IT for Biological Data Analysis 1week
Written by Hidemasa Bono in IT4BDA on 土 16 2月 2019.
生命科学データ解析を支える情報技術 発売一週間
2019年2月9日に「生命科学データ解析を支える情報技術」（以下、IT4BDA）が正式に発売さ …
IT for Biological Data Analysis in stapy 42nd
Written by Hidemasa Bono in IT4BDA on 水 13 2月 2019.
みんなのPython勉強会#42で紹介
自分は参加できなかったのだが、「生命科学データ解析を支える情報技術」をみんなのPython勉強会(stapy)#42の冒頭で紹 …
Mishima.syk 13th
Written by Hidemasa Bono in misc on 日 10 2月 2019.
Mishima.syk#13
8ヶ月ぶりに開催されたMishima.sykは今回13回目。 もうすぐ、三島に来て丸5年ということは、この勉強会も約6年やっているということになる。
今回は、知り合いの研究者が関東から遠征してき …
IT for Biological Data Analysis for sale
Written by Hidemasa Bono in IT4BDA on 土 09 2月 2019.
生命科学データ解析を支える情報技術 発売
本日(2019年2月9日)、「生命科学データ解析を支える情報技術」（以下、IT4BDA）発売。 調べてみたら …
Plan S
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 08 2月 2019.
Plan Sとは
論文を出すことを日常的にしている研究者にとって非常に関わりが深いことなのに、ほとんど知られてないの …
IT for Biological Data Analysis Kindle version
Written by Hidemasa Bono in IT4BDA on 木 07 2月 2019.
生命科学データ解析を支える情報技術 Kindle版
Kidle版も2019年2月6日に予約発売開始になっていた。PDF版はこれまでも経験あるが、自分の著書がKindle化されたのは実は初めて。うれしい。
出張で受け取れていなかった実物も手 …
Real IT for Biological Data Analysis
Written by Hidemasa Bono in IT4BDA on 火 05 2月 2019.
生命科学データ解析を支える情報技術の実物
そういうわけで、今週末(2/9)に発売予定の「生命科学データ解析を支え …
IT for Biological Data Analysis for pre release
Written by Hidemasa Bono in IT4BDA on 月 04 2月 2019.
生命科学データ解析を支える情報技術 先行発売開始
立春の今日(2/4)、今週末土曜日(2/9)に発売予定の「生命科学デー …
HISAT2 Samtools workflow
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 02 2月 2019.
HISAT2→Samtoolsなワークフロー
以前書いたブログエントリなどを現状に合わせて見直して再掲載シリーズ。
HISAT2でreference genomeにmappingして、genomeに対するアラインメントを得る場合。
HISAT2のウェブサイトにすでにindexずみのそれがある場合はしなくていいが、まずはindex作成。
hisat2-buildコマンドにて …
CIBEX data reloaded to GEA
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 01 2月 2019.
かつてCIBEXに登録したデータがGEAで復活
かつてCIBEXという遺伝子発現データベースがあった。 日本での遺伝子発現データベースということで、自分が …
pre Trinity
Written by Hidemasa Bono in misc on 月 28 1月 2019.
Trinity前処理
以前書いたブログエントリを現状に合わせて見直して再掲載シリーズ。 リンク先にあるスクリプトがちゃんと動 …
blastdbcmd2019
Written by Hidemasa Bono in misc on 日 27 1月 2019.
localBLASTのblastdbcmdを使って配列エントリの特定の領域を取得する
以前書いたブログエントリを現状に合わせて見直して再掲載シリーズ、blastdbcmd版。
新規なモデル生物では、ゲノム配列が公 …
BLAT
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 26 1月 2019.
ぶらっとBLAT
以前書いたブログエントリを現状に合わせて見直して再掲載シリーズ、BLAT版。
BLATはThe BLAST Like Alignment Toolというツールで …
Make GEA Searchable from AOE
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 25 1月 2019.
GEAをAOEから検索可能に
前にも触れた遺伝子発現データのアーカイブ、Genomic Expression Archive (GEA)であるが、公開データも出てきている。
それらのデータはEBIの …
sequenceserver2019
Written by Hidemasa Bono in misc on 木 24 1月 2019.
sequenceserver
需要あるので、以前書いたブログエントリを現状に合わせて見直して再掲載。
BioHackathon2015で参加者たちがそれぞれに持って …
IT for Biological Data Analysis in print
Written by Hidemasa Bono in IT4BDA on 火 22 1月 2019.
生命科学データ解析を支える情報技術 印刷中
来月2019年2月9日に発売予定の「生命科学データ解析を支える情報技術」（以下、IT4BDA）、2019年1月22日にamazonにも表紙と …
Genomic Expression Archive debut
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 18 1月 2019.
