RNAseqRecipe for whom

Written by Hidemasa Bono in RecipeBook on 土 23 11月 2019.

RNAseqレシピ本の想定読者

いよいよ来週末の2019年11月29日に「RNA-Seqデータ解析 WETラボのための鉄板レシピ」(以下、RNAseqレシピ本)が発売となる。

流通の関係で、Amazonでの発売はそれより遅くなるとのこと。 早く手に入れたい方はリアル書店か日本分子生物学会年会会場にてゲットするのが良いだろう。 ちなみに、年会3日目の2019年12月5日(木)に本売場でRNAseqレシピ本を含めた私が編集や執筆でかかわった本の合同サイン会が予定されているので、乞うご期待。

RNA発現定量が手軽になり、多くの人がそれを試してみようとしている2019年現在、この本の想定読者は相当多くいるのではないか? そういう人を念頭にこの本を企画したのは言うまでもない。

簡略版の章立てを以下に示す。

  1. まずはこれだけ!解析環境を整える
  2. データを入手する
  3. 転写産物の発現を定量する
  4. リファレンスゲノムのない生物でde novo解析を行う
  5. 発現変動遺伝子群を検出する
  6. サンプル間の発現変動した遺伝子群の機能を推定する〜エンリッチメント解析
  7. 多数のサンプル間の類似度を比較する〜1細胞RNA-Seqの場合
  8. リードカウント以降の統合解析をウェブブラウザで行う〜iDEP
  9. 論文投稿に必須!データを登録・公開する〜DRA,GEA

断片的な知識はもちろんググって見つけることができる部分も多いと思うが、体系立ててそれを追えるのはこの本が初めてであろう。 特にこの本の力点の一つである3,4,5章はそれを解説している日本語のウェブサイトも多い。 しかしながら、それらの手法を比較し、それぞれの利点欠点を論じている日本語コンテンツはおそらく初めてであろう。 また、1細胞RNAseqの7章もこれまでなかったコンテンツで、この本のウリの一つ …

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BioHackathon Europe 2019 day5

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 22 11月 2019.

#BH2019Europe day5

ようやく、朝起きるのが正常になった。 しかし、今日でBiohackathon Europe最終日。 Final wrap-upとして以下のまとめを。

  • Achievements:
    • 1 Clarified what is needed in the data production for gene expression data collection including FANTOM, GTEx and Human Cell Atlas.
    • 2 Discussed how to re-use Cap Analysis of Gene Expression (CAGE) data for long non-coding RNA (lncRNA) knockdown (by …

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BioHackathon Europe 2019 day4

Written by Hidemasa Bono in misc on 木 21 11月 2019.

#BH2019Europe day4

やはり今日も、時差ボケでやはり朝早く起きてしまう。 このままボケたまま日本に帰れるか!?

まずは、昨日の続きでテストケースの計算をした後、これまで考えてきたことをさらに具体化、文書化してまとめた。

誘われて施設内にあるプールに行ってみたり。 プールだけでなく、ジャグジーやサウナもあって素晴らしい。 Biohackathonでいつも深刻な問題となっている運動不足が解消できた。

この日が最後の夜とあって、豪勢な夕食だったが、11月の第3木曜日ということでBeaujolais nouveau 2019が提供されるなど。 考えてみればこの日になるのは事前から判っていたはずだが、日本での一足先の解禁のニュースを見てひょっとして、と思っていた程度だった。 御当地フランスで解禁日を迎えたこと、いい思い出となることだろう。

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BioHackathon Europe 2019 day3

Written by Hidemasa Bono in misc on 水 20 11月 2019.

#BH2019Europe day3

やはり今日も、時差ボケでやはり朝早く起きてしまう。 3日目にして初めて、gitterというメッセージングツールが使われていることを知る。 そこに中間報告関係のサイトへのリンクがあって、我々の本家Biohackathonと同じくGoogle driveでプレゼン資料を作成。 ただし、時間は全体で1時間。 34プロジェクトあるから、1プロジェクトあたり、約2分とかなり短かったので、書いたことを読むぐらいでほぼ終了。

我々の 24 TogoEx: the integration of gene expression data の中間報告は以下の通り。

  • Achievements:
    1. Clarified what is needed in the data production for gene expression data collection
    1. Discussed how to re-use expression data with long non-coding RNA …

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BioHackathon Europe 2019 day2

Written by Hidemasa Bono in misc on 火 19 11月 2019.

#BH2019Europe day2

時差ボケでやはり朝早く起きてしまう。 感動的に美味い朝食のあと、午前9時からhack開始。

現在のさまざまな問題点をリストアップ。 それをもとにいろいろと議論。 夕方ごろにはやるべき方向性をほぼ決めた。 すなわち、「データ活用編」で、頑張っていくという結果として予定通りの路線。

ということで具体的な作業を開始したところで2日目は終了。

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BioHackathon Europe 2019 day1

Written by Hidemasa Bono in misc on 月 18 11月 2019.

#BH2019Europe day1

パリ市内から会場のある郊外へ。 順調に乗り換えれると約1時間半のところ、途中で1時間の待ちぼうけをくらった。 最寄駅からは歩くのは非推奨だったようだが、タクシーは当然止まってないので雨の降る中絶賛歩き。 15分ほどで会場に到着。

ランチのあと、午後から開始。 ハッシュタグは、#BH2019EUROPEということだが、微妙に違うのを流してしまう大失態。

Hacking projectとして34ノミネート。 私は、

24.TogoEx: the integration of gene expression data

のProject leadということで、2分間のプロジェクト説明。

Group photoのあと、宿舎へのチェックイン、そしてハック開始。 まずは場所ぎめから。

時差ボケでとても眠い中、夕食。 ディナーは、控えめに言ってもとてもうまい。 特にスープが。 やはり、本場は赤ワインがうまい。

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BioHackathon Europe 2019 day0

Written by Hidemasa Bono in misc on 日 17 11月 2019.

