syllabus2022
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 11 3月 2022.
シラバス入力
今年もシラバスを記載する季節が。 卓越大学院の方からは依頼があってそれを知るが、去年同様特に連 …
Category: misc
BioDX outreach event 2022
Written by Hidemasa Bono in misc on 木 10 3月 2022.
バイオDXのアウトリーチイベント2022
2022年の計で書いた
- アウトリーチ活動に注力し、より多く人に理解してもらう
がついに具現化する。
来年には学内に …
customizing ikra
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 09 3月 2022.
異なるファイル拡張子のFASTQでikra実行
ikraは、発現定量するFASTQファイルのファイル拡張子として、デフォルトではfastq（厳密にはfastq.gz）が想定されているようで、fq（厳密に …
COVID-19 Vaccine 3rd shot
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 04 3月 2022.
コロナウイルスワクチン注射3回目
去年（2021年）7月末日に2回目を打った時はまさか次があるとは思わなかったが、ほぼ7ヶ月後に再び職域接種で3回目。
ワクチン3回目だん。今 …
Feburary2022
Written by Hidemasa Bono in misc on 月 28 2月 2022.
2022年2月を振り返って
今月もずっとマンボウ地域入りで、県外には出れず。 予定していた2つの研究会へオンサイト参加するための出張は潰れた。 もちろん2月はいろいろな発表会があり、仮にマンボウでなくても出張で外 …
Routinely uniq
Written by Hidemasa Bono in misc on 日 27 2月 2022.
uniqコマンドのオプション
さまざまな事情でuniqコマンドにはお世話になっている。
多くはsortコマンドと共に、sort -uというsortしたのちにuniqする …
Python for Bioinformatics 2nd Eds seminar done
Written by Hidemasa Bono in misc on 火 22 2月 2022.
Pythonによるバイオインフォマティクス 原著第2版 輪読終了
bonohulabでの教育プログラムにも書いてあるように、研究室セミナーとして関連分野の図書の輪読を行なっている。
2021年度は、前期 …
NIG-JOINT 21 for insects
Written by Hidemasa Bono in misc on 月 21 2月 2022.
21年度遺伝研研究集会「昆虫におけるNGSおよびゲノムデータベース利用によるデータ解析」
国立遺伝学研究所研究集会(NIG-JOINT)「昆虫におけるNGSおよびゲノムデータベース利用によるデータ解析」は、2020年度に行うはずがコロナ禍で実施できず翌年度に延期。 さらに2021年度も、オンサイトでの開催を目指してずっ …
Registering to DB for non-model RNA-Seq
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 19 2月 2022.
非モデル生物RNA-Seqの際のDBへの登録
RNA-Seqデータの公共データベースへの登録手続きは、「RNA-Seqデータ解析 WETラボのための鉄板レシピ」にも載っているが、これはモデル生物が想定されて書かれている。
しかしながら、非モデル生物 …
CBI seminar 431st done
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 18 2月 2022.
第431回CBI学会講演会done
「バイオ、化学、製薬業界で進むデジタルトランスフォーメーション（DX）」というテーマの講演会にて、「バイオDXー知のめぐりのよい生命科学研究を目指して｣と題し …
COI-NEXT continued
Written by Hidemasa Bono in misc on 火 15 2月 2022.
COI-NEXT本格型へ昇格！
2020年12月というと2年前のようだが、正確には1年2ヶ月前。 現在所属の機関がJST共創の場形成支援プログラム(COI-NEXT)に「育成型」として採択されたのは。 それから体制づくりとしてデザイン思考ワ …
Special Issue "Insect Genome and Transcriptome Data"
Written by Hidemasa Bono in misc on 木 10 2月 2022.
InsectsでSpecial Issueやります
Insectsにて、Insect Genome and Transcriptome Dataと題したSpecial IssueのGuest Editorを農研機構の共同研究者たちと共にすることに。 その名の通り、昆虫のゲノムとトランスクリプトームデータに関する論文な …
align_and_estimate_abundance.pl is not included in Trinity Docker image v2.13.2
Written by Hidemasa Bono in misc on 月 07 2月 2022.
Trinityの発現定量スクリプトがDockerにない
前は動いたはずなのに…。
Trinity in Dockerにある例の
docker run -vpwd:pwdtrinityrnaseq/trinityrnaseq /usr/local/bin/trinityrnaseq/util/align_and_estimate_abundance.pl
で no such file or directory。
というわけで、どうも最近 …
1st Onsen Informatics 22
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 05 2月 2022.
2022年第１回温泉インフォマティクス研究会
ずっと缶詰になっているのも毒ということで、開催。 色々いいアイデアを浸透圧刺激とヒートショックで出して、さらに焼きなますことができた。
牡蠣づくし御膳！
🦪めし
🦪フラ …
January2022
Written by Hidemasa Bono in misc on 月 31 1月 2022.
