Introduction to Medicine

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 27 12月 2019.

はじめての医学

単行本「はじめての医学」を編集に携わられた編集者の方から年末滑り込みセーフでご恵贈いただいた(出版社のページ)。 著者は、かつての大ボスの研究室出身の木南凌先生で、面識はないもののよく話は伺っている先生。

目次をみると、よくある病気の概略と症例、治療薬、病態や薬効の説明が章ごとに、19の章でカバーされている。 医学の知識が体系的に、ではなく、「がん細胞と正常細胞はどこが違うのか(18章)」などのトピックベースに各章10ページほどで短くまとめられており、肩肘張らずに読むことができる。

本のカバーには、「はじめて医学を学ぶ人のナビゲーションBook」や「医学生だけなく、保健学科や生命科学系の学生、院生にも役立つ」と書かれている。 実際読んでみると、医者ではない生命科学研究者の私が持っている断片的な情報が、それぞれの疾患という観点から編み直されていく感じで知識が整理された。 また、難しい専門用語の解説が豊富でそれ以外にも平易な日本語表現になるよう徹底されており、学びはじめた医学生に向けたつもりが、保健学科や生命科学系の学生、院生向けにもなっているのを実感した。 自分が院生の時にこういう本があったらよかったな…。

章のタイトルは以下の通り。

  • 第1章 「イライラ,ドキドキ」となるバセドウ病はホルモンの病気
  • 第2章 上腹部の痛みや不快感を感じたら,胃潰瘍を疑ってみよう
  • 第3章 どうして見えにくくなるのか,緑内障
  • 第4章 …

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Nights in hotels 2019

Written by Hidemasa Bono in misc on 水 25 12月 2019.

2019年出張外泊数

三島勤務になった2014年以来、数えて来た「仕事で外泊」した日数。 年内の出張が全て終わって、2019年の日数が確定。 その結果、2019年は91泊で昨年より8泊増えて、さらに悪化。

泊数
2019 91
2018 83
2017 77
2016 77
2015 65
2014 50

今年も努めて抑制するようにして来たのだが、Biohackathon Europeに行くなどもあって逆に悪化。 確かにどこに居てもできる仕事といえばそういう側面もあるのだが…。

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Books published in 2019

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 21 12月 2019.

2019年に出版した本

2019年もあと10日となって色々と振り返りモードな情勢。 私も振り返ってみたい。

2019年は、結果として4冊の本を世に出す結果となった。 去年の今頃、全て期限内に出せるか不安だったが、編集担当者や共著者のみなさんの協力もあり全てきちんと出すことができた。 それらの本のリストは以下の通り。

なお、#のリンクはtwitterのハッシュタグではなく、このぼうのブログのそのカテゴリーのエントリにリンクしている。

全てが生命科学データ解析に関わる内容で、#IT4BDAがIT系のエンジニアさん向けの入門書、#DrBonoDojoが生命科学研究者向けの入門的なチュートリアルとなっている。 暮れに出した2冊は生命科学研究者向けのチュートリアルなのだが専門的で、#RNAseqRecipeがRNAseqデータ解析に特化しており、#NGS_DATは次世代シークエンサー(NGS)を利用したさまざまな解析のデータ解析に向けた内容となっている。

その4冊を並べて記念撮影。よく頑張りました。

記念撮影

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CommonWL for practical use 2

Written by Hidemasa Bono in IT4BDA on 金 20 12月 2019.

作成したCWL ツール・ワークフローを実際に動かしてみた(その2)

昨日のその1に引き続き、作成したHISAT2-StringTie2のワークフローを実際に動かした際のログを記す。

余談だが、次世代シークエンサーDRY解析教本 改訂第2版(以下、DRY解析教本2)は今朝見たらAmazonでも在庫があるようになっていた。

さらに余談だが、今年の頭に出した「生命科学データ解析を支える情報技術」の最初の方に今やっているようなDockerを使ってバイオなプログラムを動かす話のさわりを書いてあるので参考まで。

さて本題であるが、とりあえず動く方のCWLだけで、HISAT2のmappingをfor文で繰り返し実行する。 fqディレクトリ内にgzip圧縮されたfastqファイル(なんとか_trimmed.fq.gzというファイル名で統一されているとする)がある場合、それら全部に計算する方法として、以下のバッチスクリプトを組んだ。

1
2
3
4
5
6
7
8
9
#!/bin/bash
for f in fq/*.gz; do
        g=`basename …

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CommonWL for practical use 1

Written by Hidemasa Bono in NGS_DAT on 木 19 12月 2019.

