drbonodojo 1year

Written by Hidemasa Bono in drbonodojo on 土 26 9月 2020.

道場本出版1年

今日(2020/09/26)で日本癌学会学術総会の会場で売り始めてから丸一年。

その間、転職によって自分の立場も変わり、国立研究所の研究員から国立大学の特任教員となってバイオインフォマティクスを教えることが本務となった。 そして今、まさに道場本を教科書とした授業のため講義の録画に勤しんでいる自分がいる。 それを予測して本を書いたのか、と訊かれることもあるが、いずれはそうなって欲しいと思って書いた、というのが正直なところ。 一年でこうも立場が変わってしまうことに諸行無常を感じる。

2019年は4冊ほど自分の名前が表紙に入った本を出したが、やはり自分1人で隅から隅まで書いたこの道場本は愛着が深い。 一年で動かなくなっているところも出てきているが、それは今準備している講義の副産物として訂正され、なんらかの形で正誤表が出せれば、と思っている次第である。

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VariantRecipe for sale

Written by Hidemasa Bono in RecipeBook on 金 25 9月 2020.

バリアントレシピ本発売開始

ついに本日、2020年9月25日に「バリアントデータ検索&活用 変異・多型情報を使いこなす達人レシピ」(以下、バリアントレシピ本)が発売。 現状、リアル書店かY社直販などだけで、Amazonでの発売は来週以降らしい。

待ちきれない方向けに、TogoVarの解説の部分がWeb立ち読みコンテンツとして公開されているようなので、そちらを読んで雰囲気を確認してポチってください。

福岡での昨年2019年の日本分子生物学会年会で企画を開始し、初動が早かったおかげで、その後10ヶ月で出版にこぎつけることができた。 初動が早かったのはもちろん編者の転職が予定されていたから。 編者が転職してしまうなどがあったにもかかわらず、予定通りに出版できたのは素晴らしい。 ほとんどそれによる影響がない部分にまで進められていたのは、Y社の編集者の段取りの良さに他ならない。 ありがとうございました。

バリアントレシピ本を手に取った際には、中身はもちろんのこと、以前とは異なる編者プロフィール写真をお楽しみください。

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My way for making lecture movie

Written by Hidemasa Bono in misc on 火 22 9月 2020.

私の講義動画作成方法

講義動画作成に頑張っていらっしゃる学校の先生方、おつかれさまです。 今年度からは自分もその立場となり、10月からは対面授業になるかもという淡い期待もくだかれて講義前の動画作成に励む毎日を送っています。

5月の初講義の際には自分は、学生さんが講義をうける1週間前に1人で講義室に行ってビデオカメラで撮られるという無観客試合ならぬ、無生徒授業を。 ただ、このやり方は事務の方が動画を回収してアップロードして、という具合にコストが高く、また取り違えなどの心配もあってあまり推奨ではないイメージ。 それとは別のやり方でPowerpointの各スライドに音声を吹き込んで動画を作成するという手段が一番普及している模様だが、それでは先生の顔が見えないという苦情もあるらしく。

しかしながら自分の講義の場合、Powerpoint以外の他のアプリケーション(ウェブブラウザやターミナルなど)を多用し、またハードディスクなどの周辺機器を使ってみせることもあるので、Powerpointだけで完結しない。 だからこそ、演習形式での授業としたかったのであるが、こういう状況なのでしょうがあるまい。

そこで、どうしたらいいか、いろいろ考えたところ、身近なところにsolutionがあった。 Zoomである。

Zoomにはオンライン会議を収録して動画(mp4形式のファイル)で保存する機能がある。 すなわち、ひとりオンラインミーティングをして、それを動画として収録すれば良いだろうと。 Zoomで普通にオンラインミーティングをする感じで「新規ミーティング」を開始し、あとは「レコーディング」ボタンを押せば収録が開始される。 そのままの状態で画面の向こうの聴衆に話しかけたり、デバイスを見せたりもできるし、また「画面を共有」してスライドの画面やデスクトップを見せることもできる。 Zoomで良いのはそうやって「画面を共有」している間もこちらの様子が右上に小さく表示されることだ …

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Ocho lemon wine

Written by Hidemasa Bono in misc on 日 20 9月 2020.

大長檸檬酒

「おおちょうレモンしゅ」と読む。 客人がお土産として買って、逆に勧められた逸品。

メーカーの中尾醸造さんのウェブサイトによると、

国産レモン発祥の地といわれる瀬戸内海に浮かぶ大崎下島豊町。この地で、品質・栽培面積ともに全国一を誇る「大長レモン」のしぼりたて天然果汁をふんだんに使用し、独自の製法で発酵熟成させた世界的にも珍しい極めて純度の高いレモン酒です。(1本当たりレモン5~6個相当の果汁を使用)

レモン果汁を発酵させて作っているとのこと。 レモンリキュールにありがちな甘ったるい感じは無く、さっぱり。 リピートしそうな感じ。

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VariantRecipe for whom

Written by Hidemasa Bono in RecipeBook on 土 19 9月 2020.

バリアントレシピ本の想定読者

いよいよ来週末の2020年9月25日に「バリアントデータ検索&活用 変異・多型情報を使いこなす達人レシピ」(以下、バリアントレシピ本)が発売となる。

流通の関係で、Amazonでの発売はそれより遅くなるとのこと。 早く手に入れたい方はリアル書店かY社直販などにてゲットするのが良いだろう。

ヒト培養細胞で実験されている方は、その研究対象の細胞のゲノムが公開されていればもっと研究に役立つのに、と感じることも多いのではないかと。 実はそういうデータがないわけではなく、すでに解読されているのだけれども、ヒト個人の遺伝情報まで解読されてしまっているためにcontrol access下にある可能性が十分にある。 例えば、HeLa細胞のゲノムなどがその典型であろう。 そのような普段からヒト培養細胞を使って、ターゲットはそれぞれにさまざまであるものの「実験」している方にうってつけの内容ではないかと。 ぶち当たったリファレンスゲノムとの違いは、実は生物学的に意味があるものであるかもしれない。 その解釈に役立ててもらえれば幸いである。

そういった多型情報を、公開されているレベルでうまく使いこなし、必要であれば、control accessの情報も使うようにする、という対応が必要となってくる。 その辺りの情報は体系的に得られるものではなく、今現在の状況を断片的に知る形でしか得られない。 バリアントレシピ本は、そういった情報が満載といっても過言でない。

がんの研究をしていてもその変異はこれまでgermlineの多型としてよく知られているものかもしれない。 逆もそうで、がんで知られている変異が参考になる場合だってあるかもしれない。 そのような情報の「引き出し」にこの本で紹介しているデータベースやツールが役に立てば、と。 そのような知のめぐりをよくするところにこの本が寄与できれば、編者としての役割を果たせたことになる。

「多型=カラフル …

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VariantRecipe chapters

Written by Hidemasa Bono in RecipeBook on 土 12 9月 2020.

