Category: misc

SPARQLthon63

Written by bonohu in misc on 木 14 12月 2017.

BH17.11の続き。NCBI GEOのメタデータをDBCLS SRAのAPIから取得してこれるよう、AOEのコードを追加。そしてそれらをGitHubにアップすべくまとめたり、ドキュメントを充実させたり。短いコードであってもそれらを書き散らすのは楽しい。

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Pythonオープンサイエンスシンポジウム in つくば

Written by bonohu in misc on 火 12 12月 2017.

普段日程が合えば参加しているみんなのPython勉強会(Start Python Club)が、Pythonオープンサイエンスシンポジウムをつくばで開催。これまたちょうど都合がよかったので参加。

いろんな研究分野でPythonを使っている人が増えていることが実感できるとともに、そういった研究分野の一端を知るキッカケに。それがむしろ私にとっては興味深かった。また、そういう方々と知り合いに。もちろん、懇親会まで残って膝を突き合わせて色々話したから、ではあるが。他の分野の方々のお話を聞くことは重要。自分のやっている研究分野(生命科学)がどういう立ち位置にあるのか知ることができて。たまにはそういう機会があるべきだなと。

いろいろとおもしろくなってきた。

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ConBio2017 4日目

Written by bonohu in misc on 土 09 12月 2017.

最終日は、RefExとAOEの口頭発表。今回は@h_ono氏が発表をやってくれた。2年前に同じく神戸で(その時は自分が)口頭発表したときに比べて、disり質問もなく。(今は)公共データを再利用しよう、という流れをここでも感じた。遺伝子発現データの利用事例をもっと作って発表していこう!

そして、ランチの時間帯に行われたJSTのバイオサイエンスデータベースセンター(NBDC)のフォーラムだが…公共データベース利活用がはやりの流れからか超満員となり、嬉しい悲鳴だった。データベースに対する関心は我々の想像を超越していた感。もっと「どう使ったか」伝えられるような、そういう事例を作っていかないと(シツコイようだが…)。

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ConBio2017 3日目

Written by bonohu in misc on 金 08 12月 2017.

この日には夜に癌研究者の集まりに。毎度研究コミュニティーのsmall world感を感じながらも、初めて会った人にも統合TVすごく使っていただいていることをお話いただいて、やってきた良かったなあと。

その一方で、ブース展示するたびに統合TVをまだ知らない研究者に紹介しつづけている現実もあり、そういった層にもっとリーチするにはどうしればいいかを考えるキッカケになったり。物凄く効率の良い手段なんてないんだろうけど。

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ConBio2017 2日目

Written by bonohu in misc on 木 07 12月 2017.

2日目はブース対応をメインのはずだったが、Bono本サイン会があったりして迷惑かけてしまった…。そちらのイベント自体は大成功だったのだが。

この日の夜には「統合データ解析環境 Galaxy を使った再現可能なデータ解析」のフォーラムがあって参加したが、フォーラムとは思えない人の入り(約80名!)で、関心の高さが窺い知れた。ユーザーコミュニティがさらに広がっていくといいな。

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ConBio2017 1日目

Written by bonohu in misc on 水 06 12月 2017.

ConBio2017は初日の午前にいきなり主宰ワークショップ「いかにして『使える』データベースを維持し続けるか?」から開幕。以下のような豪華な演者陣でバイオなデータベースをめぐるさまざまな立場からお話いただいた。

  1. 高木氏 「ライフサイエンス統合データベースプロジェクトから学ぶこと」 20171206ConBio_takagi(PDF)

  2. 粕川氏 「FANTOMプロジェクトおよび一細胞データベースSCPortalenにおけるデータリソース維持管理の取り組み」 https://doi.org/10.6084/m9.figshare.5682850

  3. 林氏 「オープンサイエンス政策とその実践が目指す研究者社会に向けて」 https://doi.org/10.6084/m9.figshare.5691196

  4. 新谷氏 「論文の補足資料を越えて:リポジトリとデータジャーナルによる効果的なデータ共有」 https://doi.org/10.6084/m9.figshare.5687536

  5. 八塚氏 「生命科学におけるオープンデータの理想と現実」 https://doi.org/10.6084/m9.figshare …

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ConBio2017 0日目

Written by bonohu in misc on 火 05 12月 2017.

