BioHackathon2017 day3
Written by bonohu in misc on 水 13 9月 2017.
翌朝になっても計算終わらず。その周りでごちゃごちゃと。 お昼周りを散歩するも、食事できるところは、かつてあった …
BioHackathon2017 day2
Written by bonohu in misc on 火 12 9月 2017.
温泉インフォマティクス研究会は、朝と夜の2回開催。AOE3にあたるプロジェクトを粛々と進めるも、計算終わらず。
BioHackathon2017 day1
Written by bonohu in misc on 月 11 9月 2017.
2日に渡るシンポジウムが終わり、ハッカソン開始。 SPARQLthonの時にやってきていたDBCLS SRAとAOEまわりで仕事を進める予定。そ …
BioHackathon2017 symposium
Written by bonohu in misc on 日 10 9月 2017.
今年で10回目のBioHackathon。10回目記念ということもあって、いつもならシンポジウムは1日のところ、今年は2日間でしかも …
RefEx論文報道
Written by bonohu in misc on 木 07 9月 2017.
RefEx論文発表のその後の顛末。 論文に関するプレスリリースが、職場(DBCLS)と共同研究先の研究機関(遺伝研)から出され、マイ …
SPARQLthon59 day1
Written by bonohu in misc on 水 30 8月 2017.
今回は理研和光にてSPARQLthon開催。諸事情により、今回は今日だけの参加。 サンプル方向の検索実装はBioHackathonで頑張ることを確認 …
RefEx論文
Written by bonohu in misc on 火 29 8月 2017.
NBDC/DBCLSの遺伝子発現のデータベースというかウェブツール、RefExの論文が公表された。 これは２００６年に文部科学省統合データ …
統合データベース講習会AJACS河内
Written by bonohu in misc on 木 24 8月 2017.
2017年8月24日に大阪府枚方市の関西医科大学で統合データベース講習会AJACS河内に講師やTeaching Assistant (TA)として参加。講師と …
木を見て森を見ず
Written by bonohu in misc on 土 19 8月 2017.
生化学若い研究者の会九州支部夏のセミナーの講師に呼ばれたので話しに。5年前に同じく生化学若い研究者の会 …
xenomeでclassify
Written by bonohu in misc on 月 14 8月 2017.
xenome続き。indexができたので、それを使って分類。 [shell] xenome classify -T 12 -M 48 -P fuga_in_hoge -i fuga_RNAseq1.fq [/shell] FASTQファイルであるが、どうもbz2圧縮の …
統合データベース講習会AJACSa4つくば
Written by bonohu in misc on 木 10 8月 2017.
これまで、三島の国立遺伝学研究所で開催して来た中上級向けの講習会、統合データベース講習会AJACSadvancedを、初めて外部(つ …
xenomeのindex作成
Written by bonohu in misc on 水 09 8月 2017.
xenome続き。indexの作成だが、以下のように。 [shell] xenome index -v -T 6 -P fuga_in_hoge -H hoge.fa -G fuga.fa [/shell] 最初この実行が終わらず、プログラムが暴 …
xenomeのインストール
Written by bonohu in misc on 火 08 8月 2017.
xenograft サンプルを分類するツールのxenomeだが、一時期ダウンロードできない状態が続いていたが、githubで復活した模様。 git cloneし …
gffread
Written by bonohu in misc on 月 07 8月 2017.
Cufflinksパッケージに入っているコマンドgffreadは、以下のオプションでGFF3形式からGTFに変換してくれる。 [shell] gffread hoge.gff -T -o hoge.gtf [/shell …
訃報
Written by bonohu in misc on 日 06 8月 2017.
これまた信じられない訃報。直接一緒に働いたことはないものの、間接的にいろいろお世話になってきたこの分野の …
北大出張
Written by bonohu in misc on 木 03 8月 2017.
どちらかというと、こちらが教える立場であったはずだが、自分的にもいろいろ刺激を受けてきた。それを実現する方 …
SPARQLthon58 day2
Written by bonohu in misc on 金 28 7月 2017.
まず、昨晩飛び込んで来たproofの対処。 ArrayExpressにデータとして明に含まれなくなったINSTRUMENT_MODEL(Sequencerの情報)をSRAのmetadataから抜き出して …
SPARQLthon58 day1
Written by bonohu in misc on 木 27 7月 2017.