バリアントレシピ本の章立て

今回出版する「バリアントデータ検索&活用 変異・多型情報を使いこなす達人レシピ」は、その第一報と同時にAmazonでのエントリのみならず、出版社(羊土社)のウェブページも公開された。

バリアントレシピ本

ここにもその章立てを紹介し、編集した意図を簡単に紹介しておく。

  1. バリアントデータを検索する(世界)
    • (1)興味ある遺伝子の数塩基多型・構造多型を調べる 〜dbSNP,dbVar
    • (2)興味あるゲノム領域にみられるバリアントを調べる 〜gnomAD(ノマド)
      • [COLUMN]ヒト以外のバリアント情報の検索と比較
    • (3)Pathogenic なバリアントを調べる 〜ClinVar
      • [COLUMN]OMIMとNCBI 〜疾患関連のリソース
    • (4)アクセス制限されたデータベースから,興味あるバリアントを保有するデータを探索・利用する 〜GA4GH Beacon とNBDC ヒトデータベース
    • (5)病名・遺伝子名・バリアントのID …

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Handbook for sakamai

Written by Hidemasa Bono in misc on 火 08 9月 2020.

酒米ハンドブック

「ハダカデバネズミのひみつ」で紹介されているdebalabがちょうど熊本に移り始めた時に、その熊本で開催された国内版バイオハッカソンBH17.11の際に盛り上がっていた酒米のDB化の話。

きっと、広島開催のBH20.9でもそのネタで盛り上がるに違いないと思って、自分も「酒米ハンドブック」を買っておいた。

やはり、会場ではその話題になって、良い交流ネタになったようだ。 今後醸し出される展開に期待したい。

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Genome and I in 2020

Written by Hidemasa Bono in about on 日 06 9月 2020.

執筆は2020年

ゲノムと私の四半世紀

今年(2020年)、大学院に入ってからちょうど四半世紀、丸25年を迎えて区切りの年を迎えている。 以前(2005年)に研究活動10年の節目にRNAと私の10年を書いた。 それから早15年。 25年の節目の今、ゲノムと私の四半世紀ということで、ゲノムとの関わりを焦点に書いてみようと思う。

そもそもゲノムという言葉を意識したのは、1993年に受けた生物物理学の講義である。 その講義をされていたのは永山國昭先生で、そのころは私が所属していた東京大学教養学部基礎科学科におられた。 ヒトゲノムプロジェクトに関する新聞記事が配られ、旬なネタとして紹介された。 その時にゲノムにかんする研究やりたい、とおぼろげに思ったことを今でも覚えている。 その後の卒業研究では、分子生物学のラボに属してDNAやRNAを扱う研究(いわゆるウェット)を始めたものの、大学院の進路の関係でそれは続けられなかった。 そのラボの大学院には受からなかったためであり、ウェットの研究を積極的に止めたわけではない。 それがベースにあるため、今でもウェット&ドライな研究を目指しているのである。

そういうわけで、大学院生時代(1995-2000)は一転ピペットをキーボードに持ち替えた研究をすることになった。 今でいうドライな研究である。 ゲノムネットを運営していたラボで、生命科学分野のデータベースの日本での提供やBLASTやClustalWなどのサービスを行っていた。 自分の研究としては、ゲノムが決定された微生物の(タンパク質配列の)読み枠(Open Reading Frames(ORFs …

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what is VariantRecipe

Written by Hidemasa Bono in RecipeBook on 土 05 9月 2020.

バリアントレシピ本とは

2019年11月に出版した「RNA-Seqデータ解析 WETラボのための鉄板レシピ」(RNAseqレシピ本)は、お披露目になった日本分子生物学会年会の書籍販売ブースでも一番の売り上げとなった。 本を企画・編集したものとしては思いのほかの反響であった。 というのも、生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析実践道場が9月に出ておりまだ新刊であったことや次世代シークエンサーDRY解析教本改訂第2版が同時に売り出されるなど、決してこの分野の本として新しい本のオンリーワンではなかったからだ。

しかしながらRNAseqデータ以上に公共データベースにデータが大量に蓄積している分野がある。 それがバリアントデータだ。

そこで、RNAseqレシピ本が絶賛販売中の日本分子生物学会年会の最中にバリアントレシピ本の企画を開始。 年が明けて2020年になってから多くのバリアント解析関係者にバリアントデータ解析のレシピを紹介することを依頼していった。

大きくデータの由来が世界中(1章)と日本人(2章)にわけ、さらに体細胞バリアントの解析となるがんゲノムに関しても3章でそのデータ利用の仕方に関して触れた。 結果として、かつて出した統合TV本のバリアントデータ解析編的なイメージになっていて紹介しているデータベースやツールにはもちろん重なりがあるが、 その本には収録されなかったDBCLS/NBDCによるバリアントデータの統合サイトTogoVarをガッツリ3章にも渡って紹介している点が新しく、そして有用だと考えている。 なので、すでにそれを持っているという場合にもバリアント解析もやりたいんだけど、という方はmust buyかと。

バリアントレシピ本

研究者の皆さん、もっとノウハウを共有しましょうよ。 自分で持っていたって、すぐに陳腐化しますよ。 多くの人に知られて使われてなんぼもんじゃないでしょうか。 そういうわけで、皆さんもよろしく。

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Secrets of naked mole-rat

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 04 9月 2020.