作成したCWL ツール・ワークフローを実際に動かしてみた(その1)

次世代シークエンサーDRY解析教本 改訂第2版(以下、DRY解析教本2)の目次が出版社のページから公開された。 その目次を見ての通り、Level1(準備編)、Level2(実践編)、Level3(応用編)の三編構成で、第1版と大きな構成に変化はない。 大きくは、Level2にメタゲノム解析、アッセンブル解析が加わって、Level3が総取っ替えされたといえば適切だろうか。 ちなみに、この本のtwitterのハッシュタグは #NGS_DAT で、この本に関わるtweetは、このハッシュタグを付けて是非。

しかしながら、大きな変更点が実はそれ以外にある。 Common Workflow Language (CWL)の追加だ。 Level2の一番最後(p331-338)に付録「CWLがあれば、DRY解析はもう怖くない」がある。 CWLについて日本語でコンパクトに解説してくれて、非常に有用である。 しかし、実はすごいのはここだけでない。 Level2で紹介した全てのワークフローが、CWLで書かれたWorkflowとしてこの記事のサポートサイト …

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23rd Workflow Meetup

Written by Hidemasa Bono in misc on 月 16 12月 2019.

23rd Workflow Meetup

前回は参加できなかったが、23回目の今回は参加。

HISAT2-StringTieによる新規transcript発見ワークフローを自分で作ろうとしたのだが、Live codingの話題としていただき、一気に進んだ! あとは、持ち帰って実際に動かしてみるところに。 ありがとうございました。

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NGS_DAT2 for sale

Written by Hidemasa Bono in NGS_DAT on 土 14 12月 2019.

次世代シークエンサーDRY解析教本 改訂第2版 正式発売開始

福岡であった第42回日本分子生物学会年会(2019/12/3-6)ですでに先行発売されていたが、2019年12月14日に正式に発売開始。

Amazonからも出荷が開始された模様。 しかし、すぐに在庫切れになっている。 それに伴ってひょっとすると出荷プロセスが止まっている?

今回も多数の生命科学研究者に多忙な中御助力願い、自作のプログラムを解説し、それらを再利用可能な形で公開してくれたことに大変感謝しております。 ありがとうございました!

この本のtwitterのハッシュタグは #NGS_DAT で、この本に関わるtweetは、このハッシュタグを付けて是非よろしくお願いします。

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Bee Summit 2019

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 13 12月 2019.

ミツバチサミット2019

最近、ミツバチのゲノム配列比較を共同研究でやっていることもあり、ミツバチサミット2019に参加。 ちょうど、本務先の会議が午前中で終わって、午後からその近くのつくばであったこともあり。

その日聞くべきセッションは1時間であっという間に終わり。 その合間に我々的にはアウトリーチと呼んでいるような展示やイベントを見たり参加したり。 学会の年会と異なり、ゆるい感じのスケジュールに開放感を覚えるなど。

著者の一人から献本いただいた、生物の科学遺伝の「ミツバチ新時代」特集を一通り読んでから参加したからある程度の予備知識があって楽しめた。 2日目の夜にあった懇親会も300人規模ということで、複数のフロアーに渡っての会場とか、前代未聞でおもしろかった。 もっとさまざまな人と話して交流できればよかったなあ、と。 それには、自分の知識と経験をもっと増やさないと。

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42rd annual meeting of the molecular biological society of Japan day4

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 06 12月 2019.

