Category: misc

無線LAN狂想曲

Written by bonohu in misc on 火 11 12月 2012.

予想した以上に自分のを含め各抄録にイイネが付いて行く。自分が使っていた限りは会場のネット環境は概ね良好。iPhoneで3Gがメインだったからかもしれない。オンライン要旨システム自体は大丈夫そうだったものの、ポケットWiFiによる無線LANの干渉が主に展示会場の中程でやはり問題に。つまり、一般参加者よりも、(SSIDから類推しても)企業ブースで使われているケースが多そうということで、そちら方面にポケットWiFiをオフにすることを呼びかけてもらう。出店業者さんにも公然と無線LANを使ってもらうようにするか、各ブースへの有線LANをデフォルトにするかなどの対策が必要ではないかと。

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第57回日本人類遺伝学会大会 教育講演

Written by bonohu in misc on 金 26 10月 2012.

2012年10月26日に「バイオインフォマティクス:データベース統合化によるアプローチ」 と題して行った講演のWeb supplemental materials置き場です。講演要旨はこちら

統合DB: Table of contents

2012年10月26日の講演で紹介したDBやウェブツールにアクセスしやすいようにまとめておきました。基本的にここはその後アップデートしません。その後どんどん古くなり、より新しくて便利なものが出てくると考えられます。より新しい私の講演資料を参照して下さい。

DBチュートリアル:統合TV

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統合データベース講習会AJACSみちのく2「R+Bioconductorを使ったNGS解析」(その1その2)

DBカタログ&コンテンツ

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Integbioデータベースカタログ

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新着論文レビュー

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領域融合レビュー

DB検索

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生命科学DB横断検索Sagace by 医薬基盤研究所

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テキスト系

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Allie:略語検索エンジン

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inMeXes → LSD

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DNA配列他

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DNA DB overview

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GGRNA(RefSeq search)

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GEO overview

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RefEx (Reference …

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ライフサイエンスデータベース統合の医学への応用を探る

Written by bonohu in misc on 金 05 10月 2012.

今年のテーマは標記のとおりだったが、はっきり言ってその応用の道は遠い。データベースが実際の発見の助けになったケースをお話頂いた演者の方も居たものの、「データベースを統合したおかげ」で見つかった(もしくは可能となった)治療方法とかまだまだ先の話に思えた。やはり、シンポジウムをお仲間の同窓会から一般向けのそれに変質させていかねばなるまい。そのために必要な努力を我々からバトンを受けてシンポジウムをやってくれているNBDCさんには期待したい。

個人的にはがんゲノム周りで何か助力できるようなことがあるといいのですが。

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RCGM10周年によせて

Written by bonohu in misc on 水 03 10月 2012.

以前の職場の記念誌に寄稿を依頼されたので。普段からブログでまとめる頻度が減ってパッと書けなくなっている自分に気づく。きっちり、ログとしてやったこと感じたことをここにまとめていかねば!

> > ゲノム医学研究センター(RCGM)10周年おめでとうございます。 > > > > 岡崎康司現所長と共に理研から異動してきて、約4年間RCGMでお世話になりました。RCGM在籍中は基礎と臨床の架け橋となる「きしょい」研究を目指し、当時のノーベル賞受賞関係で脚光を浴びていた線虫(C.elegans)をヒトのモデル生物として利用する実験系を自分自身もベンチに立ちつつ、2階のクーラー付きの倉庫にPCクラスタを導入して大規模なゲノム配列解析をやれるようにセットアップするなどいろいろなことに取り組ませていただきました。 > > > > 現在は、ライフサイエンス統合データベースセンターというウェットベンチのない研究所でライフサイエンス分野における大規模データの利用技術開発にたずさわり、それらの利用促進に努めております。RCGM時代に培ったウェット現場の目線は、現在の「データベースの流通業」で大変活かされていることは言うまでもありません。 > > > > 「秘境」と呼ばれるほど奥まった場所に位置しているため外部の研究者との交流が希薄になりがちですが、そこはインターネットの活用で乗り越えていけると思います。さらなる御発展を祈念いたしております。 > > > >

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統合データベース高校特別講習

Written by bonohu in misc on 土 15 9月 2012.