三島にてSPARQLthon。まずは、AOEの拡張で発現データmatrixと格闘。
MEGA début
Written by bonohu in misc on 水 26 7月 2017.
分子系統樹の描画といえば、これまでJalviewで満足してきた。しかしながら、bootstrap値の計算など系統樹描画に限界を感じ、食わ …
土用の牛の日
Written by bonohu in misc on 火 25 7月 2017.
今年からはこれでいく。土用の牛の日は、牛肉(うし)を食べる。
[caption id="attachment_3888" align="aligncenter" width="640"]
160gランチステーキ&190g極みがんこコンビ …
metadataと格闘
Written by bonohu in misc on 月 24 7月 2017.
オミックスデータ目次となりつつあるAOEでシークエンサー情報の詳細が更新されなくなっている。いろいろ調べた …
統合TV10年
Written by bonohu in misc on 木 20 7月 2017.
統合TVを始めてから10年の月日が経った(「統合TVの歴史」参照)。その間、1,263件の動画を公開した。そのうち、554が講演動画 …
統合TV動画チュートリアルのある論文公開
Written by bonohu in misc on 土 15 7月 2017.
統合TVで使い方チュートリアルを作成し、統合TVから公開したツールf-treeの論文が公開された。
f-treeGC: a questionnaire-based family tree-creation software for genetic counseling and …
markdownを何で書くか?
Written by bonohu in misc on 金 14 7月 2017.
かなりしばらくぶり(といっても約半年ぶり)に、いくつかの講習会の講師に指名された。そこで、またテキストを作るわ …
異分野のセミナー参加
Written by bonohu in misc on 木 13 7月 2017.
PerkinElmer Japan ヘルスケアITセミナー「病院に於ける医療ビッグデータの活用とその最新事例」に参加。結果として、異分野殴り込 …
ライフサイエンスデータベース統合推進事業 事業報告書
Written by bonohu in misc on 水 12 7月 2017.
標記の報告書が公開され、NBDCの事業推進に関する報告書等に追加された。 それに対する「ライフサイエンスデータベー …
静岡新聞のDDBJ連載
Written by bonohu in misc on 火 11 7月 2017.
DDBJ30周年を期に静岡新聞に毎週連載されていた「遺伝子バンク30年」という連載が完結した模様。 大学院生時代に所属し …
IDなきデータ
Written by bonohu in misc on 月 10 7月 2017.
IDがない場合にどう関連づけるか。生命科学系の遺伝子のデータの場合はそれを塩基配列の類似性検索でなんとか …
'Mishima.syk #10'
Written by bonohu in misc on 日 09 7月 2017.
今回は沼津駅北口プラザヴェルデにて開催された Mishima.syk #10 に参加。 まずは、勉強会のページのお昼ガイドにあった沼津 …
Biocondaを使ってみた
Written by bonohu in misc on 土 08 7月 2017.
(このエントリは、Mishima.syk #10のライトニングトークのネタです)
Biocondaとは、
Bioconda is a channel for the conda package manager specializing in bioinformatics software.
とのことで、Bioinformaticsソフト …
rsem-tbam2gbam
Written by bonohu in misc on 金 07 7月 2017.
RSEMの計算、TPMやFPKMなどしか見ないだろうと思っていたが、やっぱりgenomeに対するアラインメントを見る必要が出てきて …
Sashimi plot
Written by bonohu in misc on 木 06 7月 2017.
IGVをいじっていたら、右クリックメニューにSashimi plotなるものを発見。'sashimi plot'でPubmed検索しても1件しかでてこなかったが、'sashimi …
Good news
Written by bonohu in misc on 火 04 7月 2017.
長年の懸案だったGeneChipのソレとRNA-seqのソレをついにjoinできた。これでさらに精度良く、目的の遺伝子群が抽出できるはず …
横方向のcat
Written by bonohu in misc on 月 03 7月 2017.
RSEMの結果ファイルからFPKM値で複数のサンプルの結果を抜き出したいとき。current directoryすべての結果ファイルに対してそれ …
十年一昔
Written by bonohu in misc on 土 01 7月 2017.
