Pitagora Galaxy Meetup 2016-11
Written by bonohu in misc on 木 17 11月 2016.
AJACSadvanced三島３でPitagora GalaxyをNGSデータ解析環境として紹介したいと考え、Pitagora Galaxy Meetup 2016-11に参加。仮想環境のダウンロードページにある仮想環境イメージのアップデートのお願いがメイン。その目的は達成できたが、どういう操作を講習としてやるかはまだこれから考える感じ。
Category: misc
Aspera ascp
Written by bonohu in misc on 水 16 11月 2016.
普通のftpやrsyncでコピーするとしたら、数ヶ月単位かかるような数十Tbyteのデータを転送する必要があり、先方にAsperaを設定してもらい。ascpというコマンドラインのプログラムをネット上からググって探してダウンロードインストールして、以下のようなコマンドで実行。 [shell] ascp -p -k 1 -QT -l 1G --overwrite=diff+older hoge@xxxx:hoged/ . [/shell] タイムスタンプ保持の-pオプションと上書きルールのオプション(--overwrite=diff+older)は今回のタスク的に大事だった。
第14回がんとハイポキシア研究会2日目
Written by bonohu in misc on 土 05 11月 2016.
今年(2016年)の３月に急逝したLorenz Poellinger氏の追悼シンポジウム(Professor Lorenz Poellinger Memorial Symposium)で縁の深かった方々によるプレゼンテーションは、泣きそうになる一方、彼らの研究の遍歴がうかがい知れて勉強になった。
またそれに続いて行われた、普段からお世話になっている関西医大の広田さんによる「2016年アルバート・ラスカー基礎医学賞を記念してOxygen, Hypoxia and Beyond」というプレゼンテーションはこの業界の歴史がよくわかって、知らなかった知識が補完されていって大変勉強になった。しかもそのプレゼンのスライドはfigshareで共有していただいているという…。オープンにしていただいて、ありがとうございます。
Hirota, Kiichi (2016): Oxygen, Hypoxia and Beyond. figshare. https://dx.doi.org/10.6084/m9.figshare.4142166.v1 Retrieved: 11 20, Nov 05, 2016 (GMT)
第14回がんとハイポキシア研究会1日目
Written by bonohu in misc on 金 04 11月 2016.
去年は三島でお世話させていただいた、がんとハイポキシア研究会。今年は岐阜で。実は、2年続けての東海地方開催。今年は運営に関わる部分がない分、しっかりと勉強させていただこうと。
会場のホテルは、なんと岐阜城を長良川越しに南に臨む素晴らしい立地。しかも、温泉。さらに、酸素の研究会にはもってこいの、鉄分が多い泉質という最高のお膳立て。
自分のポスタープレゼンテーションであるが、来ていただいた人たちと話してみて、これまでに増してメタ解析の需要があるらしいことを感じた。この研究会でこれまで共同研究ベースでシェアしてきたデータを論文化して、外に出すことを決心した。ついに機が熟したようだ…。
時は今 雨が下しる 五月哉
遺伝研研究会「次世代モデル生物におけるゲノム情報利用ワークショップ」
Written by bonohu in misc on 水 02 11月 2016.
