Category: misc

二月も後半戦

Written by bonohu in misc on 月 15 2月 2010.

へ突入。不義理を返すべく。まずはマシンからだが、余っているlinuxなソレもなく、postgreSQLでやろうという野望はひとまずお預け。というわけで、MacOSXのmysqlで作り始めるも、mysql.sock周りでスタック。なんとかsymlinkをはるやり方で凌いで、今日はそこまで。

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センセイ

Written by bonohu in misc on 金 12 2月 2010.

と呼ばれるとハッとする。でもそれは呼ばれる人によりけり、なんだろうな、とも。一緒に仕事している「仲間」からはそう呼ばれたくはないものだ、これまでもこれからも。

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SayaMatcherTNG

Written by bonohu in misc on 金 12 2月 2010.

核内レセプターの結合サイトをゲノム中から見つけてリストアップするところから始まったSayaMatcherだが、次世代シーケンサー時代になりそれに対応した解析パイプラインの構築を目指して書き直しを始めた。まずは下流領域も考慮するように変更。EMBOSSの新しいバージョンの出力にも対応せねばならなかったり。次はChIP-Xなデータとの重なりを。

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SOHO

Written by bonohu in misc on 木 11 2月 2010.

マシンはさておき、やっぱり安定したインターネット回線は必要だな。

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’Surrender or suffer’ ではなくて

Written by bonohu in misc on 火 09 2月 2010.

立花宗茂の言葉。「大将がいかに采配をとって、ただ“進め”とか“死ね”とか言ってみても、そのような下知に従う者はいない。常々上は下を子のごとく情をかけ、下は上を親のように思うように人を使えば、下知をしなくとも思い通りに動くものだ」

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論文仕分け

Written by bonohu in misc on 月 08 2月 2010.

ツン読してきたのを。二度と読まないかもしれないものを紙媒体で取っておくのは検索も出きないし。なにより場所をとってそれなりに質量もあるのがいただけない。「論文」を意味する単語は'paper'なんだけどね。。

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WindowsXP@MBA via Bootcamp

Written by bonohu in misc on 金 05 2月 2010.

専用Superdriveを拝借して、まず雪豹化して。この辺を参考に、初BootCamp。SP3のアップデートにつまるが、「負うた子」に御教授いただき、最終的には事なきを得る。

しかし、SP3に上げてからもアップデートをして再起動する度に新しいアップデートが現れる、そんな永久機関のようなアップデートの印象。ま、幸い永久機関ではなく一応終わったが。

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MBA入院

Written by bonohu in misc on 月 01 2月 2010.

ウェブ上の情報にある通り、無償修理。ヒンジの割れた部分がなおってきたら、BootCampでWindows入れて使ってみるつもり。

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一月を振り返って

Written by bonohu in misc on 日 31 1月 2010.

もう一月終わりか、という印象。出張で北に西に飛び回っていた上に新年会等で夜も出ていたことが多く。気よく、楽しく、美しく。「仕事」というよりも「活動」を今後も盛り上げていきたい。

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科博

Written by bonohu in misc on 土 30 1月 2010.

なにげに初めて。職場から2kmもないところにこんなところがあるとは…。連携すべし。

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KY遺伝子

Written by bonohu in misc on 金 29 1月 2010.

ケーワイジーン、もしくはクウキヨメネーッスと読む。これが発現するとKYな表現型を示す。

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某wiki

Written by bonohu in misc on 水 27 1月 2010.

共同研究関係のファイルの保存場所としてセットアップ。うまく機能してくれればいいのだが。ファイルへのaccessibilityがkeyになるんじゃないかなぁ。

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mission possible

Written by bonohu in misc on 月 25 1月 2010.

PS/2のマウスが認識しないとかのトラブルはあったものの(ついでに持ってきていたUSBなマウスならokだった。なぜ?)、とりあえずの設定は昼ごはん前に完了。その後、apacheの二重起動によると思われる、pngが生成されないトラブルも発生するもapacheのプロセスをことごとく殺してから起動しなおすことで解決。外部からもログインできるように再設定して終了。あとは、タイミングが年度の切れ目に来てくれるとそこはかとなく嬉しいんだけど…

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Never give up

Written by bonohu in misc on 月 25 1月 2010.

某会議で最後に某先生が言った言葉。確かにその精神が重要だ。今、やっているデータベースを維持するというタスクにおいてはとくに。

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過橋米線と妻恋坂

Written by bonohu in misc on 日 24 1月 2010.

先日出張の折に機内誌で「過橋米線」の故事を知ったのだが、この名を冠した雲南料理の店が「妻恋坂」にあるのは偶然でないのではないかと不忍通りで「妻恋坂」の交差点を通過してそう思った。

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ServerName

Written by bonohu in misc on 金 22 1月 2010.

がhttpd.confに書かれていなかったからの模様。あとは昨日不思議だったDMZなマシンのDNSに起因するかもしれない。とにかく、某プロジェクトのapacheがreloadedということで。メデタシメデタシ。

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某打ち合わせ

Written by bonohu in misc on 木 21 1月 2010.

しておいて良かった。これで報告書を書くことができる。が、その直後に某外向けウェブサーバーが落ちていたことに気づく。停電後に上がっていなかっただけと思いきや…。

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喉元過ぎれば熱さを忘れる

Written by bonohu in misc on 水 20 1月 2010.

公式にとっている記録でも統合TVは250を本日超えた。奇しくもその区切りの統合TVは、最近優先的に作っているDBCLS/LSDBのサービスの英語版のそれ。そういえば先日の講習会でも日本のそれだけじゃなくて世界中すべてのバイオ系DBのカタログにして欲しいという要望があったなあと。まさにこれからの課題として取り組んで行くべきなんだろうけど、「世界の中のサービス」となるものをこれからは意識してやっていきたいですな。

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某打ち合わせ

Written by bonohu in misc on 水 20 1月 2010.

キツくならないよう、でも言うべきことはいうように。まずは「動くもの」を作って見てからだな、やっぱり。

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統合データベース講習会AJACS筑後2日目

Written by bonohu in misc on 火 19 1月 2010.

前日の参加者の半分強ほど。

有明海の生物のように潮が満ちてくるのを待って活動するのじゃなくて、ないときはないときなりに水のあるところに移動して活動するとか水がなくても活動できるようになるとか、進化を遂げるきっかけになれば、と。

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EMBOSS-6.2.0

Written by bonohu in misc on 金 15 1月 2010.

リリースされたらしい。すべての配列に対してneedle,waterを実行するneedleall, waterallも入ったらしい。

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AJACS筑後準備

Written by bonohu in misc on 水 13 1月 2010.

自らの遠征はこれで最後になるやもしれず。今回もユティリティプレヤー的な担当。その後継者が居るとよいのだが…

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続・二番茶

Written by bonohu in misc on 水 13 1月 2010.

応援を依頼するも結局入ってみてもらうことに。結果、Permissionだけの問題だった模様orz

というわけで、番茶の複製が完了。次のフェーズに移行。

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二番茶

Written by bonohu in misc on 火 12 1月 2010.

コードを整理してくれたとの連絡がきたので早速。いろいろと面倒になるとアレなのでadduserのオプションを使って専用アカウントのuidまで合わせておく。mysqlのシステムを丸ごとコピーするため、一度/var/lib/mysql/以下すべて消してすっからかんにする。最初のページは出たがその先からが出ないのでまだ不備があるのだろう。精魂尽き果てたので、明日以降に。

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