Category: misc

異分野のセミナー参加

Written by bonohu in misc on 木 13 7月 2017.

PerkinElmer Japan ヘルスケアITセミナー「病院に於ける医療ビッグデータの活用とその最新事例」に参加。結果として、異分野殴り込み。話題となっているツールは同じなのだが。どストライクじゃない分野のセミナーに出てみるのもいいもんだ。

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ライフサイエンスデータベース統合推進事業 事業報告書

Written by bonohu in misc on 水 12 7月 2017.

標記の報告書が公開され、NBDCの事業推進に関する報告書等に追加された。 それに対する「ライフサイエンスデータベース統合推進事業(平成23年度~平成28年度)事業評価報告書」も同時に公開され、その中で

今後の事業継続にあたって、強化・改善すべき点についての意見 (1) 医科学、医療、創薬の分野に加え、食、環境、バイオマスエネルギー(グリーンバイオ)などの分野におけるデータベース整備も重要

とあった。こちら方向の取り組みも頑張っていきたい。 また、「バイオサイエンスデータベースセンターの今後のあり方について(提言)」も公開されており、今後の参考にしたい。

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静岡新聞のDDBJ連載

Written by bonohu in misc on 火 11 7月 2017.

DDBJ30周年を期に静岡新聞に毎週連載されていた「遺伝子バンク30年」という連載が完結した模様。 大学院生時代に所属していた京都大学化学研究所の研究室の名誉教授がDDBJを始めた大井龍夫先生であった関係上、DDBJに関しては先生から話を伺う機会があり、人一倍知っているつもりであったが、この連載で知ることが多かった。というか、知らないことだらけだった。 特に最終回の高木先生への取材を元にした「適切な整理・活用が課題」は、データベース統合化に取り組んできた経緯がうかがい知れる。一読の価値はあるかと。新聞記事のウェブ版ゆえ、いつまで読めるかわからないので、お早めに。

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IDなきデータ

Written by bonohu in misc on 月 10 7月 2017.

IDがない場合にどう関連づけるか。生命科学系の遺伝子のデータの場合はそれを塩基配列の類似性検索でなんとかなるが、そうでない場合にそれをどうするか。「Ontology使えよ」が真っ先に言いたくなるセリフだが、それを使わないで大量のデータがすでに作られてしまっている場合にどうしたらいいか。 その後もいろいろ議論して、その果てに出てきた言葉は、「わたしので作りました」。

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'Mishima.syk #10'

Written by bonohu in misc on 日 09 7月 2017.

今回は沼津駅北口プラザヴェルデにて開催された Mishima.syk #10 に参加。 まずは、勉強会のページのお昼ガイドにあった沼津駅北口の千楽を攻める。怖いもの見たさで、ポークソテーに挑戦。出てくるまでかなり待たされたものの、値段相応な満足のいく肉が出て来た。ソースの味も素晴らしかった。次回も別メニューで攻めてみたい。 [caption id="attachment_3820" align="aligncenter" width="640"]千楽のポークソテー ポークソテーライス1700円也[/caption] そして、勉強会本体。今回はテーマが決められておらず、それぞれに好きなことを話す形。自分は、最近データ解析をやっている時にふと再発見したBiocondaについて紹介。なぜBiocondaに行き当たったか、その経緯や、Homebrewでは何故ダメなのか、そういうところにみなさん食いつきがよかったと話していて感じた次第。 自分の発表以外にさまざまなことを教えてもらったが、十分に咀嚼しきれていないので、これからじっくり時間をかけて学んでいきたい。 懇親会は南口にできたビアバールにて。最近できたビアバールのようだが、種類も多く、わが故郷の箕面ビールもあって大変ご機嫌。幹事の皆さん、お疲れ様でした。

そして翌日、自分の発表の最後で参加を呼びかけたサテライトミーティング的な温泉インフォマティクス研究会を開催。熱と浸透圧刺激のみならず、富士山も時折見れる開放的な空間でいろいろと議論。あー、楽しかった …

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Biocondaを使ってみた

Written by bonohu in misc on 土 08 7月 2017.

