Category: misc

続・AJACSみちのく準備

Written by bonohu in misc on 土 31 7月 2010.

昨日ショットガン式に集めたコンテンツをアッセンブルするイメージで。こちらのパートの方はできたが、もうひとつの方が…。ちょっと気張らねばなるまい…。

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AJACSみちのく準備

Written by bonohu in misc on 金 30 7月 2010.

伊達政宗の名言を使ってカスタマイズしつつ。ショットガン式に「プロジェクトのサービスを使い倒す」(予定講習時間:二時間弱)の内容を過去の講習会から追加していく。もちろん、最新版にアップデートしつつ。Googleのインターフェースの変更やinMeXesの追加などが大きな変更点かな、このセクションでは。

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出張事後処理

Written by bonohu in misc on 木 29 7月 2010.

といつものマネージメント的業務。とくに月末進行なので。来週の講習会での実例としてアレを進めたかったが…。明日以降がんばろう。

そんな状況下、出張中に統合TVに「遺伝子発現情報を使い倒す~Transcriptome Sequenceによる遺伝子発現解析の実際~」が上がっていたことは非常に喜ばしい。講習会で、副教材として大変有用であるだけでなく、統合牧場技術開発部のプロモーションムービーとしても。自分がいない間もこうしてコンテンツを作っていってくれるまわりのyou knowな人達に感謝感謝。もちろん、コンテンツになってくれるyou knowな人材にも感謝感謝。

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某招待講演

Written by bonohu in misc on 水 28 7月 2010.

会場まで2km。地下鉄の駅まで遠いし、これぐらいだと歩き。そして、アウェー感漂う会場。学会年会的な雰囲気こそ共通しているが何かが違う。まず受付が複数あってそこから迷う。勝手が分かっていないからだろう。

emobileが講演前は使えたからデモもやろうと決断したものの、実際の講演の最中にはみんながemobile使っているせいか回線は非常に細く、見せたいウェブページがなかなか表示されず…どちらかというとemobileが繋がらない状況を想定して用意しておいたスクリーンキャプチャーだったが、用意しておいて本当によかった。

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北の国へ

Written by bonohu in misc on 火 27 7月 2010.

共同研究打ち合わせというよりも逆家庭訪問のような…。夕刻、明日午前の講演に備えて札幌に。午後五時前に職場発、午後六時半羽田発の便で、札幌駅には午後九時前。

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目を見張る

Written by bonohu in misc on 土 24 7月 2010.

RAさんたちのそれぞれの得意分野を活かした成長ぶりに。素晴らしいロゴがまた追加され、ますます完成度が高くなった統合TV。統合牧場技術開発部のデータ解析開発。この高いモチベーションを維持していって欲しい。

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お願いではありません命令です

Written by bonohu in misc on 金 23 7月 2010.

あまりやりたくなかったが。DBCLSの統合牧場にていろいろといいかんじにやっているのにそれがただ議論されては消えるという「鉛筆(シャープペンシル)で書いては消しゴムで消し」ていく状態だったので。試験問題の答えのように結論だけ残せばいいってもんじゃないんよ。もちろん、twitterにその断片があるのだろうけど、それをまとめるのも立派な「研究」のプロセスだから。しっかり「ペンで書きとどめ」ていくように。きっとあとでそれを見返すことがあるから…。

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発現統合reloaded

Written by bonohu in misc on 木 22 7月 2010.

今後に向けて、再構築が本格的に。やはり一人ほそぼそとやっているよりも複数人で議論したほうがよくなるわけで。

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distinctに泣く

Written by bonohu in misc on 金 16 7月 2010.

とりあえず、distinctを足してみるとある程度は解決された。あとは、人間がみるとダブっていると思うエントリの除去が必要。

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EMBOSS-6.3.0

Written by bonohu in misc on 木 15 7月 2010.

EMBOSS-6.3.0が出たらしいので、とりあえずコンパイル。Support for BAM/SAM filesもあるので期待できそう。いろいろ読み解きたいのだが、一人じゃあまりにも非力なのでみんなでやりましょう!

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某書き物

Written by bonohu in misc on 水 14 7月 2010.

Google docsで書き込んでいたのだが、よく考えたらそれをeditorとshareするというのもオモシロイ試みだと思ってやってみた。まだまだ不完全だが、ここまで書いているんだということが先方にも伝わるので良いシステムではないかと思ったり。

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Biocuration2010

Written by bonohu in misc on 火 13 7月 2010.