ハダカデバネズミのひみつ

国内版バイオハッカソンBH14.14の帰りにふと北大に寄り道したことがきっかけとなって始まったハダカデバネズミの共同研究。 それも始めてから早いもので5年になろうとしている。 その間に先方のラボも熊本に移り、私も…。 そんな時に「ハダカデバネズミのひみつ」という本が出るよと教えてもらって。

もちろん、長年に渡って共同研究しているので、生物学の研究において重要な「ドメイン知識」としていろいろ知っている。 しかしながら、その知識を埋めるいろいろなことはやはり知らないことも多々あるわけで。 一読して思ったのは、そういった知識の境目を埋めるのに最適な本だった。 p111に出てくるハダカデバネズミのiPS細胞の研究とかも一応co-authorでいっちょ噛んでいるわけだが、 特に彼女らが今育てているハダカデバネズミはどこから来たのか、その研究を始める前はどういった状況だったか、この機会に初めて知った。

なので、この動物に関して興味を持った人、是非読んでみては?

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Toppan Social Innovation News Vol.08

Written by Hidemasa Bono in misc on 水 02 9月 2020.

Interview バイオ×デジタル

初のbonohulab紹介記事「バイオとデジタルの融合 バイオインフォマティクス」を、凸版印刷さんが出されているソーシャルイノベーションニュースという冊子の特集「ゲノム編集とデジタル技術が拓く未来」で出していただきました。 取材自体は写真撮影と90分ぐらいのインタビューの二回に分けて、後者はリモートでのオンラインで。

私がこれまでやってきたこと、その上でbonohulabでこれからやっていこうとしていることが客観的にまとめられています。 是非ご一読ください。

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VariantRecipe dispatch

Written by Hidemasa Bono in RecipeBook on 火 01 9月 2020.

バリアントレシピ本第一報

2019年末より企画を開始して、多くの達人たちに依頼してきたバリアントデータ解析のレシピが詰まった本が「バリアントデータ検索&活用〜変異・多型情報を使いこなす達人レシピ」として今月(2020年9月)末に発売開始されることが決まった。 略称は、編者的には「バリアントレシピ本」とするつもり。

目次は出版社のページに出ています。

すでにAmazonにも出ていたので、取り急ぎここ(ぼうのブログ)にも書いておく。 なお、この本のtwitterのハッシュタグは #VariantRecipe この本に関わるtweetはこのハッシュタグを是非。

バリアントレシピ本

経験上、(amazonでの購入の場合)早く読みたい場合は予約はお早めに。詳報は後日。

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August2020

Written by Hidemasa Bono in misc on 月 31 8月 2020.

2020年8月を振り返って

ひき続き予算獲得のための諸々と10月からのバイオインフォマティクスの授業準備がメインの毎日。 中旬は世間は夏休みだったが、体のメンテナンスのため有給休暇を(転職後初めて)1日いただいた他は、カレンダー通りに動いた。 そして、今月上旬に出していた広島県商工労働局による令和2年度 ものづくり価値創出支援事業 未来ニーズ探索型F/S研究開発補助金に提案課題「バイオ×デジタルトランスフォーメーション(BioDX)を加速するデータ解析基盤技術の開発」を採択していただいた。 これで、ついにいわゆる「ウェット」な研究を開始できる。 本当、感謝しかない。

今月(2020年8月)は論文発表等なし。 色々出したからか、査読の依頼はまた来るようになり、まともそうなところだけ受けるように。 だいぶ以前のように戻ってきた感じがする。

しかし、結局今月も、転職後5ヶ月経ったものの、外泊を伴う出張はまだない。 10月の学会はシンポジウムでの発表に選んでもらったが、ハイブリッド開催で多くの人と再会できる感じもなく。 まだまだ元には戻ってはいない。 いつまでこの状況が続くのだろうか。

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100nin ronbun Higashi-Hiroshima the 2nd

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 28 8月 2020.

第2回東広島100人論文

東広島市産学金官連携推進協議会、広島大学学術・社会連携室によるイベント。 そのウェブサイトによる説明は以下の通り。

本イベントは、2015年から京都大学で「あなたの不得意は誰かの得意。そして逆に、あなたの得意は誰かの不得意。」として毎年開催されている学際的研究を創出するイベント「学内良縁プロジェクト 京大100人論文」を、広島大学と東広島市産学金官連携推進協議会の共催で行うものです。研究者(博士課程後期の大学院生含む)や企業の方に、オンラインでの交流の場を提供することを目的としています。

異動してきたばかりの私にはうってつけということで、「研究・事業紹介者として」エントリした。

この1週間でコメントはつかなかったが、いくつかコンタクトがあったり、こちらからしてみたり。 詳しく話を聞くフェーズにまでいった案件もあり。 とても良い交流の機会でした。 関係者の皆様、準備おつかれさまでした。

学内掲示板のみならず、メールによる配信や紙媒体で参加を呼びかけるチラシまで配られていた割には参加者が少なかった。 普段からすでにしていて不要なのか、異分野交流に興味がないのか、日常業務が激務すぎるのか。 今年に関しては、授業準備がオンライン対応で大変になっており、最後の可能性が高い気がするが。

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Genome Editing Webinar

Written by Hidemasa Bono in misc on 木 27 8月 2020.

ゲノム編集のウェビナー参加

広島大学大学院統合生命科学研究科山本先生と佐久間先生によるゲノム編集に関するウェビナーに参加。 羊土社とメルクが主催ということで、2019年12月に出たゲノム編集実験スタンダードの宣伝が前面に出るのかと思っていたが、それだけでもなく。

他の出版された本からの図や先日出版された「ゲノム編集とはなにか」の話とかもあったりで。 むしろ、ウェビナーで配信して著作権的に大丈夫なんだろうかと思ったりもしたが。

内容としては、ウェビナーに参加することで大変勉強になった。 これまで本を読んでゲノム編集に関することを勉強してきたが、まだまだ抜けている知識は多数あるなあと。 実際の実験手法に関しては特に。 「六十の手習い」ということばもあるぐらい。

学ぶのに遅すぎることはない(It's never too late to learn)

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Private trip to Tokyo

Written by Hidemasa Bono in misc on 水 26 8月 2020.

