BioHackathon2017 day3

Written by bonohu in misc on 水 13 9月 2017.

翌朝になっても計算終わらず。その周りでごちゃごちゃと。 お昼周りを散歩するも、食事できるところは、かつてあった …

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BioHackathon2017 day1

Written by bonohu in misc on 月 11 9月 2017.

2日に渡るシンポジウムが終わり、ハッカソン開始。 SPARQLthonの時にやってきていたDBCLS SRAとAOEまわりで仕事を進める予定。その前に、まずは温泉インフォマティクス研究会。1日目は、夜に1回の開催。

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SPARQLthon59 day1

Written by bonohu in misc on 水 30 8月 2017.

今回は理研和光にてSPARQLthon開催。諸事情により、今回は今日だけの参加。 サンプル方向の検索実装はBioHackathonで頑張ることを確認。 今回はArrayExpressのデータ更新をしこめなかったため、インデックス更 …

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RefEx論文

Written by bonohu in misc on 火 29 8月 2017.

NBDC/DBCLSの遺伝子発現のデータベースというかウェブツール、RefExの論文が公表された。 これは2006年に文部科学省統合データベースプロジェクトが始まったときにすでにその原型があったサービスで、さまざまな測定手法による遺伝子発現データを並べてみるというコンセプトでデー …

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xenomeでclassify

Written by bonohu in misc on 月 14 8月 2017.

xenome続き。indexができたので、それを使って分類。 [shell] xenome classify -T 12 -M 48 -P fuga_in_hoge -i fuga_RNAseq1.fq [/shell] FASTQファイルであるが、どうもbz2圧縮のままでは実行できない模様で、展開してから。

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xenomeのindex作成

Written by bonohu in misc on 水 09 8月 2017.

xenome続き。indexの作成だが、以下のように。 [shell] xenome index -v -T 6 -P fuga_in_hoge -H hoge.fa -G fuga.fa [/shell] 最初この実行が終わらず、プログラムが暴走しているのかと思 …

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gffread

Written by bonohu in misc on 月 07 8月 2017.

Cufflinksパッケージに入っているコマンドgffreadは、以下のオプションでGFF3形式からGTFに変換してくれる。 [shell] gffread hoge.gff -T -o hoge.gtf [/shell] これまで知らなかったが、便利な局面がありそう、ということで。

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訃報

Written by bonohu in misc on 日 06 8月 2017.

これまた信じられない訃報。直接一緒に働いたことはないものの、間接的にいろいろお世話になってきたこの分野の …

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北大出張

Written by bonohu in misc on 木 03 8月 2017.

どちらかというと、こちらが教える立場であったはずだが、自分的にもいろいろ刺激を受けてきた。それを実現する方 …

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SPARQLthon58 day2

Written by bonohu in misc on 金 28 7月 2017.

まず、昨晩飛び込んで来たproofの対処。 ArrayExpressにデータとして明に含まれなくなったINSTRUMENT_MODEL(Sequencerの情報)をSRAのmetadataから抜き出してくる実装をして、githubへpush。コードの整理しなきゃな…。

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土用の牛の日

Written by bonohu in misc on 火 25 7月 2017.

今年からはこれでいく。土用の牛の日は、牛肉(うし)を食べる。

[caption id="attachment_3888" align="aligncenter" width="640"]土用の牛の日 160gランチステーキ&190g極みがんこコンビ[/caption]

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統合TV動画チュートリアルのある論文公開

Written by bonohu in misc on 土 15 7月 2017.

統合TVで使い方チュートリアルを作成し、統合TVから公開したツールf-treeの論文が公開された。

f-treeGC: a questionnaire-based family tree-creation software for genetic counseling and genome cohort studies Tomoharu Tokutomi, Akimune Fukushima, Kayono Yamamoto, Yasushi Bansho, Tsuyoshi Hachiya and Atsushi Shimizu BMC Medical Genetics 20171 8:71 DOI: [10.1186/s12881-017-0433-4](http://doi …

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IDなきデータ

Written by bonohu in misc on 月 10 7月 2017.

IDがない場合にどう関連づけるか。生命科学系の遺伝子のデータの場合はそれを塩基配列の類似性検索でなんとかなるが、そうでない場合にそれを …

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rsem-tbam2gbam

Written by bonohu in misc on 金 07 7月 2017.

RSEMの計算、TPMやFPKMなどしか見ないだろうと思っていたが、やっぱりgenomeに対するアラインメントを見る必要が出てきて。もちろん、--output-genome-bam をつけて再計算すればそれで良いのだが、それはそれでまた時間がかかる。長い計算の時 …

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Good news

Written by bonohu in misc on 火 04 7月 2017.