#BH2019Europe day0

Biohackathon Europe 2019に参加するため、今度はフランスシャルル・ド・ゴール空港(CDG)へ。 その移動時間、13時間余り。 パリは日本とは8時間の時差があるため、24+8=32時間の長い1日なので、あまりその移動時間の長さを気にすることなく。 しかし、本場は赤ワインがうまい。

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Statistical genetics 2019 day3

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 16 11月 2019.

第4回 ゲノムコホート研究における遺伝統計学 3日目

3日目の最終日には、奄美文化センターにて市民公開講座。 コホートに参加いただいた人も含めて、一般の人向けにもセミナーが設定されているのは素晴らしい。 どういったことをそこで話されているのか興味津々で、拝聴する。 どの先生もわかりやすい話をされててさすがだなと。 ぜひとも見習いたい。

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Statistical genetics 2019 day2

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 15 11月 2019.

第4回 ゲノムコホート研究における遺伝統計学 2日目

2日目の午前最後に自分の出番。 先日癌学会学術集会で紹介したツール群に加えて、NBDC/DBCLSの鉄板ツールを複数加えて紹介。 いつもの「統合TV知ってますか?」アンケートによるの統合TV認知度は6,7割だった。 実習ということで、やれる人は紹介したウェブサイトにアクセスしてやってみてくださいということで進めた。 しかしながら、講師(私)の方で実際にウェブブラウザを起動して実際にやってみると、反応が鈍く返ってこなかったり。 やはり、キッチリとスクリーンショットで準備してきておいてよかった。 そうやってハンズオンやってみたり時間調整をしながら、時間はほぼ予定通りの90分に収めた。

自分がやった実習以外にもUCSC Genome Browserのそれがあり、自分が普段やらないタイプの応用事例を知ることができて有益だった。

この2日目いっぱいでセミナー終了。 個人的には、遺伝統計学という主にヒトのvariantデータを扱う分野を学ぶ機会を得られてとてもよかった。

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Statistical genetics 2019

Written by Hidemasa Bono in misc on 水 13 11月 2019.

第4回 ゲノムコホート研究における遺伝統計学 0日目

セミナー「第4回 ゲノムコホート研究における遺伝統計学」に「バイオデータベースの利活用」実習の講師として呼ばれたので、一路奄美大島へ。

90分の講習で、スライドが120枚と多いなあと思っていたら。 機上でアニメーション付けながらチェックすると大きなinsertionがあり。 それで減って116枚に。

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annotathon2019

Written by Hidemasa Bono in misc on 火 12 11月 2019.

アノテーソン2019

Annotatho(n=Annotation+Marathon)もこれで3回目。 今回は、前回までの三島の遺伝研から場所を改めて、柏の葉キャンパス駅前のDBCLS柏にて。 会の詳細やそのログは、以下のGoogle documentに。 http://bit.ly/annotathon2019

所用のため、1日目のみの参加。 1日目のテーマは、「最近のアノテーションをとりまく状況と知識共有」。 午前にやった 「アノテーション(annotation)とは」 「アノテーションとキュレーション(curation)の違い?」 のディスカッションは、それぞれの人が持つアノテーションに対する認識の違いがあらわになってとても良かった。 もちろん、午後のさまざまな方による話題提供もinformativeで素晴らしかった。

2日目の議論が盛り上がることを祈りつつ…。

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RNAseqRecipe chapters

Written by Hidemasa Bono in RecipeBook on 月 11 11月 2019.

RNAseqレシピ本の章立て

本日(2019年11月11日)に「RNA-Seqデータ解析 WETラボのための鉄板レシピ」(以下、RNAseqレシピ本)の表紙イメージと章立てが出版社(羊土社)のウェブページAmazonで公開された。 サムネールは準備中のようで現状出てないが、以下のリンクをたどると表紙イメージを見ることが出来る。

ここにもその章立てを紹介しておく。

  1. まずはこれだけ!解析環境を整える〜Mac+Biocondaを中心に
  2. データを入手する
    • 2.1. RNA-Seqの注意点〜外注時のリード数,小分子・長分子での違いなど
    • 【コラム】 RNA-Seq vs マイクロアレイ
    • 2.2. 公共データの利用〜AOEとRefEx,SRAデータ取得,メタ解析
  3. 転写産物の発現を定量する
    • 3.1. リファレンスゲノムにマッピングする方法①〜HISAT2 + StringTie
    • 3.2. リファレンスゲノムにマッピングする方法②〜STAR + RSEM …

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what is RNAseqRecipe

Written by Hidemasa Bono in RecipeBook on 土 09 11月 2019.

RNAseqレシピ本とは

RNA-Seqが遺伝子発現測定手法として使われるようになって久しい。 2016年には、実験医学別冊としてRNA-Seq実験ハンドブックが出版され、RNA-Seqを利用したさまざまな実験手法が日本語で紹介された。 私も「RNA-seqはこうして誕生したーそしてデータ再利用へ」と題したコラムを寄稿させていただき、著者の一人となっている。

しかしながらRNA-Seqを含めた次世代シークエンサーを使った実験手法は、分子生物学の他の実験手法と比して比べ物にならないのデータ量(一回の実験(RUN)で数Gb)が得られる。 また、そのデータ解析の過程で出てくるファイルなども膨大で、FAT32フォーマットの上限である4Gbを越えることも(DrBonoBonのp87のコラム参照)。 そういった体験したことのないサイズのファイルを対象にしたデータ解析に戸惑っている人が非常に多いこと。 もちろん、上述の本や、それよりも先に刊行されていた次世代シークエンサーDRY解析教本にそのデータ解析の具体的なやり方が書かれていたものの、それ以外のより新しい手法やアプリケーションが多く開発され、それらは日本語では紹介されてはいなかった。 何より、RNA-Seqデータ解析に特化したプロトコール本がなかった

そこで、2018年末の日本分子生物学会年会を契機に企画を開始。 年が明けて2019年になってから多くの達人たちにRNA-Seqデータ解析のレシピを紹介することを依頼していった。 並行して次世代シークエンサーDRY解析教本 改訂第2版の編集が進められていたので、著者の選定に非常に苦労したのはご想像のとおりである。 その結果、出来上がったのが、この「RNA-Seqデータ解析 WETラボのための鉄板レシピ」である。

この「RNAseqレシピ本」の中身を続けて解説したいところであるが、近日出版社から本の表紙や目次が公開されるので …

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NGS_DAT2 dispatch

Written by Hidemasa Bono in NGS_DAT on 水 06 11月 2019.

