Category: misc

統合データベース講演会@静岡県立大学

Written by bonohu in misc on 金 04 12月 2009.

人の数こそ14,5人だったが、すでにLSDBのサービスを使っていらっしゃる方が複数居て、途中でも質問も出てくるなど活発な会となった。各サービスの全容を私なりに1.自然言語、2.セントラルドグマ言語、3.その他と分類して話した他はだいたいいつもどおりだったが、LANに接続しての高速インターネット接続が利用可能だったので結果として実演メインとなって理解はしやすかったのではないかと思う。使う側としてどうやったら使われていることが痕跡として残せるか、どうやって論文などに引用したらいいか書いておいてほしいとsupportiveな提案までいただけるなど、すでに便利に使っていてなくなられたら困ると思ってくれていることがとても嬉しかった。講演聞いてくれた人の数じゃなくてその質であることを実感した今日の講演会だった。

終了後、ラボでショートケーキをいただいて談話会。いろいろ話していくと、実は今日招いてくれた先生は自分でもコンピュータを使いこなす、使い倒し系のラボであることが判明。私が角2封筒からMBAを出しいれしていたところに学生さんたちの萌えポイントがあったらしいことも…。

その後、彼らの機転により静岡駅にダイレクトに行くのではなく大学最寄りの草薙駅から在来線を利用するルートをとることにより一時間に一本しかないひかりに時間を無駄にすることなく、うまいこと予定の列車に乗ることができた。皆さんの優しさに感謝。

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さんざんな一日

Written by bonohu in misc on 木 03 12月 2009.

プリンターのキューを消されたり、質問に誠実に答えようとして質問しているのに因縁をつけられたり。そこで言い訳してくるのが火に油を注ぐんですよ!

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カフスボタン比べ

Written by bonohu in misc on 木 03 12月 2009.

明後日用にそっち系のデータを抽出してTSで可視化していっちょ上げる。

来週のそれは、個々の比較よりも全体での比較をやろうという欲が出て、また計算待ちということに…

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カフスボタン

Written by bonohu in misc on 水 02 12月 2009.

までなんとか。ここまで動かしてデータ解釈ができることを示すスライドを来週までに一枚でもいいから作成したい。

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Wordpress始めました

Written by bonohu in misc on 水 02 12月 2009.

昨日お披露目したサイトをインディーズデビューさせることに。その際にいろいろと説明などを加えるCMSとして。別の某計画も睨んで。

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9002番から80番

Written by bonohu in misc on 水 02 12月 2009.

に変更。そのディレクトリ以下ですべてが収まるように時間があるときにちゃんとしないといけないが、とりあえずは放置。

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セミナー当番

Written by bonohu in misc on 火 01 12月 2009.

じっくり話したかったが海外学会報告もやったので、さらっと。初めて聞いた人には分かりづらかったことでしょうね…

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シンポジウムはしご

Written by bonohu in misc on 月 30 11月 2009.

午後に。今週来週とプレゼン目白押しなのに…。

前半には大変懐かしい方に二人もお会いできたし、他では聞けない話が聞けたのでよしとする。

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我田引水

Written by bonohu in misc on 金 27 11月 2009.

どうあがいても中に居る以上そうにしかみえない。これまでとくにそうしてこなかったのにその類いのことだけを発信して利用しようと目論んでいるようにしか見えないことがとても残念。自分の研究内容をきっちりわかりやすくありのままに情報発信することだけをしていくべし。そう、みんなが利用できる「水源地」を切り開くが如く。

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某承認

Written by bonohu in misc on 木 26 11月 2009.

実は、断片的にしかホスト役の彼のことを知らなかったことを知る。それと同時に彼のことをとても心配しているボスの温情についても知ることとなった。その辺を語り合う時間があればよいが…

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定例会議

Written by bonohu in misc on 木 26 11月 2009.

それぞれのサービスごとに目指すべき「レベル」というものがあるのだ。議論すべきはそこじゃない。

人を動かすにはそれなりの流儀がある。「面舵いっぱい」きられても急にはついてこれないわけで。それをあの場できっちり指摘したのは大変に素晴らしかったと。まじ、見直した。

如何に内部のサービスについて知らないことよ。その無知を知った上で、できるかぎりそのときまで一つでも多く深く知る努力を怠ってはならない。自戒も含めて。

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某サポート

Written by bonohu in misc on 木 26 11月 2009.

