Category: misc

Trami

Written by Hidemasa Bono in misc on 火 02 10月 2018.

ぼうのブログ復電

ぼうのブログをホストしているマシンが41時間ぶりに通電して復活。 台風による停電はおそらく初めて。 これまでは瞬電が原因でネットワーク接続が切れてしまうパターンが多かったが、本当に電力供給がこんなに長い時間止まってしまったのは初めて。 電気のありがたさを感じた次第。 復旧に尽力していただいた方々、ありがとうございました。

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September2018

Written by Hidemasa Bono in misc on 日 30 9月 2018.

2018年9月を振り返って

9月は出張が多かった。 まず月初めから8月末からの熊本出張があり、その翌週には蓼科での若手支援技術講習会、広島でのゲノム編集特化型講習会、獣医学会のシンポジウムでの講演が連続して。 そして、月の最後に大阪での日本癌学会学術総会。 しかしながら、外泊数としては8で、5月や7月に記録した10ほどではなかった。 それでも出払っていることが多く、データ解析野郎としては不完全燃焼。

その間に分担翻訳したゲノム第4版の出版があったり。

そして、Dr.Bonoの生命科学データ解析も発売から丸一年を迎えるなど。 多くの方に読んでいただけたようだが、教科書として使っていただいてより多くの方に読んでいただければと。

でも、気がついたら、2018年の3/4が今日で終わるわけで。 自らのoutputを出すことに10月以降、注力したい。

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GENOMES 4 in Japanese published

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 21 9月 2018.

ゲノム第4版出版

翻訳を分担した最新の生命科学教科書、ゲノム第4版を3連休前の金曜日、2018年9月21日に拝受した。 500ページを超える分量の割には薄くて軽かった。帯にもあるようにスリム化した賜物であろう。

翻訳したとはいえ、担当した5,6章以外は見たこともなく、どうなっているかはそれまで全く知らなかったので、翻訳をされた方は最終的な訳者一覧の校正で知っていたものの、新鮮な感じ。 第4章の4.2節「次世代塩基配列決定法」でNGSによる配列決定方法がバッチリ解説されている。PacBioもNanoporeも。最新の教科書だからこそのコンテンツかと。 じっくり読ませてもらいたいと思う。

この本の章立て(目次)が出版社のページで公開されたので、こちらも参考に。

そして、2018年9月24日にはamazonで(予約ではなく)即時購入可能となった。

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ROIS Tachikawa

Written by Hidemasa Bono in misc on 火 18 9月 2018.

ROIS立川

研修で初めてROIS立川へ。 国立極地研究所と統計数理研究所が都内から移転してきて、現在ここに。

多摩都市モノレールも初めて。 一区間(立川北→高松)だけ乗るのもったいないな、と思いつつ、しかし歩いて行くほどの時間もないので乗ったら100円でビックリ。 そして高松駅で降りると、進行方向にまだモノレールの高架があって。 車庫があるための施設のようだが、ROIS立川(もしくは立川市役所)近くに駅が出来るといいなと勝手に思ったり。

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What is BioRxiv

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 15 9月 2018.

BioRxivとは何か

BioRxivにアップした論文をポスター発表していたら意外な質問が。

「このBioRxivって何ですか?」

そもそも読み方からして知られていない。「バイオアーカイブ」と読む。Rxivのxは「エックス」でなく、「カイ二乗検定」のχ(カイ)。それで「アーカイブ」と読む。なお、アーカイブの本来の綴りはarchive

そしてこれは、一体全体何なのか、だが。 新たなる論文誌ではなく、preprint(プレプリント)と呼ばれるものである。 論文として査読に出す前に論文をpreprint serverと呼ばれるウェブサイトにアップロードすることで公開する仕組み、なのだ。

詳しくは2017年10月に、第2回 SPARC Japan セミナー2017 (オープンアクセス・サミット2017)「プレプリントとオープンアクセス」というセミナーをオーガナイズさせていただいたので、そちらの資料が参考(PDF)になると思うが、かいつまんで私のイメージを以下に。

物理学の一部の分野では昔からこの仕組みが採用され、本家arXivに論文をアップすることで研究者同士が論文を共有してきた …

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AJACS advanced specialized for genome editing 2

Written by Hidemasa Bono in misc on 火 11 9月 2018.

