MOVE book

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 01 6月 2018.

トップジャーナル395編の型で書く医学英語論文

research for the best cure™::blogで紹介されていたのを見て、5月の連休前に注文。しかし、結局、連休後に手にすることになったのだが。

トップジャーナル395編の型で書く医学英語論文という名前だけあって、論文をテキストデータとして分析してevidence basedに書かれていて興味深い。Intorduction, Method, Results, Discussionの4つのパートからさらに細分化して分類し、12のパーツに分けてそれぞれに関する特徴を解説している

例文の英文や頻度分析結果等は後でじっくり見るつもりで、一通りさらっと。意外にすぐに読めてしまった。書いてあることは論文をこれまで書いてきた身にとっては経験的に知り得ている内容ではあったが、頭の中が整理された。次回論文を書く際にきっと無意識のうちに参考となるのではないかと。分野は医学系とはいえ、論文を書くすべての人に参考となる内容。おすすめ。

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May2018

Written by Hidemasa Bono in misc on 木 31 5月 2018.

2018年5月を振り返って

4月とうって変わって、宿泊回数10日。そのうち、海外出張で6泊で、大型連休期間もあり、あまり職場に居ない月となってしまった。その海外出張に間に合わせる形で、先月拡張に力を入れたAOEの更新版を公開した。その結果AOEは、ArrayExpressとGene Expression Omnibusの両方の遺伝子発現目次となった。

DB利活用の広報活動的な外部講演は、5月は2件。昨年のBono本出版が影響してか、今年度は出だしから続いている。できるだけ 月1回ぐらいのペースで、と考えていたが、5月でいきなり破ってしまった。

その分、自分自身の公共DBを使いこなした研究が低調になってしまったのが反省材料。来月6月はここを特に頑張りたい。

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Shizuoka.ngs#1

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 04 5月 2018.

エンジニアのための生命科学データ解析の勉強会@静岡

拙著『Dr.Bonoの生命科学データ解析』を題材に、生命科学データ解析の初学者や学び直したい方向けに歴史と現在の状況を理解する読書会が2017年12月に静岡で開かれた。静岡で開かれたにもかかわらずわりと盛況だったが、生命科学バックグラウンドの人が多く、そのエリアのシステムエンジニアさんの参加はほとんどなかった。

drbonobon

そこで今回、生命科学ガチ初心でもできる!エンジニアのための生命科学データ解析の勉強会 Shizuoka.ngs#1が企画された。2018年6月30日(土)、場所は前回の読書会と同じ静岡駅前。RNAの発現量を配列カウント数から推定するRNA-seqデータ解析は、生命科学初心者にも取っ付きやすいのではないかということと、次世代シークエンサーDRY解析教本にもそのやり方が載っているが、より新しい方法が使われるようになっていることなどから今回題材にあげることとなった。

NGS_DAT

私は「エンジニアのための生命科学入門」と題して最初にお話させていただきます。生命科学データ解析に触れてみたいエンジニアの皆さん、是非ご参加下さい。 申込みはconnpassのShizuoka.ngs#1のページから。会の終了後、懇親会も予定されていますので、そちらも是非。

2018年6月6日追記

ハンズオンでやる内容の資料が事前に公開されました。connpassのShizuoka.ngs#1のページからもリンクされていますが、ここです

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drbonobon is a textbook

Written by Hidemasa Bono in drbonobon on 火 01 5月 2018.

「Dr.Bonoの生命科学データ解析」は教科書

半年ほど前にも前のブログでも書いたが2017年9月に上梓した本、Dr.Bonoの生命科学データ解析(通称Bono本)に関して、教科書として執筆した ということが伝わってないかもしれないことが、やはり気になっている。

drbonobon

教科書なので、自分なりに咀嚼して、行間を埋めていく必要があるのだ。じっくりと本を読むことで基礎から学んで貰いたいという想いがあったのだが、そうではない人もおそらくは多いのだろう。以前に清水厚志さんと監修という形で上梓した次世代シークエンサーDRY解析教本のような載っているコマンドをそのまま指示通りに打ち込んだら、それができるノウハウ本というか、生命科学分野でよく使われている プロトコール本を求められている のかもしれない。もちろん、そういう方面の展開も考えてはいる。

しかしながら、分子生物学のウェットな実験のように画一的な操作でできるものは、すでにプログラム化されてしまっているのがドライ解析の常。繰り返し同じコマンドで処理する必要は減っているのである。その代わりに、手がける研究によって必要なコマンドライン処理が 多様になってくる (数年前のNatureのCommentでは、Routinely uniqueと上手く表現されている)。そうなってくると、生身の研究者がやるべき操作は 書いてあるとおり ではいかなくなってくるわけである。そういったルーチンワークではないことをどうこなしていけばよいか?そこが今問われていて、その解法の1つが、じっくり腰を据えて教科書を読んで勉強しなおすことではないかと。

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April2018

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 28 4月 2018.