東京往還

通院で、約半年ぶりに東京というか関東へ。 前日の仕事終わってから飛んで宿泊という一泊二日のコース。 大手町の某有名チェーンのホテルが4,030円とか、あり得ない値段。

n=1の印象でしかないが、空港からの移動で感じたことは、前の同じ時間帯より人は減った感じだが、それでも思ったよりは人が多い印象。 翌朝も通勤ラッシュが怖かったので、皇居伝いに徒歩で移動するなど。 ラッシュ時間帯を避けて地下鉄も乗ってみたが、まあこれまでと変わらない印象。

でも、東京と地方を移動する人は少ないのか、予約していたフライトはキャンセルになって、2時間後の最終便になるなど。 ただ、そのおかげで急にやってきた書類仕事に余裕を持って対応することができたのは怪我の功名か?

それにしても、元に戻るのはいつごろになるのだろうか。 以前のように自由に出張できるように早くなって欲しい。

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Yukari Flavored Seaweed

Written by Hidemasa Bono in misc on 日 23 8月 2020.

ゆかり®味のり

朝食のご飯のともにいろいろな味付海苔を試してきたが、結果としてやま磯というローカルな味付海苔メーカーの朝めし海苔に落ち着こうとしている。 そのやま磯が出しているラインナップにゆかり®味のりカップRという味のりを見つけた。 商品説明に曰く、

口どけのよい海苔に三島食品の人気商品「ゆかり」を使った調味だれで味付けし、美味しくさわやかな赤しそ風味の味付海苔に仕上げました。

でも、ゆかり®をふりかけたご飯に味付海苔で食べたら同じだろう、そんなふうに思っていた。 一度騙されたと思って、このゆかり®味のりを買って、食べてみたところ…。

味のりにゆかり®が仕込まれてて、また別のうまさが! とてもうまいので、是非リピートしたいところだが、課題はコストパフォーマンスかな。 もちろん通販でも売っていますが、こちらのスーパーでは1個から売ってますので来られた際にはぜひ探して買っていただいてご賞味ください。

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Consecutive Losses

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 22 8月 2020.

連敗中

野球の話じゃなくて、自分のこと。 なかなかにむづかしい、研究費獲得。

もちろん現職は卓越大学院の教育が本務なので必須でないといえばそうなのだが。 研究活動を進めるには、それをやれるだけの原資がないことにはどうしようもない。 引き続き、がんばっていこう。

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Towards togofarm reloaded

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 21 8月 2020.

統合牧場復活に向けて

人材育成の話の流れから、いつもこの話になる。 そう、「統合牧場 (togofarm)」を現職場でやろうという。 しかしながら、現在の「withコロナ」の状況では公にそういう企画には走れない。 統合牧場とは、2007年にライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)ができた時からやっていた大学院生(Research Assistant: 略してRA)による組織である。 RAさんは、OJT(On-the-Job Training、オン・ザ・ジョブ・トレーニング)方式で、動画でDBやウェブツールを紹介する統合TVのコンテンツ作成や(当時その黎明期だった)NGSデータ解析、生命科学分野の日本語文献やPubMedのfulltextを使ったテキストマイニングなどを行っていた。 詳しくは以下の動画などを。

この動画は、2014年2月24日に開催した第5回統合牧場収穫祭で「統合牧場とは何だったのか?」と題して移転してなくなる直前に統合牧場に関して総括した発表で、その月末にそれまでの東大本郷キャンパスから統合牧場移転となった。

それから6年経って、大学の教員に転職して、また統合牧場的な活動をやろうとしたら、学生さんにラボに来てもらってというようなことができない状況で。 当初は、統合TV作成に興味のある生命科学系の学生さんを呼び込んで、動画作成などのアルバイトから始めようと思っていたのだが …

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Genome Editing Bluebacks published

Written by Hidemasa Bono in misc on 木 20 8月 2020.

「ゲノム編集とはなにか」出版

講談社ブルーバックスから広島大学大学院統合生命科学研究科 山本卓教授による「ゲノム編集とはなにか」が本日2020年8月20日に出版。

まだ入手してないので、ゲットしたら加筆の予定。

(2020年8月28日加筆) 読了。全体的にわかりやすくまとまっていた。 DBCLS時代に一部かかわった、CRISPR-Cas9のガイドRNA設計ツールCRISPRdirectについても図5-1で触れられており。 しかしながら、部分的には難しいところもあるんじゃないかと。 ある程度は知っているつもりだった私も、読み流すことができずにじっくり読んで理解しないといけない部分もいくつかあった。 逆にいうと、ゲノム編集に対する知識の補完をすることがことができ、非常に勉強になった。 ゲノム編集技術のCOVID-19に対する応用への期待まで触れて書かれている一般向けの文書って現状ないだろうから、是非読むべき。

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Guide Book for Laboratory Life

Written by Hidemasa Bono in misc on 水 19 8月 2020.

理系のアナタが知っておきたいラボ生活の中身〜バイオ系の歩き方

研究室生活(ラボライフ)を説明するのにいいリファレンスはないかと探したら、やはりあった。

自分のラボに毎年入ってくる学部4年生に読んでもらう文書を書籍化されたのがこの本らしい。 今から8年前の2012年の出版でちょっと古くなってしまっている部分はもちろんあるものの、 「研究室とは」や「研究室生活のマナー」など最低限知っておいて欲しいことが書いてあるので、 研究室にきた学生に一読しておいてもらうにはうってつけの内容。

これでうちに学部学生が入ってきても安心。 問題はその予定が今のところないことだが。

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HU Online Open Campus 2020

Written by Hidemasa Bono in misc on 月 17 8月 2020.

広島大学オンラインオープンキャンパス2020

Withコロナの状況でのオンラインオープンキャンパスが今週(2020/08/17-23)開催されている。

https://open.campus.hiroshima-u.ac.jp/

からアクセス可能。

ちなみにゲノム編集イノベーションセンターは物理的にはこのマップの外に位置するのだが、マップ中の「理」、つまり理学部からアクセス可能。

是非ご覧ください。

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Data Visualization Design Book

Written by Hidemasa Bono in misc on 日 16 8月 2020.