統合データベース講習会の公募に応募してきてくれた唯一の高校にて特別講習。マイクロアレイデータ解析の補助を。時間の制約とネット接続の不具合さえなければ、我々が用意してきた課題に熱心に取り組んでくれたその姿をもっと長く深く拝めたに違いない。最後の挨拶で今日のお礼を皆様から戴いた時にグッと来たのは内緒。逆にいろいろ学んだ心持ち。これまでやってきた講習会のあり方を考えさせられた特別講習であった。

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「データベース統合による知のめぐりの良い生命医科学」

Written by bonohu in misc on 金 14 9月 2012.

同志社大学京田辺校地にて講演。同志社ローム記念館というところで。90分タップリあると思って丁寧めに説明していたら途中でそれほどゆっくりやれなくなってきて、結果としてちょうどいいぐらいの時間に収まった。が、DBカタログの話を直接的にするの忘れたりorz…この種の話があまりないこともあるのか、わりと盛況。配り物すればよかった、と後悔するほど。新着論文レビューだけでなく、統合TVの認知度も高くて驚く。ただ使ってもらうだけで満足せず、次のステップとしてフィードバックをお願いするところあたりも板についてきたな…

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第52回生命科学夏の学校

Written by bonohu in misc on 金 24 8月 2012.

「知のめぐりの良い生命科学研究者の10の心得」と題して。とくに記憶に残るようなリアクションもなく、残念。夜の交流会も参加。気になったのは、「この分野(研究)に残りたい」という「手段」が「目的」とも取れるスタンスの大学院生が結構居たこと。一心不乱に研究していたら(それなりの成果も出て)研究することが「仕事」になってしまった不器用な自分からすると、ただただおもしろい研究をやってください、としかアドバイスできないけど。つまらん研究だと思うんだったら、とっととテーマを変えて出なおしたほうが良くはないですかね?

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「データベースから始まる分子生物学~トランスクリプトーム解析研究の新しいスタイル~」

Written by bonohu in misc on 水 22 8月 2012.

第35回日本分子生物学会年会のワークショップ「W2. データベースから始まる分子生物学~研究の新しいスタイルを模索する~」でオーガナイザーやります。その際にこのワークショップの趣旨を説明する意味でトップバッターで話すつもりの指定演題の抄録を書き上げた。指定演題で話していただく方や、このワークショップに一般演題として出してきてくれる方の参考まで。データベースを出発点とする研究の実例として、個人的な研究テーマとしてやってきた低酸素刺激による比較トランスクリプトーム解析で統合DBで開発維持管理してきたツール(GEO目次)を活用している+αを紹介する予定です。データベースがkeyとなって進んだ研究事例を多く集まればいいなと思っております。

> > DNAマイクロアレイや新型シーケンサに代表される大規模解析は、かつては大型プロジェクトに限定されていたが、コストダウンやコモディティの整備がすすみ、一般のウェット系研究室でも無理なく実行可能になった。また我が国ではまだ不十分であるが、今後、解析情報の共有と公開原則の意識が浸透すれば、インターネット上に公開データの蓄積がすすみ、それを活用することにより、解析コストをかけずに大規模データを研究に資することができるようになるだろう。しかしこうした実験のデータ量は膨大であり、そのデータハンドリングは実験生物学者には困難であることが現状の問題と言える。 > > > > 演者が所属している情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)では文部科学省統合データベースプロジェクトの一環として、遺伝子発現バンクNCBI GEOに登録されているデータを測定技術と材料の属性に基づいて整理するウェブツール「GEO目次」を開発し、維持してきた([http://lifesciencedb.jp/geo/](http://lifesciencedb.jp/geo/))。その結果、特定の生物種や発現解析プラットフォーム、キーワードで遺伝子発現データを検索可能なだけでなく、生物学的な興味に基づいて種横断的にデータが俯瞰できるようになってきている。 > > > > 本講演では、演者自らの個別研究として進めてきた …

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統合データベース講習会AJACS名古屋2日目

Written by bonohu in misc on 土 28 7月 2012.