今年度(2016年度)採択していただいた国立遺伝学研究所研究会「次世代モデル生物におけるゲノム情報利用ワークショップ」を2016年12月15,16日に開催します。非モデル生物と呼ばれてきた、次世代モデル生物を使った研究でゲノム情報を利用している、もしくはそれに役立つ研究をされている方々を呼んで、ゲノム情報を始めとした生命科学分野のデータベースを利活用した研究を盛り上げ、支援しようという会にしたいと目論んでいます。
アナウンスには明示的に書いていませんが、11年前にかずさDNA研究所で開催されました、ゲノム情報ワークショップ2005ー実戦系バイオインフォマティクス＠かずさ、の現代版になっております。実は11年前にも、2日目の午後には講習会があったのですが、今回は1日目の午前と2日目の午後の両方に講習会を配置し、さまざまなリテラシレベルに対応する体制で臨んでおります。それらの講習会とは、以下のとおり。
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DDBJing講習会: DDBJ,NIG SuperComputer,Bioproject,Biosampleの紹介編 (1日目午前)
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DDBJing講習会: NIG SuperComputer の利用方法 (2日目午後)
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統合データベース講習会 AJACSadvanced 三島3: pitagora-galaxyを使ったデータ解析環境の構築とTrinityによる Transcriptome assembly (2日目午後)
とくに、NIG SuperComputerの利用方法って、これまで講習はなかったかと思います。それぞれ参加登録を忘れずに、奮ってご参加ください。
'Update of the FANTOM web resource: high resolution transcriptome of diverse
Written by bonohu in misc on 土 29 10月 2016.
cell types in mammals' wordpress_id: 2863 categories:
READとFANTOMDB論文以来、なんと15年ぶりにNucleic Acids Research (NAR) Database issueに名前が入った標記の論文が掲載。
Nucl. Acids Res. (2016) doi: 10.1093/nar/gkw995 First published online: October 27, 2016
Advance accessなのでページ数は付いてないが、DOIのcitationは変わらないので、こちらで是非。 「データベースセンター」に約10年勤務していてどういうことだとお叱りを受けるかもしれません。言い訳しておきますと、日本の中のDBを使った「知のめぐり」の向上を目標として活動しており、DBの利用普及活動や日本語のコンテンツを増やすのがメインで、英語の論文出版は二の次でした。また、ここのところはNARにはWeb server issueでの論文でお世話になることが続いており(2008年のgendoo、2012年のGGRNA …
Japan Spotfire User Group Meeting 2016
Written by bonohu in misc on 金 28 10月 2016.
去年は参加できなかったJASPUGMだが、今年は参加。今回はとくに発表とかなく。実質アカデミックフリーになって、公式にユーザーに返り咲いてからは初めてのユーザーミーティングだった。しかしながら、そこに居る必要は、もはやない印象を今までになく受けた。いつまでも惰性で参加していてはいけない。そう感じた。製薬業界の人たちの意見交流の場として、ますます発展していって欲しい。
'第2回 SPARC Japan セミナー2016「研究データオープン化推進に向けて : インセンティブとデータマネジメント」'
Written by bonohu in misc on 水 26 10月 2016.
今週はオープンアクセスウィーク。ということで、連動企画として、2016年のSPARC Japanセミナー2回目はこのタイミングで。
今回もセミナー担当のワーキングメンバーとしてなかのひと。前回は自分自身が話したが、今回はtsudaり係ということで、ひたすらtwitter。ただし、研究会のアカウントで。ハッシュタグ#sparcjp201602でそれが見れるが、有志の方がtogetterにまとめてくれました。ありがとうございました。
第1回オモロイ生き物研究会
Written by bonohu in misc on 日 23 10月 2016.
札幌の定山渓にて、10/22-23の一泊二日で。研究会のお題目の通り、オモロイ生き物でさまざまな生命現象を解明しようと取り組んでいる人たちの集まりで、かなりハイレベルな議論が。 ライフワークとなりつつある遺伝子機能アノテーションの話をして、これまでモデルとされておらずDBリソースが不足している生物種ならではの話をした。研究会の最後の方だったため、それを踏まえた議論があまりできなかった印象。今後の共同研究につながるといいな。
ファイルの捜し物
Written by bonohu in misc on 日 16 10月 2016.
