Mid-term presentation of master's thesis 21
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 11 12月 2021.
修論中間発表会21
今年度からの取り組みということで、修論中間発表会が土曜日に。 所属プログラムでは別に10月にやっているから別にやらなくても、と思 …
Wise2
Written by Hidemasa Bono in misc on 木 09 12月 2021.
Wise2で直接DNA-protein alignment
EBIのdirector Ewan Birneyによる、DNA-protein配列をpairwise alignmentするプログラムWise2はBiocondaにあってインストールは簡単だが、動かすのはちょっと大変かも。
まず、アミノ酸置換行列とコ …
Press release for meta-analysis paper for oxidative transcriptomes
Written by Hidemasa Bono in misc on 火 07 12月 2021.
酸化ストレストランスクリプトームメタ解析論文のプレスリリース
今月（2021年12月）に出版されたトランスクリプトーム公 …
Comparison of Oxidative and Hypoxic Stress Responsive Genes from Meta-Analysis of Public Transcriptomes
Written by Hidemasa Bono in papers on 金 03 12月 2021.
トランスクリプトーム公共DBのメタ解析による酸化ストレスおよび低酸素ストレス応答遺伝子の比較論文
ほぼ1ヶ月前に投稿と同時にbioRxivで公開した論文が査読論文誌であるBiomedicinesに出版された。 火曜日にaccepted、木曜日の夜にProofreadingが送られてきて、それを翌金曜日の午前に …
November2021
Written by Hidemasa Bono in misc on 火 30 11月 2021.
2021年11月を振り返って
Bioinformatics Lecture 21 over
Written by Hidemasa Bono in misc on 木 25 11月 2021.
バイオインフォマティクス講義終了
2021/11/24で2021年度の卓越大学院のバイオインフォマティクス講義15回目の配信を開始し、全ての公開を終えた。
今 …
What is MetaGenome data analysis recipe
Written by Hidemasa Bono in RecipeBook on 水 24 11月 2021.
メタゲノムデータ解析レシピ本とは
Research Field Trip
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 19 11月 2021.
研究社会見学
bioRxivに論文をアップして一息、というタイミングで、SPARQLthonに参加していろんな人がさまざまな研究をしていることを身をも …
Online seminar in the Japanese Association for Cancer and Hypoxia Research
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 13 11月 2021.
がんとハイポキシア研究会 オンライン講演会2021
がんとハイポキシア研究会オンライン講演会2021で「Bonohulab誕生 ～その経緯とこれ …
BioDX issue in Experimental Medicine
Written by Hidemasa Bono in papers on 木 11 11月 2021.
実験医学 バイオDX特集
2021年5月に低酸素トランスクリプトームのメタ解析の論文が出た直後から企画させていただいていた、実 …
MetaGenome data analysis recipe dispatch
Written by Hidemasa Bono in RecipeBook on 月 08 11月 2021.
メタゲノムデータ解析レシピ本第一報
2020年10月に広島で開催された劇的に人が少ない第79回日本癌学会学術総会。 その会場の大幅に縮小された本売り場にて発売さ …
Home Coming Day 21
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 06 11月 2021.
第15回広島大学ホームカミングデー
広島大学ホームカミングデーは、広島大学と広島大学校 …
The First Business Trip to Tokyo 21
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 05 11月 2021.
2021年度初東京出張
2020年12月以来、11ヶ月ぶりの東京出張。 もう普通にCOVID-19以前のラッシュに戻っていた。
全く電池が持たなくなって先月2021年10月にきたる出張に備えて買い替えたiPhoneであったが。 それにしてもiPhone13のカメラすごい。
— トクニ …
A new way of training students
Written by Hidemasa Bono in papers on 木 04 11月 2021.
新しい大学院生の育成方法
2021年4月に入学した博士課程前期の大学院生による以下の論文がbioRxivから公開された。 今回はなぜか通常は24時間程度で終わるbioRxivのスクリーニングに時間がかかり、uploadしてから60時間目にメールが来るというのはこれまでの最長記録だったが。
Comparison of Oxidative and Hypoxic Stress Responsive Genes from Meta-Analysis of Public Transcriptomes
https://doi.org/10.1101/2021.11.01.466837
October2021
Written by Hidemasa Bono in misc on 日 31 10月 2021.
2021年10月を振り返って
先月末で緊急事態宣言が解除されて、研究者の行き来が再開。 そういうわけで多くの共同研究者に東広島に来てい …
Bioinformatics Lecture 21 recording done
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 30 10月 2021.
バイオインフォマティクス講義収録完了
目下の最重要事項である卓越大学院のバイオインフォマティクス講義。 本 …
Resistance to chemical carcinogenesis induction via a dampened inflammatory response in naked mole-rats
Written by Hidemasa Bono in papers on 日 24 10月 2021.
ハダカデバネズミの炎症反応の抑制による化学発がん誘導への抵抗性論文
Resistance to chemical carcinogenesis induction via a dampened inflammatory response in naked mole-rats
https://doi.org/10 …
BMS seminar 2021
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 23 10月 2021.
