六本木でやっていると開催30分前に知って、参加登録してustreamを見ながらお出かけ準備。途中からしか会場では聞けなかったものの、ピザパーティーには参加してそこに集っていた人たち（実は、多くはtwitterのfollower）と話をしたり。異業種な皆様のそれぞれのところでの問題点や悩みを聴かせていただくが、本質的には新しい情報科学技術に旧態依然としたカイシャがついていけなくてその狭間で苦しんでいるのはどこも同じだな、と感じた。そこを、パイロットファームでもある「統合牧場」で社会実験して、まずは我々の分野から成功事例を発信していきたい。
により、左隣の人が入れ替わった。それとともに部屋の机やミーティングスペースの増強も。より多くのRAやアルバイトさんが来ることになっても収容できるように。
私の好みにバッチリ合っていた Bordeaux Superieur。結果としてヤケ酒にorz
多し。何時までも事務さんに迷惑をかけるわけにもいかず、4月分は締め切らせて頂く。
来月からアルバイトとして雇わせていただくためにいろいろ連絡、調整などから。
またの名を「統合データベース講演会: AJACS本郷6」。思ったことをつらつらと。
何人あつまるか、そしてどういう人が集まるのか、全く読めなかったが、こういう人に参加してもらえたらと意図した人が、ほとんどすべてtwitter経由で知って参加してくれた感じだった。結果として、会場のDBCLS教室がほぼ埋まるぐらいの30人ほどで。2/3ぐらいが関係者だったけれども、今までお互い何をしているのか知らなかったのを知るいい機会になったのだから、それは全く気にしていない。
中身に関して、実はちゃんとプレゼン出来るかなーと心配していたことを白状する。しかし、見事にその予想は裏切られ、この一年間彼らと向きあってやってきたさまざまなことが、思った以上にいい意味で「伝染」していて…（涙）。しかも、話してくれたRAさんのうちほとんどの人が来年度も残ってくれるわけで、今後のことを考えると期待を超越して、むしろオソロシイ。
それにしても、ustream配信が伏兵だった。こちらは補助的な役割かと思っていたが、むしろ主たるコミュニケーション手段という感じ。最大で80人ほど見ていたなんて、想像すらしなかった（せいぜい、会場の人＋10人そこらかと思っていた）。会場にいる人もこちらにコメントや質問を書き記したりで、これからのこの種のイベントのあり方を考えさせられた。これは今後も続けていくべき。ustream配信も、この統合収穫祭も。次回は、一年後といわず、半年後の秋ぐらいにやりたいねー。「秋の収穫祭」に乞うご期待！
事前の自発的な合宿をやったり相互に密に教え合って素晴らしいプレゼンをしてくれたRAのみんな、夜の部を含めて詳細を全く支持しなくてもそれぞれ動いてくれてこの会を支えてくれたDBCLSのみんな …
に向けてドキュメント的にWPに書き溜める。
大学院生当時のツライ生活を思い出すことが立て続けに。
CUIでそれをやる特訓。これまで半年かけて身につけてもらったコンピュータリテラシがあってこそ、この訓練に耐えられる。これができないと「次世代」のそれは無理だから。
一番若いRAさんの手によって。
タイトルの配列比較だけじゃなくて、新しいインターフェースの使い方がいろいろと紹介されているので必見であることは間違いない。見れ！
パラリンピックもサイエンスも。
というわけで某一周。
風がきついが、一時的に椅子＆テーブルで食事できるぐらいの陽気。
最大瞬間風速で、9人ものRAさんが！酒を持たしてやることぐらいしか「司令」にはできぬが、「合宿」の成功を祈る。
返事が来たので、某インターフェース対応。入力ミスを減らすために、明示的に未入力値はそれとして「入力」してもらうようにする。そして、また別の返事待ち。
に、某作戦会議の結果を受けて移行。最善を尽くしたい。それ以外に某インターフェース対応も少々。そして、返事まち。そういえば昨日のメールの返事も来ていない。
来週の講演会の準備でMacにソフトウェアアップデート＆Xcodeインストール。RAさんたちがたくさん居る日でよかった。今後の進め方等についても相談したりして、.DBへとシフト着々と。
sortした結果がおかしいことの原因の一つと思われれる謎のレコード群について問合わせのメールを書く。それとともにnumericalにsortされていない原因を探ると、どうも型がアレのよう。なぜtext型なのか？一から作りなおさないとダメかな、やっぱり。
とはいえ、今のアレた生活には満足できない現状。
ROOTとなるディレクトリを変更する。それ以外に、テーマを某所のそれと合わせる。そのためにバナーを作成するなど。ただし、本質的には何も変わっていない。午後からはRAさんと新しいEnsemblインターフェースに挑むなど。
日が変わったあたりが一日の最高気温で、ずっと気温が下がり続けている…
日本語化したらしい。だからというわけではないが、これまでスティッキーズでデスクトップに貼られていた某メモをそちらに移し、書きなぐった仕事メモをまとめつつ「お仕事」ノートに書き足す。
として、昨日作ったアートに息を吹き込むべく、納品物にメスを入れる。もちろん、そのURLへのアクセスはそのアートから。リンクを埋め込み、とりあえずは動くようにしてみる。次は、それぞれの構成物の説明テーブル作成とそれを別種類のデータに対してもできる様に動的に切り替えるようにさらに汎用性を高めることと、「草チュー」バージョンを作ること。どんどんがんばって行こう！