ゲノム編集特化型DB講習会

2018年9月11日(火)に広島大学東広島キャンパスにて「ゲノム編集特化型DB講習会」が開催され、それの講師に。

参加者は30人ほどで、自分は「統合DBの便利なサービス」と題して40分でざっと紹介させていただいた。 講習の内容は統合データベース講習会AJACS同様、GitHubに。

実は、広島大学東広島キャンパスは初めて。 残念ながら、講習会を午前中にしただけで他に時間がなく、見学とかは全然できなかった。 近くで広島風お好み焼きを食べにいったり、生協で売っていたスケルピョンを捕獲したぐらい。 機会があれば、また行ってみたい。

帰りにバスを間違えて危うく広島駅まで行ってしまいかけるなどもあったものの、予定通りミッションを果たして来た。 公共DBの広く知ってもらうという意味でも、ミッション(mission; 「布教、伝道」)なのかなと思ったり。

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Tateshina wakate 2018

Written by Hidemasa Bono in misc on 日 09 9月 2018.

若手支援技術講習会2018

2018年9月6-8日、若手支援技術講習会2018に参加。 ずっとこの集まりとは縁がなかったのだが、昨年度ROIS-DS-JOINTというデータサイエンス共同利用基盤施設の活動で共同研究集会「若手カンファレンス:がん研究とデータサイエンスのコミュニケーション」を一泊二日で主催し、こういう集まりがあることを教えてもらって、今回参加させていただくこととなった。 招待講演などではなく、ただの参加者として。 自分の視野を広げる勉強のため、ということで仕事ではなく、有給休暇を取得しての参加で。

元々はがん分野の若手の集まりだったということらしい。 現在では先進モデル動物支援プラットフォームの若手支援技術講習会ということで、神経や発生、免疫の分野の若手研究者が参加して、二泊三日で長野県茅野市蓼科で合宿、というスタイルになっているとのこと。 それらの多岐にわたる分野のお話が聴けた他、主催となっている文部科学省 新学術領域研究 学術研究支援基盤形成 先端モデル動物支援プラットフォーム の各種支援事業に関する紹介もあった。 知り合いの研究者がそういった活動に実は関与していることを初めて知るなど、色々新規に知る気付きがあった。

基調講演的な位置づけのSpecial Scientific Lectureでは、翻訳に参加させていただいたゲノム第4版の監訳者である石川冬木先生がお話しされるなど、私にとってはタイムリーであった。

ポスター発表も議論が盛り上がるよう工夫されてて、比較的近い分野の10人以下のグループに分かれ、それぞれで内容説明と議論を行う形で、その狙い通り予定されていた時間が足りなくなるぐらい議論が盛り上がった。 その発表内容の研究は、次世代シークエンサーDRY解析教本で勉強してできるようになったという方も複数いて、まさに筆者冥利に尽きる、状況。 それを書いた人が、同じ枠でポスター発表している、というのは彼らには不思議に思われたようだが …

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ROIS DS JOINT INSECT 2nd

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 10 8月 2018.

