Category: misc


はじめに

Written by bonohu in misc on 日 07 4月 2013.

私は、約十年前に「初心者でもわかる!バイオインフォマティクス入門―やさしいUNIX操作から遺伝子・タンパク質解析まで」と題した本を書きました。表紙などにある若葉マークが印象的なため、「若葉本」とその筋の人たちには呼ばれています。2001年の秋から1年間、羊土社刊の「Bioベンチャー」誌に創刊号から連載させていただいた、ぼうのうによる「バイオインフォマティクス入門」の連載記事を纏めて加筆した本です。とくに第2章「必要なコンピュータ環境を作ろう」、第4章「最新の研究をのぞいてみよう」は完全に書き下ろしです。情報科学方面から参入しようとしている方には生物学者に対する間違った認識による行き違いのないように、とくに第1章4節「バイオインフォマティクスと情報科学」の一読をお勧めします。 ぼうのうがよく周りから訊かれること、普段から考えていることを文章にした本で、また本にすることによって考えがまとまり非常にすっきりしました。本当にいい経験をさせてもらい、また周りの人にも自信を持って勧めれる本になったのでいうことなしでした。[amazon asin=489706290X&template=thumbnail]

それと同時に海外でも使われているBioinformaticsの教科書の翻訳、監訳にもたずさわり、バイオインフォマティクスが日本で普及することに加担してきたつもりです。とくに、Cold Spring Harbor Pressから出ているBioinformaticsは、Mountさんが著された本なので、「Mount本」と呼ばれています。日本語訳は 「バイオインフォマティクス ゲノム配列から機能解析へ …

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生物オフ会

Written by bonohu in misc on 土 02 2月 2013.

学会(の年会)じゃないタイミングで参加するのはおそらく初めて。主賓の一人も神戸でのオフ会で知り合った人だったが、もう一人も実は知られていたというオチ。世間は狭い。

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またジムへ

Written by bonohu in misc on 日 27 1月 2013.

復帰2回目。有酸素運動にウォーキング25分、筋トレ、水泳25m往復12回。利用券を使い果たしたので、早速次を頼んでおく。

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進捗報告会

Written by bonohu in misc on 火 22 1月 2013.

昨年と打って変わって、不気味なほどにdisられず、むしろ恐ろしい。総評で言われた「対等なコラボをして、biologistだけじゃできない成果を出す」ことの実現に向けて、さらに頑張って行きたい。

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ソトバリカン

Written by bonohu in misc on 土 19 1月 2013.

セルフウチバリカン続きでおかしくなったところを補正に。ちょうど割引券もあったので。しかし、何年ぶりだろう、お金払って散髪するのは。思い出せないほど(笑)。中6週間。

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ジムへ

Written by bonohu in misc on 金 18 1月 2013.

秘境を退去して以来、5年半以上ぶりかも。その頃と同じぐらいの体重になってきたのと、スキーのための筋力づくりのため。主に上半身の筋肉を苛める。継続的に行くべし。

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第二成人式

Written by bonohu in misc on 金 11 1月 2013.

ということで、職場でも祝っていただき…感無量でした。「四十にして惑わず」ということで、何事も「とりあえず」ではなく「まず」と言えるよう。さらには「今日やれることは今日やる」を第二成人式の誓いとして日々邁進していきたいと思いますので、どうかよろしく。

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2013年の計

Written by bonohu in misc on 月 31 12月 2012.

去年に立てた「計」はある程度は達成できたものの、3番目に掲げた「実際に、現場で、使った論文等を世に送り出す」ことが達成できなかった。今年は、ライフサイエンスデータベース統合推進事業「基盤技術開発プログラム」の3年目の節目の年であり、まとめることを強く意識して、氷柱のように鋭く日々累積的に伸びていくが如く、取り組んでいきたい。

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無観客試合

Written by bonohu in misc on 木 27 12月 2012.

ならぬ、聴衆のいない講演。とはいえ、がんプロフェッショナル養成プランの収録講義なので当たり前なのだが。約4年半前に撮ったもののを今回アップデート。統合TVの数だけで比較しても前回の8倍ほどに。紹介したすべてのデータベースやウェブツールに関して統合TVがある状況(作成中2つを含めて)。まさに統合TV-centralながん医療従事者向けのバイオインフォマティクス講義となった感(以下のスライド参照)。

[slideshare id=15820769&w;=427&h;=356&fb;=0&mw;=0&mh;=0&style;=border:1px solid #CCC;border-width:1px 1px 0;margin-bottom:5px≻=no]

バイオインフォマティクス(2013年度以降用改訂版) from Hidemasa Bono

収録システムも以前よりもかなり良くなっていて端々に工夫が。ご苦労様です。

次やることがもしあったなら、がんゲノムのネタをもっと入れた話ができるようにデータベースやツールが整備されてくるといいんだけどなあ。

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おつかれさまでした

Written by bonohu in misc on 土 15 12月 2012.

