Category: misc

第76回日本癌学会学術総会3日目

Written by bonohu in misc on 土 30 9月 2017.

学会は、視野を広げて話を聞く良い機会であることを昨晩実感したので、それを更に実践。興味はあるものの、普段は聞きに行かないようなシンポジウム系をせめてみるなど。自分の不勉強が明らかになり、大変勉強になった。自分にとって、勉強させてもらいに来る場である、ということで、また来たい。来年は大阪らしいし。

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第76回日本癌学会学術総会2日目

Written by bonohu in misc on 金 29 9月 2017.

癌学会2日目は自分のポスター発表。デバネタで発表するのは今回が初めてだが、あくまでもDB再利用研究の実例として。張り付き義務時間になってポスターの前に行ったらすでに人が来てて、その人達にひたすらやったことを説明していたら気がついたら制限時間一杯。盛りだくさんだし、しょうがないかな。なお、発表したポスターは以下のような発表カテゴリーで。「その他」ではなく。時代は変わった。 Practical use of databases 今年も、新たなる知り合いを増やすべく、とある飲み会に混ぜてもらう。初対面なのに共通の話題があるのはこの世界狭いというか、恐ろしいというか…。非常に楽しませてもらった。

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第76回日本癌学会学術総会1日目

Written by bonohu in misc on 木 28 9月 2017.

2017年9月28日からの3日間、パシフィコ横浜で開催された第76回日本癌学会学術総会に参加。今回のハイライトは、1年前からこの学会に照準を合わせて取り組んできたBono本の出版。

なんとか間に合ってよかった。

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ArrayExpressのmirror復活

Written by bonohu in misc on 火 26 9月 2017.

ArrayExpressがaspera経由でのmirrorできなくなっていた件。-Pでポート番号を指定するだけで復活。セキュリティのため、default以外のポート番号になった?

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BioHackathon2017 最終日

Written by bonohu in misc on 土 16 9月 2017.

最終日は論文thonということで、今回取り組んだことをまとめて、BioHackathon2017論文のコンテンツをみんなでそれぞれに。参加者の皆さん、一週間おつかれさまでした。

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BioHackathon2017 day4

Written by bonohu in misc on 木 14 9月 2017.

4日目は、温泉インフォマティクス研究会はやはり朝夕の2回開催。修学旅行生が入るという情報もあって夕方早めに。

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BioHackathon2017 day3

Written by bonohu in misc on 水 13 9月 2017.

翌朝になっても計算終わらず。その周りでごちゃごちゃと。 お昼周りを散歩するも、食事できるところは、かつてあったようだが…という状況。結局ホテルのレストランでランチ。 夕方に中間発表1分間で。夜にBanquet。 温泉インフォマティクス研究会は朝と夜の2回開催。

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BioHackathon2017 day1

Written by bonohu in misc on 月 11 9月 2017.

2日に渡るシンポジウムが終わり、ハッカソン開始。 SPARQLthonの時にやってきていたDBCLS SRAとAOEまわりで仕事を進める予定。その前に、まずは温泉インフォマティクス研究会。1日目は、夜に1回の開催。

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BioHackathon2017 symposium

Written by bonohu in misc on 日 10 9月 2017.

今年で10回目のBioHackathon。10回目記念ということもあって、いつもならシンポジウムは1日のところ、今年は2日間でしかも東京開催FAIR Principles (FAIR原則: Findable, Accessible, Interoperable, and Re-usable)で有名なMark Wilkinsonさん曰く、

[The final version of FAIR Principles were crafted by participants of #BioHack15 , led by @micheldumontier. Biohackathons are important!](https://twitter.com/markmoby/status/906494736638164992)

とのことで、BioHackathonでFAIRのそれは醸成されたとのこと。世界に誇る集まりになっているんですよ。東京は市ヶ谷のサイエンスプラザ(JST)でシンポジウムがあったのだから、より多くの人が聞きにくればもっともっと盛り上がったのになあ。もったいない。

一応、自分も以下のようなLightning talkを。

Bono …

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SPARQLthon59 day1

Written by bonohu in misc on 水 30 8月 2017.

今回は理研和光にてSPARQLthon開催。諸事情により、今回は今日だけの参加。 サンプル方向の検索実装はBioHackathonで頑張ることを確認。 今回はArrayExpressのデータ更新をしこめなかったため、インデックス更新できず…。来週頭から仕掛ける予定。DORの進捗を聞いていよいよやらねばという思いの一方、GEODなエントリがあれから増えていないのはちょっと心配であるが。

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RefEx論文

Written by bonohu in misc on 火 29 8月 2017.

