Category: misc

統合データベース講習会AJACS河内

Written by bonohu in misc on 木 24 8月 2017.

2017年8月24日に大阪府枚方市の関西医科大学で統合データベース講習会AJACS河内に講師やTeaching Assistant (TA)として参加。講師としては、「遺伝子発現DBを含む公共オミックスDBの使い方」を担当。1日のみの講習で開始時間も朝早くからで(しかも学長から挨拶いただけるという…)、またこの季節台風の影響などで動けなくなったりするとまずいと考え前日入りしたものの。その前日に落雷で電車がストップして、一部のメンバーが会場までたどり着けないトラブル発生。備えあれば憂いなし。

お決まりの統合TVを知っているかの挙手アンケートで約9割、新着論文レビューは約8.5割。昨年(2016年)秋に一度講演しに来た影響だろうか、非常に高く。自分のパートは、利用するツールをいくつかアップデート(DAVID→metascape)した以外はほぼいつも通りだったが、今回の聴衆は非常に真面目に講習を逐次同じサイトにアクセスしてやっていただいていたようで、他の講習でも発生した一時的なアクセス集中は自分のものでも発生した。とくにAOEをAWS化してからは初めての講習会で、みんなでアクセスしたらつながらなく。今後は講習会で使うときはインスタンスを変更するなど対策をした方がよさそう。

当日参加11名含め57名の参加で、各講義間で出入りも少なく、また学内受講者以外の割合も高く。関心の高さがここでもうかがい知れる結果に。今回講習会を開催するということに対してプレスリリースまで出していただけるなど、先方に全面的な厚い支援をいただいた。今回の開催にあたり、共同研究者でもある関西医科大学の広田喜一先生にはとくにお世話になりました。ありがとうございました …

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木を見て森を見ず

Written by bonohu in misc on 土 19 8月 2017.

生化学若い研究者の会九州支部夏のセミナーの講師に呼ばれたので話しに。5年前に同じく生化学若い研究者の会の夏の学校で話ししたときのものを現時点版にアップデートしてお話しした。その後も、懇談会や意見交流会などをご一緒させていただき、彼らの研究スタイルを垣間見させてもらった。

私からしてみると、彼ら(大学院生)はインターネット上から驚くほど必要な情報を集めて来ており、その情報catch-up能力には舌を巻いた。しかしながら、枝葉末節の事柄にこだわりすぎてる感(例えば既存のツールの比較など)を受けた。検索しても出てこない、自分でコンテンツを作らないといけないところまで来ていることをもっと意識して欲しい。また、「研究の流れ」の中で今どこにいるのか、ともすると迷子になっているのではないかという印象も。言う通りにやってほしいボスの催眠術にハマってない? もちろん、核心に迫る部分はいくら仲間でも話ができないという状況もあろう。自分の研究の流れをよく考え、研究のを通し、学術研究としての推進する方向への射影が大きくなるよう突っ走って欲しいと思った次第。

おもしろいことをやろーぜ。

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xenomeでclassify

Written by bonohu in misc on 月 14 8月 2017.

xenome続き。indexができたので、それを使って分類。 [shell] xenome classify -T 12 -M 48 -P fuga_in_hoge -i fuga_RNAseq1.fq [/shell] FASTQファイルであるが、どうもbz2圧縮のままでは実行できない模様で、展開してから。

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統合データベース講習会AJACSa4つくば

Written by bonohu in misc on 木 10 8月 2017.

これまで、三島の国立遺伝学研究所で開催して来た中上級向けの講習会、統合データベース講習会AJACSadvancedを、初めて外部(つくばの農研機構)でAJACSa4つくばとして開催。中上級向けとはいえ、全く統合DBの活動を紹介しないのもということで午前は講演として作って来たサービスを中心に紹介した。 かつての「使ってもらう」から、「引用してもらう」を強調したつもり。いつものことであるが、あまりreactionはなく、残念。参加者のうち、統合TV知っていた人半分ぐらい、新着論文レビューは3/4ほど。認知度は上がって来ているものの、さらに研究成果発表の際に引用してもらえるよう広めていかねば。 偶然ではあるが、9年半前まだ統合DBの活動を始めて間なしの頃に講演に呼んでくれて、一番初期のころの統合DBの話を聴いてくれた知り合いの研究者も居たり。その時の講演は、今となっては貴重な初期の統合TVコンテンツ。

