June2021
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 30 6月 2021.
2021年6月を振り返って
先月に引き続き、緊急事態宣言が継続してなかなか外部との接触がない月だった。 このブログをホストしているサ …
Category: misc
COVID-19 Vaccine 1st shot
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 26 6月 2021.
コロナウイルスワクチン注射1回目
職域接種が叶い、2021年6月26日(土)午後4時ごろに第1回目のコロナウイルスワクチン第1回目の注射をしていただきました。
1回目だん pic.twitter.com/rOCAk2z1eR
— トクニンティヌス (@bonohu) June 26, 2021
特にその場では …
Bioinformatics for Genome Editing
Written by Hidemasa Bono in misc on 木 24 6月 2021.
広島大学先端科学セミナー「“ゲノム編集”で未来社会を拓く」2021年度第1回目
年度が変わってすぐに卓越大学院プログラムでやって …
JSGEDIT 6th
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 18 6月 2021.
日本ゲノム編集学会第6回大会
オンサイトで福岡で開催の予定が、オンラインになってしまった。 去年、中止になってしまっ …
BioDX outreach movie
Written by Hidemasa Bono in misc on 火 01 6月 2021.
バイオDXの宣伝動画
約2ヶ月半前に取材していただいたBio×Digital Transformation (バイオDX)のアウトリーチ動画の編集作業が終わり、いつの間にか、公開されてた。 しかもYouTubeに。
共創の場 …
May2021
Written by Hidemasa Bono in misc on 月 31 5月 2021.
2021年5月を振り返って
これまでとは違って学生や研究員がラボに常駐しているので、彼らとの議論なども散発的にあって、一年前とは大 …
slipper with cleaner
Written by Hidemasa Bono in misc on 日 30 5月 2021.
おそうじスリッパ
自分用の家のスリッパがそろそろダメで買い換えようとしていた時に見つけたこれに。
掃除効果 …
sava can
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 28 5月 2021.
サヴァ缶
最近、このシリーズのレモンバジルパスタソースがお気に入り。 そこで、本家のサヴァ缶もということで。
缶詰 …
Press release for the 1st time
Written by Hidemasa Bono in misc on 火 25 5月 2021.
初めてのプレスリリース
今月（2021年5月）に出版された低酸素刺激の有無（低酸素vs常酸素）のトランスクリプトームデータとgene2pubmedの情 …
One good turn deserves another
Written by Hidemasa Bono in misc on 月 24 5月 2021.
データ公開は人のためならず
これまで自分が出してきた論文では、公共塩基配列データベース(DDBJ,Sequence Read Archive(SRA))や遺伝子 …
Magcup for the paper
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 22 5月 2021.
論文マグカップ
自分がcorresponding authorの、自ラボから出た論文が出始めた。 twitterでも話題になっていた論文マグカップをbonohulabでもやってみたいと思ったが、コロナ禍の状況で海外のサービスを使ってオーダー …
Genome Editing for the Future
Written by Hidemasa Bono in misc on 火 18 5月 2021.
広島大学先端科学セミナー「ゲノム編集で未来を拓く」
「バイオインフォマティクスがどのようにゲノム編集に利用で …
bonohu dthesis PDF
Written by Hidemasa Bono in misc on 月 03 5月 2021.
失われたファイルを求めて
ググったら、なんと出てきた。
以前個人のウェブサイトで公開していた自分のD論のPDFであるが、マシ …
April2021
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 30 4月 2021.
2021年4月を振り返って
先月までとは打って変わり、ラボに人が常駐するようになった。 まずは彼らとやるべき課題を一緒に考え、そしてそ …
Paper submission rush
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 09 4月 2021.
論文投稿ラッシュ
今週は、コラボ関係で論文が2本投稿された。 bioRxivへアップして、そして投稿という流れができつつあって、とてもいい感じ。
そうい …
bonohulab becomes non-bocchilab
Written by Hidemasa Bono in misc on 木 01 4月 2021.
ボッチラボではなくなった
新年度（2021年度）を迎え、bonohulabも新しいメンバーを4人も迎えることとなった。
210401 統合生命科学研究科 ゲノム編集先端人材育成プログラム（卓越大学 …
March2021
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 31 3月 2021.
2021年3月を振り返って
この3月は、年度末であることと、春の学会シーズンということもあって、外部講演が3つもあった。
- 「データ駆動型ゲノム育種技術の …
Shutoiten 1year
Written by Hidemasa Bono in misc on 木 25 3月 2021.
酒都移転1年
今日で酒都西条に移転して丸1年。 職種の関係上、引きこもり生活になることが予測されていたが、COVID-19の影響でより完全に出張のない新しい …
PAGS Bioinformatics Book published
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 24 3月 2021.
