19th Workflow Meetup 2
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 14 8月 2019.
お盆thon2日目
実は、昨日にもやっていたのだが、vscodeのlive shareを使って、会場にいない人とも共同作業。 今日は、CWLを書くところを、Dockerfileを書くところから live codingしていただいて大変参考になった。 しかもlive shareにaudioまで加わって、実際にやって …
19th Workflow Meetup 1
Written by Hidemasa Bono in misc on 火 13 8月 2019.
お盆thon1日目
15回目に参加して以来、workflow meetupは3回連続して参加。 前回の18回目は大阪出張(AJACSa6河内)と重なり不参加となったが。 19回目の今回は、お盆中に4日間連続の「お盆thon」。
今回の目標： RNA-seqデータの類似性検索 …
ROIS DS JOINT INSECT 3rd
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 09 8月 2019.
昆虫のゲノムデータベースとそれを活用したデータ解析3
ROIS-DS-JOINT共同研究集会として2017年度より始めた「昆虫のゲノムデータベースとそれを活用したデータ …
July2019
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 31 7月 2019.
2019年7月を振り返って
2019年7月は出張外泊多く、11泊にもなった。 前半は、国内版バイオハッカソンBH19.7で指宿、 後半は、統合データベース講習会AJACSa6河内などで大阪。 阪大医Python会の集まり …
AJACS advanced 6th done
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 27 7月 2019.
統合データベース講習会AJACSa6河内を終えて
大阪府枚方市の関西医科大学にて、2019年7月25-26日に開催した、中上級向け講習会AJACSadvanced(AJACSa)のAJACSa6河内が終了した。
salmonの実行だけなら30分ほどで終了してしまうセミナーとなってしまうところだが、RUNデータの取得やSRAからFASTQへのフォーマット変換、トリミ …
OUMed-python mokumoku kai
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 26 7月 2019.
阪医pythonもくもく会
2019年3月に三島合宿にきた阪医python会のyyoshiakiたちと、次に大阪に行った時には話する機会を作ろうと話していたのがきっかけで。
統合データベース講習会AJACSa6河内で …
BH19.7
Written by Hidemasa Bono in misc on 月 08 7月 2019.
国内版バイオハッカソンBH19.7
2019年7月8日〜12日まで、鹿児島県指宿市の国民休暇村で開かれた国内版バイオハッカソンBH19.7に参加。
前 …
MS-BIO2019
Written by Hidemasa Bono in misc on 日 07 7月 2019.
質量分析インフォマティクス研究会 2019年ハッカソン・プレ・ミーティング
2019年7月7日に、国内版バイオハッカソンBH19.7に先立って鹿児島県 …
AJACS 77th
Written by Hidemasa Bono in togotv18 on 金 05 7月 2019.
統合データベース講習会AJACS番町3
10年以上やっている統合データベース講習会AJACS。 元々はDBCLSが「統合データベースプロジェクト」の一環でやっていたデータベース講習会から始 …
12 years passed
Written by Hidemasa Bono in misc on 月 01 7月 2019.
DBCLS12年
この2019年7月で、2007年7月にDBCLSに移って一回り、すなわち12年が過ぎた。 昨年の今日のブログにも書いたことだが、 プロジェクトを開始した当時は、動画でDBを紹介することなん …
June2019
Written by Hidemasa Bono in misc on 日 30 6月 2019.
2019年6月を振り返って
前半は、5月から実行してきたメタ解析。 Dockerなスクリプトのikraを使ったわけだが、FASTQの取得を別でやったこともあって最初に書いたらそれで終わり、というわけにはいかなかった。 取得失敗するエント …
QuickLook
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 29 6月 2019.
less-less なファイル操作
ファイルシステムにあるファイル（多くはダウンロードしてきたファイルだが）の中身を確認す …
17th Workflow Meetup
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 28 6月 2019.
17th Workflow Meetup
15回目に参加して以来、3回連続。
今回は17回目。 CommandLineToolを単体で動かすところだけだが、Shizuoka.ngs#2で人に紹介したりして、なんとなくCWLの活動に貢献できてきたかなと。
さらに調子に乗って、CWLでsalmonを動かしてみるコンテンツを作るこ …
AJACS advanced 6th
Written by Hidemasa Bono in misc on 火 25 6月 2019.
統合データベース講習会AJACSa6河内
毎年やっている中上級向け講習会AJACSadvanced(AJACSa)を今年も開催。 今年は、大阪府枚方市の関西医科大 …
Shizuoka.ngs#2 done
Written by Hidemasa Bono in misc on 日 23 6月 2019.
Shizuoka.ngs#2に参加しての雑感
このブログの過去のエントリにも書いたように、Shizuoka.ngs#2が開催された。 場所は、前回の読書会と同じ貸し会議室 …
Running kallisto via CWL
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 22 6月 2019.
Common Workflow Language(CWL)を使ってkallistoを実行する
このエントリは、Shizuoka.ngs#2で行われたワークショップの上級者用コンテンツです。
Install pelican with markdown
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 21 6月 2019.