第42回日本分子生物学会年会4日目

今日で最終日で、展示会も半日で終了。 名前の入ったポスター発表も本日。 相変わらず熱心に発表していたようで、用意したハンドアウトをほぼ配り切ったらしく。 素晴らしい。

DRY2本の「再現」を自分の秘書さんにお願いしてくれた先生が声をかけてきてくれて、挨拶させていただくなど。 それ以外にも本売り場の近くに居る時に見つけられてサインしたことも何度か。 本を出すことの威力はやはり凄い。 だから、みなさん、書きましょう。

今回は自分でワークショップやフォーラムを企てることなく、またブース対応もバックアップに徹したが、特に問題なく回っていたようで、嬉しい限り。 そういうわけで、来年からはまた新しいこと始めませうかね。

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42rd annual meeting of the molecular biological society of Japan day3

Written by Hidemasa Bono in misc on 木 05 12月 2019.

第42回日本分子生物学会年会3日目

今日は、午後1時から1時間、著書の合同サイン会ということで。

結果として、24冊の本にサインした。 サインした数としては、新刊の3冊はほぼ同数。

あとDrBono本と統合TV本がちょろっと。

ご購入いただいた方、ありがとうございました。

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42rd annual meeting of the molecular biological society of Japan day2

Written by Hidemasa Bono in misc on 水 04 12月 2019.

第42回日本分子生物学会年会2日目

朝起きるとbioRxivから連絡があって、先週末にアップした論文は新規でなく、以前に出してcloseされてしまったプレプリントのバージョンアップということでまとめていただいた。 そこで、その処理をすると程なく公開。 文字通り、朝飯前となってしまった。

Meta-analysis of hypoxic transcriptomes from public databases. Hidemasa Bono, Kiichi Hirota bioRxiv 267310; doi: https://doi.org/10.1101/267310

そして、朝食後、歩いて会場へ。 基本ブース近くに居たが、打ち合わせが2件あったり。 夜に虫の会のフォーラムで、「種間トランスクリプトーム比較による有用物質を生産する昆虫の機能解析」と題して前座を務める。 その後、虫の会本会は、楽天地のもつ鍋。 普段話しない人たちとの交流は大変刺激的。楽しかった。 最後は、閉店間際の長浜ナンバーワンのラーメンで締めた。

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42rd annual meeting of the molecular biological society of Japan day1

Written by Hidemasa Bono in misc on 火 03 12月 2019.

第42回日本分子生物学会年会1日目

本日2019年12月4日より、今年の日本分子生物学会年会(分生)

今年も基本的には、バイオデータベース(BioDB)コーナーのNBDC/DBCLSの出展ブースに。 日本で生命科学分野のDBをやっている関係各所が一堂に会するBioDBコーナーが展示会/ポスター会場の一角(入って右奥)にて、今年も特別企画として。 提供しているサービスの紹介とデモのほか、データ解析よろず相談をやってますので、参加される方はぜひお立ち寄りを。 いつものお願いですが、当方人見知りなので初対面の方には素っ気ないかもしれませんが、何卒ご容赦のほどを。

そして、夜のフォーラム時間帯には、研究倫理委員会企画・研究倫理フォーラム「研究成果発表のあるべき姿:オープンサイエンス推進の潮流」に。 bioRxivとは何か、の講演をさせていただく。 プレプリント、特にbioRxivに関して、非常に関心の高いことに驚いた。 「BioRxivとは何か」のブログエントリが一番見られているコンテンツとなっているのも納得。 何人かの方の要望もあり、使ったスライドはfigshareにアップ

Bono, Hidemasa (2019): bioRxivとは何か?. figshare. Presentation. https://doi.org …

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autograph session at MBSJ42

Written by Hidemasa Bono in misc on 日 01 12月 2019.

