NARO NIAS
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 01 3月 2019.
農研機構 生物機能利用研究推進会議
農研機構の生物機能利用研究部門の会議に特別講演に呼ばれたので、つくばま …
Category: misc
Mishima.syk 13th
Written by Hidemasa Bono in misc on 日 10 2月 2019.
Mishima.syk#13
8ヶ月ぶりに開催されたMishima.sykは今回13回目。 もうすぐ、三島に来て丸5年ということは、この勉強会も約6年やっているということになる。
今回は、知り合いの研究者が関東から遠征してき …
Plan S
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 08 2月 2019.
Plan Sとは
論文を出すことを日常的にしている研究者にとって非常に関わりが深いことなのに、ほとんど知られてないの …
HISAT2 Samtools workflow
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 02 2月 2019.
HISAT2→Samtoolsなワークフロー
以前書いたブログエントリなどを現状に合わせて見直して再掲載シリーズ。
HISAT2でreference genomeにmappingして、genomeに対するアラインメントを得る場合。
HISAT2のウェブサイトにすでにindexずみのそれがある場合はしなくていいが、まずはindex作成。
hisat2-buildコマンドにて …
CIBEX data reloaded to GEA
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 01 2月 2019.
かつてCIBEXに登録したデータがGEAで復活
かつてCIBEXという遺伝子発現データベースがあった。 日本での遺伝子発現データベースということで、自分が …
pre Trinity
Written by Hidemasa Bono in misc on 月 28 1月 2019.
Trinity前処理
以前書いたブログエントリを現状に合わせて見直して再掲載シリーズ。 リンク先にあるスクリプトがちゃんと動 …
blastdbcmd2019
Written by Hidemasa Bono in misc on 日 27 1月 2019.
localBLASTのblastdbcmdを使って配列エントリの特定の領域を取得する
以前書いたブログエントリを現状に合わせて見直して再掲載シリーズ、blastdbcmd版。
新規なモデル生物では、ゲノム配列が公 …
BLAT
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 26 1月 2019.
ぶらっとBLAT
以前書いたブログエントリを現状に合わせて見直して再掲載シリーズ、BLAT版。
BLATはThe BLAST Like Alignment Toolというツールで …
Make GEA Searchable from AOE
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 25 1月 2019.
GEAをAOEから検索可能に
前にも触れた遺伝子発現データのアーカイブ、Genomic Expression Archive (GEA)であるが、公開データも出てきている。
それらのデータはEBIの …
sequenceserver2019
Written by Hidemasa Bono in misc on 木 24 1月 2019.
sequenceserver
需要あるので、以前書いたブログエントリを現状に合わせて見直して再掲載。
BioHackathon2015で参加者たちがそれぞれに持って …
Genomic Expression Archive debut
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 18 1月 2019.
Genomic Expression Archive (GEA) に登録してみた
DDBJがメンテナンスから戻ってきた。 メンテナンスの前に投げてあった遺伝子発現データのアーカイブ、Genomic Expression Archive (GEA)から正式に …
MacMini 2018
Written by Hidemasa Bono in misc on 日 13 1月 2019.
ぼうのブログ引越し
新しく買ったMacMini2018にサーバー移行作業。
基本、
- 「画面共有」をオン
- 「リモートログイン」をオン
にして手元のマシンから。 ブログ …
PLOS ONE described in "Houston, we have a narrative"
Written by Hidemasa Bono in misc on 木 03 1月 2019.
PLOS ONE
昨日のエントリで紹介した本「なぜ科学はストーリーを必要としているのか」のp266には、馴染みの深い論文誌PLOS ONEに関 …
Houston, we have a narrative
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 02 1月 2019.
なぜ科学はストーリーを必要としているのか
2018/11/10-11/14に参加したアメリカ昆虫学会の年会。 そのkeynote speech speaker、Randy Olsonさんの著作、やっと完読。
研究者 …
Plan 2019
Written by Hidemasa Bono in misc on 火 01 1月 2019.
2019年の計
あけましておめでとうございます。本年もよろしくお願いします。 年頭恒例にしているその年の計。「2019年、かくありたい …
Review 2018
Written by Hidemasa Bono in misc on 月 31 12月 2018.
2018年を振り返って
年頭に書いた「2018年、かくありたい」に沿って、2018年の活動を振り返ってみたい。
引き続き、ずっと取り組んでいるメインの仕事、公共DBの全レコードを対象としたデータ解析研究に力を注ぎ、懸案の仕事を論文 …
Nights in hotels 2018
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 28 12月 2018.
2018年出張外泊数
三島勤務になって以来、ここ5年数えて来た「仕事で外泊」した日数。2018年の日数が確定。
その結果、2018年は83泊で昨年より6泊増えて、さらに悪化。
| 年 | 泊数 |
|---|---|
| 2017 | 77 |
| 2016 | 77 |
| 2015 | 65 … |
NARO RCAIT
Written by Hidemasa Bono in misc on 木 27 12月 2018.
