某読了
Written by bonohu in misc on 日 22 2月 2009.
昨晩の続きから6/7を昼食前に終え、7/7先ほど終了。今日の便に間に合いそうった。
Category: misc
横浜発祥牛鍋のお弁当
Written by bonohu in misc on 土 21 2月 2009.
ATMに行ったついでについ釣られた。行く前にネットで見ていてあれば買おうかと思ったら、最後の一個だったし。美味かったけど。
ガラクタとごみの違い
Written by bonohu in misc on 土 21 2月 2009.
「エレガンスに魅せられて シドニー・ブレナー自伝」エロール・フリードバーグ、エレノア・ローレンス編 p182 より。
しかし、単なる心理的な議論から離れて、ガラクタをゲノム上に残すか、捨てるかを決める進化における自然選択力について理解する必要がある。（中略）ガラクタは取ってきたいくずで、ごみは捨てるべきくずだ。だから余分なDNAは、定義上、ごみではなく、ガラクタなのだ。ごみだったら、ゲノムに残っていないだろう。
5/7読了
Written by bonohu in misc on 金 20 2月 2009.
この章は短いのだが、未来の火種を見つけてしまった。とりあえず編集者に任せよう、ということで。
机上の空論
Written by bonohu in misc on 金 20 2月 2009.
「エレガンスに魅せられて シドニー・ブレナー自伝」エロール・フリードバーグ、エレノア・ローレンス編 p176 より。
理論には必ず生化学的な実在可能性が考慮されていなければいけない。いろんなことを、非常に洗練された数理的方法で出来ることは事実だ。しかし、実際の生物系で、その現象が起きるのに、70年もかかるとしたら、それは生物現象とは関係ない。これが、論理的な正しさと真実との違いだ。多くの理論家は、この違いを区別できない。事実、多くの理論は、論理的には正しいが、我々が興味を持っている自然とは全く関係のない空論である。
校正
Written by bonohu in misc on 金 20 2月 2009.
一つやっつける。するとすぐに返事が来て、pre再校。そして、それもすぐに了承。もちろん、片方は雑誌の1articleで、もう片方はちゃんとした本ということもあるけれども、電子的にやり取りする方がやっぱり仕事が早いということを再認識。
オープンソースで始めるゲノム・プロテオーム・メタボローム解析
Written by bonohu in misc on 金 20 2月 2009.
ichanも書いていますが、こういう本がもうすぐ書店に並ぶ。査読等に協力したということで一足先に献本いただく。まだ市場には出回っていないのでamazonへのリンクもないが、出版社のサイトに情報あり。amazon:9784274067563
自らはコンテンツ作成しない
Written by bonohu in misc on 木 19 2月 2009.
という方針に変わりはないということを結局確認しただけだった。「支援」するのに「ツールを作る」ことしかやらないのは…。お互いにとって不幸な結末しか待っていないような気が経験上非常にする。大変な思いをしてデータを出す、という経験をしないとその辺はきっと判らないんだろうなぁ。
また別の初校
Written by bonohu in misc on 木 19 2月 2009.
が今度は電子メールとともにやってきた。訂正等はPDF中にコメントとして残して電子メールで返送してもよいと。自分で書いた文章＆わずか６ページなのでさっとみれるものの、二つ抱えているということはやはり気が重い。
「非常勤コンピューター」
Written by bonohu in misc on 木 19 2月 2009.
「エレガンスに魅せられて シドニー・ブレナー自伝」エロール・フリードバーグ、エレノア・ローレンス編 p173 より。
「そんなやり方でコンピューターを使いたくない。コンピューターは我々の主人ではなく、助手に過ぎないからだ！」 「非常勤（臨時雇いの）コンピューター」という新語を発明したのは、この時だった。ここで「非常勤」とは、「必要に応じて使用される」という意味である。
凄いコンピューターがいるのだからそれを使った研究をしろというような、コンピューターに使われるような研究はしたくないものだ。
I think so, too.
Written by bonohu in misc on 木 19 2月 2009.
「エレガンスに魅せられて シドニー・ブレナー自伝」エロール・フリードバーグ、エレノア・ローレンス編 p171 より。
実にばかばかしい話だ。現に進行中の研究を説明するために、何か準備が必要とは、何を研究しているのか本当に分かっていないことを意味するからだ！
そういう人は普段何考えているんだろう？
七人の侍
Written by bonohu in misc on 水 18 2月 2009.
「エレガンスに魅せられて シドニー・ブレナー自伝」エロール・フリードバーグ、エレノア・ローレンス編 p167 より。
「あなたの研究室の構成はどうなっていますか？」と聞かれると、私はこう答えることにしている。「いわば七人の侍のような集まりだよ」研究を前進させるために一丸となった、単なる有志の集団だった。
七人の侍を集めた研究室。そうあるべきだと私も思うのだが…。
s/遺伝学/バイオインフォマティクス/
Written by bonohu in misc on 水 18 2月 2009.
