Category: misc


ウチバリカン

Written by bonohu in misc on 日 30 5月 2010.

中五週間。今週開催される会議クラスタに向けて、ただでさえ見苦しいのを少しでも勘弁してもらうために。

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SOTO

Written by bonohu in misc on 金 28 5月 2010.

やっぱり電車のなかは捗る。ざっと読了したものの、結局今日も最新版での計算は仕掛けられず。

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日本語コンテンツ作成

Written by bonohu in misc on 火 25 5月 2010.

とにかく実行あるのみ。ネットワークだのマトリックスだの、とりあえずどうでもいいからオリジナルなコンテンツを粛々と書き溜めていくことだ。三年前、統合TVでそれを始めたのと同じように。

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tkr軍団とはいえ…

Written by bonohu in misc on 月 24 5月 2010.

計算ばかりしているわけにもいかず、戦略モードに。どうやったら、目標に到達出来るか、生物学的に興味深い結果をえぐり出せないか、@iNutと議論。その結果、一つ方向性が出てきたので、それをやろう、と。

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休日の過ごし方

Written by bonohu in misc on 土 22 5月 2010.

ここのところ、ずっと自宅に引きこもりがちだったので遠出してみる。やっぱり、できる限り普段しないことをやらねば。普段住んでいるエリアもこんなふうに見えたりするわけで。

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CONFLICT OF INTEREST

Written by bonohu in misc on 金 21 5月 2010.

事前に今後起こる可能性のあることに関して、包み隠さず言明する。それを理解した上でtkr軍団に入ってもらうのは一向に構わない。しかし、今後その狭間で押し潰されないように、しっかりとした「知的体力」を身につけて欲しい。できる限り最新の知識が纏められた教科書を精読してな。(本当はそうじゃないのだが)「敵」はそういう知識をこれまで経時的にかつ経験的に得ているツワモノなわけだから。勉強会だとか何だとかばっかりやっていないで。

ハートウェル遺伝学-遺伝子、ゲノム、そして生命システムへ-

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CC-BY

Written by bonohu in misc on 金 21 5月 2010.

にしておかないと不便なことが多いことが判明したので、前になんとなくCC-BY-SAだったのを書き換える。ただそれだけの簡単なオシゴト。

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Congratulations!

Written by bonohu in misc on 火 18 5月 2010.

目覚めると某acceptの電子メールが。タイミング的にも良かったなあと。おめでとうございます。貴グループの益々のご発展をお祈りします。

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Reading before coding

Written by bonohu in misc on 火 18 5月 2010.

プログラムを書いてなにかやるのはいいけど、これまでどういったことがなされてきたかが書かれた論文を読むことが先決だぜ、いくら腕っぷしに自信があるのかしらんけど。

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Research Assistant

Written by bonohu in misc on 月 17 5月 2010.

と呼ぶに相応しい活動が繰り広げられる前触れを感じる。どうやらこれまで避けてきたエリアに踏み込んでしまったようだ…

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What’s the next?

Written by bonohu in misc on 日 16 5月 2010.

先週頭にBMB2010にDDBJの中村さんとDBCLSの坊農とで共同提案していたワークショップ「新型シーケンサーから得られるデータをどう解釈し活用するか:統合データベースプロジェクトからの提案(How to make sense of DNA data from the next generation sequencers)」が採択された。参考までにその概要は以下の通り。

新型シーケンサーの登場により、膨大な量のデータを処理しなければならないのは大規模解析実験系プロジェクトだけでなくなり、データハンドリングはおろか、その全体を一望のもとに把握することさえ実験生物学者には困難となってきている。こうした大規模情報の公開のため数多くのデータベースが構築されているが、その活用方法に関する情報を得ることすらも容易なことではない。 このワークショップは、ライフサイエンス統合データベースセンターからの情報技術活用の提案とともに、ウェット研究者が新型シーケンサ由来データを活用した事例や、利用に際しての問題点などの実例を集め共有することで、実験生物学者の情報技術的な自立を促すための情報提供と議論の場としたい。議論を通じ、実験生物学者にとって真に役立つバイオインフォマティクスのツールとデータベースの活用知識が形成されることが目標である。