2022年1月を振り返って
今月は、華麗に加齢な上に。過冷な毎日だった。 年明け前から再び増え出した新規COVID-19感染者は増加の一途をたどり、ついに再びマンボウに。 さまざま …
Cite papers by DOI!
Written by Hidemasa Bono in misc on 日 30 1月 2022.
論文はDOIで引用しよう
論文を引用するとき、今、ウェブブラウザで見ているURLを貼り付けるのが便利だが、それでは危険である。 そのURLが一時的なものである恐れがある。 なので、それはお勧めしな …
Searching fulltext of papers
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 29 1月 2022.
論文全文を探す方法
2020年代の今、多くの論文がオープンアクセスとなっていてインターネット検索によって自由に読めるよ …
ScanSnap access from Monterey
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 28 1月 2022.
MontereyからのScanSnap
どうしても必要な事務書類は、別の部屋に借りに行く方式で、ラボにプリンターを廃止してなんとかやっている。 次 …
Bottom right corner of the screen
Written by Hidemasa Bono in misc on 日 23 1月 2022.
画面の右下
新しいM1 Mac with macOS Monterey (12.1)、基本的に快調に使えている。 ScanSnapが反応してくれなかったり、プリンタドライバーが対応してなかったり、という …
Hiroshima Bio Forum 21
Written by Hidemasa Bono in misc on 木 20 1月 2022.
令和３年度広島バイオフォーラム
広島バイオテクノロジー推進協議会主催の広島バイオフォーラムという会で、講演。 コロナ感染者急増に伴い …
Biomedicines SI E-book
Written by Hidemasa Bono in misc on 火 18 1月 2022.
Biomedicines Special Issue E-book
BiomedicinesのSpecial Issue, Hypoxia-Inducible Factors: Regulation and Therapeutic Potentialに掲載された論文を集めた、同名のE-bookが出版された。
ISBN 978-3-0365-2912-7 (Hbk); ISBN 978-3-0365-2913-4 (PDF) DOI: 10.3390/books978-3-0365-2913-4 © by the authors Hypoxia-Inducible Factors: Regulation …
BioDX.org
Written by Hidemasa Bono in misc on 火 11 1月 2022.
一般社団法人バイオDX推進機構
天赦日と一粒万倍日が重なる「最強の吉日」という2022年1月11日に一般社団法人バイオDX推進機構が設立された。
一般 …
RNAseq handson 22
Written by Hidemasa Bono in misc on 月 10 1月 2022.
RNAseqハンズオン＠阪大
かねてよりお願いされていた講演とハンズオンの講師をやりに阪大医学部へ。 2回延期されて3度目の正直。 しかし感染者急増があって …
networkQuality command
Written by Hidemasa Bono in misc on 木 06 1月 2022.
コマンドラインでネット速度測定
ニュース見てたら、こんなものを発見。
“｢ターミナル｣を開いたら、｢networkQuality｣と入力して（大文字 …
Moving to M1 Mac
Written by Hidemasa Bono in misc on 日 02 1月 2022.
M1 Macへの引越
最新のMacBookPro(MBP)などのCPUがM1に変更され、これまで本やブログに書いてあったことがそのままで動かなくなっている。 そのせいか、個 …
Plan 2022
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 01 1月 2022.
2022年の計
明けましておめでとうございます。 本年もよろしくお願いします。
明けましておめでとうございます🎍今年もよろし …
Review 2021
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 31 12月 2021.
2021年を振り返って
ラボをはじめて2年目の2021年は、飛躍の年になった。 研究室関係のニュースはラボのニュースに取り上げて溜めてきたが、2021年分を数えてみると47エントリにもなっていた。 その …
December2021
Written by Hidemasa Bono in misc on 火 28 12月 2021.
2021年12月を振り返って
大学の出勤日は今日28日まで、自分の出勤日は実は24日までだったということで、今年も少し早めの12月の振り返りエントリ。
先月から引き続き、来客やこちらから出かけて …
It's been a hard week 21
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 25 12月 2021.
2021年末、怒涛の1週間
月火水、東へ西へそれぞれ別の2つの出張。 後半の木金は来客という怒涛の1週間。 そして、土には久しぶりに温泉インフ …
Nights in hotels 2021
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 22 12月 2021.
2021年出張外泊数
去年(2020年)は15泊だった出張外泊数。 コロナの影響を受ける前の1月から3月までで14泊なのに対して、その後（＝転職後）4月以降はわずか1泊であった。
今年2021年も偏っており、1-6月までで0泊。 その後、7月1泊、8月5泊、9,10月がそれぞれ0泊、11月3泊、12月2泊ということで、合計11泊ということで確定 …
Mid-term presentation of master's thesis 21
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 11 12月 2021.
修論中間発表会21
今年度からの取り組みということで、修論中間発表会が土曜日に。 所属プログラムでは別に10月にやっているから別にやらなくても、と思 …
Wise2
Written by Hidemasa Bono in misc on 木 09 12月 2021.