次世代シークエンサーDRY解析教本 改訂第2版 第一報

言わずと知れた「次世代シークエンサー DRY解析教本」であるが、2015年9月の出版で色々と古くなっていた点も多く。 特にRNAseqのTopHat→Cufflinksによるデータ解析など、使われなくなっている現状。

そこで、前回の監修者の清水厚志さんと共に、2018年の夏から改訂を進めてきた。 Level2実践編、Level3共に執筆者を総入れ替え、改訂第2版とはいえ、ほぼ別の本となった。

Amazonに出てしまったので、取り急ぎここ(ぼうのブログ)にも記しておく。 なお、この本のtwitterのハッシュタグは #NGS_DAT この本に関わるtweetはこのハッシュタグを是非。

今回も多くの生命科学研究者に御助力願った。 お忙しい中、自作のプログラムを解説し、それらを再利用可能な形で公開してくれたことに感謝したい。 ありがとうございました!

経験上、Amazonでの購入の場合、早く手に入れたい場合は予約はお早めに。詳報は後日。

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RNAseqRecipe dispatch

Written by Hidemasa Bono in RecipeBook on 火 05 11月 2019.

RNAseqレシピ本第一報

2018年末より企画を開始して、多くの達人たちに依頼してきたRNA-Seqデータ解析のレシピが詰まった本が「RNA-Seqデータ解析 WETラボのための鉄板レシピ」として今月(2019年11月)末に発売開始されることが決まった。

著者による略称は、「RNAseqレシピ本」とするつもり。

その日のうちにAmazonに出ていたので、取り急ぎここ(ぼうのブログ)にも書いておく。 なお、この本のtwitterのハッシュタグは #RNAseqRecipe この本に関わるtweetはこのハッシュタグを是非。

経験上、(amazonでの購入の場合)早く読みたい場合は予約はお早めに。詳報は後日。

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Talk on Comparative Insect Transcriptomics

Written by Hidemasa Bono in misc on 月 04 11月 2019.

虫の会前座@第42回日本分子生物学会年会

分セーにあわせて今年も開催される「虫の会(本会)」の前座で話します(意訳:第42回日本分子生物学会年会で開かれる「虫の会(まじめ版)6:昆虫学のネクストステージ(現在から未来)」で話します)。 ちょうど、1ヶ月後の今日(2019年12月4日)。

前回は、ワークショップとして採択されて年会の昼の時間帯に開催されていたが、今回はフォーラムでの採択となったため、夜の開催。 場所、時間等詳細情報は以下の通り。

2F-15 虫の会(まじめ版)6:昆虫学のネクストステージ(現在から未来) 6th insect meeting: Entomology from present to future

日時:12月4日(水)18:30〜20:00 会場:第15会場(福岡国際会議場 2階 …

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Talk on bioRxiv

Written by Hidemasa Bono in misc on 日 03 11月 2019.

bioRxivとは何か?@第42回日本分子生物学会年会

約1年前の2019年9月に書いたブログエントリ、BioRxivとは何かがわりと見られているようだ。 そのせいか、第42回日本分子生物学会年会の学会企画、研究倫理委員会企画・研究倫理フォーラムにて「bioRxivとは何か?」と題して話することになった。 ちょうど、1ヶ月後の今日(2019年12月3日)だ。

「研究成果発表のあるべき姿:オープンサイエンス推進の潮流」 日時: 2019年12月3日(火)18:30~20:00 会場:第12会場(福岡国際会議場2階201)

この時間帯の30分をいただいており、講演の要旨は以下の通り。

bioRxiv(バイオアーカイブ)をはじめとするプレプリントサーバの活用が生命科学分野においても急速に広まりつつある。演者も海外での学会発表の前などに複数回研究論文をアップロードしたことがある。しかしながら、その情報の質など問題点も多く指摘されている。そこで本講演では演者の実体験を交えながら、その利点と欠点に関してbioRxivを紹介する。

そのころと比べて、さらにbioRxivへの投稿数も増えている。 そのことは2019年1月のNatureのNews(What bioRxiv’s first 30,000 preprints reveal …

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4th RDF tutorial

Written by Hidemasa Bono in misc on 木 31 10月 2019.

第4回RDF講習会

第4回RDF講習会が2019年10月31日に開催。 これまでと異なり、今年は市ヶ谷駅に近いほうのJSTではなく、JST東京本部の地下会議室にて。 今年も参加して復習。

去年と比べて、さらに洗練された印象。 具体例はタイムリーなコンテンツを使っていて、わかりやすく。 今回の講習会もすべて録画されていて、後日統合TVから配信される予定なので、参加できなかった方は是非。

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21st Workflow Meetup

Written by Hidemasa Bono in misc on 水 30 10月 2019.