昆虫のゲノムデータベースとそれを活用したデータ解析2

ROIS-DS-JOINT共同研究集会として去年度より始めた「昆虫のゲノムデータベースとそれを活用したデータ解析」を今年度も開催。今回もDBCLS柏にて。2018年8月9,10日に。

2回目ということもあって比較的準備は馴れたものだったが、それでも色々とややこしい事態は発生。今回は開催日に開催地への台風直撃の予報という天災まで。結局、最後で台風は逸れ、2時間開始時間を遅らせただけの被害で無事開催できたのだが。毎度、もうこれで最後にしようと開催直前には思うのだが、終わってみればまたやろう、という気持ちになるのが不思議。

今回も何人かに長く話してもらい、他の参加者は5分間のライトニングトークをするという構成で、全員が話をするという形。JST NBDCによるNGSハンズオン講習会に出た上で、次世代シークエンサーDRY解析教本を読んで勉強したという学生さんの話に、ああやっぱり出してよかったなあと。

古くなった部分があるとはいえ、必要だと思ったことをできる限りカバーしたつもりなので、もっと読んで勉強して欲しいと思ったりもしたものの、これらの書籍やブログ、twitterなどを通して情報発信してきたことが見られているんだなということを再確認する機会ともなった

今回は2日目終了後の午後にAJACSa5柏と称して中上級向けの講習会を連続開催してみた。前回の研究会終わった時に、2日目午前で終了ということなら、午後にも残ってやりたい人だけで講習会をやったらいいんじゃないかと思ったのがキッカケ。内容的には割と高度だったのだが、受講生の皆さんのリテラシーが相対的に高く、また学びたいというモチベーションも高かかったこともあって、予定していた時間よりはるかに早く終わってしまった。もうちょっと発展課題を用意しておくべきだったと反省。

それなりに充実した会になったのではないだろうか。リアルに顔を合わせて話をすると良いことがある、ということが広まるといいな。もちろんここには書けないけどw。

オーガナイザーの横井さん、そして参加者の皆さん …

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GENOMES 4 in Japanese

Written by Hidemasa Bono in misc on 木 09 8月 2018.

ゲノム第4版

冬休みに宿題として(一部)翻訳した本、ゲノム第4版がamazonに。

英語版の章立てはあるものの、日本語のそれはまだ公開されていない模様(リクエストはした)。

翻訳担当した章はそのうち、

  • 第5章 Genome Annotation (ゲノムアノテーション)
  • 第6章 Identifying Gene Functions (遺伝子の機能を同定する)

実は、前版では元上司たちが担当していた章で、結果としてその後を引き継ぐ形となった。 11年ぶりの改訂ということで、ヒトゲノム解読後であっても新しい技術に関して加筆された部分が多く、CAGE法に関しても第5章で、CRISPR/Cas9を用いた機能解析に関しては第6章に詳細な記述がある。

原著はこちら。

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July2018

Written by Hidemasa Bono in misc on 火 31 7月 2018.

2018年7月を振り返って

出張が少なかった6月と打って変わって、7月は5月と同じ宿泊回数10日。 国内版バイオハッカソン@徳島がその半分以上の6泊。結果として、AOE関係の仕事はとても進んだのでよかったのだが。

あと、統合データベース講習会AJACS筑波4の講師業。広報活動にももちろん、寄与した。 DB利活用の広報活動的な外部講演は、つくばと徳島のそれぞれの出張に併せて外部セミナーというものを実施したりで、AJACSも含めると7月は3件。出張に併せてやるというのは聞いてもらえる機会を増やすので、今後も積極的にやっていきたい。

公共DBを使いこなした研究も並行してやってきてはいるが、なかなか形にはなっていない。 色々な締め切りがヤマを越して時間が取れそうな来月以降、キッチリ形にしていきたい。

夏休みシーズンを迎えて、Dr.Bonoの生命科学データ解析は細々と売れているようだが、実際に何冊売れたかは今のところ、不明。

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BH18.7

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 20 7月 2018.

