Category: misc

slipper with cleaner

Written by Hidemasa Bono in misc on 日 30 5月 2021.

おそうじスリッパ

自分用の家のスリッパがそろそろダメで買い換えようとしていた時に見つけたこれに。

掃除効果はどれぐらいあるのだろうか?

Continue reading »


sava can

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 28 5月 2021.

サヴァ缶

最近、このシリーズのレモンバジルパスタソースがお気に入り。 そこで、本家のサヴァ缶もということで。

缶詰のストックも減っていたので、ちょうど良い機会だった。

実際には、このamazonからじゃなくてバラ売りしてたヨドバシ.comから購入。 赤いの以外をそれぞれ2,3個で合計10個で。

Continue reading »


Press release for the 1st time

Written by Hidemasa Bono in misc on 火 25 5月 2021.

初めてのプレスリリース

今月(2021年5月)に出版された低酸素刺激の有無(低酸素vs常酸素)のトランスクリプトームデータとgene2pubmedの情報を使ったビブリオーム(bibliome)データを統合したメタ解析を行った研究の論文をプレスリリース。

bonohulabとしては初めてのプレスリリース。 revisionの頃から準備していて、acceptedになった19日に広報グループに連絡して手続き開始したものの、翌20日にはもうpublishedになって、そして今日25日にリリースとなった。 英語版も絶賛準備中。

Continue reading »


One good turn deserves another

Written by Hidemasa Bono in misc on 月 24 5月 2021.

データ公開は人のためならず

これまで自分が出してきた論文では、公共塩基配列データベース(DDBJ,Sequence Read Archive(SRA))や遺伝子発現データベース(Genomic Expression Archive (GEA)など)の公共データベース(公共DB)に入れられるものは全部そこに登録してきた。 今月(2021年5月)に出版されたアマミ(オキナワ)ナナフシ(Entoria okinawaensis)論文

De novo transcriptome analysis for examination of the nutrition metabolic system related to the evolutionary process through which stick insects gain the ability of …

Continue reading »


Magcup for the paper

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 22 5月 2021.

論文マグカップ

自分がcorresponding authorの、自ラボから出た論文が出始めた。 twitterでも話題になっていた論文マグカップをbonohulabでもやってみたいと思ったが、コロナ禍の状況で海外のサービスを使ってオーダーするのもどうかと。 そこで、卒業研究の論文をマグカップに印刷する方法で紹介されていた、日本国内の会社の全面印刷陶器オリジナルマグカップのサービスを使ってみた。 こちらに来て第1作目の論文 Meta-Analysis of Oxidative Transcriptomes in Insects (DOI: 10.3390/antiox10030345) でまず試してみた。

ウェブブラウザ上で画像を配置してデザインできて値段も送料込みで二千円ちょい。 納期も私が頼んだ時は10日ほど。

Continue reading »


Genome Editing for the Future

Written by Hidemasa Bono in misc on 火 18 5月 2021.

広島大学先端科学セミナー「ゲノム編集で未来を拓く」

「バイオインフォマティクスがどのようにゲノム編集に利用できるのか」と題してオンラインで話をすることに。 日時は、2021年6月24日(木)の午後6時半から1時間ほど。

一昨年はオンサイトで東京の大学の連絡事務所の入っている建物でやっていて、それを1参加者として聞きに行ったのがすでに懐かしい。 今度は逆の立場。 話の終了後に聞きに来てくれた人たちとの交流がないのがとても寂しいが、このようなご時世だから仕方がない。

Continue reading »


bonohu dthesis PDF

Written by Hidemasa Bono in misc on 月 03 5月 2021.

失われたファイルを求めて

ググったら、なんと出てきた。

以前個人のウェブサイトで公開していた自分のD論のPDFであるが、マシンのクラッシュで行方不明になっていた。 そのファイルは、当時LaTeXで書いてPostScriptファイルにして、それをさらにPDFに変換したものであった。 かつての研究ファイルのバックアップであるMOを探れば出てくるんだろうけど、読み取れるデバイスもなく。 まあハードコピーは手元にあるし、必要になればスキャンすればいいかなぐらいに思っていた。

しかし、ついにその必要が出てきた。 スキャンするかなと思ったが、ひょっとすると奇特な方がそれをダウンロードして公開していたりしないかと思って、D論タイトルを二重引用符で括ってググってみたところ…。 PDFでのヒットをみていくと、なんと本当にそれをしていたサイトがあって。 無事にインターネット越しにファイルの復元が出来てしまった。

公開しておくとこんなふうにいいこともあるんです。 経歴や業績を公開しておくと、書いて欲しい書類として送られてきた時にすでにそれをみて埋めてくれていたりということもよくあります。 バックアップだと思って公開しておくのを推奨。

また、私のような事態にならないように、皆さんはファイルのバックアップはきっちりと複数(できればtriplicateで)取っておきましょうね。

Continue reading »


April2021

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 30 4月 2021.

2021年4月を振り返って

先月までとは打って変わり、ラボに人が常駐するようになった。 まずは彼らとやるべき課題を一緒に考え、そしてそれに向かって一緒に取り組み始めた。 そういうわけで、ラボでの日常が大きく変化した。

研究論文発表としては、2021年4月はハダカデバネズミMRの論文の1本が公開された。

  1. Diversification of mineralocorticoid receptor genes in a subterranean rodent, the naked mole-rat. https://doi.org/10.1530/JME-20-0325

この結果、2021年のこの4ヶ月で公開された論文がのべ7本となった。

また、多くの共同研究の論文がsubmitされた今月。 結果として投稿中が6本、リバイス中が1本に。 早くacceptedになって欲しい、切に。

Continue reading »


Paper submission rush

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 09 4月 2021.

