第50回生物物理若手の会夏の学校
Written by bonohu in misc on 日 05 9月 2010.
大学院生時代に参加者、スタッフとしてつないできたタイマツが次の世代に引き継がれ…。ついにこの会に講師として参加する日がやってきた。でもランチョンセミナーのそれだが。夜の自由討論会でもいろいろと話すことができてよかった。また機会があれば。次はいつになるのかな…
Category: misc
ウチバリカン
Written by bonohu in misc on 木 02 9月 2010.
帰ってから、いそいそと。週末にプレゼンがあるので。中6週間。
ライフサイエンス新着論文レビュー公開
Written by bonohu in misc on 水 01 9月 2010.
満を持して。はてブコメでの反応も上々。日本語コンテンツの発信に一矢報いれば。
長期的な視点にたった戦略がない
Written by bonohu in misc on 火 31 8月 2010.
結局はそこ。立てても外圧で潰される現状。変えていかねばなるまい。
NIGる
Written by bonohu in misc on 月 30 8月 2010.
諸事情あって。やはり、たどり着くのに3時間ということで合っていた。
26contents per month
Written by bonohu in misc on 金 27 8月 2010.
統合TV快挙達成。はたしていくつのコンテンツに「出演」したのだろう？
どう進めていくか
Written by bonohu in misc on 木 26 8月 2010.
を今日も考える。昨日流した動画リストにアクセスしてくるapacheなログを背景に。結論はある程度見えているものの、まだ実際に手を下せないでいるのはまだ自分の中にモヤモヤした、霧の掛かった部分がその先行きにあるからなのだろう。そんななかでも進めていかねば、もういい加減に＞自分。
「AJACS & 第22回DDBJing講習会 in 東京」の統合TV
Written by bonohu in misc on 水 25 8月 2010.
がついに出揃う。http://bit.ly/cDhSxR とくに、yaskaz ｾｿｾｲによる「DDBJとは」な動画は必見！
豚肩ロースのソテー黒胡椒あんかけ
Written by bonohu in misc on 火 24 8月 2010.
新メニュー。豚肩ロースが食べ応えあってフォークとナイフが欲しいかも、なレベル。あんがうまいひろ武ならでは。大変おいしゅうございました。
研究費・プロジェクト系教育経費の 効果的予算措置に関する中間報告
Written by bonohu in misc on 月 23 8月 2010.
ネット上にPDFがあることに気がついていたのに、twitterで流しただけで、自分で書き残すの忘れていたorz。この種のURLもうちょっと人に伝えやすいように整然とできないもんですかねえ＞お役所。
http://www.mext.go.jp/component/a_menu/other/detail/__icsFiles/afieldfile/2010/08/04/1296437_13.pdf
http://www.mext.go.jp/component/a_menu/other/detail/__icsFiles/afieldfile/2010/08/04/1296437_12.pdf
大量のファイルのコピー
Written by bonohu in misc on 水 18 8月 2010.
rsyncでもダメな場合があるらしい。
tar cf - . |(cd /Volumes/HDD/; tar xvf -)
なコマンドを昔使っていたのをまわりに教える。
twitterアポde訪問
Written by bonohu in misc on 火 17 8月 2010.
統合データベースプロジェクトの立役者が。午前にDが来ていて、その午後に。そのフットワークの軽さに驚く以上に現在考えていらっしゃることにもさらに驚く。
センター内をご案内して回るが、意外にも自分がその人をよく知っている部類だったことにも驚きを隠せず。もうここでは長老級の超老朽化した奴なんだ、自分は。
仕事復帰
Written by bonohu in misc on 月 16 8月 2010.
まずは溜まりに溜まったメールの処理から。journalの論文チェックがやはり職場でしか対応できず…。
指示しないと分からないって…
Written by bonohu in misc on 金 06 8月 2010.
博士の学位を取った人間のいうことでしょうか…。
AJACSみちのく2日目
Written by bonohu in misc on 木 05 8月 2010.
そろそろ、自分は講習会講師引退かな。居るとつい、やってしまうから後進が育たないんだな、と実感したり。
AJACSみちのく1日目
Written by bonohu in misc on 火 03 8月 2010.
1月に公園に行って以来7ヶ月越しのAJACSがついに。
合計3時間以上話したが、肩透かしだったカンショク。折角それなりの時間を割いて来ているのだから、受身じゃなくて自ら積極的、貪欲に学んで欲しいですね。
AJACSみちのく宵山
Written by bonohu in misc on 火 03 8月 2010.
とりあえず、解析の概念図的なスライドを作るところまではきた。
AJACSみちのく宵々山
Written by bonohu in misc on 月 02 8月 2010.
仕上げ的な付け足しをするものの、まだモヤモヤしていて釈然としていない。
続々・AJACSみちのく準備
Written by bonohu in misc on 日 01 8月 2010.
その壱のようには、その弐はやっぱりいかんなぁ。あまりにも用意されているウェブインターフェースを使う際の敷居が高すぎる。手軽に使うとなるとやっぱり我が番茶の方が簡単。その後の処理でどうせUNIX環境を使うことになるのなら、最初からそれでいった方が手っ取り早い気がしますなあ。
続・AJACSみちのく準備
Written by bonohu in misc on 土 31 7月 2010.
