Category: misc




2012年の計

Written by bonohu in misc on 日 01 1月 2012.

普段から思って口にもしていることだが、明文化して後で振り返る際のマイルストーンとなるように。

  1. 個別ラボだとやらない(やれない)ことを主に進める

  2. 提供するサービスは、「とりあえず動く」や「使える」というレベルにとどまらず、「ないと困る」レベルにまで持っていく

  3. それでもって、それらを「実際に」「現場で」使った論文等を世に送り出し、旧来の評価基準にものるようにする

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農業生物資源研究所

Written by bonohu in misc on 月 19 12月 2011.

共同研究打ち合わせで、大わしの方へ。近くにはよく来たのだが、入ったのは初めて。11年前&六ヶ月しか住んでいなかったので記憶は薄れているが、真夜中に山水にラーメン食べに来たこと、ウッディスワに送迎に来た時そこにあった新聞に自分たちがやっていた機能アノテーション会議(FANTOM)のことが書かれていて驚いたことを思い出した。打ち合わせ自体はいい議論が出来たのではないかと。今後の新たな共同研究の種も蒔いてこれたし。

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フォーラム「もし分子生物学者がGoogle+の招待を受けたら When molecular biologists meet Google+」

Written by bonohu in misc on 木 15 12月 2011.

企画&司会させて頂きました。参加者は自分が勘定した時点で約80名。午後8時台というありえない時間設定の割には集まりは良かったかなあ、と。まだ見ていない方はまずは見てください。この順番で見ることをお勧めします。講演動画は統合TV on YouTubeでどぞ↓。

[youtube https://www.youtube.com/watch?v=4Fl4Vj5Y0Nc&w;=560&h;=315]

[youtube https://www.youtube.com/watch?v=8drWDLcc3xc&w;=560&h;=315]

[youtube https://www.youtube.com/watch?v=05Cp4mztVus&w;=560&h;=315]

全くなんにも打ち合わせしていないのに、猫教授が素晴らしい締めをしてくれて良い感じにまとまった(と自画自賛)。

講演の内容を映像で記録することにすら待ったのかかる旧態依然とした学会事務局でしたが、最終的にはオーガナイザーが全責任を取るという念書を提出することで納得して頂きました。もっとオープンな学会年会を、これからの学会年会を運営していくエライさんたちに切にお願いしたい。こういうところから知のめぐりを良くしないとな。

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ワークショップ「役に立つデータベース、役に立たないデータベース」

Written by bonohu in misc on 水 14 12月 2011.

講演させて頂きました。内容は英語版コンテンツのDBCLS&NBDC紹介といったところですが、結果として大阪弁(!)で紹介というアレ。スライドはslideshareでどぞ↓。

Integrated database biology with well-curated and circulated knowledge [slideshare id=10653750&w;=425&h;=355&fb;=0&mw;=0&mh;=0≻=no]

View more presentations from Hidemasa Bono

それにしても某I社さんのランチョンセミナーでも統合牧場謹製のSRAsがpublicなシーケンスデータを探すツールとして紹介されたりと、我々の活動もジワジワ浸透していっているようである(写真はその時の弁当)。もうちょっと中長期的な戦略を練らんとあかん時期に来ていることを実感した次第です。

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ブースアテンダー

Written by bonohu in misc on 火 13 12月 2011.

として。これまでとは違う陣容で。うちは統合DBの研究開発をやっていますと説明しても、NBDCとDBCLSは何が違うんですか、一つでいいんじゃないですか的な質問には苦しい応答。早く一つにまとめてスッキリ説明したいものですね。そのためにはどうしたらいいか?「世論」を高めていくぐらいしか自分にはできないかな。もっとユーザー側が声を上げて頂きたく。ソの手段として、今はtwitterもあるし(ハッシュタグは #DBCLS で)、LSQAもあるし、それもイヤならこちらからどぞ。そうじゃないととくに必要じゃないと判断されて無くなるかもよ、そのうちに。

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'119'

Written by bonohu in misc on 日 11 12月 2011.

血が止まらず…自分でこの番号をかけたのは多分初めて。大事に至らなくてよかったが。

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HJA-307IT

Written by bonohu in misc on 火 06 12月 2011.

歩数計が活動量計に。ログ管理が専用アプリからウェブブラウザ経由でクラウド上に。ますますログを取るのが簡単な世の中に。データ解析だけに集中できるように。

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統合TV論文

Written by bonohu in misc on 金 29 7月 2011.

ついに出た。

> > Tutorial videos of bioinformatics resources: online distribution trial in Japan named TogoTV > > > > Shin Kawano; Hiromasa Ono; Toshihisa Takagi; Hidemasa Bono > > > > Briefings in Bioinformatics 2011; doi: 10.1093/bib/bbr039 > > > >

オープンアクセス論文なので誰でもどこからでも要旨だけでなく全文読めます。たとえ論文にならなくても、いいものはいいと評価されるような世の中になることを目指して。さらに頑張らねば!

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K大K研究所K研究室

Written by bonohu in misc on 火 26 7月 2011.

