Category: misc

Review 2020 1st part

Written by Hidemasa Bono in misc on 水 30 12月 2020.

2020年を振り返って(前編)

もう今年(2020年)も振り返りエントリ。 2020年は13年ぶりに転職したので、盛りだくさん。 年頭の「2020年の計」に対する振り返りは「後編」にて。

まずはいうまでもなく、大きく変わったのは本業。 具体的には、本業が公共データベースの大規模データ解析手法の開発とその普及活動からバイオインフォマティクス教育に変わった。 これまでのように出張で出回り1年の1/4ほど外泊ということもなく、主に託されたバイオインフォマティクス講義15回をやり通すことがミッションだった。 なので、今年2020年世界をおそったコロナ禍がなくても大きく出張回数は減っていたことだっただろう。

新たな本業としての講義は、5月に1回(「先端生命技術概論」で「生命科学データベースの活用法」)、10-11月に15回(「バイオインフォマティクス」)。 特に後者の準備にはかなり時間をかけたこともあり、自分としては上出来だったと思う。

それ以外にも大学院の教員として2020年10月からは学生を受け入れることになり、その指導も。 社会人大学院生でしかも遠隔ではあるが、SlackとGitHubを使いこなすことで今のところはうまくできていると思う。

そして、研究活動としては公共データベースからのメタ解析を引き続き継続して。 これに関しては、上述の大学院生がこのテーマで頑張ってくれることになり、低酸素トランスクリプトームのメタ解析はそちらでやってもらうことに。 自らは別テーマで空き時間に進めており、それを現在論文にまとめているところ。

今年は論文が大豊作で、結果として16本(査読付きが10本)で、昨年の2倍に。 このうち、3本がfirst&corresponding …

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December2020

Written by Hidemasa Bono in misc on 火 29 12月 2020.

2020年12月を振り返って

書類上の出勤日は昨日28までということで、少し早めの12月の振り返りエントリ。

先月からの流れで、(ウェットな)実験室整備を着々と進めた2020年12月であった。 特に注文していたMinIONが届いたり

そんな中、JSTの「共創の場形成支援プログラム」に広島大学が代表機関として採択、プロジェクト拠点名は「広島から世界最先端のバイオエコノミー社会を実現する Bio x Digital Transformation(バイオDX)産学共創拠点」。 現在いるゲノム編集イノベーションセンターがバイオDXな産学共創拠点となって動き出すことに。 今年(2020年)の4月に東広島に来た当初からその構想を練り準備してきただけに大変嬉しく。 実験室整備に産学共創の場としての機能も付加され、準備していくことに。

さらに、広島県のものづくり価値創出支援補助金(第2次公募)に三島食品さんが採択され、bonohulabがその共同研究先としてゲノム・トランスクリプトーム解析で協力してやっていくことに。

今月ついに転職してから9ヶ月目にして初めての出張で古巣のDBCLSの柏の葉方面への一泊二日。かなり久しぶり感があり。 それ以外でもオンラインで2つの講演があった。

  1. 公共データベースからの低酸素発現変動遺伝子のメタ解析, 坊農秀雅, データ駆動型研究の推進と課題, 2020年12月01日, 招待, 日本語, JST バイオサイエンスデータベースセンター(NBDC)
  2. 生命科学研究におけるプレプリントやSNS活用の現状と課題, 坊農秀雅, 第2回 …

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Machine Learning for Life Science

Written by Hidemasa Bono in misc on 日 27 12月 2020.

機械学習を生命科学に使う!

ヒトゲノム解読プロジェクトが始まった1990年代から、ニューラルネットワークや隠れマルコフモデル(HMM)などの機械学習を生命科学データに適用することは行われてきた。 当初は解読したゲノム配列の中のどこに遺伝子があるかを見つけるGene Findingや、RNAの二次構造予測などに。 そのうちいくつかは実用的なアプリケーションとして今も使われており、特に私などはHMMを実装したツールHMMERを使ってきた。 HMMERを使って興味のある機能を持つタンパク質の持つ配列の特徴を記述し、またそのHMMを塩基配列から予測したアミノ酸配列に対して検索することで新たな生物種でのその遺伝子配列を見出すなどしてきた。

その後四半世紀経って、対象するデータも広がり、データ量も増えてきている昨今。 このような「機械学習を生命科学に使う!」というようなタイトルの「実験医学増刊」が出版されることにこの分野の変化を感じる。 生命科学を研究する上で、必須の実験手法になっているのだ。

これも、じっくり読んで勉強したい。

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Python Interactive Data Visualization Book

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 26 12月 2020.

Python インタラクティブ・データビジュアライゼーション入門

この本の作成時に査読をされた、という辻さんのtweet

を見て、これは発売されたら中身をチェックせねばと、MacとiPhoneで共有している「メモ」に書名を書き残しておいた。

Pythonインタラクティブデータビジュアライゼーション入門

と。

別の用事のあとで生協に行くことができた時に本のチェックを運よく思い出したので、最新刊のコーナーにおいてあったこの本の中身をチェック。 普段TIBCO Spotfireを使ってよく行う可視化手法が、Pythonで実現する方法が書かれていたのと、Cytoscapeのことまで言及されていたので、これはもう買うしかないということで。

これも、じっくり読んで、自分で試して、勉強します。

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Nights in hotels 2020

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 25 12月 2020.

2020年出張外泊数

2014年から去年(2019年)までの6年間では単調増加だった「仕事で外泊」した日数は、2019年には91泊にも達した。

今年はコロナと転職して職種が変わったこともあり、激減!。 1月から3月までで14泊、4月以降は9ヶ月でわずかに(12月に)1泊。 ということで、2020年は15泊ということで確定。

今後はもうこれを数える意味もないかな…。

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Genome editing book for child

Written by Hidemasa Bono in misc on 木 24 12月 2020.

