今日もWiiFit
Written by bonohu in misc on 木 12 3月 2009.
運動貯金24。ヨガ中心だが、おそるおそる筋トレ系にも挑戦しつつ。
Category: misc
字幕二作目
Written by bonohu in misc on 木 12 3月 2009.
昼飯前の仕事。もちろん、昨日シナリオをきっちり作っておいたからだが。
「ゲノミクス」
Written by bonohu in misc on 木 12 3月 2009.
昨日付けで、某社の近刊にリストアップされていた。今月末刊らしいが、amazonにエントリが出るのは何日だろうか？
今日のWiiFit
Written by bonohu in misc on 水 11 3月 2009.
復活３回目。昨日は出来なかったが、復活。ヨガ、有酸素運動、以外に筋トレ系にも進出。運動貯金19。すこしずつ上げていこう。
某祝い後、nebotter
Written by bonohu in misc on 火 10 3月 2009.
一週間に一度ぐらいはこういう日があってもよかろう、と。
でも、結局英語字幕化に必要なシナリオの翻訳done。約１時間ほど。集中さえすればすぐ終わる、のにね。
サクラサク
Written by bonohu in misc on 火 10 3月 2009.
今日は間借りしている家主さんの大学の前期試験合格発表日。18年前の今日、それを見にきていたのだろうけど、ちょうどこれまでの人生の中間点で記憶はもう薄く。
心地よい筋肉痛
Written by bonohu in misc on 月 09 3月 2009.
全身、とくに体幹のあたり。そして、すっきりとした目覚め。やはり運動するのは良いらしい。
平日もQOL向上計画継続
Written by bonohu in misc on 月 09 3月 2009.
家に帰ってきて、軽食をすませてWiiFitをやってさっさと風呂に入る。そうすることで体もいい具合に疲れて、半ば睡眠薬代わりにしていたEtOHも摂取しなくて済むわけで。この「生活習慣」をしっかり身につけていきたい。
福利厚生×
Written by bonohu in misc on 月 09 3月 2009.
な職場だなあと、精神衛生状態が良くない時に思う。せっかく最寄りの路線に走っているのだから、青いロマンスカーに乗って温泉な慰安旅行があっても良かろう、と。せめて、大学の研究室のような、合宿がしたい。一部の希望者だけでもいいから。
続・HK人
Written by bonohu in misc on 日 08 3月 2009.
今日は家全体に掃除機かけ。20年ほど前にはよく使っていたが今はまず使わない本の段ボール詰めなども併せて。
自宅ジム化計画reloaded
Written by bonohu in misc on 日 08 3月 2009.
「事務」じゃなくて'gym'の方。転職時にコナミスポーツ止めて以来、やっていなかったのを、WiiFitを買って自宅でやろうと決意だけして、実際に買ってからはちっともやっていなかった。しかしながら、普段からの運動不足が身にしみてきた＆体重とBMIを定期的に記録するついでに再開しようと。三日坊主にならないよう、ここに書いてみるテスト。
HK人
Written by bonohu in misc on 土 07 3月 2009.
晴れたので、布団干し。洗濯は結局3run。やはり外に干すと乾きが早い。先週、Tsukuba.R#4で見逃したアレを再放送で見て、その後温泉インフォマティクス研究会で自分自身にperturbation。ストーリーを組み立てる。
Chateau LA GRANDE METAIRIE 2005
Written by bonohu in misc on 金 06 3月 2009.
金曜日はワイン5%引きの明治屋で。値段の割にはそれなり。
Plaggerいぢり
Written by bonohu in misc on 金 06 3月 2009.
とりあえず、ググッて人のコードをパクって動かすところからぼちぼち始める。かつてのインストーラー魂にも火がついて、いぢり活性上昇中。
表紙と本扉
Written by bonohu in misc on 金 06 3月 2009.
PDFで送られてくる。いつもながら、ここのこの種の仕事の質の高さには驚かされる。でもなぜかこちらでプリントアウトすると若干ずれるのだが…。
DNA宝物殿
Written by bonohu in misc on 金 06 3月 2009.