NBDC/DBCLSの遺伝子発現のデータベースというかウェブツール、RefExの論文が公表された。 これは2006年に文部科学省統合データベースプロジェクトが始まったときにすでにその原型があったサービスで、さまざまな測定手法による遺伝子発現データを並べてみるというコンセプトでデータを統合する、というものであった。2011年頃から我々で引き継いでやってきており、次世代シークエンサーによるRNA-seqデータも蓄積し、そこに加えてFANTOMプロジェクトによるCAGEデータも出てきて、それらも加えて比較できるよう変更を加えてきた。 FANTOM5で出てきたデータをまとめてScientific DataのData descriptorとして利用可能にしようという話があり(そしてさらに、今回のFANTOM5 collection)、そこにRefExも入れてもらい、今回の論文となった。RefExの論文はData descriptorではなく、Articleというカテゴリーではあるものの、Technical Validationをきっちり書くことや、使ったデータすべてをfigshareにアップ(https://doi.org/10.6084/m9.figshare.c.3812815)することなど、Data descriptorの論文と変わらない要素を求められ、受理までかなりの時間がかかり、大変だった。それでもやはり、論文として出版し引用してもらいやすい形にまとめることはこれだけインターネット全盛の時代になった今でも重要だと身にしみて感じた。 関係者の皆様、おつかれさまでした。そして、これからももっと使われて遺伝子発現データベースの新しい方向性を模索していきたいと思います。

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統合データベース講習会AJACS河内

Written by bonohu in misc on 木 24 8月 2017.

2017年8月24日に大阪府枚方市の関西医科大学で統合データベース講習会AJACS河内に講師やTeaching Assistant (TA)として参加。講師としては、「遺伝子発現DBを含む公共オミックスDBの使い方」を担当。1日のみの講習で開始時間も朝早くからで(しかも学長から挨拶いただけるという…)、またこの季節台風の影響などで動けなくなったりするとまずいと考え前日入りしたものの。その前日に落雷で電車がストップして、一部のメンバーが会場までたどり着けないトラブル発生。備えあれば憂いなし。

お決まりの統合TVを知っているかの挙手アンケートで約9割、新着論文レビューは約8.5割。昨年(2016年)秋に一度講演しに来た影響だろうか、非常に高く。自分のパートは、利用するツールをいくつかアップデート(DAVID→metascape)した以外はほぼいつも通りだったが、今回の聴衆は非常に真面目に講習を逐次同じサイトにアクセスしてやっていただいていたようで、他の講習でも発生した一時的なアクセス集中は自分のものでも発生した。とくにAOEをAWS化してからは初めての講習会で、みんなでアクセスしたらつながらなく。今後は講習会で使うときはインスタンスを変更するなど対策をした方がよさそう。

当日参加11名含め57名の参加で、各講義間で出入りも少なく、また学内受講者以外の割合も高く。関心の高さがここでもうかがい知れる結果に。今回講習会を開催するということに対してプレスリリースまで出していただけるなど、先方に全面的な厚い支援をいただいた。今回の開催にあたり、共同研究者でもある関西医科大学の広田喜一先生にはとくにお世話になりました。ありがとうございました …

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木を見て森を見ず

Written by bonohu in misc on 土 19 8月 2017.

生化学若い研究者の会九州支部夏のセミナーの講師に呼ばれたので話しに。5年前に同じく生化学若い研究者の会の夏の学校で話ししたときのものを現時点版にアップデートしてお話しした。その後も、懇談会や意見交流会などをご一緒させていただき、彼らの研究スタイルを垣間見させてもらった。

私からしてみると、彼ら(大学院生)はインターネット上から驚くほど必要な情報を集めて来ており、その情報catch-up能力には舌を巻いた。しかしながら、枝葉末節の事柄にこだわりすぎてる感(例えば既存のツールの比較など)を受けた。検索しても出てこない、自分でコンテンツを作らないといけないところまで来ていることをもっと意識して欲しい。また、「研究の流れ」の中で今どこにいるのか、ともすると迷子になっているのではないかという印象も。言う通りにやってほしいボスの催眠術にハマってない? もちろん、核心に迫る部分はいくら仲間でも話ができないという状況もあろう。自分の研究の流れをよく考え、研究のを通し、学術研究としての推進する方向への射影が大きくなるよう突っ走って欲しいと思った次第。

おもしろいことをやろーぜ。

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xenomeでclassify

Written by bonohu in misc on 月 14 8月 2017.

xenome続き。indexができたので、それを使って分類。 [shell] xenome classify -T 12 -M 48 -P fuga_in_hoge -i fuga_RNAseq1.fq [/shell] FASTQファイルであるが、どうもbz2圧縮のままでは実行できない模様で、展開してから。

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統合データベース講習会AJACSa4つくば

Written by bonohu in misc on 木 10 8月 2017.