次の日朝イチで主宰ワークショップだったので、午前にミーティングに出てから午後に移動で、前日入り。それに乗じて途中下車して共同研究打合せ。結果として、ミニハッカソン@グランフロントみたいになり、有意義な打合せができたかと。

それにしてもJR大阪駅は日本各地の料理が食べられるグルメスポットになっていて。変わったな。

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BH17.11

Written by bonohu in misc on 金 01 12月 2017.

2017年の国内版バイオハッカソンは熊本にて、11月26日〜12月1日まで。 AOEのコード群をDBCLS傘下のGitHubに移し、書き散らしていたコードをまとめたり、発現定量値を使ったソレを議論したり。その裏で、共同研究の配列データ解析も進めつつ。 途中の日から会場の隣に岩盤浴のある日帰り温泉施設があることがわかり、温泉インフォマティクス研究会を開催。でも帰ってきたら体重は増加していたというオチ。食欲の秋だった。

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Annotathon2017

Written by bonohu in misc on 木 16 11月 2017.

今回で2回目のアノテーソン。ゲノム配列解読系の人が多かったような。自分の考えていた「アノテーション」とは違う世界に戸惑うものの、アップデートされたデータに対するデータ解析が不十分なことを思い知らされた。それもやらねば。 アノテーションで用いるツールを参加者みんなでリストアップしたのは、大きな成果の一つ。

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kallisto

Written by bonohu in misc on 水 15 11月 2017.

遅ればせながら、kallistoを試す。日本語でブログに書いている人もいる模様だが、最新の情報は英語の本家のドキュメントから

indexはtranscriptのFASTAファイルに対して。つまりtranscriptごとの発現定量がなされるわけである。

time kallisto quant -i index -o results/ -t 12 test1.fq test2.fq 23Mのpair-end readのGRCh38なtranscriptでの定量が

275.06s user 9.22s system 438% cpu 1:04.81 total

つまり約1分。爆速である。

time kallisto quant -i index -o results/ -t 12 -b 100 test1.fq …

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第15回がんとハイポキシア研究会2日目

Written by bonohu in misc on 土 11 11月 2017.

日が変わってもなお議論。いつにも増してハードな会となった。

自分ですべての「データ」を出すだけでなく、公共データベースにいろいろと利用可能なのだから、それらを活用すればいいのに、と思ったこと多数。まずはそういうのが使えるということを認識して使ってみるというところから。

次回、第16回がんとハイポキシア研究会は2018/11/9-10にホテルグリーンタワー幕張で、とのこと。

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みんなのPython勉強会#30

Written by bonohu in misc on 水 08 11月 2017.

2017年5月以来、半年ぶりに参加。期せずして3冊のPython本の著者の人が話される節目の勉強会30回目で、大変参考になった。その3冊とは、以下の通り。

  1. 「いちばんやさしいPythonの教本」

  2. 「Pythonエンジニア ファーストブック」

  3. 「PythonユーザのためのJupyter[実践]入門」

Bono本とその読書会の宣伝もLTしたものの。反応が鈍くて残念。生ビールを飲みながらの歓談には敵わなかった感。

それでもまたスケジュールが今回のようにうまくあったらまた参加したい。特に次回は、2017年12月12日(火)に「Pythonオープンサイエンスシンポジウム in つくば」ということで、つくばでオープンサイエンスと銘打ってPythonによるデータ解析の話の回として昼間に開催されるので可能なら参加したい。本日(2017年11月9日正午)より募集開始で、参加者多数の場合、抽選になるようだ。

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日付変更線

Written by bonohu in misc on 日 05 11月 2017.