7月の出張シリーズの最後。共同研究打ち合わせにかつて5年間在籍したところへ。おそらく5,6年ぶり。研究所の入り口も、研究室の場所も、いろいろ変わってしまっていて全く懐かしくない。

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秘境へ

Written by bonohu in misc on 水 20 7月 2011.

7月の出張シリーズも中盤。かつて4年間ちょい在籍したところへ。4年前に辞してから一度もセミナーなどしたこともなかったので、セミナーを。聞きに来てくれた人はかつて居た研究室の人とPIのみという感じ。話した内容を一番必要としているはずの若い研究者が居ないのか、はたまた質問をする元気がないのか…解釈に困るところ。

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831lab(再)

Written by bonohu in misc on 水 06 7月 2011.

去年の今日に開店した丸ビルのこの店の一周年ということで、ローストビーフを290円でいただく。考えてみると一年で4,5回しか来なかったなあ。海外出張時にはほぼデフォルトの食事となるBLTも、ここ日本は東京だとぐっとpriorityは下がるようで。グルメにとって東京は素晴らしい街であることを再認識。

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「特務機関」

Written by bonohu in misc on 火 05 7月 2011.

エヴァンゲリヲン的な流れでこれまでのプレゼンで使ってきたこの言葉、不穏当であるというご指摘をいただく。今後、気をつけねば。

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第二回神経情報基盤ワークショップ@大阪

Written by bonohu in misc on 火 21 6月 2011.

「情報基盤」ということで関係あるかもしれないということで参加しましたが、データベースとして共有するというフェーズまで道のりは長いようです。この種の議論に若者研究者がほとんど全く入っていないことに危機感を持ったということだけ外様の意見として書き記しておきたく。

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統合DBキックオフミーティング

Written by bonohu in misc on 金 10 6月 2011.

それぞれの課題をお互いに知るといったところ。「実務者連絡会」を別にするとのことなので、またそちらにて。「研究開発成果は積極的に外部発表してください」とのことだが、謝辞をきっちりいれるということはもちろんだが、論文の所属(Affiliation)にまでソコを加えるのには抵抗があるなあ。まあ、これまでの他の研究課題からの踏襲なんやろけど。後半の統合化推進プログラムのほうでは、綺麗にしたデータをデータベースにするという思想的背景が見え隠れする中、「大量データ」のオーダーの温度差を感じる一方、「金のかからない」システムを目指している部分で思わぬ共通点を見出したり、「データロンダリング」という言葉を思いついてしまったり。今後の実務者交流の機会が早く来ることを期待しています。

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RefExからGGRNAへ

Written by bonohu in misc on 木 09 6月 2011.

リンクする簡単なお仕事。それに絡んでいくつかの点の改善をお願いしたり。これで相互リンクがなされ、行ったり来たりができるように。そして、いくつかの現実のデータにおける問題点が浮き彫りになったり。それを一つづつ対処して次なるキラーサービスとして打ち出していきたい今日この頃。でも、こういうのを維持していくことの方が新たなサービスを立ち上げるよりも重要だしはるかに大変なことなのだが、なかなか理解されていないような。

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粛々と

Written by bonohu in misc on 月 06 6月 2011.

単純にやれることだけを進めるだけじゃねぇ。それと、モノを売るわけじゃないけど、市場調査はきっちりしてから事を進めるべきかと。

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第二回製薬協フォーラム

Written by bonohu in misc on 金 03 6月 2011.

@職場。基盤技術開発プログラムの研究総括(PO:Project Organizer)が製薬系の方ということもあり、それに採択されたDBCLSの研究者と製薬協関係の数社の実務者の方々との交流会を仕切らせていただく。製薬企業側の方からは積極的な意見がいろいろと出たものの、逆側は受け身な姿勢しか現段階では感じ取れなかったのは残念。もちろん、この会の趣旨や背景がよく理解されていなかったということもあるだろうけど。今後に期待。

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ライフサイエンス分野の統合データベースの活用法とその演習(その弐)

Written by bonohu in misc on 月 30 5月 2011.

ということで、明治薬科大学にて「ライフサイエンス分野の統合データベースの活用事例の演習」ということで、遺伝子発現データベースの活用法をやらせていただきました。80分の講義時間ではちょっと苦しい部分もありましたが、実際にパソコンを自分で触りながらの講習はいい機会になったそうです。

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東京女子医科大学遺伝医学研究会講演会

Written by bonohu in misc on 金 27 5月 2011.

都営大江戸線の若松河田駅が最寄りの東京女子医科大学にて話す機会を頂き。結果として、これまでの統合DBプロジェクト終了後初めての外部講演で、今年度バージョン初のお披露目。こんな感じ。

統合データベースプロジェクト: オープンで知のめぐりの良い医学生物学を目指して [slideshare id=8157014&w;=425&h;=355&fb;=0&mw;=0&mh;=0≻=no]

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Slideshareのembedボタンから生成されるHTMLを貼り付けてみたけど、うまくいっているようだ!

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