ゲノム編集まるわかりBOOK

現在の所属のゲノム編集イノベーションセンターのセンター長より、アウトリーチのリソースとして紹介された子供の科学2021年1月号の別冊付録「ゲノム編集まるわかりBOOK」。

Amazonにあったのですぐにポチっておいた。 因果なものでクリスマスイブの12月24日に、それが届いた(笑)。

昨日聞いたとある講演で演者の方が言っていたように、バラエティーとかそういうコンテクストでなく、この本も科学的に正しいことをきっちりと紹介してある。 アウトリーチ活動での正しい姿勢を学びとった感。 あとは自分も実践をするのみであるが…。

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Plant picture book in the city

Written by Hidemasa Bono in misc on 水 23 12月 2020.

街のスキマ植物図鑑

実は、大学院で理学研究科生物科学専攻を出てて、しかも今も生物科学科の教員もしているにもかかわらず、その辺りの草木の種名が全然わからない。 知りたいとは思っているものの、なかなかパッと見てその種名を答えられる域には達してない。

そういう状況下で、Twitterで見かけてすぐ予約したこの本。

読んで勉強します。

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SPARC Japan seminar 2020 2nd done

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 18 12月 2020.

第2回SPARC Japan セミナー2020「プレプリントは学術情報流通の多様性をどこまで実現できるのか?」で講演

オールオンラインで企画されたSPARC Japanセミナー、第2回 SPARC Japan セミナー2020「プレプリントは学術情報流通の多様性をどこまで実現できるのか?」で講演。

今回は、2年前の私のSPARC Japanでの講演との差分という形で、25分の口頭発表とパネラーとして、プレプリントとResearchGateの利用の実際を話してきた。

前半では前回プレプリントとしてbioRxivにアップロードした論文がその後査読論文となったことや、F1000ResearchのManaging Director の Rebecca Lawrence さんのお話を聞いて感銘を受けた後に、

プレプリントの次は、F1000Researchを試すべきなんだろうな、と。

と思っていたF1000Researchに偶然共著論文を出すことになったことを話した。 後半にはResearchGateの実例として私が体験してきたことを簡単に紹介。

オンライン開催ではオンデマンド授業と同じく、話してても聴衆の反応がわからず、辛かった。 それでなんか盛り上がりに欠けているように思われてしまったかもしれない。

プレゼン資料は上にもリンクしたこの会のウェブサイトですでに公開されており、後日講演動画も公開される予定。 皆さんのなんらかの参考になっていただければ幸いである。

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COI-NEXT started

Written by Hidemasa Bono in misc on 火 15 12月 2020.

共創の場形成支援プログラム「育成型」採択

2020年4月に東広島に来た当初からその構想を練り、準備して来た「共創の場形成支援プログラム」に広島大学が代表機関として採択。

採択されたプロジェクトの拠点名称は、「広島から世界最先端のバイオエコノミー社会を実現する Bio x Digital Transformation(バイオDX)産学共創拠点」。 まさに現在ゲノム編集イノベーションセンターでやろうとしている方向性そのもの。

「育成型」という「本格型」へのステップアップを目指す枠で、まずはしっかり準備をするということで、そういう意味でもぴったり。 がんばって「準備」していきます。

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The First Business Trip 2020

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 11 12月 2020.

2020年度初出張

転職後初の出張で、古巣へ。 つまり、2020年度初の出張ということなのだが、去年度まで100日近い出張宿泊日数であった自分。 それからすると、激変した今年であったわけで。 COVID-19が主な原因ではあるが、転職というのも大きなファクターであったことは間違いない。

今回の出張は、共同研究の打ち合わせと講義の一部を受け持つ形でお話しするなど。 それ以外にも行き帰りの途中で、ブツの受け渡しなどのミッションを無事完了。

行きの飛行機ではビジネスクラスはほぼ満席なのに、エコノミーはガラガラというのが印象的であった。 が、通過した都内は昼間の空いている時間を狙ったものの、いつも通りの混雑度合いだった印象。 あとは望まぬお土産をいただいてきてないか、それを祈るのみ…。

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43th annual meeting of the molecular biological society of Japan skipped

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 05 12月 2020.

年会の新しいスタイルを模索しよう

第43回日本分子生物学会年会(ブンセー)は、多分に漏れず、オンライン開催だった。 去年の年会最終日のブログエントリに書いた通り

今回は自分でワークショップやフォーラムを企てることなく、またブース対応もバックアップに徹したが、特に問題なく回っていたようで、嬉しい限り。 そういうわけで、来年からはまた新しいこと始めませうかね。

ということで、新しいことを始めており、今年は特に発表することもなく。 また、去年のbioRxivの話をしてくれというようなこともなかったので、もともとブンセーに参加する予定はなかった。

それでも、前職の仲間たちは今年もオンラインで毎年のように「ブース対応」していた。 もちろん、ブースはリアルにはないのだが。 誰も来ないということがTwitterを介して窺い知れた。 ひどい場合には、会期中1人も来なかったような「ブース」もあったらしい。 オンラインでうまくいっている企画もあると思うが、このままだと展示料を払って出してくれるところはなくなるかもしれない。

来年からは元に戻ります、ということで今年だけのその場しのぎなのかもしれないが。 今後、オンライン開催で継続するなら、なんらかの対策を練らないとまずい。 ブンセーのように参加者が多い会は、今後も完全にこれまでのスタイルに戻すことが困難だろうし。

年会の新しいスタイルを模索する

2012年のブンセーの副題にあった、これを是非。

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November2020

Written by Hidemasa Bono in misc on 月 30 11月 2020.

