ぼうのブログ

BH13.13 1日目

Written by bonohu in misc on 月 27 1月 2014.

沖縄県名護市の万国津梁館で開催中のBH13.13(国内版バイオハッカソン)に参加中。TeamWP(WordPress!)に属してDBCLSの各看板コンテンツ間のリンクを更に強化することを画策中。

私とMacintosh

Written by bonohu in misc on 土 25 1月 2014.

Macintoshが発売されてから30年。自分とMacintoshは…と考えると、分子生物学の研究室に配属された1994年から、なのでちょうど20年。研究室にあって便利な文房具として …

今日の捨てコード

Written by bonohu in misc on 金 24 1月 2014.

一対一対応のデータなら対応付けは簡単。しかし、実際の研究活動においてはそんなことばかりでなく、特定のIDに対応づくデータが複数あり、それ …

awkの細道・その1

Written by bonohu in misc on 火 21 1月 2014.

タブ区切りテキストのカラム切り出しはUNIXコマンドラインでは、これまでも紹介したように [shell] cut -f2 arraytable.txt > column2.txt [/shell] みたいな感じで、arraytable.txtファイルの左から2番目のカラムだけを切り出して、column2.txtファイルに書き込むみたいなことを日常茶飯事的に実行する …

Alpine PhotoTile for Instagram プラグイン

Written by bonohu in misc on 土 11 1月 2014.

サイト投稿によってコンテンツの増えた「ぼうのブログ」の見てくれ変更。ブログの右カラムにInstagramで直近にアップした画像が出るようにして、冗長になっていた「ア …

Happy birthday to me

Written by bonohu in misc on 金 10 1月 2014.

今年も職場の同僚たちに明日に控えた誕生日を祝ってもらえた。それぞれ忙しい中それを忘れずに覚えていてくれ …

Be positive

Written by bonohu in misc on 火 07 1月 2014.

まだまだ、我々のやっていること、広まっていない。個別に、じみじみと広めていかねば。友人の学問に対する前向きな姿勢、本当敬服。息切れ …

2014年仕事始め

Written by bonohu in misc on 月 06 1月 2014.

年末の出張の事務書類を出すところからスタート。その後、大ボスに呼び出されるなど。某仕様書、急ぎます。遅れていて …

2014年の計

Written by bonohu in misc on 日 05 1月 2014.

昨年2013年は、以前より進めてきた

次世代シーケンサからのデータアーカイブSequence Read Archive(SRA)を使い倒すための仕組みDBCLS SRAの論文
カイ …

双方向ベストヒットを取る

Written by bonohu in misc on 火 22 10月 2013.

何エントリか前に紹介した遺伝子対応表を作る際に、一般的には双方向ベストヒットということをよくやります。こ …

配列セットを取得する(getentry編)

Written by bonohu in misc on 月 21 10月 2013.

前回の配列セットを取得するはTogoWSを使うものでした。TogoWSは汎用で前回例で示した塩基配列データベース以外のデータベースにも使えるので便利なのですが、取得が1エントリづつで遅いという欠点がありました。

塩基配列に限っては、DDBJのgetentryを使うという方法が数万のエントリ取得において劇的に早いことが関係者の方の手助けを得て分かりました。前回紹介したAK377185-AK388575の連番エントリを一気に取るには、以下のコマンド(curl)でいいよう …

配列セットを取得する(TogoWS編)

Written by bonohu in misc on 木 17 10月 2013.

cDNA配列のセット(多くの場合数万のオーダーの配列群)が論文発表されたのに、それがウェブサイト上にないとかいう話をよく聞き …

localBLASTで遺伝子対応表作成

Written by bonohu in misc on 木 25 7月 2013.

本日(2013年7月25日)、PLOS ONEから論文を発表しました。お世辞にもいい機能アノテーションがなされているとは言えない「非モデル」生物種カイコにお …

RでPCA

Written by bonohu in misc on 土 13 7月 2013.

マイクロアレイデータを再利用する際、遺伝子方向のみならずサンプル方向のデータの相関が気になってくると思 …

エントリ数を数える

Written by bonohu in misc on 月 01 7月 2013.

ファイルが何行あるか知りたいだけなら、いちいちテキストファイルをWordで開いて文字カウントツールを使うまでもありません。そのファイルをfile.txtとするとコマンドラインでは [shell] wc -l file.txt [/shell] で良く …

コマンドラインで快適なデータ解析を

Written by bonohu in misc on 土 29 6月 2013.

最近のバイオなデータ解析では、ファイルサイズが大きすぎたり、または多すぎたりで、GUIな環境では快適にファイル操作できないこともあって、コマンドラインでデータ解 …

justRMAでnormalize

Written by bonohu in misc on 月 17 6月 2013.

マイクロアレイデータを再利用する場合、それらのデータのnormalizeは必須です。 GeneChipの場合、normalizeしたいCEL形式のファイル群を同じディレクトリに入れておいて、一気にやってしまうことがjustRMAで可能です。

まずRが入っているかどうか。入っていな …

クロスプラットフォーム問題

Written by bonohu in misc on 日 16 6月 2013.

2010年代になった今でも相変わらず使用しているプラットフォーム(主にOS)の違いによって受渡したデータが閲覧できない等の問題は多く発生しているようです。

一番顕著なのはAJACS名古屋のテキストで詳しく書いた …

fastacmdの後継者: blastdbcmd

Written by bonohu in misc on 土 15 6月 2013.

遺伝子上流配列など、ゲノム配列の任意の場所を切り出すのには、BLATパッケージに含まれている nibFrag をこれまで勧めてきました。FASTAフォーマットの配列ファイルに対して別個にnibインデックスを作らないといけなくて管理が面倒なのと、やはりBLATはfor profitには有償という大きな難点がありました(ライ …

Mountain Lion で local BLAST

Written by bonohu in misc on 土 08 6月 2013.

MountainLion(MacOSX10.8.4)のhomebrewでBLASTがとくにいぢらなくても入るようになった模様です。バージョンの確認は、左上のリンゴマークメニューから「この Mac について」を選んで出てくるウインドウ …

GUIとはGraphical User Interfaceの略で、今使っているInternet ExplorerやGoogle Chromeなどのウェブブラウザのように主にマウス操作と最小限のキーボード入力でコンピュータが動いてくれるインターフェースのことです。ウェブブラウザ以外だと、表計算以外の目的でも頻繁に使われているExcelとか遺伝子発現解析ソフトウェアの定番GeneSpringなどがGUIなソフトウェアということになります。それらの操作法 …