GENOMES 4 in Japanese
Written by Hidemasa Bono in misc on 木 09 8月 2018.
ゲノム第4版
冬休みに宿題として（一部）翻訳した本、ゲノム第4版がamazonに。
英語版の章立てはあるものの、日本語のそれはまだ …
Category: misc
July2018
Written by Hidemasa Bono in misc on 火 31 7月 2018.
2018年7月を振り返って
出張が少なかった6月と打って変わって、7月は5月と同じ宿泊回数10日。 国内版バイオハッカソン＠徳島がその半分以上の6泊。結果として、AOE関係の仕事はとても進んだのでよかったのだが。
あと、統合データベース講 …
BH18.7
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 20 7月 2018.
国内版バイオハッカソンBH18.7
徳島県徳島市の眉山にあるかんぽの宿で開かれた国内版バイオハッカソンBH18.7に参 …
Start Python Club 37th
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 11 7月 2018.
みんなのPython勉強会#37
前回に続いて、連続参加。おとなしく、聴衆に戻った。
第37回目の今回はPython教育がテーマということで、社内で導入した例や勉強するためのさまざ …
Navigating Metabolism
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 07 7月 2018.
代謝ナビゲーション
Nature Metabolismが2019年1月に発刊されるらしい。約20年前に日本生化学会の代謝マップを元にKEGGのデータを作成するお手伝いをしていた私にとってみると大変驚きの事実である。当時はシグナル伝達全盛で、なぜそんな時代遅れの代謝なんてやっているのかわ …
11 years passed
Written by Hidemasa Bono in misc on 日 01 7月 2018.
DBCLS11年
この2018年7月で、2007年7月にDBCLSに移ってはや11年が過ぎた。 日本を代表する生命科学のデータベースセンターとしてやるべきだと思ったことを自分なりに自分の …
Shizuoka.ngs#1 done
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 30 6月 2018.
エンジニアのための生命科学データ解析の勉強会＠静岡に参加しての雑感
このブログの過去のエントリにも書いた …
Mishima.syk 12th
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 23 6月 2018.
Mishima.syk#12
8ヶ月ぶりに開催されたMishima.sykは今回12回目。5年ほど前から開催されているので、年2-3回のペースということに。
今回は発表者も多く、話題が多岐にわたり、いろんな方の発表を聞かせてもらった。名指 …
Like Nishino Japan Tonight
Written by Hidemasa Bono in misc on 火 19 6月 2018.
憂しと見し世ぞ 今は恋しき
奇跡の復活を果たした友人と。いろいろ絶望していたが、話しているとポロポロと良い考 …
Start Python Club 36th
Written by Hidemasa Bono in misc on 月 04 6月 2018.
みんなのPython勉強会#36
2年前に初めて参加して以来、数ヶ月に一度ぐらいの割合で予定が合えば参加してきた、みんなのPython勉強会だが、ついに2018年6月の第36回で発表させていただ …
The self taught programmer
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 02 6月 2018.
独学プログラマー Python言語の基本から仕事のやり方まで
YouTube Live越しにこっそりエア参加させていただいた2018年5月のみんなのPython勉強会で辻さんが紹介されていた独学プログラマー Python言語の基本から仕事のやり方まで。これまで必要に迫られてPythonで書かれたプログラムの吐くエラーからコードをちょこっと直したりはしてきたものの、Pythonプログラミングをガッツリ勉強したことは実はないので、一から学 …
MOVE book
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 01 6月 2018.
トップジャーナル395編の型で書く医学英語論文
research for the best cure™::blogで紹介されていたのを見て、5月の連休前に注文。しかし、結局、連休後に手にすることになったのだが。
May2018
Written by Hidemasa Bono in misc on 木 31 5月 2018.
2018年5月を振り返って
4月とうって変わって、宿泊回数10日。そのうち、海外出張で6泊で、大型連休期間もあり、あまり職場に居ない月となってしまった。その海外出張 …
Shizuoka.ngs#1
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 04 5月 2018.
エンジニアのための生命科学データ解析の勉強会＠静岡
拙著『Dr.Bonoの生命科学データ解析』を題材に、生命科学データ解析の初学者や学び直し …
April2018
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 28 4月 2018.
2018年4月を振り返って
年度始めとあって出張が極めて少なく、宿泊回数も2日。その分、本務先で仕事を大幅に進めることができた。
とくに、AOE …
Seminar at NCC
Written by Hidemasa Bono in misc on 月 23 4月 2018.
セミナー＠国立がん研究センター
今年度、初の外部出張で、国立がん研究センターにてセミナー。10年近く前に行ったことがあるから大丈夫、と思っていたが、入り …
ぼうのブログ resumed
Written by Hidemasa Bono in misc on 日 08 4月 2018.