2020年11月を振り返って

9月から本格的に取り掛かってきた卓越大学院のバイオインフォマティクス講義シリーズのオンデマンド講義の収録が終わり、それらの公開もまた終了した。 なんとか、体力と気力の限界が来る前になんとか乗り切れた。 出来立てホヤホヤの動画を一つづつすぐにチェックしてくれたラボメンバーに感謝。

10月に引き続き、11月も共同研究の論文が公開された。

  1. デバBAT論文(査読あり)https://doi.org/10.1038/s41598-020-74929-6
  2. FANTOM-DB20周年の論文(査読あり) https://doi.org/10.1093/nar/gkaa1054)

今月は2本で、2020年に出版された査読論文10本、プレプリント含めると16本(EuropePMCでは一本ダブルカウントされているため、17本と出る模様)となり、2003年以来の年間2桁到達(査読論文)となった! 数多くの共同研究の成果が出るとのがたまたま今年に重なっただけとは思うが。

しかしなんといっても一番大きなイベントは、埼玉医大時代以来13年半ぶりのウェット再開へと動き出したことだろう。 まずは、0からの実験室整備が必要だが。 多くの共同研究者の御助力の下、きちんと進めていく所存。 bonohulabは、ウェット&ドライのラボに!

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Love your neighbor

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 27 11月 2020.

汝の隣人を愛せよ

これまで足を踏み入れたことがなかった学内の研究所にお邪魔して実験機器を見せてもらい、色々教えてもらう。 前職ではなかなかそういったことができなかった反省から、今回は受身でなくそれを自ら進んでやってみた感じ。 事実上ぼっちラボである以上、全部自分がやらないと研究は進まないということも再認識。 かなり久しぶりだが、知識だけはなんとか。 うまくいくかどうかはやってみないとわからないが。

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Lay the groundwork

Written by Hidemasa Bono in misc on 木 26 11月 2020.

根回し重要

本日、2つの講演依頼が来た。 1つはかねてより他の機会にその話を聞いていたもの、他方は今日初めて「寝耳に水」的にしかも学会事務局から事務的に来たものであった。 結果は言うまでもない、前者は受けて、後者はお断りした。 趣旨も説明がなくわからない、しかも学会事務局から急にとかだと、こちらもお受けしづらい状況になっており。 何事も根回し重要ということを実体験で知った1日であった。

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A walk in the campus

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 21 11月 2020.

キャンパス内徘徊

毎週末やっていたバイオインフォマティクス講義の収録も先週で完了したので、物理的にも精神的にも余裕が。 そういうわけで、コンビニまで公共料金を支払いに行くのを主目的に、散歩。 いつもと違う方向にちょっと遠出してみた。

結果として大学キャンパス内を徘徊することに。 ちょうどお昼時だったので、土曜日も空いていた学食でランチ。 一度来たことがあったものの、そのころはまだ人が戻ってきておらず、学生の入りもまばらであったが、土曜日にもかかわらず学生がたくさんいて活気がある感じ。 もっとも食べるところは半個室の味集中仕様となっていたが。

久しぶりに長めに歩いていい運動になった。

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SPARC Japan seminar 2020 2nd

Written by Hidemasa Bono in misc on 水 18 11月 2020.

第2回SPARC Japan セミナー2020「プレプリントは学術情報流通の多様性をどこまで実現できるのか?」

今年はオープンアクセスウィーク中には実施できなかったものの、毎年そのタイミングで国立情報学研究所 国際学術情報流通基盤整備事業SPARC Japanセミナーが開催されている。 このたび、第2回 SPARC Japan セミナー2020「プレプリントは学術情報流通の多様性をどこまで実現できるのか?」の講演要請が来て、2018年の2回目以来2年ぶりに話すことになった。

しかし、去年2019年は日本分子生物学会年会で「BioRxivとは何か」という講演をさせていただいたせいか、毎年話している感が拭えない

今回は、前回bioRxivに出したとご報告した論文のその後についてなど後日談的な部分と、プレプリントに対する無知や知っていても評価軸は動かず頑なに変わらない現状の話をしたいと思っている。 また、前回印象的だったF1000ResearchのManaging Director の Rebecca Lawrence さんのお話を聞いて受けた

プレプリントの次は、F1000Researchを試すべきなんだろうな、と。次の標的が定まった感。

のあと、プロジェクトの論文がたまたまF1000Researchに出すことになったことなどもいい経験談になるかと。

研究者用SNSであるResearchGateの利用に関しても話が聞きたいということだったので …

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Cancer_DAT call for subject

Written by Hidemasa Bono in misc on 月 16 11月 2020.

がんゲノムデータ解析再現担当募集

このたびMEDSiからがんに特化したゲノム・オミックス解析の本を出すことになりました。 つきましては、再現担当者を広く募集いたします。 我こそは、という方は12月31日までに所属とアピール文章400文字をcancer_dat@medicalgenome.infoまでお送りください。

応募条件

  • 意欲があること
  • 最低限のPCスキルがあること
  • 一方でバイオインフォマティシャンではないこと
  • DRY解析を自身で進め、原稿に向かう十分な時間が取れること

応募に際して必要な情報

  • 実名、ただし書籍での表示はアカウント名等可
  • 所属・職位
  • メールアドレス
  • 応募に際してのアピール(400字程度)

以下、参考のtweets。

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Bioinformatics Lecture 2020 completed

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 14 11月 2020.

バイオインフォマティクス講義収録終了

9月の中頃から始めた卓越大学院のバイオインフォマティクス講義シリーズ全15回の収録を終た。 収録にほぼ2ヶ月かかったことに。

これでようやく土日や祝日に収録に出てくる必要はなくなる。 と言っても自由になるわけでなく次のミッションが待っているわけであるが。

授業の動画としてアップロードする前に全て見てチェックしてくれた大学院生の小野さんには感謝しかない。 ありがとうございました。

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Home Coming Day 2020

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 07 11月 2020.

