Plant and Animal Genome Conference XXVIII day4

4年ぶりのInternational Plant and Animal Genome Conference (PAG)参加。朝8時からArthropod genomics and genome engineering のworkshopがあるなど。これ以外にもArthropod関係のworkshopが複数、色々とあることが冒頭にアナウンスされ、予定に追加。

California roomの奥で時折PCを充電しつつ休憩。かつてはこの奥で口頭発表してい …

2020年の計

明けましておめでとうございます。本年もよろしくお願いします。年頭恒例にしている「一年の計は元旦にあり」。今年 …

2019年を振り返って

もう今年(2019年）もわずかということで、今年の年頭に書いた「2019年の計」に沿って、2019年を振り返ってみたい。

1 公共遺伝子発現DB目次の論文化

AOEの論文化は、結果として …

はじめての医学

単行本「はじめての医学」を編集に携わられた編集者の方から年末滑り込みセーフでご恵贈いただい …

2019年出張外泊数

三島勤務になった2014年以来、数えて来た「仕事で外泊」した日数。年内の出張が全て終わって、2019年の日数が確定。その結果、2019年は91泊で昨年より8泊増えて、さ …

2019年に出版した本

2019年もあと10日となって色々と振り返りモードな情勢。私も振り返ってみたい。

2019年は、結果として4冊の本を世に出す結果となった。去年の今頃、全て期限内に出せるか不安だったが、編集担当者や共著者の …

23rd Workflow Meetup

前回は参加できなかったが、23回目の今回は参加。

HISAT2-StringTieによる新規transcript発見ワークフローを自分で作ろうとしたのだが、Live codingの話題としていただき、一気に進んだ！あとは、持ち帰って実際に動かしてみるところに。あ …

42rd annual meeting of the molecular biological society of Japan day4

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 06 12月 2019.

第42回日本分子生物学会年会4日目

今日で最終日で、展示会も半日で終了。名前の入ったポスター発表も本日。相変わらず熱心に発表していたようで …

42rd annual meeting of the molecular biological society of Japan day3

Written by Hidemasa Bono in misc on 木 05 12月 2019.

第42回日本分子生物学会年会3日目

今日は、午後1時から1時間、著書の合同サイン会ということで。

結果として、24冊の本にサインした。サインした数としては、新刊の3冊はほぼ同数。

あとDrBono本と統合TV本がちょろっと。

ご購入い …

42rd annual meeting of the molecular biological society of Japan day2

Written by Hidemasa Bono in misc on 水 04 12月 2019.

第42回日本分子生物学会年会2日目

朝起きるとbioRxivから連絡があって、先週末にアップした論文は新規でなく、以前に出してcloseされてしまったプレプリントのバージョンアップということでまとめていただいた。そこで、その処理をすると程なく公開。文字 …

42rd annual meeting of the molecular biological society of Japan day1

Written by Hidemasa Bono in misc on 火 03 12月 2019.

第42回日本分子生物学会年会1日目

本日2019年12月4日より、今年の日本分子生物学会年会（分生）。

今年も基本的には、バイオデータベース(BioDB)コーナーのNBDC/DBCLSの出展ブースに。日本で生命 …

著者編者サイン会＠第42回日本分子生物学会年会

2019年は多くの日本語の本を出すこととなった。まず年頭2月に、生命科学データ解析を支える情報技術(IT4BDA)を出版した。システムエンジニア向け …

2019年11月を振り返って

秋になって出張も多くなって、長らく月末の振り返りエントリがご無沙汰だった。調べてみると7月以来で、四ヶ月ぶり。

2019年11月は中盤からずっと出張で、出 …

#BH2019Europe day5

ようやく、朝起きるのが正常になった。しかし、今日でBiohackathon Europe最終日。 Final wrap-upとして以下のまとめを。

Achievements:
- 1 Clarified what is needed in the data production for gene expression data collection including FANTOM, GTEx and Human Cell Atlas …

#BH2019Europe day4

やはり今日も、時差ボケでやはり朝早く起きてしまう。このままボケたまま日本に帰れるか!?

