ウチバリカン
Written by bonohu in misc on 火 15 5月 2012.
見苦しく暑苦しいので。中三週間。
Category: misc
GGRNA accepted
Written by bonohu in misc on 日 29 4月 2012.
投稿していたGGRNA論文。移籍395日目の快挙。おめでとう！
ウチバリカン
Written by bonohu in misc on 火 24 4月 2012.
伸びてきた＆暑くなってきたので。中五週間。
2012年の計
Written by bonohu in misc on 日 01 1月 2012.
普段から思って口にもしていることだが、明文化して後で振り返る際のマイルストーンとなるように。
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個別ラボだとやらない（やれない）ことを主に進める
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提供するサービスは、「とりあえず動く」や「使える」というレベルにとどまらず、「ないと困る」レベルにまで持っていく
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それでもって、それらを「実際に」「現場で」使った論文等を世に送り出し、旧来の評価基準にものるようにする
農業生物資源研究所
Written by bonohu in misc on 月 19 12月 2011.
共同研究打ち合わせで、大わしの方へ。近くにはよく来たのだが、入ったのは初めて。11年前＆六ヶ月しか住んでいなかったので記憶は薄れているが、真夜中に山水にラーメン食べに来たこと、ウッディスワに送迎に来た時そこにあった新聞に自分たちがやっていた機能アノテーション会議(FANTOM)のことが書かれていて驚いたことを思い出した。打ち合わせ自体はいい議論が出来たのではないかと。今後の新たな共同研究の種も蒔いてこれたし。
百聞は一見にしかず
Written by bonohu in misc on 金 16 12月 2011.
やはり会って話ししたほうがはるかに説得力もあり理解させやすいことを再認識。学会期間中の共同研究打ち合わせにて。
フォーラム「もし分子生物学者がGoogle+の招待を受けたら When molecular biologists meet Google+」
Written by bonohu in misc on 木 15 12月 2011.
企画＆司会させて頂きました。参加者は自分が勘定した時点で約80名。午後8時台というありえない時間設定の割には集まりは良かったかなあ、と。まだ見ていない方はまずは見てください。この順番で見ることをお勧めします。講演動画は統合TV on YouTubeでどぞ↓。
[youtube https://www.youtube.com/watch?v=4Fl4Vj5Y0Nc&w;=560&h;=315]
[youtube https://www.youtube.com/watch?v=8drWDLcc3xc&w;=560&h;=315]
[youtube https://www.youtube.com/watch?v=05Cp4mztVus&w;=560&h;=315]
全くなんにも打ち合わせしていないのに、猫教授が素晴らしい締めをしてくれて良い感じにまとまった（と自画自賛）。
講演の内容を映像で記録することにすら待ったのかかる旧態依然とした学会事務局でしたが、最終的にはオーガナイザーが全責任を取るという念書を提出することで納得して頂きました。もっとオープンな学会年会を、これからの学会年会を運営していくエライさんたちに切にお願いしたい。こういうところから知のめぐりを良くしないとな。
ワークショップ「役に立つデータベース、役に立たないデータベース」
Written by bonohu in misc on 水 14 12月 2011.
講演させて頂きました。内容は英語版コンテンツのDBCLS&NBDC紹介といったところですが、結果として大阪弁（！）で紹介というアレ。スライドはslideshareでどぞ↓。
Integrated database biology with well-curated and circulated knowledge [slideshare id=10653750&w;=425&h;=355&fb;=0&mw;=0&mh;=0≻=no]
View more presentations from Hidemasa Bono
それにしても某I社さんのランチョンセミナーでも統合牧場謹製のSRAsがpublicなシーケンスデータを探すツールとして紹介されたりと、我々の活動もジワジワ浸透していっているようである（写真はその時の弁当）。もうちょっと中長期的な戦略を練らんとあかん時期に来ていることを実感した次第です。
ブースアテンダー
Written by bonohu in misc on 火 13 12月 2011.
として。これまでとは違う陣容で。うちは統合DBの研究開発をやっていますと説明しても、NBDCとDBCLSは何が違うんですか、一つでいいんじゃないですか的な質問には苦しい応答。早く一つにまとめてスッキリ説明したいものですね。そのためにはどうしたらいいか？「世論」を高めていくぐらいしか自分にはできないかな。もっとユーザー側が声を上げて頂きたく。ソの手段として、今はtwitterもあるし（ハッシュタグは #DBCLS で）、LSQAもあるし、それもイヤならこちらからどぞ。そうじゃないととくに必要じゃないと判断されて無くなるかもよ、そのうちに。
'119'
Written by bonohu in misc on 日 11 12月 2011.