国内版バイオハッカソンBH18.7

徳島県徳島市の眉山にあるかんぽの宿で開かれた国内版バイオハッカソンBH18.7に参加。公共発現データ目次AOEの開発維持管理を引き続き取り組む。

一つ目は、NCBI Gene Expression Omnibus(GEO) のより完全なメタデータをAOEで使えるように、GEOからsoft形式のファイルを取得してくるスクリプト群書き。GEOデータのダウンロードの説明ページを参考にしながら、eutilsの使い方をよく知っている同僚に教えて貰いつつ。ダウンロードしてくるべきデータのIDのリストをウェブインターフェースで事前に取得してから100個づつまとめてゲットしてくるやりかたで進めたが、途中で一時停止したり。なかなか思うようにすぐには取得できず。

二つ目は、SRAには登録されているものの、GEOには登録されていないデータに関してもAOEから検索できるようにするというプロジェクト。以前にも数えてみたことがあったが、今回DBCLS SRA APIを使ったやり方に変更し、BioProjectのID単位で数えてみると2万を超えるエントリがあったので、それらがどういうエントリかを詳しくみる手前まで漕ぎ着けることができた。続きは次回以降のSPARQLthonにて。

という感じで、自らのプロジェクトを進めることが今回も出来た。有意義で充実した、素晴らしい五日間だった。セッティングしていただいた、オーガナイザーの皆さん、ありがとうございました。

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Start Python Club 37th

Written by Hidemasa Bono in misc on 水 11 7月 2018.

みんなのPython勉強会#37

前回に続いて、連続参加。おとなしく、聴衆に戻った。

第37回目の今回はPython教育がテーマということで、社内で導入した例や勉強するためのさまざまなリソースの紹介。特に、最後の@terapyonさんの「Pythonの学びの段階を自覚し適切なステップアップ方法を見つけよう〜コミュニティやチュートリアルイベントを通じて感じたこと〜」は普段講習会の講師をやっている自分にとっても参考になる点が多々あり、グッときた。単に本を紹介するという感じではなく、そのための心構えやイベントへの積極的な参加姿勢などを学び取ったつもり。

終了後のビアバッシュのじゃんけん大会で勝ち残ってしまい、azureなTシャツをゲットした。これまで持っていないいい色合い。大事にします。

次回は仕事の都合上無理っぽいが、またタイミングが合えば会場で参加したい。

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Navigating Metabolism

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 07 7月 2018.

代謝ナビゲーション

Nature Metabolismが2019年1月に発刊されるらしい。約20年前に日本生化学会の代謝マップを元にKEGGのデータを作成するお手伝いをしていた私にとってみると大変驚きの事実である。当時はシグナル伝達全盛で、なぜそんな時代遅れの代謝なんてやっているのかわからんといわれたものである。

今、代謝がアツい。実は2017年にDr.Bonoの生命科学データ解析と同じ出版社(メディカル・サイエンス・インターナショナル)から、代謝ナビゲーションという翻訳本がほぼ同時期に出版されている。

この本には、代謝パスウェイの知識をデータベース化していた90年代からの研究の進捗が加味されており、さらに深く代謝を知る上で大変参考になる。 例を挙げると、低酸素誘導因子(HIF)による代謝の調節がそれである。第10章「シグナル伝達と代謝」のp176辺りに「酸素とグルコースによる転写ネットワークの調節」の節で、2000年前後から解明が進んだこの分野の知見が綺麗にまとめられている。

原著はこちら。

より深く知りたい人のための文献として第3章「解糖系」ではKEGGのGlycolysis/gluconeogenesisのURLが紹介されているのは、感慨深いものがある。URLもこの種の教科書の重要なリファレンスとしてリストされるようになったのだ。

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11 years passed

Written by Hidemasa Bono in misc on 日 01 7月 2018.