MacOSXだとSpotlight検索が中身まで検索対象になっていて便利だが、ファイル名でのみ検索したいときがある。しかもコマンドラインで。そういう時に使っているのがlocateコマンド。 [shell] locate hoge [/shell] でhogeを(絶対)ファイルパスに含むファイルをリストしてくれる。 それでも見つからないときはfindコマンド。 [shell] find . -name index.html -print [/shell] とかやるとindex.htmlというファイルをcurrent directory以下から探してくれる。 [shell] cd / find . -name 'hoge*' -print [/shell] とするとroot directoryに移動してから、hogeからはじまるファイルがリストされる、という具合に。
第75回日本癌学会学術総会@横浜
Written by bonohu in misc on 土 08 10月 2016.
今年はトーゴーの日シンポジウム(10/5-6)と1日被り、大会2日目からの参加。企業展示ならびにポスター会場がスカスカでびっくりする。別の学会と被ったから、らしいが。clinical sequenceに移行していくなか、ますますアウェー感が増した印象。公共DBの再利用よりも自分のところで出した大量のデータをいかに解析するか、そっちの方が喫緊の課題であるような。その一方で大型機器は予算の制約で買えず、某社のデータ解析サービスが赤字に耐えかねて有償化という状況。果たしてどうなっていくのやら。
トーゴーの日シンポジウム2016
Written by bonohu in misc on 水 05 10月 2016.
今年も、10月5日ということで、「トーゴーの日」シンポジウム。今では、この1年の進捗を発表する機会となっているが、統合データベースプロジェクトが始まって早10年。論文で測ることのできない成果が出てきているとは思うが、データの大量化に伴う個人持ちのデータの解析に悩む人はむしろ増えているのではないかと。そこを改善する解決策を提案していければよいのだが。
XXV International Congress of Entomology (ICE2016) 参加
Written by bonohu in misc on 土 01 10月 2016.
Entomology（昆虫学）の国際学会に参加。初参加でアウェーの学会だったが、来てみると全く問題なかった。自分は、いわば系統樹を書くときのアウトグループのような存在かと思っていたが、わりとそうでもなく。
種が多い昆虫ならではなのだろうか、比較生物学がごく当たり前に行われていて、また研究の分業化がされていてRNA-seq解析などもごく普通にやられているのも本邦との温度差を感じた。やはり身近にそういうデータ解析ができて相談(もしくは共同研究)できる人がいるようにならないと。
Keynote lectureが事情により録画で流されたり、学会に来れなかった人がskypeで遠隔からプレゼンしたり、新しいタイプの発表にも衝撃を受けた。学生のプレゼンでもちゃんとgrantを明らかにしているのは、当たり前だがきっちりしている。こういうところは見倣わねば。
周りの人に自分が何者かを話していると、専門がバイオインフォマティクスの遺伝研に居るが遺伝研所属じゃないデータベース流通業という、自分の中で少々曖昧になっていた自分の立ち位置を再認識できた良い機会となった。良い刺激を受けることができたのではないかと。
日本生物工学会誌連載1回目「ウェブ上に散在する情報を生命科学研究にどう役立てるか」掲載
Written by bonohu in misc on 日 25 9月 2016.
日本生物工学会誌に「バイオインフォマティクスを使い尽くす秘訣教えます!」という連載が開始。2ヶ月に1回、全7回の予定。2016年1月に鹿児島大学医学部で行われた統合データベース講習会: AJACS薩摩でその会誌の編集委員の方が受講されていて、講習の合間に話したのがきっかけとなって連載する話に。引き受けたのは、掲載後すぐネット上で公開され、会員でなくても誰でも読める、というところが決め手だった。その後、先方が遺伝研にいらした際に詳細を話し合って連載の構成を決め、第1回は私による「ウェブ上に散在する情報を生命科学研究にどう役立てるか」ということで。シリーズの今後の内容に乞うご期待。
1 month past rsyncing ArrayExpress data
Written by bonohu in misc on 月 12 9月 2016.
ArrayExpressのdataをrsync開始してから今日でちょうど一ヶ月。前回と変わらず、experimentディレクトリのミラーが終わらない。データ転送量的には、合計1.5Tbyteほど。もう1thread増やしてやっているものの。約44Tbyteと書かれている全体のデータを信じれば、あと2年半。対策を考えねば。
考えていることの体系化に向けて
Written by bonohu in misc on 日 11 9月 2016.