  1. 【統合TV】 使い倒し系バイオインフォマティクス入門ーその1

  2. 【統合TV】 使い倒し系バイオインフォマティクス入門ーその2

  3. 【統合TV】 使い倒し系バイオインフォマティクス入門ーその3

思えば遠くへ来たもんだ。

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xenomeのindex作成

Written by bonohu in misc on 水 09 8月 2017.

xenome続き。indexの作成だが、以下のように。 [shell] xenome index -v -T 6 -P fuga_in_hoge -H hoge.fa -G fuga.fa [/shell] 最初この実行が終わらず、プログラムが暴走しているのかと思って-Tオプション(thread数)をいじったり、-vオプション(verbose:ログがたくさん出るようになる)を追加したり。その結果、単に実行に時間がかかっているだけ、ということが放置しておいた結果から判明。 6CPU指定で、今回の哺乳類クラスのゲノムサイズの例だと、約15時間半かかったり。macOSでの実行だからだろうか?

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xenomeのインストール

Written by bonohu in misc on 火 08 8月 2017.

xenograft サンプルを分類するツールのxenomeだが、一時期ダウンロードできない状態が続いていたが、githubで復活した模様。 git cloneして、ドキュメントにある通りインストール。 [shell] git clone https://github.com/data61/gossamer cd gossamer mkdir build cd build cmake .. make make test make install [/shell] makeこけたら必要なパッケージが入っていないということなので、ドキュメントにあるパッケージをbrew installする。

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gffread

Written by bonohu in misc on 月 07 8月 2017.

Cufflinksパッケージに入っているコマンドgffreadは、以下のオプションでGFF3形式からGTFに変換してくれる。 [shell] gffread hoge.gff -T -o hoge.gtf [/shell] これまで知らなかったが、便利な局面がありそう、ということで。

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訃報

Written by bonohu in misc on 日 06 8月 2017.

これまた信じられない訃報。直接一緒に働いたことはないものの、間接的にいろいろお世話になってきたこの分野の働き盛りの研究者の方。講習会にも参加いただいたり、我々の活動を評価いただいたり。これからもご活躍していただくべき方であったのは間違いないのに。お悔やみ申し上げます。

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北大出張

Written by bonohu in misc on 木 03 8月 2017.

どちらかというと、こちらが教える立場であったはずだが、自分的にもいろいろ刺激を受けてきた。それを実現する方向に動いていきたい。 なんでもpositiveな自分だが、生命科学DB業界のsustainabilityを訊かれたら楽観視は出来ないとしか答えられない現状。現状をきっちり把握した意識改革が必要。切に。

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SPARQLthon58 day2

Written by bonohu in misc on 金 28 7月 2017.

まず、昨晩飛び込んで来たproofの対処。 ArrayExpressにデータとして明に含まれなくなったINSTRUMENT_MODEL(Sequencerの情報)をSRAのmetadataから抜き出してくる実装をして、githubへpush。コードの整理しなきゃな…。

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MEGA début

Written by bonohu in misc on 水 26 7月 2017.

分子系統樹の描画といえば、これまでJalviewで満足してきた。しかしながら、bootstrap値の計算など系統樹描画に限界を感じ、食わず嫌いはいかんと思い立ち、MEGA (Molecular Evolutionary Genetics Analysis)をいじってみた。 近頃では、大体のソフトウェアはいろいろいじっていると実現できてしまうことが多いのだが、このMEGAは難解だった。そこで、ググって作者の首都大学東京の田村先生による授業用(?)のPDFを見つけてそれに沿って進めてみた。 まずWindows版がメインっぽいことがわかり、version7をParallels Desktop上のWindowsに入れようとするも、MEGA7は64bit版しかなくて動かず。しょうがないので、MEGA6をインストールしてやってみたら、とりあえずできたので、macOS版に戻ってversion7を試した。どうやら最初、自分がやろうとしたデータセットがでかすぎてよろしくなかったらしい。メガって名前なのに…

[caption id="attachment_3893" align="aligncenter" width="406"]MEGA7 MEGA7で描いたhif1aの分子系統樹[/caption]

だが結果として、無根系統樹であるとか、bootstrapを手軽に計算して、などができる手段ができた!あとは、メガなデータを食わせられるか、だが。

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土用の牛の日

Written by bonohu in misc on 火 25 7月 2017.

