The First Business Trip 2021
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 21 7月 2021.
2021年度初出張
前回の2020年度初出張（にして唯一の出張）以来、実に7ヶ月ぶりの出張。 もちろん、20201度初の出張。 本来であれば、日本ゲノム編集学会第6回大会などの出張もあったは …
To Docker or Not to Docker
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 17 7月 2021.
Dockerを使うべきか、使わざるべきか
AlphaFoldの論文発表で、これをDockerで動かすというのがtwitterで話題になっていた。 Dockerで新規なツールを動かしてみることはだいぶ普及してきたのかなあ、と思う一方で意外にもそうでもないということを一連のtwitter timelineで知ったり。
思い起 …
Onsite discussion again
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 16 7月 2021.
オンラインでない議論も重要
共同研究者の方がいらしてくださり、オンサイトな議論。 オンラインで済むことも多い …
Isn't rainy season over?
Written by Hidemasa Bono in misc on 木 15 7月 2021.
梅雨明けしたはずだが
今年2021年、居る地域は7月13日に梅雨明けと宣言されたものの、その後2日続けて時折雷雨の天気。
よくあるように、すぐにかんかん照りの夏日とはならず、ある意 …
Effect of blackout
Written by Hidemasa Bono in misc on 月 12 7月 2021.
停電その後に
雷による職場の停電。 すぐに電気は復旧したものの、ネットワーク接続が30分ちょい復活せず。
また、自宅も停電したようで …
Lecture movie size generated by Zoom
Written by Hidemasa Bono in misc on 日 11 7月 2021.
Zoomで作成した講義動画のサイズ
私の講義動画作成方法で紹介したZoomを使ってひとりオンラインミーティングをして、それを動画として収録した動画はサイズが1680 x 1050となってて、変わったサイズだなあと …
Kakenhi 21
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 09 7月 2021.
16年ぶりの科研費研究代表者
令和３(2021)年度科学研究費助成事業（学術研究助成基金助成金）（挑戦的研究（開拓・萌芽））の交付内定の通知があり、萌芽 …
61st Summer School for Life Science
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 07 7月 2021.
第61回生命科学夏の学校
生化学若い研究者の会による第61回生命科学夏の学校が2021年8月27〜29日に愛媛県松山市にて開催される。
お待たせいたしました！
第61回生命科学夏の学校 開催と申込スタートのお知らせです！🌻
今年 …
BioDX website opened
Written by Hidemasa Bono in misc on 月 05 7月 2021.
バイオDXウェブサイト公開
広島から世界最先端のバイオエコノミー社会を実現するBio×Digital Transformation（バイオDX）産学共創拠点（JST 共創の場形成支 …
bonohulab layout updated 2021
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 02 7月 2021.
レイアウト変更2107
去年(2020年)の10月にデスクを2つもらい受けて入れてあったところからのレイアウト変更。
さらに +=3 して、結果としてデスクは5つに。
3ヶ月前までボッチラボだったのがウソのようだ。
そして、電源タップが実は足りないことに気づ …
ROIS-DS-JOINT 2021
Written by Hidemasa Bono in misc on 木 01 7月 2021.
ROIS-DS-JOINT 2021 採択
ROIS-DS-JOINT 2021に研究代表者として提案した研究課題「ゲノム編集データ解析のための公共データの統合化ワークフ …
June2021
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 30 6月 2021.
2021年6月を振り返って
先月に引き続き、緊急事態宣言が継続してなかなか外部との接触がない月だった。 このブログをホストしているサ …
A chromosome-level genome sequence of a model chrysanthemum: evolution and 1 reference for hexaploid cultivated chrysanthemum
Written by Hidemasa Bono in papers on 火 29 6月 2021.
