Written by bonohu in misc on 日 11 10月 2009.
よくDBCLSはDB統合のための拠点なのだからDBの構築維持管理だけしていればいいのにといぶかしがられるが、上に対する答えはきわめて簡単。使いたい人もこれから使うべき人も、生命科学分野のDBに関して多くの場合、教育されていないから。そして使って来た人も…。結構昔からバイオなデータのDB化ってなされてきたのに、自分の出したデータしか信じないという信仰の深いこの分野では他人の出したデータを集めたDBなぞを自分の研究に活かすということは軽視されてきた。実はnrを対象にBLAST検索をする時などに他人のシーケンスした塩基配列データを使っているのに、だ。
そういう現実を鑑みて、DBCLSでの私の仕事は「教育人材育成」と研究者向けの「広報」活動だと思ってこの二年ちょいやってきた。統合TVはその最たるものだし、統合データベース講習会AJACSシリーズはオフラインに全国展開したもので、確実に浸透していっていると考えている。またDBCLS HQにおいてg86たちをRAとして出入りしてもらっているのもこの「教育人材育成」の範疇なわけで、数百万から数千万単位で現在は行なわれている研究開発項目の代替手段とは考えていない。野球に例えれば、「育成枠」なわけだ。彼らのなかから「支配下登録」される「選手」が一人でも出ることを願ってやっているわけである。
「百俵の米も、食えばたちまちなくなるが、教育にあてれば明日の一万、百万俵となる」
今日の一枚は統合データベースプロジェクトの成果で、クリエイティブコモンズ・ライセンス 表示 2.1 日本 の下でライセンスされており、自由に使うことの出来る生物アイコンから。
生物アイコン, Copyright(c …
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Written by bonohu in misc on 土 10 10月 2009.
不思議な縁で学会で一緒だった人とずっと同じ。SFO行きが一時間ほど遅れたが、元々乗り換えに余裕があったためセーフ。SFOからNRTへは約11時間のフライトだったが、飯食って新劇場版エヴァンゲリオン序を見ていたら寝てた。いつものワイン接種と前の日あまり寝れなかったのが効いた模様。そして起きたら二回目の食事の時間で、といういつものパターン。もう一度じっくり序を見終わった頃に着陸態勢に。西に飛ぶのでずっと日が沈まないフライトだったが、日付変更線をまたいだので日が変わって、また元の時間帯に戻ってきた。
NRTからは、ちょうどいつも使う快速がいってしまったところだったのと、N'EXの車両がE259系にこの10月頭から切り替わって新しいもの好きの好奇心とで久しぶりにN'EXに乗ってみた。なんとここでもその人と一緒だったというのは本当の話。乗ってみた感想はすべての座席に一つづつ電源があるし、一部プロバイダと契約しているとWiFiでインターネットも使えるしよさげ。ただ、高い。横浜からだと、N'EXだと一時間半弱で+2290円（特急料金）。快速エアポート成田だと二時間ちょいでグリーンでも+950円（平日料金：土日祝日は750円）。わずか30分ちょいのためにというほどでもない気がするが、一時間に一本しかない快速エアポート成田の谷間の時間帯だったら今後もありかもしれない。
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Written by bonohu in misc on 金 09 10月 2009.
MGED12 で思ったこと。一介のメリーランド大学の大学院生が次世代シーケンサーからの配列データの定量用のプログラムとそのパイプラインを作成し、そのチュートリアルだけでなく講演まで自分でやってのける…10年前にもあった話だが（自分はチュートリアルこそしなかったけれども、10年前にこのPhoenixに来て大学院生ながら口頭発表をしたからそれに近かったといえよう）、逆の立場になるとついその彼と同じ世代のg86たちに発破をかけたくなる。ただ、おそらく彼は自分ですべてそのテーマを嗅ぎ付けて来たわけではなく周りに良い環境があったに違いない。そういういい環境をg86たちには今後作ってやりたいと思った。
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Written by bonohu in misc on 木 08 10月 2009.
我らがR研のKさんが口頭発表。引き続きFANTOMアクティビティとして頑張ってくれているのを見るのは大変喜ばしく。今後どういう展開を考えているのだろう？そこで自分に対して思ったのは、以前の自分を引きずっていてはいけない。自分の役割をはっきり認識して、その部分で活躍できるようにしないと。
思っていた昔のMGEDとはかなり違っていたが、DBCLSの発現統合プロジェクトと最近始めた某プロジェクトを進める上で有用な情報をいろいろと入手できた大変有意義な学会だった。結果として来る前に掲げていた目標は変更する必要がないことを確認できた。むしろ論文にする縛りがない分、早めにどんどん公開していった方がいいような印象すら持った次第。Go for it!
