第61回日本応用動物昆虫学会大会3日目
Written by bonohu in misc on 水 29 3月 2017.
最終日。この日も朝からガッツリ口頭発表を聞く。その間に昨晩の仮説の検証を試みるも…。不審感だけが残る。 この日は …
最終日。この日も朝からガッツリ口頭発表を聞く。その間に昨晩の仮説の検証を試みるも…。不審感だけが残る。 この日は …
2日目は朝から夕方まで口頭発表。主に生理学・生化学方面を聞く。 お昼を挟んで、ポスター発表。その合間に何回か共同研究打合せ。 そして、日が暮れて …
アウェーの学会大会参加。のはずが、会場に着くなり知り合いに会うなど。 そこでの議論で、来年度の講習会をどうやっ …
日本生物工学会誌に「バイオインフォマティクスを使い尽くす秘訣教えます!」という連載を開始してからはや半年。と …
説明会。この種のそれは約十年勤めてきて初めて。わかったことは、現状今後のことはよくわからないということ。 終了 …
有給休暇扱いにして、ホームワーク。所属はしていないが勤務先のある研究所で開催される公開セミナーを聞きに職 …
ある日、タブ区切りのデータを人に見せる必要があって、csvlookを使おうとしたら
zsh: /usr/local/bin/csvlook: bad interpreter: /usr/local/opt/python3/bin/python3.5: no such file or directory
というエラー …
JST産学共創プラットフォーム共同研究推進プログラム(OPERA)研究領域 「ゲノム編集による革新的な有用細胞・生物作成技術の創出」キックオフ・シンポジウムに呼んでいた …
米国のKansas State Universityからお越しいただいた Prof. Michael R. Kanost と Dr. Neal T. Dittmer のセミナーを聴講しに東京農工大学へ。_Manduca sexta_のゲノム配列解読の話も聞けた。やはり遺伝子アノテーションの話と …
三島開催。だが、急用で1日目だけの参加。 引き続き、ArrayExpressにない、RNA-seqデータを回収する件。ArrayExpressのデータと同じようにTitle行をどう取得するか、悩みどころ。いろいろな不具合が見つかってバグ出しには貢献したものの、解 …
ブログを始めたのっていつからだろう?と考え込むぐらい日常的にブログを書いたり、他人のそれを読んだりな自分 …
黙祷。もう6年、つまり小学校を卒業するだけの年数が経ってしまったと考えると、本当に時が経つのは早いという印象 …
26年前の今日(1991/3/10)、大学の合格発表だった。その時から画一的な評価基準を離れ、好き勝手にやってきたわけだが。曲がりなりに …
来週の講演に向けて、外行きの靴を買いに。まったくないわけではないが、良い機会なので。「足元を見られる」という話を …
多数のプロジェクトをかかえ、それぞれにさまざまな進捗状況になるのは当たり前。それをうまく並列に御して業績 …
お世話になっている研究所内部の共同研究プロジェクト打合せ。今回、痛感したのは、
公共DBに関する正確な知識のアップデートの重要性
研究者間でのデータ共有 …
2017年3月2-3日は、広島大学原爆放射線医科学研究所の放射線災害・医科学研究拠点の共同研究打合せに広島大学霞キャンパスへ …
本当に今年2017年の2月はそんな感じだった。1月のうちは、それほど予定も詰まっておらずじっくり研究に取り組めると思っていたのだが…蓋を開けてみると …
現在所属しているセンターが属している大学共同利用機関法人 情報・システム研究機構(ROIS: Research Organization of Information and Systems)が毎年主 …
今回の東京連続出張の機会に複数の知り合いと再会。人との出会いの中から自分のアイデンティティを再確認。ちょ …
昨日でデータは取ってこれるようになったので、それを整形して必要なデータだけ抽出できるように。
まずは、BioProject(PRJから始まるID)と …
前回に引き続き、DBCLS SRAのAPIをいじる。AOE2.0に必要なデータを作成するパイプラインを作成するために。 前回上手くいかなかったREST APIによる大量データ取得を再度試みる。BioProjectのデータでGEO SeriesのIDを持つエントリとSRA中のRNA-seqエントリのメタ情報の取得ができるようになった。ポイントは1000件ごとのデータ取得。 ただ、取ってきた結果は改行を含んでいな …
予定されていた会議がなくなったため、科学技術・学術政策研究所(NISTEP)講演会「欧州のオープンサイエンス政策-その狙 …
2016年度SPARC JAPANセミナー3回目で今年度最後の今回は、セミナー担当を外れて、聴講者の一人として。
オープンデータやオープンサイエンスに対する考え方や温度は …
中心となるデータベースがなく、信頼のおけるアノテーションがない場合、それを自ら付けないといけない。BLAST2GOを使う …
約20年前、大学院生だったころと全く同じ手順を、対象配列セットを換え、ツールを換え、やっていることにふと気づく。かつ …
RSEM is a software package for estimating gene and isoform expression levels from RNA-Seq data.