モデルギクの染色体レベルのゲノム配列
6倍体栽培ギクのリファレンスとなる2倍体のモデルギクGojo-0 (Chrysanthemum seticuspe)の染色体レベルのゲノム配列の論文がbioRxivから公開された。
A chromosome-level genome sequence of a model chrysanthemum: evolution and 1 …
COVID-19 Vaccine 1st shot
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 26 6月 2021.
コロナウイルスワクチン注射1回目
職域接種が叶い、2021年6月26日(土)午後4時ごろに第1回目のコロナウイルスワクチン第1回目の注射をしていただきました。
1回目だん pic.twitter.com/rOCAk2z1eR
— トクニンティヌス (@bonohu) June 26, 2021
特にその場では …
Bioinformatics for Genome Editing
Written by Hidemasa Bono in misc on 木 24 6月 2021.
広島大学先端科学セミナー「“ゲノム編集”で未来社会を拓く」2021年度第1回目
年度が変わってすぐに卓越大学院プログラムでやって …
JSGEDIT 6th
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 18 6月 2021.
日本ゲノム編集学会第6回大会
オンサイトで福岡で開催の予定が、オンラインになってしまった。 去年、中止になってしまっ …
Polysulfide inhibits hypoxia-elicited hypoxia-inducible factor activation in a mitochondria-dependent manner
Written by Hidemasa Bono in papers on 日 13 6月 2021.
Polysulfide-HIF論文 published
関西医科大学の広田さんとの共同研究論文が出版。 Polysulfide（多硫化物）がミトコンドリアを介して低酸素における低酸 …
Kaiko transcriptomes paper published
Written by Hidemasa Bono in papers on 木 03 6月 2021.
カイコリファレンストランスクリプトーム論文出版
bioRxivに論文を公開してあったため、すでにデータは公開されていたカイコリファレンスト …
BioDX outreach movie
Written by Hidemasa Bono in misc on 火 01 6月 2021.
バイオDXの宣伝動画
約2ヶ月半前に取材していただいたBio×Digital Transformation (バイオDX)のアウトリーチ動画の編集作業が終わり、いつの間にか、公開されてた。 しかもYouTubeに。
共創の場 …
May2021
Written by Hidemasa Bono in misc on 月 31 5月 2021.
2021年5月を振り返って
これまでとは違って学生や研究員がラボに常駐しているので、彼らとの議論なども散発的にあって、一年前とは大 …
slipper with cleaner
Written by Hidemasa Bono in misc on 日 30 5月 2021.
おそうじスリッパ
自分用の家のスリッパがそろそろダメで買い換えようとしていた時に見つけたこれに。
掃除効果 …
sava can
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 28 5月 2021.
サヴァ缶
最近、このシリーズのレモンバジルパスタソースがお気に入り。 そこで、本家のサヴァ缶もということで。
缶詰 …
Press release for the 1st time
Written by Hidemasa Bono in misc on 火 25 5月 2021.
初めてのプレスリリース
今月（2021年5月）に出版された低酸素刺激の有無（低酸素vs常酸素）のトランスクリプトームデータとgene2pubmedの情 …
One good turn deserves another
Written by Hidemasa Bono in misc on 月 24 5月 2021.
データ公開は人のためならず
これまで自分が出してきた論文では、公共塩基配列データベース(DDBJ,Sequence Read Archive(SRA))や遺伝子 …
Magcup for the paper
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 22 5月 2021.
論文マグカップ
自分がcorresponding authorの、自ラボから出た論文が出始めた。 twitterでも話題になっていた論文マグカップをbonohulabでもやってみたいと思ったが、コロナ禍の状況で海外のサービスを使ってオーダー …
Multi-Omic Meta-Analysis of Transcriptomes and the Bibliome Uncovers Novel Hypoxia-Inducible Genes
Written by Hidemasa Bono in papers on 木 20 5月 2021.
低酸素トランスクリプトームとビブリオームの統合メタ解析論文
bioRxivで公開した論文が査読論文誌であるBiomedicinesに出版された。 前回の研究で使 …
Genome Editing for the Future
Written by Hidemasa Bono in misc on 火 18 5月 2021.