ぼうのブログ再開
ぼうのブログを復活させました。古いコンテンツのインポートを試みていますが、今のところWordPressのXMLからmarkdownへの変換がうまくいかないので、古 …
自宅鯖絶不調
Written by bonohu in misc on 金 05 1月 2018.
自宅鯖にしているMac miniの調子がここのところ悪い。今朝はおそらく早朝に勝手に再起動していたし、さっきはちょっと出かけている間に固まっ …
冬休みの宿題その1
Written by bonohu in misc on 木 04 1月 2018.
ある本の分担翻訳をひとまずやり遂げてしまった。打ち込んだ文字数の合計、約5万字ほど。冬休みの宿題として持ってきたが …
Bonoがbyobuで上手にbashのスクリプトを書いた
Written by bonohu in misc on 水 03 1月 2018.
かつて紹介したbyobuであるが重宝している。とくに遠隔からたまにネットワークが切れたりすることが前提の環境に …
Trinity前処理
Written by bonohu in misc on 火 02 1月 2018.
遠隔作業が可能なので、時間のかかる処理を仕込みつつ。
fastq-dumpでヘッダを変えたFASTQでは、Trim Galore!(cutadapt)によるトリミングが失敗する …
2018年の計
Written by bonohu in misc on 月 01 1月 2018.
年頭恒例にしているその年の計。「2018年、かくありたい」
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引き続き、ずっと取り組んでいるメインの仕事、公共DBの全レコードを対象としたデータ解析研究に力を注ぎ、懸案の仕事を …
2017年反省会＠温泉インフォマティクス研究会
Written by bonohu in misc on 金 29 12月 2017.
温泉インフォマティクス研究会を単独開催して、2017年の反省会。場所はいつものところに。頭の整理をするために、この温泉に度々来た2017年であった …
2017年出張外泊数
Written by bonohu in misc on 水 27 12月 2017.
三島に勤務しだした2014年から数えている「仕事で外泊」した日数。本日(12月28日)で仕事納め、というわけで、2017年の日数確定。 去年と同数の77泊。2014年50泊、2015年65泊、と年々増加してきたので、今年は抑 …
dockerでfastq-dump(続き)
Written by bonohu in misc on 火 26 12月 2017.
- Docker
前のエントリを書いたら、pfastq-dumpを作っている@iNutさんからまた別のFASTQファイルを生成するdockerコンテナを教えてもらった。
docker run --rm -v "$(pwd)":/data -w /data
inutano/sra-toolkit fastq-dump --split-files SRR1864696.sra
こちらの …
dockerでfastq-dump
Written by bonohu in misc on 火 26 12月 2017.
- Docker
SRAデータの再利用で困っているのでよく聞くのが、FASTQファイルが得られないという声。FASTQファイルでの配布は新規にはされていないので、SRA(.sra)形式でのファイルを取ってきてfastq-dumpコマンドを実行する必要があるわけであるが、このコマンドのインストールが上手く行かなかったりする模様。
そ …
Trinityが動かない問題再燃
Written by bonohu in misc on 月 25 12月 2017.
Trinityが動かない問題再燃。使っているバージョンは2.4.0。
以前に言及したFASTQヘッダの問題かと思ってfastq-dumpをいじってみた。
fastq-dump --defline-seq '@$sn[_$rn]/$ri' --split-files hoge.sra
が、そうして生成されたFASTQファイルは逆に、trimming …
英語版プレスリリースの威力
Written by bonohu in misc on 土 23 12月 2017.
RefExの論文を2017年8月末に出したが、その英語版プレスリリースを11月頭に出してもらった。
すると、英語版のそういったニュースにも取り上げてもらい、その種の …
'今日のワンライナー: Perl -a'
Written by bonohu in misc on 金 22 12月 2017.
今日のワンライナー。普通なら
cut -f1,3 hoge.txt
で済ますところだが、さらなる処理、IDのバージョン情報を取る(s/.d+//)とか必要な場合にPerlで処理したい場合、こんな風に …
NBRPシンポジウム2017
Written by bonohu in misc on 水 20 12月 2017.
ナショナルバイオリソースプロジェクト(National BioResource Project; NBRP)のシンポジウムに参加。今年度(２０１７年)から第４期が開始ということであったが、それは５年を1期とするプロジェクトが3回行われ、今年度から4期目が始まったという意味で …
SPARQLthon63
Written by bonohu in misc on 木 14 12月 2017.
BH17.11の続き。NCBI GEOのメタデータをDBCLS SRAのAPIから取得してこれるよう、AOEのコードを追加。そしてそれらをGitHubにアップすべくまとめたり、ドキュメントを充実させたり。短いコードであってもそれらを書き散らすのは楽し …
Pythonオープンサイエンスシンポジウム in つくば
Written by bonohu in misc on 火 12 12月 2017.
