'第3回 SPARC Japan セミナー2016「科学的知識創成の新たな標準基盤へ向けて : オープンサイエンス再考」'
Written by bonohu in misc on 火 14 2月 2017.
2016年度SPARC JAPANセミナー3回目で今年度最後の今回は、セミナー担当を外れて、聴講者の一人として。
オープンデータやオープンサイエンスに対する考え方や温度は …
Category: misc
パスウェイ再構築
Written by bonohu in misc on 月 13 2月 2017.
中心となるデータベースがなく、信頼のおけるアノテーションがない場合、それを自ら付けないといけない。BLAST2GOを使う …
歴史は繰り返す
Written by bonohu in misc on 火 07 2月 2017.
約20年前、大学院生だったころと全く同じ手順を、対象配列セットを換え、ツールを換え、やっていることにふと気づく。かつ …
RSEM (RNA-Seq by Expectation-Maximization)
Written by bonohu in misc on 月 06 2月 2017.
RSEM is a software package for estimating gene and isoform expression levels from RNA-Seq data.
というわけで、Trinityで遺伝子クラスターを作成した後に、Trinityがインストールされているディレクトリ(うちの環境だと /usr/local/Cellar/trinity/2.3.2/)中のutilディレクトリにある align_and_estimate_abundance.pl を実行する際に使 …
WordPressテーマ変更
Written by bonohu in misc on 日 05 2月 2017.
鯖が復活して、WordPressの設定をいろいろいじっていて、気分転換にWordPressのテーマを変更してみた。バックアップ先"ぼうのブログ(Backup)"で使っていたテーマそのものだが、バナーの写真を伊 …
bonohu.jp鯖復旧
Written by bonohu in misc on 土 04 2月 2017.
マシンも老朽化しているので、別の例にもあったようにマシンリプレイスが必要となるかと思いきや、単にInternet connectionが切れていただけ。約2週間ほどダウンしていたわけだが …
GTExへのリンク
Written by bonohu in misc on 木 19 1月 2017.
human transcriptomeのデータベース The Genotype-Tissue Expression (GTEx) へリンク張るには、いわゆる遺伝子名(Gene Symbol)で、例えばEPAS1の場合、
http://www.gtexportal.org/home/gene/EPAS1
とすればいいが、これがEnsemblのGeneIDでもできるらしいことが、いろい …
Papers using RefEx
Written by bonohu in misc on 火 17 1月 2017.
RefExを使ってくれている論文たちを、2017年1月現在でリストアップ。PMCの全文検索、Google Schalor、そして出版社提供のalertによる定点観測から得たデータを総合。6本あって、やはり医学系ばかりという特徴。思ったよりも多かった印象。
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Murine colon proteome and characterization of the protein …
Papers using RefEx
Written by bonohu in misc on 月 16 1月 2017.
RefExを使ってくれている論文たちを、2017年1月現在でリストアップ。PMCの全文検索、Google Schalor、そして出版社提供のalertによる定点観測から得たデータを総合。
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Murine colon proteome and characterization of the protein pathways. doi: 10.1186/1756-0381-5-11
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Aberrant IDH3α expression promotes malignant tumor growth by inducing HIF-1-mediated metabolic reprogramming and angiogenesis. doi: 10.1038/onc.2014.411
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Gene Expression …
Identification of functional enolase genes of the silkworm Bombyx mori from
Written by bonohu in misc on 土 14 1月 2017.
public databases with a combination of dry and wet bench processes wordpress_id: 3081 categories:
2016年年末にacceptになったとブログエントリ「Pfamから得たプロファイルHMMでhmmsearch」で書いた論文、ついにpublish。
**Identification of functional enolase genes of the silkworm Bombyx mori from public databases with a combination of …
ArrayExpress mirror自動化
Written by bonohu in misc on 木 12 1月 2017.
移動中、ふと思い立って、これまで都度パスワードを入力しないといけなくなっていたascpの件を解決しようと。ちょっと調べたら、“Setting an environment variable …
DOIのすゝめ
Written by bonohu in misc on 火 10 1月 2017.