血が止まらず…自分でこの番号をかけたのは多分初めて。大事に至らなくてよかったが。
大規模データ処理勉強会 ～「大きな」データと対峙する（仮称）～
Written by bonohu in misc on 木 08 12月 2011.
我々にとっては超絶アウェイの中。頭数だけはかなり集まったものの、いったいどういう人達なのかは読めず。大規模データの一つに我々のやっているような分野もあることを知っていただけたのなら幸いです。
研究員さんもRAさんも
Written by bonohu in misc on 水 07 12月 2011.
来てもらいやすい環境にするべきだが。難しいところである。
HJA-307IT
Written by bonohu in misc on 火 06 12月 2011.
歩数計が活動量計に。ログ管理が専用アプリからウェブブラウザ経由でクラウド上に。ますますログを取るのが簡単な世の中に。データ解析だけに集中できるように。
ウチバリカン
Written by bonohu in misc on 金 28 10月 2011.
中5週間。白髪が増えてきたのお
ウチバリカン
Written by bonohu in misc on 土 24 9月 2011.
中9週間！かなり伸びていた
統合TV論文
Written by bonohu in misc on 金 29 7月 2011.
ついに出た。
> > Tutorial videos of bioinformatics resources: online distribution trial in Japan named TogoTV > > > > Shin Kawano; Hiromasa Ono; Toshihisa Takagi; Hidemasa Bono > > > > Briefings in Bioinformatics 2011; doi: 10.1093/bib/bbr039 > > > >
オープンアクセス論文なので誰でもどこからでも要旨だけでなく全文読めます。たとえ論文にならなくても、いいものはいいと評価されるような世の中になることを目指して。さらに頑張らねば！
K大K研究所K研究室
Written by bonohu in misc on 火 26 7月 2011.
7月の出張シリーズの最後。共同研究打ち合わせにかつて5年間在籍したところへ。おそらく5,6年ぶり。研究所の入り口も、研究室の場所も、いろいろ変わってしまっていて全く懐かしくない。
ウチバリカン
Written by bonohu in misc on 土 23 7月 2011.
中5週間。大分伸びていた。
秘境へ
Written by bonohu in misc on 水 20 7月 2011.
7月の出張シリーズも中盤。かつて4年間ちょい在籍したところへ。4年前に辞してから一度もセミナーなどしたこともなかったので、セミナーを。聞きに来てくれた人はかつて居た研究室の人とPIのみという感じ。話した内容を一番必要としているはずの若い研究者が居ないのか、はたまた質問をする元気がないのか…解釈に困るところ。
831lab（再）
Written by bonohu in misc on 水 06 7月 2011.
去年の今日に開店した丸ビルのこの店の一周年ということで、ローストビーフを290円でいただく。考えてみると一年で4,5回しか来なかったなあ。海外出張時にはほぼデフォルトの食事となるBLTも、ここ日本は東京だとぐっとpriorityは下がるようで。グルメにとって東京は素晴らしい街であることを再認識。
「特務機関」
Written by bonohu in misc on 火 05 7月 2011.
エヴァンゲリヲン的な流れでこれまでのプレゼンで使ってきたこの言葉、不穏当であるというご指摘をいただく。今後、気をつけねば。
足の裏のご飯つぶ
Written by bonohu in misc on 月 04 7月 2011.
とれた方がまた一人。おめでたいが、まさにこれから。取れたという事実ではなく、その門出を祝したい。
第二回神経情報基盤ワークショップ＠大阪
Written by bonohu in misc on 火 21 6月 2011.
「情報基盤」ということで関係あるかもしれないということで参加しましたが、データベースとして共有するというフェーズまで道のりは長いようです。この種の議論に若者研究者がほとんど全く入っていないことに危機感を持ったということだけ外様の意見として書き記しておきたく。
ウチバリカン
Written by bonohu in misc on 日 19 6月 2011.
5月にも一回刈ったはずだが、記録が見つからず…。最近たるんでいるなぁ
統合DBキックオフミーティング
Written by bonohu in misc on 金 10 6月 2011.
それぞれの課題をお互いに知るといったところ。「実務者連絡会」を別にするとのことなので、またそちらにて。「研究開発成果は積極的に外部発表してください」とのことだが、謝辞をきっちりいれるということはもちろんだが、論文の所属(Affiliation)にまでソコを加えるのには抵抗があるなあ。まあ、これまでの他の研究課題からの踏襲なんやろけど。後半の統合化推進プログラムのほうでは、綺麗にしたデータをデータベースにするという思想的背景が見え隠れする中、「大量データ」のオーダーの温度差を感じる一方、「金のかからない」システムを目指している部分で思わぬ共通点を見出したり、「データロンダリング」という言葉を思いついてしまったり。今後の実務者交流の機会が早く来ることを期待しています。
RefExからGGRNAへ
Written by bonohu in misc on 木 09 6月 2011.
