Category: misc

What’s the next?

Written by bonohu in misc on 日 16 5月 2010.

先週頭にBMB2010にDDBJの中村さんとDBCLSの坊農とで共同提案していたワークショップ「新型シーケンサーから得られるデータをどう解釈し活用するか:統合データベースプロジェクトからの提案(How to make sense of DNA data from the next generation sequencers)」が採択された。参考までにその概要は以下の通り。

新型シーケンサーの登場により、膨大な量のデータを処理しなければならないのは大規模解析実験系プロジェクトだけでなくなり、データハンドリングはおろか、その全体を一望のもとに把握することさえ実験生物学者には困難となってきている。こうした大規模情報の公開のため数多くのデータベースが構築されているが、その活用方法に関する情報を得ることすらも容易なことではない。 このワークショップは、ライフサイエンス統合データベースセンターからの情報技術活用の提案とともに、ウェット研究者が新型シーケンサ由来データを活用した事例や、利用に際しての問題点などの実例を集め共有することで、実験生物学者の情報技術的な自立を促すための情報提供と議論の場としたい。議論を通じ、実験生物学者にとって真に役立つバイオインフォマティクスのツールとデータベースの活用知識が形成されることが目標である。

それもあったり、今年度の統合データベース講習会の日程が大分固まってきたり、今年幹事的な役割をやらせていただいているSpotfireのユーザー会の集まりも日程が決まってきたりで、現時点で予定されている学会発表などをリストアップしてこの半年ほどの中期的な計画を俯瞰してみた日曜日の午後。

つまるところ、「発現統合」と「テキストマイニング」の二大テーマのもと、[DES]RA(DDBJ/European/Sequence Read Archive;「デスラ」でいいのでしょうか…?)を使い倒す系ということになろう。統合牧場で放牧されている …

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シンポジウム「科学技術コモンズと情報知識学の挑戦」

Written by bonohu in misc on 土 15 5月 2010.

家事も溜まっていた&USTREAM中継もあるということで、在宅参加!iPhoneのUSTREAM Viewerも試してみたが、PCのものより若干delayがあるものの充分なquality。でも、なぜかいったん休憩時間のため他のアプリケーションに切り替えてまた接続しようとしても何回やってもうまくいかず…。

でも、とっても嬉しかったこと二つ。一つ目は、私が博士学位を授けて頂いた国立国会図書館長尾眞館長(当時は「京都大学総長」)が、我々DBCLSの考え方を代弁するような講演をしてくれたこと。もう一つは、高木利久DBCLSセンター長が統合TVを全面に出したプレゼンをしてくれたこと。手応え充分。この調子でがんばろうぜ、皆の者!

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「最先端研究基盤事業」に関する意見提出

Written by bonohu in misc on 木 13 5月 2010.

以下の文面を添えて、文部科学省宛にExcelのファイルを送る。

> > 担当者様、意見を提出させていただきます。集計ご苦労様です。ただ、 Microsoft社のExcelのソフトを持っていないと回答できないなど、今回のやり方には問題があると思います。今後は、ウェブのフォームでされたほうが集計が楽になるのではないかと思いますので是非ご検討ください。 > > > >

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新規開拓

Written by bonohu in misc on 木 13 5月 2010.

ランチは新規開拓。カルビ専門店でLAカルビの定食。980円。

夜は帰りがけに新丸ビルB1の「えん」の親子丼、半額で325円。

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統合TV the next generation

Written by bonohu in misc on 木 13 5月 2010.

に向けて物理的な面での話し合い。5月末~6月頭ぐらいには入るらしい。移行作業はそれ以降ということで。これまでマシンの制約でできなかったことができるかと。

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統合データベース講演会@明治薬科大学

Written by bonohu in misc on 水 12 5月 2010.