「エレガンスに魅せられて シドニー・ブレナー自伝」エロール・フリードバーグ、エレノア・ローレンス編 p230 より
> > 人類は最終的には、地球上の（人類以外の）すべての生き物を破壊してしまうだろうと、私は信じている。だから、すべての物をDNAという形で保存したいと思う。「DNA宝物殿」なるものを作るために。 > > > >
将来の展望
Written by bonohu in misc on 木 05 3月 2009.
「エレガンスに魅せられて シドニー・ブレナー自伝」エロール・フリードバーグ、エレノア・ローレンス編 p229より
> > 我々は今後25年の間に、総合的な生物学に向かって進み、進化がその対象になると、私は信じている。 > > > > （中略） > > > > そして、それは（今日、ますます細分化されつつある）生物学の問題に新しいタイプの総合的なアプローチをもたらすだろう。 > > > >
某再校
Written by bonohu in misc on 木 05 3月 2009.
電子的に来て、すぐに返す。これでおそらくラスト。
というわけでインストール充
Written by bonohu in misc on 水 04 3月 2009.
溜めてしまっていたiほげ'09系とCPANの諸モジュール。いつの間にか初期設定が明にコマンドo conf commitしないと保存されなくなっていたとは。。浦島太郎状態。
閾値を越えさせる何か
Written by bonohu in misc on 水 04 3月 2009.
統合TVのコンテンツは日本語であることがメリットでもあり、デメリットでもあった。日本人向けというのなら日本語のコンテンツだけで良いと思うのだが、世界の研究者に見てもらおうと思うのであればやはり英語にしないとまずい。そこで、一度作成した統合TVのコンテンツ（日本語）に英語の字幕をつけることで英語化に対応するというアイデアは前から持っていたが果たせないでいた。実際に、Quicktime movieに字幕を付けるソフトSubberbianがフリーウェアであることも分かっていたが。
そして、今日ついに「閾値」を越えた。やってみればほぼ半日仕事だった。そういう「閾値」を越えられないでいる仕事がいくつも抱えている自分にとって大事なのは、タイトルにもした「閾値を越えさせる何か」なのだ。ローカルミニマムに陥ってしまっている自分にエネルギーを与えて、そこから動かしてくれる「何か」。もっと刺激的な毎日にしていかねばならぬ！
科学におけるインチキ
Written by bonohu in misc on 水 04 3月 2009.
「エレガンスに魅せられて シドニー・ブレナー自伝」エロール・フリードバーグ、エレノア・ローレンス編 p226 より
現在、頻繁に秘密主義が横行して、情報の自由な交換を阻んでいる。という意味は、もし相手の方が先に結果を発表しそうなら、当方で何をやっているか、話そうとはしない。だから、競争は弊害をもたらす闘いを助長する。 > > > > （中略） > > > > しかしながら、本当は、科学の偉大さは、問題や謎を解くことにある。何か混乱した問題を取り上げ、正しい解決法を見いだす。私の考えでは、それが科学をする本当の牽引力にならねばならない。そして、それ以外の雑多な動機を忘れるべきだ。多分、これらの雑多なものには、「商業」という言葉を冠すべきかもしれない。例えば、「商業セル」とか「商業ネイチャー」とかいう風に、そして、論文を広告代わりに発表させたらよい。それが、まさに生物学の醜い側面だと私は思っている。 > > > >
某再校
Written by bonohu in misc on 火 03 3月 2009.
ようやく受け取る。担当が居ない（休みだったらしい）から、郵送物が届けられないというのはいかがなものか？速達で送っていただいた意味が全くなくなっていたのだが。
序文の校正とそれ以外にいくつかのポイント。前に火種になると思っていたところがやはり。よく調べてくれたようで、感心した。昨日ダメだししたタイトルも代案が来てそれで納得。次は何だ？
科学における競争
Written by bonohu in misc on 火 03 3月 2009.