「エレガンスに魅せられて シドニー・ブレナー自伝」エロール・フリードバーグ、エレノア・ローレンス編 p144 より。
「今、我々には素晴らしい遺伝学の道具がある。それを使って、もっと複雑な問題に立ち向かえないだろうか？」
使うのは「研究費」じゃなくて、「自分」の「脳」と「手」ですよ。
位相のずれ
Written by bonohu in misc on 火 17 2月 2009.
「エレガンスに魅せられて シドニー・ブレナー自伝」エロール・フリードバーグ、エレノア・ローレンス編 p133 より。
位相を他の人とずらして研究することが、科学をやる上で最上といつも信じていた。つまり、波長の半分、先に進むか、遅れるかだ。どちらでも構わない。位相をずらし、新しい研究ができるスタイルを堅持する限り。
とろとろ桃のフルーニュ
Written by bonohu in misc on 火 17 2月 2009.
世界のKitchenから。発売日に飲む。まあ、おいしいにはおいしいが、それほどヨーグルト好きというわけでもないのでリピート化は難しいかも。
今日の夕食
Written by bonohu in misc on 月 16 2月 2009.
例によって、閉店前に値引きされたサラダだけ。ただ、今日は豪華にも「ローストビーフの美食サラダ」。
「気にするな説」
Written by bonohu in misc on 月 16 2月 2009.
「エレガンスに魅せられて シドニー・ブレナー自伝」エロール・フリードバーグ、エレノア・ローレンス編 p122 より。
何か、上述の規則に当てはまらない結果があった。ここで、問題は、科学では、こういったことも言及すべきかどうかということだ。（中略）こういった例外にあたるものでは、何が起きているかが問題となる。「気にするな説」という逃げ道がある。いつか、それらの説明は見つかるだろう。
大局を見据えるには必要な「説」ではあるが、ゆくゆくは「例外」は何がそれを「例外」たらしめているか、きっちりと究明することが重要である。
Parallels Desktop 4
Written by bonohu in misc on 月 16 2月 2009.
やっとアップデート作業に。You knowな事務員の方のおかげで知らない間に無償バージョンアップが申し込まれていたのに。これでMacPro上で動くWindowsXPもmulti CPUなそれに。もっと早めにやればよかった。
早くリア充になりたい
Written by bonohu in misc on 日 15 2月 2009.
結局、初校にだけ向かっていた週末。ある意味、副業を土日にしていたということだが、時給にすると…。恐ろしく低いので、考えたくもない。ま、悶々と過ごすのを回避してくれたという意味ではGJかな。
4/7読了
Written by bonohu in misc on 日 15 2月 2009.
予定よりも一章多く。早い分には問題ない。
家事日和
Written by bonohu in misc on 土 14 2月 2009.
二月とは思えないぐらいの「暑さ」（笑）。寒くてサボりがちだった掃除や布団干しを。
3/7読了
Written by bonohu in misc on 金 13 2月 2009.
とりあえず、ノルマ達成。
統合データベース勉強会AJACS本郷3
Written by bonohu in misc on 金 13 2月 2009.
Nucleic Acid Research (NAR) 誌で毎年年頭に刊行されている Database Issue の今年のそれに掲載された最新のデータベースについて、内容の検討やデータベースの今後の方向性などについて議論を行う、ということなはずだったが、
実際には独演会に近い状況に。確かに分量も多くて概観することに力点を置いたこともあるけど、議論が今ひとつ。予習してこいとは言わないけど、ただ漫然と参加するのではなく、どうせ参加するのなら勉強会の運営に積極的に協力して欲しい。
Googleサイト
Written by bonohu in misc on 水 11 2月 2009.
を利用して発表資料物置ができたとのことなので、早速使ってみる。実はお初。容量が100Mbまでですでにある程度使っているようなので、私の場合すでにネット上にPDFで置いているのでそのURLへのリンクだけを載せる。
Googleドキュメント::プレゼンテーション
Written by bonohu in misc on 水 11 2月 2009.
諸事情により、初めて使ってみた。統合データベース勉強会AJACS本郷3の前座用のプレゼンを作ってみた。
PowerpointやKeynoteに比べるとまだまだだが、今回の目的には十分な機能性があった。とくにネット上で共有できるということで、別の場所で作成したファイルがUSBメモリなどでファイル転送する手間なく編集続行できたり、作成したものをボタン一つで公開開始したり、（これは今回は利用しなかったが）複数の人でプレゼンを共作したりできるのが素晴らしい。Googleアカウントが必要にはなるが、ソフトウェアのインストールが必要な共有マシンやそんなにしょっちゅうプレゼンを作成したりする機会のない人に初めて作ってもらうお試しとしても秀逸かと。
初校2/7読了
Written by bonohu in misc on 水 11 2月 2009.
