2013年の計
Written by bonohu in misc on 月 31 12月 2012.
去年に立てた「計」はある程度は達成できたものの、3番目に掲げた「実際に、現場で、使った論文等を世に送り出す」ことが達成できなかった。今年は、ライフサイエンスデータベース統合推進事業「基盤技術開発プログラム」の3年目の節目の年であり、まとめることを強く意識して、氷柱のように鋭く日々累積的に伸びていくが如く、取り組んでいきたい。
Category: misc
無観客試合
Written by bonohu in misc on 木 27 12月 2012.
ならぬ、聴衆のいない講演。とはいえ、がんプロフェッショナル養成プランの収録講義なので当たり前なのだが。約4年半前に撮ったもののを今回アップデート。統合TVの数だけで比較しても前回の8倍ほどに。紹介したすべてのデータベースやウェブツールに関して統合TVがある状況（作成中2つを含めて）。まさに統合TV-centralながん医療従事者向けのバイオインフォマティクス講義となった感（以下のスライド参照）。
[slideshare id=15820769&w;=427&h;=356&fb;=0&mw;=0&mh;=0&style;=border:1px solid #CCC;border-width:1px 1px 0;margin-bottom:5px≻=no]
バイオインフォマティクス（2013年度以降用改訂版） from Hidemasa Bono
収録システムも以前よりもかなり良くなっていて端々に工夫が。ご苦労様です。
次やることがもしあったなら、がんゲノムのネタをもっと入れた話ができるようにデータベースやツールが整備されてくるといいんだけどなあ。
おつかれさまでした
Written by bonohu in misc on 土 15 12月 2012.
朝一から共同研究者の発表。学会デビューでいきなり口頭発表ということで緊張しただろうけど発表自体はうまくできていた。素晴らしい。演者の数も多いからしょうがないかもしれないが、朝8時からセッションというのは連続開催で6日目の身にはなかなかキツイ。やはり合同年会(ry（シツコイなw）。
ポスター発表も最終日で午後6時まであったものの、その最後の最後に後輩がポスター賞(鈴木紘一メモリアル賞)を取って大いに沸いた。おめでとう！
「人と人とをつなげるIT」のおかげもあってか、二度のtwitterオフ会(分セーと生化)もあって、個人的には「これまでリアルには会ったことがない」人達に多く出会えて大変満足。交換した名刺も(大学院生の頃から出ているこの学会にもかかわらず)この6日間だけで30枚。もっと多くの人と人とがつながるよう、これからも継続して微力を尽くしたい。
夏草や兵どもが夢の跡
Written by bonohu in misc on 土 15 12月 2012.
昨日までと打って変わってもの寂しい。企業展示ブースも半分ほどになり、空いたスペースが休憩所。屋台、タリーズコーヒーもなく。人が減ったおかげでWiFiはつながりやすく快適にはなったのだが…活気がなく物理的にも寒い。やはり合同年会にしたほうがいいじゃないかなあ。
隗より始めよ
Written by bonohu in misc on 木 13 12月 2012.
ブースアテンド最終日。さすがに4日も基本立ちっぱなしだと脚が痛くなる。この日だけはポスター発表と企業ブース展示の時間が被っていたのだが、ブースを出す側の人間として毎日そうなるように切に要望したい（一昨日のブログにも書いたが）。ブースでの展示も四日間もずっとやっていると改善点が浮かび上がってくるわけで、それをフィードバックして次回以降良くしていきたい。
そういった改善点もあるものの、特設の屋台の企画（写真）やiPad貸し出しなど「年会の新しいスタイル」に一石を投じられたのではないかと。最後の最後にあった高校生発表も、一般演題よりもえらく盛り上がって人だかりでディスカッサーをお願いされたものの全くその必要性がないまま制限時間一杯w。先に帰ってしまう人も多いので、会期の中頃にしたほうがもっと盛り上がっておもしろいかも、と思った。
今回の年会は、IT企画に関して電子メールを送ったところから年会のIT化委員会の一人として主にオンライン抄録集まわりで関わらせて頂いた。やはり参加者みなさんの意見が大事。もっともっとフィードバックして良くしていかねば、と思う。
関係者の皆様、本当におつかれさまでした。
ワークショップ「データベースから始まる分子生物学~研究の新しいスタイルを模索する~」
Written by bonohu in misc on 水 12 12月 2012.