所属プログラム必修のセミナー
ということで、現在のラボの学生3人全員（M1,D1,D2それぞれ1人）が集合した初めての機会となった。 みなさ …
Getting cold immediately 2021
Written by Hidemasa Bono in misc on 日 17 10月 2021.
急激に寒くなった日曜日
暑い日がダラダラと続いていた2021年の秋。 数日前まで夜もクーラーをつけるかという日々だったのに、急に寒 …
Cancer Genome Data Analysis book preview
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 16 10月 2021.
がんゲノムデータ解析本の表紙公開
昨年2020年11月にがんゲノムデータ解析再現担当募集した、がんに特化したゲノム・オミ …
Web interface for BLAST in DDBJ suspended
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 15 10月 2021.
DDBJのBLASTウェブインターフェース停止
今日2021年10月15日に以下のようなアナウンスがDDBJよりあった。
“リソースの不足により安定運用が難しくなりました。 そのため、2021年11月10日～11/19日のスパコンメンテナンス時点より、Blast および ClustalW のサービスを一旦休止し …
Bioinformatics Lecture 21 two thirds done
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 13 10月 2021.
バイオインフォマティクス講義収録2/3
目下の懸案である卓越大学院のバイオインフォマティクス講義シリーズ …
Lunch at Gakusei-Kaikan
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 09 10月 2021.
学生会館でランチを
朝に（学生）会館食堂が土曜日もやっていること、そして他の食堂よりも多く集客したいというtweetを見て …
Mk1C is come
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 08 10月 2021.
Mk1Cがやってきた
7月末に発注してから2ヶ月以上かかってようやく、MinION Mk1Cが納品。 去年2020年の12月にMinION Mk1Bを買って以来。
そしてタイミングの良いことにNanopore sequencingを（なぜか私が）教える会に間に合った。
某実験をご一緒に。天国 …
A chromosome-level genome sequence of Chrysanthemum seticuspe, a model species for hexaploid cultivated chrysanthemum
Written by Hidemasa Bono in papers on 木 07 10月 2021.
モデルギクの染色体レベルのゲノム配列 published
すでにbioRxivにアップロードしてあった6倍体栽培ギクのリファレンスとなる2倍体のモデルギクGojo-0 (Chrysanthemum seticuspe)の染色体レベルのゲノム配列の論文がCommunications Biologyから出版。
A …
BioDX special issue in JikkenIgaku
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 06 10月 2021.
実験医学バイオDX特集
今では唯一の生命科学系月刊紙となった実験医学でバイオDXの特集を企画。 単行本はこれまで出してきたもの …
Symposium105 21
Written by Hidemasa Bono in misc on 火 05 10月 2021.
トーゴーの日シンポジウム2021
10月5日は、トーゴーの日。 昨年に続いて、トーゴーの日シンポジウムもオンラインに。 去年の状況 …
Bioinformatics Lecture 21 one third done
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 02 10月 2021.
バイオインフォマティクス講義収録1/3
昨年(2020年)と同じく、9月の中頃から始めた卓越大学院のバイオインフォマティクス講義シリーズ …
We are all alone
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 01 10月 2021.
bonohulab1年半
bonohulabを始めてから今日2021年10月1日で1年半。 そんなに感慨らしきものはなく、むしろ、なんとか科研費の申請書を仕上げたという感じの …
Ref16S report in BH21.8
Written by Hidemasa Bono in papers on 木 30 9月 2021.
Ref16S report in BH21.8
2021年8月に参加した国内版バイオハッカソンBH21.8 での Metagenome analysis workflow group の報告が2021年9月30日、BioHackrXivにプレプリントとして公開された。
Rapid metagenomic workflow using …
September2021
Written by Hidemasa Bono in misc on 木 30 9月 2021.
2021年9月を振り返って
先月から引き続いての緊急事態宣言。 どこにも行けないし、来てももらえない日々再び。 しかし、翌月から始まるバイオイ …
Kaiko transcriptomes paper press released
Written by Hidemasa Bono in papers on 木 30 9月 2021.
カイコリファレンストランスクリプトーム論文プレスリリース
Insectsに論文を出版していたカイコリファレンストランスクリプト …
drbonodojo 2years
Written by Hidemasa Bono in drbonodojo on 日 26 9月 2021.
道場本出版2年
今日(2021/09/26)で日本癌学会学術総会の会場で売り始めてから丸2年。
去年も丸1年のエントリを書いたが、この1年でさらに状況が変わった。 それは、本当に大 …
zotero can export a file in bibTeX format
Written by Hidemasa Bono in misc on 日 12 9月 2021.
ZoteroでbibTeX出力
最近は、論文の引用リストを作るのに大変お世話になっているfreeの引用管理ソフトZotero。 実はエクスポートのフォーマットにbibTeX形式も選ぶことができる。
それを …
Cancer-Hypoxia 21
Written by Hidemasa Bono in misc on 木 09 9月 2021.