著者編者サイン会@第42回日本分子生物学会年会

2019年は多くの日本語の本を出すこととなった。 まず年頭2月に、生命科学データ解析を支える情報技術(IT4BDA)を出版した。 システムエンジニア向けに生命科学データ解析に関して興味を持ってもらう狙いで書いた本だった。

そして秋になって、まず9月末に生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析実践道場(道場本)。 さらに、年末にRNA-Seqデータ解析 WETラボのための鉄板レシピ(RNAseqレシピ本)と次世代シークエンサーDRY解析教本 改訂第2版(DRY解析教本2)。

現時点で売り出されていない本も含めて、上記3冊は今週2019年12月3日〜6日まで福岡で開かれる第42回日本分子生物学会年会の会場において発売される。 しかも、年会3日目の5日にはこれらの本の著者・編集者(私だが)のサイン会が合同で行われることになった。 統合されたサイン会の詳細は以下の通り。

  • 日時:2019年12月5日(木)13:00-14:00
  • 場所:展示場 書籍売場

皆さんのお越しをお待ちしております!

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November2019

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 30 11月 2019.

2019年11月を振り返って

秋になって出張も多くなって、長らく月末の振り返りエントリがご無沙汰だった。 調べてみると7月以来で、四ヶ月ぶり。

2019年11月は中盤からずっと出張で、出張外泊数にして13泊にもなった。 DBCLS柏でのAnnotathon2019(12)に始まって、それから連続での奄美大島での第4回ゲノムコホート研究における遺伝統計学(13-16)、さらに続けてのBiohackathon Europe 2019(17-24)、そして神戸出張(25-27)。 最後に三島でのSPARQLthon86(28-29)。

出張でのイベントややるべきことに集中しながらも、並行して進めている論文投稿やプレゼン準備などよくこなせたなあと。 11月最後の本日30日には、査読論文誌に投稿、bioRxivにも同時にそのプレプリントをアップロード。 別の論文のReviseも進行中で、再投稿間近、という状況。

12月頭の分セーに照準を合わせて出版準備してきた2冊の編集担当書籍(RNAseqレシピ本DRY解析教本第2版)も、そのハードコピーが本日30日までに届くなど。

それにしても怒涛のような11月であった。

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RNAseqRecipe for sale

Written by Hidemasa Bono in RNAseqRecipe on 金 29 11月 2019.

RNAseqレシピ本発売開始

ついに2019年11月29日。 「RNA-Seqデータ解析 WETラボのための鉄板レシピ」(略称、RNAseqレシピ本)が発売開始。 amazonでの発売開始が同時でなく、2019年12月4日とあってtwitterでは反応は鈍いものの。

去年の分子生物学会年会で実質的に企画を始めてから丸1年。 大きなトラブルもなく、順調に出版までこぎ着けた。 編集担当の方のご尽力の賜物だろう。 ありがとうございました。

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RNAseqRecipe for whom

Written by Hidemasa Bono in RNAseqRecipe on 土 23 11月 2019.

RNAseqレシピ本の想定読者

いよいよ来週末の2019年11月29日に「RNA-Seqデータ解析 WETラボのための鉄板レシピ」(以下、RNAseqレシピ本)が発売となる。

流通の関係で、Amazonでの発売はそれより遅くなるとのこと。 早く手に入れたい方はリアル書店か日本分子生物学会年会会場にてゲットするのが良いだろう。 ちなみに、年会3日目の2019年12月5日(木)に本売場でRNAseqレシピ本を含めた私が編集や執筆でかかわった本の合同サイン会が予定されているので、乞うご期待。

RNA発現定量が手軽になり、多くの人がそれを試してみようとしている2019年現在、この本の想定読者は相当多くいるのではないか? そういう人を念頭にこの本を企画したのは言うまでもない。

簡略版の章立てを以下に示す。

  1. まずはこれだけ!解析環境を整える
  2. データを入手する
  3. 転写産物の発現を定量する
  4. リファレンスゲノムのない生物でde novo解析を行う
  5. 発現変動遺伝子群を検出する
  6. サンプル間の発現変動した遺伝子群の機能を推定する〜エンリッチメント解析
  7. 多数のサンプル間の類似度を比較する〜1細胞RNA-Seqの場合
  8. リードカウント以降の統合解析をウェブブラウザで行う〜iDEP
  9. 論文投稿に必須!データを登録・公開する〜DRA,GEA

断片的な知識はもちろんググって見つけることができる部分も多いと思うが、体系立ててそれを追えるのはこの本が初めてであろう。 特にこの本の力点の一つである3,4,5章はそれを解説している日本語のウェブサイトも多い。 しかしながら、それらの手法を比較し、それぞれの利点欠点を論じている日本語コンテンツはおそらく初めてであろう。 また、1細胞RNAseqの7章もこれまでなかったコンテンツで、この本のウリの一つ …

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BioHackathon Europe 2019 day5

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 22 11月 2019.

