朝8時からEBIのworkshop、Genome annotation resources at EMBL-EBIに参加。 知っていることも多いが、updateすべき情報も多く、ためになる。 途中から、Non-coding RNAのworkshopに。 R研のHさんの発表を拝聴する。
夕方、いつも通り最初のplenary lecture終了後、reception。
4年ぶりのInternational Plant and Animal Genome Conference (PAG)参加。 朝8時からArthropod genomics and genome engineering のworkshopがあるなど。 これ以外にもArthropod関係のworkshopが複数、色々とあることが冒頭にアナウンスされ、予定に追加。
California roomの奥で時折PCを充電しつつ休憩。 かつてはこの奥で口頭発表していたのが、今回は手前で、仕切りまできっちり出来てたり。 ちなみに、スマホ専用のロッカー型充電器が学会のために協賛企業のdonationで設置されており、誰でも利用可能であった。
ランチに噂のBeyond Burgerを食す。 全く問題なく、普通にうまい。 4年前に来た時の劇マズのランチからかなり反省した感がある。
18:20からもApplication of New Genomic Tools and Techniques in Arthropodsのworkshopが20:30まで。 Arthropod関係増えてきた？ 前回自分が気づいてなかっただけかもしれないが。
明けましておめでとうございます。 本年もよろしくお願いします。 年頭恒例にしている「一年の計は元旦にあり」。 今年も宣言したいと思います。
もう今年(2019年）もわずかということで、今年の年頭に書いた「2019年の計」に沿って、2019年を振り返ってみたい。
1 公共遺伝子発現DB目次の論文化
AOEの論文化は、結果として二段階で行われた。 まず5月にあったCold Spring Harbor Meeting の The Biology of Genomes 2019で発表する前にbioRxivにプレプリントとしてアップした。
https://doi.org/10.1101/626754そして、bioRxivの'Submit bioRxiv Preprint to a …
単行本「はじめての医学」を編集に携わられた編集者の方から年末滑り込みセーフでご恵贈いただいた（出版社のページ）。 著者は、かつての大ボスの研究室出身の木南凌先生で、面識はないもののよく話は伺っている先生。
目次をみると、よくある病気の概略と症例、治療薬、病態や薬効の説明が章ごとに、19の章でカバーされている。 医学の知識が体系的に、ではなく、「がん細胞と正常細胞はどこが違うのか（18章）」などのトピックベースに各章10ページほどで短くまとめられており、肩肘張らずに読むことができる。
本のカバーには、「はじめて医学を学ぶ人のナビゲーションBook」や「医学生だけなく、保健学科や生命科学系の学生、院生にも役立つ」と書かれている。 実際読んでみると、医者ではない生命科学研究者の私が持っている断片的な情報が、それぞれの疾患という観点から編み直されていく感じで知識が整理された。 また、難しい専門用語の解説が豊富でそれ以外にも平易な日本語表現になるよう徹底されており、学びはじめた医学生に向けたつもりが、保健学科や生命科学系の学生、院生向けにもなっているのを実感した。 自分が院生の時にこういう本があったらよかったな…。
章のタイトルは以下の通り。
三島勤務になった2014年以来、数えて来た「仕事で外泊」した日数。 年内の出張が全て終わって、2019年の日数が確定。 その結果、2019年は91泊で昨年より8泊増えて、さらに悪化。
| 年 | 泊数 |
|---|---|
| 2019 | 91 |
| 2018 | 83 |
| 2017 | 77 |
| 2016 | 77 |
| 2015 | 65 |
| 2014 | 50 |
今年も努めて抑制するようにして来たのだが、Biohackathon Europeに行くなどもあって逆に悪化。 確かにどこに居てもできる仕事といえばそういう側面もあるのだが…。
2019年もあと10日となって色々と振り返りモードな情勢。 私も振り返ってみたい。
2019年は、結果として4冊の本を世に出す結果となった。 去年の今頃、全て期限内に出せるか不安だったが、編集担当者や共著者のみなさんの協力もあり全てきちんと出すことができた。 それらの本のリストは以下の通り。
#IT4BDA#DrBonoDojo#RNAseqRecipe#NGS_DATなお、#のリンクはtwitterのハッシュタグではなく、このぼうのブログのそのカテゴリーのエントリにリンクしている。