論文投稿ラッシュ

今週は、コラボ関係で論文が2本投稿された。 bioRxivへアップして、そして投稿という流れができつつあって、とてもいい感じ。

そういうわけで、submittedな論文が合計7本に。 そろそろacceptedが出てきて欲しいところ。

Continue reading »


bonohulab becomes non-bocchilab

Written by Hidemasa Bono in misc on 木 01 4月 2021.

ボッチラボではなくなった

新年度(2021年度)を迎え、bonohulabも新しいメンバーを4人も迎えることとなった。

その結果、ついに1人だけぽつっとラボにいるというボッチラボではなくなってしまった。 もちろんこれまでも大学院生が1人所属しており、見かけはボッチラボではなかったのだが、その大学院生は社会人で普段はラボにはおらず。

とはいえ、4人全員が毎日ラボに来るようになるかというとそうでなくて、そのうち2人が同じ部屋に机を持って一緒に研究していくことに。 よろしくお願いします。

Continue reading »


March2021

Written by Hidemasa Bono in misc on 水 31 3月 2021.

2021年3月を振り返って

この3月は、年度末であることと、春の学会シーズンということもあって、外部講演が3つもあった。

  1. 「データ駆動型ゲノム育種技術の開発」 COI-NEXT x OPERA x 卓越大学院 オンライン合同シンポジウム TRINITY 3/17
  2. 「公共データベースからのストレス応答トランスクリプトームのメタ解析」令和3年度蚕糸・昆虫機能利用学術講演会(日本蚕糸学会第91回大会) 特別シンポジウム「データ解析を駆使した新しい昆虫研究展開」 3/20
  3. 「公共データベースを活用した 知のめぐりのよい生命科学研究」 NRIB特別セミナー 3/23

うち一つは出向いて話す形式であったが、オンサイトセミナーの効用を再認識することとなった。

また並行して、先月に引き続いて、ウェットな実験室整備を進めた。

この3月は、なんと言っても10月に入学したばかりの主指導となっている大学院生の論文を仕上げ、bioRxivにアップロードできたのが大きい。 詳細は「新しい生活様式で新しい論文出版様式」のエントリに。

  1. Multi-omic meta-analysis of transcriptomes and the bibliome uncovers …

Continue reading »


Shutoiten 1year

Written by Hidemasa Bono in misc on 木 25 3月 2021.

酒都移転1年

今日で酒都西条に移転して丸1年。 職種の関係上、引きこもり生活になることが予測されていたが、COVID-19の影響でより完全に出張のない新しい生活様式となったこの1年。 そのために来客も少なくなり、自分が出ていかないのと合わせて飲み会的な集まりも激減。 おそらく今後もそれが続いていくのだろう。

こちらに来て特に感じたのは食べ物が安く、しかも自分に味が合っていること。 それは自分が関西地方で生まれ育ったことやルーツの一部が今の地方であることと影響しているのだろう。 また脱AEON化が進み、日用品はコーポレートブランドからナショナルブランドのものを使うようになったこと。 すぐに買い換えようと思っていたiPhoneも、結局そのままで1年過ごしてしまった。

個人的にはとても長く感じた1年だったが、次の1年もさらに長く感じそうな予感…。

Continue reading »


PAGS Bioinformatics Book published

Written by Hidemasa Bono in misc on 水 24 3月 2021.

独習 Pythonバイオ情報解析 出版

2週間ほど前のエントリの通り独習 Pythonバイオ情報解析が出版された。 ご恵送、大変ありがとうございました。

先進ゲノム解析研究推進プラットフォーム編ということで、いわゆる「ゲノム支援」の情報解析を支えてくださっている方々による分担執筆。 すなわち、昨年度(2019年度)末まで、職場がすぐ近くだった人たち、である。 このような中上級向けの本が企画されていたことは、2週間ほど前のエントリを書いた日まで、全く知らず。

この本は、主にPythonを使った生命科学データ解析、特にRNA-Seqデータ解析周りのadvancedな内容がコードとともに紹介されている。 シングルセル解析に関しても、Pythonを使うデータ解析方法が具体的に紹介されている。 RNA-Seqデータ解析レシピ本という入門者向けの本を編集した者としては、RNA-Seqデータ解析の広まりが実感できて嬉しい。

これでまた「この本を見てわからなかったら訊いてください」を言える対象が広がった。 教える側として、大変助かります! 執筆者の皆さん、どうもありがとうございました。

Continue reading »


Onsite seminar at nearby institute

Written by Hidemasa Bono in misc on 火 23 3月 2021.

オンサイトセミナーの効用

年度の終わりではあるが、近くの研究所でセミナー。 オンラインのセミナーは何回かあったが、オンサイトでは久しぶり。 オンラインだと自室からの講演で、それゆえに臨場感がなくて、話す方としてはノラなくて。 久しぶりに話をした、という感じを得るなど。 やはり、聴衆を前にして話がしたい、という思いを強くした。

そのせいか、今日は金曜日という錯覚(本当は火曜日)を持ってしまったという副作用もあったのだが。

Continue reading »


The Digital Cell

Written by Hidemasa Bono in misc on 月 22 3月 2021.

