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READとFANTOMDB論文以来、なんと15年ぶりにNucleic Acids Research (NAR) Database issueに名前が入った標記の論文が掲載。
Nucl. Acids Res. (2016) doi: 10.1093/nar/gkw995 First published online: October 27, 2016
Advance accessなのでページ数は付いてないが、DOIのcitationは変わらないので、こちらで是非。 「データ …
去年は参加できなかったJASPUGMだが、今年は参加。今回はとくに発表とかなく。実質アカデミックフリーになって、公式にユーザ …
今週はオープンアクセスウィーク。ということで、連動企画として、2016年のSPARC Japanセミナー2回目はこのタイミングで。
今回もセミナー担当のワーキングメンバーと …
札幌の定山渓にて、10/22-23の一泊二日で。研究会のお題目の通り、オモロイ生き物でさまざまな生命現象を解明しようと取り組んでい …
MacOSXだとSpotlight検索が中身まで検索対象になっていて便利だが、ファイル名でのみ検索したいときがある。しかもコマンドラインで。そういう時に使っているのがlocateコマンド。 [shell] locate hoge [/shell] でhogeを …
今年はトーゴーの日シンポジウム(10/5-6)と1日被り、大会2日目からの参加。企業展示ならびにポスター会場がスカスカでびっくりする。別の …
今年も、10月5日ということで、「トーゴーの日」シンポジウム。今では、この1年の進捗を発表する機会となっているが、統合データベースプロジェクトが始まって早10年。論文で測ること …
Entomology（昆虫学）の国際学会に参加。初参加でアウェーの学会だったが、来てみると全く問題なかった。自分は、いわば系統樹を …
日本生物工学会誌に「バイオインフォマティクスを使い尽くす秘訣教えます!」という連載が開始。2ヶ月に1回、全7回の予定。2016年1月に鹿児島大学医学部で行われた統合データ …
ArrayExpressのdataをrsync開始してから今日でちょうど一ヶ月。前回と変わらず、experimentディレクトリのミラーが終わらない。データ転送量的には、合計1.5Tbyteほど。もう1thread増やしてやっているものの。約44Tbyteと書かれている全体のデータを信じれば、あと2年半。対策を考えねば。
いろいろ書き散らす。2016年の計として元旦に誓ったことでもあるし。まさかこういう形で転ぶとは思っていなかったが。この …
昨日のセミナーで知った言葉だが、どうも気にかかると思ったら、やはり自分たちが果たしてきた役割をいう言葉だ …
前にも書いたとおり、今年度(2016年度)から国際学術情報流通基盤整備事業(SPARC Japan)のセミナー企画ワーキンググループのメン …
ArrayExpressのdataをrsync開始してから3週間。だが、experimentディレクトリのミラーが終わらない。データ転送量的には、合計0.9Tbyteほどで、約44Tbyteと書かれている全体のデータからするとやはりまだまだ。thread数を増やしてみましたが、果たして。
今年度、申請して遺伝研研究会としての開催が決まっている「次世代モデル生物におけるゲノム情報利用ワークショ …
single end readsのTrinityの実行がこけて、hoge.fq.readcountファイルに以下のような記述が。
Error, cannot convert fastq file to fasta since cannot recognize read orientation as /1 or /2 (instead: F)
このエラーメッセージでググると同じ目にあった人のQAが …
かつて関わった厚生労働科学研究費補助金(2009年度〜2011年度)による高齢者のがん研究のデータがNBDCヒトデータベースより公開されたと連絡をいただく。当初は生 …
トリミングしたうえでfastqcをかけてくれるソフトがこのtrim_galore。CutadaptとFastQCがすでにインストールされていることが必須(以下の使い方だと)。 singleの場合
[shell] trim_galore --fastqc --trim1 hoge.fq [/shell]
ペアエンドの場合
[shell] trim_galore --fastqc --trim1 --paired hoge_1.fq hoge_2.fq [/shell]
ArrayExpressのdataをrsync開始してから1週間。atlasディレクトリは終わったものの、残りの2つ、arrayとexperimentは終わらない。データ転送量的には、合計0.4Tbyteほどで、約44Tbyteと書かれている全体のデータからすると1/100ほど。ただ、全部ミラーしたらこの容量になるのかどうかも今のとこ …
初めての山の日(8/11)、急逝した研究者仲間のtwittererの初盆に名古屋へ。同じ分野の研究者というわけでもなく、オフラインには学会オフ会に …
ストレージの容量は多くの場合ファイルサイズで問題になることが多いが、たくさんファイルを作るようなプログ …
2016年8月12日日本時間午後2時頃、ArrayExpressのFTPにあるデータをミラー開始。ポイントはFTPではなく、rsyncでやっているというところ。先月のSPARQLthonで調べてわかったことを元に。プロセスがコケていないか、ディスク容量は大丈夫かをちょくちょく見張りつ …
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新米探偵本、ようやく通読。出てきたことが一度だけでなく、俵太のまとめと天羽社長の統計学指南で波状 …
先日の沼津でのワークショップで伺った、嬉しいニュース。