広島大学先端科学セミナー「ゲノム編集で未来を拓く」
「バイオインフォマティクスがどのようにゲノム編集に利用で …
Comparative stick insect midgut transcriptomes paper out
Written by Hidemasa Bono in papers on 金 14 5月 2021.
ナナフシ中腸比較トランスクリプトーム論文公開
2021年5月13日、かねてより取り組んできたナナフシの中腸トランスクリプト …
bonohu dthesis PDF
Written by Hidemasa Bono in misc on 月 03 5月 2021.
失われたファイルを求めて
ググったら、なんと出てきた。
以前個人のウェブサイトで公開していた自分のD論のPDFであるが、マシ …
April2021
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 30 4月 2021.
2021年4月を振り返って
先月までとは打って変わり、ラボに人が常駐するようになった。 まずは彼らとやるべき課題を一緒に考え、そしてそ …
Best seller DrBonoBon2?
Written by Hidemasa Bono in drbonobon on 土 24 4月 2021.
Bono本第2版ベストセラー？
1ヶ月前に出版された「Dr.Bonoの生命科学データ解析」(Bono本)の第2版であるが、ベストセラーマークが付いていた。 しかし、そのベストセラーなカテゴリーを見ていると…。
お、ベスト …
Diversification of mineralocorticoid receptor genes in a naked mole-rat
Written by Hidemasa Bono in papers on 木 15 4月 2021.
ハダカデバネズミの2つのMR遺伝子論文
Diversification of mineralocorticoid receptor genes in a subterranean rodent, the naked mole-rat.
https://doi.org/10.1530/JME-20-0325
ハダカデバネズミの2つのミネラルコルチコイド受容体遺伝子論文が査読論文誌である Journal of Molecular Endocrinology に出版された。
学振 …
Paper submission rush
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 09 4月 2021.
論文投稿ラッシュ
今週は、コラボ関係で論文が2本投稿された。 bioRxivへアップして、そして投稿という流れができつつあって、とてもいい感じ。
そうい …
RNAseqRecipe 3rd print
Written by Hidemasa Bono in RecipeBook on 月 05 4月 2021.
RNAseqレシピ本第3刷
「RNA-Seqデータ解析 WETラボのための鉄板レシピ」（略称、RNAseqレシピ本）の第3刷が送られてきた。 2019年11月末に上梓、2020年3月に第2刷をしたので、ちょうど1年ぶりに。
RNA-Seqデータ解析に特化したコンテンツで、同時期に出たDRY解析教本2にもRNA-Seq解析の章があったにもかかわらず、第3刷を出すことになるほどの売れ行き。
出版から1年後の2020年末にはAnnual Updateも公開され、売れ行きに拍車がか …
bonohulab becomes non-bocchilab
Written by Hidemasa Bono in misc on 木 01 4月 2021.
ボッチラボではなくなった
新年度（2021年度）を迎え、bonohulabも新しいメンバーを4人も迎えることとなった。
210401 統合生命科学研究科 ゲノム編集先端人材育成プログラム（卓越大学 …
March2021
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 31 3月 2021.
2021年3月を振り返って
この3月は、年度末であることと、春の学会シーズンということもあって、外部講演が3つもあった。
- 「データ駆動型ゲノム育種技術の …
A new way of life, a new way of publishing papers
Written by Hidemasa Bono in papers on 火 30 3月 2021.
新しい生活様式で新しい論文出版様式
2020年10月に入学した大学院生（社会人ドクター）による以下の論文がbioRxivから公開された。
Multi-omic meta-analysis of transcriptomes and the bibliome uncovers GPR146 as the novel hypoxia-inducible gene
https …
Shutoiten 1year
Written by Hidemasa Bono in misc on 木 25 3月 2021.