企画したワークショップ。どんな演者がどんなタイトルで話したかは以下のスライドの3枚目に。自分も前座として、データベースを利用した研究をやっている実例を簡単に話させていただきました（以下のスライド参照）。
[slideshare id=15693138&w;=427&h;=356&fb;=0&mw;=0&mh;=0&style;=border:1px solid #CCC;border-width:1px 1px 0;margin-bottom:5px≻=no]
データベースから始まる分子生物学～トランスクリプトーム解析研究の新しいスタイル～ from Hidemasa Bono
様々な材料を扱っているネタ、とくに非モデル生物での研究や、流行りの次世代シーケンサーがらみのネタなど、データベースを利用しているということだけが共通点で集めたら、短時間の割りに盛りだくさんで楽しめたかなーと。
ラスツー演者(6番目)の三嶋さんもスライドをアップしてくれていますので、ここに貼り付けさせて頂きます。
[slideshare id=15738172&w;=427&h;=356&fb;=0&mw;=0&mh;=0&style;=border:1px solid #CCC …
夜ゼミを楽しみたい！
Written by bonohu in misc on 火 11 12月 2012.
そのためにはまず夜の時間を作ることかと。今回は初めての企画だったからしょうがないかもしれないが、普通にポスター発表を自分でするなり聞くなりしてからだと午後9時スタートにしかスケジュールが組めず。そうなると気軽に企画できませんよね…。
そのためにはどうしたらいいか？会場のスペースの問題もあるだろうけど、シンポジウムやワークショップの開催を検討して、一般演題の発表をもっと早い時間にやるべき。特に今年は企業ブース展示が終了してからポスター発表（一般演題）開始と最悪のスケジューリング。こんな出展業者無視の姿勢では来年以降ブース展示してくれなくなるよ。その辺、よくご配慮いただきたい。
無線LAN狂想曲
Written by bonohu in misc on 火 11 12月 2012.
予想した以上に自分のを含め各抄録にイイネが付いて行く。自分が使っていた限りは会場のネット環境は概ね良好。iPhoneで3Gがメインだったからかもしれない。オンライン要旨システム自体は大丈夫そうだったものの、ポケットWiFiによる無線LANの干渉が主に展示会場の中程でやはり問題に。つまり、一般参加者よりも、(SSIDから類推しても)企業ブースで使われているケースが多そうということで、そちら方面にポケットWiFiをオフにすることを呼びかけてもらう。出店業者さんにも公然と無線LANを使ってもらうようにするか、各ブースへの有線LANをデフォルトにするかなどの対策が必要ではないかと。
ウチバリカン
Written by bonohu in misc on 日 09 12月 2012.
中3週間。今週は今年の山場である分セー。それに備えてちょっと早めだが。
ウチバリカン
Written by bonohu in misc on 日 18 11月 2012.
中5週間。外部での講演や学会がまたやってくるので。
第57回日本人類遺伝学会大会 教育講演
Written by bonohu in misc on 金 26 10月 2012.
2012年10月26日に「バイオインフォマティクス:データベース統合化によるアプローチ」 と題して行った講演のWeb supplemental materials置き場です。講演要旨はこちら。
統合DB: Table of contents
2012年10月26日の講演で紹介したDBやウェブツールにアクセスしやすいようにまとめておきました。基本的にここはその後アップデートしません。その後どんどん古くなり、より新しくて便利なものが出てくると考えられます。より新しい私の講演資料を参照して下さい。
DBチュートリアル:統合TV
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統合データベース講習会AJACSみちのく2「R+Bioconductorを使ったNGS解析」(その1、その2)
DBカタログ&コンテンツ
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DB検索
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生命科学DB横断検索, Sagace by 医薬基盤研究所
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テキスト系
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inMeXes → LSD
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DNA配列他
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GGRNA(RefSeq search)
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RefEx (Reference …
某ユーザー会
Written by bonohu in misc on 金 19 10月 2012.