これまで、三島の国立遺伝学研究所で開催して来た中上級向けの講習会、統合データベース講習会AJACSadvancedを、初めて外部(つくばの農研機構)でAJACSa4つくばとして開催。中上級向けとはいえ、全く統合DBの活動を紹介しないのもということで午前は講演として作って来たサービスを中心に紹介した。 かつての「使ってもらう」から、「引用してもらう」を強調したつもり。いつものことであるが、あまりreactionはなく、残念。参加者のうち、統合TV知っていた人半分ぐらい、新着論文レビューは3/4ほど。認知度は上がって来ているものの、さらに研究成果発表の際に引用してもらえるよう広めていかねば。 偶然ではあるが、9年半前まだ統合DBの活動を始めて間なしの頃に講演に呼んでくれて、一番初期のころの統合DBの話を聴いてくれた知り合いの研究者も居たり。その時の講演は、今となっては貴重な初期の統合TVコンテンツ。

  1. 【統合TV】 使い倒し系バイオインフォマティクス入門ーその1

  2. 【統合TV】 使い倒し系バイオインフォマティクス入門ーその2

  3. 【統合TV】 使い倒し系バイオインフォマティクス入門ーその3

思えば遠くへ来たもんだ。

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xenomeのindex作成

Written by bonohu in misc on 水 09 8月 2017.

xenome続き。indexの作成だが、以下のように。 [shell] xenome index -v -T 6 -P fuga_in_hoge -H hoge.fa -G fuga.fa [/shell] 最初この実行が終わらず、プログラムが暴走しているのかと思って-Tオプション(thread数)をいじったり、-vオプション(verbose:ログがたくさん出るようになる)を追加したり。その結果、単に実行に時間がかかっているだけ、ということが放置しておいた結果から判明。 6CPU指定で、今回の哺乳類クラスのゲノムサイズの例だと、約15時間半かかったり。macOSでの実行だからだろうか?

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xenomeのインストール

Written by bonohu in misc on 火 08 8月 2017.

xenograft サンプルを分類するツールのxenomeだが、一時期ダウンロードできない状態が続いていたが、githubで復活した模様。 git cloneして、ドキュメントにある通りインストール。 [shell] git clone https://github.com/data61/gossamer cd gossamer mkdir build cd build cmake .. make make test make install [/shell] makeこけたら必要なパッケージが入っていないということなので、ドキュメントにあるパッケージをbrew installする。

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gffread

Written by bonohu in misc on 月 07 8月 2017.

Cufflinksパッケージに入っているコマンドgffreadは、以下のオプションでGFF3形式からGTFに変換してくれる。 [shell] gffread hoge.gff -T -o hoge.gtf [/shell] これまで知らなかったが、便利な局面がありそう、ということで。

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訃報

Written by bonohu in misc on 日 06 8月 2017.

これまた信じられない訃報。直接一緒に働いたことはないものの、間接的にいろいろお世話になってきたこの分野の働き盛りの研究者の方。講習会にも参加いただいたり、我々の活動を評価いただいたり。これからもご活躍していただくべき方であったのは間違いないのに。お悔やみ申し上げます。

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北大出張

Written by bonohu in misc on 木 03 8月 2017.

どちらかというと、こちらが教える立場であったはずだが、自分的にもいろいろ刺激を受けてきた。それを実現する方向に動いていきたい。 なんでもpositiveな自分だが、生命科学DB業界のsustainabilityを訊かれたら楽観視は出来ないとしか答えられない現状。現状をきっちり把握した意識改革が必要。切に。

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SPARQLthon58 day2

Written by bonohu in misc on 金 28 7月 2017.

まず、昨晩飛び込んで来たproofの対処。 ArrayExpressにデータとして明に含まれなくなったINSTRUMENT_MODEL(Sequencerの情報)をSRAのmetadataから抜き出してくる実装をして、githubへpush。コードの整理しなきゃな…。

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MEGA début

Written by bonohu in misc on 水 26 7月 2017.

分子系統樹の描画といえば、これまでJalviewで満足してきた。しかしながら、bootstrap値の計算など系統樹描画に限界を感じ、食わず嫌いはいかんと思い立ち、MEGA (Molecular Evolutionary Genetics Analysis)をいじってみた。 近頃では、大体のソフトウェアはいろいろいじっていると実現できてしまうことが多いのだが、このMEGAは難解だった。そこで、ググって作者の首都大学東京の田村先生による授業用(?)のPDFを見つけてそれに沿って進めてみた。 まずWindows版がメインっぽいことがわかり、version7をParallels Desktop上のWindowsに入れようとするも、MEGA7は64bit版しかなくて動かず。しょうがないので、MEGA6をインストールしてやってみたら、とりあえずできたので、macOS版に戻ってversion7を試した。どうやら最初、自分がやろうとしたデータセットがでかすぎてよろしくなかったらしい。メガって名前なのに…

[caption id="attachment_3893" align="aligncenter" width="406"]MEGA7 MEGA7で描いたhif1aの分子系統樹[/caption]

だが結果として、無根系統樹であるとか、bootstrapを手軽に計算して、などができる手段ができた!あとは、メガなデータを食わせられるか、だが。

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土用の牛の日

Written by bonohu in misc on 火 25 7月 2017.