第14回広島大学ホームカミングデー

広島大学ホームカミングデーのウェブサイトによると

広島大学ホームカミングデーは、広島大学と広島大学校友会が卒業生や元教職員などを招待して歓待するイベントとして、毎年11月の第1土曜日に開催しております。在学生、教職員はもとより、市民の方々にもご参加いただき、大いに交流・情報交換をしていただく事業として展開いたします!

ということで、理学部生物科学科ではご出身の先生による講演会があったので、参加。 これに出るため、これまで週末の土日に続けてきたバイオインフォマティクス講義の収録を今日は取りやめ。 その分、今週あった祝日(11/3)に収録しておいたし。 内容はその先生のこれまでの研究人生に関してで、普段聞けないような話をうかがうことができた。 自分も頑張ろう、と思わせていただける内容で、やはり参加してとてもよかった。

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October2020

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 31 10月 2020.

2020年10月を振り返って

これのためにここにいると言っても過言でない。卓越大学院のバイオインフォマティクス講義シリーズがついに始まった。 しかしながら、オンデマンド講義のため、Zoomを使った独自の収録方法で収録を続けているものの、反応がわからない。 本当、手探りである。 その収録も途中で途切れてはいけないので平日には作れない上に週2回のペースで作っていかないといけないため、土日に出て作る週末が続いている。 10月末時点で11回分を作成したので、残りはあと4回で先が見えてきた。 体力と気力の限界が来る前になんとか乗り切れそう。

その状況下で並行して科研費も書いて、共同研究者の方がの多大なる助力をいただいてなんとか締め切り前に提出できた。

7月以来となったが、共同研究の論文が一つ公表され、2020年に出版された査読論文8本、プレプリント含めると14本となった。

  1. TUATinsecta論文 (査読あり)https://doi.org/10.1038/s41598-020-74590-z

それ以外にも転職後初めて獲得した予算での依頼出張を共同研究者にお願いして来てもらったり、ついに自らの外泊を伴う出張の手配をしたり。

大学のホスティングサービスの移行に伴い、bonohulabのウェブサイトも引越しを行い、https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/のURLでアクセスできるように。

しかしなんといっても一番大きなイベントは、博士課程後期の学生がラボに入ったことだろう。 社会人大学院生のため普段からラボにいるわけではないものの、これまでの自分1人のラボという状態とは違う。 今後も人がさらに入る可能性を想定して、机や椅子、パーティションなどを買って準備したのも今月の大きな変化であった。 その結果、ラボに入って右側は激変し …

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Bioinformatics Lecture 2020 halfway

Written by Hidemasa Bono in misc on 日 11 10月 2020.

バイオインフォマティクス講義収録折り返し

9月の中頃から始めた卓越大学院のバイオインフォマティクス講義シリーズ全15回の8回目の収録を終え、ようやく半分の収録を終えたことに。 見ての通り、訪問者のない土日や祝日を利用して収録している。

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Relearn Metabolism

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 09 10月 2020.

忙しい人のための代謝学

とあるきっかけで、忙しい人のための代謝学〜ミトコンドリアがわかれば代謝がわかる 田中文彦 羊土社をご恵送いただく。 網羅的な教科書というよりは「学び直し」のとっかかりを作ってくれる本で、ここで再び目にしたことを元に分厚い教科書の該当項目を見返す、そういう使い方が想定されているのではないだろうか。

忙しい人のための代謝学

これまで長年にわたって研究活動で代謝経路というか、代謝マップとにらめっこしてきた私にとってはもちろん断片的に知識として蓄えてきたことが多く書かれている。 しかしながら、この著者の先生の捉え方や医学的な経験を元に、非常に明快に各項目が解説されている。 医学的な視点というのはやはり自分には欠けており、これまでとは違う角度から代謝学を学び直すことができた。

これからも、いやこれからはもっと眺めることになるはずなので、この知識はきっと活かされることになるだろう。 素晴らしい本のご紹介、ありがとうございました!

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2020 Nobel Prize in Chemistry

Written by Hidemasa Bono in misc on 水 07 10月 2020.

ゲノム編集で2020ノーベル化学賞!

昨年2019年10月7日に低酸素研究で共同研究者たちの師匠であるGregg L. Semenza先生が2019ノーベル生理学・医学賞を受賞された。 奇しくもその2週間前に日本癌学会学術総会と関西医科大学でダブルヘッダーで講演を拝聴しており、自分がここ10年以上関わってきた分野での受賞をとても嬉しく思っていた。

そしてその一年後の同日、2020年10月7日。 今度はゲノム編集のための手法の開発でEmmanuelle CharpentierさんとJennifer A. Doudnaさんのお二人が2020ノーベル化学賞を受賞された。 この4月からゲノム編集の卓越大学院(ゲノム編集先端人材育成プログラム)のバイオインフォマティクス教育を本務として、ゲノム編集イノベーションセンターで仕事をさせていただいたおり、またもや近しい分野での受賞となってとても嬉しく。

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Symposium105 2020

Written by Hidemasa Bono in misc on 月 05 10月 2020.

オンラインのトーゴーの日シンポジウム2020

10月5日は、トーゴーの日。 今年でついに10回目だが、やはり今年はトーゴーの日シンポジウムもオンラインに。 今年からはついに、なかのひとではなくなったがポスター発表を。

もはや「ポスター」という名称は不適切かな、とzoomの画面共有を使って受け答えしていて思った。 スクリーンショット取るな、とかそういう要請もどうなんだろう、と。 そもそもCC-BYで「ポスター」コンテンツ出しているんだし。 チャット機能の無効化もなんか寂しい感じがした。 そこが荒れるのが嫌なのであれば、せめてハッシュタグ決めといてTwitterなどで場外議論とかを誘導してもよいんじゃないかと。

いろいろとモヤモヤが残ったオンラインなトーゴーの日だった。

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pre sakamatsuri

Written by Hidemasa Bono in misc on 日 04 10月 2020.