職場から東大前経由飯田橋乗り換えで直通にて秋津。ごたごた&もたもたしていて学内到着時間を秋津到着時間と勘違いしたものの、余裕で間に合う。今回の聴衆は約30人。質問が多そう、ということで一杯^2話さないようにして。

やはり、どこにいてもちょっとデータベースを使ったことがある人の考え方は同じだということを再確認。これからも布教活動頑張っていこう!

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拘束運転な電車

Written by bonohu in misc on 火 11 5月 2010.

30分早く出たのに10分遅刻。やはり、ダイヤが乱れたときは最後の駅までお付き合いしてはいけないようだ。途中で別系統に乗り換えるべし。

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先立つ物は金

Written by bonohu in misc on 土 08 5月 2010.

とはいうものの、研究の場合はただ予算を配分さえすればいいというものではない。研究費を整備することに加えて、「体制づくり」も行政がある程度サポートしていかないといけないんじゃないかと最近感じる。

京都大人文科学研究所の加藤和人准教授(生命倫理)らが、政府や研究者社会の姿勢により研究が阻害されているとする論評を6日付の米科学誌「セル・ステムセル」(電子版)に発表した

というニュースが出ていたが、実際に論文を取得してそのアブストラクトを読んでみると…

> > Although it is a leader in many fields of stem cell research, Japan's policies on many areas of stem cell research have not been widely reported or analyzed in the international literature. In this report …

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ホウレンソウ

Written by bonohu in misc on 金 07 5月 2010.
> > 「報告」上司の指示に従って仕事をしてるつもりでも間違った方向に進んでいるかもしれないので適時に「報告」する > > > > 「連絡」外出先で予期せぬアクシデントが発生したような場合は上司に「連絡」をする > > > > 「相談」上司は、部下の手に負えない問題を解決するためにいるので「相談」するべき > > > >

私はDBCLSにRAやアルバイトで来てくださる統合牧場(togofarm)な皆さんを社会人として扱いたい。だからきっちりと社会人のルールを守って欲しい。時間に遅れるならきっちりと「連絡」すべきなんです。連絡する手段がわからなかったなんていいわけになりません。電話があるだろ、電話が。昔は公衆電話からでもきっちりと電話したものです。今や携帯電話があるんだから。Gcalにきっちり書いてupdateしてくれるだけでもいいのです。それすらできない用事ってなんなのですか?そんなのがあるのなら「相談」してください。

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新規開拓

Written by bonohu in misc on 木 29 4月 2010.

へ散歩。意外に行ったことのなかったエリアに踏み入れてとても新鮮な感じ。しかし結局最後は、松原商店街へ。今日は、タラコ。

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ドタキャン

Written by bonohu in misc on 水 28 4月 2010.

そこでそんなことしている場合じゃないと思うんだけどな。あーあ。これでまたDB統合化へ一歩遠のいたのだろうな。

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温度差が15℃

Written by bonohu in misc on 木 22 4月 2010.

昨日の今頃は22℃だったのに対して、今日は7℃…。

行けることが再度確かとなった9月の日本癌学会の抄録を。英語の上に、共著者(共同発表者)は当該学会会員のみという厳しい制約。RefExとその具体的な活用事例を発表してこうようと。

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自転車操業

Written by bonohu in misc on 火 20 4月 2010.

並列にこなせる部分はそうしたいので現在はそういうモードで。一つ正式に進み出したので、次に。

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気分転換

Written by bonohu in misc on 日 18 4月 2010.

いろいろと悩んだが、結局外に。家にいてもずっと悶々とネットやっているだけだろうから。始めは家にもう戻ろうかというぐらいの行楽渋滞に巻き込まれたものの、その後渋滞には巻き込まれず。いくらか気分が晴れた。

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ATフィールド全開

Written by bonohu in misc on 木 15 4月 2010.