日付変更線を越えてきたため、私にとっての今日の日は物凄く短く、すぐに終わってしまった。11月1日が37時間あった分のツケ。

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Genome Informatics 2017 day4

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 04 11月 2017.

Genome Informatics 2017 day4

カードキーがいきなり磁気が飛んで無反応になるやシャワーのお湯がなかなか温かくならない等、いろいろあったが、基本楽しめた。 とくにScientificには大満足。 このConferenceは一番自分に合っていることを再確認。

次回はイギリスで2018/9/17-20、次々回はCSHLで2019/11/6-9の予定とのこと。 できればまた自分で参加したい。

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Genome Informatics 2017 day3

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 03 11月 2017.

Genome Informatics 2017 day3

日本は祝日らしいが、こちらはとくに祝日でもないので、普通にセッションが朝から晩まで。

最初だけかと思っていたら、ずっとヒトに関する応用ばっかりで。 ポスター発表にはそれでもまだ植物系のものもあるのだが、ショウジョウバエやC.elegansのそれは皆無。 非モデル生物を主戦場とするようになってそこが気になるようになったのだろうか?

いくつか、新しい解析プログラムに関しても情報を得て、大変満足。 今後出て来るであろう、役立つリソースに関しても。 帰ったら早速試そう。

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Genome Informatics 2017 day2

Written by Hidemasa Bono in misc on 木 02 11月 2017.

Genome Informatics 2017 day2

twitterから得た、参加者らしき人のtweetによれば、229の発表があり、そのうち44が口頭発表で残り185がポスター発表とか。 参加者数は345とか。これもtwitter情報

発表者のLast nameのアルファベット順にポスター番号が振られ、口頭発表も含めて分け隔てなくsimpleにナンバリングされるのは相変わらず。 abstractのページ数がそのまま自分のポスター番号になっている。 上記の通り、総ポスター発表数が多く、会場が2つに別れたばかりか、会期中張りっぱなしでなく1日だけで、今日2日目が自分はポスター発表だった。 今回は多数ポスター発表を聞いてくれる方が来て、論文が出たタイミングの発表だったので、さまざまな質問にも明快に答えられた。 人が途切れたときには他のポスターを見て回る時間も取れて、個人的には満足。

夕方ぐらいまでは大丈夫だったが、結局時差ボケ辛くて早めに寝てしまった。 シエスタ必要だったかもだが、スケジュールが詰まっていて無理。 かつては緩いスケジュールが印象的だったCSHL meetingだったのだが。

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Genome Informatics 2017 day1

Written by Hidemasa Bono in misc on 水 01 11月 2017.

Genome Informatics 2017 day1

2017/11/1-4まで Cold Spring Harbor Laboratory (CSHL) で開かれている Genome Informaticsに参加。 隔年でCSHLとWellcome Genome Campusとで開かれていて、今年は米国で。 実は、第1回目に出ていて口頭発表しているという最古参。 しかしながら、ここ最近はわりと同僚の誰かがこのmeetingに出ていることが多く、自分自身が出るのは調べてみたら、なんと ~~6~~ 7年ぶりということで、かなり久しぶり。 そして、CSHLに来るのも3年ぶり。ガッツリ勉強してきたい。

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SPARC Japan 2017 2nd done

Written by Hidemasa Bono in misc on 月 30 10月 2017.

第2回SPARC Japan セミナー2017「プレプリントとオープンアクセス」無事終了

セミナー企画ワーキンググループメンバーの担当として企画から関わった第2回 SPARC Japan セミナー2017「プレプリントとオープンアクセス」が無事終了した。 企画自体は8月頭ぐらいから開始していたものの、大変申し訳無いことに本業の論文出版とプレスリリースや、なぜかこの季節に来てしまった講演クラスターと9月初旬のバイオハッカソン、そして私事ではあるが9月末のBono本の出版など、いつになく時間が取れず、結果として周りに迷惑をかけてしまった。 とくに一緒に企画に入っていただいた方お二人には本業もお忙しいところ多大なご助力をいただいた。 今後はこういった仕事を引き受ける際にはそういったことが重ならないよう、うまく調整する必要があることを今回学んだ。

