EMBOSS-6.2.0
Written by bonohu in misc on 金 15 1月 2010.
リリースされたらしい。すべての配列に対してneedle,waterを実行するneedleall, waterallも入ったらしい。
Category: misc
KazusaMart goes public
Written by bonohu in misc on 金 15 1月 2010.
Biomart本家に入ったっぽい（現状ではDATABASEの一番下、CYANOBASE(KAZUSA JAPAN)に；オリジナルはここ）。Gene indexingなアノテーションもここから自由に、しかもBiomartな素晴らしい検索インターフェースで利用可能に。亦説ばしからずや。
旧交を温める
Written by bonohu in misc on 木 14 1月 2010.
いつもとは違う側。もちろん、聴く側もやったがそれ以上に。今後は定期的に集まりたい。
ホットカーペット reloaded
Written by bonohu in misc on 木 14 1月 2010.
電気が入らなくなって、潰れてしまったと思われたそれが復活！
弁当箱 reloaded
Written by bonohu in misc on 木 14 1月 2010.
また別の某プロジェクトを進めるため、火は入っていたものの休眠状態だった「弁当箱」を再活用へと。
AJACS筑後準備
Written by bonohu in misc on 水 13 1月 2010.
自らの遠征はこれで最後になるやもしれず。今回もユティリティプレヤー的な担当。その後継者が居るとよいのだが…
続・二番茶
Written by bonohu in misc on 水 13 1月 2010.
応援を依頼するも結局入ってみてもらうことに。結果、Permissionだけの問題だった模様orz
というわけで、番茶の複製が完了。次のフェーズに移行。
二番茶
Written by bonohu in misc on 火 12 1月 2010.
コードを整理してくれたとの連絡がきたので早速。いろいろと面倒になるとアレなのでadduserのオプションを使って専用アカウントのuidまで合わせておく。mysqlのシステムを丸ごとコピーするため、一度/var/lib/mysql/以下すべて消してすっからかんにする。最初のページは出たがその先からが出ないのでまだ不備があるのだろう。精魂尽き果てたので、明日以降に。
連休明けだから？
Written by bonohu in misc on 火 12 1月 2010.
いろいろと連絡が来た一日だった。そういうわけで書いたメールの数も最近の極大値。
12番目の素数
Written by bonohu in misc on 月 11 1月 2010.
に。
他人と同じような幸せを信じていたのに これから 傷ついたり 誰か 傷つけても ああ 僕のままで どこまで届くだろう
宝在心
Written by bonohu in misc on 月 11 1月 2010.
上杉謙信公が残した家訓。見習いたい。
リアル御籤
Written by bonohu in misc on 日 10 1月 2010.
吉。
特記事項として、「以前からあった話が復活したり、昔のよりが戻る場合もある」。「病気は治るが逆に古い病が再発する暗示があるので注意すること」。「一度つまづいても再挑戦する勇気をもってあたれば希望はかなる。『柳にとびつく蛙』を見習え」。
みちのくひとり旅
Written by bonohu in misc on 土 09 1月 2010.
生きていたならいつかは逢える
春立る霞の空に白川の関こえんと
Written by bonohu in misc on 金 08 1月 2010.
一路、杜の都へ。
駅前で新種発見(w。
本務こそ（内容はいつもとは違ったのだが）いつも通りだったが、やはり大変な思い違いをしていた。定禅寺通りに舞う小雪の中、これからは雑音に惑わされないぞ、と決意。この寒い時代にはすぐには芽がでないかもしれないが、「種」は蒔いてきたつもり。
統合TV250コンテンツ
Written by bonohu in misc on 木 07 1月 2010.
重複（アップデート）も含めて、本日当初目標としていた250に到達した。奇しくもDBCLS(LSDB)のサービスの英語版を英語で紹介するという回で、感慨深いものがある。始めてからちょうど二年半なので、月平均8コンテンツ、ということは一週間に2つのペースということになる。数が多けりゃいいというものではないが、ここのところのロングテールなアクセスログ中の検索キーワードの分布を見るとその目的はある程度は達成されているのではないかと思う。ちなみにその一位は、特定のツール名ではなく「使い方」。「すべてはゼーレのシナリオどおりだ…」。
パスワード管理ソフト
Written by bonohu in misc on 木 07 1月 2010.
PasswordChestというソフトが某ソフト紹介サイトで出ていて、これを試す。ちょうど整理したいと思っていた矢先だったし。きっちり暗号化されていて、いいかんじ。カテゴリー分けとかもいい感じにゆるいし、idやパスワードしかないエントリもオッケー。ちょっと使ってみる。
初蕎麦
Written by bonohu in misc on 水 06 1月 2010.
いつもの酢重正之 楽＠新丸ビル地下一階にて。いつものとろろ＋生卵。海苔と胡麻、そしてキューブ状に刻まれたとろろ芋が太めの蕎麦にたまらなく合っている。
RSSリーダー
Written by bonohu in misc on 水 06 1月 2010.