いろいろ書き散らす。2016年の計として元旦に誓ったことでもあるし。まさかこういう形で転ぶとは思っていなかったが。このやり方のほうが怠惰な自分が奮起してやり遂げるのではないかと。もちろん、本務優先ではあるが、長い目で見るとこれこそがやるべきことになるのかもしれないね。
Trailblazer
Written by bonohu in misc on 土 10 9月 2016.
昨日のセミナーで知った言葉だが、どうも気にかかると思ったら、やはり自分たちが果たしてきた役割をいう言葉だった。折しもそのセミナー中に、この夏にずっと待っていた研究費の結果がやってきて、次のTrailbalzerを果たすべきターゲットがまた1つ増えた。個人的には、比較的大きな山だった昨日のセミナーが終わり、達成感とともに空虚感に見舞われていたところで、ちょうどいい。次なるTrailblazerとして頑張っていこう。
第1回 SPARC Japan セミナー2016「オープンアクセスへの道」
Written by bonohu in misc on 金 09 9月 2016.
前にも書いたとおり、今年度(2016年度)から国際学術情報流通基盤整備事業(SPARC Japan)のセミナー企画ワーキンググループのメンバーとして、セミナー企画に携わっている。2016年度には3回セミナーを開催することを企画しているのだが、自分はそのうちの2つを担当する、ということで第1回 SPARC Japan セミナー2016「オープンアクセスへの道」が2016年9月9日に一ツ橋の国立情報学研究所にて開催。
ということで、演者の選定から関わった。生命科学研究者の立場からOpen Access(OA)に関して話してくれる人を探せばよかったのだが、演者決定まで時間もなく、そして何よりも話してくれそうな人が思い浮かばず、結局自分で話しをすることに。実は自分も適任者の一人だったのかもとスライドを作っていて思ったり。
参加申し込みがはじまってから1週間経たないうちに満席になるなど、今回のセミナーのテーマは現在関心の高いものだったらしく。多数の方が話を聴きたいのに会場の都合で入れないという事態になり、YouTube liveで動画配信されることに。セミナー企画メンバーの担当者がtwitterでもつぶやく、という情報発信を行ったので、ハッシュタグ(#SPARCJP201601)をみてもらうと感じがわかるのではないかと。とりいそぎ、自分の発表スライドはfigshareにアップしておいた。
Bono, Hidemasa (2016): 生命科学分野における研究者の投稿先雑誌選択趣向とOAへの意味づけ. figshare.
https://dx.doi …3 weeks past rsyncing ArrayExpress data
Written by bonohu in misc on 金 02 9月 2016.
ArrayExpressのdataをrsync開始してから3週間。だが、experimentディレクトリのミラーが終わらない。データ転送量的には、合計0.9Tbyteほどで、約44Tbyteと書かれている全体のデータからするとやはりまだまだ。thread数を増やしてみましたが、果たして。
遺伝研研究会「次世代モデル生物におけるゲノム情報利用ワークショップ」やります
Written by bonohu in misc on 水 31 8月 2016.
今年度、申請して遺伝研研究会としての開催が決まっている「次世代モデル生物におけるゲノム情報利用ワークショップ」。それを2016年12月15-16日に遺伝研宿泊施設の会議室で開かせていただくことに決めました。ちょうど同じ日程で企画されているSPARQLthonの裏になりますが。よろしくお願いします。
Trinityがコケる
Written by bonohu in misc on 月 29 8月 2016.
single end readsのTrinityの実行がこけて、hoge.fq.readcountファイルに以下のような記述が。
Error, cannot convert fastq file to fasta since cannot recognize read orientation as /1 or /2 (instead: F)
このエラーメッセージでググると同じ目にあった人のQAが。どうも、FASTQファイルのヘッダに問題があるようで、それを書き換えてしまえば問題ない模様。このQAにはこの書き換えスクリプトまで書かれていた。 [shell] awk '{if(NR%4==3) $0=sprintf("'"+${index}%d"'",(1+i++)); print;}' hoge.fq | awk '{if(NR%4 …
NBDCヒトデータベースとJGAに感謝
Written by bonohu in misc on 金 26 8月 2016.