リンクする簡単なお仕事。それに絡んでいくつかの点の改善をお願いしたり。これで相互リンクがなされ、行ったり来たりができるように。そして、いくつかの現実のデータにおける問題点が浮き彫りになったり。それを一つづつ対処して次なるキラーサービスとして打ち出していきたい今日この頃。でも、こういうのを維持していくことの方が新たなサービスを立ち上げるよりも重要だしはるかに大変なことなのだが、なかなか理解されていないような。
粛々と
Written by bonohu in misc on 月 06 6月 2011.
単純にやれることだけを進めるだけじゃねぇ。それと、モノを売るわけじゃないけど、市場調査はきっちりしてから事を進めるべきかと。
第二回製薬協フォーラム
Written by bonohu in misc on 金 03 6月 2011.
＠職場。基盤技術開発プログラムの研究総括(PO:Project Organizer)が製薬系の方ということもあり、それに採択されたDBCLSの研究者と製薬協関係の数社の実務者の方々との交流会を仕切らせていただく。製薬企業側の方からは積極的な意見がいろいろと出たものの、逆側は受け身な姿勢しか現段階では感じ取れなかったのは残念。もちろん、この会の趣旨や背景がよく理解されていなかったということもあるだろうけど。今後に期待。
ライフサイエンス分野の統合データベースの活用法とその演習（その弐）
Written by bonohu in misc on 月 30 5月 2011.
ということで、明治薬科大学にて「ライフサイエンス分野の統合データベースの活用事例の演習」ということで、遺伝子発現データベースの活用法をやらせていただきました。80分の講義時間ではちょっと苦しい部分もありましたが、実際にパソコンを自分で触りながらの講習はいい機会になったそうです。
東京女子医科大学遺伝医学研究会講演会
Written by bonohu in misc on 金 27 5月 2011.
都営大江戸線の若松河田駅が最寄りの東京女子医科大学にて話す機会を頂き。結果として、これまでの統合DBプロジェクト終了後初めての外部講演で、今年度バージョン初のお披露目。こんな感じ。
統合データベースプロジェクト: オープンで知のめぐりの良い医学生物学を目指して [slideshare id=8157014&w;=425&h;=355&fb;=0&mw;=0&mh;=0≻=no]
View more presentations from 秀雅 坊農
Slideshareのembedボタンから生成されるHTMLを貼り付けてみたけど、うまくいっているようだ！
ライフサイエンス分野の統合データベースの活用法とその演習（その壱）
Written by bonohu in misc on 月 23 5月 2011.
ということで、明治薬科大学にてライフサイエンス分野の統合データベースの活用法（実演を交えた講義）をやらせていただきました。大学院講義の一部ということでしたが、それ以外にも参加してくれた人も多くいたようで、結果として約70人ほど、なかなかの入りでした。
大阪復権？
Written by bonohu in misc on 金 20 5月 2011.
関わることになった共同研究のからみもあって、「脳科学研究を支える集約的・体系的な情報基盤の構築（神経情報基盤）第2回ワークショップ」に参加することに。場所は大阪でその次の週も大阪。すべて独立だが、来週も大阪出張だったり。大阪出張が急激に増えてきた感じ。
一回休み
Written by bonohu in misc on 木 19 5月 2011.
諸事情あって一日休み。もちろん、それとは関係なくお構いなしに用事は降ってくる。
墓穴を掘る
Written by bonohu in misc on 水 18 5月 2011.
そうとしか思えないことを新よりの緊急入電で知る。どうでもええわ～好きにしたら～。
相手変われど主変わらず
Written by bonohu in misc on 火 17 5月 2011.
外部に向けた勉強会の世話仕事。なんだ、結局去年までとやっていること変わらへんやん。
恩に報いる
Written by bonohu in misc on 月 16 5月 2011.
今年度BP3D開発の仕様説明をセンター長に。
第70回日本癌学会学術総会演題登録もやっつける。
第10回Spotfireユーザー会 ワークショップ
Written by bonohu in misc on 月 09 5月 2011.