今年からはこれでいく。土用の牛の日は、牛肉(うし)を食べる。

[caption id="attachment_3888" align="aligncenter" width="640"]土用の牛の日 160gランチステーキ&190g極みがんこコンビ[/caption]

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metadataと格闘

Written by bonohu in misc on 月 24 7月 2017.

オミックスデータ目次となりつつあるAOEでシークエンサー情報の詳細が更新されなくなっている。いろいろ調べた結果、その原因はmetadataの記述の仕方が変わり、ArrayExpress自体にはその情報が記述されなくなったことと判明。 そこで、SRAのメタ情報と格闘。この種の仕事が捗るのは、そのインフラを普段からきっちり整備してくれており、いわば「高速道路」を作ってくれているおかげ。感謝して使わせてもらう。ありがとう!

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統合TV10年

Written by bonohu in misc on 木 20 7月 2017.

統合TVを始めてから10年の月日が経った(「統合TVの歴史」参照)。その間、1,263件の動画を公開した。そのうち、554が講演動画、311が実習の動画。それ以外の約400がスクリーンキャプチャーによるチュートリアル動画ということに。

当初は、チュートリアル動画を作成するために、Research Assistantという形で大学院生アルバイト(大学生も)を大量に雇った。その組織は後に統合牧場と呼ばれていたが、我々の職場が三島に移転するにあたり、事実上解散となった。その後は、cloudfarmとしてテレワークで動画作成してもらっている。

それ以外にも生物アイコンとして独立に作られていた画像コンテンツと、統合牧場活動から生まれたTogo Picture Galleryの画像コンテンツが統合TVのウェブサイトに統合され、「自由に使える画像を探す」からたどり着けるように。

当初狙いとした、ググったら使い方の動画が出てくる、はある程度達成されたように思う。それを維持していくことが今後の課題であることはいうまでもない。はじめは動画作成、そして今は統合TVのEditor in chiefとして活躍しているhono氏の尽力があって可能となったことに間違いはない。この機会に感謝の気持ちを新たにしたい。

[caption id="attachment_3871" align="aligncenter" width …

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統合TV動画チュートリアルのある論文公開

Written by bonohu in misc on 土 15 7月 2017.

統合TVで使い方チュートリアルを作成し、統合TVから公開したツールf-treeの論文が公開された。

f-treeGC: a questionnaire-based family tree-creation software for genetic counseling and genome cohort studies Tomoharu Tokutomi, Akimune Fukushima, Kayono Yamamoto, Yasushi Bansho, Tsuyoshi Hachiya and Atsushi Shimizu BMC Medical Genetics 20171 8:71 DOI: [10.1186/s12881-017-0433-4](http://doi.org/10.1186/s12881-017-0433-4)

統合TVを今もやっている2人の名前をAcknowledgementにまで入れていただいて大変恐縮。次回があるなら是非、すべての統合TVにDOIが(過去に公開した分も遡って)付くようになった …

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markdownを何で書くか?

Written by bonohu in misc on 金 14 7月 2017.