今回司会は初めてで、至らないところだらけで運営には迷惑をかけてしまったかもしれない。 個人的には、セミナー自体はプレプリントに関する最新の情報を知ることができ、大変勉強になった。 総合討論は時間を持て余すのではないかと恐れていたが、結果として盛り上がったところで時間となってしまう感じで、とても良かったかと。 そしてなにより、その後の反省会で異分野交流ができたことが一番の成果だったかと。関係者の皆さん、お疲れさまでした。

しつこいようですが。 このSPARCは、こっちのSPARQLとは関係ありません。

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SPARQLthon61

Written by bonohu in misc on 火 24 10月 2017.

台風直撃により、前日入り。いろいろ作業を進めて、それぞれそれなりに進捗があったのだが、SPARQLthonでメインでやるべきAOEまわりはほとんど進まず、無念。今年度の開発の仕様を固める文章化を進めるべし。

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SPARC Japan 2017 2nd

Written by Hidemasa Bono in misc on 月 16 10月 2017.

第2回SPARC Japan セミナー2017「プレプリントとオープンアクセス」

今年も、セミナー企画ワーキンググループに入ってやらせていただいているSPARC Japanの2017年のセミナー2回目が参加募集開始に。いろいろあって遅くなってしまったが、上々の集まり具合のようで。今回も同じ会場ではあるが机も入れて実施することになったため、定員が少なくなり、満員御礼が早くなっている模様。仮にあぶれたとしても動画中継も行われる予定なので、聞いていただくことはできるかと。

今回は昨年から世話係やるようになって初の司会を。うまくやれると良いのだが…。

念のため。このSPARCは、こっちのSPARQLとは関係ありません。

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職場でのGitHubの利用法

Written by bonohu in misc on 土 14 10月 2017.

(このエントリは、Mishima.syk#11のLightning Talkネタ)

職場では、GitHubを日常的に使っている。その実例を紹介する。

  1. 統合データベース講習会AJACSでは講習会資料が基本GitHubで管理している。講師は講習資料をmarkdownで作成し、それを講習会のrepositoryにpull requestを送る。 それを管理者がmerge。講習会配布資料が紙で配られるが、それは整形されたmarkdownのそれをPDFに変換して印刷しているだけで、手間がかからないようになっている。

  2. 最近、data journalのScientific dataに論文の出たRefExは、そこで作成したコードやデータはすべてGitHubのRefExに。データに関しては、公共データアーカイブのfigshareにも。

  3. 現在開発中の公共オミックスデータ目次AOEも。

追伸: Bono本出ました。

追伸その2: 第2回 SPARC Japan セミナー2017 「プレプリントとオープンアクセス」、やります。

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xenomeその後

Written by bonohu in misc on 金 13 10月 2017.

githubに復活したものの、実行が終わらないxenome。他の人も同様な状況らしく。1.0.1に関することとか書かれていたので、ちゃんと見て試そうと思っていたが。そのバージョンでもうまくいかないとのレポートも。もうちょっと待つか…

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研究会ラッシュ

Written by bonohu in misc on 木 12 10月 2017.

気がついたら今年度の後半戦。ちょっとした研究会ラッシュ。これから広報を開始するフェーズの研究会や、旅費の申請が通ってこれから実行に移す、これから企画を申請する、などなど。どれも議論が盛り上がってそれぞれの研究に良い効果を生むといいなぁ。

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代謝ナビゲーション

Written by bonohu in misc on 月 09 10月 2017.