今年からはこれでいく。土用の牛の日は、牛肉(うし)を食べる。

[caption id="attachment_3888" align="aligncenter" width="640"]土用の牛の日 160gランチステーキ&190g極みがんこコンビ[/caption]

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metadataと格闘

Written by bonohu in misc on 月 24 7月 2017.

オミックスデータ目次となりつつあるAOEでシークエンサー情報の詳細が更新されなくなっている。いろいろ調べた結果、その原因はmetadataの記述の仕方が変わり、ArrayExpress自体にはその情報が記述されなくなったことと判明。 そこで、SRAのメタ情報と格闘。この種の仕事が捗るのは、そのインフラを普段からきっちり整備してくれており、いわば「高速道路」を作ってくれているおかげ。感謝して使わせてもらう。ありがとう!

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統合TV10年

Written by bonohu in misc on 木 20 7月 2017.

統合TVを始めてから10年の月日が経った(「統合TVの歴史」参照)。その間、1,263件の動画を公開した。そのうち、554が講演動画、311が実習の動画。それ以外の約400がスクリーンキャプチャーによるチュートリアル動画ということに。

当初は、チュートリアル動画を作成するために、Research Assistantという形で大学院生アルバイト(大学生も)を大量に雇った。その組織は後に統合牧場と呼ばれていたが、我々の職場が三島に移転するにあたり、事実上解散となった。その後は、cloudfarmとしてテレワークで動画作成してもらっている。

それ以外にも生物アイコンとして独立に作られていた画像コンテンツと、統合牧場活動から生まれたTogo Picture Galleryの画像コンテンツが統合TVのウェブサイトに統合され、「自由に使える画像を探す」からたどり着けるように。

当初狙いとした、ググったら使い方の動画が出てくる、はある程度達成されたように思う。それを維持していくことが今後の課題であることはいうまでもない。はじめは動画作成、そして今は統合TVのEditor in chiefとして活躍しているhono氏の尽力があって可能となったことに間違いはない。この機会に感謝の気持ちを新たにしたい。

[caption id="attachment_3871" align="aligncenter" width …

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統合TV動画チュートリアルのある論文公開

Written by bonohu in misc on 土 15 7月 2017.

統合TVで使い方チュートリアルを作成し、統合TVから公開したツールf-treeの論文が公開された。

f-treeGC: a questionnaire-based family tree-creation software for genetic counseling and genome cohort studies Tomoharu Tokutomi, Akimune Fukushima, Kayono Yamamoto, Yasushi Bansho, Tsuyoshi Hachiya and Atsushi Shimizu BMC Medical Genetics 20171 8:71 DOI: [10.1186/s12881-017-0433-4](http://doi.org/10.1186/s12881-017-0433-4)

統合TVを今もやっている2人の名前をAcknowledgementにまで入れていただいて大変恐縮。次回があるなら是非、すべての統合TVにDOIが(過去に公開した分も遡って)付くようになった …

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markdownを何で書くか?

Written by bonohu in misc on 金 14 7月 2017.

かなりしばらくぶり(といっても約半年ぶり)に、いくつかの講習会の講師に指名された。そこで、またテキストを作るわけだが、最近の統合データベース講習会AJACSは基本markdownで書いてGitHubにアップする形がデフォルト。これまではkobitoを使ってプレビューで見ながらmarkdownを準備して、最終的にプルリク送ってマージしてもらっていた。しばらく使っていなくてトレンドが変わっているかも、と思って後輩に聞いたところやはり変わっていた。

前から一応インストールはしていたATOMで書いて、その中でmarkdownのプレビューもできるというのだ。それにはプラグインなるものをインストールして…という世界ができているらしい。ググってみると、それらしいqiitaの記事(「Atom をMarkdownエディタとして整備」)確かにもある。

そこでそれに従って、markdown-writerやmarkdown-scroll-syncなどのいくつかのプラグインをインストールして編集環境を作り、実際に使ってみた。うん、確かに以前より快適だ。おかげで、ざっくりとした骨組みはさらっと作成できた。来週以降、本格的に講習テキスト準備モードになる前に訊いておいてよかった。

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