昨日ショットガン式に集めたコンテンツをアッセンブルするイメージで。こちらのパートの方はできたが、もうひとつの方が…。ちょっと気張らねばなるまい…。
AJACSみちのく準備
Written by bonohu in misc on 金 30 7月 2010.
伊達政宗の名言を使ってカスタマイズしつつ。ショットガン式に「プロジェクトのサービスを使い倒す」（予定講習時間：二時間弱）の内容を過去の講習会から追加していく。もちろん、最新版にアップデートしつつ。Googleのインターフェースの変更やinMeXesの追加などが大きな変更点かな、このセクションでは。
出張事後処理
Written by bonohu in misc on 木 29 7月 2010.
といつものマネージメント的業務。とくに月末進行なので。来週の講習会での実例としてアレを進めたかったが…。明日以降がんばろう。
そんな状況下、出張中に統合TVに「遺伝子発現情報を使い倒す～Transcriptome Sequenceによる遺伝子発現解析の実際～」が上がっていたことは非常に喜ばしい。講習会で、副教材として大変有用であるだけでなく、統合牧場技術開発部のプロモーションムービーとしても。自分がいない間もこうしてコンテンツを作っていってくれるまわりのyou knowな人達に感謝感謝。もちろん、コンテンツになってくれるyou knowな人材にも感謝感謝。
某招待講演
Written by bonohu in misc on 水 28 7月 2010.
会場まで2km。地下鉄の駅まで遠いし、これぐらいだと歩き。そして、アウェー感漂う会場。学会年会的な雰囲気こそ共通しているが何かが違う。まず受付が複数あってそこから迷う。勝手が分かっていないからだろう。
emobileが講演前は使えたからデモもやろうと決断したものの、実際の講演の最中にはみんながemobile使っているせいか回線は非常に細く、見せたいウェブページがなかなか表示されず…どちらかというとemobileが繋がらない状況を想定して用意しておいたスクリーンキャプチャーだったが、用意しておいて本当によかった。
北の国へ
Written by bonohu in misc on 火 27 7月 2010.
共同研究打ち合わせというよりも逆家庭訪問のような…。夕刻、明日午前の講演に備えて札幌に。午後五時前に職場発、午後六時半羽田発の便で、札幌駅には午後九時前。
TS&TSWP3.1
Written by bonohu in misc on 月 26 7月 2010.
についに。これで可視化はこちらに。あとは実際の解析実例！
ウチバリカン
Written by bonohu in misc on 日 25 7月 2010.
中八週間？結構空いてしまったらしい。今週は札幌で講演、来週は仙台で講習会ということで。オーダーしていたスーツも今日届くなど、ちょうどいいタイミング。
目を見張る
Written by bonohu in misc on 土 24 7月 2010.
RAさんたちのそれぞれの得意分野を活かした成長ぶりに。素晴らしいロゴがまた追加され、ますます完成度が高くなった統合TV。統合牧場技術開発部のデータ解析開発。この高いモチベーションを維持していって欲しい。
お願いではありません命令です
Written by bonohu in misc on 金 23 7月 2010.
あまりやりたくなかったが。DBCLSの統合牧場にていろいろといいかんじにやっているのにそれがただ議論されては消えるという「鉛筆（シャープペンシル）で書いては消しゴムで消し」ていく状態だったので。試験問題の答えのように結論だけ残せばいいってもんじゃないんよ。もちろん、twitterにその断片があるのだろうけど、それをまとめるのも立派な「研究」のプロセスだから。しっかり「ペンで書きとどめ」ていくように。きっとあとでそれを見返すことがあるから…。
発現統合reloaded
Written by bonohu in misc on 木 22 7月 2010.
今後に向けて、再構築が本格的に。やはり一人ほそぼそとやっているよりも複数人で議論したほうがよくなるわけで。
講演（講師でない）
Written by bonohu in misc on 水 21 7月 2010.
見ているだけは楽しいが…。場数を踏むべきでしょう。
3週間ぶりの全体会
Written by bonohu in misc on 火 20 7月 2010.
もとくに大きな進展もなく。焦らずじっくり、でもしっかり進めよう。
distinctに泣く
Written by bonohu in misc on 金 16 7月 2010.
とりあえず、distinctを足してみるとある程度は解決された。あとは、人間がみるとダブっていると思うエントリの除去が必要。
EMBOSS-6.3.0
Written by bonohu in misc on 木 15 7月 2010.
EMBOSS-6.3.0が出たらしいので、とりあえずコンパイル。Support for BAM/SAM filesもあるので期待できそう。いろいろ読み解きたいのだが、一人じゃあまりにも非力なのでみんなでやりましょう！
某書き物
Written by bonohu in misc on 水 14 7月 2010.
Google docsで書き込んでいたのだが、よく考えたらそれをeditorとshareするというのもオモシロイ試みだと思ってやってみた。まだまだ不完全だが、ここまで書いているんだということが先方にも伝わるので良いシステムではないかと思ったり。
Biocuration2010
Written by bonohu in misc on 火 13 7月 2010.