酒まつり2020前哨戦

10月1日にお客さんを連れて賀茂鶴さんに行くと、日本酒の日、ということで。

本来なら酒まつりで出すはずだったお酒が売っていたので、もう買うしか選択肢がなく。 今年は10/10,11にオンラインで酒祭りをやるということで。 盛り上げて参りましょう。

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79th JCA

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 03 10月 2020.

第79回日本癌学会学術総会

今年2020年の癌学会学術総会は、広島での開催だった。 ちょうど自分が広島に異動して、いいタイミングで多くの人と再会し、またその前後に多くの人が新しいラボにきてくれるものだと思っていたのだが。。

COVID-19のため、多くはオンライン開催となり、シンポジウムなどの一部のみがオンサイト(オフライン)開催となった。 幸い自分の発表(演題名:Development of genome editing data analysis environment for cancer research)はシンポジウム(ゲノム編集によるがん研究と治療への展望)に選んでもらったため、オンサイトとなり、これまでの学会と同じように会場に行って話すこととなった。 ただ、聴衆の数は例年に比べてワンオーダー少なく、20人ほどだった。 自分の発表時には、オンラインでは40アカウントほどアクセスがあったらしいと聴いてくれた人から教えてもらった。 中身としてはこれからやっていく内容に関してちゃんと発表できたので、それはそれで良かったのだが。

企業展示もオンサイトではなく、唯一あったのが書籍販売だけ。 それも例年よりも小規模で、せっかくこの時を目指して「バリアントデータ検索&活用 変異・多型情報を使いこなす達人レシピ」の出版を間に合わせたのにちょっと残念な感じで。 オンラインの方でもっと盛り上がってくれるとありがたい。

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You are (not) alone

Written by Hidemasa Bono in misc on 木 01 10月 2020.

ぼっちラボでなくなった?

大学院は10月入学もありまして。 生命医科学プログラム博士課程後期の社会人大学院生として入学された小野さんが、bonohulab最初の学生として今月2020年10月から所属することになりました。

社会人大学院生はお仕事がメインでその合間に大学院での研究をされるというハードなものですが、それでも学びたいという熱意に敬服。 そういうわけで、学生が増えたものの、普段からラボに物理的に居るわけではなく、ぼっちラボは事実上継続。

また、来年2021年4月入学の博士課程前期(いわゆる修士課程)ならびに博士課程後期の学生、募集中です。 おそらく今月中頃には募集要項が出るのではないかと。

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September2020

Written by Hidemasa Bono in misc on 水 30 9月 2020.

2020年9月を振り返って

ついに来月10月からとなった本務中の本務である卓越大学院のバイオインフォマティクス講義シリーズ全15回の準備がメインの毎日。 オンデマンド対応が必要となって、収録を開始するなど。 PowerPointのプレゼンテーションだけで完結せず、ウェブブラウザやターミナルを多用する講義に対応すべく、Zoomを使った独自の収録方法を採用して。 また、今回初めての試みとして、WSL2を使うことでWindows10上でも同様のコマンドライン操作ができるように配慮、実際にそれをできる限り確認しながら。

もちろん、ひき続き予算獲得のための諸々も並行して、月末には科研費も取り掛かり出した。 その合間に書き溜めてきていた、研究生活25年の節目を振り返る「ゲノムと私の四半世紀」を公開。 それは、研究生活10年目の時に「RNAと私の10年」として書いたものの流れで、今度はゲノムを、ということで。

今月(2020年9月)も先月に引き続き論文発表等なしだったが、ついに、このブログでも言及してきたように、前職時代から企画してきた今月9月25日に「バリアントデータ検索&活用 変異・多型情報を使いこなす達人レシピ」が出版。

凸版印刷様のソーシャルイノベーションニュースでbonohulabの取り組みを紹介していただいたのも、今月9月のはじめに公開された。

結局今月も、転職後半年経ったものの、外泊を伴う出張はまだない。 しかし、外泊を伴う出張の予定が入りったり、外部での講演依頼が出始めてきた …

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WSL2 for Bioinformatics

Written by Hidemasa Bono in misc on 日 27 9月 2020.

WSL2でバイオインフォマティクス

Windows Subsystems for Linux2(WSL2)を使って、ubuntuをインストールしたことは2ヶ月ほど前のエントリに書いた。 その際、いくつかのツールがaptの仕組みを使ってインストールできることも確認し、実際に重めのBLAST検索をやってみるなどもうまく行った。

実際のバイオインフォマティクスの現場で使えるか? それを検証するためにこのqiitaの記事Dockerのドキュメントを参考にDockerをインストール、cmatrixを動かしてみたり。

% docker run --rm --log-driver none -it beezu/cmatrix

これでMacと同様にDockerなツールをお試しで動かしてみるということもWSL2上でできるはず。

さらに使いやすくするために、Biocondaをインストールするなど。 普通にBiocondaのドキュメントの通りインストールするだけだが、特に何かコツがあるわけでもなくWindowsではなくLinuxとしてインストールするということだけ。 Biocondaが入ったら

% conda install -c bioconda emboss

などとすると普通にEMBOSSがインストールできる。 これでEMBOSSのプログラム資産が利用できる。 なんて素晴らしいことではありませんか。

その際 …

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My way for making lecture movie

Written by Hidemasa Bono in misc on 火 22 9月 2020.