まずは、昨日の続きで …

#BH2019Europe day3

やはり今日も、時差ボケでやはり朝早く起きてしまう。 3日目にして初めて、gitterというメッセージングツールが使われていることを …

#BH2019Europe day2

時差ボケでやはり朝早く起きてしまう。感動的に美味い朝食のあと、午前9時からhack開始。

現在のさまざまな問題点をリストア …

#BH2019Europe day1

パリ市内から会場のある郊外へ。順調に乗り換えれると約1時間半のところ、途中で1時間の待ちぼうけをくらった。最寄駅からは歩くのは非推奨だったよう …

#BH2019Europe day0

Biohackathon Europe 2019に参加するため、今度はフランスシャルル・ド・ゴール空港(CDG)へ。その移動時間、13時間余り。パリは日本とは8時間の時差があるため、24+8 …

Statistical genetics 2019 day3

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 16 11月 2019.

第4回ゲノムコホート研究における遺伝統計学 3日目

3日目の最終日には、奄美文化センターにて市民公開講座。コホートに参加いただいた …

Statistical genetics 2019 day2

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 15 11月 2019.

第4回ゲノムコホート研究における遺伝統計学 2日目

2日目の午前最後に自分の出番。先日癌学会学術集会で紹介したツール群に加えて、NBDC/DBCLSの鉄板ツールを複数加えて紹介。いつもの …

Statistical genetics 2019 day1

Written by Hidemasa Bono in misc on 木 14 11月 2019.

第4回ゲノムコホート研究における遺伝統計学 1日目

ゲノムコホート研究における遺伝統計学の朝は早い。午前8時スタートいう気合の入りよう。関係者 …

アノテーソン2019

Annotatho(n=Annotation+Marathon)もこれで3回目。今回は、前回までの三島の遺伝研から場所を改めて、柏の葉キャンパス駅前のDBCLS柏にて …

Talk on Comparative Insect Transcriptomics

Written by Hidemasa Bono in misc on 月 04 11月 2019.

虫の会前座＠第42回日本分子生物学会年会

分セーにあわせて今年も開催される「虫の会（本会）」の前座で話します（意訳：第42回日本分子生物学会年会で開かれる「虫の会（まじめ版）6：昆虫 …

第4回RDF講習会

第4回RDF講習会が2019年10月31日に開催。これまでと異なり、今年は市ヶ谷駅に近いほうのJSTではなく、JST東京本部の地下会議室にて。今年も参加して復習。

去年と比べて、さらに洗練さ …

21st Workflow Meetup

21回目の今回も参加。 cwltoolが古いかも疑惑があり、 conda install -c conda-forge cwltool でconda-forgeからインストールし直し。ただ、達人的にはpipやapt-getによるインストールが推奨らしい …

必要な拡張子のファイルだけをrsync

AOEのindexを作成するためにArrayExpressのメタデータだけをダウンロードして使っていたのが始まりだったが、DDBJとの協力関係の下、ArrayExpressのファイル全体をmirrorしてきた。

しかしながら、諸事情あってそれを止めることになったので、AOEの更新のために必要なメタデータだけ取得することに。同梱されて …

停電からの復帰

bonohu.jpのブログ、マシンが通電して再開。台風19号による停電で約1週間ダウン。停電は早々に直ったようだがうまく自動再起動せず、結局手動で起動。 2019年10月20日の道場本読書会にギリギリ間に合った。

生命科学データ解析セミナー＠農研機構

農研機構の生物機能利用研究部門にセミナーで呼ばれたので、つくばまで遠 …

Japan Spotfire User Group Meeting 2019

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 11 10月 2019.

