Website for bonohulab
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 29 4月 2020.
bonohulabウェブサイト
bonohulabのウェブサイトは、着任当初は来たばかりで大学で提供されているサービス等全くわからなかったこともあって、自鯖上に作った …
Category: misc
Convict Conditioning Started
Written by Hidemasa Bono in misc on 日 19 4月 2020.
プリズナートレーニング開始
ようやく、生活も落ち着いてきたと思ったら、「週末・平日に関わらず外出を自粛」要請と …
launching bonohulab
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 10 4月 2020.
bonohulabの立ち上げ
埼玉医大でのきしょいラボ(2003年)やDBCLS(2007年)など、新しい研究室のセットアップをこれまで何度か経験してきたが、今回は …
March2020
Written by Hidemasa Bono in misc on 火 31 3月 2020.
DBCLSでの約13年を振り返って
本日2020年3月31日をもってライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)を辞めました。 いつかはこの日が来るだろうと勤めだした …
eBooks for Dr Bono Series
Written by Hidemasa Bono in misc on 月 09 3月 2020.
DrBono本と道場本の電子版
先日公開したエントリ、生命科学データ解析の本ガイドでも紹介した以下の2冊の電子版が、医書.jpより本日2020年3月9日に発売開始に。
26th Workflow Meetup
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 04 3月 2020.
26th Workflow Meetup
なんとか開催になった26回目。 リモート参加も可能だったが、いつも通り、東京会場にて。 ほとんどリモート参加かと …
Feburary2020
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 29 2月 2020.
2020年2月を振り返って
2020年2月は前半に共同研究打ち合わせの出張があった他は出張も少なく、懸案の論文執筆を進めたり、データ解析を進めたり、研究を進めることができた。
そして、先月に続いて、論文の公開 …
AirPods Pro
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 19 2月 2020.
AirPods Pro
ずっと欲しかったAirPods Pro。 自分への誕生日プレゼントと思い、Apple Storeに行った時に売っているかも、と思って何回か挑戦。 2020年1月頭に出張先のSan DiegoのApple Storeでも探したがやはり品切れ。
そこで観念して、帰国 …
Books for Biological Data Analaysis
Written by Hidemasa Bono in misc on 日 16 2月 2020.
生命科学データ解析の本ガイド
2019年に生命科学データ解析関連で4冊本を出版したため、「ぼうのうさんの本を読みました」と言われてもまず「どの本？」と訊き返すと …
25th Workflow Meetup
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 12 2月 2020.
25th Workflow Meetup
前回は大阪会場から参加。 25回目の今回はいつも通り、東京会場での参加。
今回は、学認クラウドのハンズオンがあり、実際に …
January2020
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 31 1月 2020.
2020年1月を振り返って
2020年1月はPlant and Animal Genome Conference (PAG)に行った影響で、出張外泊数にして年頭から9泊にもなった（PAGでの詳細は、各日のブログエントリ参照。1日目、2日目、3日目、4日目、5日目）。
また、年末に …
bio info meeting around 10th
Written by Hidemasa Bono in misc on 火 28 1月 2020.
バイオとインフォの会10回目（くらい）
同業種飲み会であるバイオとインフォの会、だいぶご無沙汰していたが、今回予定が …
Uber debut
Written by Hidemasa Bono in misc on 木 16 1月 2020.
Uberデビュー
空港からの行きは乗せてもらって、帰りは自分でアカウントを作って、今回のPAG出張でUberデビュー。 支払いに一切現金を使わず、運転手 …
Plant and Animal Genome Conference XXVIII day5
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 15 1月 2020.
PAGXXVIII day5
最終日の5日目も、朝8時からplenary lecture x2。 プレゼンテーションがよく見える前方に陣取るが、場所を移してもやはり寒い。 終了後、トイ …
Plant and Animal Genome Conference XXVIII day4
Written by Hidemasa Bono in misc on 火 14 1月 2020.
PAGXXVIII day4
今日も、朝8時からplenary lecture x2。 プレゼンテーションがよく見える座席は極寒の地でもあるが、着込んで我慢する。
休憩時間中に …
Plant and Animal Genome Conference XXVIII day3
Written by Hidemasa Bono in misc on 月 13 1月 2020.
PAGXXVIII day3
朝8時からplenary lecture x2。 その後、ポスター発表。 電子メールで通達された番号とアプリで検索して出てくる自分のポスター番号 …
Plant and Animal Genome Conference XXVIII day2
Written by Hidemasa Bono in misc on 日 12 1月 2020.
PAGXXVIII day2
朝8時からEBIのworkshop、Genome annotation resources at EMBL-EBIに参加。 知っていることも多いが、updateすべき情報も多く、ためになる。 途中から、Non-coding RNAのworkshopに。 R研のHさんの発表を拝聴する。
夕方、いつも通り最初のplenary lecture終了後、reception。
Plant and Animal Genome Conference XXVIII day1
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 11 1月 2020.