PelicanをMarkDown付きでinstall
condaの不具合から一度全部アンインストール。
そのため、このブログが更新できなくなってしまったので、再度pelicanをインストール。
単純にpelicanをcondaで入れればいいだけでなく、MarkDownも必要。
#!/bin/sh
conda install pelican
conda install MarkDown
Lecture on insect physiological chemistry
Written by Hidemasa Bono in misc on 火 11 6月 2019.
大学院講義 昆虫生理化学特論
東京農工大学農学府にて、大学院の集中講義として。
基本的には、Dr.Bonoの生命科学データ解析(Bono本)の内容に沿った …
IT for Biological Data Analysis 4months
Written by Hidemasa Bono in IT4BDA on 日 09 6月 2019.
生命科学データ解析を支える情報技術 発売4ヶ月
2019年2月9日に「生命科学データ解析を支える情報技術」（以下、IT4BDA）が発売されてから早 …
JSGEDIT 4th
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 05 6月 2019.
日本ゲノム編集学会第4回大会
東京（船堀）開催だったというのもあって、初めて参加。 有用物質生産や育種での応用を調査す …
May2019
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 31 5月 2019.
2019年5月を振り返って
前半は、4月から準備してきた、Cold Spring Harbor Meeting on Biology of the Genomes関係。 AOEの論文をプレプリントとしてbioRxivにアップロードしたり。 おかげで …
ikra revisted
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 22 5月 2019.
ikra再び
tximportで定量する部分を使わせてもらった、阪大医学部Python会のyyoshiaki氏によるikraであるが、また別プロジェクトで使わせてもらうことに。 Docker以外は特にデータ解析ソフトウェアをインストールしていない環境で手っ取り早くsalmonによる発現定量をしたかったため …
Direct search links added
Written by Hidemasa Bono in misc on 日 19 5月 2019.
直リンク追加
ここで説明したことがないから気づかれてないかもしれないが。 現在のレイアウトでは右カラムに並 …
AOE archived in LSDB archive
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 17 5月 2019.
AOE、生命科学系データベースアーカイブに
All of gene expression(AOE)のデータ（遺伝子発現データのメタデータのindex）が、生命科学系デ …
Always on SSL for AOE
Written by Hidemasa Bono in misc on 木 16 5月 2019.
AOEのHTTPS化
業界の多くのウェブページがHTTPS化する中、取り残されていた。 特に必要性を感じなかったからだが、やはり多くの人にそのサ …
Jet Lag in 2019
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 15 5月 2019.
時差ボケ
今回は13時間時差のあるところに5日間(4泊)だったのだが、やはり帰ってきても時差ボケに。 いつもなら帰ってきても欠かさずmelatonin投与してそれほどでもなかったのだが、今回はそれ …
Apple Watch Theater mode
Written by Hidemasa Bono in misc on 日 12 5月 2019.
Apple Watchのシアターモード
Apple Watchを普段から愛用している。
これまでApple Watchをつけて飛行機に長時間乗るとすぐに電池が消耗し、しかも飛行機によくついているUSBにApple Watch磁気充電ケーブルをさして充電しても全然充電が進まないどころか、むしろ電池が減るという事態に。
それをtweetしたところ、シアターモー …
The Biology of Genomes 2019 day5
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 11 5月 2019.
The Biology of Genomes 2019 day5
meeting最終日。 来た日には、5日間もあって長いなあと思っていたが、実際にはあっという間だった。
全体的な雑感としては、順調に女性参加者の割合が増え …
The Biology of Genomes 2019 day4
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 10 5月 2019.
The Biology of Genomes 2019 day4
「なんとかseq」はまだまだ増殖中、というのを再確認。 というか、手法の命名方法として多用されていて、それ …
The Biology of Genomes 2019 day3
Written by Hidemasa Bono in misc on 木 09 5月 2019.
The Biology of Genomes 2019 day3
Population Genomicsのセッションを聴いていて、ゲノムデータを使った研究の広がり、を感じた。 その使った研究がもっと増えていかねば。 もちろん …
The Biology of Genomes 2019 day2
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 08 5月 2019.
The Biology of Genomes 2019 day2
ポスター発表は会期中の2,3,4日目に、毎日日替わりで、発表者のLast Name、アルファベット順。 ということで、Bから始まる私は初日に。
2日目だとバッチリ日周期(circadian …
The Biology of Genomes 2019 day1
Written by Hidemasa Bono in misc on 火 07 5月 2019.
The Biology of Genomes 2019 day1
2019/5/7-11まで Cold Spring Harbor Laboratory (CSHL) で開かれている The Biology of Genomes に参加。 ミーティングの名前を変えながらも、この時期に毎 …
Docker setting for genomer
Written by Hidemasa Bono in misc on 月 06 5月 2019.