2018年4月を振り返って

年度始めとあって出張が極めて少なく、宿泊回数も2日。その分、本務先で仕事を大幅に進めることができた。

とくに、AOEの拡張にかなりの時間を割いた。NCBI GEOのデータでArrayExpressには入ってなかった分を含める一連の仕組みを作成し、来月(2018年5月)から公開する。今年度はさらにSRAの検索系とのシステム的な融合を含めて、より使いやすくしていく予定。

それ以外に公共DBを利活用してもらうための広報活動も、本務としての担当を外れて久しいが、相変わらず独自ルートでも。今月は、1件外部でのセミナーをさせてもらった。昨年のBono本出版の影響もあってか、今年度は依頼も複数件来ているが、できるだけ 月1回ぐらい のペースで続けられたらと。

もちろん、自分自身でも公共DBを使いこなした研究も、昨年度までの流れを受けて、今年度も続けてやっていくつもり。

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Seminar at NCC

Written by Hidemasa Bono in misc on 月 23 4月 2018.

セミナー@国立がん研究センター

今年度、初の外部出張で、国立がん研究センターにてセミナー。10年近く前に行ったことがあるから大丈夫、と思っていたが、入り口がわからず見事に迷った。

セミナーの内容は、統合データベースプロジェクトで作成維持してきたDBカタログ、DB横断検索、DBアーカイブにつづいて統合TV、Allie、inMeXes、新着論文レビューと領域融合レビューの紹介。その後は塩基配列DB、遺伝子発現DBと紹介してその応用事例としての低酸素トランスクリプトームのメタ解析について話した。60分で話すには盛りだくさんすぎたようで、最後はだいぶ端折ってしまったが。

セミナーの入りは4,50人ほどで、公共DB利用に対する関心が高いのか、多かった。旧知の方も参加しに来てくれたり。統合TV、新着論文レビューに対する認識度も高く、聴衆の約9割ほど。だが、途中で割って質問してくるようなことはなく、おとなしめ。それもあってか、淡々と話してしまった印象が演者としては残っていたものの。

終了後に新しいサービスを知れてよかったという意見があったと後日うかがい、やっぱりやってよかったな、と。まだまだ広報活動は必要だし、DBの維持同様、継続してやっていくべきことだと改めて実感。また別の研究所や大学に話に行きたい。お忙しい中お呼びいただき、ありがとうございました。

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ぼうのブログ resumed

Written by Hidemasa Bono in misc on 日 08 4月 2018.

ぼうのブログ再開

ぼうのブログを復活させました。古いコンテンツのインポートを試みていますが、今のところWordPressのXMLからmarkdownへの変換がうまくいかないので、古いコンテンツはぼうのブログ(Backup)から見れるように残してあります。

技術的なメモは、bonohu blogに(英語)。ぼうのブログ(ここ)は日本語での雑記がメインになる予定。

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HUB

Written by Hidemasa Bono in about on 土 20 1月 2018.

HUB

とは、Hidemasa U Bono のinitialである。middle initial 'U'は、以下のテーブルにあるように、「ゆう」を前に付けることで名前の4文字はすべて熟語になることに由来している(昔の友人から指摘されて気づく)。父親から聞いた話では、名前(秀雅)の方は実際にこれを狙って名付けたということである。

U english
ゆう ぼう encouraging
ゆう のう effective
excellent
elegant

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Genome Informatics 2017 day4

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 04 11月 2017.

Genome Informatics 2017 day4

カードキーがいきなり磁気が飛んで無反応になるやシャワーのお湯がなかなか温かくならない等、いろいろあったが、基本楽しめた。 とくにScientificには大満足。 このConferenceは一番自分に合っていることを再確認。

次回はイギリスで2018/9/17-20、次々回はCSHLで2019/11/6-9の予定とのこと。 できればまた自分で参加したい。

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Genome Informatics 2017 day3

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 03 11月 2017.