を服用した結果、なんとか立ち直り、某入力インターフェースの方のプロトタイプを再度仕上げる。言われたことはすべて実装したつもり。
として、組織別の高発現遺伝子群にアクセスするためのウェブページをデザインする。この種の仕事は他人任せには断じてできない。HTMLが書けることと、臓器別の発現をよりわかりやすくアクセスしてもらいたいという気持ちの両方から生まれ出された賜物。先週の「医学と芸術展」にもかなり影響されたが。
AJACSも若い世代中心にやってもらうように。いつまでも老人がやっているようでは老害が出てよろしゅうのうて。
統合TVも新人のRAさんに。今日だけで3つもアップされた。今後が楽しみ。
中6週間。週の途中ながら人に会う機会も多く。
データの公開を許諾頂いた。これからはインターフェースを自作していって統合感を出していくぞ。
明日の内部お披露目（仁義切り）に向けてとりあえずの見てくれだけを整えるもまだまだ精査できておらず、アルファ版どまり。各組織ごとに発現の高いものから順にリストアップできるところまで作ったらベータ公開するつもり。
もう弥生。もしや、東京大学工学部1号館前の早咲きの桜は…と思ってランチがてら前を通ったところ、1,2分咲きといったかんじ。
私もお一人様にて。次回は、歌詞どおりに！
それにしても混む。早く東駿河湾環状道路が全線開通するといいのにね。
前祝い。大変おいしゅうございました。
何かが起こるらしい、と。めでたい話だが、一抹の寂寥感もあったり。でも、さすが私とは違っているな…。
招待券を戴いていたこともあり、行ってみる。博物館ではなく、森美術館での展示だが、普通なら見ごたえある内容だったと思う。ただ、普段からアナトモグラフィー/Bodyparts3Dの作成現場が間近にあるため、それほど斬新感はなかったのだが。ただ、artとしてmedicineを見るという切り口は素晴らしいし、今後ますます注目されていくのだろうなあと思うと同時に、もっと最先端のことをより多くの人に分かってもらえるようにリソースを整備すべきだという使命感も湧いてきたというのが正直なところ。
昨日で一人、今日で二人がRA最後だったり。彼女らに大いに助けられたからこそ、統合TVは今日のコンテンツ数およびカバー率になったことは忘れてはならない。その彼女らの「卒業制作」を見守りながら、某入力インターフェースの続きを粛々と進める。お陰さまで最後のページまで大体できた。
の秘伝を継承者に授ける。これでますますコンテンツ消滅の確率が低くなりにけり。あんな僅かな設定の変更だけでこうも簡単にウェブサイトの複製ができてしまうApacheの凄さを知るとともに、いろいろと応用がきくように自分でもいぢりたおして欲しい。
の続き。checkboxなデータ受け渡しができなくてはまりかけるが、いくつかサンプルコードを見ていてうまくいけるようになる。今週中にはとりあえずの形にしたい。ときおり、患者さんにやってもらうはずのアンケートの内容を入力していてそれ以外のその兆候のある身近な人にやらせたくなる衝動にかられたり。
昨日の衝撃が間違いでなかったか、もう一度確認の解析。それがわかって今後どうするか考えねばならないのだが…。
明日打ち合わせがあるので発現統合の来年度やることをまとめたり。誰がどこまでやるかがポイントになりそう。また、某入力インターフェースのページ遷移方法を考えて実装したり。こちらはそうそうにとりあえずのものは作れそう。
笑うしかない、そんな事実が発覚。解析だけにとにかく注力＆注目してきたしっぺ返し。落ち着いて進めるべし。
GEO目次+Biomart+Tibco Spotfireで遅れを取り戻すべく。とりあえずこれまでできていた、見るべき可視化まではたどりついた。これらのツール神すぎる。
家事と並行しながら。これまで用意してきたからだが、あっけなくヒストグラムがかけた。そちらはよかったのだが、もうひとつの方は原因不明でその先に進めず…
出張してやってきた。Wireless Keyboardがつながらないときは万事休す、かと思ったが。
その後、温泉インフォマティクス研究会。できるところから意識改革をやっていこう。
でも結局自分の仕事は殆ど全く進んでいない
発掘作業を行って。とりあえず、動くレベルまでは確認。平行して行っていた某計算の結果から対応付けを行ってアレなサイトを作って(ry
IDの件で連絡なく。そのまま進めて方針転換されてもアレなので、PCクラスタにジョブを投げるテストをしつつ。新しいRAさんに統合TVづくりを通して統合データベースプロジェクトを知ってもらおうと。
昨日の続き。なんとか入力したデータがDBに収まって表示されるところまでのプロトタイプはできた。
へ突入。不義理を返すべく。まずはマシンからだが、余っているlinuxなソレもなく、postgreSQLでやろうという野望はひとまずお預け。というわけで、MacOSXのmysqlで作り始めるも、mysql.sock周りでスタック。なんとかsymlinkをはるやり方で凌いで、今日はそこまで。
男子日本代表vs韓国代表見に行きましたが…。
と呼ばれるとハッとする。でもそれは呼ばれる人によりけり、なんだろうな、とも。一緒に仕事している「仲間」からはそう呼ばれたくはないものだ、これまでもこれからも。
核内レセプターの結合サイトをゲノム中から見つけてリストアップするところから始まったSayaMatcherだが、次世代シーケンサー時代になりそれに対応した解析パイプラインの構築を目指して書き直しを始めた。まずは下流領域も考慮するように変更。EMBOSSの新しいバージョンの出力にも対応せねばならなかったり。次はChIP-Xなデータとの重なりを。