Genomic Expression Archive (GEA) に登録してみた
DDBJがメンテナンスから戻ってきた。 メンテナンスの前に投げてあった遺伝子発現データのアーカイブ、Genomic Expression Archive (GEA)から正式に …
IT for Biological Data Analysis preview
Written by Hidemasa Bono in IT4BDA on 木 17 1月 2019.
生命科学データ解析を支える情報技術 予告編
来月2019年2月9日に発売予定の「生命科学データ解析を支える情報技術」（以下、IT4BDA）、ぼうのブログで …
MacMini 2018
Written by Hidemasa Bono in misc on 日 13 1月 2019.
ぼうのブログ引越し
新しく買ったMacMini2018にサーバー移行作業。
基本、
- 「画面共有」をオン
- 「リモートログイン」をオン
にして手元のマシンから。 ブログ …
Homework in winter vacation 2019
Written by Hidemasa Bono in IT4BDA on 日 06 1月 2019.
冬休みの宿題2019
昨年(2018年)の冬休みは、ゲノム第4版の翻訳が冬休みの宿題で、
- 第5章 Genome Annotation （ゲノムアノテーション）
- 第6章 Identifying Gene Functions …
PLOS ONE described in "Houston, we have a narrative"
Written by Hidemasa Bono in misc on 木 03 1月 2019.
PLOS ONE
昨日のエントリで紹介した本「なぜ科学はストーリーを必要としているのか」のp266には、馴染みの深い論文誌PLOS ONEに関 …
Houston, we have a narrative
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 02 1月 2019.
なぜ科学はストーリーを必要としているのか
2018/11/10-11/14に参加したアメリカ昆虫学会の年会。 そのkeynote speech speaker、Randy Olsonさんの著作、やっと完読。
研究者 …
Plan 2019
Written by Hidemasa Bono in misc on 火 01 1月 2019.
2019年の計
あけましておめでとうございます。本年もよろしくお願いします。 年頭恒例にしているその年の計。「2019年、かくありたい …
Review 2018
Written by Hidemasa Bono in misc on 月 31 12月 2018.
2018年を振り返って
年頭に書いた「2018年、かくありたい」に沿って、2018年の活動を振り返ってみたい。
引き続き、ずっと取り組んでいるメインの仕事、公共DBの全レコードを対象としたデータ解析研究に力を注ぎ、懸案の仕事を論文 …
IT for Biological Data Analysis
Written by Hidemasa Bono in IT4BDA on 土 29 12月 2018.
生命科学データ解析を支える情報技術 第一報
予約販売開始は年越しと思われた「生命科学データ解析を支える情報 …
Nights in hotels 2018
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 28 12月 2018.
2018年出張外泊数
三島勤務になって以来、ここ5年数えて来た「仕事で外泊」した日数。2018年の日数が確定。
その結果、2018年は83泊で昨年より6泊増えて、さらに悪化。
| 年 | 泊数 |
|---|---|
| 2017 | 77 |
| 2016 | 77 |
| 2015 | 65 … |
NARO RCAIT
Written by Hidemasa Bono in misc on 木 27 12月 2018.
農研機構 農業情報研究センター
農研機構に2018年10月にできたばかりの農業情報研究センターを訪問。 内閣府や内閣総理大臣官邸が …
Bioinformatics primer book edited by Prof. Toh
Written by Hidemasa Bono in misc on 日 23 12月 2018.
よくわかるバイオインフォマティクス入門
関西学院大学の藤博幸先生編集による「よくわかるバイオインフォマテ …
Bonen2018
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 19 12月 2018.
2018年忘年会
早いもので、忘年会が行われれる、もうそんな季節に。 隣のセンターの長の交代や統合牧場第三のチルドレンの加入 …
BioHackathon2018 hackathon day6
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 15 12月 2018.
Biohack18 6日目
午前は今回やったことをdocumentathon。
個人的にはAOE関係でやろうと思っていたことが他のプロジェクトとの兼ね合いで進めれなかったものの、CWLで書くことを教わるということで別の形で自分のプロジェクトを進めることができた。 また、oec014さんが主に進めてくれたCellFishing.jlの件も、これまでスタックしていた案件が今後につながる形で再 …
BioHackathon2018 hackathon day5
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 14 12月 2018.
Biohack18 5日目
この5日間でやり散らしたことをwrap-up。 結果として、AOEのCommon Workflow Language化がメインとなった今回。
BioHackathon2018 hackathon day4
Written by Hidemasa Bono in misc on 木 13 12月 2018.
Biohack18 4日目
AOEのCWL化に取り組む（CWLizationと呼んでる）。 CommandLineToolを2つ組み合わせて、1つのWorkFlowとした単純なものから。
色々なトラップがあったものの、プロフェッショナルの多大なる助言をいただいて、動くようになった。 GitHubにアップロードしてあるので、自動的に可 …
BioHackathon2018 hackathon day3
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 12 12月 2018.
