2years passed since the sensei debut

前は動いたはずなのに…。 Trinity in Dockerにある例の docker run -vpwd:pwdtrinityrnaseq/trinityrnaseq /usr/local/bin/trinityrnaseq/util/align_and_estimate_abundance.pl で no such file or directory。

というわけで、どうも最近 …

1st Onsen Informatics 22

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 05 2月 2022.

2022年第１回温泉インフォマティクス研究会

ずっと缶詰になっているのも毒ということで、開催。色々いいアイデアを浸透圧刺激とヒートショックで出して、さらに焼きなますことができた。

牡蠣づくし御膳！
🦪めし
🦪フラ …

January2022

Written by Hidemasa Bono in misc on 月 31 1月 2022.

2022年1月を振り返って

今月は、華麗に加齢な上に。過冷な毎日だった。年明け前から再び増え出した新規COVID-19感染者は増加の一途をたどり、ついに再びマンボウに。さまざま …

Cite papers by DOI!

Written by Hidemasa Bono in misc on 日 30 1月 2022.

論文はDOIで引用しよう

論文を引用するとき、今、ウェブブラウザで見ているURLを貼り付けるのが便利だが、それでは危険である。そのURLが一時的なものである恐れがある。なので、それはお勧めしな …

Searching fulltext of papers

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 29 1月 2022.

論文全文を探す方法

2020年代の今、多くの論文がオープンアクセスとなっていてインターネット検索によって自由に読めるよ …

ScanSnap access from Monterey

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 28 1月 2022.

MontereyからのScanSnap

どうしても必要な事務書類は、別の部屋に借りに行く方式で、ラボにプリンターを廃止してなんとかやっている。次 …

Bottom right corner of the screen

Written by Hidemasa Bono in misc on 日 23 1月 2022.

画面の右下

新しいM1 Mac with macOS Monterey (12.1)、基本的に快調に使えている。 ScanSnapが反応してくれなかったり、プリンタドライバーが対応してなかったり、という …

Hiroshima Bio Forum 21

Written by Hidemasa Bono in misc on 木 20 1月 2022.

令和３年度広島バイオフォーラム

広島バイオテクノロジー推進協議会主催の広島バイオフォーラムという会で、講演。コロナ感染者急増に伴い …

Biomedicines SI E-book

Written by Hidemasa Bono in misc on 火 18 1月 2022.

Biomedicines Special Issue E-book

BiomedicinesのSpecial Issue, Hypoxia-Inducible Factors: Regulation and Therapeutic Potentialに掲載された論文を集めた、同名のE-bookが出版された。

ISBN 978-3-0365-2912-7 (Hbk); ISBN 978-3-0365-2913-4 (PDF)
DOI: 10.3390/books978-3-0365-2913-4 
© by the authors
Hypoxia-Inducible Factors: Regulation …

RefEx English Review

Written by Hidemasa Bono in papers on 土 15 1月 2022.

RefExの英語総説

DBCLS時代に書いて既に提出してあったRefExの英語総説（レビュー）が Practical Guide to Life Science Databases (Eds: Imad Abugessaisa & Takeya Kasukawa) の一つの章として出版された。

RefEX: Reference Expression Dataset https://doi.org/10.1007/978-981-16-5812-9_6

これを書いていたの …

BioDX.org

Written by Hidemasa Bono in misc on 火 11 1月 2022.

一般社団法人バイオDX推進機構

天赦日と一粒万倍日が重なる「最強の吉日」という2022年1月11日に一般社団法人バイオDX推進機構が設立された。

一般 …

RNAseq handson 22

Written by Hidemasa Bono in misc on 月 10 1月 2022.

RNAseqハンズオン＠阪大

かねてよりお願いされていた講演とハンズオンの講師をやりに阪大医学部へ。 2回延期されて3度目の正直。しかし感染者急増があって …

networkQuality command

Written by Hidemasa Bono in misc on 木 06 1月 2022.

コマンドラインでネット速度測定

ニュース見てたら、こんなものを発見。

“｢ターミナル｣を開いたら、｢networkQuality｣と入力して（大文字 …

Moving to M1 Mac

Written by Hidemasa Bono in misc on 日 02 1月 2022.

M1 Macへの引越

最新のMacBookPro(MBP)などのCPUがM1に変更され、これまで本やブログに書いてあったことがそのままで動かなくなっている。そのせいか、個 …

Plan 2022

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 01 1月 2022.

2022年の計

明けましておめでとうございます。本年もよろしくお願いします。

明けましておめでとうございます🎍今年もよろし …

Review 2021

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 31 12月 2021.

2021年を振り返って

ラボをはじめて2年目の2021年は、飛躍の年になった。研究室関係のニュースはラボのニュースに取り上げて溜めてきたが、2021年分を数えてみると47エントリにもなっていた。その …

December2021

Written by Hidemasa Bono in misc on 火 28 12月 2021.