(このエントリは、Mishima.syk #10のライトニングトークのネタです)

Biocondaとは、

Bioconda is a channel for the conda package manager specializing in bioinformatics software.

とのことで、Bioinformaticsソフトウェアに特化したconda package mangerのチャンネル(bioconda.github.io)。Pythonで書かれたツールだけかと思ってスルーしていたのだが、実際はPythonに限らず、なんでもあるところがこれまでしてきた大きな誤解であった。

conda必須なので、入ってなければ、まずMinicondaを入れる。macOSの場合64bitしかないから楽だが。しかしながら、ここでもpythonのバージョン問題再発。2か3か、それが問題だ。とりあえず3で。ダウンロードして落ちてくるのはシェルスクリプトなので、普通に実行。

sh ~/Downloads/Miniconda3-latest-MacOSX-x86_64.sh

ライセンスに同意して、すぐにインストール完了。そして …

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rsem-tbam2gbam

Written by bonohu in misc on 金 07 7月 2017.

RSEMの計算、TPMやFPKMなどしか見ないだろうと思っていたが、やっぱりgenomeに対するアラインメントを見る必要が出てきて。もちろん、--output-genome-bam をつけて再計算すればそれで良いのだが、それはそれでまた時間がかかる。長い計算の時にログを見ていた時に変換するコマンドがあったような…見つけられないので再計算しかけたが、その最中にログを見ていてわかった。rsem-tbam2gbamがまさにそれである! [shell] rsem-tbam2gbam -p 4 ref/hogenome_RSEM_ref hoge.transcript.bam hoge.genome.bam [/shell] 再計算する必要なく、transcript.bamからgenome.bamへと変換できる。RSEMのreferenceを指定する必要があるが。また、threadオプションもあるので、それも指定するとさらに実時間の実行時間は短くなる。 ただ、これで生成されたgenome.bamはIGVで見るには、sortした上index作る必要があるので注意。

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Sashimi plot

Written by bonohu in misc on 木 06 7月 2017.

IGVをいじっていたら、右クリックメニューにSashimi plotなるものを発見。'sashimi plot'でPubmed検索しても1件しかでてこなかったが、'sashimi plots'にすると3件出て来て、その一つ(Quantitative visualization of alternative exon expression from RNA-seq data)によると、

a quantitative visualization of aligned RNA-Seq reads that enables quantitative comparison of exon usage across samples or experimental conditions

ということで有用そう。'sashimi plot'でPMC検索すると125件もヒットして来て、たしかに使われている印象。[caption id="attachment_3801" align="aligncenter" width …

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Good news

Written by bonohu in misc on 火 04 7月 2017.

長年の懸案だったGeneChipのソレとRNA-seqのソレをついにjoinできた。これでさらに精度良く、目的の遺伝子群が抽出できるはず。 また、それ以外にもいい知らせが。2017年後半戦、ますます楽しくなってきた。

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横方向のcat

Written by bonohu in misc on 月 03 7月 2017.

RSEMの結果ファイルからFPKM値で複数のサンプルの結果を抜き出したいとき。current directoryすべての結果ファイルに対してそれをしたい場合、以下のようなシェルスクリプトで。実行する前にFPKMというdirectoryを作成して、そこに処理したファイル群が書き込まれるようにする。

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#!/bin/sh
mkdir FPKM
for f in *.genes.results;
 do echo $f > FPKM/$f
 cut -f7 $f >> FPKM/$f
done

RSEMの結果ではFPKM値は左から7番目のカラムに書き込まれているからそれをcut -f7で抜き出すようにする。 これらの結果だけではFPKM値のみで、遺伝子名とかの情報が入らなくなるので、左に来るべきファイルを以下のようなコマンドであらかじめ作っておく。

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#!/bin/sh
cut -f1,2,3,4 hoge.genes.results > FPKM …

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十年一昔

Written by bonohu in misc on 土 01 7月 2017.

