前回の配列セットを取得するはTogoWSを使うものでした。TogoWSは汎用で前回例で示した塩基配列データベース以外のデータベースにも使えるので便利なのですが、取得が1エントリづつで遅いという欠点がありました。
塩基配列に限っては、DDBJのgetentryを使うという方法が数万のエントリ取得において劇的に早いことが関係者の方の手助けを得て分かりました。 前回紹介したAK377185-AK388575の連番エントリを一気に取るには、以下のコマンド(curl)でいいよう …
cDNA配列のセット(多くの場合数万のオーダーの配列群)が論文発表されたのに、それがウェブサイト上にないとかいう話をよく聞き …
本日(2013年7月25日)、PLOS ONEから論文を発表しました。お世辞にもいい機能アノテーションがなされているとは言えない「非モデル」生物種カイコにお …
マイクロアレイデータを再利用する際、遺伝子方向のみならずサンプル方向のデータの相関が気になってくると思 …
ファイルが何行あるか知りたいだけなら、いちいちテキストファイルをWordで開いて文字カウントツールを使うまでもありません。そのファイルをfile.txtとするとコマンドラインでは [shell] wc -l file.txt [/shell] で良く …
最近のバイオなデータ解析では、ファイルサイズが大きすぎたり、または多すぎたりで、GUIな環境では快適にファイル操作できないこともあって、コマンドラインでデータ解 …
マイクロアレイデータを再利用する場合、それらのデータのnormalizeは必須です。 GeneChipの場合、normalizeしたいCEL形式のファイル群を同じディレクトリに入れておいて、一気にやってしまうことがjustRMAで可能です。
まずRが入っているかどうか。入っていな …
2010年代になった今でも相変わらず使用しているプラットフォーム(主にOS)の違いによって受渡したデータが閲覧できない等の問題は多く発生しているようです。
一番顕著なのはAJACS名古屋のテキストで詳しく書いた …
遺伝子上流配列など、ゲノム配列の任意の場所を切り出すのには、BLATパッケージに含まれている nibFrag をこれまで勧めてきました。FASTAフォーマットの配列ファイルに対して別個にnibインデックスを作らないといけなくて管理が面倒なのと、やはりBLATはfor profitには有償という大きな難点がありました(ライ …
MountainLion(MacOSX10.8.4)のhomebrewでBLASTがとくにいぢらなくても入るようになった模様です。バージョンの確認は、左上のリンゴマークメニューから「この Mac について」を選んで出てくるウインドウ …
中5週間。今週外部での講演もあるので。
GUIとはGraphical User Interfaceの略で、今使っているInternet ExplorerやGoogle Chromeなどのウェブブラウザのように主にマウス操作と最小限のキーボード入力でコンピュータが動いてくれるインターフェースのことです。ウェブブラウザ以外だと、表計算以外の目的でも頻繁に使われているExcelとか遺伝子発現解析ソフトウェアの定番GeneSpringなどがGUIなソフトウェアということになります。それらの操作法 …
電子化されコンピュータ上で扱えるデータが主に核酸配列とそれを翻訳して得られるアミノ酸配列だったことも …
中7週間。大分暖かくなってきたので。
私は、約十年前に「初心者でもわかる!バイオインフォマティクス入門―やさしいUNIX操作から遺伝子・タンパク質解析まで」と題した本を …
twitterを使うようになって、ブログをあまり書かなくなった。しかし、やはり、まとめた考えを発信したいと思い、「某のウェブログ」改め「ぼうのブロ …
中4週間。今回はうちで。
なる会議を100kmほど離れた別部署にて。相互理解が深まったのではないかと勝手に確信。
学会(の年会)じゃないタイミングで参加するのはおそらく初めて。主賓の一人も神戸でのオフ会で知り合った人だっ …