DBCLS11年

この2018年7月で、2007年7月にDBCLSに移ってはや11年が過ぎた。 日本を代表する生命科学のデータベースセンターとしてやるべきだと思ったことを自分なりに自分のできる範囲でやり散らかしてきた。 その雑多な知識の体系として、ようやく2017年の9月に『Dr.Bonoの生命科学データ解析』という形で書籍化することができ、一区切り。

drbonobon

プロジェクトを開始した当時は、動画でDBを紹介することなんて考えてなく、紙媒体の教科書としてそれをまとめて形にすることを目論んでいた。 一周回って、11年目にしてやっとそれが達成された、という考え方もできるかも。

そして、その次へ。そうやって構造化した知識(11年前当時流行っていたキーワードでいうと、「知の構造化」)を、実際のこれからの生命科学研究で活用していくこと、である。 多くの人に使ってもらいたいが、自らももちろんやる。 それを実現化するためのいろいろのため、日々奔走している今日このごろ。 これからも前向きに精進していきたい。

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Shizuoka.ngs#1 done

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 30 6月 2018.

エンジニアのための生命科学データ解析の勉強会@静岡に参加しての雑感

このブログの過去のエントリにも書いたように、Shizuoka.ngs#1が開催された。2017年の12月に拙著『Dr.Bonoの生命科学データ解析』(通称Bono本)の読書会で得た雑感を元に、今回は生命科学ガチ初心でもできる!エンジニアのための生命科学データ解析の勉強会 Shizuoka.ngs#1 として企画。場所は、前回の読書会と同じ貸し会議室@静岡駅前で。

メインは、RNAの発現量を配列カウント数から推定するRNA-seqデータ解析のハンズオン。もっと手こずるかと思ったが、エンジニア向けということで参加者のコンピュータ・リテラシが高いのか、予想を遥かに上回るペースで進んだ。これは、主催者のOさんが貸出マシンやデータを予めダウンロードしてUSB外付けハードディスクに準備してくれたばかりか、jupyter notebookのファイルも用意してくれてて。参加者は、それを一行づつ追って確かめていけばよく、勉強になったからかと。

自分は、「エンジニアのための生命科学入門」と題して1時間弱話させていただいた。@no85jさんもライトニングトーク「遺伝子発現解析で何がわかるの?」をしてくださり、なぜそのようなデータ解析をしているのかがより明確にわかったのではないかと。

次世代シークエンサーDRY解析教本に載っているやり方とは異なるalignment freeな方法によるハンズオンは今回が初めてだった。これまでのやり方だと時間内には絶対終わらず三分間クッキング方式で、すでに解析したファイルを見てもらうだけだったが、これならMacBookAirでも発現定量解析が一応自分のマシンで完了できた。今後はこちらでやると良いのかもしれない。

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Mishima.syk 12th

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 23 6月 2018.

Mishima.syk#12

8ヶ月ぶりに開催されたMishima.sykは今回12回目。5年ほど前から開催されているので、年2-3回のペースということに。

今回は発表者も多く、話題が多岐にわたり、いろんな方の発表を聞かせてもらった。名指しでコメントを求められる場面もあったが、個人的にはその場では控えめなコメントに留めるようにしたつもり。「日々是精進」かと。

今回は国際塩基配列データベース見聞録ということで、2018年5月のNCBI出張で得た雑感をざっと。実は、8回目にも同じタイトルで2016年5月のEBI出張関係で話していて、続編的であったが、初めての人も多いということで基本的なところにとどめて、撮った写真を中心にビジュアルに話してみた。最後は来週2018年6月30日のShizuoka.ngs#1の宣伝で締めた。公開できる資料はMishima-sykのGitHubにアップしてある。

NGS_DAT

素晴らしくオーガナイズされた懇親会(一次会、二次会)にて新しく参加してくれた人と話す機会があった。「次世代シークエンサーDRY解析教本を読んで勉強した」という話を聞いて嬉しい気持ち半分、そこからさらに発展させて最新のツールをサーベイして使ってみてよかったから(次のアップデートがあるのなら)それを載せてほしい、といったさらにツッコんだ話まで聞けなかったのが残念な気持ち半分、が正直なところ。このギョウカイの流行り廃りのペースは早く、日本語の情報はすでに古くなっているかも、という目で参考にしてほしい。自分一人だけで独学でデータ解析やシステム構築の勉強をやっていくのは辛いというのなら、そういう人が集まる勉強会、例えば来週2018年6月30日の …

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Like Nishino Japan Tonight

Written by Hidemasa Bono in misc on 火 19 6月 2018.