全てが生命科学データ解析に関わる内容で、#IT4BDAがIT系のエンジニアさん向けの入門書、#DrBonoDojoが生命科学研究者向けの入門的なチュートリアルとなっている。
暮れに出した2冊は生命科学研究者向けのチュートリアルなのだが専門的で、#RNAseqRecipeがRNAseqデータ解析に特化しており、#NGS_DATは次世代シークエンサー(NGS)を利用したさまざまな解析のデータ解析に向けた内容となっている。
その4冊を並べて記念撮影。よく頑張りました。
前回は参加できなかったが、23回目の今回は参加。
HISAT2-StringTieによる新規transcript発見ワークフローを自分で作ろうとしたのだが、Live codingの話題としていただき、一気に進んだ！ あとは、持ち帰って実際に動かしてみるところに。 ありがとうございました。
最近、ミツバチのゲノム配列比較を共同研究でやっていることもあり、ミツバチサミット2019に参加。 ちょうど、本務先の会議が午前中で終わって、午後からその近くのつくばであったこともあり。
その日聞くべきセッションは1時間であっという間に終わり。 その合間に我々的にはアウトリーチと呼んでいるような展示やイベントを見たり参加したり。 学会の年会と異なり、ゆるい感じのスケジュールに開放感を覚えるなど。
著者の一人から献本いただいた、生物の科学遺伝の「ミツバチ新時代」特集を一通り読んでから参加したからある程度の予備知識があって楽しめた。 2日目の夜にあった懇親会も300人規模ということで、複数のフロアーに渡っての会場とか、前代未聞でおもしろかった。 もっとさまざまな人と話して交流できればよかったなあ、と。 それには、自分の知識と経験をもっと増やさないと。
今日で最終日で、展示会も半日で終了。 名前の入ったポスター発表も本日。 相変わらず熱心に発表していたようで、用意したハンドアウトをほぼ配り切ったらしく。 素晴らしい。
DRY2本の「再現」を自分の秘書さんにお願いしてくれた先生が声をかけてきてくれて、挨拶させていただくなど。 それ以外にも本売り場の近くに居る時に見つけられてサインしたことも何度か。 本を出すことの威力はやはり凄い。 だから、みなさん、書きましょう。
今回は自分でワークショップやフォーラムを企てることなく、またブース対応もバックアップに徹したが、特に問題なく回っていたようで、嬉しい限り。 そういうわけで、来年からはまた新しいこと始めませうかね。
今日は、午後1時から1時間、著書の合同サイン会ということで。
結果として、24冊の本にサインした。 サインした数としては、新刊の3冊はほぼ同数。
あとDrBono本と統合TV本がちょろっと。
ご購入いただいた方、ありがとうございました。
朝起きるとbioRxivから連絡があって、先週末にアップした論文は新規でなく、以前に出してcloseされてしまったプレプリントのバージョンアップということでまとめていただいた。 そこで、その処理をすると程なく公開。 文字通り、朝飯前となってしまった。
Meta-analysis of hypoxic transcriptomes from public databases. Hidemasa Bono, Kiichi Hirota bioRxiv 267310; doi:
https://doi.org/10.1101/267310
そして、朝食後、歩いて会場へ。 基本ブース近くに居たが、打ち合わせが2件あったり。 夜に虫の会のフォーラムで、「種間トランスクリプトーム比較による有用物質を生産する昆虫の機能解析」と題して前座を務める。 その後、虫の会本会は、楽天地のもつ鍋。 普段話しない人たちとの交流は大変刺激的。楽しかった。 最後は、閉店間際の長浜ナンバーワンのラーメンで締めた。
本日2019年12月4日より、今年の日本分子生物学会年会（分生）。
今年も基本的には、バイオデータベース(BioDB)コーナーのNBDC/DBCLSの出展ブースに。 日本で生命科学分野のDBをやっている関係各所が一堂に会するBioDBコーナーが展示会/ポスター会場の一角（入って右奥）にて、今年も特別企画として。 提供しているサービスの紹介とデモのほか、データ解析よろず相談をやってますので、参加される方はぜひお立ち寄りを。 いつものお願いですが、当方人見知りなので初対面の方には素っ気ないかもしれませんが、何卒ご容赦のほどを。
そして、夜のフォーラム時間帯には、研究倫理委員会企画・研究倫理フォーラム「研究成果発表のあるべき姿：オープンサイエンス推進の潮流」に。 bioRxivとは何か、の講演をさせていただく。 プレプリント、特にbioRxivに関して、非常に関心の高いことに驚いた。 「BioRxivとは何か」のブログエントリが一番見られているコンテンツとなっているのも納得。 何人かの方の要望もあり、使ったスライドはfigshareにアップ。
Bono, Hidemasa (2019): bioRxivとは何か?. figshare. Presentation.