アカデミアの方々などに無料でご利用頂けるようになりました。 TIBCO started free of charge Spotfire License. http://spotfire.tibco.com/better-world-donation-program/
本当かと思 …
bam形式なリファレンスゲノムへのアラインメントの情報をwig形式のcoverageファイルへ変換。 実は昔もやったことがあり、ググって出てくるawkのワインライナーでなんとか凌いでいたが、今ネット検索するとbam2wigというコマンド化されたPerlスクリプトをgithubに発見。今回はこ …
東京白金台の北里大学薬学部にて、「ゲノムと遺伝子発現DBの現状ートランスオミクスのための基礎知識」というタイトルで、30分ほど話した。ワークショップの前座。
そのうち統合 …
昨日の続き。直で職場のサーバーにsshできないのはやはり不便だ。 やはり、1日経ってもファイルリストの取得、終わっていない…。定期的にrsyncするように早くしたい。が、昼前に終わったので、実体の取得を開始 …
今回はいつもと違い、DBCLSではなく新潟大学での開催ということで、RDFやSPARQLの入門的な講習会がほぼ1日開催された。こういうスタイルは新しいが、こういう形の地方行脚重要。 こちらはいつものハッカソンで …
明日、明後日(2016/7/25-26)に、新潟大学にてSPAQRLthon開催(SPARQLthon46)。いつもの柏とは別の地域で開催することは、RDFの普及という意味で重要だと思う今日このごろ。そういった研究活動をしてい …
前職では、基礎と臨床を医学の研究をやろうということで、ノーベル賞を取った線虫(C.elegans)を使ったprogramed cell deathの研究が当時もてはやされていたこともあってそちら方面の可能性を探っていた(ちなみに、「き …
データベース(DB)、とくに塩基配列DBは公共DBに登録しないと論文が受理されないこともあって、DBのアクセッション番号(ID)に関する認知度は高いようである。しかしながら、アクセッション番号のバー …
沼津でのSpotfireワークショップ2日目。今日は丸一日で、午前中はトレーニングセッション、午後はPKJ社セッションとJASPUGユーザーセッション。 自分は10年を超える長年のSpotfireユーザーではあるものの、典型的なユーザーと使い方が異な …
今年も沼津駅北口のプラザヴェルデで開催のスポットファイアーワークショップ。2日間開催の1日目は第15回ということで、MedChem(Medicinal Chemistry)な内容。2日目は第16回目で、バイオHCS(High Content …
明日明後日、2016年7月20,21日は昨年に引き続き、沼津駅北口のプラザヴェルデにてスポットファイアーワークショップ(創薬研究領域)が開催。今年は …
静岡県富士市吉原で開催されたShizuoka.py #5に参加してきた。第3回目から参加しているものの、自分でscratchからPythonのコードを書くことは少なく、そのリソースを利用させてもらって何かを …
pitagora-galaxy meet-up(2016/07)に飛び入り参加してきた。昨年にGalaxy Workshop Tokyo 2015に参加し、VirtualBoxを使って仮想環境でデータ解析する仕組みのチュートリアルを受けて以来。それから1年間経ってのアップデートを期待して。 ここにある手順通りに再実行。まずはバー …
2016年7月5,6日に広島大学霞キャンパスでの統合データベース講習会AJACS安芸に講師として参りました。今年度、1回目。 講師としては、1日目の「遺伝子発現DBの使い方」と2日目の「ライフサイエ …
このブログでも紹介したカイコアノテーションパイプラインは急に思い立ってそれを開発したわけでなく、大学院 …
かつて埼玉県狭山地方に勤務していた時にSayaMatcherという計算する仕組みを作って、転写因子結合配列などをゲノム配列から探しだし、それらをBED形式やらで出力し、ゲノム …
今年も早いもので前半戦終了。出張はかなり多かったようで、外泊数がなんと合計43泊。一月に約7泊ということで、勤務日の約1/3は外勤だったという計算。どこ …
「オミックス医学とバイオインフォマティクス」というお題で。やはり90分では短く、珍しく時間オーバー気味。じっくり教えるには …
最終日。ひきつづき。そして最後にwrapアップ。今回、AOE2のデータ作成パイプラインの構築に取り組み、機械的に単純にindexとなるデータを作るところまではできた。それらの成果(スクリプト群)はgithubのAOEプロジェクトのレポジトリに。今後は重複している …
一昨日に仕込んだArrayExpress(AE)のファイルリストの取得が終わったので、AOE1の更新を続き。もうちょっとファイルリストが高速に得られれ …
中間発表を1時間で。午後はExcursionということで、目の前の温海岳(標高736m)にbug取りがてら山登り。意外に険しい山道だったが、珍しい蝶が採れたらしい。
温泉インフォマティクス研究会足湯支部に入部するも、蚊と雨の襲撃により敢え無く延期。今月のAOE1の更新も進めつつ、昨日入電した裏 …
本日6/13から6/17までBioHackathon。今回も引き続きAOE2.0に向けてhackします。メタボにならないように、今回はランチはホテルでとらない作戦で。夜にガッツリ方 …
今年もBioHackathonは、シンポジウムからの参加。皆さん、進捗していますなあ。
今年度(2016年度)から国際学術情報流通基盤整備事業(SPARC Japan)のセミナー企画ワーキンググループのメンバーとして関わるこ …
Homebrew便利だが、しばらく経つとソフトウェアがアップデートされていってローカルに持っているインデックス情報が古くなり …
新規なモデル生物では、ゲノム配列が公開されていても多くの場合染色体ごとに配列が一本につながっていない。ど …