The Biology of Genomes 2019 day2
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 08 5月 2019.
The Biology of Genomes 2019 day2
ポスター発表は会期中の2,3,4日目に、毎日日替わりで、発表者のLast Name、アルファベット順。 ということで、Bから始まる私は初日に。
2日目だとバッチリ日周期(circadian …
Category: misc
The Biology of Genomes 2019 day1
Written by Hidemasa Bono in misc on 火 07 5月 2019.
The Biology of Genomes 2019 day1
2019/5/7-11まで Cold Spring Harbor Laboratory (CSHL) で開かれている The Biology of Genomes に参加。 ミーティングの名前を変えながらも、この時期に毎 …
Docker setting for genomer
Written by Hidemasa Bono in misc on 月 06 5月 2019.
ゲノム解析者用Docker設定
Docker Desktop for macのおかげで、macOSでもDockerを使ってツールを起動することが簡単になった。 インストールの際にライブラリの依存性に悩まされることもなく、またバ …
completion of writing 2019
Written by Hidemasa Bono in misc on 日 05 5月 2019.
脱稿2019
年頭から書いてきたとある書き物を脱稿した。
#!/bin/bash
wc -m *.md
でカウントした文字数の合計は、212,364となった。
今回 …
what is tilde
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 03 5月 2019.
チルダ
電子メールなどの文書には出てこないがUNIXコマンドラインで出てくる文字として、~がある。
読み方は、「にょろ」ではなく、「チルダ(tilde)」である。
かつてはウェブ …
what is backquote
Written by Hidemasa Bono in misc on 木 02 5月 2019.
バッククオート
クオート(quote)にはシングル(')とタブル(")があるのはよく知られているだろう。
実は、さらに第3のクオートが存在する。
それがバッ …
how to type backslash
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 01 5月 2019.
バックスラッシュを打つ設定
新学期でUNIXコマンドを使い始めた方も多いだろう。 その際によく受ける質問で最近気になっているのは、アルファベットや数 …
Exit Wordpress
Written by Hidemasa Bono in misc on 火 30 4月 2019.
過去のブログコンテンツの統合
休日ともなると余裕ができる。 一年前からの懸案である、WordPressで作りためたコンテンツの統合。 再開当時はWordPressのXMLからmarkdownへの移行ツールが見つけられなかったが、今ならどう …
April2019
Written by Hidemasa Bono in misc on 火 30 4月 2019.
2019年4月を振り返って
4月は絶望より始まった。 やるべきことをやるしかないという思いで「引きこもって進めた」結果、出張は比較的少なく、宿泊回数3泊。 そして、AOEの外堀 …
15th Workflow Meetup
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 24 4月 2019.
Workflow Meetup＠東京日本橋
同僚に教えられ、15th Workflow Meetupに初参加。 東京会場は、COREDO日本橋にある理化学研究所 東京連絡事務所（15階）だったのだが、そこも初という、初め …
Shizuoka.ngs#2
Written by Hidemasa Bono in misc on 日 21 4月 2019.
エンジニアのための生命科学データ勉強会＠静岡#2
昨年、生命科学ガチ初心でもできる！エンジニアのための生命科学 …
Beyond differentially expressed genes
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 19 4月 2019.
DEGノムコウ
発現差のあった遺伝子群のことをDifferentially Expressed Genes(DEG)と呼ぶのは、Allie的にもぶっちぎりのトップとなっている今日この頃。 そして、詳細ページを見ると2004年から文献中に登場して …
half time of my research life
Written by Hidemasa Bono in misc on 日 14 4月 2019.
研究人生の中間地点
大学院を出て働き出した2000年から今年2019年で、19年。 そして、65才まで働くとして（これは怪しいが）、あと19年。 今年は、そのちょうど中間地点の …
thanks to jupyter bon
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 13 4月 2019.
Jupyter本のサンプルコードのおかげで解決
諸事情あって、可視化をPythonでやろうとして、Jupyter notebookでグラフなどを出そうとしていた週末。 平日にはやらないような写経とかを楽しみながらも、どうやっても本にあるような …
AOE layer the 3rd
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 12 4月 2019.
AOEの外堀
SRAにRNA-seqとして登録されているものの、NCBI Gene Expression Omnibus(GEO)やEBI ArrayExpress(AE)といったいわゆる遺伝子発現データベースに登録されていないデータを抽出してAOEに突っ込んだ。 DDBJ Genomic …
4 years have passed
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 03 4月 2019.
あれから4年
前職で採用面接から立会い、プログラミングもできる分子生物学研究者（彼はスイッチヒッターと言って …
March2019
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 30 3月 2019.
2019年3月を振り返って
月初めからつくばまで行って農研機構 生物機能利用研究推進会議で登壇するなど、1月と2月の合計6泊よりも多い宿泊回数7泊の3月だった。
さらに、月初の阪大医学部Python会の2人の春合宿 …
odokon2019
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 27 3月 2019.