https://doi.org …
2019年は多くの日本語の本を出すこととなった。 まず年頭2月に、生命科学データ解析を支える情報技術(IT4BDA)を出版した。 システムエンジニア向けに生命科学データ解析に関して興味を持ってもらう狙いで書いた本だった。
そして秋になって、まず9月末に生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析実践道場（道場本）。 さらに、年末にRNA-Seqデータ解析 WETラボのための鉄板レシピ(RNAseqレシピ本)と次世代シークエンサーDRY解析教本 改訂第2版(DRY解析教本2)。
現時点で売り出されていない本も含めて、上記3冊は今週2019年12月3日〜6日まで福岡で開かれる第42回日本分子生物学会年会の会場において発売される。 しかも、年会3日目の5日にはこれらの本の著者・編集者（私だが）のサイン会が合同で行われることになった。 統合されたサイン会の詳細は以下の通り。
皆さんのお越しをお待ちしております！
秋になって出張も多くなって、長らく月末の振り返りエントリがご無沙汰だった。 調べてみると7月以来で、四ヶ月ぶり。
2019年11月は中盤からずっと出張で、出張外泊数にして13泊にもなった。 DBCLS柏でのAnnotathon2019(12)に始まって、それから連続での奄美大島での第4回ゲノムコホート研究における遺伝統計学(13-16)、さらに続けてのBiohackathon Europe 2019(17-24)、そして神戸出張(25-27)。 最後に三島でのSPARQLthon86(28-29)。
出張でのイベントややるべきことに集中しながらも、並行して進めている論文投稿やプレゼン準備などよくこなせたなあと。 11月最後の本日30日には、査読論文誌に投稿、bioRxivにも同時にそのプレプリントをアップロード。 別の論文のReviseも進行中で、再投稿間近、という状況。
12月頭の分セーに照準を合わせて出版準備してきた2冊の編集担当書籍（RNAseqレシピ本とDRY解析教本第2版）も、そのハードコピーが本日30日までに届くなど。
それにしても怒涛のような11月であった。
ようやく、朝起きるのが正常になった。 しかし、今日でBiohackathon Europe最終日。 Final wrap-upとして以下のまとめを。
やはり今日も、時差ボケでやはり朝早く起きてしまう。 このままボケたまま日本に帰れるか!?
まずは、昨日の続きでテストケースの計算をした後、これまで考えてきたことをさらに具体化、文書化してまとめた。
誘われて施設内にあるプールに行ってみたり。 プールだけでなく、ジャグジーやサウナもあって素晴らしい。 Biohackathonでいつも深刻な問題となっている運動不足が解消できた。
この日が最後の夜とあって、豪勢な夕食だったが、11月の第3木曜日ということでBeaujolais nouveau 2019が提供されるなど。 考えてみればこの日になるのは事前から判っていたはずだが、日本での一足先の解禁のニュースを見てひょっとして、と思っていた程度だった。 御当地フランスで解禁日を迎えたこと、いい思い出となることだろう。
やはり今日も、時差ボケでやはり朝早く起きてしまう。 3日目にして初めて、gitterというメッセージングツールが使われていることを知る。 そこに中間報告関係のサイトへのリンクがあって、我々の本家Biohackathonと同じくGoogle driveでプレゼン資料を作成。 ただし、時間は全体で1時間。 34プロジェクトあるから、1プロジェクトあたり、約2分とかなり短かったので、書いたことを読むぐらいでほぼ終了。
我々の 24 TogoEx: the integration of gene expression data の中間報告は以下の通り。
時差ボケでやはり朝早く起きてしまう。 感動的に美味い朝食のあと、午前9時からhack開始。
現在のさまざまな問題点をリストアップ。 それをもとにいろいろと議論。 夕方ごろにはやるべき方向性をほぼ決めた。 すなわち、「データ活用編」で、頑張っていくという結果として予定通りの路線。
ということで具体的な作業を開始したところで2日目は終了。
パリ市内から会場のある郊外へ。 順調に乗り換えれると約1時間半のところ、途中で1時間の待ちぼうけをくらった。 最寄駅からは歩くのは非推奨だったようだが、タクシーは当然止まってないので雨の降る中絶賛歩き。 15分ほどで会場に到着。
ランチのあと、午後から開始。
ハッシュタグは、#BH2019EUROPEということだが、微妙に違うのを流してしまう大失態。
Hacking projectとして34ノミネート。 私は、
24.TogoEx: the integration of gene expression data
のProject leadということで、2分間のプロジェクト説明。
Group photoのあと、宿舎へのチェックイン、そしてハック開始。 まずは場所ぎめから。
時差ボケでとても眠い中、夕食。 ディナーは、控えめに言ってもとてもうまい。 特にスープが。 やはり、本場は赤ワインがうまい。