本日2017年7月1日で、ついにライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)に来て丸10年が経った。あの日、まだプレハブの仮住まいだったDBCLSから歩いて本郷三丁目駅に向かい丸ノ内線に乗って東京駅に。まだ絶賛工事中だった東京駅地下の黒塀横丁に現在は同僚となっているN氏を呼び出し、すぐにDBCLSに参加するよう呼びかけたのが昨日のことのように思い出される。

生命科学研究を続ける上で、まずやらねばならないインフラ整備と思って、データベース統合化に関わってやってきたつもり。まずはDBをどう使ったら良いかを伝える手段として、当時ブレイクしそうだったYouTubeも利用した動画チュートリアル統合TVを始め、現在では約1200のコンテンツに。DB利用技術の普及を目的に統合データベース講習会AJACSを全国でやろうということで始めた。現在ではJSTがAJACSを引き継いでくれていて、それと合わせると日本の都道府県の半分以上で講習会をこの10年で実施して来たり。「教育」をやれと言われた文部科学省委託研究開発事業だった当初(2007-2010年度)の使命はある程度は果たせたかなと。

データベース統合化事業としてNBDCができてJST管轄となってからは、DBCLSは統合DBのR&Dとして、とくに自分は大規模データ利用技術開発に注力するように。この10年でものすごい進化を遂げた塩基配列解読手法によるデータのアーカイブ(SRA)の目次とその検索インターフェースづくりは、世界に3つしかない公式にSRAをアーカイブする機関の一つであるDDBJの協力の下、大きなプロジェクトとなりつつある。また遺伝子発現関係のウェブツールも、リファレンス遺伝子発現データ(RefEx)を作ろうという試みがだんだん大きくなって来て、理研FANTOMプロジェクトとの共同研究に発展。そして、遺伝子発現目次(AOE)もオミックスデータ目次に発展していく流れ。SayaMatcherでやっていたことをsuffix arrayで …

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2017年前半戦終了

Written by bonohu in misc on 金 30 6月 2017.

去年のこの日にも書いた振り返りエントリ。 2017年前半を振り返って。出張による外泊は、28泊と昨年前半の43泊より減少。出張を抑制、データ解析や物書きに取り組もうとしている姿勢が数字に出た感。これは、自分のやるべきことを方向付けて実行に移した結果と言えよう。これは、2017年年頭に書いた目標の一つで、出張外泊数を抑えることもその一つであった。 また、もう一つの目標であった、文章を書くことをさらに習慣づけtwitter以外の手段による情報発信は、2017年6月末の時点では地下に潜っているプロジェクトも含めて、順調に進んでいるかと。乞うご期待。

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Differential Expression Analysis using EBSeq

Written by bonohu in misc on 木 29 6月 2017.

RSEMによるRNA-seqの続き。RSEMデータ解析チュートリアルにある発現差解析方法。 rsem-run-ebseqとrsem-control-fdrはmake installしても/usr/local/bin以下にインストールされないので、注意。hoge1とhoge2の2つのサンプルの発現差を解析する場合、以下のように。 [shell] rsem-generate-data-matrix hoge1.genes.results hoge2.genes.results > hogeMat.txt ~/Documents/src/RSEM-1.3.0/rsem-run-ebseq hogeMat.txt 1,1 hogeMat.results ~/Documents/src/RSEM-1.3.0/rsem-control-fdr hogeMat.results 0.05 hogeMat.de.txt [/shell] 自分の環境ではRSEM関係のスクリプトは~/Documents/src/RSEM-1 …

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真夜中のaccept

Written by bonohu in misc on 水 28 6月 2017.