Genome Informatics 2017 day3

日本は祝日らしいが、こちらはとくに祝日でもないので、普通にセッションが朝から晩まで。

最初だけかと思っていたら、ずっとヒトに関する応用ばっかりで。 ポスター発表にはそれでもまだ植物系のものもあるのだが、ショウジョウバエやC.elegansのそれは皆無。 非モデル生物を主戦場とするようになってそこが気になるようになったのだろうか?

いくつか、新しい解析プログラムに関しても情報を得て、大変満足。 今後出て来るであろう、役立つリソースに関しても。 帰ったら早速試そう。

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Genome Informatics 2017 day2

Written by Hidemasa Bono in misc on 木 02 11月 2017.

Genome Informatics 2017 day2

twitterから得た、参加者らしき人のtweetによれば、229の発表があり、そのうち44が口頭発表で残り185がポスター発表とか。 参加者数は345とか。これもtwitter情報

発表者のLast nameのアルファベット順にポスター番号が振られ、口頭発表も含めて分け隔てなくsimpleにナンバリングされるのは相変わらず。 abstractのページ数がそのまま自分のポスター番号になっている。 上記の通り、総ポスター発表数が多く、会場が2つに別れたばかりか、会期中張りっぱなしでなく1日だけで、今日2日目が自分はポスター発表だった。 今回は多数ポスター発表を聞いてくれる方が来て、論文が出たタイミングの発表だったので、さまざまな質問にも明快に答えられた。 人が途切れたときには他のポスターを見て回る時間も取れて、個人的には満足。

夕方ぐらいまでは大丈夫だったが、結局時差ボケ辛くて早めに寝てしまった。 シエスタ必要だったかもだが、スケジュールが詰まっていて無理。 かつては緩いスケジュールが印象的だったCSHL meetingだったのだが。

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Genome Informatics 2017 day1

Written by Hidemasa Bono in misc on 水 01 11月 2017.

Genome Informatics 2017 day1

2017/11/1-4まで Cold Spring Harbor Laboratory (CSHL) で開かれている Genome Informaticsに参加。 隔年でCSHLとWellcome Genome Campusとで開かれていて、今年は米国で。 実は、第1回目に出ていて口頭発表しているという最古参。 しかしながら、ここ最近はわりと同僚の誰かがこのmeetingに出ていることが多く、自分自身が出るのは調べてみたら、なんと ~~6~~ 7年ぶりということで、かなり久しぶり。 そして、CSHLに来るのも3年ぶり。ガッツリ勉強してきたい。

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SPARC Japan 2017 2nd done

Written by Hidemasa Bono in misc on 月 30 10月 2017.

第2回SPARC Japan セミナー2017「プレプリントとオープンアクセス」無事終了

セミナー企画ワーキンググループメンバーの担当として企画から関わった第2回 SPARC Japan セミナー2017「プレプリントとオープンアクセス」が無事終了した。 企画自体は8月頭ぐらいから開始していたものの、大変申し訳無いことに本業の論文出版とプレスリリースや、なぜかこの季節に来てしまった講演クラスターと9月初旬のバイオハッカソン、そして私事ではあるが9月末のBono本の出版など、いつになく時間が取れず、結果として周りに迷惑をかけてしまった。 とくに一緒に企画に入っていただいた方お二人には本業もお忙しいところ多大なご助力をいただいた。 今後はこういった仕事を引き受ける際にはそういったことが重ならないよう、うまく調整する必要があることを今回学んだ。

今回司会は初めてで、至らないところだらけで運営には迷惑をかけてしまったかもしれない。 個人的には、セミナー自体はプレプリントに関する最新の情報を知ることができ、大変勉強になった。 総合討論は時間を持て余すのではないかと恐れていたが、結果として盛り上がったところで時間となってしまう感じで、とても良かったかと。 そしてなにより、その後の反省会で異分野交流ができたことが一番の成果だったかと。関係者の皆さん、お疲れさまでした。

しつこいようですが。 このSPARCは、こっちのSPARQLとは関係ありません。

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Japan Spotfire User Group Meeting 2017

Written by Hidemasa Bono in drbonobon on 金 20 10月 2017.