普段日程が合えば参加しているみんなのPython勉強会(Start Python Club)が、Pythonオープンサイエンスシンポジウムをつくばで開催。これまたちょうど都合がよかったので参加。
いろんな研究分 …
ConBio2017 4日目
Written by bonohu in misc on 土 09 12月 2017.
最終日は、RefExとAOEの口頭発表。今回は@h_ono氏が発表をやってくれた。2年前に同じく神戸で(その時は自分が)口頭発表したときに比べて、disり質問もなく。(今は)公共データを再利用しよう、という流れを …
ConBio2017 3日目
Written by bonohu in misc on 金 08 12月 2017.
この日には夜に癌研究者の集まりに。毎度研究コミュニティーのsmall world感を感じながらも、初めて会った人にも統合TVすごく使っていた …
ConBio2017 2日目
Written by bonohu in misc on 木 07 12月 2017.
2日目はブース対応をメインのはずだったが、Bono本サイン会があったりして迷惑かけてしまった…。そちらのイベント自体は大成功だったのだが。
ConBio2017 1日目
Written by bonohu in misc on 水 06 12月 2017.
ConBio2017は初日の午前にいきなり主宰ワークショップ「いかにして『使える』データベースを維持し続けるか?」から開幕。以下のような豪華な演者陣でバイオなデータベース …
ConBio2017 0日目
Written by bonohu in misc on 火 05 12月 2017.
次の日朝イチで主宰ワークショップだったので、午前にミーティングに出てから午後に移動で、前日入り。それに乗じ …
BH17.11
Written by bonohu in misc on 金 01 12月 2017.
2017年の国内版バイオハッカソンは熊本にて、11月26日〜12月1日まで。 AOEのコード群をDBCLS傘下のGitHubに移し、書き散らしていたコードをまとめたり、発現定量値を使ったソレを議論したり。その裏で、共同研究 …
Annotathon2017
Written by bonohu in misc on 木 16 11月 2017.
今回で2回目のアノテーソン。ゲノム配列解読系の人が多かったような。自分の考えていた「アノテーション」とは違う世界に戸惑うものの …
kallisto
Written by bonohu in misc on 水 15 11月 2017.
遅ればせながら、kallistoを試す。日本語でブログに書いている人もいる模様だが、最新の情報は英語の本家のドキュメント …
第15回がんとハイポキシア研究会2日目
Written by bonohu in misc on 土 11 11月 2017.
日が変わってもなお議論。いつにも増してハードな会となった。
自分ですべての「データ」を出すだけでなく、公共データ …
SPARQLthon62
Written by bonohu in misc on 木 09 11月 2017.
無線LANのトラブルの中、いくつかのプロジェクトの打合せを進める。
みんなのPython勉強会#30
Written by bonohu in misc on 水 08 11月 2017.
2017年5月以来、半年ぶりに参加。期せずして3冊のPython本の著者の人が話される節目の勉強会30回目で、大変参考になった。その3冊とは、以下の通り。
日付変更線
Written by bonohu in misc on 日 05 11月 2017.
日付変更線を越えてきたため、私にとっての今日の日は物凄く短く、すぐに終わってしまった。11月1日が37時間あった分のツケ。
Genome Informatics 2017 day4
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 04 11月 2017.
Genome Informatics 2017 day4
カードキーがいきなり磁気が飛んで無反応になるやシャワーのお湯がなかなか温かくならない等、いろい …
Genome Informatics 2017 day3
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 03 11月 2017.
Genome Informatics 2017 day3
日本は祝日らしいが、こちらはとくに祝日でもないので、普通にセッションが朝から晩まで。
最初だけかと思 …
Genome Informatics 2017 day2
Written by Hidemasa Bono in misc on 木 02 11月 2017.
Genome Informatics 2017 day2
twitterから得た、参加者らしき人のtweetによれば、229の発表があり、そのうち44が口頭発表で残り185がポスター発表とか。 参加者数は345とか。これもtwitter情報。
発表者のLast nameのアルファベット順にポスター番号が振られ、口頭発表も含めて分け …
Genome Informatics 2017 day1
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 01 11月 2017.
Genome Informatics 2017 day1
2017/11/1-4まで Cold Spring Harbor Laboratory (CSHL) で開かれている Genome Informaticsに参加。 隔年でCSHLとWellcome Genome Campusとで開かれていて、今年は米国で。 実は、第1回目に出ていて口頭発表しているという最古参。 し …
ROIS-DS-JOINT共同研究集会開催に向けて
Written by bonohu in misc on 火 31 10月 2017.
セミナーから一夜明けて、また別の研究会の企画打合せ。「昆虫のゲノムデータベースとそれを活用したデータ解析」は …
SPARC Japan 2017 2nd done
Written by Hidemasa Bono in misc on 月 30 10月 2017.
第2回SPARC Japan セミナー2017「プレプリントとオープンアクセス」無事終了
セミナー企画ワーキンググループメンバーの担当と …