かなりしばらくぶり(といっても約半年ぶり)に、いくつかの講習会の講師に指名された。そこで、またテキストを作るわけだが、最近の統合データベース講習会AJACSは基本markdownで書いてGitHubにアップする形がデフォルト。これまではkobitoを使ってプレビューで見ながらmarkdownを準備して、最終的にプルリク送ってマージしてもらっていた。しばらく使っていなくてトレンドが変わっているかも、と思って後輩に聞いたところやはり変わっていた。

前から一応インストールはしていたATOMで書いて、その中でmarkdownのプレビューもできるというのだ。それにはプラグインなるものをインストールして…という世界ができているらしい。ググってみると、それらしいqiitaの記事(「Atom をMarkdownエディタとして整備」)確かにもある。

そこでそれに従って、markdown-writerやmarkdown-scroll-syncなどのいくつかのプラグインをインストールして編集環境を作り、実際に使ってみた。うん、確かに以前より快適だ。おかげで、ざっくりとした骨組みはさらっと作成できた。来週以降、本格的に講習テキスト準備モードになる前に訊いておいてよかった。

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異分野のセミナー参加

Written by bonohu in misc on 木 13 7月 2017.

PerkinElmer Japan ヘルスケアITセミナー「病院に於ける医療ビッグデータの活用とその最新事例」に参加。結果として、異分野殴り込み。話題となっているツールは同じなのだが。どストライクじゃない分野のセミナーに出てみるのもいいもんだ。

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ライフサイエンスデータベース統合推進事業 事業報告書

Written by bonohu in misc on 水 12 7月 2017.

標記の報告書が公開され、NBDCの事業推進に関する報告書等に追加された。 それに対する「ライフサイエンスデータベース統合推進事業(平成23年度~平成28年度)事業評価報告書」も同時に公開され、その中で

今後の事業継続にあたって、強化・改善すべき点についての意見 (1) 医科学、医療、創薬の分野に加え、食、環境、バイオマスエネルギー(グリーンバイオ)などの分野におけるデータベース整備も重要

とあった。こちら方向の取り組みも頑張っていきたい。 また、「バイオサイエンスデータベースセンターの今後のあり方について(提言)」も公開されており、今後の参考にしたい。

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静岡新聞のDDBJ連載

Written by bonohu in misc on 火 11 7月 2017.

DDBJ30周年を期に静岡新聞に毎週連載されていた「遺伝子バンク30年」という連載が完結した模様。 大学院生時代に所属していた京都大学化学研究所の研究室の名誉教授がDDBJを始めた大井龍夫先生であった関係上、DDBJに関しては先生から話を伺う機会があり、人一倍知っているつもりであったが、この連載で知ることが多かった。というか、知らないことだらけだった。 特に最終回の高木先生への取材を元にした「適切な整理・活用が課題」は、データベース統合化に取り組んできた経緯がうかがい知れる。一読の価値はあるかと。新聞記事のウェブ版ゆえ、いつまで読めるかわからないので、お早めに。

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IDなきデータ

Written by bonohu in misc on 月 10 7月 2017.

IDがない場合にどう関連づけるか。生命科学系の遺伝子のデータの場合はそれを塩基配列の類似性検索でなんとかなるが、そうでない場合にそれをどうするか。「Ontology使えよ」が真っ先に言いたくなるセリフだが、それを使わないで大量のデータがすでに作られてしまっている場合にどうしたらいいか。 その後もいろいろ議論して、その果てに出てきた言葉は、「わたしので作りました」。

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'Mishima.syk #10'

Written by bonohu in misc on 日 09 7月 2017.

今回は沼津駅北口プラザヴェルデにて開催された Mishima.syk #10 に参加。 まずは、勉強会のページのお昼ガイドにあった沼津駅北口の千楽を攻める。怖いもの見たさで、ポークソテーに挑戦。出てくるまでかなり待たされたものの、値段相応な満足のいく肉が出て来た。ソースの味も素晴らしかった。次回も別メニューで攻めてみたい。 [caption id="attachment_3820" align="aligncenter" width="640"]千楽のポークソテー ポークソテーライス1700円也[/caption] そして、勉強会本体。今回はテーマが決められておらず、それぞれに好きなことを話す形。自分は、最近データ解析をやっている時にふと再発見したBiocondaについて紹介。なぜBiocondaに行き当たったか、その経緯や、Homebrewでは何故ダメなのか、そういうところにみなさん食いつきがよかったと話していて感じた次第。 自分の発表以外にさまざまなことを教えてもらったが、十分に咀嚼しきれていないので、これからじっくり時間をかけて学んでいきたい。 懇親会は南口にできたビアバールにて。最近できたビアバールのようだが、種類も多く、わが故郷の箕面ビールもあって大変ご機嫌。幹事の皆さん、お疲れ様でした。