本日2017年7月1日で、ついにライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)に来て丸10年が経った。あの日、まだプレ …
2017年前半戦終了
Written by bonohu in misc on 金 30 6月 2017.
去年のこの日にも書いた振り返りエントリ。 2017年前半を振り返って。出張による外泊は、28泊と昨年前半の43泊より減 …
Differential Expression Analysis using EBSeq
Written by bonohu in misc on 木 29 6月 2017.
RSEMによるRNA-seqの続き。RSEMデータ解析チュートリアルにある発現差解析方法。 rsem-run-ebseqとrsem-control-fdrはmake installしても/usr/local/bin以下にインスト …
真夜中のaccept
Written by bonohu in misc on 水 28 6月 2017.
前日に投げてたrevisionへのrevisionが日本時間の夜に。共同研究者に取り急ぎ連絡しておくとすぐに返事が来て、re-resubmitできる状態 …
参加者リストの集計
Written by bonohu in misc on 火 27 6月 2017.
先日参加した学会の参加者リストが公開されていた。ナンバリングされていたため、最後の行を見る限り255で、255名の …
研究データ利活用協議会公開シンポジウム ～オープンサイエンスを巡る世界の最新動向～
Written by bonohu in misc on 月 26 6月 2017.
標題のシンポジウムに参加して来た。研究データ利活用協議会(Research Data Utilization Forum(RDUF、読み方不明))とは、わが国における研究デー …
意図しないプリンター出力
Written by bonohu in misc on 土 24 6月 2017.
出張先でプリンターから出力する必要があり、プラインター設定をちゃらっとして出力したものの。A4に打ち出した …
SPARQLthon57 day2
Written by bonohu in misc on 金 23 6月 2017.
2日目は開発しているserviceの検索インターフェースいろいろ打ち合わせをいくつか。この会では有識者がいて、そうい …
SPARQLthon57 day1
Written by bonohu in misc on 木 22 6月 2017.
AOEでの検索結果から取得すべきSRAのRUNのIDを探し当ててSRAファイルを取得し、それらを並列にFASTQに変換して、トリミ …
2017 SPARC Japan ワーキンググループキックオフミーティング
Written by bonohu in misc on 水 21 6月 2017.
今年度(2017年度)も引き続き、国際学術情報流通基盤整備事業(SPARC Japan)のセミナー企画ワーキンググループのメンバーとし …
並列版 fastq-dump
Written by bonohu in misc on 火 20 6月 2017.
探したらやはりあった、並列版のfastq-dump。これはpythonによる実装でインストールがちょっと…。さらに探したら、身近にbashでのimplementation …
HIF-1-mediated suppression of mitochondria electron transport chain function
Written by bonohu in misc on 月 19 6月 2017.
confers resistance to lidocaine-induced cell death wordpress_id: 3660 categories:
2006年3月にがんとハイポキシア研究会に初めて出てからすでに10年以上経ったが、ようやく …
道具の研磨
Written by bonohu in misc on 日 18 6月 2017.
日頃よく使う「道具」のメンテナンス。システム標準のだと効率が悪かったりするので。 このブログでも何回か出てきた …
rsem-calculate-expression for human
Written by bonohu in misc on 金 16 6月 2017.
ようやく、RSEMの実行。bowtie2でだが、以下のコマンドで。 [shell] time rsem-calculate-expression -p 12 --paired-end --bowtie2 --bowtie2-path /usr/local/bin --estimate-rspd --append-names --output-genome-bam hoge_1.fq hoge_2.fq rsem-bowtie2/human rsem_out/hoge [/shell] -pに12設 …
rsem-prepare-reference for human
Written by bonohu in misc on 木 15 6月 2017.
リファンレンスゲノムとGTFの両方Ensemblから調達。実行時点で最新のEnsembl89を使って検索用のリファレンス作成。 [shell] time rsem-prepare-reference --gtf Homo …
GFF2GTF
Written by bonohu in misc on 水 14 6月 2017.
RSEMを実行する際には、リファレンスを作成する必要がある。それをやるrsem-prepare-referenceコマンドは、GFF(version3)はダメで、GTFしか受け付けな …