農研機構 農業情報研究センター
農研機構に2018年10月にできたばかりの農業情報研究センターを訪問。 内閣府や内閣総理大臣官邸が …
Bioinformatics primer book edited by Prof. Toh
Written by Hidemasa Bono in misc on 日 23 12月 2018.
よくわかるバイオインフォマティクス入門
関西学院大学の藤博幸先生編集による「よくわかるバイオインフォマテ …
Bonen2018
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 19 12月 2018.
2018年忘年会
早いもので、忘年会が行われれる、もうそんな季節に。 隣のセンターの長の交代や統合牧場第三のチルドレンの加入 …
BioHackathon2018 hackathon day6
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 15 12月 2018.
Biohack18 6日目
午前は今回やったことをdocumentathon。
個人的にはAOE関係でやろうと思っていたことが他のプロジェクトとの兼ね合いで進めれなかったものの、CWLで書くことを教わるということで別の形で自分のプロジェクトを進めることができた。 また、oec014さんが主に進めてくれたCellFishing.jlの件も、これまでスタックしていた案件が今後につながる形で再 …
BioHackathon2018 hackathon day5
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 14 12月 2018.
Biohack18 5日目
この5日間でやり散らしたことをwrap-up。 結果として、AOEのCommon Workflow Language化がメインとなった今回。
BioHackathon2018 hackathon day4
Written by Hidemasa Bono in misc on 木 13 12月 2018.
Biohack18 4日目
AOEのCWL化に取り組む（CWLizationと呼んでる）。 CommandLineToolを2つ組み合わせて、1つのWorkFlowとした単純なものから。
色々なトラップがあったものの、プロフェッショナルの多大なる助言をいただいて、動くようになった。 GitHubにアップロードしてあるので、自動的に可 …
BioHackathon2018 hackathon day3
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 12 12月 2018.
Biohack18 3日目
ようやく、Common Workflow Language(CWL)でAOEのindex作成ワークフローを書いてみる。 ネットワークづたいにデータを取ってくるからか、cwlファイルはvalidであっても、コケる。
発現類似性検索プロジェク …
BioHackathon2018 hackathon day2
Written by Hidemasa Bono in misc on 火 11 12月 2018.
Biohack18 2日目
Common Workflow Language(CWL)でAOEのindex作成ワークフローを書き直したいとふと思って、取り組む。
cwltoolが入らず。typingが入らないというエラーだったため、一度消去した上でpipで入れ直したり。
テストコードは …
BioHackathon2018 hackathon day1
Written by Hidemasa Bono in misc on 月 10 12月 2018.
Biohack18 1日目
会場は引き続き、松江のホテル、バイオハッカソン開始。 AOE周りのやるべき項目をまず、リストアップ。 SRAのRNA-seq取り込み周りは、他との兼ね合いで後回しに。
そこで、CellFishingを …
BioHackathon2018 symposium
Written by Hidemasa Bono in misc on 日 09 12月 2018.
Biohackathon2018 シンポジウム
今年は松江で開催のBiohackthon。 しかし電車が人身事後で3時間ほど遅延して、大遅刻。 YouTube Live発信でネット参加しつつ、午後からシンポジウム会場へ。 自分の …
A cure within
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 07 12月 2018.
がん免疫療法の誕生 科学者25人の物語
ふとしたキッカケから、「がん免疫療法の誕生 科学者25人の物語」を献本いただいた。
この本を翻訳 …
Impression on 41st annual meeting of the molecular biological society of Japan
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 01 12月 2018.
第41回日本分子生物学会年会を終えて
今年も日本分子生物学会年会（分生）が終わった。
例年通り、NBDC/DBCLSはブース出展、今年も日本で生命科学分野のDBをやっている関係各所が一堂に会するBioDBコーナーの一部で展示会 …
41st annual meeting of the molecular biological society of Japan day3
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 30 11月 2018.
第41回日本分子生物学会年会3日目
本日11月30日(金)で、最終日の3日目。
昨日はオーガナイズしたワークショップ、2PW1-15 いかにして公共データベースを生命科学研 …
41st annual meeting of the molecular biological society of Japan day2
Written by Hidemasa Bono in misc on 木 29 11月 2018.
第41回日本分子生物学会年会2日目
本日11月29日(木)、2日目。
今年も日本で生命科学分野のDBをやっている関係各所が一堂に会するBioDBコーナーを展示会/ポスター会場の一角にてやっており、NBDC/DBCLSもブース出展しております。 提供している …
41st annual meeting of the molecular biological society of Japan day1
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 28 11月 2018.