Dr.Bonoの生命科学データ解析と同じ出版社(メディカル・サイエンス・インターナショナル)から同時に出版された本の一つがこの代謝ナビゲーション

日本生化学会の代謝マップを元にKEGGのデータを作成するお手伝いをしていた私には要らないでしょうと言われたが、まったくそんなことはない。それをデータベース化していた90年代からの研究の進捗が加味された教科書は、さらに深く代謝を知る上で大変参考になる。例を挙げると、低酸素誘導因子(HIF)による代謝の調節がそれである。第10章「シグナル伝達と代謝」のp176辺りに「酸素とグルコースによる転写ネットワークの調節」の節で、2000年前後から解明が進んだこの分野の知見が綺麗にまとめられている。

より深く知りたい人のための文献として第3章「解糖系」ではKEGGのGlycolysis/gluconeogenesisのURLが紹介されているのは、感慨深いものがある。URLもこの種の教科書の重要なリファレンスとしてリストされるようになったのだ。

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第2回RDF講習会

Written by bonohu in misc on 金 06 10月 2017.

10月6日はトーロクの日。データを登録し、他の人に使ってもらう機会を増し、データの再利用性を高める機会にすると良い、ということでこの日にDDBJing講習会を(トーゴーの日と連続で)開催することを提案しているのだが、未だ実現せず。

その代わり(?)に、今年は第2回RDF講習会が開催。去年第1回が開催されて好評だったからか、今年も市ヶ谷のJSTにて。去年は日本癌学会学術総会と被っており参加できなかったので、今年初めての参加。参加者は30名ほどで、BioHackathon2017もあってアナウンス期間が短かかった割には多数集まった感じとのこと。

普段月一回のSPARQLthonで進捗を聞いていはいるものの、まとめて通して学び直すのは非常によい知識の整理になることを実感。いろいろと情報が抜けていたり、なぜそれをしているのかなどを知る、とても良い機会であった。もちろん、近日公開予定のtogoDBの新バージョンを使っての話などアップデートも盛り沢山。今回の講習会もすべて録画されていて、後日統合TVから配信される予定なので、参加できなかった方は是非。

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トーゴーの日シンポジウム2017

Written by bonohu in misc on 木 05 10月 2017.

今年も巡ってきた10月5日。ということで、「トーゴーの日」シンポジウム。今年も東京大学弥生講堂にて2日間に渡って開催されたが、ポスター発表数が多く半分は別の建物での発表となった。しかし、会場はとても盛り上がっていた。

副題が「バイオデータベース『作る』から『使う』へ」にあるように、実際にどう使ったかを前面に出してきたが、結果としてはやはり「作る」方がメインの発表が多かったかと。もちろん、データベースを全く使わない研究なんて今やほとんどないだろうから、そういう方々がどんどん発表するようになったら、今年80だったポスター発表もそれよりももっと多くなって運営が大変になるだろうけど。

データベースを作る人たちもせっかくやっているのだから、その対象コンテンツの生物学的なおもしろさも聴衆に語れるようになって欲しい、というのは高望みしすぎだろうか?

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第76回日本癌学会学術総会3日目

Written by bonohu in misc on 土 30 9月 2017.

学会は、視野を広げて話を聞く良い機会であることを昨晩実感したので、それを更に実践。興味はあるものの、普段は聞きに行かないようなシンポジウム系をせめてみるなど。自分の不勉強が明らかになり、大変勉強になった。自分にとって、勉強させてもらいに来る場である、ということで、また来たい。来年は大阪らしいし。

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第76回日本癌学会学術総会2日目

Written by bonohu in misc on 金 29 9月 2017.

癌学会2日目は自分のポスター発表。デバネタで発表するのは今回が初めてだが、あくまでもDB再利用研究の実例として。張り付き義務時間になってポスターの前に行ったらすでに人が来てて、その人達にひたすらやったことを説明していたら気がついたら制限時間一杯。盛りだくさんだし、しょうがないかな。なお、発表したポスターは以下のような発表カテゴリーで。「その他」ではなく。時代は変わった。 Practical use of databases 今年も、新たなる知り合いを増やすべく、とある飲み会に混ぜてもらう。初対面なのに共通の話題があるのはこの世界狭いというか、恐ろしいというか…。非常に楽しませてもらった。

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第76回日本癌学会学術総会1日目

Written by bonohu in misc on 木 28 9月 2017.