完全にオッケーというわけじゃなくて、ワンセクション見ると2,3箇所直すべきところが目について。今の私には良い自宅待機日の過ごし方だったりする。
「おしゃべり」の効能
Written by bonohu in misc on 水 11 2月 2009.
「エレガンスに魅せられて シドニー・ブレナー自伝」エロール・フリードバーグ、エレノア・ローレンス編 p95 より。
このような気違いじみた「とめどなき」おしゃべりは必要である。というのは、論理的演繹法では見えてこない関連性が、このおしゃべりによって浮き彫りにされる場合があるからだ。
大いに同意。私自身そういうことがある。もっとも自分だけしか分からないことが多いが。シドニー・ブレナーのように、その場にいたフランシス・クリックと目を合わせてそれが分かるようなcolleagueが欲しい。
不易流行
Written by bonohu in misc on 火 10 2月 2009.
「エレガンスに魅せられて シドニー・ブレナー自伝」エロール・フリードバーグ、エレノア・ローレンス編 p106 より。
実験には流行がある。誰かがあるスタイルで実験をやり有名になると、（ばかのひとつ覚えで）猫も杓子もそのスタイルで論文を発表するようになる。すると、そのスタイルに合わない論文は受理されなくなる。
兎を見て犬を放つ
Written by bonohu in misc on 火 10 2月 2009.
いつのまにか、某ソーシャルコミュニケーションからいなくなっていたようだ。よほど、年頭にあった時に（私はdiscussionのつもりなのだがその人的にはdisりで）プライドを傷つけられたのだろう。しかしながら私が指摘した情報発信は一ヶ月以上たった今日にも未だに始めていない模様。
扱える生物種ではなくて、実験系ありきの研究
Written by bonohu in misc on 火 10 2月 2009.
「エレガンスに魅せられて シドニー・ブレナー自伝」エロール・フリードバーグ、エレノア・ローレンス編 p76 より。
このことから学んだ非常に重要な点は、共線関係の証明のために、特殊な系、例えばバクテリオファージを使うことに固執し続けることだ。実際、ある問題の解き方が分かってしまうと、問題が一般的ならば、どんな生物学的な系を用いても解が得られるからだ。重要なことは、その問題を解くのに絶好の実験系を見つけることだ。
なんか昨今の研究室は扱う（える？）生物種ありきで「絶好の実験系を見つける」ということを気にかけていないと思う。この引用文の言う通り、もっと自分のやりたいbiologyありきで実験系はあとから選ぶべきかと。
ELLA VALLEY Vineyards EverRed 2005
Written by bonohu in misc on 火 10 2月 2009.
八ヶ岳リゾートアウトレットのSt.Cousairで仕入れたイスラエルワイン。値段相応かそれ以上に美味かった。今度はMerlotやCabernet Sauvignonにいってみたい。
今は情報科学から…
Written by bonohu in misc on 火 10 2月 2009.
「エレガンスに魅せられて シドニー・ブレナー自伝」エロール・フリードバーグ、エレノア・ローレンス編 p64 より。
物理学から生物学に転向して、新しい物理学を見つけようと考えた多くの科学者は、形而上学のジャングルの中で、進むべき道を見失った。しかし、ベンザーは驚くべき非凡な人で、生物学実験の計画をたて、実際にやってのける天才だった。
でも情報科学から生物学に転向したという意識のある人は残念ながらほとんどいないように思える。バイオインフォマティクスで研究費をもらっていてもあくまでも情報科学者。私自身は元々生物学系の出身だし。
特休
Written by bonohu in misc on 月 09 2月 2009.
「精神的リフレッシュのため」。得た教訓。
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体を横に倒す
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足を決める。傾斜を怖がらない
冷や汁
Written by bonohu in misc on 金 06 2月 2009.
えんにて。埼玉は小川町で似たものを食したことがあったが、今日のは宮崎の郷土料理ということだったが。調べるとやはり埼玉にもあるらしい。冷や汁 - Wikipedia
英多郎寿司
Written by bonohu in misc on 金 06 2月 2009.
久しぶりに。昼にこんな定食もあったとは。
2/28
Written by bonohu in misc on 木 05 2月 2009.
他の用事もあり、彩のクニへ。ということで、今月はバスケに行けそうです＞関係者。
やるやる詐欺
Written by bonohu in misc on 木 05 2月 2009.
近いところでもよく似た事象が起きている。「政治」に近いところで普遍的な事象なのだろうか？
スポーツバー
Written by bonohu in misc on 火 03 2月 2009.