デジタル細胞生物学

「デジタル細胞生物学」が出版された。 早速ご恵送いただく。ありがとうございました。

原著の題名は、The Digital Cell: Cell Biology as a Data Science。 邦訳の副題には、

データベース化・ImageJ・R・コマンドライン・Git

とあり、私にとっては馴染みが深いキーワードばかり。

原著が出版されたのを知ったとき、是非これは日本語訳があってほしいと思った1人だった。 諸事情あって自分で翻訳したいとは言えなかったが。 この分野の著名な研究者お二方によって翻訳がなされて、とても良かったなあと。

まだ全部は読んでないが、p134には「バージョン管理とgit」の節があって、gitコマンドによるバージョン管理がガッツリ説明されているのを発見するなど、生命科学の教科書にこれまでなかったコンテンツ満載で、1読者として通読するのがとても楽しみ。

そして、例によって出版社のウェブサイトだけでなく、Amazonからも序文が掲載されているので、興味を持った方は是非ご一読を。

Amazonだと3/26の発売ということで、お急ぎの場合はリアル書店に是非。 感染症予防の対策もお忘れなく。

Continue reading »


Return the debt

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 12 3月 2021.

借りを返す

有給休暇取得5日達成、ということで。 自覚症状あるぐらいの、大変良いリフレッシュに。 このようなリフレッシュ、非常に重要なことを再認識。

Continue reading »


TapeStation4150

Written by Hidemasa Bono in misc on 水 10 3月 2021.

TapeStation他納品

これで自ラボでRIN値が測定できるように。 外注でRNA-Seq出す時にサンプルのRIN値を求められることが多く、そこがメインの目的であったが、説明を聞いてみるとそれだけではない色々が。 大昔に使っていたBioanalyzerよりもかなり簡単になっていて。 とても重宝しそう。

同日に微量高速冷却遠心機も納品。 これでDNA/RNA抽出が自ラボで出来る! RNA実験環境もボチボチ立ち上げて行かねば。

Continue reading »


Samplingthon

Written by Hidemasa Bono in misc on 火 09 3月 2021.

サンプリング大会

自分は最初と最後だけだったが、現場まで2往復してバトンを渡す。 どちらかというとサンプリングリレーかもしれないな、と。

賽は投げられた。

Continue reading »


PAGS Bioinformatics Book

Written by Hidemasa Bono in misc on 月 08 3月 2021.

独習 Pythonバイオ情報解析

これもまた、Twitterでその出版予定を知る。 2021年3月末に出版されるらしい。 副題が「Jupyter、NumPy、pandas、Matplotlibを理解し、実装して学ぶシングルセル、RNA-Seqデータ解析」で、 出版社のこの書籍のページの説明文に曰く、

Pythonでバイオインフォに取り組み、いずれは機械学習など始めたい方に。汎用的なテーブルデータ解析、可視化ライブラリを用いて、生命科学特有のシングルセル、RNA-Seq解析を実装しつつ学べる。

この通りだとすると、中上級者向けだろうと思ったが、目次を確認してそれを確信。 その章だては以下の通り。

はじめに
第1章 この本の使い方と事前準備
第2章 Jupyter Notebook の使い方
第3章 Python 速習コース
第4章 文字列処理の基本 〜ファイルの読み書き,正規表現
第5章 Biopython を用いた塩基配列データの扱い方 〜オブジェクト指向入門
第6章 pandas はじめの一歩 〜表形式データの扱い方
第7章 RNA-Seq カウントデータの処理 …

Continue reading »


February2021

Written by Hidemasa Bono in misc on 日 28 2月 2021.

2021年2月を振り返って

緊急事態宣言継続で引きこもりも継続だったが、大学や大学院の研究発表会の季節ということでそれを嘆く暇もなく。 さらに追い討ちをかけるように大学院入試も。 月末には新たにラボメンバーになる人とのミーティングなども増えてきたり。

並行して今月も引き続き、ウェットな実験室整備を進めた。 大きいところでは、-20℃のフリーザーと4℃の冷蔵庫が納品されるなど。

さらに先月滑り込みで英文校閲した、広島に来て始めた研究の論文を月頭に査読のある論文誌に投稿。 同時にbioRxivにもアップロード。 詳細はこのエントリにゆずるが、結果としてこの1年で一番短い2月のうちにsubmit,revise,accept,publishまで終わってしまった。 その結果、この2月は論文が2本出版されたことに。

  1. Meta-Analysis of Oxidative Transcriptomes in Insects https://doi.org/10.1101/2021.02.01.427354
  2. Meta-Analysis of Oxidative Transcriptomes in Insects https://doi.org/10 …

Continue reading »


Python for Bioinformatics 2nd Eds in Japanese published

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 27 2月 2021.

Pythonによるバイオインフォマティクス 原著第2版 出版

前にぼうのブログのエントリでも言及した、Pythonによるバイオインフォマティクス原著第2版が出版された。 そのせいか、ご恵送いただいた。ありがとうございました。

第一印象はゴツい、という感じで、その証拠に総ページ数が400を超えている。 拙著DrBonoBonDrBonoDojoが約200ページなので、この2冊分ぐらいのページ数ということになろう。 値段もちょうどそのぐらい。

本には詳細な目次のみが掲載されているが、簡易版の全体が見通せる章だては以下の通り(前にも掲載したが)。

【I プログラミング】
第1章 はじめに
第2章 最初の一歩
第3章 プログラミングの基礎:データ型
第4章 プログラミング:フロー制御
第5章 ファイルの取扱い
第6章 コードのモジュール化
第7章 エラー処理
第8章 オブジェクト指向プログラミングの概要
第9章 Biopythonの紹介

【II 高度なトピック】
第10章 Webアプリケーション
第11章 XML …

Continue reading »


HISAT2 by CWL

Written by Hidemasa Bono in misc on 火 23 2月 2021.