21st Workflow Meetup

21回目の今回も参加。 cwltoolが古いかも疑惑があり、 conda install -c conda-forge cwltool でconda-forgeからインストールし直し。 ただ、達人的にはpipapt-getによるインストールが推奨らしい。 Docker上で使うのが基本だからかな。

それを使って某再現を試みた。 各種ツールをインストールすることなく、解析結果が最終的に出るのはいいけど、何をやっているのかが分かりにくく。 やはり1行づつなぞっていくのがデータ解析内容を理解するには必須だなと。

ワークフローのテストについて、参加者全員で2時間ほどdiscussionしたが、普段テストらしいテストをやっていない自分でも実はテストっぽいことをやっていたり、それに関係することに手を染めているらしいことを認識。 それっぽい運用を自分自身でやってなかったけど、今後は発生しそうなので、その際にはきっちりやるようにしたい。

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rsync hacks

Written by Hidemasa Bono in misc on 火 29 10月 2019.

必要な拡張子のファイルだけをrsync

AOEのindexを作成するためにArrayExpressのメタデータだけをダウンロードして使っていたのが始まりだったが、DDBJとの協力関係の下、ArrayExpressのファイル全体をmirrorしてきた

しかしながら、諸事情あってそれを止めることになったので、AOEの更新のために必要なメタデータだけ取得することに。 同梱されているbamファイル全体の容量が巨大となってきて、それの転送に時間がかかるし、何よりローカルに持っておくスペースが…。

そこで、qiitaの記事rsyncでサブディレクトリ含む特定パターンのファイルのみコピーするを参考にそれが可能かを模索してみた。 より具体的には、.sdrf.txt.idf.txtという拡張子をもつファイルだけを、rsync://anonymous@rsync.ebi.ac.uk/pub/databases/arrayexpress/data/experiment/以下から再帰的に探して取ってくることが以下のコマンドで出来た。

1
2
#!/bin/bash
rsync -avvrm --include="*/" --include="*.sdrf.txt" --include="*.idf.txt" --exclude="*" rsync://anonymous@rsync …

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Superoxide dismutase down-regulation and the oxidative stress is required to initiate pupation in Bombyx mori

Written by Hidemasa Bono in papers on 月 28 10月 2019.

蛹化が早まる現象の分子メカニズムの一端を解明

東京農工大学大学院農学研究院生物生産科学部門 天竺桂弘子准教授を中心とした研究グループによる共同研究論文 “Superoxide dismutase down-regulation and the oxidative stress is required to initiate pupation in Bombyx mori” が Scientific Reports に掲載された。

チョウ目昆虫であるカイコ (Bombyx mori)が蛹期に幼虫の体を成虫の体へ“つくりかえる”ために幼虫の体を一旦溶かし、成虫の体をつくるプロセスにおいて、カイコは蛹になる前にわざと体内の活性酸素の量を増加させることが明らかになりました。 公共データベースからの必要なデータの探索ならびに非モデル生物におけるトランスクリプトーム配列データ解析と可視化などのドライ解析において貢献しました。

今回は、単にウェブページでのお知らせだけでなく、東京農工大学ーライフサイエンス統合データベースセンターの共同プレスリリースとなった。

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drbonodojo 1month

Written by Hidemasa Bono in drbonodojo on 土 26 10月 2019.

道場本出版1ヶ月

今日(2019/10/26)で日本癌学会学術総会の会場で売り始めてから1ヶ月。 その間、2019年10月17日につくばの農研機構でセミナーさせていただいたり、2019年10月20日に大阪梅田にて「生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析実践道場」の読書会が開催されるなど、イベントが盛りだくさんだった。 もちろん、Gregg Semenza先生がノーベル賞を取られたという大ニュースがあったことも外せないが。

読書会の日以外は、いつものことだが、本のハッシュタグ使っているのはもっぱら筆者だけという。 もっと不明な点や感想、これがあったら良かったのに等、twitter上に出てくると著者としては嬉しいのだが。

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DrBonoDojo meeting Osaka

Written by Hidemasa Bono in drbonodojo on 日 20 10月 2019.

「生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析実践道場」読書会 @大阪

2019年10月20日に大阪梅田にて「生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析実践道場」の読書会が開催された。

道場本のまえがきにも書いた通り、前回Bono本が出版された際にも読書会が開かれたが、それには参加できなかったので、今回はリベンジの著者参加。 開会の挨拶に引き続いて、巻頭の「Dr.Bonoのデータ解析8箇条」に関して説明。 この趣旨を話すのは実は初めてかもしれないが、実はしょっちゅう私が周りに言っていることなので、あまり新鮮味はなかったかもしれない。

書いた本を読んでそれを元に若手が発表するのを聞くのは、なんというか著者冥利に尽きる感じ。 意図したところがきっちり伝わっているのを知れるのは、とても嬉しい。 逆も然りで、強調して伝えたかったのに伝わってなかったポイントは今後の糧に。

結局、直前に参加者が増えて、20人を超える方が参加。 懇親会も12人が参加して盛り上がったかと。

また、機会があればやってみたい。

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Kaiko RefEx

Written by Hidemasa Bono in papers on 金 18 10月 2019.

カイコのリファレンストランスクリプトームデータ公開

微力ながら参画させていただいたカイコリファレンストランスクリプトームセットを作るプロジェクトの論文がbioRxivから公開

Reference transcriptome data in silkworm Bombyx mori https://doi.org/10.1101/805978

それに伴って、データも同時に全部オープンに。

  1. 生配列データは Sequence Read Archive (SRA)DRA008737
  2. アッセンブルしたトランスクリプトームデータ(配列)は、 Transcriptome Shotgun Assembly (TSA)ICPK01000001-ICPK01051926
  3. 遺伝子発現量は、Gene Expression Archive (GEA)E-GEAD-315
  4. 以上の公共データアーカイブに置けないデータは、JSTバイオサイエンスデータベースセンター(NBDC)DBarchivedoi:10.18908 …

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seminar at NARO NIAS 2019

Written by Hidemasa Bono in misc on 木 17 10月 2019.

