annotathon2019

Written by Hidemasa Bono in misc on 火 12 11月 2019.

アノテーソン2019

Annotatho(n=Annotation+Marathon)もこれで3回目。 今回は、前回までの三島の遺伝研から場所を改めて、柏の葉キャンパス駅前のDBCLS柏にて …

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what is RNAseqRecipe

Written by Hidemasa Bono in RecipeBook on 土 09 11月 2019.

RNAseqレシピ本とは

RNA-Seqが遺伝子発現測定手法として使われるようになって久しい。 2016年には、実験医学別冊としてRNA-Seq実験ハンドブックが出版され、RNA-Seqを利用したさまざまな実験手法が日本語で紹介された。 私も「RNA-seqはこうして誕生したーそしてデータ再利用へ」と題したコラムを寄稿させていただき、著者の一人となっている …

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NGS_DAT2 dispatch

Written by Hidemasa Bono in NGS_DAT on 水 06 11月 2019.

次世代シークエンサーDRY解析教本 改訂第2版 第一報

言わずと知れた「次世代シークエンサー DRY解析教本」であるが、2015年9月の出版で色々と古くなっていた点も多く。 特にRNAseqのTopHat→Cufflinksによるデータ解析など、使われなく …

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RNAseqRecipe dispatch

Written by Hidemasa Bono in RecipeBook on 火 05 11月 2019.

RNAseqレシピ本第一報

2018年末より企画を開始して、多くの達人たちに依頼してきたRNA-Seqデータ解析のレシピが詰まった本が「RNA-Seqデータ解析 WETラボのための鉄板レシピ」として今月(2019年11月)末に発売開始されることが決まった。

著者による略称は、「RNAseqレシピ本 …

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4th RDF tutorial

Written by Hidemasa Bono in misc on 木 31 10月 2019.

第4回RDF講習会

第4回RDF講習会が2019年10月31日に開催。 これまでと異なり、今年は市ヶ谷駅に近いほうのJSTではなく、JST東京本部の地下会議室にて。 今年も参加して復習。

去年と比べて、さらに洗練さ …

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rsync hacks

Written by Hidemasa Bono in misc on 火 29 10月 2019.

必要な拡張子のファイルだけをrsync

AOEのindexを作成するためにArrayExpressのメタデータだけをダウンロードして使っていたのが始まりだったが、DDBJとの協力関係の下、ArrayExpressのファイル全体をmirrorしてきた

しかしながら、諸事情あってそれを止めることになったので、AOEの更新のために必要なメタデータだけ取得することに。 同梱されて …

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Japan Spotfire User Group Meeting 2019

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 11 10月 2019.

Japan Spotfire User Group Meeting 2019

去年はほぼ参加できなかったので、2年ぶりのJASPUG meeting。 160人ぐらい参加ということで、15年前ぐらいに始めた時と比べると人が格段に増えた。

分科会の盛り上がりは相変わらず。 GWAS Catalogのデータを再利用 …

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Symposium105 2019

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 05 10月 2019.

トーゴーの日シンポジウム2019

今年で9回目。 だが相変わらず、作る側の報告会的な色合いが強く感じられる。 使う側に向け …

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78th JCA day3

Written by Hidemasa Bono in togotv18 on 土 28 9月 2019.

第78回日本癌学会学術総会3日目

3日目の最終日の午前にようやく自分の発表が。 「公共データベースを活用したDRYながん研究入門 / Introduction to DRY-intensive cancer research that makes full use of public databases」と題して、入門的な話をさせていただいた。 癌研究 …

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78th JCA day2

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 27 9月 2019.

第78回日本癌学会学術総会2日目

午前は、「モデル生物を用いたがん研究の最前線/Cutting edge of cancer research from model organisms」のシンポジウムに共同研究者の発表を聞きに …

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78th JCA day1

Written by Hidemasa Bono in drbonodojo on 木 26 9月 2019.

第78回日本癌学会学術総会1日目

2019年9月26日からの3日間、京都国際会館で開催された第78回日本癌学会学術総会に参加。 午前には、日本癌学会・日本医療情報学会 合同シンポジウム:がんゲノム医療 …

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19th Workflow Meetup 4

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 16 8月 2019.

お盆thon最終日

最終日の4日目も昨日に引き続き、vscodeでlive shareしつつ。 audioをonにするとwrap-upまでshareできてしまうという。

その際話題になったのが、condaで入れたcwltoolはバージョンが古いということだったが、どうもbiocondaチャンネルのcwltoolのバージョンが最新でも2018年製のそれでの模様。 conda-forgeチャンネルのは2019年製のそれにアップデートしているようだった。 なので、cwltoolのインストールは conda install -c conda-forge cwltool で良いのでは …

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19th Workflow Meetup 2

Written by Hidemasa Bono in misc on 水 14 8月 2019.

お盆thon2日目

実は、昨日にもやっていたのだが、vscodeのlive shareを使って、会場にいない人とも共同作業。 今日は、CWLを書くところを、Dockerfileを書くところから live codingしていただいて大変参考になった。 しかもlive shareにaudioまで加わって、実際にやって …

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ROIS DS JOINT INSECT 3rd

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 09 8月 2019.

昆虫のゲノムデータベースとそれを活用したデータ解析3

ROIS-DS-JOINT共同研究集会として2017年度より始めた「昆虫のゲノムデータベースとそれを活用したデータ …

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AJACS advanced 6th done

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 27 7月 2019.

統合データベース講習会AJACSa6河内を終えて

大阪府枚方市の関西医科大学にて、2019年7月25-26日に開催した、中上級向け講習会AJACSadvanced(AJACSa)のAJACSa6河内が終了した。

salmonの実行だけなら30分ほどで終了してしまうセミナーとなってしまうところだが、RUNデータの取得やSRAからFASTQへのフォーマット変換、トリミ …

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AJACS 77th

Written by Hidemasa Bono in togotv18 on 金 05 7月 2019.

統合データベース講習会AJACS番町3

10年以上やっている統合データベース講習会AJACS。 元々はDBCLSが「統合データベースプロジェクト」の一環でやっていたデータベース講習会から始 …

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June2019

Written by Hidemasa Bono in misc on 日 30 6月 2019.

2019年6月を振り返って

前半は、5月から実行してきたメタ解析。 Dockerなスクリプトのikraを使ったわけだが、FASTQの取得を別でやったこともあって最初に書いたらそれで終わり、というわけにはいかなかった。 取得失敗するエント …

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QuickLook

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 29 6月 2019.

less-less なファイル操作

ファイルシステムにあるファイル(多くはダウンロードしてきたファイルだが)の中身を確認す …

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