CWL使ってHISAT2

約1年前にも似たようなことしていた(作成したCWL ツール・ワークフローを実際に動かしてみた)が、HISAT2をインストールしてない新しい環境で動かす必要が出てきて。

Common Workflow Language(CWL)に関しては、上述の過去のブログや次世代シークエンサーDRY解析教本 改訂第2版のLevel2の一番最後(p331-338)の付録「CWLがあれば、DRY解析はもう怖くない」などを参照。

まず、HISAT2用のindexを作成する必要がある。 もっともメジャーな生物だとすでにindexを直接ダウンロードできたりするが、いつもそうであるとは限らない。 FASTA形式のゲノム配列ファイルをゲットしてそれに対してindexを作成する。 幸い、pitagora-networkプロジェクトでHISAT2のCWLを作成し公開してくれているので、それをgit cloneしてありがたく利用させていただく。

% git clone https://github.com/pitagora-network/pitagora-cwl

そして、コマンドラインツールとしてHISAT2のINDEX作成。

% cwltool pitagora-cwl/tools/hisat2/index/hisat2_index.cwl \
--index_basename org1 --reference_fasta organism1 …

Continue reading »


Catalina's trap

Written by Hidemasa Bono in misc on 月 22 2月 2021.

Catalinaの罠(Java編)

リモートからラボのmacOS Catalina(c10.15.7)なマシンにsshして計算させているときに。 なぜか、いつもはすぐに実行されるプロセスが開始しない。 おかしいなあと思って、しょうがないからそのまま放置して、週明けにそのマシンのデスクトップを表示して気づいたこと。

アプリケーション"Java”から”書類”フォルダ内のファイルにアクセスしようとしています。

というポップアップウインドウが出てて。 これの認証のために全て実行されずに止まっていたんだと。 最初に実行するときにはリモートではなく、デスクトップでやった方が安全。

Continue reading »


January2021

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 30 1月 2021.

2021年1月を振り返って

緊急事態宣言発令により、出張が全てキャンセルになってしまった。 職場のエリアには出なかったものの、出張先が発令されていたり、そうでなくても先方から断られたりで。 オンラインでの講演をお願いされていた第31回日本疫学会学術総会の外部講演(疫学研究における生命科学データベース利活用)のみとなった。

そのおかげで、論文の投稿準備に時間をかけることができ、今月いっぱい納品締め切りの研究費でなんとか英文校閲を出すことができた。 とっとと投稿に持っていきたい。

その一方で、先月からの流れで、ウェットな実験室整備をさらに進めた。

このワトソンの件はギリギリ影響を受けずにチューブを納入してもらえたのだが、世界的なワクチン需要の影響でフリーザーがとても品薄で、-80℃の超低温フリーザーだけでなく-20℃の冷凍庫までが品薄になっていて、モロに影響を受けるなど。

この1月は共同研究での論文が2本出版された。

  1. Cigarette smoke extract activates hypoxia-inducible factors in a reactive oxygen species-dependent …

Continue reading »


31st Annual Scientific Meeting of Japan Epidemiological Association

Written by Hidemasa Bono in misc on 水 27 1月 2021.

第31回日本疫学会学術総会

第28回疫学セミナー「ゲノム・オミックス解析技術の疫学研究への展開」にて

疫学研究における生命科学データベース利活用

と題して講演。 25分で是非とも活用して欲しいDBやウェブツールを色々と紹介したが、やはり59枚のスライドを使ってのお話はかなりフォローしづらかったかなと。 もうちょっとfocusして話しすべきだったかもしれないが、専門外の分野での学会発表だけにそれもできず。

すなわち、講演ではざっと概要を紹介して、詳しくは「バリアントデータ検索&活用 変異・多型情報を使いこなす達人レシピ」(バリアントレシピ本)を見てください、という2019年の日本癌学会学術総会でとった方式で。 案の定、その晩にはその当該分野「遺伝学・遺伝子工学」でのベストセラーとなってた。

400人以上登録があると伝えられていたが、実際Zoomでの視聴者数表示だと320人ほど。 それでも多くの方がネット越しに聞いていただいたようで、上述のAmazonでの売れ行きにも現れているように効果は大きかったようだ。

DBを実際使って、便利に利用してもらうところが第一歩であり、そこから全てが始まる。 だからこそ、この種のアウェーでの講演は非常に重要である。 このような機会をいただいたことに感謝したい。 ありがとうございました。

Continue reading »


Python for Bioinformatics 2nd Eds in Japanese

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 23 1月 2021.

Pythonによるバイオインフォマティクス 原著第2版

Twitterでその出版予定を知る。 2021年2月末に出版されるらしい。

出版社のこの書籍のページの説明文に曰く、

これまでにもバイオインフォマティクスのためのプログラミング言語に関する書籍はいくつか出版されているが,バイオインフォマティクスにそれらの言語が有効であるとして,言語の解説に終始するというものが大半であった。その点本書は極力バイオ研究の話題を扱いながら,メモリ管理など,Python利用をつきつめると問題になる項目までをカバーしている。

この通りだとすると、個人的には大変楽しみである。 同じページにある目次を見るとその期待感が上昇。 その章だては以下の通り。

【I プログラミング …

Continue reading »


Anaconda package repository is paid for "large scale" commercial use

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 22 1月 2021.