生命科学データ解析セミナー@農研機構

農研機構の生物機能利用研究部門にセミナーで呼ばれたので、つくばまで遠征。 「生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析実践道場」が先月(2019年9月)に出版されたのがきっかけ。

生命科学データ解析をお題に60分。 どのような生命科学データ解析がなされているかという概論の後に、コマンドライン(CUI)とその活用として2つ事例を紹介。 一つ目は、遺伝子発現のDBとその活用ということで、ブタ成熟脂肪細胞の脱分化機構の網羅的解析の事例を。 二つ目は、リファレンス発現データセットとしてRefExに入っているFANTOM5のヒトトランスクリプトームデータを再利用した、生物種間比較トランスクリプトーム解析の実例(カイコ)を。 この種の要請はあればできる限りやっていくべきだなといつもながら感じた次第。

そして共同研究打ち合わせも併せて行い、bioRxivにカイコリファレンストランスクリプトーム論文submit。 (追記)その日が変わったぐらいに受理されて即公開されるという急展開。

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Japan Spotfire User Group Meeting 2019

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 11 10月 2019.

Japan Spotfire User Group Meeting 2019

去年はほぼ参加できなかったので、2年ぶりのJASPUG meeting。 160人ぐらい参加ということで、15年前ぐらいに始めた時と比べると人が格段に増えた。

分科会の盛り上がりは相変わらず。 GWAS Catalogのデータを再利用する発表があったのはとても嬉しく、そういった公共DB利用系の研究が製薬研究でも広まってくれるといいなと。 さらに別の有用な公共DBを使いやすくするツールを質問と見せかけて宣伝したり。 この機会に知ってもらって一人でも多く利用してくれれば、と。

ポスター発表も27演題もあったとのことで、とても盛況だった。 今回は講演もないので、話しやすくなるだろうと思って海外の学会で発表したポスターを持って行った。 ハンドアウト付きで。

Hidemasa Bono An integrated index of public gene expression databases and its application for meta-analysis of hypoxic transcriptomes https://doi.org/10.7490/f1000research …

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Symposium105 2019

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 05 10月 2019.

トーゴーの日シンポジウム2019

今年で9回目。 だが相変わらず、作る側の報告会的な色合いが強く感じられる。 使う側に向けた発表や企画をもっと打ち出して行くべきだろう、これまでの講習会などに加えて。 アウトリーチの頑張りどころかと。

chalkless氏による年表も「トーゴーの20年史」となり、時代を感じされせられる。

継続は力なり

派手さはないが、続けていって欲しい。

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20th Workflow Meetup

Written by Hidemasa Bono in misc on 月 30 9月 2019.

20th Workflow Meetup

今回も参加。 話を聞いて、塩基配列のPSSMはオワコンかと思っていたが、復権するかもしれないかもと思ったり。 zatsu-cwl-generatorを動かして感銘を受けたり。

個人的には某確認や某再現を試みた。 pitagora meetupとのmergeの回だったが、conflictは起きなかったということで。

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78th JCA day3

Written by Hidemasa Bono in togotv18 on 土 28 9月 2019.

第78回日本癌学会学術総会3日目

3日目の最終日の午前にようやく自分の発表が。 「公共データベースを活用したDRYながん研究入門 / Introduction to DRY-intensive cancer research that makes full use of public databases」と題して、入門的な話をさせていただいた。 癌研究者が使いそうなツールを中心に五月雨式に紹介していった50分だったが、大きく分けて

  1. Gene expression
  2. Variant
  3. Cancer

の3つのカテゴリに分けて、8種類のツール群を紹介した。 その詳細は以下のスライドの通り。 100枚を超えるスライド数になったが、ちゃんと時間の50分に収まった。

公共データベースを活用したDRYながん研究入門で紹介した各ツールと統合TV本
で対応する章

基本、拙著生命科学データベース・ウェブツール(通称:統合TV本)の後半で紹介したデータベースやウェブツールを紹介したのだが、見ての通り対応する章がない項目もある。 それでも統合TVにはチュートリアル動画があるものばかりなので、「ツール名」+「統合TV」のキーワードでインターネット検索してください、と。 動画を見れば使えるようになると思うが、本を買って学ぶやり方もあり、ということで。

ここで紹介したウェブツールが使いこなせるようになったら、この癌学会学術総会で発売開始した「生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析実践道場」こと道場本や …

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78th JCA day2

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 27 9月 2019.

第78回日本癌学会学術総会2日目

午前は、「モデル生物を用いたがん研究の最前線/Cutting edge of cancer research from model organisms」のシンポジウムに共同研究者の発表を聞きに行く。

午後は、今年も開催された若手企画「若手企画1:続・10年後のがん研究/Re: Cancer Research in the next 10 years」に。 問題の深刻さ、癌研究者/学会が認識し適切な対処をしないと癌患者/癌医療/癌研究を守れないとのこと、会場の人には伝わったと思います。 twitterで頻繁にお見かけするO先生による「嘘の癌情報/詐欺的治療があふれる日本の現状」の報告。 実はフォローしてなかったことがわかり、すぐにフォローさせていただくなど。 さらに彼はブログで発信もされており、これもアンテナに追加。 そしてさらに実はそのブログのエントリの一つはすでにみていたと判明…。 本当、世の中狭いものです。

夜は、若手飲み会 …

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78th JCA day1

Written by Hidemasa Bono in drbonodojo on 木 26 9月 2019.

