misc on 水 04 2月 2015.

- Docker

国内版Biohackathon(BH14.14)3日目。今日もDockerチームにて。昨日作成したhmmsearchを実行するDockerfileの汎用化。引数としてprofile HMMと検索対象DBを …

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Docker on CoreOS on Mac day2

Written by bonohu in misc on 火 03 2月 2015.

- Docker

国内版Biohackathon(BH14.14)2日目。まずは、昨日の続き。DockerfileをDockerHubに表示したいということで、GitHubとDockerHubの連携をやってみる。

まずは、'New repository' …

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Docker on CoreOS on Mac

Written by bonohu in misc on 月 02 2月 2015.

- Docker

国内版Biohackathon(BH14.14)1日目。色々話しあった結果、Dockerチームとして活動することに。これまでローカルに動かしてきた解析ス …

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2015年の計

Written by bonohu in misc on 日 04 1月 2015.

2014年は職場の二度の引っ越し(3月に1回、4月にもう1回)でバタバタしていたこともあり、講演活動は前年ほど回数 …

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bamの切った貼った

Written by bonohu in misc on 月 08 12月 2014.

Reference genome配列に対するmappingの結果ファイル、bam。そこから特定の染色体などの場所を絞り込んだデータだけを作成する場合 …

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目訴本

Written by bonohu in misc on 月 24 11月 2014.

amazonにも目訴本のエントリが。Ensembl, Jalview, InterPro, GEO/ArrayExpressの項のほか、第1部の「ウェットな研究にデータベースやウェブツールを役立 …

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Biohackathon2014終了

Written by bonohu in misc on 日 16 11月 2014.

宮城県松島で開催されたBiohackathon2014に参加してきました。目標にあげた、複数のマシンに分かれてやっているAOEのデータ更新 …

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