復帰2回目。有酸素運動にウォーキング25分、筋トレ、水泳25m往復12回。利用券を使い果たしたので、早速次を頼んでおく。
昨年と打って変わって、不気味なほどにdisられず、むしろ恐ろしい。総評で言われた「対等なコラボをして、biologistだけじゃできない成果を出す」ことの実現に向け …
セルフウチバリカン続きでおかしくなったところを補正に。ちょうど割引券もあったので。しかし、何年ぶりだろう、お …
秘境を退去して以来、5年半以上ぶりかも。その頃と同じぐらいの体重になってきたのと、スキーのための筋力づくりのため。主に上半身 …
雪のお陰で帰り道が封鎖という事態にはなったものの、そのお陰で普段見れない景色が見れたと思えば。
メインの日。世間的にも三連休の中日とあってそれなりに混んでいたものの。皆さん、いい顔しています。
ずっとやりたいね、で終わっていた合宿。トーゴーの日の打ち上げの場で話が出てその場で日程を決めて。ついに実現 …
ということで、職場でも祝っていただき…感無量でした。「四十にして惑わず」ということで、何事も「とりあえず」ではなく「ま …
去年に立てた「計」はある程度は達成できたものの、3番目に掲げた「実際に、現場で、使った論文等を世に送り出す」ことが達成できなか …
ならぬ、聴衆のいない講演。とはいえ、がんプロフェッショナル養成プランの収録講義なので当たり前なのだが。約4年半前に撮ったもののを今回アップデート。統 …
朝一から共同研究者の発表。学会デビューでいきなり口頭発表ということで緊張しただろうけど発表自体はうまく …
昨日までと打って変わってもの寂しい。企業展示ブースも半分ほどになり、空いたスペースが休憩所。屋台、タリーズコ …
ブースアテンド最終日。さすがに4日も基本立ちっぱなしだと脚が痛くなる。この日だけはポスター発表と企業ブース展示の時間が被っていたのだが、ブース …
企画したワークショップ。どんな演者がどんなタイトルで話したかは以下のスライドの3枚目に。自分も前座として、データ …
そのためにはまず夜の時間を作ることかと。今回は初めての企画だったからしょうがないかもしれないが、普通にポ …
予想した以上に自分のを含め各抄録にイイネが付いて行く。自分が使っていた限りは会場のネット環境は概ね良好 …
中3週間。今週は今年の山場である分セー。それに備えてちょっと早めだが。
中5週間。外部での講演や学会がまたやってくるので。
2012年10月26日に「バイオインフォマティクス:データベース統合化によるアプローチ」 と題して行った講演のWeb supplemental materials置き場です。講演要旨はこち …
いい道具なのだが…。使い続けられるかどうか、黄色信号。
中4週間。明日からまたまた学会などなので。
好みの音楽を聞きながら静かに暮れていく山の風景を見ながら。至福の時間。
今年のテーマは標記のとおりだったが、はっきり言ってその応用の道は遠い。データベースが実際の発見の助けにな …
以前の職場の記念誌に寄稿を依頼されたので。普段からブログでまとめる頻度が減ってパッと書けなくなっている …
しばらく会っていなかった人に再会というのが多く。初めて座長なるものをやったり。進むべき方向性を考える意味 …
しばらくぶりに。明日からまた学会なので。
統合データベース講習会の公募に応募してきてくれた唯一の高校にて特別講習。マイクロアレイデータ解析の補助 …
同志社大学京田辺校地にて講演。同志社ローム記念館というところで。90分タップリあると思って丁寧めに説明していたら途中でそれほどゆっくりやれなくなってきて、結果としてちょうどいいぐらいの時間に収 …
今回初のフル参加。
「知のめぐりの良い生命科学研究者の10の心得」と題して。とくに記憶に残るようなリアクションもなく、残念。夜の交流会も参 …
第35回日本分子生物学会年会のワークショップ「W2. データベースから始まる分子生物学~研究の新しいスタイルを模索する~」でオーガナイザーやります。その際に …