第78回日本癌学会学術総会1日目

2019年9月26日からの3日間、京都国際会館で開催された第78回日本癌学会学術総会に参加。 午前には、日本癌学会・日本医療情報学会 合同シンポジウム:がんゲノム医療時代における医療情報を。 データの置き場に関して大問題になっていることはここでも認識されていることを再確認できた。

また、午後には「腫瘍内微小環境ストレス」のシンポジウムで、Gregg Semenza先生の講演 Hypoxia-inducible factors mediate immune evasion by cancer cells を拝聴する。 2018年に発表された論文、Chemotherapy induces enrichment of CD47+/CD73+/PDL1+ immune evasive triple-negative breast cancer cellsとその続きの話がメインだったかと。

そして、同日(2019年9月26日)、「生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析実践道場」こと道場本発売開始

それなりに手に取って見ていただけているようで、書いた人間としては大変満足。 コマンドラインの使い方がハイライトされた内容でちょっとマニアックかなと思っていたが …

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How did I write drbonodojo

Written by Hidemasa Bono in drbonodojo on 火 24 9月 2019.

どうやって道場本を書いたか?

本日(2019年9月24日)、ついに出版社に印刷された「生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析実践道場」こと道場本納品された模様Dr.Bonoの生命科学データ解析(Bono本)の実践書という位置付けの道場本だが、本を書き上げていったやり方は、2年前のBono本の時とは異なるやり方を今回試してみた。

Bono本の著者は私1人であったものの、編集者とのやり取りの即時性、ファイルでやり取りした際に原稿に複数のバージョンが生まれてしまうバージョニングの問題を鑑みて、クラウド(Google drive)を活用した原稿のグループ共有を実践した。 テキスト情報のみならず、本に使う図に関しても、クラウドを使うことでファイルサイズが大きすぎて電子メールで送れない問題を回避した。 また、校正のファイルの受け渡しに関してもクラウドを利用することで、かなりスムーズにデータの受け渡しが行われた。 ただし、最終的なゲラに関しては、実際に印刷した感じがどうなるかということもあって(フォントが画面で見たときや手元で印刷したものだと異なることもあって)、紙に印刷したものを送ってもらってチェックしたのだが。

今回はさらに一歩進めて、原稿はmarkdownで記述し、GitHubを使って編集者と原稿をやり取りすることを試みた。 というのも、ちょうど原稿を書き始めようとしていた2019年の年頭頃にGitHubが無料でプライベートリポジトリを無制限に作れるようになったという衝撃のニュースがあり、これまでずっと公開レポジトリしか使ってこなかった自分もプライベートレポジトリを使ってみようかという気になったというもある。 また、ほぼ同じ頃に公開された世の中の小説作家と編集者は今すぐ Word や G Suite …

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DrBonoDojo for whom

Written by Hidemasa Bono in drbonodojo on 月 23 9月 2019.

道場本の想定読者とは?

「生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析実践道場」こと道場本がついに今週発売される。

Dr.Bonoの生命科学データ解析(Bono本)を出版した時にも書いた想定読者について、今回の道場本でも著者の狙いを書いてみようと思う。それによると、

Bono本の想定読者であるが、基本的には生命科学分野の大学院生やポスドクを想定している。

とあるが、道場本に関しても基本的には全く同じである。 ただ特にR18指定する意図はなくw、データ解析に興味のある中学生や高校生にも十分読める内容ではないかと著者は思っている。 より具体的には、公共データベースを利用した生命科学データ解析をもっと利用したいと思っているが、どこから手をつけたらいいかわからない、どうやったらいいかわからない、そういった方を想定している。

準備、基礎、実践の3つの「編」で構成されており、最初の二編は通読を想定している一方、最後の実践編は興味のある順に読み進めるとよいかと。 詳しい章立ては、過去のブログエントリを参照にしてほしい。

第1章「準備編」で、データ解析するためのコンピュータ環境についてマシンの選び方から設定方法まで書いている。 特に、「1.3周辺機器の設定」などはなかなかモノの本には載ってない内容ではないかと。

続く第2章「基礎編」はUNIXコマンドラインの使い方の説明となっている。 これまで紙面を割いて書くことができなかった内容に関して詳細に書くことができた。 例えば、LANの中のマシンへのリモートログインやbyobuの使い方がそれである。

最後の第3章 …

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Shizuoka.ngs mokumoku-kai

Written by Hidemasa Bono in misc on 日 22 9月 2019.

Shizuoka.ngsもくもく会

前回のShizuoka.ngsとはまた別の貸し会議室@静岡駅前で、Shizuoka.ngsもくもく会が開催された。

これまでのRNA-seqではなく、今回はメタゲノムデータ解析に用いられるQiime2のチュートリアルをみんなでやろうということで。 Oさんをはじめとして参加者によって、チュートリアルにあるコマンド等をGithubにログとして残しつつ、各々チュートリアルを実行した。

それぞれに勉強になったのではないかと。

taxa-bar-plots.qzv

個人的にはウェブブラウザでの可視化をどう実現しているか、プロットを色々カスタマイズしてみたりして調べてみるなど。

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Mishima.syk 14th

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 21 9月 2019.

Mishima.syk#14

14回目となったMishima.sykは7ヶ月ぶりに。 場所はいつものプラザヴェルデ4階の会議室にて。

今回は、ちょうど阪医Python会の3人が三島合宿にきていたということもあり、彼らにも話してもらう機会を得た。 彼らには、この1週間でやっていたことに関する発表をしてもらった。 ブッツケ本番でやったが、うまく発表できていたのは、さすがだなあと。

自分は、ここのところ本業で関わっているCWLの紹介をさせていただいた。 すぐに終わるつもりだったが、どういうものか、どう使うべきと考えているか、など話していたら、割と時間がかかってしまい、質疑入れると予定していた30分ちょうどぐらいに。

最後にはちゃっかり「生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析実践道場」こと道場本の宣伝も。

夜の部は、いつも通り素晴らしくオーガナイズされており、まさしく時間を忘れていろんなネタで盛り上がった。

(2019/09/23追記) 阪医Python会の彼らはさらに1週間学んだことを素晴らしいレポートにまとめてくれた。 短い期間のうちに色々吸収してくれたんだなあと、レポートを見返してシミジミ思う。 おつかれさまでした。

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DrBonoDojo preface

Written by Hidemasa Bono in drbonodojo on 木 19 9月 2019.