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Written by bonohu in misc on 火 06 10月 2009.
自分のポスター発表。なんとか凌ぐ。新しく始めたDBCLSの発現統合プロジェクト(togoexp)と、DRA(DDBJ Read Archive)との協力体制について早い時期に発表できたことは、いいスタートをきれたと思ってよかろう。これからさらに頑張っていかないと。
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Written by bonohu in misc on 月 05 10月 2009.
写真は会場となっているホテル。詳細はtwitterのハッシュタグ#MGED12を参照。
今日からがこの学会の本チャン（昨日は前座のチュートリアル＆ワークショップ）。
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Written by bonohu in misc on 月 05 10月 2009.
チュートリアルな1日。午前にDeep sequencing analysisのtutorial、午後に3つのWorkshop(Submitting UTHS data to GEO/ArrayExpress, MAGE-TAB annotation, BioConductor)。いろいろ新しい有益な情報で知恵熱が出そう。
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Written by bonohu in misc on 日 04 10月 2009.
ちょうど10年ぶり。「I'm drunken!」の迷言を産み出したマイクロアレイの会議で行って以来。自分は果たしてあの頃思い描いていた「10年後」になっているだろうか？
いつもどおり、エアポート成田でえっちらおっちら二時間ちょいほどかけてNRTへ。これだけ長いと快速のグリーン車はN'EXの普通車よりもお得な気がする。N'EXだと最寄り駅に止まらないので乗り換えないといけないのも効いているのだが。
最近は一つ手前の空港第二ビルで降りることが多く、終点まで乗るのは久しぶり。出国してからの免税品店の変貌に少々戸惑う。でもいつもどおり、プラスチックボトルなスコッチをJALカード割引にて。現在円高にふれているので、ちょっと多めにUSドルに替えておいた。また月末にも行くしね。
機内は割とすいていて、隣は空いていたぐらい。いつもどおりワインを注文すると自然と寝落ち。気がつくと朝食の時間。やっぱりSFOは近い。SFOは久しぶりだったので国際線の建物が新しくなっていてこれまた驚く。乗り換えで待っていると、NのDなK君に遭遇。一緒にこちら名物クラムチャウダーを喰らいながら某談義。PHXへはなぜかFlight予定時刻より早めに着いて、一路Sheraton Phoenix Downton Hotelへ。 部屋に着くとすぐに寝落ち。気がつくと外は真っ暗。
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Written by bonohu in misc on 土 03 10月 2009.
このホテル、高い割には便利じゃない。すなわち、部屋でネットが無料じゃない、お湯を沸かせるポットがない、テッシュペーパーがデスクの上にない、などなど。メモ用紙も最後の一枚だったり。ありえない。ただ、ロビー付近ではWiFiがフリーな模様。
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Written by bonohu in misc on 土 03 10月 2009.
みんな実は良く見ているということが判明。仕事中寝るような行為はこうやって広まっていくのだろうな…。そしてより重要なことに、同じようなことをおもっていることも。これから正念場だろうな…
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Written by bonohu in misc on 土 03 10月 2009.
昨日のそれに追い討ちをかけるように、普段お世話になっている方がそこに関係していることがさらに判明。この世界、すべてつながっていることを改めて実感することに。
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Written by bonohu in misc on 土 03 10月 2009.
学会会場にてなんとかsubmit。一日遅れで。
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Written by bonohu in misc on 金 02 10月 2009.
やっぱり世界は狭い、ということが今回の学会参加でも明らかに。まさか、前の前の職場での知り合いが現職場の同僚の前の職場の知り合いだとは…。
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Written by bonohu in misc on 木 01 10月 2009.
異様に楽しいひとときなのは久しぶりに集合しただけではない気がした。あの、お互い切磋琢磨した時期を振り返り、それぞれのシンカを確認できたからではなかろうか。
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Written by bonohu in misc on 水 30 9月 2009.
no response。酷いんとちゃう？そうやってモチベーションは低下していくもの。
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Written by bonohu in misc on 火 29 9月 2009.