朝一から共同研究者の発表。学会デビューでいきなり口頭発表ということで緊張しただろうけど発表自体はうまくできていた。素晴らしい。演者の数も多いからしょうがないかもしれないが、朝8時からセッションというのは連続開催で6日目の身にはなかなかキツイ。やはり合同年会(ry(シツコイなw)。

ポスター発表も最終日で午後6時まであったものの、その最後の最後に後輩がポスター賞(鈴木紘一メモリアル賞)を取って大いに沸いた。おめでとう!

「人と人とをつなげるIT」のおかげもあってか、二度のtwitterオフ会(分セーと生化)もあって、個人的には「これまでリアルには会ったことがない」人達に多く出会えて大変満足。交換した名刺も(大学院生の頃から出ているこの学会にもかかわらず)この6日間だけで30枚。もっと多くの人と人とがつながるよう、これからも継続して微力を尽くしたい。

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夏草や兵どもが夢の跡

Written by bonohu in misc on 土 15 12月 2012.

昨日までと打って変わってもの寂しい。企業展示ブースも半分ほどになり、空いたスペースが休憩所。屋台、タリーズコーヒーもなく。人が減ったおかげでWiFiはつながりやすく快適にはなったのだが…活気がなく物理的にも寒い。やはり合同年会にしたほうがいいじゃないかなあ。

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隗より始めよ

Written by bonohu in misc on 木 13 12月 2012.

ブースアテンド最終日。さすがに4日も基本立ちっぱなしだと脚が痛くなる。この日だけはポスター発表と企業ブース展示の時間が被っていたのだが、ブースを出す側の人間として毎日そうなるように切に要望したい(一昨日のブログにも書いたが)。ブースでの展示も四日間もずっとやっていると改善点が浮かび上がってくるわけで、それをフィードバックして次回以降良くしていきたい。

そういった改善点もあるものの、特設の屋台の企画(写真)やiPad貸し出しなど「年会の新しいスタイル」に一石を投じられたのではないかと。最後の最後にあった高校生発表も、一般演題よりもえらく盛り上がって人だかりでディスカッサーをお願いされたものの全くその必要性がないまま制限時間一杯w。先に帰ってしまう人も多いので、会期の中頃にしたほうがもっと盛り上がっておもしろいかも、と思った。

今回の年会は、IT企画に関して電子メールを送ったところから年会のIT化委員会の一人として主にオンライン抄録集まわりで関わらせて頂いた。やはり参加者みなさんの意見が大事。もっともっとフィードバックして良くしていかねば、と思う。

関係者の皆様、本当におつかれさまでした。

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ワークショップ「データベースから始まる分子生物学~研究の新しいスタイルを模索する~」

Written by bonohu in misc on 水 12 12月 2012.

企画したワークショップ。どんな演者がどんなタイトルで話したかは以下のスライドの3枚目に。自分も前座として、データベースを利用した研究をやっている実例を簡単に話させていただきました(以下のスライド参照)。

[slideshare id=15693138&w;=427&h;=356&fb;=0&mw;=0&mh;=0&style;=border:1px solid #CCC;border-width:1px 1px 0;margin-bottom:5px≻=no]

データベースから始まる分子生物学~トランスクリプトーム解析研究の新しいスタイル~ from Hidemasa Bono

様々な材料を扱っているネタ、とくに非モデル生物での研究や、流行りの次世代シーケンサーがらみのネタなど、データベースを利用しているということだけが共通点で集めたら、短時間の割りに盛りだくさんで楽しめたかなーと。

ラスツー演者(6番目)の三嶋さんもスライドをアップしてくれていますので、ここに貼り付けさせて頂きます。

[slideshare id=15738172&w;=427&h;=356&fb;=0&mw;=0&mh;=0&style;=border:1px solid #CCC …

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夜ゼミを楽しみたい!

Written by bonohu in misc on 火 11 12月 2012.