道場本の序文公開

「生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析実践道場」こと道場本の序文が出版社のウェブサイトの道場本のページより公開。 ここには以前のエントリでも紹介した、道場本章立ても公開されている。

「非プログラマのバイオ系」のDr.Bonoならでは、の内容となっている。 序文に曰く、

生命科学データを題材としてPythonなどのプログラミング言語を紹介する書籍はあるものの,それらのプログラミングだけできても生命科学データ解析の達人にはなれない。それならば,生命科学データ解析のためのコンピュータリテラシーをきっちりと身につけられるコンテンツにしたほうがよいだろうと考えた。

「自分もそうだ」と思う方はどのようなことが書かれているか、章立てのみならず、是非中身を覗いてみてください。 特に第3章「実践編」を。

また、この序文はAmazonの「内容紹介」の欄にも掲載されている。

いよいよ発売される感が出てきた。

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OUM-python club in-turn 2019 autumn

Written by Hidemasa Bono in misc on 火 17 9月 2019.

阪大医Python会秋合宿@三島

半年前の春合宿に引き続き、 阪大医Python会の優秀なる2人の医学部生が、秋合宿と称して職場に来襲。 9/17-21までの5日間滞在。 ただし、最終日は職場でなく、Mishima.syk#14に参加して発表というハードなスケジュール。

その様子は今回も、かつての統合牧場を彷彿する様子で、GitHubにログを残していってくれている。

これから、どう展開していくか、とっても楽しみ。

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Smart watch for blood pressure measurement

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 14 9月 2019.

血圧測定もできるスマートウォッチ

2019年9月発表のApple Watchの新機種に血圧測定機能を期待していたのだが、それは付かなかった。 今月末で消費税も上がるので、失意の中、次なる行動に移る。

友人が着けているのを見たスマートウォッチ、三千円ちょいで血圧測定機能が付いているという。 そこで、AppleWatchに加えてそれを買ってみた。

表示は四千円近いが、クーポンで実質3,100円ほど。 注文してから2日で届き、着けてみたところ、確かに血圧が測れる。心拍数も。 また、着けて寝るだけでも睡眠も自動で測ることができた。 もちろん、目安程度かもしれないが、便利。

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DrBonoDojo will be sold in JCA78

Written by Hidemasa Bono in drbonodojo on 金 13 9月 2019.

道場本は今年の第78回日本癌学会学術総会で販売開始

「生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析実践道場」こと道場本は本日いよいよ印刷に入った模様。 発売日は、2019年9月27日となっているが、2019年9月26日〜28日に京都国際会議場である第78回日本癌学会学術総会で販売されることに。 道場本の章立てに関しては以前のエントリに載せてありますので、そちらを参照。

なお著者自らも参加し、最終日の3日目9/28(土)に発表します。 その発表内容は道場本に沿ったものというよりは、むしろ生命科学データベース・ウェブツールこと統合TV本にあるレベルの内容で、その癌研究版となる予定。 なので、気軽に聴きにきてください!

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BioHackathon2019

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 07 9月 2019.

Biohack19

今年のBiohackathonは福岡で開催。 日曜日の公開シンポジウムで始まり、続く月曜日から土曜日まで丸1週間ハッカソンといういつものスタイル。

シンポジウムは去年に引き続き、Lightning talkの5分間をやらせていただく。 TogoeXというタイトルで、RefExAOE周りを紹介。

ハッカソンではTogoeXチームで、遺伝子発現データベース周りを色々と。 ROIS-DS-JOINTの研究費で来てもらうことが実現した共同研究者たちと議論しながら、それぞれの課題を鋭意進めることができた。

今回は学生さんが多数参加しており、2回あったバーベキューパーティーでそういった人と話す機会もあった。 非常に良い試みだったと思うので、よりさまざまな分野の学生さんの参加があるとよいなあと。 今後取り組んでいきたい。

それ以外にも、いろんな人を知っている者として、つなぐhubとして積極的にリンクを増やす老人力を発揮してみた。 すなわち、デフォルトお互いは知らないという前提で人を紹介していく作戦。 それがいい交流のキッカケとなっていればいいな。

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DrBonoDojo chapters

Written by Hidemasa Bono in drbonodojo on 水 04 9月 2019.

道場本の章立て

2019年9月4日に、Amazon.co.jpで「生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析実践道場」こと道場本の表紙イメージが公開された。 サムネールは準備中のようで現状出てないが、以下のリンクをたどると表紙イメージを見ることが出来る。

それもあってか、中身に関して訊かれることも多くなってきた。 そこで、出版社に許可をいただいたので、前のエントリで予告したように、道場本の章立てを紹介する。

  • 1章 準備編
    • 1.1 Mac を買おう
    • 1.2 Mac をセットアップしよう
    • 1.3 周辺機器の設定
  • 2章 基礎編
    • 2.1 UNIX コマンドラインを使ってみよう
    • 2.2 コマンドラインの基本操作
    • 2.3 シェルプログラミングのための環境構築
    • 2.4 ネットワークを介して遠隔のコンピュータを操作する
  • 3章 実践編
    • 3.1 …

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what is drbonodojo

Written by Hidemasa Bono in drbonodojo on 日 01 9月 2019.