やはりg86な変態たちには、実際にマシンを使って何かをやっている現実を見せるのが一番インパクトがあるようだ。例えばmysql一つとってもそれが実際にどう使われているのか、実際にコマンドを打っているところを見せつけるだけで全然違う。その作業とも言えることをネタに情報系と生物系での温度差に由来する議論が爆裂してとっても楽しかった。そういうギャップを埋めていくことこそが次の世代に求められていることだと思う。自分の旗色をとくに決めつけないで、いろんなことに興味がある、ということでええやん。それでみんなで前に進んでいけるのであれば！
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Written by bonohu in misc on 火 29 9月 2009.
もちろんありうることだが、まさかのニアミスというか、ハチ合わせ。なす術もなく、素直に自分がそこに居る理由を白状してことなきを得たはずだが…。
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Written by bonohu in misc on 月 28 9月 2009.
国立遺伝学研究所へ。うまく連携して「動くもの」と思われるものを年内に是非出したい！
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Written by bonohu in misc on 月 28 9月 2009.
まさかとは思っていたが、そのまさかだった。お気の毒なので早く時代が移り変わることを切に願う次第。
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Written by bonohu in misc on 金 25 9月 2009.
いつものほうとう屋、いつのまにか全席禁煙に。時間によってはクレカが扱えないレジのおばあさんがいたりすることも判明。
近くのスーパーでは、酒屋専用レジが廃止されていて、中央のレジに集中。ということで、酒類もクレジットカードのノーサインで買えるという…。そして、閉店時間が来月から30分早くなり、午後７時半になるそうで。これは冬時間対応なんだろう。
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Written by bonohu in misc on 木 24 9月 2009.
来てもらえるのはありがたいが、その途中音信不通にしているわけなのだからきっちりとupdateはしていただきたいのが本音。ほんの少し誰かさんぽさを検出したYO。いろいろあるのはわかるけど。じゃないとそのうちポンとは解析結果もお返しできなくなるかも、よ。
でも、そういうちょっと浮ついた感のあるのがあの方向の学問の本質なのかもしれない。やはり私は向いていないのだらうな…違う方向からのアプローチでしっかりとした体系を作ってみたいものだとおもた。
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Written by bonohu in misc on 水 23 9月 2009.
停電のため冷凍庫＆冷蔵庫のものが駄目になるという名目の。新人デビューの場となってよかったが果たして…。
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Written by bonohu in misc on 水 23 9月 2009.
なんていつ以来だろう。今日はお昼に眠気覚ましがてら。三角のポーズをやってみた以外は、昨日とほぼ同じメニュー。運動貯金30。
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Written by bonohu in misc on 火 22 9月 2009.
やはり週末外出が続くと駄目。これからは涼しくなるし、平日もやらんと。今日のところ、運動貯金30。
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Written by bonohu in misc on 月 21 9月 2009.
ちょうど10年前にも同じようにマイクロアレイデータを見せるためのウェブサイトを作るために「手習い」を始めたのを思い出した。しかも同じ著者によるPHPの本で。
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Written by bonohu in misc on 日 20 9月 2009.
中7週間。いつも思うことだが、一人でやるのは至難の業だ。
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Written by bonohu in misc on 金 18 9月 2009.
普段滅多に電話がかかってこないうちの部屋に電話がじゃんじゃんかかってきた。それも人間からじゃなくて機械から。よくある話なのではないかと思うが、犯人はFAX。切っても切ってもしばらくするとまたかかってくる。仕方がないので電話がかかってきてもでないで無視することにしたらかかってこなくなった。FAXを送る時は番号をちゃんとチェックしましょうね。
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Written by bonohu in misc on 金 18 9月 2009.
ということの実例に直面。でもやはり、統合DBの四ヶ条の憲法にあるように「研究開発の生産性向上を目指す」べく対処すべきかと。「サービス事業」なんだから。
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Written by bonohu in misc on 木 17 9月 2009.
でひっかかるようにインデックスされるようになった模様。横断検索して、「統合DBプロジェクト」でデフォルトでは解かれてない階層の中に「統合TV」が項目として存在するように。この生命科学データベース横断検索ではライフサイエンス辞書を用いた日英の単語で同時に検索がなされるため、例えば ”’primer’とかで検索する”と「プライマー」も一緒に検索されて興味深い結果が返ってくる。是非お試しあれ。
ただ、MacOSXなSafariで検索すると不具合があるみたい。治るといいな。
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Written by bonohu in misc on 木 17 9月 2009.
本当はもう一つあったのだが。その後の会議の準備もあってパス。さすがにこれだけあると他には何にもできない。復命届けをきっちり出張翌日に出せた＆昼食をいつもどおりしっかり食べられただけでもよしとしたい。
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