前日に投げてたrevisionへのrevisionが日本時間の夜に。共同研究者に取り急ぎ連絡しておくとすぐに返事が来て、re-resubmitできる状態になったので、思い切ってすぐに。そうしたら、これまた寝る直前に返事が来て、よく読むと基本accept。でもまだ小さな修正を言われて直さないといけないというオチつきだったが。

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参加者リストの集計

Written by bonohu in misc on 火 27 6月 2017.

先日参加した学会の参加者リストが公開されていた。ナンバリングされていたため、最後の行を見る限り255で、255名の参加者がいたらしいことがわかるものの、その内訳は分からない。テキスト版は提供されていないが、幸いこのページをコピー&ペーストすることで情報が取れそうな素直なページの模様。そうして得たファイルをlist.txtとして、自ら集計することにする。 参加者の国は左から5カラム目にありそうということで [shell] cut -f5 list.txt | less [/shell] で眺めて見る。確かに抽出できている。そこで、さらにワード別カウントをしてみる。

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#!/usr/bin/perl
while() {
        my($word) = split;
        $num{$word}++;
}
foreach (sort keys %num) {
        print "$_t$num{$_ …

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研究データ利活用協議会公開シンポジウム ~オープンサイエンスを巡る世界の最新動向~

Written by bonohu in misc on 月 26 6月 2017.

標題のシンポジウムに参加して来た。研究データ利活用協議会(Research Data Utilization Forum(RDUF、読み方不明))とは、わが国における研究データの利活用を推進する活動を行う集まりとのこと。今回NBDC/DDBJセンター長の高木利久先生が話すし、塩基配列DBからデータを再利用して研究している我が身としては関係あるかな、ということで出てみたが、参加してみるとそれ以外にも多面的に関わりがあった。 まずDOI(Digital Object Identifier)。普段、論文の引用だけでなく、最近では統合TVの動画に対しても個別にDOIがつけられてる。そのDOIを割り振ってくれているのが、今回の集まりの事務局のジャパンリンクセンター(Japan Link Center(JaLC; じゃるく、と読むらしい))とのことで。日本でDOIを割り振れるのはここだけとのこと。 また、先週SPARC JAPANのキックオフミーティングでご一緒した人が数多く参加していたり。参加していたというよりは、演者であったり、ディスカッションリーダーだったり、活躍されていた。 最後のグループディスカッションでは、「データレポジトリの企画運営、メタデータ検討」のグループに。もっといろいろ話しを聞きたかったが、時間の制約でそれも叶わず …

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意図しないプリンター出力

Written by bonohu in misc on 土 24 6月 2017.

出張先でプリンターから出力する必要があり、プラインター設定をちゃらっとして出力したものの。A4に打ち出したはずなのに90度回転したレイアウトで打ち出される。レイアウト設定やそれ以外の設定もチェックしてもだめ。その文書がまずいのではと思って他の論文PDFを印刷してみても同様。しかし、他の人はちゃんと打ちだせるようなので、悪いのは自分のコンピューターの設定ということでいろいろ調べた結果。

macOSのプリンター設定画面

このプリンターを追加する設定画面で「プロトコル」にIPP (Internet Printing Protocol)を選んでしまったからで、LPD (Line Printer Daemon) を指定するとうまくいくということが判明。設定重要。

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SPARQLthon57 day2

Written by bonohu in misc on 金 23 6月 2017.

2日目は開発しているserviceの検索インターフェースいろいろ打ち合わせをいくつか。この会では有識者がいて、そういった話を脇で聞いてくてて、「車輪の再発明」をせずにすむようなツッコミをいただくこと多数なのが醍醐味。さらにそこからこれまで知らなかった意外な有用情報が出てくる。今回の自分の場合、togogenomeの使い方を勘違いしていたことを知るなど。ちゃんとヒトversionが機能していたのだ。例えば、togogenomeのHIF1Aのエントリ。 また、SPARQLのexamplesを試して「写経」するなど。習うより慣れよ、ということで。SPARQLthon感の高まり。

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SPARQLthon57 day1

Written by bonohu in misc on 木 22 6月 2017.