かつて関わった厚生労働科学研究費補助金(2009年度〜2011年度)による高齢者のがん研究のデータがNBDCヒトデータベースより公開されたと連絡をいただく。当初は生命科学系データベースアーカイブに、と提案したのが2年前。その後、一緒にやってきた担当者が亡くなるなど紆余曲折あったものの、データ公開の日を迎えて感無量です。
ヒトデータということで、データベースアーカイブに収めるのではなく、NBDCヒトデータベースでの制限公開という形になった。それでもメタデータはいつでも誰にでも見え、公共データベースの登録番号も付いた(hum0064)。NGSデータでなく、前世代な配列解析やマイクロアレイデータが主体のデータだったが、JGA(Japanese Genotype-phenotype Archive)にもきっちり入った模様(JGAS00000000061)。
データ公開を独自にするのではなく、NBDCヒトデータベースというしっかりした仕組みを使うことが出来て、本当助かった。何かあったら連絡下さい、と先方の引き継いだ担当者に言っておいたが、結局私は一度も手を下すことなく、データを持っている先方とNBDCとのやりとりだけでデータのアーカイブが実現された。こんなところでも、統合DBの取り組みのご利益が出てきている。関係者の皆様、ありがとうございました。
trim_galoreでトリミングとQC
Written by bonohu in misc on 火 23 8月 2016.
トリミングしたうえでfastqcをかけてくれるソフトがこのtrim_galore。CutadaptとFastQCがすでにインストールされていることが必須(以下の使い方だと)。 singleの場合
[shell] trim_galore --fastqc --trim1 hoge.fq [/shell]
ペアエンドの場合
[shell] trim_galore --fastqc --trim1 --paired hoge_1.fq hoge_2.fq [/shell]
1 week past rsyncing ArrayExpress data
Written by bonohu in misc on 金 19 8月 2016.
ArrayExpressのdataをrsync開始してから1週間。atlasディレクトリは終わったものの、残りの2つ、arrayとexperimentは終わらない。データ転送量的には、合計0.4Tbyteほどで、約44Tbyteと書かれている全体のデータからすると1/100ほど。ただ、全部ミラーしたらこの容量になるのかどうかも今のところわからず。続行する。
Say good bye to our deer twitterer
Written by bonohu in misc on 日 14 8月 2016.
初めての山の日(8/11)、急逝した研究者仲間のtwittererの初盆に名古屋へ。同じ分野の研究者というわけでもなく、オフラインには学会オフ会に近くだからというので集まったぐらいの仲だが、twitter上では日常を見られている人たち。それも今は「研究者仲間」と呼んでいいのではないかな、と自己紹介する際に思った。
一緒に行った、やはり研究者仲間が終わってから曰く、
[楽しくなってよかった、と言い切りましょう。彼もまた楽しんでくれているだろう。これでいいのだ。](https://twitter.com/kun32xu/status/763746145390567426)
人はいつ死ぬかわからない。だからこそ、今を楽しくおもしろく生きていきたいね。結局この日は、ここまで遅くなることは無いだろう、と思いつつも取っておいた新幹線終電に。研究者twittererとの話は、本当尽きない。今年はオフ会企画に積極的にcommitしよう。
また、数日後にこんな風にも。
[先日の初盆で、きしめんさんのお父さんから健康に充分気をつけけて、とお言葉を頂きました。話を聞いて少しでも体に異変を感じたら忙しくてもすぐに病院に行く、家族や親戚の大病についてより多く把握して弱点を知っておく、大丈夫やろ的自己判断しない、などが大切だと思いました。生きましょうね。](https://twitter.com/kun32xu/status/764456136892293123)
個人的にはポケモンの聖地 …
inodeの枯渇
Written by bonohu in misc on 土 13 8月 2016.