酒都移転1年
今日で酒都西条に移転して丸1年。 職種の関係上、引きこもり生活になることが予測されていたが、COVID-19の影響でより完全に出張のない新しい …
PAGS Bioinformatics Book published
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 24 3月 2021.
独習 Pythonバイオ情報解析 出版
2週間ほど前のエントリの通り、独習 Pythonバイオ情報解析が出版された。 ご恵送、大変ありがとうございました。
先進ゲノム解析研究推進プラットフォーム …
Onsite seminar at nearby institute
Written by Hidemasa Bono in misc on 火 23 3月 2021.
オンサイトセミナーの効用
年度の終わりではあるが、近くの研究所でセミナー。 オンラインのセミナーは何回かあっ …
The Digital Cell
Written by Hidemasa Bono in misc on 月 22 3月 2021.
デジタル細胞生物学
「デジタル細胞生物学」が出版された。 早速ご恵送いただく。ありがとうございました。
原著の題名は …
DrBonoBon2 foreword
Written by Hidemasa Bono in drbonobon on 月 15 3月 2021.
Bono本第2版序文
「Dr.Bonoの生命科学データ解析」(Bono本)が出版された。
そして、序文が公開されている。 それが出版社のウェブサイトだけでなく、Amazonにも。 というわけで …
Return the debt
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 12 3月 2021.
借りを返す
有給休暇取得5日達成、ということで。 自覚症状あるぐらいの、大変良いリフレッシュに。 このようなリフレッシュ …
DrBonoBon2 is come
Written by Hidemasa Bono in drbonobon on 木 11 3月 2021.
Bono本第2版落手
予告エントリにもあった通り、「Dr.Bonoの生命科学データ解析」(Bono本)の第2版が完成、あの震災からちょうど10年目の今日に手にとった。 中身は散々みて直したわけだが、実物となって素晴らしい表紙の …
TapeStation4150
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 10 3月 2021.
TapeStation他納品
これで自ラボでRIN値が測定できるように。 外注でRNA-Seq出す時にサンプルのRIN値を求められることが多く、そこがメインの目的であったが、説明を聞いてみるとそれだけではない色々が。 大昔に使 …
Samplingthon
Written by Hidemasa Bono in misc on 火 09 3月 2021.
サンプリング大会
自分は最初と最後だけだったが、現場まで2往復してバトンを渡す。 どちらかというとサンプリングリレーかもしれない …
PAGS Bioinformatics Book
Written by Hidemasa Bono in misc on 月 08 3月 2021.
独習 Pythonバイオ情報解析
これもまた、Twitterでその出版予定を知る。 2021年3月末に出版されるらしい。 副題が「Jupyter、NumPy、pandas、Matplotlibを理解し、実装して学ぶシングルセル、RNA-Seqデータ解析」で、 出版社のこの書籍のページの説明文に曰く …
Inhibiting SARS-CoV-2 infection in vitro by suppressing ACE2 via aryl-hydrocarbon receptor signal
Written by Hidemasa Bono in papers on 金 05 3月 2021.
AHRシグナルを介したACE2の抑制によるSARS-CoV-2感染のin vitroでの抑制
メンバー的には以前からの共同研究者との研究だが、広島に来てから始めた共同研究。 bioRxivにアップロードされたのが公開。
Inhibiting SARS-CoV-2 infection in vitro by suppressing its receptor, angiotensin-converting …
DrBonoBon2 dispatch
Written by Hidemasa Bono in drbonobon on 火 02 3月 2021.
Bono本第2版第1報
出版から3年経って、多くのウェブサイトがHTTPS化したことや、URL自体が変わってしまっていることなど、気がついたアップデートは山ほど見つかった。 これらは出版社に連絡して …
February2021
Written by Hidemasa Bono in misc on 日 28 2月 2021.
2021年2月を振り返って
緊急事態宣言継続で引きこもりも継続だったが、大学や大学院の研究発表会の季節ということでそれを嘆く暇も …