Nucleic Acids Research誌では、毎年年頭にデータベース特集号(Database issue)が刊行されている。いつからかは知らないが、私が大学院生の頃(20世紀末…)にはす …
macOS Sierraにアップデート
Written by bonohu in misc on 土 07 1月 2017.
年末に予約できるようになって速攻予約していて、やっと届いたAirPods。自分へのクリスマスプレゼントのつもりだった …
2017 NBDC 新年会
Written by bonohu in misc on 木 05 1月 2017.
日頃から共同研究先としてお世話になっているNBDC (National Bioscience Database Center:バイオサイエンスデータベースセンター)の新年会に呼 …
2017年の計
Written by bonohu in misc on 日 01 1月 2017.
年末に書いた2016年を振り返って、につづいて、年頭恒例にしているその年の計を。
2017年は、大学院に入って研究を本格的に始めてからの年数 …
2016年を振り返って
Written by bonohu in misc on 水 28 12月 2016.
2016年を振り返って。
職場であるDBCLSの一部が三島に移って3年目。「連携していない」とお叱りを受けてきたDDBJとの連携に重点を置いた。5月にINSDCの …
2016年出張外泊数
Written by bonohu in misc on 火 27 12月 2016.
一昨年から数えだしている「仕事で外泊」した日数。明日(12月28日)で2016年仕事納め、というわけで、2016年の日数確定。 なんと77泊。 1年は365日なので、単純に計算しても5日に1日は外泊している。2014年50泊、2015年65泊だったので …
Trim Galore! のインストール
Written by bonohu in misc on 月 26 12月 2016.
Trim Galore! (trim_galore)を使うためにはfastqcとcutadaptのインストールが必要となる。cutadaptはpipでインストールできるのだが、そのpipはデフォルトでは入っていない。 pipのインストールには、いくつかのやり方があるが、ここではhomebrewでpython3を入れて、その際に入るpip3を利用する方法をとる。ここでpython3,pip3と末尾に3が付いているのは、pythonのバージョン3のそれ、というこ …
倉廩実ちて礼節を知る
Written by bonohu in misc on 日 25 12月 2016.
今月(2016年12月)は、AJACSadvanced講習会や共同研究関係で、次世代シークエンサーから得られたデータを自ら直接解析することに関わる事が多 …
bashのバッチスクリプト
Written by bonohu in misc on 金 23 12月 2016.
ワイルドカードによるファイル指定でそのコマンドに一括で引数で指定できず、数多くのファイルに対して同じ処 …
バックアップツールとしてのrsync
Written by bonohu in misc on 金 23 12月 2016.
卒論、修論、追い込みの方も多い今日このごろ、バックアップは重要。大事なデータほどきっちりとバックアップを。もち …
Pfamから得たプロファイルHMMでhmmsearch
Written by bonohu in misc on 木 22 12月 2016.
カイコ(Bombyx mori)のEnolaseに関する論文がacceptになりました。研究成果としてすでに公開されている配列情報データベースから候補をドライ解析(in silico)で探 …
PGXユーザー勉強会#1
Written by bonohu in misc on 火 20 12月 2016.
Oracle Labs PGX(Parallel Graph Analytics) というグラフに対するクエリや分析のためのフレームワークのユーザー勉強会にお誘いいただいた …
Trinityの結果をtransdecoderでアミノ酸配列に翻訳する
Written by bonohu in misc on 月 19 12月 2016.
先日のAJACSadvanced講習会で、Trinityで得た結果をアミノ酸配列に翻訳するプログラムをここで言及していないのに気がついたので。Trinityで得られるのは塩基配列レベルの情報で、それをアミノ酸配列に翻訳してくれるのがこのtransdecoder。
brew install -v transdecoder
でインストールされる。
#!/bin/sh
TransDecoder.LongOrfs -t Trinity.fasta …遺伝研研究会+DDBJing+AJACSadvanced講習会
Written by bonohu in misc on 土 17 12月 2016.
今回の遺伝研研究会では、初の試みとして講習会を連続開催してみた。つまり、研究会をやる前(1日目午前)と後(2日目午後)に講習会を実 …
次世代モデル生物におけるゲノム情報利用ワークショップ
Written by bonohu in misc on 金 16 12月 2016.