私の講義動画作成方法

講義動画作成に頑張っていらっしゃる学校の先生方、おつかれさまです。 今年度からは自分もその立場となり、10月からは対面授業になるかもという淡い期待もくだかれて講義前の動画作成に励む毎日を送っています。

5月の初講義の際には自分は、学生さんが講義をうける1週間前に1人で講義室に行ってビデオカメラで撮られるという無観客試合ならぬ、無生徒授業を。 ただ、このやり方は事務の方が動画を回収してアップロードして、という具合にコストが高く、また取り違えなどの心配もあってあまり推奨ではないイメージ。 それとは別のやり方でPowerpointの各スライドに音声を吹き込んで動画を作成するという手段が一番普及している模様だが、それでは先生の顔が見えないという苦情もあるらしく。

しかしながら自分の講義の場合、Powerpoint以外の他のアプリケーション(ウェブブラウザやターミナルなど)を多用し、またハードディスクなどの周辺機器を使ってみせることもあるので、Powerpointだけで完結しない。 だからこそ、演習形式での授業としたかったのであるが、こういう状況なのでしょうがあるまい。

そこで、どうしたらいいか、いろいろ考えたところ、身近なところにsolutionがあった。 Zoomである。

Zoomにはオンライン会議を収録して動画(mp4形式のファイル)で保存する機能がある。 すなわち、ひとりオンラインミーティングをして、それを動画として収録すれば良いだろうと。 Zoomで普通にオンラインミーティングをする感じで「新規ミーティング」を開始し、あとは「レコーディング」ボタンを押せば収録が開始される。 そのままの状態で画面の向こうの聴衆に話しかけたり、デバイスを見せたりもできるし、また「画面を共有」してスライドの画面やデスクトップを見せることもできる。 Zoomで良いのはそうやって「画面を共有」している間もこちらの様子が右上に小さく表示されることだ …

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Ocho lemon wine

Written by Hidemasa Bono in misc on 日 20 9月 2020.

大長檸檬酒

「おおちょうレモンしゅ」と読む。 客人がお土産として買って、逆に勧められた逸品。

メーカーの中尾醸造さんのウェブサイトによると、

国産レモン発祥の地といわれる瀬戸内海に浮かぶ大崎下島豊町。この地で、品質・栽培面積ともに全国一を誇る「大長レモン」のしぼりたて天然果汁をふんだんに使用し、独自の製法で発酵熟成させた世界的にも珍しい極めて純度の高いレモン酒です。(1本当たりレモン5~6個相当の果汁を使用)

レモン果汁を発酵させて作っているとのこと。 レモンリキュールにありがちな甘ったるい感じは無く、さっぱり。 リピートしそうな感じ。

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Handbook for sakamai

Written by Hidemasa Bono in misc on 火 08 9月 2020.

酒米ハンドブック

「ハダカデバネズミのひみつ」で紹介されているdebalabがちょうど熊本に移り始めた時に、その熊本で開催された国内版バイオハッカソンBH17.11の際に盛り上がっていた酒米のDB化の話。

きっと、広島開催のBH20.9でもそのネタで盛り上がるに違いないと思って、自分も「酒米ハンドブック」を買っておいた。

やはり、会場ではその話題になって、良い交流ネタになったようだ。 今後醸し出される展開に期待したい。

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Secrets of naked mole-rat

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 04 9月 2020.

ハダカデバネズミのひみつ

国内版バイオハッカソンBH14.14の帰りにふと北大に寄り道したことがきっかけとなって始まったハダカデバネズミの共同研究。 それも始めてから早いもので5年になろうとしている。 その間に先方のラボも熊本に移り、私も…。 そんな時に「ハダカデバネズミのひみつ」という本が出るよと教えてもらって。

もちろん、長年に渡って共同研究しているので、生物学の研究において重要な「ドメイン知識」としていろいろ知っている。 しかしながら、その知識を埋めるいろいろなことはやはり知らないことも多々あるわけで。 一読して思ったのは、そういった知識の境目を埋めるのに最適な本だった。 p111に出てくるハダカデバネズミのiPS細胞の研究とかも一応co-authorでいっちょ噛んでいるわけだが、 特に彼女らが今育てているハダカデバネズミはどこから来たのか、その研究を始める前はどういった状況だったか、この機会に初めて知った。

なので、この動物に関して興味を持った人、是非読んでみては?

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Toppan Social Innovation News Vol.08

Written by Hidemasa Bono in misc on 水 02 9月 2020.

Interview バイオ×デジタル

初のbonohulab紹介記事「バイオとデジタルの融合 バイオインフォマティクス」を、凸版印刷さんが出されているソーシャルイノベーションニュースという冊子の特集「ゲノム編集とデジタル技術が拓く未来」で出していただきました。 取材自体は写真撮影と90分ぐらいのインタビューの二回に分けて、後者はリモートでのオンラインで。

私がこれまでやってきたこと、その上でbonohulabでこれからやっていこうとしていることが客観的にまとめられています。 是非ご一読ください。

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August2020

Written by Hidemasa Bono in misc on 月 31 8月 2020.