Japan Spotfire User Group Meeting 2019

去年はほぼ参加できなかったので、2年ぶりのJASPUG meeting。 160人ぐらい参加ということで、15年前ぐらいに始めた時と比べると人が格段に増えた。

分科会の盛り上がりは相変わらず。 GWAS Catalogのデータを再利用 …

トーゴーの日シンポジウム2019

今年で9回目。だが相変わらず、作る側の報告会的な色合いが強く感じられる。使う側に向け …

20th Workflow Meetup

今回も参加。話を聞いて、塩基配列のPSSMはオワコンかと思っていたが、復権するかもしれないかもと思ったり。 zatsu-cwl-generatorを動かして感銘を受けたり。

個 …

第78回日本癌学会学術総会2日目

午前は、「モデル生物を用いたがん研究の最前線／Cutting edge of cancer research from model organisms」のシンポジウムに共同研究者の発表を聞きに …

Shizuoka.ngsもくもく会

前回のShizuoka.ngsとはまた別の貸し会議室＠静岡駅前で、Shizuoka.ngsもくもく会が開催された。

これまでのRNA-seqではなく、今回はメタゲノムデータ解析に用いられるQiime2のチュートリアルをみんなでやろうということで。 Oさんをはじめとして参加者によって、チュー …

Mishima.syk#14

14回目となったMishima.sykは7ヶ月ぶりに。場所はいつものプラザヴェルデ4階の会議室にて。

今回は、ちょうど阪医Python会の3人が三島合宿にきていたということもあり、彼らにも話してもらう機会を得た。彼ら …

OUM-python club in-turn 2019 autumn

Written by Hidemasa Bono in misc on 火 17 9月 2019.

阪大医Python会秋合宿＠三島

半年前の春合宿に引き続き、阪大医Python会の優秀なる2人の医学部生が、秋合宿と称して職場に来襲。 9/17-21までの5日間滞在。ただし、最終日は職 …

Smart watch for blood pressure measurement

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 14 9月 2019.

血圧測定もできるスマートウォッチ

2019年9月発表のApple Watchの新機種に血圧測定機能を期待していたのだが、それは付かなかった。今月末で消費税も上がるので、失意の中、次な …

Biohack19

今年のBiohackathonは福岡で開催。日曜日の公開シンポジウムで始まり、続く月曜日から土曜日まで丸1週間ハッカソンといういつものスタイ …

お盆thon最終日

最終日の4日目も昨日に引き続き、vscodeでlive shareしつつ。 audioをonにするとwrap-upまでshareできてしまうという。

その際話題になったのが、condaで入れたcwltoolはバージョンが古いということだったが、どうもbiocondaチャンネルのcwltoolのバージョンが最新でも2018年製のそれでの模様。 conda-forgeチャンネルのは2019年製のそれにアップデートしているようだった。なので、cwltoolのインストールは conda install -c conda-forge cwltool で良いのでは …

19th Workflow Meetup 3

Written by Hidemasa Bono in misc on 木 15 8月 2019.

お盆thon3日目

昨日に引き続き、vscodeでlive shareしつつ、みんなでCWL書き。

今日は、kallisto BUStoolsのチュートリアルを襷リレーでCWL化。自分は、bustools-correct.cwlを書かせていただいた。それ以外のCWLを含めたコードも …

19th Workflow Meetup 2

Written by Hidemasa Bono in misc on 水 14 8月 2019.

お盆thon2日目

実は、昨日にもやっていたのだが、vscodeのlive shareを使って、会場にいない人とも共同作業。今日は、CWLを書くところを、Dockerfileを書くところから live codingしていただいて大変参考になった。しかもlive shareにaudioまで加わって、実際にやって …

19th Workflow Meetup 1

Written by Hidemasa Bono in misc on 火 13 8月 2019.

お盆thon1日目

15回目に参加して以来、workflow meetupは3回連続して参加。前回の18回目は大阪出張(AJACSa6河内)と重なり不参加となったが。 19回目の今回は、お盆中に4日間連続の「お盆thon」。

今回の目標： RNA-seqデータの類似性検索 …

ROIS DS JOINT INSECT 3rd

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 09 8月 2019.

昆虫のゲノムデータベースとそれを活用したデータ解析3

ROIS-DS-JOINT共同研究集会として2017年度より始めた「昆虫のゲノムデータベースとそれを活用したデータ …

July2019

Written by Hidemasa Bono in misc on 水 31 7月 2019.