Anaconda パッケージリポジトリが「大規模な」商用利用では有償に

Twitterで流れてきて知る。 確かに最近Anacondaでのインストールが一発ではうまくいかないことが多く、数回時間を置いてから実行することが増えてたなあという実感はあった。

これは困ったと思ってソースのQiita記事「Anaconda パッケージリポジトリが「大規模な」商用利用では有償になっていた」を見たところ、確かにそうらしい。 また、

Miniconda + conda forge の運用であれば公式リポジトリに関する商用利用規約変更の影響は受けない

ということらしい。

NGSデータ解析で配列解析ツールをインストールする際にこれまでBiocondaを使う方法を紹介してきたが、それに影響受けるかもと。 道場本で記したやり方だと、Minicondaをインストールしてからconda configコマンドを以下の順番に叩くやり方となっている。

% conda config --add channels defaults
% conda config --add channels conda-forge
% conda config --add channels bioconda

このうち、2行目のそれでconda-forgeを使うことになっているんだが、1行目のdefaultsを入れておくと問題らしい。 これに関しては~/.condarcに書かれているので、問題になる場合にはここからdefaults …

Continue reading »


1 liner of 210114

Written by Hidemasa Bono in misc on 木 14 1月 2021.

今日のワンライナー

今日重宝したワンライナー。

gene1
gene2
gene3
...

みたいなfile.txtというファイルに書き込まれた改行区切りのリストをコンマ区切りで横に並べたいとき。

% perl -pe 's/\n/, /g' file.txt

で処理すると画面に出るが、末端処理が必要。

% paste -sd, file.txt

だと末端処理もなしで良いとtwitterで教えてもらった。ありがたい

Continue reading »


1 liner of 210106

Written by Hidemasa Bono in misc on 水 06 1月 2021.

今日のワンライナー

今日重宝したワンライナー。

gene1 -2.0
gene2 -1.5
gene3 1
...

みたいなデータから-1以下の行だけ抽出。

% perl -anle 'print $_ if(@F[1] < -1)' DEG.txt

Gene set enrichment analysisするときに

Continue reading »


Plan 2021

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 01 1月 2021.

2021年の計

明けましておめでとうございます。 本年もよろしくお願いします。 年頭恒例にしている「一年の計は元旦にあり」。 今年も宣言したいと思います。

  1. 統合牧場」をこちらで復活させ、教育活動を本格化する
  2. 人を雇用できる研究費を獲得する
  3. ウェット実験系を立ち上げて結果を出す
  4. 健康に過ごす

Continue reading »


Review 2020 latter part

Written by Hidemasa Bono in misc on 木 31 12月 2020.

2020年を振り返って(後編)

2020年の振り返り、「前編」に引き続き。 こちらでは主に、今年の年頭に書いた「2020年の計」に沿って、今年2020年を振り返ってみたい。

1 公共DBのメタ解析結果にもとづいた新しい研究方向性を見出し、その筋道をつける

2 そこで必要となる新しい研究手段を開発する

2020年1月に出版した論文によるメタ解析結果から見つけた候補を他の手法でもそれが示せるようにということで、ドライ方面とウェット方面の両方からのアプローチを開始。 これまで実質無理だった自ラボでその両方の実験系を持つというもの。 この2020年4月に自分がPIになったことでそれが可能となった!

まずは、先立つものからということで、下の項目とも関係するが、研究費の獲得を頑張ったつもり。 ウェットラボの立ち上げに取り掛かったところで、新しい研究手段の開発はさらにその先にある、これからの課題ということで。

3 国際的な共同研究にも注力する

外的要因のせいにはしたくないが、転職1年目でまずは本業をこなすことで精一杯。 さらに追い討ちをかけるようにコロナ禍。 これは厳しかった。はっきり言って、ほとんど何もできなかった。 学会のオンライン化で、海外の学会に出る敷居は下がったものの、日本に居ながらにして時差のある生活は厳しそう。 この状況が続くとすると、時差がほとんどない地域との連携を深めるというところからか? さらに検討を続けたい。

4 研究代表者としてグラント獲得する

これを達成するために今年は頑張ったと思う。 4月以降転職してPIとなってからは、誰に気兼ねする必要もなくなり。 ただ年齢制限に引っかかることも多くあったが、いろんな助成金に応募しまくった。 その結果、ROIS-DS-JOINT2020と …

Continue reading »


Review 2020 1st part

Written by Hidemasa Bono in misc on 水 30 12月 2020.

2020年を振り返って(前編)

もう今年(2020年)も振り返りエントリ。 2020年は13年ぶりに転職したので、盛りだくさん。 年頭の「2020年の計」に対する振り返りは「後編」にて。

まずはいうまでもなく、大きく変わったのは本業。 具体的には、本業が公共データベースの大規模データ解析手法の開発とその普及活動からバイオインフォマティクス教育に変わった。 これまでのように出張で出回り1年の1/4ほど外泊ということもなく、主に託されたバイオインフォマティクス講義15回をやり通すことがミッションだった。 なので、今年2020年世界をおそったコロナ禍がなくても大きく出張回数は減っていたことだっただろう。

新たな本業としての講義は、5月に1回(「先端生命技術概論」で「生命科学データベースの活用法」)、10-11月に15回(「バイオインフォマティクス」)。 特に後者の準備にはかなり時間をかけたこともあり、自分としては上出来だったと思う。

それ以外にも大学院の教員として2020年10月からは学生を受け入れることになり、その指導も。 社会人大学院生でしかも遠隔ではあるが、SlackとGitHubを使いこなすことで今のところはうまくできていると思う。

そして、研究活動としては公共データベースからのメタ解析を引き続き継続して。 これに関しては、上述の大学院生がこのテーマで頑張ってくれることになり、低酸素トランスクリプトームのメタ解析はそちらでやってもらうことに。 自らは別テーマで空き時間に進めており、それを現在論文にまとめているところ。

今年は論文が大豊作で、結果として16本(査読付きが10本)で、昨年の2倍に。 このうち、3本がfirst&corresponding …

Continue reading »


December2020

Written by Hidemasa Bono in misc on 火 29 12月 2020.