で、発現統合プロジェクトのキュレーション活動を報告しようと意気込み、話しあってアブストラクトを書き上げたものの、一ヶ月近い締め切り延長で最後の最後にヤル気を失った一日。
BMB2010抄録登録
Written by bonohu in misc on 月 12 7月 2010.
日曜日の晩にYoruFukurouを落として書き上げた二つを一晩寝かせた上でもう一度直して午前のうちに処理。
さらに統合牧場技術開発部と発現統合プロジェクトを一体的に位置づける方向で頭の中の整理。大分やるべきことが具現化してきた。
いつも笑顔でかくしていたけど
Written by bonohu in misc on 日 11 7月 2010.
夏が過ぎるたびこの胸が痛い
夜はとてもとても長く感じるのです
Puff the magic dragon lived by the sea
Written by bonohu in misc on 土 10 7月 2010.
And frolicked in the autumn mist
In a land called Honahlee.
某ユーザー会ワークショップ＠東京
Written by bonohu in misc on 金 09 7月 2010.
衝撃を受けつつ出陣。ランチは地鶏やにて。
ワークショップ自体は大阪と同じ内容ということだが、基本的には聴きやすくなっていたり。聴衆の数も倍以上で、ユーザーレベルも異なっていてそれなりに飽きることもなく。
BMB2010ワークショップ打ち合わせ
Written by bonohu in misc on 木 08 7月 2010.
とともに、DDBJにて統合TV取材。結果、トリを務めさせていただくことに。とっととアブストラクト送ること。
発現統合開発打ち合わせ
Written by bonohu in misc on 水 07 7月 2010.
入れるべきデータを外部データベースから取ってくるところのシステム化。その下流は実際にやっている人が判断していれていくしかないんだけど。
831lab
Written by bonohu in misc on 火 06 7月 2010.
今日開店ということで寄ってみた。店の中でレタスを育てる、輸送コストは0の新しいハタケ。是非ガンバッテ欲しいので、景気づけ（マーキング）にBLTを。今後お世話になりそう。
重なるときは重なる
Written by bonohu in misc on 月 05 7月 2010.
Pocket WiFi 機種変更。ネットワーク回線速度測定の数値的にはそれほど変わらないが、USBが一つしかないMBA的にはそこを占有しなくなっただけ、利便性が上がることが見込まれる。
帰りにHDMIケーブルを上野のヨドバシで買って帰り、接続。デスクトップが広くなった！
ADSL開通
Written by bonohu in misc on 日 04 7月 2010.
ブロードバンドルーター兼のADSLモデムに、MacMiniをつないでそこを無線LANのアクセスポイントに。あとはHDMIでモニタに接続すれば完璧だ。
Shiga.R#NA
Written by bonohu in misc on 金 02 7月 2010.
にて発表。DBCLSの紹介を中心にテキストマイニングネタを（発表資料）。Osaka.Rな人をはじめ、関西の有志たちと交流できたのが大変有意義だった。
某ユーザー会ワークショップ＠大阪
Written by bonohu in misc on 金 02 7月 2010.
にて主にLSDB関係のテキストマイニングな話を中心に広報普及活動。これまでやったことのないお題での話だったこともあり、終わったらいつも以上にヘトヘトに。聴衆は20人ちょいであったが、話の後に協力的な申し出や示唆的な意見を頂く。黙って公開されるのを待つんじゃなくて、一人でも多くの人が「はよ公開せんかい！」と声を上げることです。そういった声に励まされてやっているのだな、とまたまた再確認。
4年目突入
Written by bonohu in misc on 木 01 7月 2010.
であると同時に月初めでもある。やるべきことのリストをEvernoteにupdate。相手の事情で変えられてしまうのは仕方が無い気もするが腹立たしくもある。もっと（自分の考える）発現統合に時間を割いて精進すべし、それぞれのyouknowな人達が動いているのをうまくまとめて前に進むようにしむけつつ…。そして夕刻、大阪に空路旅立つ。
丸3年
Written by bonohu in misc on 水 30 6月 2010.
今の所属に来てから。これまで良かれと思ってやってきたことは果たしてライフサイエンス分野のデータベース統合化、ひいては科学の発展に少しでも寄与できたのだろうか？
RDFの2つの謎
Written by bonohu in misc on 火 29 6月 2010.
ちょっと前から某ポータルサイトに我々の提供サービスのRSSフィードが表示されなくなっていて、それについて原因を探っていただいた。そしたら、一つめは中身に&があったせいで処理が途中でおちていたせいだったらしい。もう一つは、コメントSPAMが来たときにそれを自動的に消すせいで、提供したいRSSの内容も一緒に消えてしまうという。更新されたときにtwitterにも流しているので、それのRSS使うようにしたほうがヨサゲかも。
黒い林檎
Written by bonohu in misc on 日 27 6月 2010.
ポチってから8日、ようやく。一回り大きくなった気がするが、かなり薄くなり、重量感が増した感じ。自宅作業用の私費購入なのだが…