2017年9月28日からの3日間、パシフィコ横浜で開催された第76回日本癌学会学術総会に参加。今回のハイライトは、1年前からこの学会に照準を合わせて取り組んできたBono本の出版。

なんとか間に合ってよかった。

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ArrayExpressのmirror復活

Written by bonohu in misc on 火 26 9月 2017.

ArrayExpressがaspera経由でのmirrorできなくなっていた件。-Pでポート番号を指定するだけで復活。セキュリティのため、default以外のポート番号になった?

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BioHackathon2017 最終日

Written by bonohu in misc on 土 16 9月 2017.

最終日は論文thonということで、今回取り組んだことをまとめて、BioHackathon2017論文のコンテンツをみんなでそれぞれに。参加者の皆さん、一週間おつかれさまでした。

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BioHackathon2017 day4

Written by bonohu in misc on 木 14 9月 2017.

4日目は、温泉インフォマティクス研究会はやはり朝夕の2回開催。修学旅行生が入るという情報もあって夕方早めに。

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BioHackathon2017 day3

Written by bonohu in misc on 水 13 9月 2017.

翌朝になっても計算終わらず。その周りでごちゃごちゃと。 お昼周りを散歩するも、食事できるところは、かつてあったようだが…という状況。結局ホテルのレストランでランチ。 夕方に中間発表1分間で。夜にBanquet。 温泉インフォマティクス研究会は朝と夜の2回開催。

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BioHackathon2017 day1

Written by bonohu in misc on 月 11 9月 2017.

2日に渡るシンポジウムが終わり、ハッカソン開始。 SPARQLthonの時にやってきていたDBCLS SRAとAOEまわりで仕事を進める予定。その前に、まずは温泉インフォマティクス研究会。1日目は、夜に1回の開催。

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BioHackathon2017 symposium

Written by bonohu in misc on 日 10 9月 2017.

今年で10回目のBioHackathon。10回目記念ということもあって、いつもならシンポジウムは1日のところ、今年は2日間でしかも東京開催FAIR Principles (FAIR原則: Findable, Accessible, Interoperable, and Re-usable)で有名なMark Wilkinsonさん曰く、

[The final version of FAIR Principles were crafted by participants of #BioHack15 , led by @micheldumontier. Biohackathons are important!](https://twitter.com/markmoby/status/906494736638164992)

とのことで、BioHackathonでFAIRのそれは醸成されたとのこと。世界に誇る集まりになっているんですよ。東京は市ヶ谷のサイエンスプラザ(JST)でシンポジウムがあったのだから、より多くの人が聞きにくればもっともっと盛り上がったのになあ。もったいない。

一応、自分も以下のようなLightning talkを。

Bono …

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SPARQLthon59 day1

Written by bonohu in misc on 水 30 8月 2017.

今回は理研和光にてSPARQLthon開催。諸事情により、今回は今日だけの参加。 サンプル方向の検索実装はBioHackathonで頑張ることを確認。 今回はArrayExpressのデータ更新をしこめなかったため、インデックス更新できず…。来週頭から仕掛ける予定。DORの進捗を聞いていよいよやらねばという思いの一方、GEODなエントリがあれから増えていないのはちょっと心配であるが。

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RefEx論文

Written by bonohu in misc on 火 29 8月 2017.