2021年12月を振り返って

大学の出勤日は今日28日まで、自分の出勤日は実は24日までだったということで、今年も少し早めの12月の振り返りエントリ。

先月から引き続き、来客やこちらから出かけて …

It's been a hard week 21

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 25 12月 2021.

2021年末、怒涛の1週間

月火水、東へ西へそれぞれ別の2つの出張。後半の木金は来客という怒涛の1週間。そして、土には久しぶりに温泉インフ …

Nights in hotels 2021

Written by Hidemasa Bono in misc on 水 22 12月 2021.

2021年出張外泊数

去年(2020年)は15泊だった出張外泊数。コロナの影響を受ける前の1月から3月までで14泊なのに対して、その後（＝転職後）4月以降はわずか1泊であった。

今年2021年も偏っており、1-6月までで0泊。その後、7月1泊、8月5泊、9,10月がそれぞれ0泊、11月3泊、12月2泊ということで、合計11泊ということで確定 …

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 20 5月 2022.

センセイデビューから2年

Written by Hidemasa Bono in papers on 金 13 5月 2022.

シン・モデル生物の機能アノテーション

Written by Hidemasa Bono in papers on 火 10 5月 2022.

密度依存的な表現型多型を示す昆虫のトランスクリプトームのメタ解析

Written by Hidemasa Bono in misc on 火 03 5月 2022.

東広島キャンパスの自然観察

Written by Hidemasa Bono in papers on 月 02 5月 2022.

新しいリファレンストランスクリプトームで新しい探索的メタ解析

Written by Hidemasa Bono in RecipeBook on 日 01 5月 2022.

メタゲノム感の高まり

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 30 4月 2022.

2022年4月を振り返って

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 23 4月 2022.

2022年第2回温泉インフォマティクス研究会

Written by Hidemasa Bono in papers on 水 20 4月 2022.

ラット初代培養肝細胞おける転写因子HIFの活性化によるIL-1β誘導性NO産生抑制論文出版

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 16 4月 2022.

Jxiv

Written by Hidemasa Bono in misc on 日 10 4月 2022.

ResearchGate、RG scoreやめるってよ

Written by Hidemasa Bono in misc on 木 31 3月 2022.

2022年3月を振り返って

Written by Hidemasa Bono in papers on 水 30 3月 2022.

ハダカデバネズミの炎症反応の抑制による化学発がん誘導への抵抗性論文出版

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 26 3月 2022.

ミライ牧場イベント1st無事終了

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 25 3月 2022.

酒都移転2年

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 19 3月 2022.

ゲノム編集卓越大学院プログラムオンラインシンポジウム2022

Written by Hidemasa Bono in misc on 木 17 3月 2022.

大学の公開講座2022

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 11 3月 2022.

シラバス入力

Written by Hidemasa Bono in misc on 木 10 3月 2022.

バイオDXのアウトリーチイベント2022

Written by Hidemasa Bono in misc on 水 09 3月 2022.

異なるファイル拡張子のFASTQでikra実行

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 04 3月 2022.

コロナウイルスワクチン注射3回目

Written by Hidemasa Bono in misc on 月 28 2月 2022.

2022年2月を振り返って

Written by Hidemasa Bono in misc on 日 27 2月 2022.

uniqコマンドのオプション

Written by Hidemasa Bono in papers on 土 26 2月 2022.

RNA-seq解析による鳥類始原生殖細胞の性決定機構の予測

Written by Hidemasa Bono in papers on 金 25 2月 2022.

SAQE論文1周年

Written by Hidemasa Bono in misc on 火 22 2月 2022.

Pythonによるバイオインフォマティクス 原著第2版 輪読終了

Written by Hidemasa Bono in misc on 月 21 2月 2022.

21年度遺伝研研究集会「昆虫におけるNGSおよびゲノムデータベース利用によるデータ解析」

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 19 2月 2022.

非モデル生物RNA-Seqの際のDBへの登録

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 18 2月 2022.

第431回CBI学会講演会done

Written by Hidemasa Bono in misc on 火 15 2月 2022.

COI-NEXT本格型へ昇格！

Written by Hidemasa Bono in misc on 木 10 2月 2022.

InsectsでSpecial Issueやります

Written by Hidemasa Bono in misc on 月 07 2月 2022.

Trinityの発現定量スクリプトがDockerにない

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 05 2月 2022.

2022年第１回温泉インフォマティクス研究会

Written by Hidemasa Bono in misc on 月 31 1月 2022.

2022年1月を振り返って

Written by Hidemasa Bono in misc on 日 30 1月 2022.

論文はDOIで引用しよう

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 29 1月 2022.

論文全文を探す方法

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 28 1月 2022.

MontereyからのScanSnap

Written by Hidemasa Bono in misc on 日 23 1月 2022.

画面の右下

Written by Hidemasa Bono in misc on 木 20 1月 2022.

令和３年度広島バイオフォーラム

Written by Hidemasa Bono in misc on 火 18 1月 2022.

Biomedicines Special Issue E-book

Pythonによるバイオインフォマティクス原著第2版輪読終了