というわけで、Trinityで遺伝子クラスターを作成した後に、Trinityがインストールされているディレクトリ(うちの環境だと /usr/local/Cellar/trinity/2.3.2/)中のutilディレクトリにある align_and_estimate_abundance.pl を実行する際に使 …
鯖が復活して、WordPressの設定をいろいろいじっていて、気分転換にWordPressのテーマを変更してみた。バックアップ先"ぼうのブログ(Backup)"で使っていたテーマそのものだが、バナーの写真を伊 …
マシンも老朽化しているので、別の例にもあったようにマシンリプレイスが必要となるかと思いきや、単にInternet connectionが切れていただけ。約2週間ほどダウンしていたわけだが …
human transcriptomeのデータベース The Genotype-Tissue Expression (GTEx) へリンク張るには、いわゆる遺伝子名(Gene Symbol)で、例えばEPAS1の場合、
http://www.gtexportal.org/home/gene/EPAS1
とすればいいが、これがEnsemblのGeneIDでもできるらしいことが、いろい …
RefExを使ってくれている論文たちを、2017年1月現在でリストアップ。PMCの全文検索、Google Schalor、そして出版社提供のalertによる定点観測から得たデータを総合。6本あって、やはり医学系ばかりという特徴。思ったよりも多かった印象。
Murine colon proteome and characterization of the protein …
RefExを使ってくれている論文たちを、2017年1月現在でリストアップ。PMCの全文検索、Google Schalor、そして出版社提供のalertによる定点観測から得たデータを総合。
Murine colon proteome and characterization of the protein pathways. doi: 10.1186/1756-0381-5-11
Aberrant IDH3α expression promotes malignant tumor growth by inducing HIF-1-mediated metabolic reprogramming and angiogenesis. doi: 10.1038/onc.2014.411
Gene Expression …
public databases with a combination of dry and wet bench processes wordpress_id: 3081 categories:
2016年年末にacceptになったとブログエントリ「Pfamから得たプロファイルHMMでhmmsearch」で書いた論文、ついにpublish。
**Identification of functional enolase genes of the silkworm Bombyx mori from public databases with a combination of …
移動中、ふと思い立って、これまで都度パスワードを入力しないといけなくなっていたascpの件を解決しようと。ちょっと調べたら、“Setting an environment variable …
Nucleic Acids Research誌では、毎年年頭にデータベース特集号(Database issue)が刊行されている。いつからかは知らないが、私が大学院生の頃(20世紀末…)にはす …
年末に予約できるようになって速攻予約していて、やっと届いたAirPods。自分へのクリスマスプレゼントのつもりだった …
日頃から共同研究先としてお世話になっているNBDC (National Bioscience Database Center:バイオサイエンスデータベースセンター)の新年会に呼 …
年末に書いた2016年を振り返って、につづいて、年頭恒例にしているその年の計を。
2017年は、大学院に入って研究を本格的に始めてからの年数 …
2016年を振り返って。
職場であるDBCLSの一部が三島に移って3年目。「連携していない」とお叱りを受けてきたDDBJとの連携に重点を置いた。5月にINSDCの …
一昨年から数えだしている「仕事で外泊」した日数。明日(12月28日)で2016年仕事納め、というわけで、2016年の日数確定。 なんと77泊。 1年は365日なので、単純に計算しても5日に1日は外泊している。2014年50泊、2015年65泊だったので …
Trim Galore! (trim_galore)を使うためにはfastqcとcutadaptのインストールが必要となる。cutadaptはpipでインストールできるのだが、そのpipはデフォルトでは入っていない。 pipのインストールには、いくつかのやり方があるが、ここではhomebrewでpython3を入れて、その際に入るpip3を利用する方法をとる。ここでpython3,pip3と末尾に3が付いているのは、pythonのバージョン3のそれ、というこ …
今月(2016年12月)は、AJACSadvanced講習会や共同研究関係で、次世代シークエンサーから得られたデータを自ら直接解析することに関わる事が多 …
ワイルドカードによるファイル指定でそのコマンドに一括で引数で指定できず、数多くのファイルに対して同じ処 …
卒論、修論、追い込みの方も多い今日このごろ、バックアップは重要。大事なデータほどきっちりとバックアップを。もち …
カイコ(Bombyx mori)のEnolaseに関する論文がacceptになりました。研究成果としてすでに公開されている配列情報データベースから候補をドライ解析(in silico)で探 …
Oracle Labs PGX(Parallel Graph Analytics) というグラフに対するクエリや分析のためのフレームワークのユーザー勉強会にお誘いいただいた …
先日のAJACSadvanced講習会で、Trinityで得た結果をアミノ酸配列に翻訳するプログラムをここで言及していないのに気がついたので。Trinityで得られるのは塩基配列レベルの情報で、それをアミノ酸配列に翻訳してくれるのがこのtransdecoder。
brew install -v transdecoder
でインストールされる。
#!/bin/sh
TransDecoder.LongOrfs -t Trinity.fasta …
今回の遺伝研研究会では、初の試みとして講習会を連続開催してみた。つまり、研究会をやる前(1日目午前)と後(2日目午後)に講習会を実 …
遺伝研研究会として「次世代モデル生物におけるゲノム情報利用ワークショップ」を2016年12月15,16日にオーガナイズさせていただいた。「ゲノム情報利用ワークショ …
2日目。引き続き、SRAからのRNA-seqデータ回収のパイプライン作り検討。それ以外に、統合TVがflashで再生できなくなっていた問題の対処をお願いするなど。
午後には山口情報芸術センター(YCAM)を見学させて頂く。