遺伝研研究会として「次世代モデル生物におけるゲノム情報利用ワークショップ」を2016年12月15,16日にオーガナイズさせていただいた。「ゲノム情報利用ワークショ …
BH16.12 2日目
Written by bonohu in misc on 火 13 12月 2016.
2日目。引き続き、SRAからのRNA-seqデータ回収のパイプライン作り検討。それ以外に、統合TVがflashで再生できなくなっていた問題の対処をお願いするなど。
午後には山口情報芸術センター(YCAM)を見学させて頂く。
BH16.12 1日目
Written by bonohu in misc on 月 12 12月 2016.
今日2016年12月12日から、国内版Biohackathon(BH16.12)、山口県湯田温泉にて。「公共遺伝子発現データ目次AOEを使ったデータ解析事例作成」というテーマで取り組む予定。遺伝子発現デ …
'Mishima.syk #9'
Written by bonohu in misc on 土 10 12月 2016.
今回が9回目のMishima.syk(ミシマ・エス・ワイ・ケー、三島創薬勉強会)。今回は仮想環境の上のLinuxでTensorFlow（てんさーふろー、と読むらしい)と …
知のめぐりは果たして良くなったのか?
Written by bonohu in misc on 日 04 12月 2016.
第39回日本分子生物学会年会にて、「いかにして使えるデータベースを維持し続けるか?」というフォーラムをオーガナイズした。本来ワークショップ …
ArrayExpressデータのFTPミラーサイト構築
Written by bonohu in misc on 月 28 11月 2016.
要するに、ArrayExpressのデータをコピった。やった事自体、簡単そうだが、転送量が数十TByteもあると、そう簡単にいかなかった。2016年5月に英国Cambridge郊外のHinxtonにあるEuropean Bioinformatics Institute(EBI)に行って打ち合わせして …
SPARQLthon50 day2
Written by bonohu in misc on 火 22 11月 2016.
地震で飛び起きたSPARQLthon50の2日目。結局、ArrayExpressのmirrorは終わらず。来月のSPARQLthonへと持ち越し。それ以外のデータ収集手段についてupdateしていただき、より簡単に高速にデータを取得できる …
SPARQLthon50 day1
Written by bonohu in misc on 月 21 11月 2016.
久しぶりの参加。ArrayExpressのmirrorに関しても目処がついて、次期開発に向けてのちょうど良いタイミング。RDFやSPARQLの利用実例として実用的なものに発展させていければいいな。 50回目のキリ番SPARQLthonのためか、参加者が多く、annexの柏での作業スペースでの参加。仲間と議論するのは楽しいが …
Pitagora Galaxy Meetup 2016-11
Written by bonohu in misc on 木 17 11月 2016.
AJACSadvanced三島３でPitagora GalaxyをNGSデータ解析環境として紹介したいと考え、Pitagora Galaxy Meetup 2016-11に参加。仮想環境のダウンロードページにある仮想環境イメージのアップデートのお願いがメ …
Aspera ascp
Written by bonohu in misc on 水 16 11月 2016.
普通のftpやrsyncでコピーするとしたら、数ヶ月単位かかるような数十Tbyteのデータを転送する必要があり、先方にAsperaを設定してもらい。ascpというコマンドラインのプログラムをネット上からググって探してダウンロードインストールして、以下のようなコマンドで実行。 [shell] ascp -p -k 1 -QT -l 1G --overwrite=diff+older hoge@xxxx:hoged …
第14回がんとハイポキシア研究会2日目
Written by bonohu in misc on 土 05 11月 2016.
今年(2016年)の３月に急逝したLorenz Poellinger氏の追悼シンポジウム(Professor Lorenz Poellinger Memorial Symposium)で縁の深かった方々によるプレゼンテーションは、泣きそうになる一方、彼らの研究の遍歴がうかがい知れて勉強になっ …
第14回がんとハイポキシア研究会1日目
Written by bonohu in misc on 金 04 11月 2016.
去年は三島でお世話させていただいた、がんとハイポキシア研究会。今年は岐阜で。実は、2年続けての東海地方開催。今年は運営に関わる部分が …
遺伝研研究会「次世代モデル生物におけるゲノム情報利用ワークショップ」
Written by bonohu in misc on 水 02 11月 2016.