道場本とは

以前にも書いたように、「Dr. Bono の生命科学データ解析」ことBono本はこのぼうのブログを生命科学データ解析の教科書としてまとめたものである。

出版されてから多くの方に読んでいただき、読書会なるものまで開いていただいた。 その際要望として出てきたのが、書いてあることをなぞって(「写経」して)、中身のコマンドを学習できるテキストが欲しいということであった。

そのようなテキストとしては、次世代シークエンサー(NGS)から得られた配列データ解析のプロトコル本として2015年に清水厚志さんと監修で出した「次世代シークエンサーDRY解析教本」がある。

しかしながら、NGSが関係ないところでも配列解析のワザは必要とされている。 例えば、配列類似性検索(BLAST)、タンパク質ドメイン検索や系統樹作成などがそれである。 また、本格的なプログラミングをしなくても、コマンドラインでデータ解析は十分可能である。 それを実践的に紹介するコンテンツとして、今回の「生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析実践道場」こと道場本を執筆した。

今回の道場本は、教科書であるBono本の該当箇所のポインタもふんだんに含んでおり、Bono本同様ネタとなっているコンテンツはこのぼうのブログに原型があるものも多くある。 解析方法を網羅する形でなく、実際の論文の一部となったデータ解析を、実例をメインに紹介している。 結果としてBono本とほぼ同じページ数で、値段も同じとなった。

2019年9月26日〜28日に京都国際会議場である第78回日本癌学会学術総会がそのお披露目となる。 自分も参加し …

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DrBonoDojo dispatch

Written by Hidemasa Bono in drbonodojo on 木 29 8月 2019.

道場本第一報

今年(2019年)の年明けより書いていた原稿が「生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析実践道場」という名前の本になると正式決定。 著者による略称は、「道場本(どうじょうぼん)」とするつもり。

その日のうちにAmazonに出ていたので、取り急ぎここ(ぼうのブログ)にも書いておく。 なお、この本のtwitterのハッシュタグは #DrBonoDojo この本に関わるtweetはこのハッシュタグを是非。

経験上、(amazonでの購入の場合)早く読みたい場合は予約はお早めに。詳報は後日。

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IT for Biological Data Analysis: a half year

Written by Hidemasa Bono in IT4BDA on 土 17 8月 2019.

生命科学分野の最新のデータ表現方法としてのRDF

いつの間にか、「生命科学データ解析を支える情報技術」が発売されてから半年が過ぎていた。

それを思い出させたのは、先日のお盆thonの有識者会議。 第4章「テキストマイニング」の91ページからの4.2生命科学分野の最新のデータ表現方法は、データベース統合化の開発をしている人たちにとってよい(日本語)リソースとなっている、と聴いて。

有効に、しかも意図した通りに使われていて、著者かつ監修者の私を前にしてのお世辞かもしれないが、素直に嬉しい。

もし次があるとしたら。 それらをうまく使いこなす実例の手引書があるといいですね。

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19th Workflow Meetup 4

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 16 8月 2019.

お盆thon最終日

最終日の4日目も昨日に引き続き、vscodeでlive shareしつつ。 audioをonにするとwrap-upまでshareできてしまうという。

その際話題になったのが、condaで入れたcwltoolはバージョンが古いということだったが、どうもbiocondaチャンネルのcwltoolのバージョンが最新でも2018年製のそれでの模様。 conda-forgeチャンネルのは2019年製のそれにアップデートしているようだった。 なので、cwltoolのインストールは conda install -c conda-forge cwltool で良いのではないかと。

結果として、今回の目標だったRNA-seqデータの類似性検索の調べ物はそれほどはかどらなかったが、その周辺知識を色々と得ることができた。 4日間こもってmeetupに参加してコードに向き合うことで、個人的にはとてもよいリフレッシュになった。 議論がハイレベルで、興味深く、参加していて大変おもしろかったです。 お付き合いいただいた皆様、ありがとうございました。

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19th Workflow Meetup 3

Written by Hidemasa Bono in misc on 木 15 8月 2019.

お盆thon3日目

昨日に引き続き、vscodeでlive shareしつつ、みんなでCWL書き。

今日は、kallisto BUStoolsのチュートリアルを襷リレーでCWL化。 自分は、bustools-correct.cwlを書かせていただいた。 それ以外のCWLを含めたコードもここからすでに公開されていたり。

実はこのチュートリアル、今回の目標である、RNA-seqデータの類似性検索にどストライク系。 それ以外にもsingle cell データ解析関係で、以前に入れたCellFishing.jlを使うためにJuliaを最新版v1.1.1にしたり、今後、acceptableなファイルのフォーマットを調べるなど。

今日も色々充実した1日だった。

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19th Workflow Meetup 2

Written by Hidemasa Bono in misc on 水 14 8月 2019.

お盆thon2日目

実は、昨日にもやっていたのだが、vscodeのlive shareを使って、会場にいない人とも共同作業。 今日は、CWLを書くところを、Dockerfileを書くところから live codingしていただいて大変参考になった。 しかもlive shareにaudioまで加わって、実際にやっているところで話されている会話までもがshareされて。 近未来感を感じるmeetupであった。

その裏では、今回の目標に掲げた、RNA-seqデータの類似性検索に向けて、取り組んでいたり。 明日、CWL化を試みるというBUStools周りにも期待!

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19th Workflow Meetup 1

Written by Hidemasa Bono in misc on 火 13 8月 2019.

お盆thon1日目

15回目に参加して以来、workflow meetupは3回連続して参加。 前回の18回目は大阪出張(AJACSa6河内)と重なり不参加となったが。 19回目の今回は、お盆中に4日間連続の「お盆thon」。

今回の目標: RNA-seqデータの類似性検索に向けて取り組む

ということで始めたが、初日の今日(8/13)はCWL実行環境を農研機構の横井翔さんに伝導。 前回このworkflow meetupで書いていた以下のブログをテキストに - Common Workflow Language(CWL)を使ってkallistoを実行する - Running salmon via CWL

カイコの公共RNA-seqデータの発現定量(by 横井さん)に向けて、大幅に前進したつもり。

その際に参加者の方々からいただいた、本日の学びは、

「自分でパッケージを極力入れない」

ということ。 具体的には「DockerもHomebrewで入る!」ということに驚愕。 今後、実践していこう。

あと …

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