日本応用動物昆虫学会大会2019＠つくば
2019年3月25日〜27日まで、第63回日本応用動物昆虫学会大会がつくばで開かれ、25と26日に参加。 昨年は小集会の講師として参加し、今年はサテラ …
AJACS insect special1
Written by Hidemasa Bono in misc on 日 24 3月 2019.
2019年応用動物昆虫学会大会連動企画 データ解析講習会
2019年3月25日〜27日まで、第63回日本応用動物昆虫学会大会がつくばで開かれる。 それに連動して、その前日の2019年3月24日にデータ解析講習会を柏の葉キャン …
Kaiko no jikkentan
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 16 3月 2019.
カイコの実験単
Amazonでは2019年3月22日発売予定のカイコの実験単。 この本の企画編集委員をされていた共同研究者よりご恵投いただく。 ありがとう …
IT for Biological Data Analysis in stapy 43rd
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 13 3月 2019.
みんなのPython勉強会#43
前回、参加できなかったみんなのPython勉強会。 ここのところスケジュールの都合がつかず、2018年の秋からの新しい会場になってから長い間参加できなかった。
今回は、スケジュール …
RNA-seq data analysis in-turn
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 08 3月 2019.
阪大医Python会春合宿＠三島
阪大医Python会の優秀なる2人の医学部生が、春合宿と称して職場に来襲。 3/4-8までの5日間滞在。 その間、共同研究者も彼らの来襲に合わせて来 …
The Introductory Bayesian Statistics Course by High School Girl Ranko
Written by Hidemasa Bono in misc on 日 03 3月 2019.
女子高生乱子によるベイズ統計学入門講座: とある弁当屋の統計技師(データサイエンティスト) 3
かつて職場に大学 …
NARO NIAS
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 01 3月 2019.
農研機構 生物機能利用研究推進会議
農研機構の生物機能利用研究部門の会議に特別講演に呼ばれたので、つくばま …
Mishima.syk 13th
Written by Hidemasa Bono in misc on 日 10 2月 2019.
Mishima.syk#13
8ヶ月ぶりに開催されたMishima.sykは今回13回目。 もうすぐ、三島に来て丸5年ということは、この勉強会も約6年やっているということになる。
今回は、知り合いの研究者が関東から遠征してき …
Plan S
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 08 2月 2019.
Plan Sとは
論文を出すことを日常的にしている研究者にとって非常に関わりが深いことなのに、ほとんど知られてないの …
HISAT2 Samtools workflow
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 02 2月 2019.
HISAT2→Samtoolsなワークフロー
以前書いたブログエントリなどを現状に合わせて見直して再掲載シリーズ。
HISAT2でreference genomeにmappingして、genomeに対するアラインメントを得る場合。
HISAT2のウェブサイトにすでにindexずみのそれがある場合はしなくていいが、まずはindex作成。
hisat2-buildコマンドにて …
CIBEX data reloaded to GEA
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 01 2月 2019.
かつてCIBEXに登録したデータがGEAで復活
かつてCIBEXという遺伝子発現データベースがあった。 日本での遺伝子発現データベースということで、自分が …
pre Trinity
Written by Hidemasa Bono in misc on 月 28 1月 2019.
Trinity前処理
以前書いたブログエントリを現状に合わせて見直して再掲載シリーズ。 リンク先にあるスクリプトがちゃんと動 …
blastdbcmd2019
Written by Hidemasa Bono in misc on 日 27 1月 2019.
localBLASTのblastdbcmdを使って配列エントリの特定の領域を取得する
以前書いたブログエントリを現状に合わせて見直して再掲載シリーズ、blastdbcmd版。
新規なモデル生物では、ゲノム配列が公 …
BLAT
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 26 1月 2019.
ぶらっとBLAT
以前書いたブログエントリを現状に合わせて見直して再掲載シリーズ、BLAT版。
BLATはThe BLAST Like Alignment Toolというツールで …
Make GEA Searchable from AOE
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 25 1月 2019.
GEAをAOEから検索可能に
前にも触れた遺伝子発現データのアーカイブ、Genomic Expression Archive (GEA)であるが、公開データも出てきている。
それらのデータはEBIの …
sequenceserver2019
Written by Hidemasa Bono in misc on 木 24 1月 2019.
sequenceserver
需要あるので、以前書いたブログエントリを現状に合わせて見直して再掲載。
BioHackathon2015で参加者たちがそれぞれに持って …
Genomic Expression Archive debut
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 18 1月 2019.
Genomic Expression Archive (GEA) に登録してみた
DDBJがメンテナンスから戻ってきた。 メンテナンスの前に投げてあった遺伝子発現データのアーカイブ、Genomic Expression Archive (GEA)から正式に …
MacMini 2018
Written by Hidemasa Bono in misc on 日 13 1月 2019.