2020年8月を振り返って

ひき続き予算獲得のための諸々と10月からのバイオインフォマティクスの授業準備がメインの毎日。 中旬は世間は夏休みだったが、体のメンテナンスのため有給休暇を(転職後初めて)1日いただいた他は、カレンダー通りに動いた。 そして、今月上旬に出していた広島県商工労働局による令和2年度 ものづくり価値創出支援事業 未来ニーズ探索型F/S研究開発補助金に提案課題「バイオ×デジタルトランスフォーメーション(BioDX)を加速するデータ解析基盤技術の開発」を採択していただいた。 これで、ついにいわゆる「ウェット」な研究を開始できる。 本当、感謝しかない。

今月(2020年8月)は論文発表等なし。 色々出したからか、査読の依頼はまた来るようになり、まともそうなところだけ受けるように。 だいぶ以前のように戻ってきた感じがする。

しかし、結局今月も、転職後5ヶ月経ったものの、外泊を伴う出張はまだない。 10月の学会はシンポジウムでの発表に選んでもらったが、ハイブリッド開催で多くの人と再会できる感じもなく。 まだまだ元には戻ってはいない。 いつまでこの状況が続くのだろうか。

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100nin ronbun Higashi-Hiroshima the 2nd

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 28 8月 2020.

第2回東広島100人論文

東広島市産学金官連携推進協議会、広島大学学術・社会連携室によるイベント。 そのウェブサイトによる説明は以下の通り。

本イベントは、2015年から京都大学で「あなたの不得意は誰かの得意。そして逆に、あなたの得意は誰かの不得意。」として毎年開催されている学際的研究を創出するイベント「学内良縁プロジェクト 京大100人論文」を、広島大学と東広島市産学金官連携推進協議会の共催で行うものです。研究者(博士課程後期の大学院生含む)や企業の方に、オンラインでの交流の場を提供することを目的としています。

異動してきたばかりの私にはうってつけということで、「研究・事業紹介者として」エントリした。

この1週間でコメントはつかなかったが、いくつかコンタクトがあったり、こちらからしてみたり。 詳しく話を聞くフェーズにまでいった案件もあり。 とても良い交流の機会でした。 関係者の皆様、準備おつかれさまでした。

学内掲示板のみならず、メールによる配信や紙媒体で参加を呼びかけるチラシまで配られていた割には参加者が少なかった。 普段からすでにしていて不要なのか、異分野交流に興味がないのか、日常業務が激務すぎるのか。 今年に関しては、授業準備がオンライン対応で大変になっており、最後の可能性が高い気がするが。

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Genome Editing Webinar

Written by Hidemasa Bono in misc on 木 27 8月 2020.

ゲノム編集のウェビナー参加

広島大学大学院統合生命科学研究科山本先生と佐久間先生によるゲノム編集に関するウェビナーに参加。 羊土社とメルクが主催ということで、2019年12月に出たゲノム編集実験スタンダードの宣伝が前面に出るのかと思っていたが、それだけでもなく。

他の出版された本からの図や先日出版された「ゲノム編集とはなにか」の話とかもあったりで。 むしろ、ウェビナーで配信して著作権的に大丈夫なんだろうかと思ったりもしたが。

内容としては、ウェビナーに参加することで大変勉強になった。 これまで本を読んでゲノム編集に関することを勉強してきたが、まだまだ抜けている知識は多数あるなあと。 実際の実験手法に関しては特に。 「六十の手習い」ということばもあるぐらい。

学ぶのに遅すぎることはない(It's never too late to learn)

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Private trip to Tokyo

Written by Hidemasa Bono in misc on 水 26 8月 2020.

東京往還

通院で、約半年ぶりに東京というか関東へ。 前日の仕事終わってから飛んで宿泊という一泊二日のコース。 大手町の某有名チェーンのホテルが4,030円とか、あり得ない値段。

n=1の印象でしかないが、空港からの移動で感じたことは、前の同じ時間帯より人は減った感じだが、それでも思ったよりは人が多い印象。 翌朝も通勤ラッシュが怖かったので、皇居伝いに徒歩で移動するなど。 ラッシュ時間帯を避けて地下鉄も乗ってみたが、まあこれまでと変わらない印象。

でも、東京と地方を移動する人は少ないのか、予約していたフライトはキャンセルになって、2時間後の最終便になるなど。 ただ、そのおかげで急にやってきた書類仕事に余裕を持って対応することができたのは怪我の功名か?

それにしても、元に戻るのはいつごろになるのだろうか。 以前のように自由に出張できるように早くなって欲しい。

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Yukari Flavored Seaweed

Written by Hidemasa Bono in misc on 日 23 8月 2020.

ゆかり®味のり

朝食のご飯のともにいろいろな味付海苔を試してきたが、結果としてやま磯というローカルな味付海苔メーカーの朝めし海苔に落ち着こうとしている。 そのやま磯が出しているラインナップにゆかり®味のりカップRという味のりを見つけた。 商品説明に曰く、

口どけのよい海苔に三島食品の人気商品「ゆかり」を使った調味だれで味付けし、美味しくさわやかな赤しそ風味の味付海苔に仕上げました。

でも、ゆかり®をふりかけたご飯に味付海苔で食べたら同じだろう、そんなふうに思っていた。 一度騙されたと思って、このゆかり®味のりを買って、食べてみたところ…。

味のりにゆかり®が仕込まれてて、また別のうまさが! とてもうまいので、是非リピートしたいところだが、課題はコストパフォーマンスかな。 もちろん通販でも売っていますが、こちらのスーパーでは1個から売ってますので来られた際にはぜひ探して買っていただいてご賞味ください。

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Consecutive Losses

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 22 8月 2020.

連敗中

野球の話じゃなくて、自分のこと。 なかなかにむづかしい、研究費獲得。

もちろん現職は卓越大学院の教育が本務なので必須でないといえばそうなのだが。 研究活動を進めるには、それをやれるだけの原資がないことにはどうしようもない。 引き続き、がんばっていこう。

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Towards togofarm reloaded

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 21 8月 2020.