いい道具なのだが…。使い続けられるかどうか、黄色信号。
ウチバリカン
Written by bonohu in misc on 日 14 10月 2012.
中4週間。明日からまたまた学会などなので。
情報断食
Written by bonohu in misc on 日 07 10月 2012.
好みの音楽を聞きながら静かに暮れていく山の風景を見ながら。至福の時間。
ライフサイエンスデータベース統合の医学への応用を探る
Written by bonohu in misc on 金 05 10月 2012.
今年のテーマは標記のとおりだったが、はっきり言ってその応用の道は遠い。データベースが実際の発見の助けになったケースをお話頂いた演者の方も居たものの、「データベースを統合したおかげ」で見つかった（もしくは可能となった）治療方法とかまだまだ先の話に思えた。やはり、シンポジウムをお仲間の同窓会から一般向けのそれに変質させていかねばなるまい。そのために必要な努力を我々からバトンを受けてシンポジウムをやってくれているNBDCさんには期待したい。
個人的にはがんゲノム周りで何か助力できるようなことがあるといいのですが。
RCGM10周年によせて
Written by bonohu in misc on 水 03 10月 2012.
以前の職場の記念誌に寄稿を依頼されたので。普段からブログでまとめる頻度が減ってパッと書けなくなっている自分に気づく。きっちり、ログとしてやったこと感じたことをここにまとめていかねば！
> > ゲノム医学研究センター(RCGM)10周年おめでとうございます。 > > > > 岡崎康司現所長と共に理研から異動してきて、約4年間RCGMでお世話になりました。RCGM在籍中は基礎と臨床の架け橋となる「きしょい」研究を目指し、当時のノーベル賞受賞関係で脚光を浴びていた線虫(C.elegans)をヒトのモデル生物として利用する実験系を自分自身もベンチに立ちつつ、2階のクーラー付きの倉庫にPCクラスタを導入して大規模なゲノム配列解析をやれるようにセットアップするなどいろいろなことに取り組ませていただきました。 > > > > 現在は、ライフサイエンス統合データベースセンターというウェットベンチのない研究所でライフサイエンス分野における大規模データの利用技術開発にたずさわり、それらの利用促進に努めております。RCGM時代に培ったウェット現場の目線は、現在の「データベースの流通業」で大変活かされていることは言うまでもありません。 > > > > 「秘境」と呼ばれるほど奥まった場所に位置しているため外部の研究者との交流が希薄になりがちですが、そこはインターネットの活用で乗り越えていけると思います。さらなる御発展を祈念いたしております。 > > > >
第71回日本癌学会学術総会
Written by bonohu in misc on 火 18 9月 2012.
しばらく会っていなかった人に再会というのが多く。初めて座長なるものをやったり。進むべき方向性を考える意味で意義深い3日間だった。
ウチバリカン
Written by bonohu in misc on 月 17 9月 2012.
しばらくぶりに。明日からまた学会なので。
統合データベース高校特別講習
Written by bonohu in misc on 土 15 9月 2012.
統合データベース講習会の公募に応募してきてくれた唯一の高校にて特別講習。マイクロアレイデータ解析の補助を。時間の制約とネット接続の不具合さえなければ、我々が用意してきた課題に熱心に取り組んでくれたその姿をもっと長く深く拝めたに違いない。最後の挨拶で今日のお礼を皆様から戴いた時にグッと来たのは内緒。逆にいろいろ学んだ心持ち。これまでやってきた講習会のあり方を考えさせられた特別講習であった。
「データベース統合による知のめぐりの良い生命医科学」
Written by bonohu in misc on 金 14 9月 2012.