はてなアンテナをずっと使ってきていて、たとえRSSをはいていてもアンテナに突っ込んでアップデートをチェックしてきたのだが、RSSをはくサイトも多くなってきたのでRSSがあるものはRSSリーダを使おうと思い立ち。はてなのそれを使おうとしたものの、変更した設定がすぐに反映されなかったりで不便だったので、Google Readerを試してみることに。はてさてどうなるやら。
Nowhere Man
Written by bonohu in misc on 月 04 1月 2010.
今日は完全にひとりぼっちの一日。なので、chat活性が高く。
Young Men!
Written by bonohu in misc on 日 03 1月 2010.
RAさん++。やはり、最初は教え込むことが多い。
Terre Promise St. Chinian-Roquebrun 2005
Written by bonohu in misc on 日 03 1月 2010.
妹から頂いた誕生日祝いを、快気祝に。まず、匂いからして違う。味もちょっと重めの好みの味。おそらく、店の人にいろいろ訊いて選んでくれたのだろう…。その味、priceless。ありがとう！
箱根駅伝復路
Written by bonohu in misc on 日 03 1月 2010.
ダンゴ状態の混戦なら行こうかと思ったけどそうでもなかったので沿道観戦は中止。
むしろそれに人々が釘付けになっている裏をかいて買い物など、この休み中に果たせなかったことを。
初詣
Written by bonohu in misc on 土 02 1月 2010.
今年もモナー神社へ。御籤は…
【吉】 (No.29322) モナー神社
願事 : 遅かれど思う通りになるべし
待人 : 訪れなし来る
失物 : 自ら出づ
旅立 : 行きて吉
商売 : 気を付けてなせば吉
学問 : 危うし 全力を尽くせ
争事 : 控え目にして吉
転居 : 急がず行えばよし
病気 : 遅いが治る 養生せよ
縁談 : 初め進まず 時を待てば宜し
今年は絵馬には「健康第一」。元日から風邪引いていたし…。
箱根駅伝往路
Written by bonohu in misc on 土 02 1月 2010.
昨日からの体調不良のせいで沿道観戦は叶わず。が、五区はリアルタイムで見ていた。全力を尽くして襷をつないでいく姿に毎年ながら感動。
明けましておめでとうございます
Written by bonohu in misc on 金 01 1月 2010.
本年もよろしくお願いいたします。
渋滞は避けれたものの…
Written by bonohu in misc on 金 01 1月 2010.
帰るなり、ヒドい悪寒。手足が冷たく感じるなあとは思っていたものの、寒いところに居たからだろうと思っていたのだが。風邪をうつされた可能性も低く、どうも生水が怪しい。冬期は凍結防止のために水道水にヒーターを入れてあるのだが、そこで雑菌が繁殖しているのだろう。水道水を飲んだ時に匂いがヤバいなと思っていたんだけどやはりそうだった模様。
元旦からとんだ災難orz
温泉インフォマティクス研究会初め
Written by bonohu in misc on 金 01 1月 2010.
湯楽の里相模・下九沢温泉にて。アルカリ性単純温泉。源泉とその脇の風呂でメールする内容を考えたのだが…
良いお年を
Written by bonohu in misc on 日 27 12月 2009.
営業日としては本日で終了。一人温泉インフォマティクス研究会を新規開拓も兼ねて、反省会。去年から本格的にやってきた講習会や広報宣伝活動は後進に託して、自分は来年はもっと研究よりの活動に携わりサービス事業と研究活動とが全体としてうまく回るようにしていかねば、と。
本年もいろいろとお世話になりました。
大掃除＆模様替え
Written by bonohu in misc on 日 27 12月 2009.
住んでいる仮屋も、MBAのSSDの中も。書きなぐりのメモも整理してEvernote化。Dokuwikiのバージョンアップを機会に自分のウェブサイトのページも整備統合。ここを含めてネット上のいくつかのサイトもスカ色から湘南色に変更して気分転換を図る。
Le Haut-Medoc de Giscours 2006
Written by bonohu in misc on 土 26 12月 2009.
何も祝うべきことはないが。
新型の猛威
Written by bonohu in misc on 金 25 12月 2009.
昨晩帰る前、午後7時頃仕掛けた計算はover nightどころか、日が変わって30分後ぐらいには終わっていた模様。これまでだとメモリが足りなくて計算ができなかったレベル。CPUのclock数も上がったものあるが、計算可能なqueue数が2x8→4x2(?:hyperthreading)x9になったのも特筆しておくべき点だろう。
ならぬ堪忍するが堪忍
Written by bonohu in misc on 金 25 12月 2009.
とはいうが、今日はついに我慢の限界を超えてしまった。だって、仕事が納まっていないのに納会とか洒落になっていないし。
そりゃさ、帰るところがある人達は出向・派遣先で飲み会が多い方が嬉しいだろうけどさ、仕事をそこそこやっていりゃ文句言われないだろうし。こちらは精一杯やっていても…。
もっと人がここで働きたくなるような、そういうところにしないと。飲み会ばっかしの「酒池肉林センター」じゃなくて、日本の研究者たちが集い（研究者版梁山泊？）、そしていい仕事ができる研究所に、な。
謎が解けた
Written by bonohu in misc on 金 25 12月 2009.