三島より入電。ついには電話に。今後は直接Google Chatで来そうな予感。お礼は、今度一緒にお食事とか、いかが?

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キャリアパスセミナー@東北大

Written by bonohu in misc on 火 24 11月 2009.

なるものをやることに。「生命科学分野のデータベースを統合する仕事:落ちこぼれ大学生が.DB(Doctor of the database)にいたるまで」。日時は来年1月8日(金)の予定。以下にその要旨。

演者は、大学院受験で第一志望にいけず、また博士学位取得も3年の年限できっちりとれず、二度の'continue'を使いながらも、現在、ライフサイエンス統合データベースセンターにて生命科学分野のデータベースの統合化とその利用支援、ならびに教育・普及・広報活動を行ない、統合TVというデータベースやウェブツールの使い方の動画コンテンツの発信を行なっています。本講演では、そこに至るまでの「パスウェイ」について体験談を中心にお話したいと考えています。皆さんのキャリアパスを築く上で何かしらの参考にしていただければ幸いです。

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可視化してみると

Written by bonohu in misc on 火 17 11月 2009.

やはりデータのあらが気になる。TSをカスタマイズしてBLAT計算結果へ直リンク張ってみるとuniqueにmapされたところだけ抽出しているはずなのにそうはならず…。どうもrm関係らしい。そういえば、かつてこれを計算したときrmかけないと計算が終わらず断念した記憶がよみがえってきた。

そこで、rmしていないのをダウンロードして、それらを先週RAさんに構築してもらった計算パイプラインを利用して再計算してみる。とりあえずの計算はp=4で実時間4時間ほどで終了。不可能だったのが可能になったばかりか、計算量もおそらく少なく。動くことはわかったので実際に計算したいqueryを使って、計算結果を回収してまた再び可視化にもっていくのみ。がんばろう。

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可視化するために

Written by bonohu in misc on 月 16 11月 2009.

トロントで貰ってきた宿題を、とりあえずのバナーもどきを作って完了、提出。模様眺めモードに移行。

それと、某再計算。ちょっとした計算だが、わりとかかる。先月覚えてきたツール系に移行していかねばな…。その途中に元データがきっちりとSRAに入っていることを検索してみて知り、そちらからのダウンロードもしつつ。そして、可視化へ。

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事業仕分け

Written by bonohu in misc on 金 13 11月 2009.

ネット上で模様を眺めながら自分の方も。g86たちにやってもらう分、自分自身でやる分。共に大きな進捗があった一日だった。

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セミナー三連ちゃん

Written by bonohu in misc on 木 12 11月 2009.

日常業務に復帰…と思いきや。セミナーはもっと聴衆を考えて用意してこようよ…。もちろん、いろいろな要因はあるのだろうけど。。

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Spotfireユーザー会2日目

Written by bonohu in misc on 水 11 11月 2009.

昨日に引き続き。午後一で講演。MBAからの外部モニタ出力が機能せず、PDFをWindowsマシンで一枚ずつみせて話をすることに。ま、しょうがない。

無事(?)、これからユーザー会会長をやることになってしまった。本当に私なんかでいいのだろうか?

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統合データベース講演会@東京農大

Written by bonohu in misc on 日 08 11月 2009.

これまで見た中で一番広い100人は入れるコンピュータ実習室にて。参加者は主に大学院生約30人。会場が広いこともあって、サイドモニターにプレゼンの画面を写しての講演。WindowsなLANにつながったマシンでの実演画面と切り替えつつ。ざっと統合データベースプロジェクトとそのサービスを紹介した90分だったが、質問も学生さんから出て結構盛況。アルバイト募集にも興味を示してくれたり。その後のコンタクトが楽しみ。SPAMに落として見落とさないよう気をつけねば。

帰り着くと講演会をアレンジしていただいた先生から早速受講者のコメントがメールで。今日の疲れがふっとぶような励まされるコメントばかりでとても嬉しくなった。そして、がっつり紹介できる看板コンテンツを自らの手で作りたい意欲が沸々と湧いて来た。また、がんばろう。次回はそれを中心に講習会ができるように目指して。

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Go for it

Written by bonohu in misc on 日 08 11月 2009.

とにかく、前につきすすんでいくしかない。生きている限り。できるところまで、できるかぎり、死力を尽くして。

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AJACSりんくう

Written by bonohu in misc on 金 06 11月 2009.

