朝起きるとbioRxivから連絡があって、先週末にアップした論文は新規でなく、以前に出してcloseされてしまったプレプリントのバージョンアップということでまとめていただいた。 そこで、その処理をすると程なく公開。 文字 …
本日2019年12月4日より、今年の日本分子生物学会年会（分生）。
今年も基本的には、バイオデータベース(BioDB)コーナーのNBDC/DBCLSの出展ブースに。 日本で生命 …
2019年は多くの日本語の本を出すこととなった。 まず年頭2月に、生命科学データ解析を支える情報技術(IT4BDA)を出版した。 システムエンジニア向け …
秋になって出張も多くなって、長らく月末の振り返りエントリがご無沙汰だった。 調べてみると7月以来で、四ヶ月ぶり。
2019年11月は中盤からずっと出張で、出 …
ついに2019年11月29日。 「RNA-Seqデータ解析 WETラボのための鉄板レシピ」（略称、RNAseqレシピ本）が発売開始。 amazonでの発売開始が同時でなく、2019年12月4日とあってtwitterでは反応は鈍いものの。
去年の分子生物学会年会で実質的に企画を始めて …
いよいよ来週末の2019年11月29日に「RNA-Seqデータ解析 WETラボのための鉄板レシピ」（以下、RNAseqレシピ本）が発売となる。
流通の関係で、Amazonでの発売はそれより遅くなるとのこと。 早く手に入れたい方 …
ようやく、朝起きるのが正常になった。 しかし、今日でBiohackathon Europe最終日。 Final wrap-upとして以下のまとめを。
やはり今日も、時差ボケでやはり朝早く起きてしまう。 このままボケたまま日本に帰れるか!?
まずは、昨日の続きで …
やはり今日も、時差ボケでやはり朝早く起きてしまう。 3日目にして初めて、gitterというメッセージングツールが使われていることを …
時差ボケでやはり朝早く起きてしまう。 感動的に美味い朝食のあと、午前9時からhack開始。
現在のさまざまな問題点をリストア …
パリ市内から会場のある郊外へ。 順調に乗り換えれると約1時間半のところ、途中で1時間の待ちぼうけをくらった。 最寄駅からは歩くのは非推奨だったよう …
Biohackathon Europe 2019に参加するため、今度はフランスシャルル・ド・ゴール空港(CDG)へ。 その移動時間、13時間余り。 パリは日本とは8時間の時差があるため、24+8 …
3日目の最終日には、奄美文化センターにて市民公開講座。 コホートに参加いただいた …
2日目の午前最後に自分の出番。 先日癌学会学術集会で紹介したツール群に加えて、NBDC/DBCLSの鉄板ツールを複数加えて紹介。 いつもの …
ゲノムコホート研究における遺伝統計学の朝は早い。 午前8時スタートいう気合の入りよう。 関係者 …
セミナー「第4回 ゲノムコホート研究における遺伝統計学」に「バイオデ …
Annotatho(n=Annotation+Marathon)もこれで3回目。 今回は、前回までの三島の遺伝研から場所を改めて、柏の葉キャンパス駅前のDBCLS柏にて …
本日（2019年11月11日）に「RNA-Seqデータ解析 WETラボのための鉄板レシピ」（以下、RNAseqレシピ本）の表紙イメージと章立てが出版社（羊土社）のウェブページとAmazonで公開された。 サムネールは準 …
RNA-Seqが遺伝子発現測定手法として使われるようになって久しい。 2016年には、実験医学別冊としてRNA-Seq実験ハンドブックが出版され、RNA-Seqを利用したさまざまな実験手法が日本語で紹介された。 私も「RNA-seqはこうして誕生したーそしてデータ再利用へ」と題したコラムを寄稿させていただき、著者の一人となっている …
言わずと知れた「次世代シークエンサー DRY解析教本」であるが、2015年9月の出版で色々と古くなっていた点も多く。 特にRNAseqのTopHat→Cufflinksによるデータ解析など、使われなく …
2018年末より企画を開始して、多くの達人たちに依頼してきたRNA-Seqデータ解析のレシピが詰まった本が「RNA-Seqデータ解析 WETラボのための鉄板レシピ」として今月(2019年11月)末に発売開始されることが決まった。
著者による略称は、「RNAseqレシピ本 …
分セーにあわせて今年も開催される「虫の会（本会）」の前座で話します（意訳：第42回日本分子生物学会年会で開かれる「虫の会（まじめ版）6：昆虫 …
約1年前の2019年9月に書いたブログエントリ、BioRxivとは何かがわりと見られているようだ。 そのせいか、第42回日本分子生物学会年会の学会企画、研究倫理委員会企画・研究倫理フォー …
第4回RDF講習会が2019年10月31日に開催。 これまでと異なり、今年は市ヶ谷駅に近いほうのJSTではなく、JST東京本部の地下会議室にて。 今年も参加して復習。
去年と比べて、さらに洗練さ …
21回目の今回も参加。
cwltoolが古いかも疑惑があり、 conda install -c conda-forge cwltool でconda-forgeからインストールし直し。
ただ、達人的にはpipやapt-getによるインストールが推奨らしい …
AOEのindexを作成するためにArrayExpressのメタデータだけをダウンロードして使っていたのが始まりだったが、DDBJとの協力関係の下、ArrayExpressのファイル全体をmirrorしてきた。