AOEでの検索結果から取得すべきSRAのRUNのIDを探し当ててSRAファイルを取得し、それらを並列にFASTQに変換して、トリミング後、発現定量して、発現差データ作成するのを並行に進めつつ、pfastq-dumpのバグ出しから。

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並列版 fastq-dump

Written by bonohu in misc on 火 20 6月 2017.

探したらやはりあった、並列版のfastq-dump。これはpythonによる実装でインストールがちょっと…。さらに探したら、身近にbashでのimplementationを公開している方がいたw。こちらのほうがインストールが楽じゃないかと。そういうわけで、

pfastq-dump --threads 8 --outdir fq/ DRR045547.sra

てな感じで。pfastq-dumpはcurrent directoryに一時ファイルを作る。HD上で実行するとそれはおそくなるかもしれないので、SSD上のどこか、たとえば/tmp/などを指定したら早くなるかもということで。< ペアエンドのファイルに対しては、以下の例のように--split-filesを指定。

pfastq-dump --threads 6 --outdir fq/ DRR068893.sra 
--tmpdir /tmp/ --split-files

ベンチマーク取っていないのでどれぐらい早くなったかは現状不明。でもpbzip2と同じく、普段使うコマンドとしてfastq-dumpに置き換えて使っていくつもり。

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HIF-1-mediated suppression of mitochondria electron transport chain function

Written by bonohu in misc on 月 19 6月 2017.

confers resistance to lidocaine-induced cell death wordpress_id: 3660 categories:


2006年3月にがんとハイポキシア研究会に初めて出てからすでに10年以上経ったが、ようやくこの研究会つながりの共同研究による論文(doi: 10.1038/s41598-017-03980-7)がpublish!詳しくはDBCLSニュースおよび関西医科大学のプレスリリースを参照。 がんとハイポキシア研究会で知り合ったさまざまな方に研究協力的な活動は細々としてきてはいたが、これまでは論文に貢献するまでには至らず。今回、SRAにあるリードの再利用データ解析というところでやっとそのレベルにまで到達。具体的には、SRAにあるRCC4­細胞VHL+/-のRNA-seqデータを再解析して、実験データのsupport evidenceとした。詳しくはこちらを。初めてがんとハイポキシア研究会に参加した際、私の口頭発表の座長をしてくれたのが今回の論文のlast & corresponding authorなのは単なる偶然ではないだろう。 重要なのは、私がデータ解析を全て担当したわけでなく、DRY解析教本でRNA-seqデータ解析法を勉強してもらって実際にやっていただき、わからなかった点と最終的な可視化をコンサルした点。つまり、私がすべてのデータ解析から引き受けてやったわけではない。この種の共同研究スタイルならこちらは破綻せずスケールしそうなので、続けてやっていきたい …

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道具の研磨

Written by bonohu in misc on 日 18 6月 2017.

日頃よく使う「道具」のメンテナンス。システム標準のだと効率が悪かったりするので。 このブログでも何回か出てきたgzipとbzip2の並列版、pigzとpbzip2が前の名前で呼び出しても使われるように/usr/local/binにリンク張ったり。

またGNUのtarをgtarではなく、tarという名前で使うやり方、 [shell] brew install -v gnu-tar --with-default-names [/shell] でtarも置き換えてしまったり。もちろん、rsyncも。 [shell] brew install -v rsync [/shell] ファイル操作は普段からよく使うので、「研いで」おきたい、ある程度は(これが重要)。

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rsem-calculate-expression for human

Written by bonohu in misc on 金 16 6月 2017.

ようやく、RSEMの実行。bowtie2でだが、以下のコマンドで。 [shell] time rsem-calculate-expression -p 12 --paired-end --bowtie2 --bowtie2-path /usr/local/bin --estimate-rspd --append-names --output-genome-bam hoge_1.fq hoge_2.fq rsem-bowtie2/human rsem_out/hoge [/shell] -pに12設定したが意外に時間がかかった。

real    333m27.062s
user    1795m57.676s
sys     98m26.410s

実時間で約5時間半。そうでなかったらuser+sysで約31.5時間だから、並列化万歳といえよう。。

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rsem-prepare-reference for human

Written by bonohu in misc on 木 15 6月 2017.