初めての関西開催。ホスト大学の大阪府立大学以外の参加者も5名ほど居たりで関心は高かったのかもしれないが…。毎回反省することが多い。今後の活動に活かしていきたい。

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第35回 情報処理 技術検討交換会

Written by bonohu in misc on 木 05 11月 2009.

というアツマリにて統合DB普及活動の一環のお話をしに大阪千里中央へ。

会場に着いた時の雰囲気ではちょっと違うかな、と思ったが、結果としてなかなかウケたのではないかと。とくに、Allieとアナトモグラフィーは後でもいろいろと話題に。交換した名刺29枚。とてもよい宣伝活動であった。ちょっとくどいぐらい利用とその意思表示をお願いしてみたが、果たして。

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EDW2日目

Written by bonohu in misc on 土 31 10月 2009.

講習が楽しみで早起きしてしまったのではなくて、単純に調子悪かったら早めに寝た結果。

というわけで万全を期して臨むが、時間通りに行っても部屋は空いておらずorz。最初は昨日のlectureの続き。実習は昼休み前からぼちぼちと。mysqlがある程度使えないと厳しい内容。

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GI4日目

Written by bonohu in misc on 金 30 10月 2009.

最終日。ほぼ午前で終了だが、Talkが合計16とちょっと過密スケジュール。なのでいつもより15分早めのスタートと連絡があったが果たしてどうなるか?

結果としてなんとか終了。これまでにない、かなり激しい最終日だった。いつもならわりとTalkのキャンセルとかがあって、ただでさえ緩いスケージュールがさらに緩くなるのに。終わってみればそういうのが皆無だった今回のGenome Informatics。ポスターの歯抜けもあるにはあったがこれまでよりも少なく。本当に有意義でかつ濃い4日間だった。

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EDW1日目

Written by bonohu in misc on 木 29 10月 2009.

Ensembl Developers' Workshop。講師5人に生徒11人だが、その生徒の中にもEnsembl staffのalumiが2,3人居たりという感じ。PCにVMwareを入れて講習するようだが、そのセットアップも講習開始の時点では出来ておらず…。明日の講習には間に合うのだろうか。初日の今日は講演だけで、よかったのだが。

講演の最初はEnsemblの紹介からだったのだが、とくにスライドも用意して来ていなくてビックリ。さらに、Ensemblだけで50人というからビックリ。昔私が4,5年前訪問したときよりもずーっと大きくなったんだなあと。でもそのあとにつづくgenebuildやWWW関係の講演をきくと大枠はそれほど大きくは変わっていないのがわかった。明日の講習が楽しみ。

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GI3日目

Written by bonohu in misc on 木 29 10月 2009.

普段の時間帯とほぼ半日ずれているために朝起きてメールがどかっと溜まっている。こちらに来ているせいで直接訊けずメールになっているものも多々あったりで…あまり気持ちのいいものではないもんだなと。

今日はようやく晴れて、本来のCSHLっぽく、ランチは野外でハンバーガー。午後はポスター発表(後半)のち、Lincoln SteinのKeynote Speech。その後、banquet。

そして、挙げ句の果てに出て来たつぶやき。そろそろ「矢面」引退させて下さい。

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GI2日目

Written by bonohu in misc on 火 27 10月 2009.

午前はEpigenomics & Gene regulationのセッション。午後からポスター発表。他のを見るために自分の説明は控えめで。やはりこちらはポスター発表もおもしろい。そもそも発表者と議論ができる。そういうレベルにならんといかんよな。

しかしネットがぶちぶち切れてその都度再接続しないといけないのは雪豹だから?

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LGAtoCSH

Written by bonohu in misc on 火 27 10月 2009.

LGAからは電車サービスがない。バス乗り換えで迷いたくなかったので、マンハッタン経由でLIRRに、と思ったのに空港からの高速バスの降りるところを間違ったようで、しっかり迷った…。これからは打ち出しの地図も用意しておかないとネットが使えない所でこういうことになるという教訓。なんとかこれまでの勘でそちらと思う方向に移動していって駅近くになると街のマップが歩道に設置されるようになったのをたよりにPenn駅へ。あとはいつもどおり。

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GI1日目

Written by bonohu in misc on 月 26 10月 2009.

abstract bookの厚さから参加者のみならずポスター発表者の数が多いことがうかがいしれるレベル。そのなかでなんと幸運なことにこれまで泊まったことなかった食堂の真上の区画に泊まることに。ここはそれほど広くないが、勉強机とベッドを備えた一人部屋。シャワーとトイレはこの区画みんなで共有の模様。かなり快適。そういえば、abstract bookの地図もこれまでの単色からカラー版に変わっていた。

会議初日はアッセンブリの話。Transcriptome assembyの話もあったが、もちろんリファレンスゲノムがある場合にはマッピングした方がいいに決まっている。UniGeneとmegaBLASTはとおくになりにけり、といったところか。

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OICR

Written by bonohu in misc on 月 26 10月 2009.