ゲノム解析者用Docker設定
Docker Desktop for macのおかげで、macOSでもDockerを使ってツールを起動することが簡単になった。 インストールの際にライブラリの依存性に悩まされることもなく、またバ …
completion of writing 2019
Written by Hidemasa Bono in misc on 日 05 5月 2019.
脱稿2019
年頭から書いてきたとある書き物を脱稿した。
#!/bin/bash
wc -m *.md
でカウントした文字数の合計は、212,364となった。
今回 …
AOE paper uploaded to BioRxiv
Written by Hidemasa Bono in papers on 土 04 5月 2019.
AOEの論文をBioRxivにアップロード
All of gene expression (AOE)の論文を次週からのCold Spring Harbor Laboratory (CSHL)での学会発表（ポスター発表）を前にBioRxivにアップロードした。
All of gene expression (AOE …
what is tilde
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 03 5月 2019.
チルダ
電子メールなどの文書には出てこないがUNIXコマンドラインで出てくる文字として、~がある。
読み方は、「にょろ」ではなく、「チルダ(tilde)」である。
かつてはウェブ …
what is backquote
Written by Hidemasa Bono in misc on 木 02 5月 2019.
バッククオート
クオート(quote)にはシングル(')とタブル(")があるのはよく知られているだろう。
実は、さらに第3のクオートが存在する。
それがバッ …
how to type backslash
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 01 5月 2019.
バックスラッシュを打つ設定
新学期でUNIXコマンドを使い始めた方も多いだろう。 その際によく受ける質問で最近気になっているのは、アルファベットや数 …
Exit Wordpress
Written by Hidemasa Bono in misc on 火 30 4月 2019.
過去のブログコンテンツの統合
休日ともなると余裕ができる。 一年前からの懸案である、WordPressで作りためたコンテンツの統合。 再開当時はWordPressのXMLからmarkdownへの移行ツールが見つけられなかったが、今ならどう …
April2019
Written by Hidemasa Bono in misc on 火 30 4月 2019.
2019年4月を振り返って
4月は絶望より始まった。 やるべきことをやるしかないという思いで「引きこもって進めた」結果、出張は比較的少なく、宿泊回数3泊。 そして、AOEの外堀 …
15th Workflow Meetup
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 24 4月 2019.
Workflow Meetup＠東京日本橋
同僚に教えられ、15th Workflow Meetupに初参加。 東京会場は、COREDO日本橋にある理化学研究所 東京連絡事務所（15階）だったのだが、そこも初という、初め …
Shizuoka.ngs#2
Written by Hidemasa Bono in misc on 日 21 4月 2019.
エンジニアのための生命科学データ勉強会＠静岡#2
昨年、生命科学ガチ初心でもできる！エンジニアのための生命科学 …
Beyond differentially expressed genes
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 19 4月 2019.
DEGノムコウ
発現差のあった遺伝子群のことをDifferentially Expressed Genes(DEG)と呼ぶのは、Allie的にもぶっちぎりのトップとなっている今日この頃。 そして、詳細ページを見ると2004年から文献中に登場して …
Hypoxia-inducible factors are not activated by isoflurane
Written by Hidemasa Bono in papers on 火 16 4月 2019.
共同研究論文が PLOS ONE に掲載
関西医科大学 広田 喜一 学長特命教授を中心とした研究グループによる共同研究論文 “Cancerous …
half time of my research life
Written by Hidemasa Bono in misc on 日 14 4月 2019.
研究人生の中間地点
大学院を出て働き出した2000年から今年2019年で、19年。 そして、65才まで働くとして（これは怪しいが）、あと19年。 今年は、そのちょうど中間地点の …
thanks to jupyter bon
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 13 4月 2019.
Jupyter本のサンプルコードのおかげで解決
諸事情あって、可視化をPythonでやろうとして、Jupyter notebookでグラフなどを出そうとしていた週末。 平日にはやらないような写経とかを楽しみながらも、どうやっても本にあるような …
AOE layer the 3rd
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 12 4月 2019.
AOEの外堀
SRAにRNA-seqとして登録されているものの、NCBI Gene Expression Omnibus(GEO)やEBI ArrayExpress(AE)といったいわゆる遺伝子発現データベースに登録されていないデータを抽出してAOEに突っ込んだ。 DDBJ Genomic …
4 years have passed
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 03 4月 2019.
あれから4年
前職で採用面接から立会い、プログラミングもできる分子生物学研究者（彼はスイッチヒッターと言って …
about
Written by Hidemasa Bono in about on 月 01 4月 2019.
本サイトに関して
本サイトにおいてGoogle社が提供するWebアクセス解析ツール（以下「Google アナリティクス」といいます。）を使用しています。 この際、アクセス情報が …
March2019
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 30 3月 2019.
2019年3月を振り返って
月初めからつくばまで行って農研機構 生物機能利用研究推進会議で登壇するなど、1月と2月の合計6泊よりも多い宿泊回数7泊の3月だった。
さらに、月初の阪大医学部Python会の2人の春合宿 …