で、発現統合プロジェクトのキュレーション活動を報告しようと意気込み、話しあってアブストラクトを書き上げたものの、一ヶ月近い締め切り延長で最後の最後にヤル気を失った一日。

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BMB2010抄録登録

Written by bonohu in misc on 月 12 7月 2010.

日曜日の晩にYoruFukurouを落として書き上げた二つを一晩寝かせた上でもう一度直して午前のうちに処理。

さらに統合牧場技術開発部と発現統合プロジェクトを一体的に位置づける方向で頭の中の整理。大分やるべきことが具現化してきた。

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某ユーザー会ワークショップ@東京

Written by bonohu in misc on 金 09 7月 2010.

衝撃を受けつつ出陣。ランチは地鶏やにて。

ワークショップ自体は大阪と同じ内容ということだが、基本的には聴きやすくなっていたり。聴衆の数も倍以上で、ユーザーレベルも異なっていてそれなりに飽きることもなく。

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831lab

Written by bonohu in misc on 火 06 7月 2010.

今日開店ということで寄ってみた。店の中でレタスを育てる、輸送コストは0の新しいハタケ。是非ガンバッテ欲しいので、景気づけ(マーキング)にBLTを。今後お世話になりそう。

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重なるときは重なる

Written by bonohu in misc on 月 05 7月 2010.

Pocket WiFi 機種変更。ネットワーク回線速度測定の数値的にはそれほど変わらないが、USBが一つしかないMBA的にはそこを占有しなくなっただけ、利便性が上がることが見込まれる。

帰りにHDMIケーブルを上野のヨドバシで買って帰り、接続。デスクトップが広くなった!

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ADSL開通

Written by bonohu in misc on 日 04 7月 2010.

ブロードバンドルーター兼のADSLモデムに、MacMiniをつないでそこを無線LANのアクセスポイントに。あとはHDMIでモニタに接続すれば完璧だ。

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Shiga.R#NA

Written by bonohu in misc on 金 02 7月 2010.

にて発表。DBCLSの紹介を中心にテキストマイニングネタを(発表資料)。Osaka.Rな人をはじめ、関西の有志たちと交流できたのが大変有意義だった。

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某ユーザー会ワークショップ@大阪

Written by bonohu in misc on 金 02 7月 2010.

にて主にLSDB関係のテキストマイニングな話を中心に広報普及活動。これまでやったことのないお題での話だったこともあり、終わったらいつも以上にヘトヘトに。聴衆は20人ちょいであったが、話の後に協力的な申し出や示唆的な意見を頂く。黙って公開されるのを待つんじゃなくて、一人でも多くの人が「はよ公開せんかい!」と声を上げることです。そういった声に励まされてやっているのだな、とまたまた再確認。

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4年目突入

Written by bonohu in misc on 木 01 7月 2010.

であると同時に月初めでもある。やるべきことのリストをEvernoteにupdate。相手の事情で変えられてしまうのは仕方が無い気もするが腹立たしくもある。もっと(自分の考える)発現統合に時間を割いて精進すべし、それぞれのyouknowな人達が動いているのをうまくまとめて前に進むようにしむけつつ…。そして夕刻、大阪に空路旅立つ。

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丸3年

Written by bonohu in misc on 水 30 6月 2010.

今の所属に来てから。これまで良かれと思ってやってきたことは果たしてライフサイエンス分野のデータベース統合化、ひいては科学の発展に少しでも寄与できたのだろうか?

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RDFの2つの謎

Written by bonohu in misc on 火 29 6月 2010.

ちょっと前から某ポータルサイトに我々の提供サービスのRSSフィードが表示されなくなっていて、それについて原因を探っていただいた。そしたら、一つめは中身に&があったせいで処理が途中でおちていたせいだったらしい。もう一つは、コメントSPAMが来たときにそれを自動的に消すせいで、提供したいRSSの内容も一緒に消えてしまうという。更新されたときにtwitterにも流しているので、それのRSS使うようにしたほうがヨサゲかも。

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黒い林檎

Written by bonohu in misc on 日 27 6月 2010.

ポチってから8日、ようやく。一回り大きくなった気がするが、かなり薄くなり、重量感が増した感じ。自宅作業用の私費購入なのだが…

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AJACS&DDBJing共催を振り返って

Written by bonohu in misc on 日 27 6月 2010.