第41回日本分子生物学会年会1日目
本日2018年11月28日より、今年の日本分子生物学会年会（分生）。 そして、自らの執筆し、監修した本「生命科学データベース・ウェブツー …
41st annual meeting of the molecular biological society of Japan
Written by Hidemasa Bono in misc on 火 27 11月 2018.
第41回日本分子生物学会年会0日目
いよいよ今年の日本分子生物学会年会（分生）が明日2018年11月28日から。
例年通り、NBDC/DBCLSはブース出展、今年も日本で生命科学分野のDBをやっている関係各所が一堂に会するBioDBコーナーの一部で …
NARO Insect Symposium
Written by Hidemasa Bono in misc on 月 19 11月 2018.
機能改変昆虫の産業利用の可能性
Impression on 2018 ESA, ESC and ESBC Joint Annual Meeting
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 16 11月 2018.
2018 ESA, ESC and ESBC Joint Annual Meeting に参加して
最終日の11/14には、あったPrenary lectureはRyan Churchさんという方で、またもやハリウッド関係という。どんだ …
2018 ESA, ESC and ESBC Joint Annual Meeting
Written by Hidemasa Bono in misc on 日 11 11月 2018.
2018 ESA, ESC and ESBC Joint Annual Meeting
11/10-11/14まで、アメリカ昆虫学会の年会に参加。 カナダとブリティッシュコロンビア州の昆虫学会との合 …
16th cancer hypoxia
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 10 11月 2018.
16th cancer hypoxia
がんとハイポキシア研究会に今年も参加。 今回の会場は前回と打って変わって、JR京葉線海浜幕張駅前のアウトレットの真ん前のホテル。 今回は合宿形式ではなかっ …
3rd RDF tutorial
Written by Hidemasa Bono in misc on 木 01 11月 2018.
第3回RDF講習会
第3回RDF講習会が2018年11月1日に開催。 一昨年昨年に続き、今年も市ヶ谷のJSTにて。 今年も参加して復習。 二週間前に申し込みサイトがオープンになった …
SPARC Japan seminar 2018 2nd done
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 26 10月 2018.
第2回SPARC Japan セミナー2018「オープンサイエンス時代のクオリティコントロールを見通す」で講演
結果として、今年もオープン …
Mishima-bar 10th
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 13 10月 2018.
第10回三島バル
個人的には5回目の参戦の三島バル。 今年行った店は結果として、以下の通り。
No hope without data sharing
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 12 10月 2018.
同業種交流会
ひょんなことからローカルな飲み会。 どのようなデータセットを選択すべきか、閾値をどう指定したら …
SPARC Japan seminar 2018 2nd
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 10 10月 2018.
第2回SPARC Japan セミナー2018「オープンサイエンス時代のクオリティコントロールを見通す」
今年度はセミナー企画ワーキング …
recollection of togofarm
Written by Hidemasa Bono in misc on 日 07 10月 2018.
統合牧場の追憶
休みの日だったが、職場近くで行われていた若手の会が終わって、3人の若手がDBCLS見学に。 かつて、DBCLSが東大本郷に間借りしていた時はよくこうやって人がやってきたな、と思 …
What they call GO analysis
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 06 10月 2018.
GO解析という言い方
最近よく「GO解析（ジーオーカイセキ）」という言い方を聞く。 よく話を聞いてみると、発現差などのあった遺伝子群をエンリ …
Symposium105 2018
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 05 10月 2018.
トーゴーの日シンポジウム2018
今年も。作る側の報告会的な色合いが強い会だったが、大分使う側に向けた口頭発表が …
Trami
Written by Hidemasa Bono in misc on 火 02 10月 2018.
ぼうのブログ復電
ぼうのブログをホストしているマシンが41時間ぶりに通電して復活。 台風による停電はおそらく初めて。 これまでは瞬電が …
September2018
Written by Hidemasa Bono in misc on 日 30 9月 2018.
2018年9月を振り返って
9月は出張が多かった。 まず月初めから8月末からの熊本出張があり、その翌週には蓼科での若手支援技術講習会、広島でのゲノム編集特化型講習会、獣医学会のシ …
GENOMES 4 in Japanese published
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 21 9月 2018.
ゲノム第4版出版
翻訳を分担した最新の生命科学教科書、ゲノム第4版を3連休前の金曜日、2018年9月21日に拝受した。 500ページを超える分量の割には薄くて軽かった。帯にもあるようにスリム化した賜物であろ …
ROIS Tachikawa
Written by Hidemasa Bono in misc on 火 18 9月 2018.
ROIS立川
研修で初めてROIS立川へ。 国立極地研究所と統計数理研究所が都内から移転してきて、現在ここに。
多摩都市モノレールも初 …
What is BioRxiv
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 15 9月 2018.
BioRxivとは何か
BioRxivにアップした論文をポスター発表していたら意外な質問が。
「このBioRxivって何ですか？」
そもそも読み方からして知られていない。「バ …