がんとハイポキシア研究会 オンライン講演会2021
第3回の2006年以来ほぼ毎回参加してきたがんとハイポキシア研究会。 それから今年でもう15年にもなるが、COVID-19の影響で去年に引き続いて今年も研究会はオンサイトでは開催されず。 だが、研究 …
Importance of outreach activity
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 04 9月 2021.
アウトリーチ活動の重要性
漫画家で医師の永田礼路先生による「ワクチンなんだろう」。
ワクチンなんで効くのか全く …
Bonohulab Dojo 21 finished
Written by Hidemasa Bono in drbonodojo on 木 02 9月 2021.
21年度bonohulab道場終了
今年の年頭(2021年1月)に2刷が出た生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析実践道場(道場本)。 その道場本を使って、大学院生が所属するようになった …
bonohulab member++
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 01 9月 2021.
bonohulabメンバー++
ちょうど5ヶ月前の2021年4月1日にボッチラボではなくなり、 この9月1日にさらに新しいメンバーが1人追加された。
もちろん、ラボのメンバーが多ければ良いとは断じて思ってないが、あ …
August2021
Written by Hidemasa Bono in misc on 火 31 8月 2021.
2021年8月を振り返って
先月からまたCOVID-19感染者が増えて、月末にはまた緊急事態宣言。 そんな中、転職して初めてのお盆休みをとることができ、また月末には …
Neurosecretory protein GL-induced fat accumulation is accompanied by repressing the immune-inflammatory response in the adipose tissue of mice
Written by Hidemasa Bono in papers on 日 29 8月 2021.
NPGLによる脂肪蓄積のトランスクリプトーム解析
マウスの脂肪組織におけるNPGL(Neurosecretory protein GL)による脂肪蓄積のトランスクリプトーム解析の論文がbioRxivから公開された。
Neurosecretory protein GL-induced fat accumulation is accompanied by …
Talk in 61st Summer School for Life Science
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 28 8月 2021.
第61回生命科学夏の学校での講演
前にもブログに書いたとおり、オンラインのみの開催となった生化学若い研究者の会による第61回生命科学夏の学校のシンポジウ …
BH21.8
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 27 8月 2021.
国内版バイオハッカソン BH21.8
コロナ禍のバイオハッカソン2回目。 今年も本来なら国際版のそれをやるところを国内版 …
Developing new ideas based on study of the past
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 20 8月 2021.
温故知新
Agilentさんのウェビナーシリーズ、アジレントゲノミクスVirtualユーザーミーティングで講師をすることに。 トランスクリプトーム解析編ということで、「ゲノム編集時代のトランスクリプ …
Inhibiting SARS-CoV-2 infection in vitro by suppressing ACE2 via AHR signal published
Written by Hidemasa Bono in papers on 火 17 8月 2021.
AHRシグナルを介したACE2の抑制によるSARS-CoV-2感染のin vitroでの抑制
2021年3月にbioRxivにアップロードした論文、
Inhibiting SARS-CoV-2 infection in vitro by suppressing its receptor, angiotensin-converting enzyme 2, via aryl-hydrocarbon receptor signal.
https://doi.org/10.1101/2021.03.04.433658
が、査読論文誌にpublished。
Inhibiting SARS-CoV-2 infection in vitro by suppressing its receptor, angiotensin-converting enzyme 2, via …
22Kakenhi started
Written by Hidemasa Bono in misc on 月 16 8月 2021.
2022年度科研費開始
つい先月、今年度の科研費（挑戦的研究）が採択され、その最初の事務処理を終えたばかりだが。
応募〆切の繰り上がりにより、この暑いはずの …
Github Access by Token
Written by Hidemasa Bono in misc on 日 15 8月 2021.
git pushできなくなった!?
2021年8月13日でパスワードアクセスができなくなる、それは知っていた。
で、事前にpasswordの代わりとなるTokenの準備までしていた。
しかし、git pushした途端、
remote: Support for password authentication was removed on August 13, 2021. Please use a personal access token instead …
61st Summer School for Life Science Online Only
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 06 8月 2021.
第61回生命科学夏の学校オンライン開催のみに
生化学若い研究者の会による第61回生命科学夏の学校が2021年8月27〜29日に愛媛県松山市にて開催され、その2日目の28日に行われるシンポジウム「データの統合と共有」にてお話しさせていただくことになって …
COVID-19 Vaccine 2nd shot
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 31 7月 2021.
コロナウイルスワクチン注射2回目
職域接種で、2回目。
2回目わず。ワクワクチン◯ン！ pic.twitter.com/JQmd53abz9
— トクニンティヌス (@bonohu) July 31, 2021
特にその場で …
July2021
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 30 7月 2021.
2021年7月を振り返って
The First Business Trip 2021
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 21 7月 2021.
2021年度初出張
前回の2020年度初出張（にして唯一の出張）以来、実に7ヶ月ぶりの出張。 もちろん、20201度初の出張。 本来であれば、日本ゲノム編集学会第6回大会などの出張もあったは …