#BH2019Europe day5

ようやく、朝起きるのが正常になった。 しかし、今日でBiohackathon Europe最終日。 Final wrap-upとして以下のまとめを。

  • Achievements:
    • 1 Clarified what is needed in the data production for gene expression data collection including FANTOM, GTEx and Human Cell Atlas.
    • 2 Discussed how to re-use Cap Analysis of Gene Expression (CAGE) data for long non-coding RNA (lncRNA) knockdown (by …

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BioHackathon Europe 2019 day4

Written by Hidemasa Bono in misc on 木 21 11月 2019.

#BH2019Europe day4

やはり今日も、時差ボケでやはり朝早く起きてしまう。 このままボケたまま日本に帰れるか!?

まずは、昨日の続きでテストケースの計算をした後、これまで考えてきたことをさらに具体化、文書化してまとめた。

誘われて施設内にあるプールに行ってみたり。 プールだけでなく、ジャグジーやサウナもあって素晴らしい。 Biohackathonでいつも深刻な問題となっている運動不足が解消できた。

この日が最後の夜とあって、豪勢な夕食だったが、11月の第3木曜日ということでBeaujolais nouveau 2019が提供されるなど。 考えてみればこの日になるのは事前から判っていたはずだが、日本での一足先の解禁のニュースを見てひょっとして、と思っていた程度だった。 御当地フランスで解禁日を迎えたこと、いい思い出となることだろう。

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BioHackathon Europe 2019 day3

Written by Hidemasa Bono in misc on 水 20 11月 2019.

#BH2019Europe day3

やはり今日も、時差ボケでやはり朝早く起きてしまう。 3日目にして初めて、gitterというメッセージングツールが使われていることを知る。 そこに中間報告関係のサイトへのリンクがあって、我々の本家Biohackathonと同じくGoogle driveでプレゼン資料を作成。 ただし、時間は全体で1時間。 34プロジェクトあるから、1プロジェクトあたり、約2分とかなり短かったので、書いたことを読むぐらいでほぼ終了。

我々の 24 TogoEx: the integration of gene expression data の中間報告は以下の通り。

  • Achievements:
    1. Clarified what is needed in the data production for gene expression data collection
    1. Discussed how to re-use expression data with long non-coding RNA …

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BioHackathon Europe 2019 day2

Written by Hidemasa Bono in misc on 火 19 11月 2019.

#BH2019Europe day2

時差ボケでやはり朝早く起きてしまう。 感動的に美味い朝食のあと、午前9時からhack開始。

現在のさまざまな問題点をリストアップ。 それをもとにいろいろと議論。 夕方ごろにはやるべき方向性をほぼ決めた。 すなわち、「データ活用編」で、頑張っていくという結果として予定通りの路線。

ということで具体的な作業を開始したところで2日目は終了。

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BioHackathon Europe 2019 day1

Written by Hidemasa Bono in misc on 月 18 11月 2019.

#BH2019Europe day1

パリ市内から会場のある郊外へ。 順調に乗り換えれると約1時間半のところ、途中で1時間の待ちぼうけをくらった。 最寄駅からは歩くのは非推奨だったようだが、タクシーは当然止まってないので雨の降る中絶賛歩き。 15分ほどで会場に到着。

ランチのあと、午後から開始。 ハッシュタグは、#BH2019EUROPEということだが、微妙に違うのを流してしまう大失態。

Hacking projectとして34ノミネート。 私は、

24.TogoEx: the integration of gene expression data

のProject leadということで、2分間のプロジェクト説明。

Group photoのあと、宿舎へのチェックイン、そしてハック開始。 まずは場所ぎめから。

時差ボケでとても眠い中、夕食。 ディナーは、控えめに言ってもとてもうまい。 特にスープが。 やはり、本場は赤ワインがうまい。

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BioHackathon Europe 2019 day0

Written by Hidemasa Bono in misc on 日 17 11月 2019.