PAGXXVIII day1
4年ぶりのInternational Plant and Animal Genome Conference (PAG)参加。 朝8時からArthropod genomics and genome engineering のworkshopがあるなど。 これ以外にもArthropod関係のworkshopが複数、色々とあることが冒頭にアナウンスされ、予定に追加。
California roomの奥で時折PCを充電しつつ休憩。 かつてはこの奥で口頭発表してい …
Plan 2020
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 01 1月 2020.
2020年の計
明けましておめでとうございます。 本年もよろしくお願いします。 年頭恒例にしている「一年の計は元旦にあり」。 今年 …
Review 2019
Written by Hidemasa Bono in misc on 月 30 12月 2019.
2019年を振り返って
もう今年(2019年）もわずかということで、今年の年頭に書いた「2019年の計」に沿って、2019年を振り返ってみたい。
1 公共遺伝子発現DB目次の論文化
AOEの論文化は、結果として …
Introduction to Medicine
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 27 12月 2019.
はじめての医学
単行本「はじめての医学」を編集に携わられた編集者の方から年末滑り込みセーフでご恵贈いただい …
Nights in hotels 2019
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 25 12月 2019.
2019年出張外泊数
三島勤務になった2014年以来、数えて来た「仕事で外泊」した日数。 年内の出張が全て終わって、2019年の日数が確定。 その結果、2019年は91泊で昨年より8泊増えて、さ …
Books published in 2019
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 21 12月 2019.
2019年に出版した本
2019年もあと10日となって色々と振り返りモードな情勢。 私も振り返ってみたい。
2019年は、結果として4冊の本を世に出す結果となった。 去年の今頃、全て期限内に出せるか不安だったが、編集担当者や共著者の …
23rd Workflow Meetup
Written by Hidemasa Bono in misc on 月 16 12月 2019.
23rd Workflow Meetup
前回は参加できなかったが、23回目の今回は参加。
HISAT2-StringTieによる新規transcript発見ワークフローを自分で作ろうとしたのだが、Live codingの話題としていただき、一気に進んだ！ あとは、持ち帰って実際に動かしてみるところに。 あ …
Bee Summit 2019
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 13 12月 2019.
ミツバチサミット2019
最近、ミツバチのゲノム配列比較を共同研究でやっていることもあり、ミツバチサミット2019に参 …
42rd annual meeting of the molecular biological society of Japan day4
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 06 12月 2019.
第42回日本分子生物学会年会4日目
今日で最終日で、展示会も半日で終了。 名前の入ったポスター発表も本日。 相変わらず熱心に発表していたようで …
42rd annual meeting of the molecular biological society of Japan day3
Written by Hidemasa Bono in misc on 木 05 12月 2019.
第42回日本分子生物学会年会3日目
今日は、午後1時から1時間、著書の合同サイン会ということで。
結果として、24冊の本にサインした。 サインした数としては、新刊の3冊はほぼ同数。
あとDrBono本と統合TV本がちょろっと。
ご購入い …
42rd annual meeting of the molecular biological society of Japan day2
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 04 12月 2019.
第42回日本分子生物学会年会2日目
朝起きるとbioRxivから連絡があって、先週末にアップした論文は新規でなく、以前に出してcloseされてしまったプレプリントのバージョンアップということでまとめていただいた。 そこで、その処理をすると程なく公開。 文字 …
42rd annual meeting of the molecular biological society of Japan day1
Written by Hidemasa Bono in misc on 火 03 12月 2019.
第42回日本分子生物学会年会1日目
本日2019年12月4日より、今年の日本分子生物学会年会（分生）。
今年も基本的には、バイオデータベース(BioDB)コーナーのNBDC/DBCLSの出展ブースに。 日本で生命 …
autograph session at MBSJ42
Written by Hidemasa Bono in misc on 日 01 12月 2019.
著者編者サイン会＠第42回日本分子生物学会年会
2019年は多くの日本語の本を出すこととなった。 まず年頭2月に、生命科学データ解析を支える情報技術(IT4BDA)を出版した。 システムエンジニア向け …
November2019
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 30 11月 2019.
2019年11月を振り返って
秋になって出張も多くなって、長らく月末の振り返りエントリがご無沙汰だった。 調べてみると7月以来で、四ヶ月ぶり。
2019年11月は中盤からずっと出張で、出 …
BioHackathon Europe 2019 day5
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 22 11月 2019.
#BH2019Europe day5
ようやく、朝起きるのが正常になった。 しかし、今日でBiohackathon Europe最終日。 Final wrap-upとして以下のまとめを。
- Achievements:
- 1 Clarified what is needed in the data production for gene expression data collection including FANTOM, GTEx and Human Cell Atlas …
BioHackathon Europe 2019 day4
Written by Hidemasa Bono in misc on 木 21 11月 2019.
#BH2019Europe day4
やはり今日も、時差ボケでやはり朝早く起きてしまう。 このままボケたまま日本に帰れるか!?
まずは、昨日の続きで …
BioHackathon Europe 2019 day3
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 20 11月 2019.
#BH2019Europe day3
やはり今日も、時差ボケでやはり朝早く起きてしまう。 3日目にして初めて、gitterというメッセージングツールが使われていることを …
BioHackathon Europe 2019 day2
Written by Hidemasa Bono in misc on 火 19 11月 2019.