Ontario Institute for Cancer Research。今日お世話になったBiomartのArek Kasprzykだけでなく、BINDをやっていたB. F. Francis Ouellette、HapMapとかReactomeとかWormbaseとかCGI.pmとかいろんなことでこの世界で超有名なLincoln Steinが「常勤で」居る研究所と知り、驚く。ここはこれからはもっとtranlational medicineを目指すBioinformaticsな研究者が集まり、さらに大きくなっていくであろうことを予感した。

トロント大学の古い病院の建物を残す形で建てられたMaRS Buildingと呼ばれる建物は8階建てで上の階の方に3,4フロアーにOICRが入っていて(Biomartなチームは6階に)、その一階にはインスリンの発見でノーベル賞を取った研究者の机が展示されていたり。そのときまで忘れていたが、そういえばインスリンの発見は、カナダ人でした。

うまく再利用されていくものを維持しつづけていく重要性と必要性を再確認した一日だった。使っている技術の一つ一つは普段から自分たちが使っているそれとほとんど違いないものなのだが、帰国してすぐに私と会ってデスクに居る合間にBiomartなソースツリーを自らチェックしている姿を見てそれを仕切るdirectorの凄さを垣間みた。将来、私もそういうdirectorになりたい。そして、うまいこと彼にはめられて(笑)、共同研究が今日スタートしたような感じ。これからどうなっていくのやら…。このトロントの街にはまた来そうな気がした。

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長い一日

Written by bonohu in misc on 土 24 10月 2009.

再び。ACなので機内エンターテイメントが日本人に最適化されておらずむしろ助かる(だが、まだ見ていなかった「おくりびと」はしっかり見たが)。しかもAC110VやUSB電源があって大助かり。それもあってこれを書いていたりする(アップされるのは後だろうけど)。これまで読むべきと思っていて読めていなかった論文を読んだり、科研費の書類を書き直したり。となりのねーちゃんもかわいかったり。ネットがないとこうもいいことばっかりかと思うとこれからネット切るようにしようかなーとか。

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Written by bonohu in misc on 金 23 10月 2009.

私にどうしろというのか。それを減らしたところでそっちに行くかというとそうでもないのではないだろうか?ま、私はそちらに向かっていますが、個性と自主性に委ねるのではなくもっとdirectorがdirectionすべきではないでしょうか。

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「ゲノム解析学」講義

Written by bonohu in misc on 木 15 10月 2009.

代打で、統合データベースプロジェクトについて90分話す。そのとき用いたスライドはこちら。ローカル統合TVの用意をわざわざしていったのに本番で装備しわすれて使えなかったのが大変心名残り。インターネット接続もemobileで回線が細くて遅く、各サービスのレスポンスが悪い印象を与えてしまったのはちょっと残念。

@yag_aysさんによるこの講義のログ。ありがとう、そしてお疲れさまでした!

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統合TVの統合TV 2009年版

Written by bonohu in misc on 木 15 10月 2009.

217ということで、前の時点の倍以上に。そのシステムの適当さを指摘されることもあるものの、コンテンツがないことにはすべてが始まらないのでそちらintensiveに進めて来た結果、現在の姿になったとそういう認識。始めて27ヶ月と半月、大分型が出来てきたと思う。

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口撃再開

Written by bonohu in misc on 火 13 10月 2009.

満を持して、DNA配列との格闘再開。喉が渇くのは気のせいではなかろう。オリジナルなSayaMatcherを久しぶりに動かし、某解析パイプラインを後進に伝授する。

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秋の日は釣瓶落とし

Written by bonohu in misc on 月 12 10月 2009.

週末のプレゼン資料に結局時間がかかってしまう。一年前のそれが使えないぐらいアップデートが多かったということで嬉しい悲鳴なのだが。それの中でも統合TVは去年書いていた数字の倍になっていたのが圧巻だろう。果たして時間内に収まるかどうか。

それ以外も出張事務処理の続き、マシンの置き換えとかやっていたら、あっというまに外が暗くなっていた。

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