リファンレンスゲノムとGTFの両方Ensemblから調達。実行時点で最新のEnsembl89を使って検索用のリファレンス作成。 [shell] time rsem-prepare-reference --gtf Homo_sapiens.GRCh38.89.chr.gtf --bowtie2 --bowtie-path /usr/local/bin Homo_sapiens.GRCh38.dna.toplevel.fa rsem-bowtie2/human [/shell] 実行時間はわりとかかる。

2406.83s user 40.73s system 99% cpu 40:51.46 total

これと並行してやっていた実行するためのサンプル配列を取得して、FASTQをdumpして、トリミングするほうがずっと時間結構かかるという罠。

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GFF2GTF

Written by bonohu in misc on 水 14 6月 2017.

RSEMを実行する際には、リファレンスを作成する必要がある。それをやるrsem-prepare-referenceコマンドは、GFF(version3)はダメで、GTFしか受け付けない模様。しかもこのGTFのチェックが厳しく、大文字小文字も区別するようだ。その辺を編集しないといけないGTFファイルもあったり。

GTFはGFFのversion2ということであるが、現在よく配布されているGFFはversion3のそれであることが多いようで、違うのである。そこでその変換スクリプトがないかなとググったら、やっぱりあった。

https://github.com/zachcp/ea-utils/blob/master/clipper/gff2gtf

このスクリプトで変換したもので実行するとうまくいった!

(後日談)EnsemblではGFF(version3)以外にGTFでも公開されていることにその直後に気づいた…。最初からこちらを使えばよかった…。

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RSEM with bowtie2

Written by bonohu in misc on 火 13 6月 2017.

RSEM (RNA-Seq by Expectation-Maximization)は、内部からaligner programを呼び出して使うタイプの発現定量プログラム。 しっかりしたチュートリアルが用意されていて、それに従って実行。 まずはRSEMで使うリファレンスを準備。

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#!/bin/sh

rsem-prepare-reference --gtf ref/hogenome.gtf \
--bowtie2 --bowtie2-path /usr/local/bin \
ref/hogenome.fa ref/hogenome_RSEM_ref

alignerとしてSTARも選べるが、ゲノム配列が発展途上の非モデル生物のゲノム配列ではSTARのindex作成がうまくいかなかった(メモリ不足になる)ため、今回はチュートリアル通り、bowtie2で。 そして、実行。

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#!/bin …

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MacPro不具合

Written by bonohu in misc on 月 12 6月 2017.

週末火を落として十分に冷却して見たものの、やはり起動が途中で止まる。そして、shiftを押しながら起動のセーフモードなら立ち上がるのだが、普通に立ち上がらないという状況。 いろいろ調べて見て知った起動時にDを押し続けると立ち上がるApple Hardware Testをやってみたが、とくに異常なし。 そういわけで、最終手段としてcommand + R でリカバリーモード起動して、再インストールしてみた。

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transdecoderがコケる

Written by bonohu in misc on 木 08 6月 2017.

しばらくぶりにtransdecoderを実行したところ、TransDecoder.Predictコマンドでコケた。 エラーメッセージ曰く、

% TransDecoder.Predict -t Trinity.fasta
CMD: /usr/local/Cellar/transdecoder/3.0.1/libexec/util/get_top_longest_fasta_entries.pl Trinity.fasta.transdecoder_dir/longest_orfs.cds 5000 > Trinity.fasta.transdecoder_dir/longest_orfs.cds.top_longest_5000
CMD: /usr/local/opt/cd-hit/bin/cd-hit-est -r 1 -i Trinity.fasta.transdecoder_dir/longest_orfs …

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