#BH2019Europe day2
時差ボケでやはり朝早く起きてしまう。 感動的に美味い朝食のあと、午前9時からhack開始。
現在のさまざまな問題点をリストア …
BioHackathon Europe 2019 day1
Written by Hidemasa Bono in misc on 月 18 11月 2019.
#BH2019Europe day1
パリ市内から会場のある郊外へ。 順調に乗り換えれると約1時間半のところ、途中で1時間の待ちぼうけをくらった。 最寄駅からは歩くのは非推奨だったよう …
BioHackathon Europe 2019 day0
Written by Hidemasa Bono in misc on 日 17 11月 2019.
#BH2019Europe day0
Biohackathon Europe 2019に参加するため、今度はフランスシャルル・ド・ゴール空港(CDG)へ。 その移動時間、13時間余り。 パリは日本とは8時間の時差があるため、24+8 …
Statistical genetics 2019 day3
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 16 11月 2019.
第4回 ゲノムコホート研究における遺伝統計学 3日目
3日目の最終日には、奄美文化センターにて市民公開講座。 コホートに参加いただいた …
Statistical genetics 2019 day2
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 15 11月 2019.
第4回 ゲノムコホート研究における遺伝統計学 2日目
2日目の午前最後に自分の出番。 先日癌学会学術集会で紹介したツール群に加えて、NBDC/DBCLSの鉄板ツールを複数加えて紹介。 いつもの …
Statistical genetics 2019 day1
Written by Hidemasa Bono in misc on 木 14 11月 2019.
第4回 ゲノムコホート研究における遺伝統計学 1日目
ゲノムコホート研究における遺伝統計学の朝は早い。 午前8時スタートいう気合の入りよう。 関係者 …
Statistical genetics 2019
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 13 11月 2019.
第4回 ゲノムコホート研究における遺伝統計学 0日目
セミナー「第4回 ゲノムコホート研究における遺伝統計学」に「バイオデ …
annotathon2019
Written by Hidemasa Bono in misc on 火 12 11月 2019.
アノテーソン2019
Annotatho(n=Annotation+Marathon)もこれで3回目。 今回は、前回までの三島の遺伝研から場所を改めて、柏の葉キャンパス駅前のDBCLS柏にて …
Talk on Comparative Insect Transcriptomics
Written by Hidemasa Bono in misc on 月 04 11月 2019.
虫の会前座＠第42回日本分子生物学会年会
分セーにあわせて今年も開催される「虫の会（本会）」の前座で話します（意訳：第42回日本分子生物学会年会で開かれる「虫の会（まじめ版）6：昆虫 …
Talk on bioRxiv
Written by Hidemasa Bono in misc on 日 03 11月 2019.
bioRxivとは何か?＠第42回日本分子生物学会年会
約1年前の2019年9月に書いたブログエントリ、BioRxivとは何かがわりと見られているようだ。 そのせいか、第42回日本分子生物学会年会の学会企画、研究倫理委員会企画・研究倫理フォー …
4th RDF tutorial
Written by Hidemasa Bono in misc on 木 31 10月 2019.
第4回RDF講習会
第4回RDF講習会が2019年10月31日に開催。 これまでと異なり、今年は市ヶ谷駅に近いほうのJSTではなく、JST東京本部の地下会議室にて。 今年も参加して復習。
去年と比べて、さらに洗練さ …
21st Workflow Meetup
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 30 10月 2019.
21st Workflow Meetup
21回目の今回も参加。
cwltoolが古いかも疑惑があり、 conda install -c conda-forge cwltool でconda-forgeからインストールし直し。
ただ、達人的にはpipやapt-getによるインストールが推奨らしい …
rsync hacks
Written by Hidemasa Bono in misc on 火 29 10月 2019.
必要な拡張子のファイルだけをrsync
AOEのindexを作成するためにArrayExpressのメタデータだけをダウンロードして使っていたのが始まりだったが、DDBJとの協力関係の下、ArrayExpressのファイル全体をmirrorしてきた。
しかしながら、諸事情あってそれを止めることになったので、AOEの更新のために必要なメタデータだけ取得することに。 同梱されて …
bonohu.jp reloaded Oct 2019
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 19 10月 2019.
停電からの復帰
bonohu.jpのブログ、マシンが通電して再開。
台風19号による停電で約1週間ダウン。
停電は早々に直ったようだがうまく自動再起動せず、結局手動で起動。
2019年10月20日の道場本読書会にギリギリ間に合った。
seminar at NARO NIAS 2019
Written by Hidemasa Bono in misc on 木 17 10月 2019.
生命科学データ解析セミナー＠農研機構
農研機構の生物機能利用研究部門にセミナーで呼ばれたので、つくばまで遠 …
Japan Spotfire User Group Meeting 2019
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 11 10月 2019.
Japan Spotfire User Group Meeting 2019
去年はほぼ参加できなかったので、2年ぶりのJASPUG meeting。 160人ぐらい参加ということで、15年前ぐらいに始めた時と比べると人が格段に増えた。
分科会の盛り上がりは相変わらず。 GWAS Catalogのデータを再利用 …