データ視覚化のデザイン

データ可視化関係で、データ視覚化のデザインという新刊があると聞いて、買ってみて読んでいる。

普段可視化する(グラフを作る)時に無意識のうちに心掛けていることが明示的に書かれていて、これから取り組む人にそれを教える時には便利だなと。 当方、デザインセンスがないので、第2章にある色の例とかが参考になる。 そういうわけで、色々役に立ちそうな一冊。

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Applied Entomology Textbook

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 15 8月 2020.

応用昆虫学の教科書

今年(2020年)に「応用昆虫学」の教科書が全面改訂されて出版されたということで、それを購入して勉強中。

前回の2016年の国際昆虫学会(International Congress of Entomology 2016)でお世話になった、今年度から摂南大学にうつられた石川先生が書かれているということもあり。 石川先生は、教科書を著されるような先生にもかかわらず、自らRNA-Seqデータ解析を手掛けられるなど、積極的に新しい技術を習得されようとしていたのを応用動物昆虫学会年会の小集会で教える側として見ており、逆に自分もそうして行かないといけないな、と。

It's never too late to learn.(学ぶのに遅すぎることはない)

もちろん、部分的に調べて知っている部分ももちろんあるのだが、全容を通して学んだことはなく。 知識不足はいろんな局面で痛感していたので、この機会に一通り学ぼう、と。

読み進めると、自分が「木を見て森を見ず」の状態であることを気づかされる。 まとまった教科書の素晴らしさを痛感、ありがたく使わせていただく。

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TransDecoder in Docker

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 08 8月 2020.

TransDecoderをDocker上で実行してみたが

Trinityがうまくいったので、その塩基配列をアミノ酸配列に変換するTransDecoderを。 BiocontainersのTransdecoderを使わせてもらう。

#!/bin/sh
docker run --rm -v `pwd`:`pwd` quay.io/biocontainers/transdecoder:5.5.0--pl526_2 TransDecoder.LongOrfs \
-t `pwd`/$1 --output_dir `pwd`/transdecoder_dir
docker run --rm -v `pwd`:`pwd` quay.io/biocontainers/transdecoder:5.5.0--pl526_2 TransDecoder.Predict \
-t `pwd`/$1 --output_dir `pwd`/transdecoder_dir

(Windows環境では …

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Trinity in Docker

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 07 8月 2020.

TrinityをDocker上で実行する

新しいマシン環境で de novo transcriptome assembly のためにTrinityを動かす必要が出てきた。 Trinityをインストールするには多数のツールを入れる必要がある。

まっさらな環境に一度入れるだけならそれでいいのだが、他のプログラムも入れて使う際に問題が起こる。 つまり、各種プログラムで必要とされるツールのバージョンの違いの問題である。 前にあったのは、HomebrewでインストールしたTrinityではsalmonを必要としているのだが、そのsalmonのバージョンは微妙に古くて、別の目的で使う最新バージョンのsalmonとカチってしまう。

そこで、メモリを多く積んだマシンをせっかく用意したのだし、Docker上で動かそうということで。 Trinityの公式ウェブサイトにはそのやり方が丁寧に書いてあるページ Run Trinity Using Docker があってその通りに

#!/bin/sh
docker run --rm -v `pwd`:`pwd` trinityrnaseq/trinityrnaseq Trinity \
  --seqType fq \
  --left `pwd`/sample1.left.fq.gz,`pwd`/sample2.left.fq.gz  \
  --right …

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August 6th at Hiroshima

Written by Hidemasa Bono in misc on 木 06 8月 2020.

広島で8月6日

実は広島県人クオーターな私は、小さな頃からこの8月6日という日にあったことを学校教育だけでなく、親類にも刷り込まれて生きてきた。 そういうこともあって、毎年8月には意識して過ごしてきたが、ついに広島にきてから初めての広島原爆の日を迎えた。 かといって、前のところみたいにサイレンが8時15分には鳴り響くわけでもなく、静かに黙祷を。 特に何事もなく1日が終わったが、それは今年がCOVID-19で特殊だったからかもしれない。 感染症の猛威が収まり、人が自由に行き交える日常に戻れるよう、祈念したい。

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Invasive Species Book

Written by Hidemasa Bono in misc on 水 05 8月 2020.

侵略! 外来いきもの図鑑

今の勤務先になって、以前よりも昆虫をはじめとする生き物に遭遇することが多くなり。 自分は、外来生物に関して知識がないことを痛感していたので、他の注文と同時にtwitterのタイムラインで見かけた侵略! 外来いきもの図鑑を購入。

副題が「もてあそばれた者たちの逆襲」と穏やかではないが、イラスト満載で楽しめる内容。 夏休みの課題図書として読む予定。

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The Handbook of Cicadas

Written by Hidemasa Bono in misc on 月 03 8月 2020.

セミハンドブック

2020年4月からの勤務地は、梅雨の最中からヒグラシが夕方に大合唱。 セミの鳴き声を聴く機会が以前にも増して多くなった気がする。 そこで、少し詳しくなろうということで、Twitterを検索してみたところ、とても詳しい方が学内にいらっしゃることを知って。 しかも生物系の学科の方ではなく、数学系の先生の模様。 その方が出されたセミハンドブックを生協に注文したところ、ちょっと時間がかかったが、セミの最盛期には間に合った。

新書サイズで、それほど分厚くない本であるが、オールカラーで普通にセミの図鑑として楽しめる。 成虫だけでなく、抜け殻までどの種かわかるような「検索表」まで載ってて、素晴らしい。 鳴き声のデータへのQRコードがそれぞれのセミに対してあるなど、素晴らしい研究成果がまとめられている本。 これからのセミ観賞がますます楽しくなりそう。

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July2020

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 31 7月 2020.

2020年7月を振り返って

ひき続き予算獲得のための諸々がメインの毎日だが、共同研究者の来訪が相次いだ7月だった。 ようやく、この7月になって外部資金も一つ獲得できた

そして、6月は一本も論文発表がなかったが、7月に入ってからは合計3つの論文を公表した。

  1. FANTOM6国際共同研究論文 (査読あり)https://doi.org/10.1101/gr.254219.119
  2. ハダカデバネズミの老化細胞死論文(プレプリント) https://doi.org/10.1101/2020.07.02.155903
  3. BioHackathon-Europe 2019でのTogoEx活動報告論文 (プレプリント) https://doi.org/10.37044/osf.io/esrc9

また、10月のバイオインフォマティクス講義に向けて、資料作成のためにVScodeにMarp拡張を仕込んだり、今月届いたThinkPadにWindows Subsystems for …

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How to retrieve online information that helps you with genetic testing 2nd edition

Written by Hidemasa Bono in misc on 木 30 7月 2020.