2020年12月を振り返って

書類上の出勤日は昨日28までということで、少し早めの12月の振り返りエントリ。

先月からの流れで、(ウェットな)実験室整備を着々と進めた2020年12月であった。 特に注文していたMinIONが届いたり

そんな中、JSTの「共創の場形成支援プログラム」に広島大学が代表機関として採択、プロジェクト拠点名は「広島から世界最先端のバイオエコノミー社会を実現する Bio x Digital Transformation(バイオDX)産学共創拠点」。 現在いるゲノム編集イノベーションセンターがバイオDXな産学共創拠点となって動き出すことに。 今年(2020年)の4月に東広島に来た当初からその構想を練り準備してきただけに大変嬉しく。 実験室整備に産学共創の場としての機能も付加され、準備していくことに。

さらに、広島県のものづくり価値創出支援補助金(第2次公募)に三島食品さんが採択され、bonohulabがその共同研究先としてゲノム・トランスクリプトーム解析で協力してやっていくことに。

今月ついに転職してから9ヶ月目にして初めての出張で古巣のDBCLSの柏の葉方面への一泊二日。かなり久しぶり感があり。 それ以外でもオンラインで2つの講演があった。

  1. 公共データベースからの低酸素発現変動遺伝子のメタ解析, 坊農秀雅, データ駆動型研究の推進と課題, 2020年12月01日, 招待, 日本語, JST バイオサイエンスデータベースセンター(NBDC)
  2. 生命科学研究におけるプレプリントやSNS活用の現状と課題, 坊農秀雅, 第2回 …

Continue reading »


Machine Learning for Life Science

Written by Hidemasa Bono in misc on 日 27 12月 2020.

機械学習を生命科学に使う!

ヒトゲノム解読プロジェクトが始まった1990年代から、ニューラルネットワークや隠れマルコフモデル(HMM)などの機械学習を生命科学データに適用することは行われてきた。 当初は解読したゲノム配列の中のどこに遺伝子があるかを見つけるGene Findingや、RNAの二次構造予測などに。 そのうちいくつかは実用的なアプリケーションとして今も使われており、特に私などはHMMを実装したツールHMMERを使ってきた。 HMMERを使って興味のある機能を持つタンパク質の持つ配列の特徴を記述し、またそのHMMを塩基配列から予測したアミノ酸配列に対して検索することで新たな生物種でのその遺伝子配列を見出すなどしてきた。

その後四半世紀経って、対象するデータも広がり、データ量も増えてきている昨今。 このような「機械学習を生命科学に使う!」というようなタイトルの「実験医学増刊」が出版されることにこの分野の変化を感じる。 生命科学を研究する上で、必須の実験手法になっているのだ。

これも、じっくり読んで勉強したい。

Continue reading »


Python Interactive Data Visualization Book

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 26 12月 2020.

Python インタラクティブ・データビジュアライゼーション入門

この本の作成時に査読をされた、という辻さんのtweet

を見て、これは発売されたら中身をチェックせねばと、MacとiPhoneで共有している「メモ」に書名を書き残しておいた。

Pythonインタラクティブデータビジュアライゼーション入門

と。

別の用事のあとで生協に行くことができた時に本のチェックを運よく思い出したので、最新刊のコーナーにおいてあったこの本の中身をチェック。 普段TIBCO Spotfireを使ってよく行う可視化手法が、Pythonで実現する方法が書かれていたのと、Cytoscapeのことまで言及されていたので、これはもう買うしかないということで。

これも、じっくり読んで、自分で試して、勉強します。

Continue reading »


Nights in hotels 2020

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 25 12月 2020.

2020年出張外泊数

2014年から去年(2019年)までの6年間では単調増加だった「仕事で外泊」した日数は、2019年には91泊にも達した。

今年はコロナと転職して職種が変わったこともあり、激減!。 1月から3月までで14泊、4月以降は9ヶ月でわずかに(12月に)1泊。 ということで、2020年は15泊ということで確定。

今後はもうこれを数える意味もないかな…。

Continue reading »


Genome editing book for child

Written by Hidemasa Bono in misc on 木 24 12月 2020.

ゲノム編集まるわかりBOOK

現在の所属のゲノム編集イノベーションセンターのセンター長より、アウトリーチのリソースとして紹介された子供の科学2021年1月号の別冊付録「ゲノム編集まるわかりBOOK」。

Amazonにあったのですぐにポチっておいた。 因果なものでクリスマスイブの12月24日に、それが届いた(笑)。

昨日聞いたとある講演で演者の方が言っていたように、バラエティーとかそういうコンテクストでなく、この本も科学的に正しいことをきっちりと紹介してある。 アウトリーチ活動での正しい姿勢を学びとった感。 あとは自分も実践をするのみであるが…。

Continue reading »


Plant picture book in the city

Written by Hidemasa Bono in misc on 水 23 12月 2020.

