以前書いたブログエントリなどを現状に合わせて見直して再掲載シリーズ。
HISAT2でreference genomeにmappingして、genomeに対するアラインメントを得る場合。
HISAT2のウェブサイトにすでにindexずみのそれがある場合はしなくていいが、まずはindex作成。
hisat2-buildコマンドにて …
かつてCIBEXという遺伝子発現データベースがあった。 日本での遺伝子発現データベースということで、自分が …
以前書いたブログエントリを現状に合わせて見直して再掲載シリーズ。 リンク先にあるスクリプトがちゃんと動 …
以前書いたブログエントリを現状に合わせて見直して再掲載シリーズ、blastdbcmd版。
新規なモデル生物では、ゲノム配列が公 …
以前書いたブログエントリを現状に合わせて見直して再掲載シリーズ、BLAT版。
BLATはThe BLAST Like Alignment Toolというツールで …
前にも触れた遺伝子発現データのアーカイブ、Genomic Expression Archive (GEA)であるが、公開データも出てきている。
それらのデータはEBIの …
需要あるので、以前書いたブログエントリを現状に合わせて見直して再掲載。
BioHackathon2015で参加者たちがそれぞれに持って …
DDBJがメンテナンスから戻ってきた。 メンテナンスの前に投げてあった遺伝子発現データのアーカイブ、Genomic Expression Archive (GEA)から正式に …
新しく買ったMacMini2018にサーバー移行作業。
基本、
にして手元のマシンから。 ブログ …
昨日のエントリで紹介した本「なぜ科学はストーリーを必要としているのか」のp266には、馴染みの深い論文誌PLOS ONEに関 …
2018/11/10-11/14に参加したアメリカ昆虫学会の年会。 そのkeynote speech speaker、Randy Olsonさんの著作、やっと完読。
研究者 …
あけましておめでとうございます。本年もよろしくお願いします。 年頭恒例にしているその年の計。「2019年、かくありたい …
年頭に書いた「2018年、かくありたい」に沿って、2018年の活動を振り返ってみたい。
引き続き、ずっと取り組んでいるメインの仕事、公共DBの全レコードを対象としたデータ解析研究に力を注ぎ、懸案の仕事を論文 …
三島勤務になって以来、ここ5年数えて来た「仕事で外泊」した日数。2018年の日数が確定。
その結果、2018年は83泊で昨年より6泊増えて、さらに悪化。
| 年 | 泊数 |
|---|---|
| 2017 | 77 |
| 2016 | 77 |
| 2015 | 65 … |
農研機構に2018年10月にできたばかりの農業情報研究センターを訪問。 内閣府や内閣総理大臣官邸が …
関西学院大学の藤博幸先生編集による「よくわかるバイオインフォマテ …
早いもので、忘年会が行われれる、もうそんな季節に。 隣のセンターの長の交代や統合牧場第三のチルドレンの加入 …
午前は今回やったことをdocumentathon。
個人的にはAOE関係でやろうと思っていたことが他のプロジェクトとの兼ね合いで進めれなかったものの、CWLで書くことを教わるということで別の形で自分のプロジェクトを進めることができた。 また、oec014さんが主に進めてくれたCellFishing.jlの件も、これまでスタックしていた案件が今後につながる形で再 …
この5日間でやり散らしたことをwrap-up。 結果として、AOEのCommon Workflow Language化がメインとなった今回。
AOEのCWL化に取り組む（CWLizationと呼んでる）。 CommandLineToolを2つ組み合わせて、1つのWorkFlowとした単純なものから。
色々なトラップがあったものの、プロフェッショナルの多大なる助言をいただいて、動くようになった。 GitHubにアップロードしてあるので、自動的に可 …
ようやく、Common Workflow Language(CWL)でAOEのindex作成ワークフローを書いてみる。 ネットワークづたいにデータを取ってくるからか、cwlファイルはvalidであっても、コケる。
発現類似性検索プロジェク …
Common Workflow Language(CWL)でAOEのindex作成ワークフローを書き直したいとふと思って、取り組む。