今年度(2016年度)採択していただいた国立遺伝学研究所研究会「次世代モデル生物におけるゲノム情報利用ワークショップ …
'Update of the FANTOM web resource: high resolution transcriptome of diverse
Written by bonohu in misc on 土 29 10月 2016.
cell types in mammals' wordpress_id: 2863 categories:
READとFANTOMDB論文以来、なんと15年ぶりにNucleic Acids Research (NAR) Database issueに名前が入った標記の論文が掲載。
Nucl. Acids Res. (2016) doi: 10.1093/nar/gkw995 First published online: October 27, 2016
Advance accessなのでページ数は付いてないが、DOIのcitationは変わらないので、こちらで是非。 「データ …
Japan Spotfire User Group Meeting 2016
Written by bonohu in misc on 金 28 10月 2016.
去年は参加できなかったJASPUGMだが、今年は参加。今回はとくに発表とかなく。実質アカデミックフリーになって、公式にユーザ …
'第2回 SPARC Japan セミナー2016「研究データオープン化推進に向けて : インセンティブとデータマネジメント」'
Written by bonohu in misc on 水 26 10月 2016.
今週はオープンアクセスウィーク。ということで、連動企画として、2016年のSPARC Japanセミナー2回目はこのタイミングで。
今回もセミナー担当のワーキングメンバーと …
第1回オモロイ生き物研究会
Written by bonohu in misc on 日 23 10月 2016.
札幌の定山渓にて、10/22-23の一泊二日で。研究会のお題目の通り、オモロイ生き物でさまざまな生命現象を解明しようと取り組んでい …
ファイルの捜し物
Written by bonohu in misc on 日 16 10月 2016.
MacOSXだとSpotlight検索が中身まで検索対象になっていて便利だが、ファイル名でのみ検索したいときがある。しかもコマンドラインで。そういう時に使っているのがlocateコマンド。 [shell] locate hoge [/shell] でhogeを …
第75回日本癌学会学術総会@横浜
Written by bonohu in misc on 土 08 10月 2016.
今年はトーゴーの日シンポジウム(10/5-6)と1日被り、大会2日目からの参加。企業展示ならびにポスター会場がスカスカでびっくりする。別の …
トーゴーの日シンポジウム2016
Written by bonohu in misc on 水 05 10月 2016.
今年も、10月5日ということで、「トーゴーの日」シンポジウム。今では、この1年の進捗を発表する機会となっているが、統合データベースプロジェクトが始まって早10年。論文で測ること …
XXV International Congress of Entomology (ICE2016) 参加
Written by bonohu in misc on 土 01 10月 2016.
Entomology（昆虫学）の国際学会に参加。初参加でアウェーの学会だったが、来てみると全く問題なかった。自分は、いわば系統樹を …
日本生物工学会誌連載1回目「ウェブ上に散在する情報を生命科学研究にどう役立てるか」掲載
Written by bonohu in misc on 日 25 9月 2016.
日本生物工学会誌に「バイオインフォマティクスを使い尽くす秘訣教えます!」という連載が開始。2ヶ月に1回、全7回の予定。2016年1月に鹿児島大学医学部で行われた統合データ …
1 month past rsyncing ArrayExpress data
Written by bonohu in misc on 月 12 9月 2016.
ArrayExpressのdataをrsync開始してから今日でちょうど一ヶ月。前回と変わらず、experimentディレクトリのミラーが終わらない。データ転送量的には、合計1.5Tbyteほど。もう1thread増やしてやっているものの。約44Tbyteと書かれている全体のデータを信じれば、あと2年半。対策を考えねば。
考えていることの体系化に向けて
Written by bonohu in misc on 日 11 9月 2016.
いろいろ書き散らす。2016年の計として元旦に誓ったことでもあるし。まさかこういう形で転ぶとは思っていなかったが。この …
Trailblazer
Written by bonohu in misc on 土 10 9月 2016.
昨日のセミナーで知った言葉だが、どうも気にかかると思ったら、やはり自分たちが果たしてきた役割をいう言葉だ …