しかしながら、諸事情あってそれを止めることになったので、AOEの更新のために必要なメタデータだけ取得することに。 同梱されて …
東京農工大学大学院農学研究院生物生産科学部門 天竺桂弘子准 …
今日(2019/10/26)で日本癌学会学術総会の会場で売り始めてから1ヶ月。 その間、2019年10月17日につくばの農研機構でセミナーさせていただいたり、2019年10月20日に大阪梅田にて「生命科 …
2019年10月20日に大阪梅田にて「生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析実践道場」の読書会が開催された。
道場本のまえがきにも書い …
bonohu.jpのブログ、マシンが通電して再開。
台風19号による停電で約1週間ダウン。
停電は早々に直ったようだがうまく自動再起動せず、結局手動で起動。
2019年10月20日の道場本読書会にギリギリ間に合った。
微力ながら参画させていただいたカイコリファレンスト …
農研機構の生物機能利用研究部門にセミナーで呼ばれたので、つくばまで遠 …
去年はほぼ参加できなかったので、2年ぶりのJASPUG meeting。 160人ぐらい参加ということで、15年前ぐらいに始めた時と比べると人が格段に増えた。
分科会の盛り上がりは相変わらず。 GWAS Catalogのデータを再利用 …
今年で9回目。 だが相変わらず、作る側の報告会的な色合いが強く感じられる。 使う側に向け …
今回も参加。 話を聞いて、塩基配列のPSSMはオワコンかと思っていたが、復権するかもしれないかもと思ったり。 zatsu-cwl-generatorを動かして感銘を受けたり。
個 …
3日目の最終日の午前にようやく自分の発表が。 「公共データベースを活用したDRYながん研究入門 / Introduction to DRY-intensive cancer research that makes full use of public databases」と題して、入門的な話をさせていただいた。 癌研究 …
午前は、「モデル生物を用いたがん研究の最前線／Cutting edge of cancer research from model organisms」のシンポジウムに共同研究者の発表を聞きに …
2019年9月26日からの3日間、京都国際会館で開催された第78回日本癌学会学術総会に参加。 午前には、日本癌学会・日本医療情報学会 合同シンポジウム：がんゲノム医療 …
本日(2019年9月24日)、ついに出版社に印刷された「生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析実践道場」こと道場本が納品された …
「生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析実践道場」こと道場本がついに今週発売される。
Dr.Bonoの生命科学データ解析(Bono本)を出版した時にも書い …
前回のShizuoka.ngsとはまた別の貸し会議室＠静岡駅前で、Shizuoka.ngsもくもく会が開催された。
これまでのRNA-seqではなく、今回はメタゲノムデータ解析に用いられるQiime2のチュートリアルをみんなでやろうということで。 Oさんをはじめとして参加者によって、チュー …
14回目となったMishima.sykは7ヶ月ぶりに。 場所はいつものプラザヴェルデ4階の会議室にて。
今回は、ちょうど阪医Python会の3人が三島合宿にきていたということもあり、彼らにも話してもらう機会を得た。 彼ら …
「生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析実践道場」こと道場本の序文が出版社のウェブサイトの道場本のページより公開 …
半年前の春合宿に引き続き、 阪大医Python会の優秀なる2人の医学部生が、秋合宿と称して職場に来襲。 9/17-21までの5日間滞在。 ただし、最終日は職 …
2019年9月発表のApple Watchの新機種に血圧測定機能を期待していたのだが、それは付かなかった。 今月末で消費税も上がるので、失意の中、次な …
「生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析実践道場」こと道場本は本日いよいよ印刷に入った模様。 発売日は、2019年9月27日となっているが、2019年9月26日〜28日に京都国際会議場である第78回日本癌学会学術総会で …
今年のBiohackathonは福岡で開催。 日曜日の公開シンポジウムで始まり、続く月曜日から土曜日まで丸1週間ハッカソンといういつものスタイ …
2019年9月4日に、Amazon.co.jpで「生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析実践道場」こと道場本の表紙イメージが公開された。 サムネールは準備中の …
以前にも書いたように、「Dr. Bono の生命科学データ解析」ことBono本はこのぼうのブログを生命科学データ解析の …
今年(2019年)の年明けより書いていた原稿が「生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析実践道場」という名前の本になると正式決定。 著 …