遺伝子関連Web情報検索本第2版

医療に役立つ 遺伝子関連Web情報検索 第2版が出版。 実は、事前にご恵送いただいていた。 より多くの人に遺伝子関連の情報を利用してもらうには裾野を広げる必要があり、そこにフォーカスした本という印象。 超初学者向けにとても良い内容だと思う。

4年前の2016年に初版が出ていた本の第2版で、学会会場でもよく売れていた印象がある本。 前半よりも情報量が増えて、よりインターネット上の遺伝子関連情報を使いこなすガイドとして充実している。 とくに、第6章「遺伝学的検査の報告書と結果の解釈および資格について」は、他書にない本書の特長で、参考になった。

統合TVもp120に「その他の有用なデータベース一覧」に紹介されているが、その存在が描かれているだけ。 この本で紹介している有用なDBのほとんど全てに統合TVの使い方動画があり、それぞれに個別にDOIが付与されている。 なので、各DBは統合TV動画のDOI付きで紹介していただければ、なお初学者にフレンドリーでよかったのではないかと。

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Functional annotation of human long noncoding RNAs via molecular phenotyping

Written by Hidemasa Bono in papers on 月 27 7月 2020.

FANTOM6論文公開

2020年7月27日、Genome ResearchFANTOM6 の最初の論文が公開された。

Functional Annotation of Human Long Non-Coding RNAs via Molecular Phenotyping https://doi.org/10.1101/gr.254219.119

論文の内容に関しては理化学研究所のプレスリリースに詳細があるので、そちらを。 このFANTOMという名前は、ちょうど20年前(2000年)に(のちにFANTOM1と呼ばれる)マウスのcDNA機能アノテーションミーティングに向けて我々が開発していた機能予測プログラムの名前だったのだが、それが今も引き続き使われているものである。

個人的には、Genome Research に名前の入った論文が出るのは2003年の FANTOM2 特集号以来で、なんと17年ぶり。 これまでに出した論文の数でいうと一番それが多い雑誌(今回のを含めて14本)がこの …

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WSL2 installed

Written by Hidemasa Bono in misc on 水 22 7月 2020.

WSL2 のインストール

先週届いた ThinkPad P15s に、Windows Subsystem for Linux 2 (WSL2)のインストールをついに完了。

実は、届いてすぐにqiitaの記事「WSL2導入|WinアップデートからWSL2を既定にするまでのスクショ」を参考にインストールを試みたのだが、Windows 10の「バージョン 2004」がインストールできず。 そのまま、放置していたのだが、今日また新たにWindows updateが来ていたので、もしや、と思い再度チャレンジ。

BIOSの設定で仮想化に関わる部分がオフになっていたようで、そこをオンに切り替える必要があったが、それ以外はほぼ上記の記事にある通り。 最終的にUbuntu 20.04 LTSが利用可能に。 試しに、blastnとうってEnterすると、 Command 'blastn' not found, but can be installed with:

sudo apt …

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iconv

Written by Hidemasa Bono in misc on 水 15 7月 2020.

iconv

TIBCO Spotfireで出力したデータそのもののテキストファイルはそのままではlessで見るとテキストなのに文字化け。 なのにvimで開くとバッチリ見える。 それはUTF-16になっているからのようで、普通にテキストファイルとして処理するためには、UTF-8に変換する必要がある。

そこで、今回はiconvコマンドを使って変換することにした。

% iconv -f utf16 hoge.txt > fuga.txt

ってな具合に。

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TogoEx report in BH19 Europe

Written by Hidemasa Bono in papers on 月 13 7月 2020.

TogoEx report in the BioHackathon Europe 2019

昨年(2019年)の秋に参加したBiohackathon Europe 2019 での TogoExグループの報告が2020年7月13日、BioHackrXivにプレプリントとして公開された。

TogoEx: the integration of gene expression data https://doi.org/10.37044/osf.io/esrc9

レポート自体は年末に言われて年始には出したのだが、色々とダメ出しをくらって、共著者の粕川さんにも多大なるご助力をいただいて、ようやくの公開。 ある意味マイルストーン的な報告であり、特に何か新しい仕組みができたわけではなく。

今後の研究開発の一つの方向性として、この研究も引き続きやっていくつもりであるが、論文中に切実に書いてあるように、それを一緒にやる人材を集めていかねば。 引き続き、頑張ろう!

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Kamotsuru plum wine

Written by Hidemasa Bono in misc on 日 12 7月 2020.

賀茂鶴 純米酒仕込 梅酒

今月(2020年7月)から移動解禁になったところも多く、東広島に来てくれたお客さんを西条酒蔵通りに案内する機会が増加。 狭いエリアに実に7つの酒蔵が「密」に存在していて、十分歩いて回れる。 じっくり見て聞いても半日もあれば回れる感じです。

それらの酒蔵の中でも賀茂鶴さんは、オバマ大統領が来日された際に安倍首相と東京・銀座のすし店「すきやばし次郎」での会食で飲まれた日本酒がそこのだったと、いうことでかつて話題になった酒蔵。

米 オバマ大統領と安倍首相会食の席に、大吟醸特製ゴールド賀茂鶴

また賀茂鶴さんは、見学スペースも広く、駅からも近い。 それゆえに、「仕込み」のブログエントリにもあるように、定番の立ち寄り場所となっており。 その時に自分も買ってみたのが、この賀茂鶴さんの純米酒仕込 梅酒

酒蔵の方に、ロックでどうぞ、と勧められたのでその通りにしてみると…とても美味い。 私にとって、自信を持って東広島に来てくれたお客さんにお勧めできる逸品となりました。

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dashidouraku

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 11 7月 2020.