そのためにはまず夜の時間を作ることかと。今回は初めての企画だったからしょうがないかもしれないが、普通にポスター発表を自分でするなり聞くなりしてからだと午後9時スタートにしかスケジュールが組めず。そうなると気軽に企画できませんよね…。

そのためにはどうしたらいいか?会場のスペースの問題もあるだろうけど、シンポジウムやワークショップの開催を検討して、一般演題の発表をもっと早い時間にやるべき。特に今年は企業ブース展示が終了してからポスター発表(一般演題)開始と最悪のスケジューリング。こんな出展業者無視の姿勢では来年以降ブース展示してくれなくなるよ。その辺、よくご配慮いただきたい。

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無線LAN狂想曲

Written by bonohu in misc on 火 11 12月 2012.

予想した以上に自分のを含め各抄録にイイネが付いて行く。自分が使っていた限りは会場のネット環境は概ね良好。iPhoneで3Gがメインだったからかもしれない。オンライン要旨システム自体は大丈夫そうだったものの、ポケットWiFiによる無線LANの干渉が主に展示会場の中程でやはり問題に。つまり、一般参加者よりも、(SSIDから類推しても)企業ブースで使われているケースが多そうということで、そちら方面にポケットWiFiをオフにすることを呼びかけてもらう。出店業者さんにも公然と無線LANを使ってもらうようにするか、各ブースへの有線LANをデフォルトにするかなどの対策が必要ではないかと。

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第57回日本人類遺伝学会大会 教育講演

Written by bonohu in misc on 金 26 10月 2012.

2012年10月26日に「バイオインフォマティクス:データベース統合化によるアプローチ」 と題して行った講演のWeb supplemental materials置き場です。講演要旨はこちら

統合DB: Table of contents

2012年10月26日の講演で紹介したDBやウェブツールにアクセスしやすいようにまとめておきました。基本的にここはその後アップデートしません。その後どんどん古くなり、より新しくて便利なものが出てくると考えられます。より新しい私の講演資料を参照して下さい。

DBチュートリアル:統合TV

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統合データベース講習会AJACSみちのく2「R+Bioconductorを使ったNGS解析」(その1その2)

DBカタログ&コンテンツ

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Integbioデータベースカタログ

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新着論文レビュー

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領域融合レビュー

DB検索

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生命科学DB横断検索Sagace by 医薬基盤研究所

*

テキスト系

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Allie:略語検索エンジン

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inMeXes → LSD

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DNA配列他

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DNA DB overview

    *

GGRNA(RefSeq search)

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GEO overview

    *

RefEx (Reference …

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ライフサイエンスデータベース統合の医学への応用を探る

Written by bonohu in misc on 金 05 10月 2012.

今年のテーマは標記のとおりだったが、はっきり言ってその応用の道は遠い。データベースが実際の発見の助けになったケースをお話頂いた演者の方も居たものの、「データベースを統合したおかげ」で見つかった(もしくは可能となった)治療方法とかまだまだ先の話に思えた。やはり、シンポジウムをお仲間の同窓会から一般向けのそれに変質させていかねばなるまい。そのために必要な努力を我々からバトンを受けてシンポジウムをやってくれているNBDCさんには期待したい。

個人的にはがんゲノム周りで何か助力できるようなことがあるといいのですが。

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RCGM10周年によせて

Written by bonohu in misc on 水 03 10月 2012.

以前の職場の記念誌に寄稿を依頼されたので。普段からブログでまとめる頻度が減ってパッと書けなくなっている自分に気づく。きっちり、ログとしてやったこと感じたことをここにまとめていかねば!

> > ゲノム医学研究センター(RCGM)10周年おめでとうございます。 > > > > 岡崎康司現所長と共に理研から異動してきて、約4年間RCGMでお世話になりました。RCGM在籍中は基礎と臨床の架け橋となる「きしょい」研究を目指し、当時のノーベル賞受賞関係で脚光を浴びていた線虫(C.elegans)をヒトのモデル生物として利用する実験系を自分自身もベンチに立ちつつ、2階のクーラー付きの倉庫にPCクラスタを導入して大規模なゲノム配列解析をやれるようにセットアップするなどいろいろなことに取り組ませていただきました。 > > > > 現在は、ライフサイエンス統合データベースセンターというウェットベンチのない研究所でライフサイエンス分野における大規模データの利用技術開発にたずさわり、それらの利用促進に努めております。RCGM時代に培ったウェット現場の目線は、現在の「データベースの流通業」で大変活かされていることは言うまでもありません。 > > > > 「秘境」と呼ばれるほど奥まった場所に位置しているため外部の研究者との交流が希薄になりがちですが、そこはインターネットの活用で乗り越えていけると思います。さらなる御発展を祈念いたしております。 > > > >

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