職場のある部屋でサッカー観戦。のち、居酒屋状態に。某校正の1/7終えたというご褒美兼。
専門家になることの弊害
Written by bonohu in misc on 火 03 2月 2009.
[amazon template=image&chan=default&asin=4897420660] 「エレガンスに魅せられて― シドニー・ブレナー自伝」エロール・フリードバーグ、エレノア・ローレンス編 p60 より。
ある分野で専門家になることの弊害の一つは、あることがうまくいかない理由を知りすぎているために、創造性がなくなってしまうことだ。従って、専門外から来た人こそが、標準的なアプローチにとらわれず、ものごとを違った視点から見て、全く新しい一歩を踏み出すことができると、私は信じている。
至言だ。激しく同意。
続・某TV
Written by bonohu in misc on 火 03 2月 2009.
朝一で早速公開。これで恥ずかしい番組を最新の座から引きづり落とせた。
某TV
Written by bonohu in misc on 火 03 2月 2009.
出演してしまったので、それが早く最新でなくなるよう、久しぶりに自ら鋭意作成。懸案のアレを作成。分量が多く一気には無理っぽくシリーズ化決定。明日にも第一部公開予定。
お前はええなあ
Written by bonohu in misc on 火 03 2月 2009.
に類することを後で言うなよ。機会はちゃんと平等に与えられているという認識。
かずさクーポン
Written by bonohu in misc on 火 03 2月 2009.
じゃなくて、かざすクーポン。50円でチーズバーガー。それでもまだまだパケット代は回収できない。
Keynote, Pages, Numbersアップデート
Written by bonohu in misc on 火 03 2月 2009.
が出ていたらしい。ダウンロードできたからアップデートする？のダイアログで気づく。再起動いらず。
福岡出張往路
Written by bonohu in misc on 火 03 2月 2009.
非常に簡略な打ち合わせの結果、設営の手伝いもすることに。羽田12:20発、福岡14:15着に決める。
「真実はつねに最後には明らかになる」
Written by bonohu in misc on 月 02 2月 2009.
「ヒトゲノムを解読した男 クレイグ・ベンター自伝」J・クレイグ・ベンター著 p464 より。
法的措置をとることも考えたが、彼らの攻撃を退けるには、科学雑誌に確かなデータと事実を発表するのがいちばんだと判断した。心の師であるネイサン・カプランの「真実はつねに最後には明らかになる」という言葉を思い出しながら。
やっと読了。mixiでこの本に対する書評を書く*1。1998年秋にヒルトンヘッドミーティングとかつて呼ばれていたTIGR主催のゲノムの会議が私の海外口頭発表デビューだった*2が、その裏でこの本に書かれているいろいろなことが起こっていたとは。そのときにビル・クリントン大統領が来るという噂だったのがなぜ来れなくなったかも…。当のクレイグ・ベンターやクレア・フレイザー、そしてエリック・ランダーをそのとき初めて至近距離で見たのでした。もう10年以上も前になるのか…。歳とったなあ。
*1：彼の公表したゲノム配列を使って大学院での研究を始めた私としては、これまで使ってきたそれらの配列をどういう経緯で読むことになったのか、その背景が（一方的かもしれないが）知れてよかった。これまで噂だけ聞いてきたヒトゲノム解読に関する逸話も、これまた一方的かもしれないが別の見方からそれを知ることが出来たのもよかった。そしてあまり知らなかった(^_^;)、最近彼がやっている合成生物学まわりのことも知れてとてもよかった。
*2：この本にも何回も出て来るアンソニー・カーラヴェイジに私のポスターが目に留まって口頭発表の一つに選んでいただいたのを記憶している
phone call
Written by bonohu in misc on 月 02 2月 2009.
ケータイが「電話」として機能するのがかなり久しぶり。いろいろ気遣ってくれてとても嬉しい。おかげで心穏やかに眠りにつけました。
降灰
Written by bonohu in misc on 月 02 2月 2009.
浅間山爆発。その灰が住んでいる地域にも。。
独り温泉インフォマティクス研究会
Written by bonohu in misc on 日 01 2月 2009.
先週と同じく、買い出し＆クリーニング受け取りの帰りがてら。露天風呂に浸かりながらいろいろ思いを廻らす。
福岡出張復路
Written by bonohu in misc on 日 01 2月 2009.
さんざん迷ったあげく、福岡20:45発に。羽田着22:15になってしまうが、そこは地の利を生かして。調べてみると、去年10月の福岡出張の時と全く同じ時間であることが判明。ということは、出発ロビーにて鯛飯の予感。長崎チャンポンも捨て難いが。
しかし、往路はいつごろに行けばいいのだろう…謎だ。