「エレガンスに魅せられて シドニー・ブレナー自伝」エロール・フリードバーグ、エレノア・ローレンス編 p224 より
我々にとって最も大事なのは、自身独自の研究であるはずだ。 > > > > （中略） > > > > それは、研究室の精神鼓舞に必須であり、若い研究者にそう思い込ませるべきだと私は思う。 > > > > （中略） > > > > 前にも述べたが、私はタレーラン王子（チャールズ・タレーラン、1754-1838）の崇拝者だ。 > > > > （中略） > > > > 彼はかつて、こう言ったことがある（私はそれをいつも珍重している）。「仕事を独り占めするな！ もし誰かが君と仕事の分担を欲すれば、分け与えたまえ！」世界を独りで食べようと欲するな！ もし、その消化を助けるために他の人々を動員できたら、その仕事の一部は、科学者の果たす非常に大事な役割となるだろう。 > > > >
House Keeping Day
Written by bonohu in misc on 月 02 3月 2009.
とはいえ、電子メールでやってくる仕事は打ち返しつつ。洗濯機3run、布団干し、掃除機がけ、一部拭き掃除by濡れクイックルワイパー。ええ、独り暮らしですから。
So do I !
Written by bonohu in misc on 日 01 3月 2009.
「エレガンスに魅せられて シドニー・ブレナー自伝」エロール・フリードバーグ、エレノア・ローレンス編 p223 より
私は反逆児で、かつて、「ませたおしゃべりな子」と呼ばれていた。（中略）反逆児になることは、因習から逃げ出す安易な道だった。
＋「態度がでかい」とよく言われたものだ。それは今もだが「声がでかい」とも。The Matrixに出てくるNEOのように、因習のようになっていた「世界」から逃げ出したが故に今がある。そうするかどうかを選ぶのは他ならぬ自分でしかない。
Tsukuba.R#4
Written by bonohu in misc on 日 01 3月 2009.
Tsukuba.R#4 - Tsukuba.R - Seesaa Wiki（ウィキ）にて「テキストマイニングとDNA配列解析」という題でLT（ライトニングトーク）しました。
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そのプレゼンテーション 「テキストマイニングとDNA配列解析」
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実際にRを使っているところの動画
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RMeCab1 :
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RMeCab2 :
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RMeCab_N-gram:
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RMeCab_collocate:
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バスケ
Written by bonohu in misc on 土 28 2月 2009.
かなり久しぶり。4ゴールほど。参加していない間に知らないところでいろいろと進んでいる模様。
創造性
Written by bonohu in misc on 金 27 2月 2009.
「エレガンスに魅せられて シドニー・ブレナー自伝」エロール・フリードバーグ、エレノア・ローレンス編
p220 より
創造的になる要素の一つは、間違ったことを言うことを恐れないことである。
p220 より
しかしながら、時には、（例えば）原因と今まで考えられていたものを、実は結果ではないか、というふうに疑問を挟んでみることは有益である。
p222 より
聡明な頭脳を持ちながら、何もできない者もいれば、アイデアはないが、何かをやってのける者もいる。それらの二つの性格を交差させて、一人の人間に取り込んで初めて、よい科学者を得ることができる。科学はグループという社会単位で進めなければならない理由は、ひょっとするとそんなところにあるのかもしれない。
論文の分類学
Written by bonohu in misc on 金 27 2月 2009.
「エレガンスに魅せられて シドニー・ブレナー自伝」エロール・フリードバーグ、エレノア・ローレンス編 p216 より。
「論文は、大まかに３種類に分類される。その一つは我々に何らかの情報を提供するものだ。もう一つは、何の影響も与えないものだ。最後のカテゴリーに属する論文は、私の頭から情報を抹殺する種類のものだ。私は第三の論文は断じて読まないことにしている」
読書は大事だが…
Written by bonohu in misc on 金 27 2月 2009.
「エレガンスに魅せられて シドニー・ブレナー自伝」エロール・フリードバーグ、エレノア・ローレンス編 p214 より。
知り過ぎることは、研究にとってマイナスになる場合がある。無知の部分をわずかながらも維持することが肝心である。さもなければ、新しい研究に挑むチャンスがなくなるからだ。
140突破
Written by bonohu in misc on 木 26 2月 2009.