Wise2で直接DNA-protein alignment
EBIのdirector Ewan Birneyによる、DNA-protein配列をpairwise alignmentするプログラムWise2はBiocondaにあってインストールは簡単だが、動かすのはちょっと大変かも。
まず、アミノ酸置換行列とコ …
Press release for meta-analysis paper for oxidative transcriptomes
Written by Hidemasa Bono in misc on 火 07 12月 2021.
酸化ストレストランスクリプトームメタ解析論文のプレスリリース
今月（2021年12月）に出版されたトランスクリプトーム公 …
November2021
Written by Hidemasa Bono in misc on 火 30 11月 2021.
2021年11月を振り返って
Bioinformatics Lecture 21 over
Written by Hidemasa Bono in misc on 木 25 11月 2021.
バイオインフォマティクス講義終了
2021/11/24で2021年度の卓越大学院のバイオインフォマティクス講義15回目の配信を開始し、全ての公開を終えた。
今 …
Research Field Trip
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 19 11月 2021.
研究社会見学
bioRxivに論文をアップして一息、というタイミングで、SPARQLthonに参加していろんな人がさまざまな研究をしていることを身をも …
Online seminar in the Japanese Association for Cancer and Hypoxia Research
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 13 11月 2021.
がんとハイポキシア研究会 オンライン講演会2021
がんとハイポキシア研究会オンライン講演会2021で「Bonohulab誕生 ～その経緯とこれ …
Home Coming Day 21
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 06 11月 2021.
第15回広島大学ホームカミングデー
広島大学ホームカミングデーは、広島大学と広島大学校 …
The First Business Trip to Tokyo 21
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 05 11月 2021.
2021年度初東京出張
2020年12月以来、11ヶ月ぶりの東京出張。 もう普通にCOVID-19以前のラッシュに戻っていた。
全く電池が持たなくなって先月2021年10月にきたる出張に備えて買い替えたiPhoneであったが。 それにしてもiPhone13のカメラすごい。
— トクニ …
October2021
Written by Hidemasa Bono in misc on 日 31 10月 2021.
2021年10月を振り返って
先月末で緊急事態宣言が解除されて、研究者の行き来が再開。 そういうわけで多くの共同研究者に東広島に来てい …
Bioinformatics Lecture 21 recording done
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 30 10月 2021.
バイオインフォマティクス講義収録完了
目下の最重要事項である卓越大学院のバイオインフォマティクス講義。 本 …
BMS seminar 2021
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 23 10月 2021.
所属プログラム必修のセミナー
ということで、現在のラボの学生3人全員（M1,D1,D2それぞれ1人）が集合した初めての機会となった。 みなさ …
Getting cold immediately 2021
Written by Hidemasa Bono in misc on 日 17 10月 2021.
急激に寒くなった日曜日
暑い日がダラダラと続いていた2021年の秋。 数日前まで夜もクーラーをつけるかという日々だったのに、急に寒 …
Cancer Genome Data Analysis book preview
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 16 10月 2021.
がんゲノムデータ解析本の表紙公開
昨年2020年11月にがんゲノムデータ解析再現担当募集した、がんに特化したゲノム・オミ …
Web interface for BLAST in DDBJ suspended
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 15 10月 2021.
DDBJのBLASTウェブインターフェース停止
今日2021年10月15日に以下のようなアナウンスがDDBJよりあった。
“リソースの不足により安定運用が難しくなりました。 そのため、2021年11月10日～11/19日のスパコンメンテナンス時点より、Blast および ClustalW のサービスを一旦休止し …
Bioinformatics Lecture 21 two thirds done
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 13 10月 2021.
バイオインフォマティクス講義収録2/3
目下の懸案である卓越大学院のバイオインフォマティクス講義シリーズ …
Lunch at Gakusei-Kaikan
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 09 10月 2021.
学生会館でランチを
朝に（学生）会館食堂が土曜日もやっていること、そして他の食堂よりも多く集客したいというtweetを見て …
Mk1C is come
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 08 10月 2021.
Mk1Cがやってきた
7月末に発注してから2ヶ月以上かかってようやく、MinION Mk1Cが納品。 去年2020年の12月にMinION Mk1Bを買って以来。
そしてタイミングの良いことにNanopore sequencingを（なぜか私が）教える会に間に合った。
某実験をご一緒に。天国 …
BioDX special issue in JikkenIgaku
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 06 10月 2021.
実験医学バイオDX特集
今では唯一の生命科学系月刊紙となった実験医学でバイオDXの特集を企画。 単行本はこれまで出してきたもの …
Symposium105 21
Written by Hidemasa Bono in misc on 火 05 10月 2021.
トーゴーの日シンポジウム2021
10月5日は、トーゴーの日。 昨年に続いて、トーゴーの日シンポジウムもオンラインに。 去年の状況 …