出汁醤油道楽

kikkomanというとアメリカでは醤油が出て来るほど、醤油はキッコーマンが一番メジャーだというのはもちろん知っているが、日本各地で地域特色を生かした醤油が作られている。 この年度頭(2020年4月)からお世話になっている地域でもその例外でなかった。 こちらでは、江田島市の二反田醤油のだし道楽が有名らしい。

なんと、駅前に「だし」の自動販売機が設置されているほど(実は全国各地に設置されている)。

郷に入っては郷に従う、ということで、まずこのシリーズのうち「昆布入り」から入門。 この「昆布入り」は、Amazonには今出てないようだが、メーカーのオンラインショップで売っている模様。 卵かけご飯や豆腐にかけるほか、自炊の料理にも使ったりして、結局3ヶ月ちょっとで使い切った。

そこで次に、ということになって調べたところ、やはり江田島市の濱口醤油というところが「いりこの白だし」を出していて、こちらは近所のスーパーでも売っていた。

ということで、今回はこちらにチャレンジ開始! 本当、言葉通り、出汁道楽。

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Powerjc

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 10 7月 2020.

タワー式電源タップ

7月になって来客が増えて来た。 その度にお客さんから「これは何?」と言われるのが、このタワー式電源タップ。

USBポートの給電も直接できて、アダプタいらず。 左のPowerjcを自分のデスク用に、右の取手付きのそれを会議用長机において使用中。 待機電力を減らすためにスイッチも多く、給電されないと最初は戸惑う方も多いが、なれると便利に使っていただいている模様。

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ROIS-DS-JOINT 2020

Written by Hidemasa Bono in misc on 木 09 7月 2020.

ROIS-DS-JOINT 2020 採択

ROIS-DS-JOINT 2020に研究代表者として提案した研究課題「ゲノム編集データ解析のための公共データの統合化ワークフローの開発」が採択

情報・システム研究機構 データサイエンス共同利用基盤施設(ROIS-DS)ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)で執行するタイプの予算ではあるが、2020年4月に移ってから研究代表者として出したグラントとしては初めて。

教育活動が本務の現在ではあるが、研究助成いただけるわけなので、そちらにも力を入れて頑張っていきたい。

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Return of the Marp

Written by Hidemasa Bono in misc on 水 08 7月 2020.

Marp再び

昨年ぐらいまではこのMarpをmarkdownエディタとして愛用してきた。 しかし、エディタ機能はディスコンということで、Visual Studio Code(VS Code)を使うようになり、現在もVS Codeでこの文章も書いている。

Qiitaで「【VS Code + Marp】Markdownから爆速・自由自在なデザインで、プレゼンスライドを作る」という記事を見て、ちょうど今からやろうとしていることに役立ちそうと思い、やってみた。 Marpはmarkdownからプレゼン資料を作成する部分に特化したツールになっており、その思想を理解(ようやく)。

その上で、上述の記事を見つつ、まずはMarp for VS CodeプラグインをVS Codeにインストールして使ってみるも、プレビューはされるが、PDFやPPTXには変換できない。 そこで、

  1. Node.js公式サイトからインストール
  2. marp-cliをインストール % npm install --save-dev @marp-team/marp-cli
  3. Google chromeをインストール
  4. 変換テスト % npx @marp-team/marp-cli …

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Genome Editing Bluebacks

Written by Hidemasa Bono in misc on 月 06 7月 2020.

ゲノム編集とはなにか

講談社ブルーバックスから広島大学大学院統合生命科学研究科 山本卓教授による「ゲノム編集とはなにか」が2020年8月20日に出版される、とAmazonに出ていたので、取り急ぎここ(ぼうのブログ)に書いておく。

Amazonの書籍説明によると

本書では、ゲノム編集とはどんな技術なのか、既存の遺伝子組換え技術とはどんな違いがあるのかを、まず紐解いていく。本書を読めば、2012年に開発されたクリスパー・キャス9が、なぜノーベル賞を取る技術と考えられているのが理解できるだろう。さらに、応用分野でどのようなことが可能であるのか、あるいは既に技術が開発されているのか、具体例をあげながら解説していく。

とあって、大変楽しみ。

経験上、(amazonでの購入の場合)早く読みたい場合は予約はお早めに。

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Senescent cell death as an aging resistance mechanism in naked mole-rat

Written by Hidemasa Bono in papers on 土 04 7月 2020.

ハダカデバネズミの老化細胞死論文

Senescent cell death as an aging resistance mechanism in naked mole-rat https://doi.org/10.1101/2020.07.02.155903

2020年7月4日、プレプリントとして公開された。

自分がこの研究に関わり始めたのはちょうど5年前、2015年の7月だった。 その前の研究が一段落して次の研究テーマも、ということで。

当初はTopHat2で発現定量していたのだが、その過程でいろいろなツールが開発され、それらを知って試しての繰り返し。 また、リファレンス配列に関してもEnsemblのメインで維持されるようになり、その結果機能アノテーション情報も大変使いやすく。 この5年で、Alignment-freeのsalmonkallistoでも発現定量が実行できるレベルにまでリソースが整備されている状況になってきている。 もちろん、ヒトやマウスほどにアノテーション情報が充実しているわけではないのではあるが。

そして、それらのツールやデータベースを使いこなせる研究者を増やせたのが何よりもよかった。 彼らに教えることで得た気づきは、その5年のうちに出版した複数の生命科学データ解析に関わる本に反映されている。

そのおかげで、後半は優秀な生徒たちの手によってデータ解析がほぼこなせるようになり、研究が加速する原動力になった。 自分がやってしまうよりも …

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Important is real discussion

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 03 7月 2020.

重要なのは対面の議論

出張が解禁になって、訪問者が増えてきた。 その人たちとの議論がとても重要だと今更ながらに気がついた。 予定していた議論をリアルにやることの重要さはもちろんのこと、予期していなかった話の展開が起きて思いもよらなかったアイデアが浮かぶことがままあり。 これまで飢えていたのはこの種のインタラクションなんだろうなあと。 失ってみて初めて気づく、そういう事例かと。

先日、自宅用に購入したノートパソコンスタンドが便利すぎて、職場用にも買うなど。 ノートパソコンを高い位置で使うことが可能になり、目線が高く保てるのは体の健康にとって重要なことのようだ。

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June2020

Written by Hidemasa Bono in misc on 火 30 6月 2020.