統合牧場復活に向けて

人材育成の話の流れから、いつもこの話になる。 そう、「統合牧場 (togofarm)」を現職場でやろうという。 しかしながら、現在の「withコロナ」の状況では公にそういう企画には走れない。 統合牧場とは、2007年にライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)ができた時からやっていた大学院生(Research Assistant: 略してRA)による組織である。 RAさんは、OJT(On-the-Job Training、オン・ザ・ジョブ・トレーニング)方式で、動画でDBやウェブツールを紹介する統合TVのコンテンツ作成や(当時その黎明期だった)NGSデータ解析、生命科学分野の日本語文献やPubMedのfulltextを使ったテキストマイニングなどを行っていた。 詳しくは以下の動画などを。

この動画は、2014年2月24日に開催した第5回統合牧場収穫祭で「統合牧場とは何だったのか?」と題して移転してなくなる直前に統合牧場に関して総括した発表で、その月末にそれまでの東大本郷キャンパスから統合牧場移転となった。

それから6年経って、大学の教員に転職して、また統合牧場的な活動をやろうとしたら、学生さんにラボに来てもらってというようなことができない状況で。 当初は、統合TV作成に興味のある生命科学系の学生さんを呼び込んで、動画作成などのアルバイトから始めようと思っていたのだが …

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Genome Editing Bluebacks published

Written by Hidemasa Bono in misc on 木 20 8月 2020.

「ゲノム編集とはなにか」出版

講談社ブルーバックスから広島大学大学院統合生命科学研究科 山本卓教授による「ゲノム編集とはなにか」が本日2020年8月20日に出版。

まだ入手してないので、ゲットしたら加筆の予定。

(2020年8月28日加筆) 読了。全体的にわかりやすくまとまっていた。 DBCLS時代に一部かかわった、CRISPR-Cas9のガイドRNA設計ツールCRISPRdirectについても図5-1で触れられており。 しかしながら、部分的には難しいところもあるんじゃないかと。 ある程度は知っているつもりだった私も、読み流すことができずにじっくり読んで理解しないといけない部分もいくつかあった。 逆にいうと、ゲノム編集に対する知識の補完をすることがことができ、非常に勉強になった。 ゲノム編集技術のCOVID-19に対する応用への期待まで触れて書かれている一般向けの文書って現状ないだろうから、是非読むべき。

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Guide Book for Laboratory Life

Written by Hidemasa Bono in misc on 水 19 8月 2020.

理系のアナタが知っておきたいラボ生活の中身〜バイオ系の歩き方

研究室生活(ラボライフ)を説明するのにいいリファレンスはないかと探したら、やはりあった。

自分のラボに毎年入ってくる学部4年生に読んでもらう文書を書籍化されたのがこの本らしい。 今から8年前の2012年の出版でちょっと古くなってしまっている部分はもちろんあるものの、 「研究室とは」や「研究室生活のマナー」など最低限知っておいて欲しいことが書いてあるので、 研究室にきた学生に一読しておいてもらうにはうってつけの内容。

これでうちに学部学生が入ってきても安心。 問題はその予定が今のところないことだが。

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HU Online Open Campus 2020

Written by Hidemasa Bono in misc on 月 17 8月 2020.

広島大学オンラインオープンキャンパス2020

Withコロナの状況でのオンラインオープンキャンパスが今週(2020/08/17-23)開催されている。

https://open.campus.hiroshima-u.ac.jp/

からアクセス可能。

ちなみにゲノム編集イノベーションセンターは物理的にはこのマップの外に位置するのだが、マップ中の「理」、つまり理学部からアクセス可能。

是非ご覧ください。

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Data Visualization Design Book

Written by Hidemasa Bono in misc on 日 16 8月 2020.

データ視覚化のデザイン

データ可視化関係で、データ視覚化のデザインという新刊があると聞いて、買ってみて読んでいる。

普段可視化する(グラフを作る)時に無意識のうちに心掛けていることが明示的に書かれていて、これから取り組む人にそれを教える時には便利だなと。 当方、デザインセンスがないので、第2章にある色の例とかが参考になる。 そういうわけで、色々役に立ちそうな一冊。

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Applied Entomology Textbook

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 15 8月 2020.

応用昆虫学の教科書

今年(2020年)に「応用昆虫学」の教科書が全面改訂されて出版されたということで、それを購入して勉強中。

前回の2016年の国際昆虫学会(International Congress of Entomology 2016)でお世話になった、今年度から摂南大学にうつられた石川先生が書かれているということもあり。 石川先生は、教科書を著されるような先生にもかかわらず、自らRNA-Seqデータ解析を手掛けられるなど、積極的に新しい技術を習得されようとしていたのを応用動物昆虫学会年会の小集会で教える側として見ており、逆に自分もそうして行かないといけないな、と。

It's never too late to learn.(学ぶのに遅すぎることはない)

もちろん、部分的に調べて知っている部分ももちろんあるのだが、全容を通して学んだことはなく。 知識不足はいろんな局面で痛感していたので、この機会に一通り学ぼう、と。

読み進めると、自分が「木を見て森を見ず」の状態であることを気づかされる。 まとまった教科書の素晴らしさを痛感、ありがたく使わせていただく。

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TransDecoder in Docker

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 08 8月 2020.

TransDecoderをDocker上で実行してみたが

Trinityがうまくいったので、その塩基配列をアミノ酸配列に変換するTransDecoderを。 BiocontainersのTransdecoderを使わせてもらう。

#!/bin/sh
docker run --rm -v `pwd`:`pwd` quay.io/biocontainers/transdecoder:5.5.0--pl526_2 TransDecoder.LongOrfs \
-t `pwd`/$1 --output_dir `pwd`/transdecoder_dir
docker run --rm -v `pwd`:`pwd` quay.io/biocontainers/transdecoder:5.5.0--pl526_2 TransDecoder.Predict \
-t `pwd`/$1 --output_dir `pwd`/transdecoder_dir

(Windows環境では …

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