長年の懸案だったGeneChipのソレとRNA-seqのソレをついにjoinできた。これでさらに精度良く、目的の遺伝子群が抽出できるはず。 また、それ以外にもいい知らせが。2017年後半戦、ま …

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横方向のcat

Written by bonohu in misc on 月 03 7月 2017.

RSEMの結果ファイルからFPKM値で複数のサンプルの結果を抜き出したいとき。current directoryすべての結果ファイルに対してそれをしたい場合、以下のようなシェルスクリプトで。実行する前にFPKMというdirectoryを作成して、そこに処理したファイル群が書き込まれるようにする。

#!/bin …

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Differential Expression Analysis using EBSeq

Written by bonohu in misc on 木 29 6月 2017.

RSEMによるRNA-seqの続き。RSEMデータ解析チュートリアルにある発現差解析方法。 rsem-run-ebseqとrsem-control-fdrはmake installしても/usr/local/bin以下にインストールされないので、注意。hoge1とhoge2の2つのサンプルの発現差を解析する場合、以下のように。 [shell] rsem-generate-data-matrix hoge1.genes.results hoge2.genes.results > hogeMat.txt ~/Documents/src/RSEM-1.3.0/rsem-run-ebseq hogeMat.txt 1,1 hogeMat.results ~/Documents/src/RSEM-1.3.0/rsem-control-fdr hogeMat.results 0.05 hogeMat.de …

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真夜中のaccept

Written by bonohu in misc on 水 28 6月 2017.

前日に投げてたrevisionへのrevisionが日本時間の夜に。共同研究者に取り急ぎ連絡しておくとすぐに返事が来て、re-resubmitできる状態になったので、思い切ってすぐに。そうしたら、これま …

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意図しないプリンター出力

Written by bonohu in misc on 土 24 6月 2017.

出張先でプリンターから出力する必要があり、プラインター設定をちゃらっとして出力したものの。A4に打ち出したはずなのに90度回転したレイアウトで打ち出される。レイアウト設 …

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SPARQLthon57 day2

Written by bonohu in misc on 金 23 6月 2017.

2日目は開発しているserviceの検索インターフェースいろいろ打ち合わせをいくつか。この会では有識者がいて、そういった話を脇で聞いてくてて、「車輪の再発明」をせずにすむようなツッコミをいただ …

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SPARQLthon57 day1

Written by bonohu in misc on 木 22 6月 2017.

AOEでの検索結果から取得すべきSRAのRUNのIDを探し当ててSRAファイルを取得し、それらを並列にFASTQに変換して、トリミング後、発現定量して、発現差データ作成するのを並行に進めつつ、pfastq-dumpのバグ出しから。

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道具の研磨

Written by bonohu in misc on 日 18 6月 2017.

日頃よく使う「道具」のメンテナンス。システム標準のだと効率が悪かったりするので。 このブログでも何回か出てきた …

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rsem-calculate-expression for human

Written by bonohu in misc on 金 16 6月 2017.

ようやく、RSEMの実行。bowtie2でだが、以下のコマンドで。 [shell] time rsem-calculate-expression -p 12 --paired-end --bowtie2 --bowtie2-path /usr/local/bin --estimate-rspd --append-names --output-genome-bam hoge_1.fq hoge_2.fq rsem-bowtie2/human rsem_out/hoge [/shell] -pに12設定したが意外に時間がかかった。

real    333m27.062s
user    1795m57.676s
sys     98m26.410s

実時間 …

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rsem-prepare-reference for human

Written by bonohu in misc on 木 15 6月 2017.

リファンレンスゲノムとGTFの両方Ensemblから調達。実行時点で最新のEnsembl89を使って検索用のリファレンス作成。 [shell] time rsem-prepare-reference --gtf Homo_sapiens.GRCh38.89.chr.gtf --bowtie2 --bowtie-path /usr/local/bin Homo_sapiens.GRCh38.dna.toplevel.fa rsem-bowtie2/human [/shell] 実行時間はわり …

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GFF2GTF

Written by bonohu in misc on 水 14 6月 2017.

RSEMを実行する際には、リファレンスを作成する必要がある。それをやるrsem-prepare-referenceコマンドは、GFF(version3)はダメで、GTFしか受け付けない模様。しかもこのGTFのチェックが厳しく、大文字小文字も区別するようだ …

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