そして翌日、自分の発表の最後で参加を呼びかけたサテライトミーティング的な温泉インフォマティクス研究会を開催。熱と浸透圧刺激のみならず、富士山も時折見れる開放的な空間でいろいろと議論。あー、楽しかった …

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Biocondaを使ってみた

Written by bonohu in misc on 土 08 7月 2017.

(このエントリは、Mishima.syk #10のライトニングトークのネタです)

Biocondaとは、

Bioconda is a channel for the conda package manager specializing in bioinformatics software.

とのことで、Bioinformaticsソフトウェアに特化したconda package mangerのチャンネル(bioconda.github.io)。Pythonで書かれたツールだけかと思ってスルーしていたのだが、実際はPythonに限らず、なんでもあるところがこれまでしてきた大きな誤解であった。

conda必須なので、入ってなければ、まずMinicondaを入れる。macOSの場合64bitしかないから楽だが。しかしながら、ここでもpythonのバージョン問題再発。2か3か、それが問題だ。とりあえず3で。ダウンロードして落ちてくるのはシェルスクリプトなので、普通に実行。

sh ~/Downloads/Miniconda3-latest-MacOSX-x86_64.sh

ライセンスに同意して、すぐにインストール完了。そして …

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rsem-tbam2gbam

Written by bonohu in misc on 金 07 7月 2017.

RSEMの計算、TPMやFPKMなどしか見ないだろうと思っていたが、やっぱりgenomeに対するアラインメントを見る必要が出てきて。もちろん、--output-genome-bam をつけて再計算すればそれで良いのだが、それはそれでまた時間がかかる。長い計算の時にログを見ていた時に変換するコマンドがあったような…見つけられないので再計算しかけたが、その最中にログを見ていてわかった。rsem-tbam2gbamがまさにそれである! [shell] rsem-tbam2gbam -p 4 ref/hogenome_RSEM_ref hoge.transcript.bam hoge.genome.bam [/shell] 再計算する必要なく、transcript.bamからgenome.bamへと変換できる。RSEMのreferenceを指定する必要があるが。また、threadオプションもあるので、それも指定するとさらに実時間の実行時間は短くなる。 ただ、これで生成されたgenome.bamはIGVで見るには、sortした上index作る必要があるので注意。

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Sashimi plot

Written by bonohu in misc on 木 06 7月 2017.

IGVをいじっていたら、右クリックメニューにSashimi plotなるものを発見。'sashimi plot'でPubmed検索しても1件しかでてこなかったが、'sashimi plots'にすると3件出て来て、その一つ(Quantitative visualization of alternative exon expression from RNA-seq data)によると、

a quantitative visualization of aligned RNA-Seq reads that enables quantitative comparison of exon usage across samples or experimental conditions

ということで有用そう。'sashimi plot'でPMC検索すると125件もヒットして来て、たしかに使われている印象。[caption id="attachment_3801" align="aligncenter" width …

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Good news

Written by bonohu in misc on 火 04 7月 2017.

長年の懸案だったGeneChipのソレとRNA-seqのソレをついにjoinできた。これでさらに精度良く、目的の遺伝子群が抽出できるはず。 また、それ以外にもいい知らせが。2017年後半戦、ますます楽しくなってきた。

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横方向のcat

Written by bonohu in misc on 月 03 7月 2017.