街のスキマ植物図鑑

実は、大学院で理学研究科生物科学専攻を出てて、しかも今も生物科学科の教員もしているにもかかわらず、その辺りの草木の種名が全然わからない。 知りたいとは思っているものの、なかなかパッと見てその種名を答えられる域には達してない。

そういう状況下で、Twitterで見かけてすぐ予約したこの本。

読んで勉強します。

Continue reading »


SPARC Japan seminar 2020 2nd done

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 18 12月 2020.

第2回SPARC Japan セミナー2020「プレプリントは学術情報流通の多様性をどこまで実現できるのか?」で講演

オールオンラインで企画されたSPARC Japanセミナー、第2回 SPARC Japan セミナー2020「プレプリントは学術情報流通の多様性をどこまで実現できるのか?」で講演。

今回は、2年前の私のSPARC Japanでの講演との差分という形で、25分の口頭発表とパネラーとして、プレプリントとResearchGateの利用の実際を話してきた。

前半では前回プレプリントとしてbioRxivにアップロードした論文がその後査読論文となったことや、F1000ResearchのManaging Director の Rebecca Lawrence さんのお話を聞いて感銘を受けた後に、

プレプリントの次は、F1000Researchを試すべきなんだろうな、と。

と思っていたF1000Researchに偶然共著論文を出すことになったことを話した。 後半にはResearchGateの実例として私が体験してきたことを簡単に紹介。

オンライン開催ではオンデマンド授業と同じく、話してても聴衆の反応がわからず、辛かった。 それでなんか盛り上がりに欠けているように思われてしまったかもしれない。

プレゼン資料は上にもリンクしたこの会のウェブサイトですでに公開されており、後日講演動画も公開される予定。 皆さんのなんらかの参考になっていただければ幸いである。

Continue reading »



COI-NEXT started

Written by Hidemasa Bono in misc on 火 15 12月 2020.

共創の場形成支援プログラム「育成型」採択

2020年4月に東広島に来た当初からその構想を練り、準備して来た「共創の場形成支援プログラム」に広島大学が代表機関として採択。

採択されたプロジェクトの拠点名称は、「広島から世界最先端のバイオエコノミー社会を実現する Bio x Digital Transformation(バイオDX)産学共創拠点」。 まさに現在ゲノム編集イノベーションセンターでやろうとしている方向性そのもの。

「育成型」という「本格型」へのステップアップを目指す枠で、まずはしっかり準備をするということで、そういう意味でもぴったり。 がんばって「準備」していきます。

Continue reading »


The First Business Trip 2020

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 11 12月 2020.

2020年度初出張

転職後初の出張で、古巣へ。 つまり、2020年度初の出張ということなのだが、去年度まで100日近い出張宿泊日数であった自分。 それからすると、激変した今年であったわけで。 COVID-19が主な原因ではあるが、転職というのも大きなファクターであったことは間違いない。

今回の出張は、共同研究の打ち合わせと講義の一部を受け持つ形でお話しするなど。 それ以外にも行き帰りの途中で、ブツの受け渡しなどのミッションを無事完了。

行きの飛行機ではビジネスクラスはほぼ満席なのに、エコノミーはガラガラというのが印象的であった。 が、通過した都内は昼間の空いている時間を狙ったものの、いつも通りの混雑度合いだった印象。 あとは望まぬお土産をいただいてきてないか、それを祈るのみ…。

Continue reading »


43th annual meeting of the molecular biological society of Japan skipped

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 05 12月 2020.

年会の新しいスタイルを模索しよう

第43回日本分子生物学会年会(ブンセー)は、多分に漏れず、オンライン開催だった。 去年の年会最終日のブログエントリに書いた通り

今回は自分でワークショップやフォーラムを企てることなく、またブース対応もバックアップに徹したが、特に問題なく回っていたようで、嬉しい限り。 そういうわけで、来年からはまた新しいこと始めませうかね。

ということで、新しいことを始めており、今年は特に発表することもなく。 また、去年のbioRxivの話をしてくれというようなこともなかったので、もともとブンセーに参加する予定はなかった。

それでも、前職の仲間たちは今年もオンラインで毎年のように「ブース対応」していた。 もちろん、ブースはリアルにはないのだが。 誰も来ないということがTwitterを介して窺い知れた。 ひどい場合には、会期中1人も来なかったような「ブース」もあったらしい。 オンラインでうまくいっている企画もあると思うが、このままだと展示料を払って出してくれるところはなくなるかもしれない。

来年からは元に戻ります、ということで今年だけのその場しのぎなのかもしれないが。 今後、オンライン開催で継続するなら、なんらかの対策を練らないとまずい。 ブンセーのように参加者が多い会は、今後も完全にこれまでのスタイルに戻すことが困難だろうし。

年会の新しいスタイルを模索する

2012年のブンセーの副題にあった、これを是非。

Continue reading »


November2020

Written by Hidemasa Bono in misc on 月 30 11月 2020.