それぞれの講習会の温度差を感じた二日間だった。それぞれをみることで自分たちについて改めて知ることが出来る良い機会だったのではないかと。

今度は三島のDDBJにてAJACS&DDBJingを共催できればと。

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ホワイトビンゴ

Written by bonohu in misc on 土 26 6月 2010.

二次会からの参戦。持っていったプレゼントに喜んでいただいて、とても嬉しかったり。先々月の会に引き続き、ビンゴゲームでチーム勝利!今回も何も貢献しておらず、ただ運がいいだけ。

末永くお幸せに。

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AJACS & DDBJing in 東京 1日目

Written by bonohu in misc on 水 23 6月 2010.

講習会で話すのは実は久しぶり。発現統合プロジェクトで作ってきたRefExのお披露目ともなった。まあ、こんな感じでしょう。やっぱりデータの重複を取り除くことをしないと気になるなあ。

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Shiga.R

Written by bonohu in misc on 火 22 6月 2010.

滋賀.Rなのに、なぜか@十三。席数が限られていますので、関西な方早めに是非。話しますし、この機会にオフラインに交流しませんか?

Shiga.R #NA : ATND

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緊急会議

Written by bonohu in misc on 月 21 6月 2010.

いろいろ動き出し始めている。あたかも自分は、時代の渦の中に飲み込まれて難破してしまいかねない小舟だ。自分の往く道をしっかり堅持せねば。

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New Mac mini

Written by bonohu in misc on 日 20 6月 2010.

ポチった、帰宅後すぐに。去年の今日はiPhone3GSを予約していたらしいが、今年はこれを。横浜駅のヨドバシまで行って実物を見て、1.アルミ削りだしボディ、2.HDMIで外部出力、そして3.黒いリンゴマーク、に惚れてしまった。

また、懸案だったネットワーク環境もヨドバシで(結果として)契約。二年前に越してきた時に某社にADSLを申込ませてもらえなくて(光を強要してきた)そのまま放ったらかしで家でもmobileで凌いできたのであった。今日は、別の会社なら特に抵抗もなく薦めてくれた。それと、Mac mini購入を決意した勢いとで一気に契約を。本当は話を聞くだけのつもりだったが…。これで少しは現代人らしい生活環境に近づけたかな?あーーーーー☆

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自宅にカンヅメ

Written by bonohu in misc on 土 19 6月 2010.

で掃除洗濯炊事しつつ、来週と再来週のプレゼンの準備。持って帰ってきたWindowsな環境(PC)が役に立ったのは実に久しぶりのことのような。MBAですべて出来る日が早く来ることを祈りつつ…。

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約1年3ヶ月ぶり

Written by bonohu in misc on 金 18 6月 2010.

に青写真から何から自らの手で統合TVを作り上げる。もちろん、多大なるこれまでのノウハウを享受させていただきながら。MacでのDesktopToMovieに比べるとかなり簡単に作れるようになっているとはいえ、使い方動画を作るのは相変わらず大変な作業だ。これをやっていただいているRAやアルバイトの皆さんの頑張りに改めて感謝の念を新たに。

はじめてのRefEx(Reference Expression dataset) - 統合TV (togotv)(2010-06-18)

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初Camtasia

Written by bonohu in misc on 水 16 6月 2010.

なにげに。動画作成ノウハウが蓄積していることもあり、かなり簡単に作り始めることができた。それはこの3月に社会へと巣立っていったRAさんたちの卒業制作「統合TVの作り方」の統合TV(撮影編編集編)によるところが非常に大きい。こういうカタチできっちり残してきたのが効いて普段の手間が最小化されていることに気付かされた、二重の虹の出た梅雨の夕刻であった。

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科学の発展を願ったクラスタ

Written by bonohu in misc on 月 14 6月 2010.

なだけですから、我々は。エコヒイキでもなければナナヒカリでもなく、コシヒカリでもございません。あまりにもKY過ぎます。負のチカラを増大させても何一ついいことありません。一日も早くこのクラスタの一員と自ら思ってくれることを望むばかりでございます。

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TSWP

Written by bonohu in misc on 日 13 6月 2010.

ついに統合牧場で使えるように。だれにイヂリ隊長になってもらおうかなー。

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快挙

Written by bonohu in misc on 金 11 6月 2010.

懸案の一つが解決した模様。ハコは確保されたわけだから、次は中身だ。一つづつ乗り越えていくしか道はない。

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