2020年6月を振り返って

予算獲得のためにいろいろ考えたり、書き物したりの毎日だった6月。

リモート参加しようと思っていた今月のSPARQLthonであるSPARQLthon93には顔を出すことができず。

その一方で物流が再開し、Amazonの書籍もまた在庫があるようなってきた。 新しい職場の生協でも初めて本を発注し、買ってみるなど。 月末には人間ドックも無事受けることができた。

そして列島移動できるようになって、訪問客が来るようになったのはこの6月の救いの一つだった。 来月7月にはそれがさらに活発になる予定が入っている。前向きに頑張っていかねば。

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BoYata

Written by Hidemasa Bono in misc on 日 21 6月 2020.

ノートパソコンスタンド導入

MacBookProでの作業はもう長い間やっているものの、長時間同じ姿勢を取ってしまいがち。 そこで自然と、体勢を変えたりして体が固まらないようにしてきたものの、出張が激減してずっとそれを続けるのも困難になってきた。 ちょうどそんな時、とあるtwitterフォロワーさんが、自分が使っているノートパソコンスタンドについてtweetしてた。 それを見て、ポチッと。

届いて見た感じ、予想よりも重厚で、しっかりした作りになっている。 セットアップしてみると、机での高さが調整できて猫背になっていたのが伸びる感じで、いい。 ずっとその姿勢は多分無理なので、またしばらくしたら高さを変えて。 そんな感じで長めに集中力が維持できるんじゃないかと、期待してます。

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Fermentation mash

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 06 6月 2020.

仕込み

県外から初の来客。 そういうわけで、やはり初の街のご案内。 数ヶ月前にも自分が紹介される側で来たのだが、今度は逆の立場。 まだ来て3ヶ月目に入ったばかりではあるが、復活したばかりの賀茂鶴の見学室直売所へご案内。 復活早々だったからか、開店直後だったせいか、客は我々だけだった。

仕込み

仕込みの展示を見て、bonohulabは、まさにそのフェーズだなあと。 「見えないところ」でかき回している、そういう段階。 「おいしい酒」を作るために頑張っていきたい。

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May2020

Written by Hidemasa Bono in misc on 日 31 5月 2020.

2020年5月を振り返って

StayHomeで家に缶詰の大型連休はかなり久しぶりではないだろうか。 その前から在宅続きのため、より長く感じたのは私だけではなかろう。

前半は、初の担当分の大学院講義の準備。 これまでの対面講義と違い、生徒のいない講義である上に自分で収録ということで、実施もその準備も、結構大変だったことを白状する。 スライドも英語、英語での説明も必要ということで、内容的には少し薄くなってしまったが。

それと並行して、毎日のようにこれまでほとんどやってこなかった系のモノ書きの傍ら、引き続きラボのセットアップも継続。 ディスプレイ(FlexScan EV2785-UNBK)を購入。 USB-Cでのディスプレイ接続でMacBookProの給電もでき、机の上のケーブルが減らせる素晴らしいモデル。

FlexScan EV2785

そして、購入作業を進めてきたMacProも月末に納入され、準備万端となった!

また、今月のSPARQLthon92はみんな遠隔から参加ということで、一部参戦してAOEのupdateに取り組むなども。

運動不足解消のため始めたプランク30日チャレンジも無事やり遂げ、引き続き腹筋30日チャレンジ中。 Twitterで監視される中、今も続いている。

今月(2020年5月)に出た論文は、Nanoporeによるヒト腸内メタゲノム解析(プレプリント) https://doi.org/10.1101/2020.05.06 …

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First lecture without students

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 15 5月 2020.

生徒のいない初授業

大学に転職して1ヶ月半、ついに本日(2020/05/15)についに初授業。 「先端生命技術概論」という毎回違う先生が自分の専門分野に関して話すオムニバス講義の番が回ってきた。 普通にちゃらっと話するのは馴れてはいたものの、英語化やオンラインでも理解度が深まるように、などいろいろと対応すべきことがあって。 そして何より、正規の授業としてやるのは初というのも大きかったかと。

スタンバイOK

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Statistical Genetics Seminar Book

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 09 5月 2020.

ゼロから実践する遺伝統計学セミナー

異動する前に出版社の方からご恵贈いただいていたのだが、バタバタで見させてもらうのが遅くなってしまった。 阪大医学部の岡田随象先生による遺伝統計学の教科書。

2019年の秋に「第4回 ゲノムコホート研究における遺伝統計学」セミナーに講師として参加したのであるが、大変勉強になったのを記憶している。

そういうわけで、まだまだ遺伝統計学は知らないことも多く、大変楽しみな気持ちで読ませていただいた。

岡田先生が咀嚼された遺伝統計学の知識が丁寧に書かれていて、大変参考になる。 先生と以前に大阪であった日本癌学会学術集会の際に参加させていただいた懇親会で一度お会いしたことがあるせいだろうか、彼の語り口調で頭に知識が入ってくる感じがした。

コマンドで打つべきところでスペースが必要なところは「豆腐」と呼んでいる■(四角マーク)がDRY解析教本などと同じように採用されており。 コマンドの最後に改行マークを入れて、ここでreturnを押すのだと指示しているのは、なるほど、と。

それに加えて第5章に「プログラミング入門」とかあってどういうことが書いてあるのか、興味津々だったが、主にコマンドラインインターフェースでプログラムを動かすやり方について書かれていた。

第6章でRの使い方が割と厚めに書かれていて。 コマンドに対する逐次のコメントは、そのコマンドで何やっているかがよくわかり、初学者にはとてもありがたいんですよね。 これもRで困っている人にはきっと参考になることだろう。 ただ、実際に使ったRのバージョンを明記した方が良いのではないかと思ったのは、主たる研究分野が異なるが故かな?

ざっと読ませてもらっただけなので、これからもじっくり読みたいと思った。 私にとって、今後も参考にさせていただくこと待ちがないない本だろう。 主に一通り勉強してみたい、実際のデータを自分で解析してみたい、そういう人に最適な本かと。

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