2020年11月を振り返って

9月から本格的に取り掛かってきた卓越大学院のバイオインフォマティクス講義シリーズのオンデマンド講義の収録が終わり、それらの公開もまた終了した。 なんとか、体力と気力の限界が来る前になんとか乗り切れた。 出来立てホヤホヤの動画を一つづつすぐにチェックしてくれたラボメンバーに感謝。

10月に引き続き、11月も共同研究の論文が公開された。

  1. デバBAT論文(査読あり)https://doi.org/10.1038/s41598-020-74929-6
  2. FANTOM-DB20周年の論文(査読あり) https://doi.org/10.1093/nar/gkaa1054)

今月は2本で、2020年に出版された査読論文10本、プレプリント含めると16本(EuropePMCでは一本ダブルカウントされているため、17本と出る模様)となり、2003年以来の年間2桁到達(査読論文)となった! 数多くの共同研究の成果が出るとのがたまたま今年に重なっただけとは思うが。

しかしなんといっても一番大きなイベントは、埼玉医大時代以来13年半ぶりのウェット再開へと動き出したことだろう。 まずは、0からの実験室整備が必要だが。 多くの共同研究者の御助力の下、きちんと進めていく所存。 bonohulabは、ウェット&ドライのラボに!

Continue reading »


Love your neighbor

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 27 11月 2020.

汝の隣人を愛せよ

これまで足を踏み入れたことがなかった学内の研究所にお邪魔して実験機器を見せてもらい、色々教えてもらう。 前職ではなかなかそういったことができなかった反省から、今回は受身でなくそれを自ら進んでやってみた感じ。 事実上ぼっちラボである以上、全部自分がやらないと研究は進まないということも再認識。 かなり久しぶりだが、知識だけはなんとか。 うまくいくかどうかはやってみないとわからないが。

Continue reading »


Lay the groundwork

Written by Hidemasa Bono in misc on 木 26 11月 2020.

根回し重要

本日、2つの講演依頼が来た。 1つはかねてより他の機会にその話を聞いていたもの、他方は今日初めて「寝耳に水」的にしかも学会事務局から事務的に来たものであった。 結果は言うまでもない、前者は受けて、後者はお断りした。 趣旨も説明がなくわからない、しかも学会事務局から急にとかだと、こちらもお受けしづらい状況になっており。 何事も根回し重要ということを実体験で知った1日であった。

Continue reading »


A walk in the campus

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 21 11月 2020.

キャンパス内徘徊

毎週末やっていたバイオインフォマティクス講義の収録も先週で完了したので、物理的にも精神的にも余裕が。 そういうわけで、コンビニまで公共料金を支払いに行くのを主目的に、散歩。 いつもと違う方向にちょっと遠出してみた。

結果として大学キャンパス内を徘徊することに。 ちょうどお昼時だったので、土曜日も空いていた学食でランチ。 一度来たことがあったものの、そのころはまだ人が戻ってきておらず、学生の入りもまばらであったが、土曜日にもかかわらず学生がたくさんいて活気がある感じ。 もっとも食べるところは半個室の味集中仕様となっていたが。

久しぶりに長めに歩いていい運動になった。

Continue reading »


SPARC Japan seminar 2020 2nd

Written by Hidemasa Bono in misc on 水 18 11月 2020.

第2回SPARC Japan セミナー2020「プレプリントは学術情報流通の多様性をどこまで実現できるのか?」

今年はオープンアクセスウィーク中には実施できなかったものの、毎年そのタイミングで国立情報学研究所 国際学術情報流通基盤整備事業SPARC Japanセミナーが開催されている。 このたび、第2回 SPARC Japan セミナー2020「プレプリントは学術情報流通の多様性をどこまで実現できるのか?」の講演要請が来て、2018年の2回目以来2年ぶりに話すことになった。

しかし、去年2019年は日本分子生物学会年会で「BioRxivとは何か」という講演をさせていただいたせいか、毎年話している感が拭えない

今回は、前回bioRxivに出したとご報告した論文のその後についてなど後日談的な部分と、プレプリントに対する無知や知っていても評価軸は動かず頑なに変わらない現状の話をしたいと思っている。 また、前回印象的だったF1000ResearchのManaging Director の Rebecca Lawrence さんのお話を聞いて受けた

プレプリントの次は、F1000Researchを試すべきなんだろうな、と。次の標的が定まった感。

のあと、プロジェクトの論文がたまたまF1000Researchに出すことになったことなどもいい経験談になるかと。

研究者用SNSであるResearchGateの利用に関しても話が聞きたいということだったので …

Continue reading »


Cancer_DAT call for subject

Written by Hidemasa Bono in misc on 月 16 11月 2020.

がんゲノムデータ解析再現担当募集

このたびMEDSiからがんに特化したゲノム・オミックス解析の本を出すことになりました。 つきましては、再現担当者を広く募集いたします。 我こそは、という方は12月31日までに所属とアピール文章400文字をcancer_dat@medicalgenome.infoまでお送りください。

応募条件

  • 意欲があること
  • 最低限のPCスキルがあること
  • 一方でバイオインフォマティシャンではないこと
  • DRY解析を自身で進め、原稿に向かう十分な時間が取れること

応募に際して必要な情報

  • 実名、ただし書籍での表示はアカウント名等可
  • 所属・職位
  • メールアドレス
  • 応募に際してのアピール(400字程度)

以下、参考のtweets。

Continue reading »


Bioinformatics Lecture 2020 completed

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 14 11月 2020.

バイオインフォマティクス講義収録終了

9月の中頃から始めた卓越大学院のバイオインフォマティクス講義シリーズ全15回の収録を終た。 収録にほぼ2ヶ月かかったことに。

これでようやく土日や祝日に収録に出てくる必要はなくなる。 と言っても自由になるわけでなく次のミッションが待っているわけであるが。

授業の動画としてアップロードする前に全て見てチェックしてくれた大学院生の小野さんには感謝しかない。 ありがとうございました。

Continue reading »