憂しと見し世ぞ 今は恋しき

奇跡の復活を果たした友人と。いろいろ絶望していたが、話しているとポロポロと良い考えが。何事も前向きに。

ご所望のバーに久しぶりに。自分の定番ばかりでなく、たまには新しいオススメを飲んでみるのも良いことだ、と。

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Start Python Club 36th

Written by Hidemasa Bono in misc on 月 04 6月 2018.

みんなのPython勉強会#36

2年前に初めて参加して以来、数ヶ月に一度ぐらいの割合で予定が合えば参加してきた、みんなのPython勉強会だが、ついに2018年6月の第36回で発表させていただいた。ネタとしては、生命科学データの可視化ということで、AOEを中心に概論と詳細を。前者を私が、後者を実際にシステムの構築をやってくれている大石さんにお話いただいた。

私に与えられた15分で、生命科学データとその可視化の概論をというのは、やはりきつかったというのが印象。少々時間オーバーして進行に迷惑もかけてしまった。ネット接続が切れてて、見せたかったゲノムブラウザの可視化も表示できず…。次回以降はまたおとなしく聴衆に戻ろう。

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The self taught programmer

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 02 6月 2018.

独学プログラマー Python言語の基本から仕事のやり方まで

YouTube Live越しにこっそりエア参加させていただいた2018年5月のみんなのPython勉強会で辻さんが紹介されていた独学プログラマー Python言語の基本から仕事のやり方まで。これまで必要に迫られてPythonで書かれたプログラムの吐くエラーからコードをちょこっと直したりはしてきたものの、Pythonプログラミングをガッツリ勉強したことは実はないので、一から学び直しで読んでみようと。

まだ自分も読み進めている段階ですが、「独学プログラマー」というだけあって、書き方が丁寧で 独学向き だなと。初学者向けの文章の書き方としても大変参考になっている。

http://theselftaughtprogrammer.io/

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MOVE book

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 01 6月 2018.

トップジャーナル395編の型で書く医学英語論文

research for the best cure™::blogで紹介されていたのを見て、5月の連休前に注文。しかし、結局、連休後に手にすることになったのだが。

トップジャーナル395編の型で書く医学英語論文という名前だけあって、論文をテキストデータとして分析してevidence basedに書かれていて興味深い。Intorduction, Method, Results, Discussionの4つのパートからさらに細分化して分類し、12のパーツに分けてそれぞれに関する特徴を解説している

例文の英文や頻度分析結果等は後でじっくり見るつもりで、一通りさらっと。意外にすぐに読めてしまった。書いてあることは論文をこれまで書いてきた身にとっては経験的に知り得ている内容ではあったが、頭の中が整理された。次回論文を書く際にきっと無意識のうちに参考となるのではないかと。分野は医学系とはいえ、論文を書くすべての人に参考となる内容。おすすめ。

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May2018

Written by Hidemasa Bono in misc on 木 31 5月 2018.

2018年5月を振り返って

4月とうって変わって、宿泊回数10日。そのうち、海外出張で6泊で、大型連休期間もあり、あまり職場に居ない月となってしまった。その海外出張に間に合わせる形で、先月拡張に力を入れたAOEの更新版を公開した。その結果AOEは、ArrayExpressとGene Expression Omnibusの両方の遺伝子発現目次となった。

DB利活用の広報活動的な外部講演は、5月は2件。昨年のBono本出版が影響してか、今年度は出だしから続いている。できるだけ 月1回ぐらいのペースで、と考えていたが、5月でいきなり破ってしまった。

その分、自分自身の公共DBを使いこなした研究が低調になってしまったのが反省材料。来月6月はここを特に頑張りたい。

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Shizuoka.ngs#1

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 04 5月 2018.