#BH2019Europe day0

Biohackathon Europe 2019に参加するため、今度はフランスシャルル・ド・ゴール空港(CDG)へ。 その移動時間、13時間余り。 パリは日本とは8時間の時差があるため、24+8=32時間の長い1日なので、あまりその移動時間の長さを気にすることなく。 しかし、本場は赤ワインがうまい。

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Statistical genetics 2019 day3

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 16 11月 2019.

第4回 ゲノムコホート研究における遺伝統計学 3日目

3日目の最終日には、奄美文化センターにて市民公開講座。 コホートに参加いただいた人も含めて、一般の人向けにもセミナーが設定されているのは素晴らしい。 どういったことをそこで話されているのか興味津々で、拝聴する。 どの先生もわかりやすい話をされててさすがだなと。 ぜひとも見習いたい。

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Statistical genetics 2019 day2

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 15 11月 2019.

第4回 ゲノムコホート研究における遺伝統計学 2日目

2日目の午前最後に自分の出番。 先日癌学会学術集会で紹介したツール群に加えて、NBDC/DBCLSの鉄板ツールを複数加えて紹介。 いつもの「統合TV知ってますか?」アンケートによるの統合TV認知度は6,7割だった。 実習ということで、やれる人は紹介したウェブサイトにアクセスしてやってみてくださいということで進めた。 しかしながら、講師(私)の方で実際にウェブブラウザを起動して実際にやってみると、反応が鈍く返ってこなかったり。 やはり、キッチリとスクリーンショットで準備してきておいてよかった。 そうやってハンズオンやってみたり時間調整をしながら、時間はほぼ予定通りの90分に収めた。

自分がやった実習以外にもUCSC Genome Browserのそれがあり、自分が普段やらないタイプの応用事例を知ることができて有益だった。

この2日目いっぱいでセミナー終了。 個人的には、遺伝統計学という主にヒトのvariantデータを扱う分野を学ぶ機会を得られてとてもよかった。

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Statistical genetics 2019

Written by Hidemasa Bono in misc on 水 13 11月 2019.

第4回 ゲノムコホート研究における遺伝統計学 0日目

セミナー「第4回 ゲノムコホート研究における遺伝統計学」に「バイオデータベースの利活用」実習の講師として呼ばれたので、一路奄美大島へ。

90分の講習で、スライドが120枚と多いなあと思っていたら。 機上でアニメーション付けながらチェックすると大きなinsertionがあり。 それで減って116枚に。

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annotathon2019

Written by Hidemasa Bono in misc on 火 12 11月 2019.

アノテーソン2019

Annotatho(n=Annotation+Marathon)もこれで3回目。 今回は、前回までの三島の遺伝研から場所を改めて、柏の葉キャンパス駅前のDBCLS柏にて。 会の詳細やそのログは、以下のGoogle documentに。 http://bit.ly/annotathon2019

所用のため、1日目のみの参加。 1日目のテーマは、「最近のアノテーションをとりまく状況と知識共有」。 午前にやった 「アノテーション(annotation)とは」 「アノテーションとキュレーション(curation)の違い?」 のディスカッションは、それぞれの人が持つアノテーションに対する認識の違いがあらわになってとても良かった。 もちろん、午後のさまざまな方による話題提供もinformativeで素晴らしかった。

2日目の議論が盛り上がることを祈りつつ…。

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RNAseqRecipe chapters

Written by Hidemasa Bono in RNAseqRecipe on 月 11 11月 2019.