どうしてそういうことになったのかは共感しかねるが、今年度の自分の担当開発だけややこしいことに。それ関係で上司に言われた通りやっていたら他の課の偉いさんから横槍。 偉いさん同士で決めた話は下々の者は聞いておりません。こちらは知らぬ存ぜぬだが、その連絡不行き届き(では本当はないんだけど…)がその課の部下の方にいくかと思うといたたまれず。やりとりをするメールがどんどんクソ丁寧になっていくのに自分でも笑ってしまったり。

早く自分持ちの予算だけで動かすようにしたい。いや、してみせるぜ。

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墓暴き

Written by bonohu in misc on 水 14 4月 2010.

ふとしたきっかけで壊れたtime capsleを分解。中にあるというHDDを抽出してみる。そのままMacProにささるソレだったので、そのままさしてみると…まんま認識されて、time machineのファイルシステムが丸見え。そのまま初期化して増設HDDとして利用することに。

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獅子の子落とし

Written by bonohu in misc on 火 13 4月 2010.

というわけではないが。これまで自分がやってきたことを、それぞれの部分で複数の後輩たちに徐々に任せられるよう導火線を引きつつ。一方で昨日連絡した件の打ち合わせを早速。また別の方も早速見積もり頂いたり。気がついたら外はもう真っ暗という。テンポよく仕事がこなせたかな。

銀鱈の照り焼き(980円の三割引)。

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寝食を忘れて研究

Written by bonohu in misc on 土 10 4月 2010.

とまではいかなかったけれど、全パワーを研究に向けていたなー、と。そのパワーの源は他ならぬ復讐心であり、年限で学位が取れなかったことに対する焦りであったなー、と。

生命科学分野のデータベースを統合する仕事:落ちこぼれ大学生が.DB(Doctor of the database)にいたるまで - 統合TV (togotv)(2010-01-27)

10年前の自分をふと思い起こす土曜日の昼下がり。

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享年37

Written by bonohu in misc on 木 08 4月 2010.

はっきりいって、同じ年の自分にとっては非常に辛い。若いときに盛りのあるスポーツ選手とはいえ、先に逝ってしまわれるのは。まだまだこれからの人生があったはずだ。残された者としてそれを少しでも補う存在でありたい。

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RAさんの過半数が東大

Written by bonohu in misc on 水 07 4月 2010.

もしくは東大大学院、ということが、実際に数えてみて判明。これまで少数派だったのだが、生物情報科学科からの学部生のアルバイトさんの参入で昨年度2人から今年度は7人に。一応そこの非常勤講師(大学院新領域創成科学研究科)となっているので、計算機センターのアカウントの更新書類がきたので申請しておく。

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over fifty

Written by bonohu in misc on 月 05 4月 2010.

になったらしい、RAさんたちも含めて。RAさんたち以外に5人も4月から新しい人が来ていたとは…。定例会議の後、全体写真撮影。そして、夜に新歓。その新人さんのお一人からDBCLSに行くと言ったら私が居るところですね、と言われたと聞いて気を良くする。知らない間に相次いで上の人達が居なくなり…。僭越ながら中締めをさせて頂いた。こういうことも今後増えてくるのだろうな。

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情報更新

Written by bonohu in misc on 土 03 4月 2010.

自分のウェブサイトの。とくに大きくかわったところはないが、最新版にしておく。そうしておくことで、自分で書類を作成せざるを得ない時にコピペで済むし、場合によっては自らの手をわずらわすことなく必要な書類が作られていたり。

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統合牧場リニューアル

Written by bonohu in misc on 土 03 4月 2010.