統合TVのコンテンツ数が。オリジナルサイトのアップデートによる作り直しも含めてだが。より多くのライフサイエンスに興味のある方に見てもらえるよう、改良を加えていきたい。
synthetic genetics
Written by bonohu in misc on 木 26 2月 2009.
「エレガンスに魅せられて シドニー・ブレナー自伝」エロール・フリードバーグ、エレノア・ローレンス編 p209 より。
これが、まさに、複雑な制御機構の遺伝学をやる方法と考える。私は、この方法を「合成による遺伝学」と呼び、従来の「分解による遺伝学」と区別している。これこそ、すべての複雑な問題を解明する方法になると思う。
日本は？？
Written by bonohu in misc on 木 26 2月 2009.
「エレガンスに魅せられて シドニー・ブレナー自伝」エロール・フリードバーグ、エレノア・ローレンス編 p203 より。
ヒトゲノム研究は、ある種の「巨大科学」工場を作るというよりは、その仕事に興味を持つ優秀な科学者を集めるというやり方をとった。彼らは、ゲノム研究は根本的に重要な生物学だと理解したのだと思う。しかし、思うに、米国人はこのプロジェクトを「商業化」してしまい、つまらない（この言葉しか浮かばない）ものにしてしまった。
大恐竜展 in Tokyo Marunouchi
Written by bonohu in misc on 水 25 2月 2009.
丸ビル１Fに恐竜が上陸！ ということで某ついでに見てきた。
Near is my shirt, but nearer is my skin.
Written by bonohu in misc on 水 25 2月 2009.
「エレガンスに魅せられて シドニー・ブレナー自伝」エロール・フリードバーグ、エレノア・ローレンス編 p202 より。
多くの科学者は、このプロジェクトは「巨大科学」になって、科学者が奴隷に成り下がると不満を述べた。そして、もちろん、真意が表面化した。普通の研究資金が「巨額プロジェクト」に回されるのを恐れたのだ。
某プロジェクトでもそれとおぼしきことがあったような。
local BLAST
Written by bonohu in misc on 火 24 2月 2009.
がらみの質問が個人的に来た。需要は高い模様だが、windowsでそれをやってもらうのはいろいろとややこしい上に応用が利かない気がしている。そこで、KNOBの登場という流れだな、これは。明日から「オープンソースで始めるゲノム・プロテオーム・メタボローム解析」も発売だし。
裏返し遺伝学
Written by bonohu in misc on 火 24 2月 2009.
「エレガンスに魅せられて シドニー・ブレナー自伝」エロール・フリードバーグ、エレノア・ローレンス編 p199 より。
現在、我々は簡単に遺伝子をクローン化して、そのDNA塩基配列を同定することができる。だから、変異体を探す必要がなくなった。そこにある野生型の遺伝子を見つけ、そして、「その野生型遺伝子に欠損を入れたらどうなるのだろう？」という質問をすることができる。これは「逆遺伝学」と呼ばれるが、実は「逆遺伝学」ではなく、「裏返し遺伝学」なのだ。 > > > >
It’s a small world!
Written by bonohu in misc on 火 24 2月 2009.
また私の全く別方面での知り合いがつながった。今度は大学時代の友人とポスドク時代以降の知り合いのお弟子さんとだ。研究者の世界は狭い。
「科学」にたずさわる労働者
Written by bonohu in misc on 月 23 2月 2009.
「エレガンスに魅せられて シドニー・ブレナー自伝」エロール・フリードバーグ、エレノア・ローレンス編 p201 より。
連中にとっては、それは単なる「仕事」に過ぎないのだ（「研究」ではない！）。彼らは実験データ（塩基配列）には全く興味がない。彼らの興味は給料のみにあり、金曜の夕方には、その金を持って出かけ、ボートやガーデニングなど、彼ら自身の趣味を追いかけたいからだ。 > > > >
私の頭の中で、中身を理解しないでただシステムを作るだけ、という人種と大いにかぶる。いずれにせよ、そういう連中は科学者ではないのだ。
yet another BC & AD
Written by bonohu in misc on 月 23 2月 2009.