それもあったり、今年度の統合データベース講習会の日程が大分固まってきたり、今年幹事的な役割をやらせていただいているSpotfireのユーザー会の集まりも日程が決まってきたりで、現時点で予定されている学会発表などをリストアップしてこの半年ほどの中期的な計画を俯瞰してみた日曜日の午後。

つまるところ、「発現統合」と「テキストマイニング」の二大テーマのもと、[DES]RA(DDBJ/European/Sequence Read Archive;「デスラ」でいいのでしょうか…?)を使い倒す系ということになろう。統合牧場で放牧されている …

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シンポジウム「科学技術コモンズと情報知識学の挑戦」

Written by bonohu in misc on 土 15 5月 2010.

家事も溜まっていた&USTREAM中継もあるということで、在宅参加!iPhoneのUSTREAM Viewerも試してみたが、PCのものより若干delayがあるものの充分なquality。でも、なぜかいったん休憩時間のため他のアプリケーションに切り替えてまた接続しようとしても何回やってもうまくいかず…。

でも、とっても嬉しかったこと二つ。一つ目は、私が博士学位を授けて頂いた国立国会図書館長尾眞館長(当時は「京都大学総長」)が、我々DBCLSの考え方を代弁するような講演をしてくれたこと。もう一つは、高木利久DBCLSセンター長が統合TVを全面に出したプレゼンをしてくれたこと。手応え充分。この調子でがんばろうぜ、皆の者!

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「最先端研究基盤事業」に関する意見提出

Written by bonohu in misc on 木 13 5月 2010.

以下の文面を添えて、文部科学省宛にExcelのファイルを送る。

> > 担当者様、意見を提出させていただきます。集計ご苦労様です。ただ、 Microsoft社のExcelのソフトを持っていないと回答できないなど、今回のやり方には問題があると思います。今後は、ウェブのフォームでされたほうが集計が楽になるのではないかと思いますので是非ご検討ください。 > > > >

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新規開拓

Written by bonohu in misc on 木 13 5月 2010.

ランチは新規開拓。カルビ専門店でLAカルビの定食。980円。

夜は帰りがけに新丸ビルB1の「えん」の親子丼、半額で325円。

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統合TV the next generation

Written by bonohu in misc on 木 13 5月 2010.

に向けて物理的な面での話し合い。5月末~6月頭ぐらいには入るらしい。移行作業はそれ以降ということで。これまでマシンの制約でできなかったことができるかと。

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統合データベース講演会@明治薬科大学

Written by bonohu in misc on 水 12 5月 2010.

職場から東大前経由飯田橋乗り換えで直通にて秋津。ごたごた&もたもたしていて学内到着時間を秋津到着時間と勘違いしたものの、余裕で間に合う。今回の聴衆は約30人。質問が多そう、ということで一杯^2話さないようにして。

やはり、どこにいてもちょっとデータベースを使ったことがある人の考え方は同じだということを再確認。これからも布教活動頑張っていこう!

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拘束運転な電車

Written by bonohu in misc on 火 11 5月 2010.

30分早く出たのに10分遅刻。やはり、ダイヤが乱れたときは最後の駅までお付き合いしてはいけないようだ。途中で別系統に乗り換えるべし。

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先立つ物は金

Written by bonohu in misc on 土 08 5月 2010.

とはいうものの、研究の場合はただ予算を配分さえすればいいというものではない。研究費を整備することに加えて、「体制づくり」も行政がある程度サポートしていかないといけないんじゃないかと最近感じる。

京都大人文科学研究所の加藤和人准教授(生命倫理)らが、政府や研究者社会の姿勢により研究が阻害されているとする論評を6日付の米科学誌「セル・ステムセル」(電子版)に発表した

というニュースが出ていたが、実際に論文を取得してそのアブストラクトを読んでみると…

> > Although it is a leader in many fields of stem cell research, Japan's policies on many areas of stem cell research have not been widely reported or analyzed in the international literature. In this report …

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