Biohack18 3日目
ようやく、Common Workflow Language(CWL)でAOEのindex作成ワークフローを書いてみる。 ネットワークづたいにデータを取ってくるからか、cwlファイルはvalidであっても、コケる。
発現類似性検索プロジェク …
BioHackathon2018 hackathon day2
Written by Hidemasa Bono in misc on 火 11 12月 2018.
Biohack18 2日目
Common Workflow Language(CWL)でAOEのindex作成ワークフローを書き直したいとふと思って、取り組む。
cwltoolが入らず。typingが入らないというエラーだったため、一度消去した上でpipで入れ直したり。
テストコードは …
BioHackathon2018 hackathon day1
Written by Hidemasa Bono in misc on 月 10 12月 2018.
Biohack18 1日目
会場は引き続き、松江のホテル、バイオハッカソン開始。 AOE周りのやるべき項目をまず、リストアップ。 SRAのRNA-seq取り込み周りは、他との兼ね合いで後回しに。
そこで、CellFishingを …
BioHackathon2018 symposium
Written by Hidemasa Bono in misc on 日 09 12月 2018.
Biohackathon2018 シンポジウム
今年は松江で開催のBiohackthon。 しかし電車が人身事後で3時間ほど遅延して、大遅刻。 YouTube Live発信でネット参加しつつ、午後からシンポジウム会場へ。 自分の …
A cure within
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 07 12月 2018.
がん免疫療法の誕生 科学者25人の物語
ふとしたキッカケから、「がん免疫療法の誕生 科学者25人の物語」を献本いただいた。
この本を翻訳 …
togotv18 for sale
Written by Hidemasa Bono in togotv18 on 木 06 12月 2018.
統合TV本発売一週間
統合TV本こと、「生命科学データベース・ウェブツール 図解と動画で使い方がわかる！研究がはかどる定番18選」が正式に …
Impression on 41st annual meeting of the molecular biological society of Japan
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 01 12月 2018.
第41回日本分子生物学会年会を終えて
今年も日本分子生物学会年会（分生）が終わった。
例年通り、NBDC/DBCLSはブース出展、今年も日本で生命科学分野のDBをやっている関係各所が一堂に会するBioDBコーナーの一部で展示会 …
41st annual meeting of the molecular biological society of Japan day3
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 30 11月 2018.
第41回日本分子生物学会年会3日目
本日11月30日(金)で、最終日の3日目。
昨日はオーガナイズしたワークショップ、2PW1-15 いかにして公共データベースを生命科学研 …
41st annual meeting of the molecular biological society of Japan day2
Written by Hidemasa Bono in misc on 木 29 11月 2018.
第41回日本分子生物学会年会2日目
本日11月29日(木)、2日目。
今年も日本で生命科学分野のDBをやっている関係各所が一堂に会するBioDBコーナーを展示会/ポスター会場の一角にてやっており、NBDC/DBCLSもブース出展しております。 提供している …
41st annual meeting of the molecular biological society of Japan day1
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 28 11月 2018.
第41回日本分子生物学会年会1日目
本日2018年11月28日より、今年の日本分子生物学会年会（分生）。 そして、自らの執筆し、監修した本「生命科学データベース・ウェブツー …
41st annual meeting of the molecular biological society of Japan
Written by Hidemasa Bono in misc on 火 27 11月 2018.
第41回日本分子生物学会年会0日目
いよいよ今年の日本分子生物学会年会（分生）が明日2018年11月28日から。
例年通り、NBDC/DBCLSはブース出展、今年も日本で生命科学分野のDBをやっている関係各所が一堂に会するBioDBコーナーの一部で …
togotv18 for whom?
Written by Hidemasa Bono in togotv18 on 月 26 11月 2018.
誰のための統合TV本？
Therefore support togotv18 by twitter
Written by Hidemasa Bono in togotv18 on 日 25 11月 2018.
だから、twitterで統合TV本を盛り上げよう
統合TV本こと、「生命科学データベース・ウェブツール 図解と動画で使い方がわかる！研究がはかどる定番18選」に関し …
But togotv18 is unofficial
Written by Hidemasa Bono in togotv18 on 土 24 11月 2018.
しかし、統合TV本は非公式
And what is togotv18?
Written by Hidemasa Bono in togotv18 on 金 23 11月 2018.
そして、統合TV本とは?
togotv18 autograph session
Written by Hidemasa Bono in togotv18 on 木 22 11月 2018.
統合TV本サイン会＠第41回日本分子生物学会年会
Amazonのレコードによると「生命科学データベース・ウェブツール 図解と動画で使い方がわかる！研究がはかどる定番18選 …
togotv18 chapters
Written by Hidemasa Bono in togotv18 on 水 21 11月 2018.
統合TV本章立て
先日、Amazonに出てしまった 「生命科学データベース・ウェブツール 図解と動画で使い方がわかる！研究がはかどる定番18選」だが、本日 …