エンジニアのための生命科学データ解析の勉強会@静岡

拙著『Dr.Bonoの生命科学データ解析』を題材に、生命科学データ解析の初学者や学び直したい方向けに歴史と現在の状況を理解する読書会が2017年12月に静岡で開かれた。静岡で開かれたにもかかわらずわりと盛況だったが、生命科学バックグラウンドの人が多く、そのエリアのシステムエンジニアさんの参加はほとんどなかった。

drbonobon

そこで今回、生命科学ガチ初心でもできる!エンジニアのための生命科学データ解析の勉強会 Shizuoka.ngs#1が企画された。2018年6月30日(土)、場所は前回の読書会と同じ静岡駅前。RNAの発現量を配列カウント数から推定するRNA-seqデータ解析は、生命科学初心者にも取っ付きやすいのではないかということと、次世代シークエンサーDRY解析教本にもそのやり方が載っているが、より新しい方法が使われるようになっていることなどから今回題材にあげることとなった。

NGS_DAT

私は「エンジニアのための生命科学入門」と題して最初にお話させていただきます。生命科学データ解析に触れてみたいエンジニアの皆さん、是非ご参加下さい。 申込みはconnpassのShizuoka.ngs#1のページから。会の終了後、懇親会も予定されていますので、そちらも是非。

2018年6月6日追記

ハンズオンでやる内容の資料が事前に公開されました。connpassのShizuoka.ngs#1のページからもリンクされていますが、ここです

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April2018

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 28 4月 2018.

2018年4月を振り返って

年度始めとあって出張が極めて少なく、宿泊回数も2日。その分、本務先で仕事を大幅に進めることができた。

とくに、AOEの拡張にかなりの時間を割いた。NCBI GEOのデータでArrayExpressには入ってなかった分を含める一連の仕組みを作成し、来月(2018年5月)から公開する。今年度はさらにSRAの検索系とのシステム的な融合を含めて、より使いやすくしていく予定。

それ以外に公共DBを利活用してもらうための広報活動も、本務としての担当を外れて久しいが、相変わらず独自ルートでも。今月は、1件外部でのセミナーをさせてもらった。昨年のBono本出版の影響もあってか、今年度は依頼も複数件来ているが、できるだけ 月1回ぐらい のペースで続けられたらと。

もちろん、自分自身でも公共DBを使いこなした研究も、昨年度までの流れを受けて、今年度も続けてやっていくつもり。

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Seminar at NCC

Written by Hidemasa Bono in misc on 月 23 4月 2018.

セミナー@国立がん研究センター

今年度、初の外部出張で、国立がん研究センターにてセミナー。10年近く前に行ったことがあるから大丈夫、と思っていたが、入り口がわからず見事に迷った。

セミナーの内容は、統合データベースプロジェクトで作成維持してきたDBカタログ、DB横断検索、DBアーカイブにつづいて統合TV、Allie、inMeXes、新着論文レビューと領域融合レビューの紹介。その後は塩基配列DB、遺伝子発現DBと紹介してその応用事例としての低酸素トランスクリプトームのメタ解析について話した。60分で話すには盛りだくさんすぎたようで、最後はだいぶ端折ってしまったが。

セミナーの入りは4,50人ほどで、公共DB利用に対する関心が高いのか、多かった。旧知の方も参加しに来てくれたり。統合TV、新着論文レビューに対する認識度も高く、聴衆の約9割ほど。だが、途中で割って質問してくるようなことはなく、おとなしめ。それもあってか、淡々と話してしまった印象が演者としては残っていたものの。

終了後に新しいサービスを知れてよかったという意見があったと後日うかがい、やっぱりやってよかったな、と。まだまだ広報活動は必要だし、DBの維持同様、継続してやっていくべきことだと改めて実感。また別の研究所や大学に話に行きたい。お忙しい中お呼びいただき、ありがとうございました。

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ぼうのブログ resumed

Written by Hidemasa Bono in misc on 日 08 4月 2018.