担当の講習(三時間)。いつものパターンだが、Wikiにやることを書いておいて、あとはアドリブ進行。実は休憩時間も取るべきところをとくに考えていなかったという。それでも時間ピッタリで終わって不思議。あまり詰め込み過ぎなかったのがよかったのではないかと。

Windows(+cygwin)とMacOSXのヘテロなプラットフォームでの講習だったが、まあなんとか大丈夫だった模様。講師の自分はMacOSXの上にParallelsでWindowsを動かし画面をWindows(cygwin)とMacOSXで頻繁に切り替えながら、両方のプラットフォームに配慮しつつという状況だった。

受講者からの反応がほとんどなくずっと不安だったが、あとで後ろから監視していた人によると熱心にやっていたとのこと。シーケンサーは次世代になっても最終的には配列と取っ組み合いをしないといけないので、あの講習の内容は初めての人にはためになったのではないかと自画自賛。それにしても独りでよく喋ったな…。

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「GEO目次による低酸素刺激前後のトランスクリプトームの種横断的解析」

Written by bonohu in misc on 土 21 7月 2012.

トーゴーの日シンポジウムにてポスター発表。個人的な研究テーマとしてやってきた低酸素刺激による比較トランスクリプトーム解析に、統合DBで開発維持管理してきたツールを活用してみたという応用事例を紹介します。

> > 遺伝子発現バンク(NCBI GEO)の開始以来、論文出版の条件としてDNAマイクロアレイの生データをGEOなどの遺伝子発現バンクへの登録を義務付けるという各論文誌のデータ共有に向けた協力体制もあり、2012年半ばの現在約10年ほどで4万近くのデータセットが登録されている。 > > > > DBCLSでは統合データベースプロジェクトの開始以来、GEOに登録されているデータを測定技術と材料の属性に基づいて整理するウェブツール「GEO目次」を開発し、維持してきた([http://lifesciencedb.jp/geo/](http://lifesciencedb.jp/geo/))。その結果、特定の生物種や発現解析プラットフォーム、キーワードで遺伝子発現データを検索可能なだけでなく、生物学的な興味に基づいて種横断的にデータが俯瞰できるようになってきている。 > > > > GEO目次を利用して、多くの生物種でデータが測定されている低酸素刺激前後でのトランスクリプトームを抽出し、種横断的に比較解析を行っている。 > > > > 本発表では、GEO目次のRSS機能を活用することで新規に登録されるデータを監視し続けるなど、その解析手法に力点を置いてデータベース統合化によって可能となった研究の事例を紹介する。 > > > >

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共同研究打ち合わせ

Written by bonohu in misc on 月 09 7月 2012.

解き明かしたい現象が共有できる研究テーマであれば、「解析請け負い」とか言われることはない。自分がやりたいこと、そのものだから。

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「新型シーケンサーから得られる大規模DNA配列データを解釈し活用する:統合データベースからのアプローチ」

Written by bonohu in misc on 金 06 7月 2012.

Ingenuity Pathways Analysis ユーザーミーティングにて2日目の2012/08/03に標記のお題で。本務でやっている新型シーケンサーから出てくるデータを利用する術を話します。

> > ここ数年、新型DNAシーケンサー(NGS: New (or Next) Generation Sequencer)が次々と発表され、その利用が広がってきている。一度に塩基配列数にしてヒトゲノム1~10人分といった、これまでにないオーダーのデータが産生される一方、それらを解釈し活用するツールの開発はお世辞にも追いついているとは言えない状況にあり、シーケンスされるデータ量に比してそのアウトプットは「便秘気味」なのが現状ではないだろうか。海外では研究費の制約上、論文発表の有無にかかわらずシーケンスしたデータは基本的にはすべてNGS向け塩基配列データの公共データベースであるSRA(Sequence Read Archive)に登録されているのであるが、似たデータがたくさんあったり、必要な情報に表記揺れがあったり、記載されている場所がデータによってまちまちだったり、オリジナルのサイトから興味あるデータを探すのは大変な作業となっている。 > > > > そのような状況下、ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS: Database Center for Life Science)では、JSTのバイオサイエンスデータベースセンター(NBDC: National Bioscience Database Center)の研究開発プログラム …

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内藤コンファレンス

Written by bonohu in misc on 金 29 6月 2012.