cwltoolが入らず。typingが入らないというエラーだったため、一度消去した上でpipで入れ直したり。
テストコードは …
会場は引き続き、松江のホテル、バイオハッカソン開始。 AOE周りのやるべき項目をまず、リストアップ。 SRAのRNA-seq取り込み周りは、他との兼ね合いで後回しに。
そこで、CellFishingを …
今年は松江で開催のBiohackthon。 しかし電車が人身事後で3時間ほど遅延して、大遅刻。 YouTube Live発信でネット参加しつつ、午後からシンポジウム会場へ。 自分の …
ふとしたキッカケから、「がん免疫療法の誕生 科学者25人の物語」を献本いただいた。
この本を翻訳 …
今年も日本分子生物学会年会（分生）が終わった。
例年通り、NBDC/DBCLSはブース出展、今年も日本で生命科学分野のDBをやっている関係各所が一堂に会するBioDBコーナーの一部で展示会 …
本日11月30日(金)で、最終日の3日目。
昨日はオーガナイズしたワークショップ、2PW1-15 いかにして公共データベースを生命科学研 …
本日11月29日(木)、2日目。
今年も日本で生命科学分野のDBをやっている関係各所が一堂に会するBioDBコーナーを展示会/ポスター会場の一角にてやっており、NBDC/DBCLSもブース出展しております。 提供している …
本日2018年11月28日より、今年の日本分子生物学会年会（分生）。 そして、自らの執筆し、監修した本「生命科学データベース・ウェブツー …
いよいよ今年の日本分子生物学会年会（分生）が明日2018年11月28日から。
例年通り、NBDC/DBCLSはブース出展、今年も日本で生命科学分野のDBをやっている関係各所が一堂に会するBioDBコーナーの一部で …
最終日の11/14には、あったPrenary lectureはRyan Churchさんという方で、またもやハリウッド関係という。どんだ …
11/10-11/14まで、アメリカ昆虫学会の年会に参加。 カナダとブリティッシュコロンビア州の昆虫学会との合 …
がんとハイポキシア研究会に今年も参加。 今回の会場は前回と打って変わって、JR京葉線海浜幕張駅前のアウトレットの真ん前のホテル。 今回は合宿形式ではなかっ …
第3回RDF講習会が2018年11月1日に開催。 一昨年昨年に続き、今年も市ヶ谷のJSTにて。 今年も参加して復習。 二週間前に申し込みサイトがオープンになった …
結果として、今年もオープン …
個人的には5回目の参戦の三島バル。 今年行った店は結果として、以下の通り。
ひょんなことからローカルな飲み会。 どのようなデータセットを選択すべきか、閾値をどう指定したら …
今年度はセミナー企画ワーキング …
休みの日だったが、職場近くで行われていた若手の会が終わって、3人の若手がDBCLS見学に。 かつて、DBCLSが東大本郷に間借りしていた時はよくこうやって人がやってきたな、と思 …
最近よく「GO解析（ジーオーカイセキ）」という言い方を聞く。 よく話を聞いてみると、発現差などのあった遺伝子群をエンリ …
今年も。作る側の報告会的な色合いが強い会だったが、大分使う側に向けた口頭発表が …
ぼうのブログをホストしているマシンが41時間ぶりに通電して復活。 台風による停電はおそらく初めて。 これまでは瞬電が …
9月は出張が多かった。 まず月初めから8月末からの熊本出張があり、その翌週には蓼科での若手支援技術講習会、広島でのゲノム編集特化型講習会、獣医学会のシ …
翻訳を分担した最新の生命科学教科書、ゲノム第4版を3連休前の金曜日、2018年9月21日に拝受した。 500ページを超える分量の割には薄くて軽かった。帯にもあるようにスリム化した賜物であろ …
研修で初めてROIS立川へ。 国立極地研究所と統計数理研究所が都内から移転してきて、現在ここに。
多摩都市モノレールも初 …
BioRxivにアップした論文をポスター発表していたら意外な質問が。
「このBioRxivって何ですか？」
そもそも読み方からして知られていない。「バ …
2018年9月11日(火)に広島大学東広島キャンパスにて「ゲノム編集特化型DB講習会」が開催され、それの講師に。
参加者は …
2018年9月6-8日、若手支援技術講習会2018に参加。 ずっとこの集まりとは縁がなかったのだが、昨年度ROIS-DS-JOINTというデータサイエンス共同利用基盤施設の活動で共同研究集会「若手カ …
ROIS-DS-JOINT共同研究集会として去年度より始めた「昆虫のゲノムデータベースとそれを活用したデータ …