RNAseqレシピ本の章立て

本日(2019年11月11日)に「RNA-Seqデータ解析 WETラボのための鉄板レシピ」(以下、RNAseqレシピ本)の表紙イメージと章立てが出版社(羊土社)のウェブページAmazonで公開された。 サムネールは準備中のようで現状出てないが、以下のリンクをたどると表紙イメージを見ることが出来る。

ここにもその章立てを紹介しておく。

  1. まずはこれだけ!解析環境を整える〜Mac+Biocondaを中心に
  2. データを入手する
    • 2.1. RNA-Seqの注意点〜外注時のリード数,小分子・長分子での違いなど
    • 【コラム】 RNA-Seq vs マイクロアレイ
    • 2.2. 公共データの利用〜AOEとRefEx,SRAデータ取得,メタ解析
  3. 転写産物の発現を定量する
    • 3.1. リファレンスゲノムにマッピングする方法①〜HISAT2 + StringTie
    • 3.2. リファレンスゲノムにマッピングする方法②〜STAR + RSEM …

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what is RNAseqRecipe

Written by Hidemasa Bono in RNAseqRecipe on 土 09 11月 2019.

RNAseqレシピ本とは

RNA-Seqが遺伝子発現測定手法として使われるようになって久しい。 2016年には、実験医学別冊としてRNA-Seq実験ハンドブックが出版され、RNA-Seqを利用したさまざまな実験手法が日本語で紹介された。 私も「RNA-seqはこうして誕生したーそしてデータ再利用へ」と題したコラムを寄稿させていただき、著者の一人となっている。

しかしながらRNA-Seqを含めた次世代シークエンサーを使った実験手法は、分子生物学の他の実験手法と比して比べ物にならないのデータ量(一回の実験(RUN)で数Gb)が得られる。 また、そのデータ解析の過程で出てくるファイルなども膨大で、FAT32フォーマットの上限である4Gbを越えることも(DrBonoBonのp87のコラム参照)。 そういった体験したことのないサイズのファイルを対象にしたデータ解析に戸惑っている人が非常に多いこと。 もちろん、上述の本や、それよりも先に刊行されていた次世代シークエンサーDRY解析教本にそのデータ解析の具体的なやり方が書かれていたものの、それ以外のより新しい手法やアプリケーションが多く開発され、それらは日本語では紹介されてはいなかった。 何より、RNA-Seqデータ解析に特化したプロトコール本がなかった

そこで、2018年末の日本分子生物学会年会を契機に企画を開始。 年が明けて2019年になってから多くの達人たちにRNA-Seqデータ解析のレシピを紹介することを依頼していった。 並行して次世代シークエンサーDRY解析教本 改訂第2版の編集が進められていたので、著者の選定に非常に苦労したのはご想像のとおりである。 その結果、出来上がったのが、この「RNA-Seqデータ解析 WETラボのための鉄板レシピ」である。

この「RNAseqレシピ本」の中身を続けて解説したいところであるが、近日出版社から本の表紙や目次が公開されるので …

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NGS_DAT2 dispatch

Written by Hidemasa Bono in NGS_DAT on 水 06 11月 2019.

次世代シークエンサーDRY解析教本 改訂第2版 第一報

言わずと知れた「次世代シークエンサー DRY解析教本」であるが、2015年9月の出版で色々と古くなっていた点も多く。 特にRNAseqのTopHat→Cufflinksによるデータ解析など、使われなくなっている現状。

そこで、前回の監修者の清水厚志さんと共に、2018年の夏から改訂を進めてきた。 Level2実践編、Level3共に執筆者を総入れ替え、改訂第2版とはいえ、ほぼ別の本となった。

Amazonに出てしまったので、取り急ぎここ(ぼうのブログ)にも記しておく。 なお、この本のtwitterのハッシュタグは #NGS_DAT この本に関わるtweetはこのハッシュタグを是非。

今回も多くの生命科学研究者に御助力願った。 お忙しい中、自作のプログラムを解説し、それらを再利用可能な形で公開してくれたことに感謝したい。 ありがとうございました!

経験上、Amazonでの購入の場合、早く手に入れたい場合は予約はお早めに。詳報は後日。

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