6倍体栽培ギクのリファレンスとなる2倍体のモデルギクGojo-0 (Chrysanthemum seticuspe)の染色体レベルのゲノム配列の論文がbioRxivから公開された。
A chromosome-level genome sequence of a model chrysanthemum: evolution and 1 …
職域接種が叶い、2021年6月26日(土)午後4時ごろに第1回目のコロナウイルスワクチン第1回目の注射をしていただきました。
1回目だん pic.twitter.com/rOCAk2z1eR
— トクニンティヌス (@bonohu) June 26, 2021
特にその場では …
年度が変わってすぐに卓越大学院プログラムでやって …
オンサイトで福岡で開催の予定が、オンラインになってしまった。 去年、中止になってしまっ …
関西医科大学の広田さんとの共同研究論文が出版。 Polysulfide（多硫化物）がミトコンドリアを介して低酸素における低酸 …
bioRxivに論文を公開してあったため、すでにデータは公開されていたカイコリファレンスト …
約2ヶ月半前に取材していただいたBio×Digital Transformation (バイオDX)のアウトリーチ動画の編集作業が終わり、いつの間にか、公開されてた。 しかもYouTubeに。
共創の場 …
これまでとは違って学生や研究員がラボに常駐しているので、彼らとの議論なども散発的にあって、一年前とは大 …
自分用の家のスリッパがそろそろダメで買い換えようとしていた時に見つけたこれに。
掃除効果 …
最近、このシリーズのレモンバジルパスタソースがお気に入り。 そこで、本家のサヴァ缶もということで。
缶詰 …
今月（2021年5月）に出版された低酸素刺激の有無（低酸素vs常酸素）のトランスクリプトームデータとgene2pubmedの情 …
これまで自分が出してきた論文では、公共塩基配列データベース(DDBJ,Sequence Read Archive(SRA))や遺伝子 …
自分がcorresponding authorの、自ラボから出た論文が出始めた。 twitterでも話題になっていた論文マグカップをbonohulabでもやってみたいと思ったが、コロナ禍の状況で海外のサービスを使ってオーダー …
bioRxivで公開した論文が査読論文誌であるBiomedicinesに出版された。 前回の研究で使 …
「バイオインフォマティクスがどのようにゲノム編集に利用で …
2021年5月13日、かねてより取り組んできたナナフシの中腸トランスクリプト …
ググったら、なんと出てきた。
以前個人のウェブサイトで公開していた自分のD論のPDFであるが、マシ …
先月までとは打って変わり、ラボに人が常駐するようになった。 まずは彼らとやるべき課題を一緒に考え、そしてそ …
1ヶ月前に出版された「Dr.Bonoの生命科学データ解析」(Bono本)の第2版であるが、ベストセラーマークが付いていた。 しかし、そのベストセラーなカテゴリーを見ていると…。
お、ベスト …
Diversification of mineralocorticoid receptor genes in a subterranean rodent, the naked mole-rat.
https://doi.org/10.1530/JME-20-0325
ハダカデバネズミの2つのミネラルコルチコイド受容体遺伝子論文が査読論文誌である Journal of Molecular Endocrinology に出版された。
学振 …
今週は、コラボ関係で論文が2本投稿された。 bioRxivへアップして、そして投稿という流れができつつあって、とてもいい感じ。
そうい …
「RNA-Seqデータ解析 WETラボのための鉄板レシピ」（略称、RNAseqレシピ本）の第3刷が送られてきた。 2019年11月末に上梓、2020年3月に第2刷をしたので、ちょうど1年ぶりに。
RNA-Seqデータ解析に特化したコンテンツで、同時期に出たDRY解析教本2にもRNA-Seq解析の章があったにもかかわらず、第3刷を出すことになるほどの売れ行き。
出版から1年後の2020年末にはAnnual Updateも公開され、売れ行きに拍車がか …
新年度（2021年度）を迎え、bonohulabも新しいメンバーを4人も迎えることとなった。
210401 統合生命科学研究科 ゲノム編集先端人材育成プログラム（卓越大学 …
この3月は、年度末であることと、春の学会シーズンということもあって、外部講演が3つもあった。
2020年10月に入学した大学院生（社会人ドクター）による以下の論文がbioRxivから公開された。
Multi-omic meta-analysis of transcriptomes and the bibliome uncovers GPR146 as the novel hypoxia-inducible gene
https …