酸素生物学というテーマでガッツリ勉強させてもらった。とくに酸化ストレス方面はいろいろと。本業絡みのところでは、コンピュータ解析を実験道具として使う意識の普及、とくにバイオにアクセントのあるBIOinformaticsが必要とされている感、ひしひしと。比較ゲノムが大事だということを共有できる同志もいて大変楽しかった。研究分野での竜宮城体験をしてきたような、素晴らしい四日間でした。

その一方で、バイオインフォマティクスが出来る人材の教育の話になった時に、そのスキルをオールラウンドに持った人がいかに育ちにくいかと認識されていなかったようでビックリした。すべての種類のウェットの実験が得意な人がいないのと同じなんですよ。たとえると、「バイオインフォマティクス」がやりたいというのは、「球技」がやりたいと言っているようなもんなんだよ。サッカーか野球かバレーボールかを決めておくれ、まずは。

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BioMed Central Editors’ Summit 2012

Written by bonohu in misc on 日 17 6月 2012.

東京ドームホテルにて。BMC GenomicsのAssociate Editorをしている関係上、参加させていただく。研究成果をオープンアクセスにしていくことは「知のめぐり」をよくしていく上で非常に重要であり、どういう業態(営利・非営利)であれ、それを支援してきたい気持ちも大きいので、いろいろ思っていたことをBMC上層部に伝えてきた(英語が拙いので伝わっていないという危険性もあるが…)。

その場で聞いたどの論文誌が適切かを判定してくれるツールについては後日調べたらフリーでアクセスできるものだったので、ここにURLを貼っとく。

screenshot

日本人は論文を出していくことをもっと積極的にやらないとね、自戒を込めて。

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「バイオインフォマティクス:データベース統合化によるアプローチ」

Written by bonohu in misc on 金 08 6月 2012.

というタイトルで、日本人類遺伝学会第57回大会の教育講演で話す抄録(以下)。英語のタイトルも登録時に必要だったので'Bioinformatics: an integrated database approach'とした。

> > DNAマイクロアレイや新型シーケンサーに代表される大規模解析は、かつては大型プロジェクトに限定されていたが、コストダウンやコモディティの整備がすすみ、一般のウェット系研究室でも実行可能となっている。また我が国ではまだ不十分であるが、今後、解析情報の共有と公開原則の意識が浸透すれば、インターネット上に公開データの蓄積がすすみ、それを活用することにより、解析コストをかけずに大規模データを研究に資することができるようになると考えられる。しかしこうした実験のデータ量は膨大であり、そのデータハンドリングは実験生物学者には困難であることが現状の問題である。 > > > > また、論文発表によって公開されたデータがデータベース(以下、DBと略す)として登録されているとはいうものの、どういったものが今利用可能でどう使ったらいいのかよくわからない状態となっている。この状況下で、文部科学省による「統合データベースプロジェクト」が平成18年度から5年間の年限プロジェクトとして立ち上げられ、その中核機関であったライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS:Database Center for Life Science)が中心になって医学生物学研究を支えるDBインフラを整備してきた。平成23年度には科学技術振興機構(JST)にバイオサイエンスデータベースセンター(NBDC)が設置され、現在ではDDBJ(DNA Data Bank of Japan)とも協調してDB統合化が進められている …

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「知のめぐりの良い生命科学研究者の10の心得」

Written by bonohu in misc on 土 02 6月 2012.

というタイトルで、第52回生命科学夏の学校にて話す抄録(以下)。若手へのメッセージも合わせて。

> > 各種情報は「ネット検索」によって10秒もかからないうちに簡単に得られるようになり、生命科学研究者の身の回りでも学会年会等への交通手段やホテルの手配だけでなく、抄録登録までもがネットからできるようになっている。 > > > > その一方で10年前に解読完了の論文が出ているはずのヒトゲノム配列をはじめとするさまざまな利用可能なはずの公共データを利用しそれぞれの個別研究に活かしていく「知のめぐり」はお世辞にも良いといえる状態ではない(それにはもちろん生命科学分野における、とくに母国語である日本語での情報発信が不十分という状況もあるのだが…)。 > > > > 本講演では、参加者の皆さんに「知のめぐりの良い生命科学研究者」となってもらうべく、生命科学分野におけるデータベース統合化の取り組みを中心に「10の心得」を提唱する。さらに、論文発表され誰でも自由に使える遺伝子発現データを出発点とした演者の個人研究についても言及したい。 > > > > 知のめぐりを良くする起爆剤として、考えるヒントにしていただければ幸いである。 > > > >

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