ストレージの容量は多くの場合ファイルサイズで問題になることが多いが、たくさんファイルを作るようなプログラムやデータベースを扱っているとファイルのinode数が問題になることがまれにある。その場合には、 [shell] df -i [/shell] とやってinode数をチェックする。普通 [shell] df -h [/shell] などでストレージの容量をチェックするのであるが、それと違うオプション指定でわかる。 もしストレージにまだ容量があるのに、ファイルシステムに新たにファイルが作れなくなっている場合、ひょっとしたらこれが原因かもしれません。
rsync ArrayExpress data
Written by bonohu in misc on 金 12 8月 2016.
2016年8月12日日本時間午後2時頃、ArrayExpressのFTPにあるデータをミラー開始。ポイントはFTPではなく、rsyncでやっているというところ。先月のSPARQLthonで調べてわかったことを元に。プロセスがコケていないか、ディスク容量は大丈夫かをちょくちょく見張りつつ…。
「新米探偵、データ分析に挑む」を読んで
Written by bonohu in misc on 水 10 8月 2016.
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新米探偵本、ようやく通読。出てきたことが一度だけでなく、俵太のまとめと天羽社長の統計学指南で波状に複数回出てきて、大変わかり易い。コードの解説もまとめられてて、復習に便利。データがあらかじめダウンロード可能なようになっていて、再現も簡単だった。Rを使った統計解析入門本としてよいかと。
TIBCO Spotfire アカデミックフリー化
Written by bonohu in misc on 火 09 8月 2016.
先日の沼津でのワークショップで伺った、嬉しいニュース。
アカデミアの方々などに無料でご利用頂けるようになりました。 TIBCO started free of charge Spotfire License. http://spotfire.tibco.com/better-world-donation-program/
本当かと思って、上記URLで出てくるフォームを埋めて送っていたが、返事なく。送ってから2週間以上経ち、さすがに忘れられたかと思い、もう一度送ってみると今度は一晩で返って来た。 「普通にtrialを申し込んで下さい、そしたら1年間にその期間を伸ばします」とのこと。 これでtrialで使うのではなく、正規にライセンスがいただけるように。 いきなりここから登録しなくても、まずは試してみてはいかがかと。ただMac版はないので、Parallels Desktop内で。なんといっても可視化が素晴らしい。
bam2wig
Written by bonohu in misc on 木 28 7月 2016.
bam形式なリファレンスゲノムへのアラインメントの情報をwig形式のcoverageファイルへ変換。 実は昔もやったことがあり、ググって出てくるawkのワインライナーでなんとか凌いでいたが、今ネット検索するとbam2wigというコマンド化されたPerlスクリプトをgithubに発見。今回はこれを使ってみた。
[shell] git clone https://github.com/MikeAxtell/bam2wig [/shell]
でgithubからダウンロードしてきて、
[shell] ./bam2wig/bam2wig hoge.bam [/shell]
でhoge_bam2wigというディレクトリが作成され、その中にhoge.wigというファイル名でwigファイルが作成される模様。 ただ、何もオプションを付けないとゲノム全体を対象に計算がなされるので、時間がそれなりにかかる。そこで、限定した領域だけ計算する場合には-cオプションをつかって
[shell] ./bam2wig/bam2wig -c chr1:1-10000 hoge.bam [/shell]
のように実行すればよい模様。
コードを見る限り、前にもこのブログでも言及したsamtoolsがインストールされ、コマンドサーチパスにないと動かない模様。
wigに変換したデータはUCSC Genome BrowserやEnsembl Genome …