今日で酒都西条に移転して丸1年。 職種の関係上、引きこもり生活になることが予測されていたが、COVID-19の影響でより完全に出張のない新しい …
2週間ほど前のエントリの通り、独習 Pythonバイオ情報解析が出版された。 ご恵送、大変ありがとうございました。
先進ゲノム解析研究推進プラットフォーム …
年度の終わりではあるが、近くの研究所でセミナー。 オンラインのセミナーは何回かあっ …
「デジタル細胞生物学」が出版された。 早速ご恵送いただく。ありがとうございました。
原著の題名は …
「Dr.Bonoの生命科学データ解析」(Bono本)が出版された。
そして、序文が公開されている。 それが出版社のウェブサイトだけでなく、Amazonにも。 というわけで …
有給休暇取得5日達成、ということで。 自覚症状あるぐらいの、大変良いリフレッシュに。 このようなリフレッシュ …
予告エントリにもあった通り、「Dr.Bonoの生命科学データ解析」(Bono本)の第2版が完成、あの震災からちょうど10年目の今日に手にとった。 中身は散々みて直したわけだが、実物となって素晴らしい表紙の …
これで自ラボでRIN値が測定できるように。 外注でRNA-Seq出す時にサンプルのRIN値を求められることが多く、そこがメインの目的であったが、説明を聞いてみるとそれだけではない色々が。 大昔に使 …
自分は最初と最後だけだったが、現場まで2往復してバトンを渡す。 どちらかというとサンプリングリレーかもしれない …
これもまた、Twitterでその出版予定を知る。 2021年3月末に出版されるらしい。 副題が「Jupyter、NumPy、pandas、Matplotlibを理解し、実装して学ぶシングルセル、RNA-Seqデータ解析」で、 出版社のこの書籍のページの説明文に曰く …
メンバー的には以前からの共同研究者との研究だが、広島に来てから始めた共同研究。 bioRxivにアップロードされたのが公開。
Inhibiting SARS-CoV-2 infection in vitro by suppressing its receptor, angiotensin-converting …
出版から3年経って、多くのウェブサイトがHTTPS化したことや、URL自体が変わってしまっていることなど、気がついたアップデートは山ほど見つかった。 これらは出版社に連絡して …
緊急事態宣言継続で引きこもりも継続だったが、大学や大学院の研究発表会の季節ということでそれを嘆く暇も …
前にぼうのブログのエントリでも言及した、Pythonによるバイオインフォマティクス原著第2版が出版された。 そのせいか、ご恵送いただいた。ありがとうございまし …
約1年前にも似たようなことしていた（作成したCWL ツール・ワークフローを実際に動かしてみた）が、HISAT2をインストールしてない新しい環境で動かす必要が出てきて。
Common Workflow Language(CWL)に関しては、上述の過去のブログや次 …
リモートからラボのmacOS Catalina(c10.15.7)なマシンにsshして計算させているときに。 なぜか、いつもはすぐに実行されるプロセスが開始しない。 おかし …
公共データベースからストレス刺激のtranscriptomeを集めてきてメタ解析をする研究をずっとしてきて、2020年1月に最初の査読論文を公開した(DOI: 10.3390/biomedicines8010010)。
そのシリーズ第二 …
緊急事態宣言発令により、出張が全てキャンセルになってしまった。 職場のエリアには出なかったものの、出張先が …
第28回疫学セミナー「ゲノム・オミックス解析技術の疫学研究への展開」にて
疫学研究における生命科学データベース利活用
と …
ヒト腸内細菌叢でそれを試したところ、種レベルの解像度で細菌の同定ができるという共同研究論文が …
Twitterでその出版予定を知る。 2021年2月末に出版されるらしい。
BioPythonの本が出ます Pythonによるバイオインフォマティクス 原著第2版 / Sebastian Bassi 著 樋口 千洋 監訳 石井 学 大川 和史 玉木 聡志 樋口 千洋 堀田 倫英 山根 健治 訳 | 共立出版 …
Twitterで流れてきて知る。 確かに最近Anacondaでのインストールが一発ではうまくいかないことが多く、数回時間を置いてから実行することが増 …
2020年の年末に生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析実践道場(道場本)の重版するという連絡が出版社からきた。
それが今日、出版社にブツが …
今日重宝したワンライナー。
gene1
gene2
gene3
...
みたいなfile.txtというファイルに書き込まれた改行区切りの …
今日重宝したワンライナー。
gene1 -2.0
gene2 -1.5
gene3 1
...
みたいなデータから-1以下の行だけ抽出。
% perl -anle 'print $_ if(@F[1] < -1)' DEG.txt
Gene …