NBDC/DBCLSの遺伝子発現のデータベースというかウェブツール、RefExの論文が公表された。 これは2006年に文部科学省統合データベースプロジェクトが始まったときにすでにその原型があったサービスで、さまざまな測定手法による遺伝子発現データを並べてみるというコンセプトでデータを統合する、というものであった。2011年頃から我々で引き継いでやってきており、次世代シークエンサーによるRNA-seqデータも蓄積し、そこに加えてFANTOMプロジェクトによるCAGEデータも出てきて、それらも加えて比較できるよう変更を加えてきた。 FANTOM5で出てきたデータをまとめてScientific DataのData descriptorとして利用可能にしようという話があり(そしてさらに、今回のFANTOM5 collection)、そこにRefExも入れてもらい、今回の論文となった。RefExの論文はData descriptorではなく、Articleというカテゴリーではあるものの、Technical Validationをきっちり書くことや、使ったデータすべてをfigshareにアップ(https://doi.org/10.6084/m9.figshare.c.3812815)することなど、Data descriptorの論文と変わらない要素を求められ、受理までかなりの時間がかかり、大変だった。それでもやはり、論文として出版し引用してもらいやすい形にまとめることはこれだけインターネット全盛の時代になった今でも重要だと身にしみて感じた。 関係者の皆様、おつかれさまでした。そして、これからももっと使われて遺伝子発現データベースの新しい方向性を模索していきたいと思います。

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統合データベース講習会AJACS河内

Written by bonohu in misc on 木 24 8月 2017.

2017年8月24日に大阪府枚方市の関西医科大学で統合データベース講習会AJACS河内に講師やTeaching Assistant (TA)として参加。講師としては、「遺伝子発現DBを含む公共オミックスDBの使い方」を担当。1日のみの講習で開始時間も朝早くからで(しかも学長から挨拶いただけるという…)、またこの季節台風の影響などで動けなくなったりするとまずいと考え前日入りしたものの。その前日に落雷で電車がストップして、一部のメンバーが会場までたどり着けないトラブル発生。備えあれば憂いなし。

お決まりの統合TVを知っているかの挙手アンケートで約9割、新着論文レビューは約8.5割。昨年(2016年)秋に一度講演しに来た影響だろうか、非常に高く。自分のパートは、利用するツールをいくつかアップデート(DAVID→metascape)した以外はほぼいつも通りだったが、今回の聴衆は非常に真面目に講習を逐次同じサイトにアクセスしてやっていただいていたようで、他の講習でも発生した一時的なアクセス集中は自分のものでも発生した。とくにAOEをAWS化してからは初めての講習会で、みんなでアクセスしたらつながらなく。今後は講習会で使うときはインスタンスを変更するなど対策をした方がよさそう。

当日参加11名含め57名の参加で、各講義間で出入りも少なく、また学内受講者以外の割合も高く。関心の高さがここでもうかがい知れる結果に。今回講習会を開催するということに対してプレスリリースまで出していただけるなど、先方に全面的な厚い支援をいただいた。今回の開催にあたり、共同研究者でもある関西医科大学の広田喜一先生にはとくにお世話になりました。ありがとうございました …

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木を見て森を見ず

Written by bonohu in misc on 土 19 8月 2017.

生化学若い研究者の会九州支部夏のセミナーの講師に呼ばれたので話しに。5年前に同じく生化学若い研究者の会の夏の学校で話ししたときのものを現時点版にアップデートしてお話しした。その後も、懇談会や意見交流会などをご一緒させていただき、彼らの研究スタイルを垣間見させてもらった。

私からしてみると、彼ら(大学院生)はインターネット上から驚くほど必要な情報を集めて来ており、その情報catch-up能力には舌を巻いた。しかしながら、枝葉末節の事柄にこだわりすぎてる感(例えば既存のツールの比較など)を受けた。検索しても出てこない、自分でコンテンツを作らないといけないところまで来ていることをもっと意識して欲しい。また、「研究の流れ」の中で今どこにいるのか、ともすると迷子になっているのではないかという印象も。言う通りにやってほしいボスの催眠術にハマってない? もちろん、核心に迫る部分はいくら仲間でも話ができないという状況もあろう。自分の研究の流れをよく考え、研究のを通し、学術研究としての推進する方向への射影が大きくなるよう突っ走って欲しいと思った次第。

おもしろいことをやろーぜ。

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xenomeでclassify

Written by bonohu in misc on 月 14 8月 2017.

xenome続き。indexができたので、それを使って分類。 [shell] xenome classify -T 12 -M 48 -P fuga_in_hoge -i fuga_RNAseq1.fq [/shell] FASTQファイルであるが、どうもbz2圧縮のままでは実行できない模様で、展開してから。

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統合データベース講習会AJACSa4つくば

Written by bonohu in misc on 木 10 8月 2017.