Spotfireはデータの統計解析と可視化のためのソフトウェアです。この会の会長を務めていることもあり、2011年7月1日に大阪、8日に東京にて話しします。
> > Title: Visualization and sharing of DNA sequence data from next generation sequencing(NGS) technology by TIBCO Spotfire Web Player（TIBCO Spotfire Web Playerを利用した次世代シーケンサーによる大規模ゲノム配列データの可視化と共有化） > > > > 要旨（アブストラクト）：近年、ライフサイエンス分野のデータが公共データベースとして誰にでも利用可能となっているものの、それらを解釈して医学生物学的に有意な知見を得ることが困難になってきている。特に新型DNAシーケンサーの開発によってDNA塩基配列解読が超高速になり、個人のゲノム配列が低コストで解読可能となりつつある。一方、新型DNAシーケンサーから得られた配列データを納めるデータベースSRA(Sequence Read Archive)に関しては2011年2月にNCBIが1年以内に撤退することを告知するなどその先行きは不透明な情勢であるが、実際にSRAからメタデータに対して検索してDNA配列データを取得し、TIBCO Spotfire Web Playerを使って可視化、そして共有化する実例を紹介する。 > > > >
情報は発信するところに集まる
Written by bonohu in misc on 木 28 4月 2011.
アタリマエのことを、またもや体現してしまった。これに早く気づいて欲しいんだけどねぇ。
Weaving a story
Written by bonohu in misc on 月 25 4月 2011.
これまでやってきたこと、やらねばならないことをまとめながら。
魚の水を得たるが如し
Written by bonohu in misc on 金 22 4月 2011.
統合牧場にご来客。駆け込み寺的な訪問は何気に初めてだったかも。目論んでいた情報のHUB的な役割をも果たし出しているのは非常にいい傾向。
残酷な天使のテーゼ
Written by bonohu in misc on 木 21 4月 2011.
ついに来てしまったが、タイミング悪し。
やらないのはやれない
Written by bonohu in misc on 水 20 4月 2011.
ちょっと職場を留守にすると割と重要なメールが来るのは気のせいだろうか？
お願いではありません、命令です
Written by bonohu in misc on 火 19 4月 2011.
やったことを書きとどめること。その公開範囲は各自の判断に任せるものの、出来る限り広く。
'[DBCLS] 書きとどめよ 議論したことは風の中に吹き飛ばしてはいけない'
Written by bonohu in misc on 月 18 4月 2011.
ようやく今年度からの統合牧場新入生を統合牧場メーリングリストに付け加え完了。早速事務的な連絡を流す。みんなで教えあう姿は、見ていて大変微笑ましい。これからも教えあう仲であり続けて欲しい。私は主にこのようにブログとしてやったことを書き残すことを新入生にはお願いすることに終始していた感じ。さらに注文としてみんなにお願いしたように、自分でも[DBCLS]タグを付けてみるテスト。
初心忘るべからず
Written by bonohu in misc on 金 15 4月 2011.
今日までの希望者の分をまとめて承認していただく。合計11名が来月5月から統合牧場に正式にRAもしくは技術補佐員として働いてくれることに。すでに活動を開始している新人さんたちもチラホラ出てきていますが、最初の心持ちを忘れずに取り組んでいってもらいたい。
衆寡敵せず
Written by bonohu in misc on 水 13 4月 2011.
さらに1人。二桁にいくことがこれで確実に。効果的に動いてもらうようにしないといけない。司令の力量が問われる…。
渡りに舟
Written by bonohu in misc on 水 13 4月 2011.
さらに二人分。またもや、同郷の人がいることが判明。オープンに開発していってもらえる感じはやはり統合牧場ならではであり、これからもそうありつづけたい。
人を見て法を説け
Written by bonohu in misc on 月 11 4月 2011.
アルバイト希望者さんたちの履歴書を取りまとめる。12日現在で、すでに7枚。今年は特に学部三年生の希望者が多くてとても頼もしい。
急いては事を仕損じる
Written by bonohu in misc on 月 11 4月 2011.
年度が替わって初めての全体会。この4月からDBCLSがやることになったライフサイエンスデータベース統合推進事業の基盤技術開発プログラム「データベース統合に関わる基盤技術開発」のうち、身共が担当となった「大規模ゲノム配列データの利用技術開発」と「統合データベースに関わるコンテンツの作成、整備」を説明。昼には都内某所でやはり統合DB関係の会議。いろんなレベルでいろんな人に広く知ってもらうことに尽力するのはいただいている予算的根拠が変わっても不変。急がず焦らず、がんばっていこう、これまでどおりに。
灯台下暗し
Written by bonohu in misc on 金 08 4月 2011.
ふと口走ったことが本当にあったとはな…。やはり、コミュニケーションが大事だということをここでも認識することに。