同志社大学京田辺校地にて講演。同志社ローム記念館というところで。90分タップリあると思って丁寧めに説明していたら途中でそれほどゆっくりやれなくなってきて、結果としてちょうどいいぐらいの時間に収まった。が、DBカタログの話を直接的にするの忘れたりorz…この種の話があまりないこともあるのか、わりと盛況。配り物すればよかった、と後悔するほど。新着論文レビューだけでなく、統合TVの認知度も高くて驚く。ただ使ってもらうだけで満足せず、次のステップとしてフィードバックをお願いするところあたりも板についてきたな…
BioHackathon2012
Written by bonohu in misc on 日 02 9月 2012.
今回初のフル参加。
第52回生命科学夏の学校
Written by bonohu in misc on 金 24 8月 2012.
「知のめぐりの良い生命科学研究者の10の心得」と題して。とくに記憶に残るようなリアクションもなく、残念。夜の交流会も参加。気になったのは、「この分野（研究）に残りたい」という「手段」が「目的」とも取れるスタンスの大学院生が結構居たこと。一心不乱に研究していたら（それなりの成果も出て）研究することが「仕事」になってしまった不器用な自分からすると、ただただおもしろい研究をやってください、としかアドバイスできないけど。つまらん研究だと思うんだったら、とっととテーマを変えて出なおしたほうが良くはないですかね？
「データベースから始まる分子生物学～トランスクリプトーム解析研究の新しいスタイル～」
Written by bonohu in misc on 水 22 8月 2012.
第35回日本分子生物学会年会のワークショップ「W2. データベースから始まる分子生物学~研究の新しいスタイルを模索する~」でオーガナイザーやります。その際にこのワークショップの趣旨を説明する意味でトップバッターで話すつもりの指定演題の抄録を書き上げた。指定演題で話していただく方や、このワークショップに一般演題として出してきてくれる方の参考まで。データベースを出発点とする研究の実例として、個人的な研究テーマとしてやってきた低酸素刺激による比較トランスクリプトーム解析で統合DBで開発維持管理してきたツール(GEO目次)を活用している＋αを紹介する予定です。データベースがkeyとなって進んだ研究事例を多く集まればいいなと思っております。
> > DNAマイクロアレイや新型シーケンサに代表される大規模解析は、かつては大型プロジェクトに限定されていたが、コストダウンやコモディティの整備がすすみ、一般のウェット系研究室でも無理なく実行可能になった。また我が国ではまだ不十分であるが、今後、解析情報の共有と公開原則の意識が浸透すれば、インターネット上に公開データの蓄積がすすみ、それを活用することにより、解析コストをかけずに大規模データを研究に資することができるようになるだろう。しかしこうした実験のデータ量は膨大であり、そのデータハンドリングは実験生物学者には困難であることが現状の問題と言える。 > > > > 演者が所属している情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)では文部科学省統合データベースプロジェクトの一環として、遺伝子発現バンクNCBI GEOに登録されているデータを測定技術と材料の属性に基づいて整理するウェブツール「GEO目次」を開発し、維持してきた([http://lifesciencedb.jp/geo/](http://lifesciencedb.jp/geo/))。その結果、特定の生物種や発現解析プラットフォーム、キーワードで遺伝子発現データを検索可能なだけでなく、生物学的な興味に基づいて種横断的にデータが俯瞰できるようになってきている。 > > > > 本講演では、演者自らの個別研究として進めてきた …
統合データベース講習会AJACS名古屋2日目
Written by bonohu in misc on 土 28 7月 2012.
担当の講習（三時間）。いつものパターンだが、Wikiにやることを書いておいて、あとはアドリブ進行。実は休憩時間も取るべきところをとくに考えていなかったという。それでも時間ピッタリで終わって不思議。あまり詰め込み過ぎなかったのがよかったのではないかと。
Windows(+cygwin)とMacOSXのヘテロなプラットフォームでの講習だったが、まあなんとか大丈夫だった模様。講師の自分はMacOSXの上にParallelsでWindowsを動かし画面をWindows(cygwin)とMacOSXで頻繁に切り替えながら、両方のプラットフォームに配慮しつつという状況だった。
受講者からの反応がほとんどなくずっと不安だったが、あとで後ろから監視していた人によると熱心にやっていたとのこと。シーケンサーは次世代になっても最終的には配列と取っ組み合いをしないといけないので、あの講習の内容は初めての人にはためになったのではないかと自画自賛。それにしても独りでよく喋ったな…。
統合データベース講習会AJACS名古屋1日目
Written by bonohu in misc on 金 27 7月 2012.