Japan Spotfire User Group Meeting 2017

実質アカデミックフリーになって、自分の共同研究者には便利なツールとして浸透しつつある。 その結果、この1年でSpotfireを使った研究成果を多数出すことができたので、それを紹介するという目的で参加のJASPUGM。 事例の紹介としては、先日のトーゴーの日2017でポスター発表した2つの事例を中心に紹介。

実は、先日上梓したBono本にもいくつかSpotfireで可視化した図があって、それも含めて紹介したら、予想したよりも時間がかかってしまった。

会場で聞いてくれた人にはあまり馴染みのないタイプのデータだったからか、質問もほぼ出ず、その後も発表の詳細に関しては訊かれることなく。 講演資料は各社持ち帰ってもらったので、一人でも多くの必要としている人の参考となることを期待して。

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SPARC Japan 2017 2nd

Written by Hidemasa Bono in misc on 月 16 10月 2017.

第2回SPARC Japan セミナー2017「プレプリントとオープンアクセス」

今年も、セミナー企画ワーキンググループに入ってやらせていただいているSPARC Japanの2017年のセミナー2回目が参加募集開始に。いろいろあって遅くなってしまったが、上々の集まり具合のようで。今回も同じ会場ではあるが机も入れて実施することになったため、定員が少なくなり、満員御礼が早くなっている模様。仮にあぶれたとしても動画中継も行われる予定なので、聞いていただくことはできるかと。

今回は昨年から世話係やるようになって初の司会を。うまくやれると良いのだが…。

念のため。このSPARCは、こっちのSPARQLとは関係ありません。

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Where did I write drbonobon

Written by Hidemasa Bono in drbonobon on 日 24 9月 2017.

Bono本はどこで書いていたか?

Google documentに直接書いていたことは前のエントリで書いたが、実際どこでBono本を書いていたか?その答えはシンプルで、家がほとんど、である。職場で、ではない。その方が仕事とそれ以外という頭のモードが切り替えられて都合が良かった。仕事に役立てるため生命科学データ解析を学ばれる方も多いと思うが、私にとっては仕事はあくまでDBを使いやすくすることであり、本を書くことは仕事ではない。本務専念義務がある特任研究員だからそこはテニュアの先生とは違うところであり、よく認識していただきたいポイントでもある。

章の内部の構成やどんなことを書くかといった構想は、家でウンウン唸っていてもなかなか思いつかないので、温泉インフォマティクス研究会を単独開催して。源泉から温泉が湧いてくるのにあやかって、発想も湧いてくるように。気分転換にもなってとてもよかったし、近場の日帰り温泉を発掘する良い機会ともなった。

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When did I write drbonobon

Written by Hidemasa Bono in drbonobon on 土 23 9月 2017.

いつBono本を書いていたか?

いつBono本書いていたのか?本が出るという話を知ったオフラインにあった方によく訊かれる。社交辞令かもしれないが、マジレスしている。「簡単に言えば仕事時間以外」と。

何かのタイミングで頭に湧いてきたことはmacOSの「メモ」でメモして、実際の作文は後で。3月末に一度督促いただいてからは寝る前の時間に書いていたこともあるが、多くは土日祝にまとめて。ちょうど5月頭の大型連休期間もあってそこを活用して書き上げたと言っても過言ではない。

本の長さは約200ページ、ということだったので、図表含めて1ページ約1,000(1k)文字として、約200k字を目標として。各章ごとに書いた文字数を計測してGoogle keepでメモとして目に触れるようにして自分を鼓舞したり。だいたい書き尽くしたかな、というところで、文字だけで約180kになって脱稿。もちろん、その後もボロボロ加筆があったけど。

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drbonobon for whom

Written by Hidemasa Bono in drbonobon on 金 22 9月 2017.

Bono本の想定読者とは?

Bono本の想定読者であるが、基本的には生命科学分野の大学院生やポスドクを想定している。とくに、出版社の名前を見ても分かる通り、医学系の大学院生をターゲットとして書いた。とはいえ、アッセンブルの話題もあり、医学系でない生命科学の諸分野の研究者の卵に広く読んでいただきたいと思っている。

具体的なソフトウェアの使い方等は書いていないので、プロの方が読んで直接的に役に立たないかもしれない。そういう人には、個別トリビアの塊のような生命科学データ解析に対して、頭の整理に寄与できればと思う。ただ、これまでぼうのブログでも書いてこなかった生命科学データ解析を俯瞰した構成で文書化に挑んだつもりなので。バイオインフォマティクスやゲノム配列解読の歴史を知ったり、自分が教える立場になったときに参考になれば幸いである。