独習 Pythonバイオ情報解析 出版
2週間ほど前のエントリの通り、独習 Pythonバイオ情報解析が出版された。 ご恵送、大変ありがとうございました。
先進ゲノム解析研究推進プラットフォーム …
Onsite seminar at nearby institute
Written by Hidemasa Bono in misc on 火 23 3月 2021.
オンサイトセミナーの効用
年度の終わりではあるが、近くの研究所でセミナー。 オンラインのセミナーは何回かあっ …
The Digital Cell
Written by Hidemasa Bono in misc on 月 22 3月 2021.
デジタル細胞生物学
「デジタル細胞生物学」が出版された。 早速ご恵送いただく。ありがとうございました。
原著の題名は …
Return the debt
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 12 3月 2021.
借りを返す
有給休暇取得5日達成、ということで。 自覚症状あるぐらいの、大変良いリフレッシュに。 このようなリフレッシュ …
TapeStation4150
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 10 3月 2021.
TapeStation他納品
これで自ラボでRIN値が測定できるように。 外注でRNA-Seq出す時にサンプルのRIN値を求められることが多く、そこがメインの目的であったが、説明を聞いてみるとそれだけではない色々が。 大昔に使 …
Samplingthon
Written by Hidemasa Bono in misc on 火 09 3月 2021.
サンプリング大会
自分は最初と最後だけだったが、現場まで2往復してバトンを渡す。 どちらかというとサンプリングリレーかもしれない …
PAGS Bioinformatics Book
Written by Hidemasa Bono in misc on 月 08 3月 2021.
独習 Pythonバイオ情報解析
これもまた、Twitterでその出版予定を知る。 2021年3月末に出版されるらしい。 副題が「Jupyter、NumPy、pandas、Matplotlibを理解し、実装して学ぶシングルセル、RNA-Seqデータ解析」で、 出版社のこの書籍のページの説明文に曰く …
February2021
Written by Hidemasa Bono in misc on 日 28 2月 2021.
2021年2月を振り返って
緊急事態宣言継続で引きこもりも継続だったが、大学や大学院の研究発表会の季節ということでそれを嘆く暇も …
Python for Bioinformatics 2nd Eds in Japanese published
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 27 2月 2021.
Pythonによるバイオインフォマティクス 原著第2版 出版
前にぼうのブログのエントリでも言及した、Pythonによるバイオインフォマティクス原著第2版が出版された。 そのせいか、ご恵送いただいた。ありがとうございまし …
HISAT2 by CWL
Written by Hidemasa Bono in misc on 火 23 2月 2021.
CWL使ってHISAT2
約1年前にも似たようなことしていた（作成したCWL ツール・ワークフローを実際に動かしてみた）が、HISAT2をインストールしてない新しい環境で動かす必要が出てきて。
Common Workflow Language(CWL)に関しては、上述の過去のブログや次 …
Catalina's trap
Written by Hidemasa Bono in misc on 月 22 2月 2021.
Catalinaの罠（Java編)
リモートからラボのmacOS Catalina(c10.15.7)なマシンにsshして計算させているときに。 なぜか、いつもはすぐに実行されるプロセスが開始しない。 おかし …
January2021
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 30 1月 2021.
2021年1月を振り返って
緊急事態宣言発令により、出張が全てキャンセルになってしまった。 職場のエリアには出なかったものの、出張先が …
31st Annual Scientific Meeting of Japan Epidemiological Association
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 27 1月 2021.
第31回日本疫学会学術総会
第28回疫学セミナー「ゲノム・オミックス解析技術の疫学研究への展開」にて
疫学研究における生命科学データベース利活用
と …
Python for Bioinformatics 2nd Eds in Japanese
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 23 1月 2021.
Pythonによるバイオインフォマティクス 原著第2版
Twitterでその出版予定を知る。 2021年2月末に出版されるらしい。
BioPythonの本が出ます Pythonによるバイオインフォマティクス 原著第2版 / Sebastian Bassi 著 樋口 千洋 監訳 石井 学 大川 和史 玉木 聡志 樋口 千洋 堀田 倫英 山根 健治 訳 | 共立出版 …
Anaconda package repository is paid for "large scale" commercial use
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 22 1月 2021.
Anaconda パッケージリポジトリが「大規模な」商用利用では有償に
Twitterで流れてきて知る。 確かに最近Anacondaでのインストールが一発ではうまくいかないことが多く、数回時間を置いてから実行することが増 …
1 liner of 210114
Written by Hidemasa Bono in misc on 木 14 1月 2021.