懸案のDocuwikiのエラー。PHPまわりのエラーだった。
Mac OS X 10.6 で PHP の date 関数が警告表示される場合 - 転校生@Hatena
に書いてある通り、/etc/php.iniでコメントアウトされているところを
date.timezone = Asia/Tokyo
に書き直して sudo apachectl restart したら解消。年越しにならなくてよかった。
tkrtng
Written by bonohu in misc on 木 24 12月 2009.
ついに配備。自分のデスクトップやg86で計算していたのを移せる＆ルーチン化できる。まずはBLATからかな。
その場では言わなかったが
Written by bonohu in misc on 木 24 12月 2009.
事前にきちんと連絡してこないのはどういうわけだ？対外的にも迷惑がかかるしね。
今年もヒトラー
Written by bonohu in misc on 木 24 12月 2009.
異教徒の祭りに便乗してアレする日本人を風刺するこれ。ギザワロス。
久しぶりに温泉インフォマティクス研究会
Written by bonohu in misc on 火 22 12月 2009.
ここち湯相模原にて。新規温泉を開拓できたとともに、これまで会ってもなかなか話ができていなかったところをいろいろと話せてよかった。
行く前も行った後も遠隔で某作業の続きをやったりで充実の祝日だつた。
なせば成るなさねば成らぬ
Written by bonohu in misc on 火 22 12月 2009.
昨日うまくいかなかったアレの続き。ごちゃごちゃになったコードのインデントを直したら…変数のscope問題であることが発覚。ついでに今となっては無駄なループも発見。本当はすべての染色体で一気に処理したいんだけど、メモリが足りず。今週末にデカイメモリのマシンが入るはずだからそのときに試してみるか！
その後、JASPUG。新宿行きには根津発（国会議事堂前のりかえ）ではなく、東大前発（四ツ谷のりかえ）の方が値段も安く時間も短いことを学習。テキストマイニングについて話題になったことを思い出してくれたSさん、GJすぎる！これまでよりも貢献出来そうな気がしてきた。
年寄りの冷や水
Written by bonohu in misc on 月 21 12月 2009.
午後に定例会議。素晴らしい決議がなされたという認識。その影響や如何に？
その合間に某データの処理プログラム書き。うまくいかず…その後、職場の忘年会。普段なかなか話す機会のない人達と話ができて良かった。みんな実はお話したいのだなー。今後はこちらから話しかけていくように心がけよう（って、これまでもそうだったような気もするが…）。
My iPhone applications
Written by bonohu in misc on 日 20 12月 2009.
半年使って、こんな感じに変化したとさ…。
左から一ページ目、二ページ目、三ページ目。とてもよく使うのを下の4つに、よく使うのを一ページ目に。
Chateau Lanessan 2006
Written by bonohu in misc on 土 19 12月 2009.
自分に対する掃除のご褒美として。なかなかいける。また飲みたい。
HK人
Written by bonohu in misc on 土 19 12月 2009.
洗濯機3run、全室掃除機がけ＆掃除機の掃除、洗面所ブリーチ等。ハウスキーピング遺伝子とは何かを考えながら。
Hello world!
Written by bonohu in misc on 金 18 12月 2009.
Welcome to Wordpress.com. This is your first post. Edit or delete it and start blogging!
RA五人囃子
Written by bonohu in misc on 金 18 12月 2009.
が結果として揃って。日本酒味見の会から始まって、統合牧場忘年会の様相。その後は同じフロアーで開かれていた宿主の某学科の飲み会に乱入、そしてリクルーター活動。お騒がせしました…。
紺屋の白袴
Written by bonohu in misc on 金 18 12月 2009.
明日は自分のことを優先的にする決意をして昨晩帰ったのに…。割り込みプロセスに汚染されて結局は全くそれはできず。ま、それ以外の仕事が比較的進められたから良しとするか…。
昔とった杵柄
Written by bonohu in misc on 木 17 12月 2009.
やはりこの分野に関してはよく知っている部類なのだろう。それが生かされるサービスを一刻も早くリリースして役に立つことを願うばかりなのだが…。
罪を憎んで人を憎まず
Written by bonohu in misc on 木 17 12月 2009.
自分の発言の重さというものをちゃんと認識していただきたい。そう言うことで一緒に働いてくれている人にどういう影響が出るかということを。
網棚
Written by bonohu in misc on 水 16 12月 2009.
の金属製の網が、鞄のチャックにあるわずかな隙間から食い込んでしまって離れなくなってしまうことがあるらしい。現場に遭遇し、離そうと手を貸したがダメだった。ああなると終着駅まで行かないといけないのだろうな…。
ばらばらに構築・管理→検索・解析・応用が困難
Written by bonohu in misc on 水 16 12月 2009.
なのを打開するために、遺伝子発現データの方も大量のデータアーカイブの中から発掘作業。明日仕分け作業を行うために。
墓穴を掘る
Written by bonohu in misc on 水 16 12月 2009.
そうしてるのかとオモタが？