生命科学系のデータ解析に興味があるが、生命科学以外のバックグラウンドの方も読者として想定している。多くの方にたくさんのオープンデータがある生命科学分野で、データ解析に関わってほしいからだ。しかしながら、データがオープンであっても生命科学は専門性が高くてとっつきにくい状況があって、その利用は進んでいるとは言い難い。日本のR界の出版王こと石田基広先生が書かれていらっしゃる本ほどの読みやすさには程遠いが、出来る限り言葉を補って書いたつもりではある。だが、それでもまだ読みづらいかもしれない。その場合は、まずはググって。このぼうのブログに情報があることが多くあるかと。それでもよくわからないことは、是非twitterでハッシュタグ #drbonobon をつけてつぶやいていただきたい。可能な限り、レスポンスしたいと思っている。

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How did I write drbonobon

Written by Hidemasa Bono in drbonobon on 木 21 9月 2017.

どうやってBono本を書いたか?

Bono本の著者は私1人であったが、編集者とのやり取りの即時性、ファイルでやり取りした際に原稿に複数のバージョンが生まれてしまうバージョニングの問題を鑑み、DRY解析教本のときのやり方を踏襲してクラウドを活用した原稿のグループ共有を実践した。また、本に使う図に関しても、同様にしてサイズの大きなファイルがメールで送れないなどの問題をクリアーした。

すなわち、Google Documentに直接原稿を書き、それに対してコメントを編集者側から入れてもらう方式である。電子メールでのファイル添付でやりとりすると、複数のファイルに独立に書き込んだりしてファイルのバージョン管理が問題になる。それを避けるために電子メールでのファイルでのやり取りは避け、Google Documentで一本化した。つまり、送るメールにはGoogle DocumentのURLだけを送ってそれを見て相手がレスポンスするという方式である。表はDocument中に作成し、図に関してはGoogle Driveでファイルを共有することで同様に。

もっとも版組する段階になったらそれは無理で電子メールでのやりとりになったが、3回ほど打合せで出版社に直接うかがった他はすべて電子メールでのやりとりで完結し、ついに音声電話を使うことはなかった。その電子メールのやりとりも短いショートメッセージのものが多く、実はslackを導入すればよかったんじゃないか、と後になって思ったほどである。

著者にとっては、書きかけの原稿を送ったりすることがなくて進捗状況をいちいち伝える必要がなく楽であったし、また逆に編集者にとっても著者がどれぐらい書いているかを相手にお伺いをたてることなくチェックできるメリットがある。

著者が複数いたりするとなおさら、というのは前回DRY解析教本のときに実証済みで、その結果お互いが牽制しあい、原稿が早く上がってきたし、なによりお互いの原稿に重複がなくなって非常によかった。次回があれば、またこの方式でやりたい、できればしばらく本を書くことはしたくないが。

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drbonobon chapters

Written by Hidemasa Bono in drbonobon on 水 20 9月 2017.

Bono本の章立て

Twitterでの反応を見ていると、思ったよりも多くの方にBono本を出すというtweetがfavられているようで嬉しい半面、過剰な期待を抱かせていないか心配になってきた。出版社の人の許可を得たので、章立てを紹介しておく。

物凄く単純で以下のような5章構成。

  1. 生命科学データ解析の歴史
  2. 生命科学分野の公共データベース
  3. データの形式とその取り扱い方
  4. 基本データ解析
  5. 実用データ解析

生命科学における、歴史、公共データベース、データ形式とその解析の基本編と実用編。ページ数的には、第1章の歴史が少ない他は、第3章のデータ形式がちょっと長いぐらいで、他はわりと均等なページ数となった。

もっと詳しく知りたい人向けに、もうちょっと詳しい目次を以下に。

第1章 生命科学データ解析の歴史
1.1 なぜ今、データ解析か?
1.2 バイオテクノロジーとデータ解析の歴史
第2章 生命科学分野の公共データベース
2.1 公共データベースとは?
2.2 データベース有償化問題
2.3 公共データベースのデータベース …

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Why drbonobon

Written by Hidemasa Bono in drbonobon on 火 19 9月 2017.

なぜBono本を書いたのか?