2019年7月を振り返って

2019年7月は出張外泊多く、11泊にもなった。前半は、国内版バイオハッカソンBH19.7で指宿、後半は、統合データベース講習会AJACSa6河内などで大阪。阪大医Python会の集まり …

Category: misc

Written by Hidemasa Bono in misc on 火 14 1月 2020.

PAGXXVIII day4

Written by Hidemasa Bono in misc on 月 13 1月 2020.

PAGXXVIII day3

Written by Hidemasa Bono in misc on 日 12 1月 2020.

PAGXXVIII day2

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 11 1月 2020.

PAGXXVIII day1

Written by Hidemasa Bono in misc on 水 01 1月 2020.

2020年の計

Written by Hidemasa Bono in misc on 月 30 12月 2019.

2019年を振り返って

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 27 12月 2019.

はじめての医学

Written by Hidemasa Bono in misc on 水 25 12月 2019.

2019年出張外泊数

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 21 12月 2019.

2019年に出版した本

Written by Hidemasa Bono in misc on 月 16 12月 2019.

23rd Workflow Meetup

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 13 12月 2019.

ミツバチサミット2019

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 06 12月 2019.

第42回日本分子生物学会年会4日目

Written by Hidemasa Bono in misc on 木 05 12月 2019.

第42回日本分子生物学会年会3日目

Written by Hidemasa Bono in misc on 水 04 12月 2019.

第42回日本分子生物学会年会2日目

Written by Hidemasa Bono in misc on 火 03 12月 2019.

第42回日本分子生物学会年会1日目

Written by Hidemasa Bono in misc on 日 01 12月 2019.

著者編者サイン会＠第42回日本分子生物学会年会

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 30 11月 2019.

2019年11月を振り返って

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 22 11月 2019.

#BH2019Europe day5

Written by Hidemasa Bono in misc on 木 21 11月 2019.

#BH2019Europe day4

Written by Hidemasa Bono in misc on 水 20 11月 2019.

#BH2019Europe day3

Written by Hidemasa Bono in misc on 火 19 11月 2019.

#BH2019Europe day2

Written by Hidemasa Bono in misc on 月 18 11月 2019.

#BH2019Europe day1

Written by Hidemasa Bono in misc on 日 17 11月 2019.

#BH2019Europe day0

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 16 11月 2019.

第4回 ゲノムコホート研究における遺伝統計学 3日目

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 15 11月 2019.

第4回 ゲノムコホート研究における遺伝統計学 2日目

Written by Hidemasa Bono in misc on 木 14 11月 2019.

第4回 ゲノムコホート研究における遺伝統計学 1日目

Written by Hidemasa Bono in misc on 水 13 11月 2019.

第4回 ゲノムコホート研究における遺伝統計学 0日目

Written by Hidemasa Bono in misc on 火 12 11月 2019.

アノテーソン2019

Written by Hidemasa Bono in misc on 月 04 11月 2019.

虫の会前座＠第42回日本分子生物学会年会

Written by Hidemasa Bono in misc on 日 03 11月 2019.

bioRxivとは何か?＠第42回日本分子生物学会年会

Written by Hidemasa Bono in misc on 木 31 10月 2019.

第4回RDF講習会

Written by Hidemasa Bono in misc on 水 30 10月 2019.

21st Workflow Meetup

Written by Hidemasa Bono in misc on 火 29 10月 2019.

必要な拡張子のファイルだけをrsync

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 19 10月 2019.

停電からの復帰

Written by Hidemasa Bono in misc on 木 17 10月 2019.

生命科学データ解析セミナー＠農研機構

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 11 10月 2019.

Japan Spotfire User Group Meeting 2019

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 05 10月 2019.

トーゴーの日シンポジウム2019

Written by Hidemasa Bono in misc on 月 30 9月 2019.

20th Workflow Meetup

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 27 9月 2019.

第78回日本癌学会学術総会2日目

Written by Hidemasa Bono in misc on 日 22 9月 2019.

第4回ゲノムコホート研究における遺伝統計学 3日目

第4回ゲノムコホート研究における遺伝統計学 2日目

第4回ゲノムコホート研究における遺伝統計学 1日目

第4回ゲノムコホート研究における遺伝統計学 0日目