今日のワンライナー
今日重宝したワンライナー。
gene1
gene2
gene3
...
みたいなfile.txtというファイルに書き込まれた改行区切りの …
1 liner of 210106
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 06 1月 2021.
今日のワンライナー
今日重宝したワンライナー。
gene1 -2.0
gene2 -1.5
gene3 1
...
みたいなデータから-1以下の行だけ抽出。
% perl -anle 'print $_ if(@F[1] < -1)' DEG.txt
Gene …
Plan 2021
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 01 1月 2021.
2021年の計
明けましておめでとうございます。 本年もよろしくお願いします。 年頭恒例にしている「一年の計は元旦にあり」。 今年 …
Review 2020 latter part
Written by Hidemasa Bono in misc on 木 31 12月 2020.
2020年を振り返って（後編）
2020年の振り返り、「前編」に引き続き。 こちらでは主に、今年の年頭に書いた「2020年の計」に沿って、今年2020年を振り返ってみたい。
1 公共DBのメタ解析結果にもとづいた新しい研究方向性を見出し、その筋道をつける
2 そこ …
Review 2020 1st part
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 30 12月 2020.
2020年を振り返って（前編）
もう今年(2020年）も振り返りエントリ。 2020年は13年ぶりに転職したので、盛りだくさん。 年頭の「2020年の計」に対する振り返りは「後編」にて。
まずはいうまでもな …
December2020
Written by Hidemasa Bono in misc on 火 29 12月 2020.
2020年12月を振り返って
書類上の出勤日は昨日28までということで、少し早めの12月の振り返りエントリ。
先月からの流れで、（ウェットな）実験室整備を着々と進めた2020年12月であった。 特に注文していたMinIONが届いたり。
そん …
Machine Learning for Life Science
Written by Hidemasa Bono in misc on 日 27 12月 2020.
機械学習を生命科学に使う!
ヒトゲノム解読プロジェクトが始まった1990年代から、ニューラルネットワークや隠れマルコフモ …
Python Interactive Data Visualization Book
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 26 12月 2020.
Python インタラクティブ・データビジュアライゼーション入門
この本の作成時に査読をされた、という辻さんのtweet
『Pythonインタラクティブデータビジュアライゼーション入門』
査 …
Nights in hotels 2020
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 25 12月 2020.
2020年出張外泊数
2014年から去年(2019年)までの6年間では単調増加だった「仕事で外泊」した日数は、2019年には91泊にも達した。
今年はコロナと転職して職種が変わったこともあり …
Genome editing book for child
Written by Hidemasa Bono in misc on 木 24 12月 2020.
ゲノム編集まるわかりBOOK
現在の所属のゲノム編集イノベーションセンターのセンター長より、アウトリーチのリソ …
Plant picture book in the city
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 23 12月 2020.
街のスキマ植物図鑑
実は、大学院で理学研究科生物科学専攻を出てて、しかも今も生物科学科の教員もしているにも …
SPARC Japan seminar 2020 2nd done
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 18 12月 2020.
第2回SPARC Japan セミナー2020「プレプリントは学術情報流通の多様性をどこまで実現できるのか？」で講演
オールオンラインで企 …
MinION is come
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 16 12月 2020.
ナノポアがやってきた
発注してからちょうど丸1ヶ月で、MinIONが納品。
そして約15年ぶりに、自ラボでのウェット＆ドライ復活。
MinIONがやってきた pic.twitter.com/FlGlNOGSoS
— bonohu / ぼう …
COI-NEXT started
Written by Hidemasa Bono in misc on 火 15 12月 2020.
共創の場形成支援プログラム「育成型」採択
2020年4月に東広島に来た当初からその構想を練り、準備して来た「共創の場形成支援プログラム」に広島大学が代表機関とし …
The First Business Trip 2020
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 11 12月 2020.
2020年度初出張
転職後初の出張で、古巣へ。 つまり、2020年度初の出張ということなのだが、去年度まで100日近い出張宿泊日数であった自分。 それからすると、激変した今年であったわけで。 COVID-19が主な原因ではあるが、転職というのも …
43th annual meeting of the molecular biological society of Japan skipped
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 05 12月 2020.
年会の新しいスタイルを模索しよう
第43回日本分子生物学会年会（ブンセー）は、多分に漏れず、オンライン開催だった。 去年の年会最終日のブロ …
November2020
Written by Hidemasa Bono in misc on 月 30 11月 2020.
2020年11月を振り返って
9月から本格的に取り掛かってきた卓越大学院のバイオインフォマティクス講義シリーズのオンデマンド講義の収録が終わり、それらの公開もま …