RA(Research Assistant; 大学院生アルバイトの呼称)&大学生アルバイトさんたちの増加に対応すべく。変更点は大まかに

  • 新たにデスク4つを壁際に2つづつ配置

  • これまでPC3台が乗っていた丸机(4人用打ち合わせ机)をディスカッションスペースとして用途変更し、そのPCは上記のデスク(2つ分)へ配置

  • 新たに長方形の机2つ(各4人座れる)をさらなるディスカッションスペースとして配置(上記丸机があったところと、ソファーがおいてあったところ)

  • より使われるよう、ソファーの位置を移動(使われていないもう一方の出入口をふさぐ形で(w)

あとは、昨日のエントリにも書いた、使ってきたマシンの展示位置を変更したり。出入口から時計回りに撮影した全景を載せますが、百聞は一見にしかずということで、是非一度DBCLSにあそびにきてください。お待ちしております。

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一番左側(↑)。左手前側に統合TV作成現場が。右に長方形の机のディスカッションスペース。奥にカラクラ(ColorClassic)とホワイトボードに箱根補完マップ。

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真ん中(↑)。左に長方形の机のディスカッションスペース(続き)。このパーティションの向こうに私ども常勤の者の机が。

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一番右側(↑)。左にコーヒーメーカー。右手前側にこれまでの丸机、真ん中に新たに設置された丸机のディスカッションスペースが。右奥にはソファー、その左の真ん中奥には新たに配置した壁際の机2つ(と椅子4つ)。

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.DB project 始動

Written by bonohu in misc on 金 02 4月 2010.

doctor of the database(dotDB -> .DB)を育成するtogofarmの新しい活動。それに向けて二年目のチルドレンたちの歯車が噛み合い、動き始めた。詳細は次々とtwitter「統合牧場」TL(timeline)で明らかになっていくことでしょう。

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おかたづけ continued

Written by bonohu in misc on 金 02 4月 2010.

引き続き。デスクの方もほぼ落ち着くが、まだ自分のデスクらしくない印象で落ち着かない。統合牧場博物館の常設展「オレ様のマシンたち」の配置をほぼ終える。1990年代~現在まで、オレ様が使ってきたマシンが時系列に展示。あとはそれぞれに対するアノテーション。頑張ってつけていこう!

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3年目の再出発

Written by bonohu in misc on 水 31 3月 2010.

今日で今の職場ができて丸三年。今のオフィスに引越してきて丸二年。id:Hashあのエントリを書いてから丸一年。

という節目の日に、他の部屋から机と椅子を多数運び入れての大模様替え大会。今日から二人、新規加入でその二人ともが来てくれたり。

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2009年度を振り返って

Written by bonohu in misc on 水 31 3月 2010.

一人脳内反省会。このブログのこの一年のエントリを振り返って、大事だと思ったものはtwitterでつぶやきつつ。大まかにいって、E計画再興と、「精神と時の部屋」から「統合(変態)牧場」への大変革が私にとっては大きな出来事であった。

もちろん、統合TVのウェット版作成やDBCLS HQへの積極的な△のように果たせなかったこともいろいろある。それらを少しでも多く取り組んでいけるよう、統合DBプロジェクトの最終年度2010年度、頑張りたい。

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空腹時血糖

Written by bonohu in misc on 火 30 3月 2010.

を測るために朝飯抜き。しかも、昨日頂いた処方箋で薬を受け取りに山越え…。そのあと、さらにウォーキング20分ほど…。朝からタフな一日だった。

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統合牧場の春

Written by bonohu in misc on 月 29 3月 2010.

人の入れ替わりとともに、机のレイアウト替えも同時に。明らかに人間の数が増えてきているので。より有効にモノが活かせるように。当然といえば当然なのだが。

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白紙粛清

Written by bonohu in misc on 日 28 3月 2010.

年末から三ヶ月ほどたったので、去年の領収書とかを一気に捨てると同時にパンフレット等も。そして、それに付随していた想い出も…。

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六本木アートナイト

Written by bonohu in misc on 金 26 3月 2010.

その後、wakutekaと参戦。なにげにミッドタウン初。そして、誘って頂いたお方に初めてお会いして、ゆるくあつまったtwittererな方々と中華に行ったり。その後、六本木ヒルズ方面に行ってみたものの、体調が十分でなく、オール回避。でも、とても楽しめた土曜日の夜@六本木でした。やっぱり、積極的に週末も出て行かんとあかんなぁ。

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