生命科学データ解析界隈で本が出ないなあと思っていたが、これは日本だけじゃなくて世界的にもそのようで翻訳すべき本が英語でさえも出ていない状況。生命科学のいろいろな分野の教科書は出版されるのに。

そんななか、東京で月一回のペースで開催されているみんなのPython勉強会に出た時に、Pythonによる機械学習入門をデータサイエンティスト養成読本に書かれた方から紹介してもらい、このシリーズを知った。こういったデータサイエンティスト養成読本の生命科学版があったらいいのに、と思ったことが本を書く原動力となった。

データサイエンティスト養成読本はこの機械学習入門編以外にもシリーズの一番最初に出版されたオリジナルのデータサイエンティスト養成読本の改訂第二版が出ている。

また、2017年になって出版された登竜門編は、データ分析環境構築やRStudioとJupyter Notebook、シェル(コマンドライン)の使い方といった生命科学データ解析にも十分役立つ内容となっている。

Bono本は生命科学系に特化した内容になっており、ここにあるような汎用のデータ分析の内容とは重ならないようにしたつもりなので、上記の本もぜひ参考に。

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what is drbonobon

Written by Hidemasa Bono in drbonobon on 日 17 9月 2017.

Bono本とは

簡単に言えば、ぼうのブログを生命科学データ解析の教科書としてまとめたものが、「Dr. Bono の生命科学データ解析」 こと、Bono本である。

コンテンツ、とくにコラム記事は、ぼうのブログのネタとして登場したものがもちろんある。とはいえ、すべてがこのブログにあるかというとNoである。教科書という形になるように、大幅に加筆した。しかしながらBono本は、ぼうのブログによく出てくるコマンドラインツールのtips的な内容ではなく、かつて翻訳した2005年に出版された「バイオインフォマティクス ゲノム配列から機能解析へ 第2版」の後継の教科書なのである。個人的には、2002年に出版された「初心者でもわかる!バイオインフォマティクス入門―やさしいUNIX操作から遺伝子・タンパク質解析まで」の2010年代版という思いも強く込めてあるつもりである。プロトコル本が必要とされている要請には、2015年に清水厚志さんと監修で出した「次世代シークエンサーDRY解析教本」がこたえてくれていると思う。

実は、今年(2017年)の元旦に書いたブログエントリの最後のパラグラフ、

文章を書くことをさらに習慣づけ、考えていることの情報発信を、twitter以外の手段で行っていきたい。

こそがこのBono本のことだった。その時点では企画としては通っていたものの、細かい章立てを練りつつ、コンテンツを空き時間を見つけては書いていた段階であった。先日出た論文のmajor revisionが重くて、なかなか思うようには進まなかったけれども。年度が変わったころそれも見通しがつき …

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RNA and I in 2005

Written by Hidemasa Bono in about on 土 01 10月 2005.

執筆は2005年

RNAと私の10年

私事で恐縮だが、私は今年(2005年)、大学院に入ってからちょうど丸10年を迎えて区切りの年を迎えている。つまり、本格的な研究生活10周年を迎えたわけである。これまで、人との出会い、コミュニケーションに支えられて、ようやく「研究」と呼ばれるようになったものをやれてこれたと思う。文部科学省ゲノムネットワークプロジェクトの第一回公開シンポジウムの懇親会で、塩見春彦先生にこの原稿を依頼されたときに頭によぎったのが、人のつながりと研究の広がりである。こうして私が書くことになったのも、メディカル・サイエンス・インターナショナルの編集者の藤川良子さんに昨年(2004年)の分子生物学会年会で塩見先生を御紹介戴いたからだし、その藤川さんともCold Spring Harbor Laboratoryのキオスクで見つけたBioinformaticsの教科書を翻訳する際の縁で知り合いになったからである。この機会にRNAと私の因縁を中心に私の研究半生を書かせていただこうと思う。

私は情報科学系出身のように思われることが多いが、実際には大学院に入る前の半年間、卒業研究で東京大学教養学部基礎科学科の深田吉孝先生(当時)の研究室で、ウシの脾臓からcDNAライブラリーを作成して、Gタンパク質のγサブユニットの新規サブタイプのクローニングを試みていた。当時私がやるとRNAの実験はうまくいかず、「手からRNaseがたくさんでているんとちゃうか?」と言われたものだった。結局、目的の「遺伝子取り」はうまくいかないまま、卒業となってしまったが。その私が、今はマイクロアレイの実験で普通にRNAを扱っているものだから不思議なものである。

学部時代に様々な学問の触りばかりを教えられる教育を受けた私は、これまでとは違ったアプローチで生物学を研究することに興味を持つようになっていった。そんなある日、同じ学部の永山国昭先生(当時 …

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