ぼうのブログ引越し
新しく買ったMacMini2018にサーバー移行作業。
基本、
- 「画面共有」をオン
- 「リモートログイン」をオン
にして手元のマシンから。 ブログ …
PLOS ONE described in "Houston, we have a narrative"
Written by Hidemasa Bono in misc on 木 03 1月 2019.
PLOS ONE
昨日のエントリで紹介した本「なぜ科学はストーリーを必要としているのか」のp266には、馴染みの深い論文誌PLOS ONEに関 …
Houston, we have a narrative
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 02 1月 2019.
なぜ科学はストーリーを必要としているのか
2018/11/10-11/14に参加したアメリカ昆虫学会の年会。 そのkeynote speech speaker、Randy Olsonさんの著作、やっと完読。
研究者 …
Plan 2019
Written by Hidemasa Bono in misc on 火 01 1月 2019.
2019年の計
あけましておめでとうございます。本年もよろしくお願いします。 年頭恒例にしているその年の計。「2019年、かくありたい …
Review 2018
Written by Hidemasa Bono in misc on 月 31 12月 2018.
2018年を振り返って
年頭に書いた「2018年、かくありたい」に沿って、2018年の活動を振り返ってみたい。
引き続き、ずっと取り組んでいるメインの仕事、公共DBの全レコードを対象としたデータ解析研究に力を注ぎ、懸案の仕事を論文 …
Nights in hotels 2018
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 28 12月 2018.
2018年出張外泊数
三島勤務になって以来、ここ5年数えて来た「仕事で外泊」した日数。2018年の日数が確定。
その結果、2018年は83泊で昨年より6泊増えて、さらに悪化。
| 年 | 泊数 |
|---|---|
| 2017 | 77 |
| 2016 | 77 |
| 2015 | 65 … |
NARO RCAIT
Written by Hidemasa Bono in misc on 木 27 12月 2018.
農研機構 農業情報研究センター
農研機構に2018年10月にできたばかりの農業情報研究センターを訪問。 内閣府や内閣総理大臣官邸が …
Bioinformatics primer book edited by Prof. Toh
Written by Hidemasa Bono in misc on 日 23 12月 2018.
よくわかるバイオインフォマティクス入門
関西学院大学の藤博幸先生編集による「よくわかるバイオインフォマテ …
Bonen2018
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 19 12月 2018.
2018年忘年会
早いもので、忘年会が行われれる、もうそんな季節に。 隣のセンターの長の交代や統合牧場第三のチルドレンの加入 …
BioHackathon2018 hackathon day6
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 15 12月 2018.
Biohack18 6日目
午前は今回やったことをdocumentathon。
個人的にはAOE関係でやろうと思っていたことが他のプロジェクトとの兼ね合いで進めれなかったものの、CWLで書くことを教わるということで別の形で自分のプロジェクトを進めることができた。 また、oec014さんが主に進めてくれたCellFishing.jlの件も、これまでスタックしていた案件が今後につながる形で再 …
BioHackathon2018 hackathon day5
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 14 12月 2018.
Biohack18 5日目
この5日間でやり散らしたことをwrap-up。 結果として、AOEのCommon Workflow Language化がメインとなった今回。
BioHackathon2018 hackathon day4
Written by Hidemasa Bono in misc on 木 13 12月 2018.
Biohack18 4日目
AOEのCWL化に取り組む（CWLizationと呼んでる）。 CommandLineToolを2つ組み合わせて、1つのWorkFlowとした単純なものから。
色々なトラップがあったものの、プロフェッショナルの多大なる助言をいただいて、動くようになった。 GitHubにアップロードしてあるので、自動的に可 …
BioHackathon2018 hackathon day3
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 12 12月 2018.
Biohack18 3日目
ようやく、Common Workflow Language(CWL)でAOEのindex作成ワークフローを書いてみる。 ネットワークづたいにデータを取ってくるからか、cwlファイルはvalidであっても、コケる。
発現類似性検索プロジェク …
BioHackathon2018 hackathon day2
Written by Hidemasa Bono in misc on 火 11 12月 2018.
Biohack18 2日目
Common Workflow Language(CWL)でAOEのindex作成ワークフローを書き直したいとふと思って、取り組む。
cwltoolが入らず。typingが入らないというエラーだったため、一度消去した上でpipで入れ直したり。
テストコードは …
BioHackathon2018 hackathon day1
Written by Hidemasa Bono in misc on 月 10 12月 2018.
Biohack18 1日目
会場は引き続き、松江のホテル、バイオハッカソン開始。 AOE周りのやるべき項目をまず、リストアップ。 SRAのRNA-seq取り込み周りは、他との兼ね合いで後回しに。
そこで、CellFishingを …
BioHackathon2018 symposium
Written by Hidemasa Bono in misc on 日 09 12月 2018.
Biohackathon2018 シンポジウム
今年は松江で開催のBiohackthon。 しかし電車が人身事後で3時間ほど遅延して、大遅刻。 YouTube Live発信でネット参加しつつ、午後からシンポジウム会場へ。 自分の …