途中から参加というのはどうも申し訳ない気がするが…。やはり40人ほどが一度に同じウェブサイトに行って検索なり解析なりを投げるのはテロ行為であるな…。
ウチバリカン
Written by bonohu in misc on 木 26 7月 2012.
中2.5週間。明日からの出張に備えて。
「GEO目次による低酸素刺激前後のトランスクリプトームの種横断的解析」
Written by bonohu in misc on 土 21 7月 2012.
トーゴーの日シンポジウムにてポスター発表。個人的な研究テーマとしてやってきた低酸素刺激による比較トランスクリプトーム解析に、統合DBで開発維持管理してきたツールを活用してみたという応用事例を紹介します。
> > 遺伝子発現バンク(NCBI GEO)の開始以来、論文出版の条件としてDNAマイクロアレイの生データをGEOなどの遺伝子発現バンクへの登録を義務付けるという各論文誌のデータ共有に向けた協力体制もあり、2012年半ばの現在約10年ほどで4万近くのデータセットが登録されている。 > > > > DBCLSでは統合データベースプロジェクトの開始以来、GEOに登録されているデータを測定技術と材料の属性に基づいて整理するウェブツール「GEO目次」を開発し、維持してきた([http://lifesciencedb.jp/geo/](http://lifesciencedb.jp/geo/))。その結果、特定の生物種や発現解析プラットフォーム、キーワードで遺伝子発現データを検索可能なだけでなく、生物学的な興味に基づいて種横断的にデータが俯瞰できるようになってきている。 > > > > GEO目次を利用して、多くの生物種でデータが測定されている低酸素刺激前後でのトランスクリプトームを抽出し、種横断的に比較解析を行っている。 > > > > 本発表では、GEO目次のRSS機能を活用することで新規に登録されるデータを監視し続けるなど、その解析手法に力点を置いてデータベース統合化によって可能となった研究の事例を紹介する。 > > > >
共同研究打ち合わせ
Written by bonohu in misc on 月 09 7月 2012.
解き明かしたい現象が共有できる研究テーマであれば、「解析請け負い」とか言われることはない。自分がやりたいこと、そのものだから。
ウチバリカン
Written by bonohu in misc on 土 07 7月 2012.
中4.5週間。来週からの出張に備えて。
「新型シーケンサーから得られる大規模DNA配列データを解釈し活用する：統合データベースからのアプローチ」
Written by bonohu in misc on 金 06 7月 2012.
Ingenuity Pathways Analysis ユーザーミーティングにて2日目の2012/08/03に標記のお題で。本務でやっている新型シーケンサーから出てくるデータを利用する術を話します。
> > ここ数年、新型DNAシーケンサー(NGS: New (or Next) Generation Sequencer)が次々と発表され、その利用が広がってきている。一度に塩基配列数にしてヒトゲノム1～10人分といった、これまでにないオーダーのデータが産生される一方、それらを解釈し活用するツールの開発はお世辞にも追いついているとは言えない状況にあり、シーケンスされるデータ量に比してそのアウトプットは「便秘気味」なのが現状ではないだろうか。海外では研究費の制約上、論文発表の有無にかかわらずシーケンスしたデータは基本的にはすべてNGS向け塩基配列データの公共データベースであるSRA(Sequence Read Archive)に登録されているのであるが、似たデータがたくさんあったり、必要な情報に表記揺れがあったり、記載されている場所がデータによってまちまちだったり、オリジナルのサイトから興味あるデータを探すのは大変な作業となっている。 > > > > そのような状況下、ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS: Database Center for Life Science)では、JSTのバイオサイエンスデータベースセンター(NBDC: National Bioscience Database Center)の研究開発プログラム …