ぼうのブログ再開

ぼうのブログを復活させました。古いコンテンツのインポートを試みていますが、今のところWordPressのXMLからmarkdownへの変換がうまくいかないので、古いコンテンツはぼうのブログ(Backup)から見れるように残してあります。

技術的なメモは、bonohu blogに(英語)。ぼうのブログ(ここ)は日本語での雑記がメインになる予定。

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自宅鯖絶不調

Written by bonohu in misc on 金 05 1月 2018.

自宅鯖にしているMac miniの調子がここのところ悪い。今朝はおそらく早朝に勝手に再起動していたし、さっきはちょっと出かけている間に固まっていた。前者は瞬電の可能性もあるのでアレだが、後者は明らかに不調の表現型。wordpress.comのバックアップサイトを常時起動するようにしておくかな…。

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冬休みの宿題その1

Written by bonohu in misc on 木 04 1月 2018.

ある本の分担翻訳をひとまずやり遂げてしまった。打ち込んだ文字数の合計、約5万字ほど。冬休みの宿題として持ってきたが、おそらくこの休み中には終わらず、冬の週末にと思っていたのだが。

その分野のことを広く知ってもらうために、母国語である日本語に翻訳することは、研究者にとってボランティア活動のようなものだ。完全な無報酬、ではないからプロボノ(pro bono publico)ということにはならないのだろうけど、対価を考えると安いものである。基本、業績にならないし、勤務時間以外にやったし。

とはいえ、翻訳することで実は自分も勉強させていただいた。よく知っているはずの知識が補完され、さらに再構成されて。早目に出版されるといいのだが…。

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Bonoがbyobuで上手にbashのスクリプトを書いた

Written by bonohu in misc on 水 03 1月 2018.

かつて紹介したbyobuであるが重宝している。とくに遠隔からたまにネットワークが切れたりすることが前提の環境における使い方で。

その場合、ローカルな手持ちのマシンではなく、遠隔のサーバーでbyobuを起動して、いくつかの時間のかかる処理を実行するわけである。私の場合、httpdのログのtail -fな監視であったり、時間のかかるデータベースのミラー作業であったり、(bashスクリプト化した)transcritopme assemblyの計算であったり、ハードディスク間のrsyncであったりする。いずれの場合も再接続した時点で現在行われている処理がリアルタイムにわかるので大変便利。

この場合、すなわちサーバーにbyobuがインストールされていないといけないのであるが、某スパコンとかでこれをやっているわけではなく、自分で管理しているマシンで立ち上げている。そうでないマシンに関してはそこから都度sshして使っている。もちろん、停電等でそのマシンが落ちてしまったらすべてのプロセスが死んでしまうのであるが。

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Trinity前処理

Written by bonohu in misc on 火 02 1月 2018.

遠隔作業が可能なので、時間のかかる処理を仕込みつつ。

fastq-dumpでヘッダを変えたFASTQでは、Trim Galore!(cutadapt)によるトリミングが失敗するようなので、仕方がなくTrinity(v2.5.1)が実行できるようなヘッダに書き換える以下のようなフィルタ(for_trinity.pl)を書いて処理。ペアエンドのみの対応。

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#!/usr/bin/perl
my $c = 0;
my $strand = shift(@ARGV); # 1 or 2
# STDIN: fastq file …

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2018年の計

Written by bonohu in misc on 月 01 1月 2018.

年頭恒例にしているその年の計。「2018年、かくありたい」

  1. 引き続き、ずっと取り組んでいるメインの仕事、公共DBの全レコードを対象としたデータ解析研究に力を注ぎ、懸案の仕事を論文化したい。

  2. その上でそれを利用した研究を進め、グラントを獲得できるようにしたい。

  3. SNSに割く時間を減らして、考えていることの情報発信をこのブログなど、他の便利ツールに頼らないやり方でより発信していきたい。

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