BioHackathon2017 day3

Written by bonohu in misc on 水 13 9月 2017.

翌朝になっても計算終わらず。その周りでごちゃごちゃと。 お昼周りを散歩するも、食事できるところは、かつてあった …

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BioHackathon2017 day1

Written by bonohu in misc on 月 11 9月 2017.

2日に渡るシンポジウムが終わり、ハッカソン開始。 SPARQLthonの時にやってきていたDBCLS SRAとAOEまわりで仕事を進める予定。そ …

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SPARQLthon59 day1

Written by bonohu in misc on 水 30 8月 2017.

今回は理研和光にてSPARQLthon開催。諸事情により、今回は今日だけの参加。 サンプル方向の検索実装はBioHackathonで頑張ることを確認 …

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xenomeでclassify

Written by bonohu in misc on 月 14 8月 2017.

xenome続き。indexができたので、それを使って分類。 [shell] xenome classify -T 12 -M 48 -P fuga_in_hoge -i fuga_RNAseq1.fq [/shell] FASTQファイルであるが、どうもbz2圧縮の …

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xenomeのindex作成

Written by bonohu in misc on 水 09 8月 2017.

xenome続き。indexの作成だが、以下のように。 [shell] xenome index -v -T 6 -P fuga_in_hoge -H hoge.fa -G fuga.fa [/shell] 最初この実行が終わらず、プログラムが暴 …

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gffread

Written by bonohu in misc on 月 07 8月 2017.

Cufflinksパッケージに入っているコマンドgffreadは、以下のオプションでGFF3形式からGTFに変換してくれる。 [shell] gffread hoge.gff -T -o hoge.gtf [/shell …

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訃報

Written by bonohu in misc on 日 06 8月 2017.

これまた信じられない訃報。直接一緒に働いたことはないものの、間接的にいろいろお世話になってきたこの分野の …

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北大出張

Written by bonohu in misc on 木 03 8月 2017.

どちらかというと、こちらが教える立場であったはずだが、自分的にもいろいろ刺激を受けてきた。それを実現する方 …

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SPARQLthon58 day2

Written by bonohu in misc on 金 28 7月 2017.

まず、昨晩飛び込んで来たproofの対処。 ArrayExpressにデータとして明に含まれなくなったINSTRUMENT_MODEL(Sequencerの情報)をSRAのmetadataから抜き出して …

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MEGA début

Written by bonohu in misc on 水 26 7月 2017.

分子系統樹の描画といえば、これまでJalviewで満足してきた。しかしながら、bootstrap値の計算など系統樹描画に限界を感じ、食わ …

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土用の牛の日

Written by bonohu in misc on 火 25 7月 2017.

今年からはこれでいく。土用の牛の日は、牛肉(うし)を食べる。

[caption id="attachment_3888" align="aligncenter" width="640"]土用の牛の日 160gランチステーキ&190g極みがんこコンビ …

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IDなきデータ

Written by bonohu in misc on 月 10 7月 2017.

IDがない場合にどう関連づけるか。生命科学系の遺伝子のデータの場合はそれを塩基配列の類似性検索でなんとか …

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rsem-tbam2gbam

Written by bonohu in misc on 金 07 7月 2017.

RSEMの計算、TPMやFPKMなどしか見ないだろうと思っていたが、やっぱりgenomeに対するアラインメントを見る必要が出てきて …

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Sashimi plot

Written by bonohu in misc on 木 06 7月 2017.

IGVをいじっていたら、右クリックメニューにSashimi plotなるものを発見。'sashimi plot'でPubmed検索しても1件しかでてこなかったが、'sashimi …

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Good news

Written by bonohu in misc on 火 04 7月 2017.

長年の懸案だったGeneChipのソレとRNA-seqのソレをついにjoinできた。これでさらに精度良く、目的の遺伝子群が抽出できるはず …

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横方向のcat

Written by bonohu in misc on 月 03 7月 2017.

RSEMの結果ファイルからFPKM値で複数のサンプルの結果を抜き出したいとき。current directoryすべての結果ファイルに対してそれ …

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真夜中のaccept

Written by bonohu in misc on 水 28 6月 2017.

前日に投げてたrevisionへのrevisionが日本時間の夜に。共同研究者に取り急ぎ連絡しておくとすぐに返事が来て、re-resubmitできる状態 …

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SPARQLthon57 day2

Written by bonohu in misc on 金 23 6月 2017.

2日目は開発しているserviceの検索インターフェースいろいろ打ち合わせをいくつか。この会では有識者がいて、そうい …

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SPARQLthon57 day1

Written by bonohu in misc on 木 22 6月 2017.

AOEでの検索結果から取得すべきSRAのRUNのIDを探し当ててSRAファイルを取得し、それらを並列にFASTQに変換して、トリミ …

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道具の研磨

Written by bonohu in misc on 日 18 6月 2017.

日頃よく使う「道具」のメンテナンス。システム標準のだと効率が悪かったりするので。 このブログでも何回か出てきた …

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rsem-calculate-expression for human

Written by bonohu in misc on 金 16 6月 2017.

ようやく、RSEMの実行。bowtie2でだが、以下のコマンドで。 [shell] time rsem-calculate-expression -p 12 --paired-end --bowtie2 --bowtie2-path /usr/local/bin --estimate-rspd --append-names --output-genome-bam hoge_1.fq hoge_2.fq rsem-bowtie2/human rsem_out/hoge [/shell] -pに12設 …

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GFF2GTF

Written by bonohu in misc on 水 14 6月 2017.

RSEMを実行する際には、リファレンスを作成する必要がある。それをやるrsem-prepare-referenceコマンドは、GFF(version3)はダメで、GTFしか受け付けな …

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