RSEMの結果ファイルからFPKM値で複数のサンプルの結果を抜き出したいとき。current directoryすべての結果ファイルに対してそれをしたい場合、以下のようなシェルスクリプトで。実行する前にFPKMというdirectoryを作成して、そこに処理したファイル群が書き込まれるようにする。

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#!/bin/sh
mkdir FPKM
for f in *.genes.results;
 do echo $f > FPKM/$f
 cut -f7 $f >> FPKM/$f
done

RSEMの結果ではFPKM値は左から7番目のカラムに書き込まれているからそれをcut -f7で抜き出すようにする。 これらの結果だけではFPKM値のみで、遺伝子名とかの情報が入らなくなるので、左に来るべきファイルを以下のようなコマンドであらかじめ作っておく。

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#!/bin/sh
cut -f1,2,3,4 hoge.genes.results > FPKM …

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十年一昔

Written by bonohu in misc on 土 01 7月 2017.

本日2017年7月1日で、ついにライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)に来て丸10年が経った。あの日、まだプレハブの仮住まいだったDBCLSから歩いて本郷三丁目駅に向かい丸ノ内線に乗って東京駅に。まだ絶賛工事中だった東京駅地下の黒塀横丁に現在は同僚となっているN氏を呼び出し、すぐにDBCLSに参加するよう呼びかけたのが昨日のことのように思い出される。

生命科学研究を続ける上で、まずやらねばならないインフラ整備と思って、データベース統合化に関わってやってきたつもり。まずはDBをどう使ったら良いかを伝える手段として、当時ブレイクしそうだったYouTubeも利用した動画チュートリアル統合TVを始め、現在では約1200のコンテンツに。DB利用技術の普及を目的に統合データベース講習会AJACSを全国でやろうということで始めた。現在ではJSTがAJACSを引き継いでくれていて、それと合わせると日本の都道府県の半分以上で講習会をこの10年で実施して来たり。「教育」をやれと言われた文部科学省委託研究開発事業だった当初(2007-2010年度)の使命はある程度は果たせたかなと。

データベース統合化事業としてNBDCができてJST管轄となってからは、DBCLSは統合DBのR&Dとして、とくに自分は大規模データ利用技術開発に注力するように。この10年でものすごい進化を遂げた塩基配列解読手法によるデータのアーカイブ(SRA)の目次とその検索インターフェースづくりは、世界に3つしかない公式にSRAをアーカイブする機関の一つであるDDBJの協力の下、大きなプロジェクトとなりつつある。また遺伝子発現関係のウェブツールも、リファレンス遺伝子発現データ(RefEx)を作ろうという試みがだんだん大きくなって来て、理研FANTOMプロジェクトとの共同研究に発展。そして、遺伝子発現目次(AOE)もオミックスデータ目次に発展していく流れ。SayaMatcherでやっていたことをsuffix arrayで …

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2017年前半戦終了

Written by bonohu in misc on 金 30 6月 2017.

去年のこの日にも書いた振り返りエントリ。 2017年前半を振り返って。出張による外泊は、28泊と昨年前半の43泊より減少。出張を抑制、データ解析や物書きに取り組もうとしている姿勢が数字に出た感。これは、自分のやるべきことを方向付けて実行に移した結果と言えよう。これは、2017年年頭に書いた目標の一つで、出張外泊数を抑えることもその一つであった。 また、もう一つの目標であった、文章を書くことをさらに習慣づけtwitter以外の手段による情報発信は、2017年6月末の時点では地下に潜っているプロジェクトも含めて、順調に進んでいるかと。乞うご期待。

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Differential Expression Analysis using EBSeq

Written by bonohu in misc on 木 29 6月 2017.

RSEMによるRNA-seqの続き。RSEMデータ解析チュートリアルにある発現差解析方法。 rsem-run-ebseqとrsem-control-fdrはmake installしても/usr/local/bin以下にインストールされないので、注意。hoge1とhoge2の2つのサンプルの発現差を解析する場合、以下のように。 [shell] rsem-generate-data-matrix hoge1.genes.results hoge2.genes.results > hogeMat.txt ~/Documents/src/RSEM-1.3.0/rsem-run-ebseq hogeMat.txt 1,1 hogeMat.results ~/Documents/src/RSEM-1.3.0/rsem-control-fdr hogeMat.results 0.05 hogeMat.de.txt [/shell] 自分の環境ではRSEM関係のスクリプトは~/Documents/src/RSEM-1 …

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