「エレガンスに魅せられて シドニー・ブレナー自伝」エロール・フリードバーグ、エレノア・ローレンス編 p195 より。
1980年代の中頃に、私は、雑誌に投稿した記事の中で、生物科学の歴史は二つの時代に分けられると述べた。前期「BC」は「Before Cloning」（クローニングができるようになる前の時代）を意味し、後期「AD」は「After DNA」（DNAの構造モデルが、ワトソンとクリックにより提唱された後の時代）を示す。
本来のBCとADはそれぞれBefore Chirst（紀元前）とanno Domini（西暦）の略らしい。
どこが変わったでしょう？
Written by bonohu in misc on 月 23 2月 2009.
わかるかな？
今日は、電力工事によるマシン落とし＆起動があったうえに、私は普段滅多にしない（テレビ）会議があってばたばたしていたものの、懸案の某序文も脱稿できた。また新たな再校も明日以降来るらしいので、がんばろう！
自然が既に実験済み
Written by bonohu in misc on 日 22 2月 2009.
「エレガンスに魅せられて シドニー・ブレナー自伝」エロール・フリードバーグ、エレノア・ローレンス編 p194 より。
もう一つの教訓は「心配するな！何か危険な実験を想像しても、自然が、もう既に実験済みだろうから！」ということだ。
2/22 22:22
Written by bonohu in misc on 日 22 2月 2009.
ゾロメ。ただ、それだけ。
保土ヶ谷漫遊
Written by bonohu in misc on 日 22 2月 2009.
最寄りの黒猫サービスセンターが藤塚ICのすぐ近くの割と車で行き易いところにあることが判明。そこを皮切りに黒猫→一満天の湯→コーナン→いなげや、の全行程3時間弱。買い物系はこれでしばらく安心。浸透圧と熱のperturbationでいいアイデアも出て、しっかりメモれたし。
某読了
Written by bonohu in misc on 日 22 2月 2009.
昨晩の続きから6/7を昼食前に終え、7/7先ほど終了。今日の便に間に合いそうった。
横浜発祥牛鍋のお弁当
Written by bonohu in misc on 土 21 2月 2009.
ATMに行ったついでについ釣られた。行く前にネットで見ていてあれば買おうかと思ったら、最後の一個だったし。美味かったけど。
ガラクタとごみの違い
Written by bonohu in misc on 土 21 2月 2009.
「エレガンスに魅せられて シドニー・ブレナー自伝」エロール・フリードバーグ、エレノア・ローレンス編 p182 より。
しかし、単なる心理的な議論から離れて、ガラクタをゲノム上に残すか、捨てるかを決める進化における自然選択力について理解する必要がある。（中略）ガラクタは取ってきたいくずで、ごみは捨てるべきくずだ。だから余分なDNAは、定義上、ごみではなく、ガラクタなのだ。ごみだったら、ゲノムに残っていないだろう。
5/7読了
Written by bonohu in misc on 金 20 2月 2009.
この章は短いのだが、未来の火種を見つけてしまった。とりあえず編集者に任せよう、ということで。
机上の空論
Written by bonohu in misc on 金 20 2月 2009.
「エレガンスに魅せられて シドニー・ブレナー自伝」エロール・フリードバーグ、エレノア・ローレンス編 p176 より。
理論には必ず生化学的な実在可能性が考慮されていなければいけない。いろんなことを、非常に洗練された数理的方法で出来ることは事実だ。しかし、実際の生物系で、その現象が起きるのに、70年もかかるとしたら、それは生物現象とは関係ない。これが、論理的な正しさと真実との違いだ。多くの理論家は、この違いを区別できない。事実、多くの理論は、論理的には正しいが、我々が興味を持っている自然とは全く関係のない空論である。
校正
Written by bonohu in misc on 金 20 2月 2009.
一つやっつける。するとすぐに返事が来て、pre再校。そして、それもすぐに了承。もちろん、片方は雑誌の1articleで、もう片方はちゃんとした本ということもあるけれども、電子的にやり取りする方がやっぱり仕事が早いということを再認識。