これまで、三島の国立遺伝学研究所で開催して来た中上級向けの講習会、統合データベース講習会AJACSadvancedを、初めて外部(つくばの農研機構)でAJACSa4つくばとして開催。中上級向けとはいえ、全く統合DBの活動を紹介しないのもということで午前は講演として作って来たサービスを中心に紹介した。 かつての「使ってもらう」から、「引用してもらう」を強調したつもり。いつものことであるが、あまりreactionはなく、残念。参加者のうち、統合TV知っていた人半分ぐらい、新着論文レビューは3/4ほど。認知度は上がって来ているものの、さらに研究成果発表の際に引用してもらえるよう広めていかねば。 偶然ではあるが、9年半前まだ統合DBの活動を始めて間なしの頃に講演に呼んでくれて、一番初期のころの統合DBの話を聴いてくれた知り合いの研究者も居たり。その時の講演は、今となっては貴重な初期の統合TVコンテンツ。

  1. 【統合TV】 使い倒し系バイオインフォマティクス入門ーその1

  2. 【統合TV】 使い倒し系バイオインフォマティクス入門ーその2

  3. 【統合TV】 使い倒し系バイオインフォマティクス入門ーその3

思えば遠くへ来たもんだ。

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xenomeのindex作成

Written by bonohu in misc on 水 09 8月 2017.

xenome続き。indexの作成だが、以下のように。 [shell] xenome index -v -T 6 -P fuga_in_hoge -H hoge.fa -G fuga.fa [/shell] 最初この実行が終わらず、プログラムが暴走しているのかと思って-Tオプション(thread数)をいじったり、-vオプション(verbose:ログがたくさん出るようになる)を追加したり。その結果、単に実行に時間がかかっているだけ、ということが放置しておいた結果から判明。 6CPU指定で、今回の哺乳類クラスのゲノムサイズの例だと、約15時間半かかったり。macOSでの実行だからだろうか?

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xenomeのインストール

Written by bonohu in misc on 火 08 8月 2017.

xenograft サンプルを分類するツールのxenomeだが、一時期ダウンロードできない状態が続いていたが、githubで復活した模様。 git cloneして、ドキュメントにある通りインストール。 [shell] git clone https://github.com/data61/gossamer cd gossamer mkdir build cd build cmake .. make make test make install [/shell] makeこけたら必要なパッケージが入っていないということなので、ドキュメントにあるパッケージをbrew installする。

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gffread

Written by bonohu in misc on 月 07 8月 2017.

Cufflinksパッケージに入っているコマンドgffreadは、以下のオプションでGFF3形式からGTFに変換してくれる。 [shell] gffread hoge.gff -T -o hoge.gtf [/shell] これまで知らなかったが、便利な局面がありそう、ということで。

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訃報

Written by bonohu in misc on 日 06 8月 2017.

これまた信じられない訃報。直接一緒に働いたことはないものの、間接的にいろいろお世話になってきたこの分野の働き盛りの研究者の方。講習会にも参加いただいたり、我々の活動を評価いただいたり。これからもご活躍していただくべき方であったのは間違いないのに。お悔やみ申し上げます。

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北大出張

Written by bonohu in misc on 木 03 8月 2017.

どちらかというと、こちらが教える立場であったはずだが、自分的にもいろいろ刺激を受けてきた。それを実現する方向に動いていきたい。 なんでもpositiveな自分だが、生命科学DB業界のsustainabilityを訊かれたら楽観視は出来ないとしか答えられない現状。現状をきっちり把握した意識改革が必要。切に。

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