Biohackathon Europe 2019に参加するため、今度はフランスシャルル・ド・ゴール空港(CDG)へ。 その移動時間、13時間余り。 パリは日本とは8時間の時差があるため、24+8=32時間の長い1日なので、あまりその移動時間の長さを気にすることなく。 しかし、本場は赤ワインがうまい。
3日目の最終日には、奄美文化センターにて市民公開講座。 コホートに参加いただいた人も含めて、一般の人向けにもセミナーが設定されているのは素晴らしい。 どういったことをそこで話されているのか興味津々で、拝聴する。 どの先生もわかりやすい話をされててさすがだなと。 ぜひとも見習いたい。
2日目の午前最後に自分の出番。 先日癌学会学術集会で紹介したツール群に加えて、NBDC/DBCLSの鉄板ツールを複数加えて紹介。 いつもの「統合TV知ってますか？」アンケートによるの統合TV認知度は6,7割だった。 実習ということで、やれる人は紹介したウェブサイトにアクセスしてやってみてくださいということで進めた。 しかしながら、講師（私）の方で実際にウェブブラウザを起動して実際にやってみると、反応が鈍く返ってこなかったり。 やはり、キッチリとスクリーンショットで準備してきておいてよかった。 そうやってハンズオンやってみたり時間調整をしながら、時間はほぼ予定通りの90分に収めた。
自分がやった実習以外にもUCSC Genome Browserのそれがあり、自分が普段やらないタイプの応用事例を知ることができて有益だった。
この2日目いっぱいでセミナー終了。 個人的には、遺伝統計学という主にヒトのvariantデータを扱う分野を学ぶ機会を得られてとてもよかった。
ゲノムコホート研究における遺伝統計学の朝は早い。 午前8時スタートいう気合の入りよう。 関係者入れて50人ほどの参加。
セミナー「第4回 ゲノムコホート研究における遺伝統計学」に「バイオデータベースの利活用」実習の講師として呼ばれたので、一路奄美大島へ。
90分の講習で、スライドが120枚と多いなあと思っていたら。 機上でアニメーション付けながらチェックすると大きなinsertionがあり。 それで減って116枚に。
Annotatho(n=Annotation+Marathon)もこれで3回目。
今回は、前回までの三島の遺伝研から場所を改めて、柏の葉キャンパス駅前のDBCLS柏にて。
会の詳細やそのログは、以下のGoogle documentに。
http://bit.ly/annotathon2019
所用のため、1日目のみの参加。 1日目のテーマは、「最近のアノテーションをとりまく状況と知識共有」。 午前にやった 「アノテーション(annotation)とは」 「アノテーションとキュレーション(curation)の違い？」 のディスカッションは、それぞれの人が持つアノテーションに対する認識の違いがあらわになってとても良かった。 もちろん、午後のさまざまな方による話題提供もinformativeで素晴らしかった。
2日目の議論が盛り上がることを祈りつつ…。
分セーにあわせて今年も開催される「虫の会（本会）」の前座で話します（意訳：第42回日本分子生物学会年会で開かれる「虫の会（まじめ版）6：昆虫学のネクストステージ（現在から未来）」で話します）。 ちょうど、1ヶ月後の今日(2019年12月4日)。
前回は、ワークショップとして採択されて年会の昼の時間帯に開催されていたが、今回はフォーラムでの採択となったため、夜の開催。 場所、時間等詳細情報は以下の通り。
2F-15 虫の会（まじめ版）6：昆虫学のネクストステージ（現在から未来） 6th insect meeting: Entomology from present to future
日時：12月4日（水）18:30〜20:00 会場：第15会場（福岡国際会議場 2階 …
約1年前の2019年9月に書いたブログエントリ、BioRxivとは何かがわりと見られているようだ。 そのせいか、第42回日本分子生物学会年会の学会企画、研究倫理委員会企画・研究倫理フォーラムにて「bioRxivとは何か?」と題して話することになった。 ちょうど、1ヶ月後の今日(2019年12月3日)だ。
「研究成果発表のあるべき姿：オープンサイエンス推進の潮流」 日時: 2019年12月3日（火）18:30～20:00 会場:第12会場（福岡国際会議場2階201）
この時間帯の30分をいただいており、講演の要旨は以下の通り。
bioRxiv（バイオアーカイブ）をはじめとするプレプリントサーバの活用が生命科学分野においても急速に広まりつつある。演者も海外での学会発表の前などに複数回研究論文をアップロードしたことがある。しかしながら、その情報の質など問題点も多く指摘されている。そこで本講演では演者の実体験を交えながら、その利点と欠点に関してbioRxivを紹介する。
そのころと比べて、さらにbioRxivへの投稿数も増えている。 そのことは2019年1月のNatureのNews(What bioRxiv’s first 30,000 preprints reveal …
第4回RDF講習会が2019年10月31日に開催。 これまでと異なり、今年は市ヶ谷駅に近いほうのJSTではなく、JST東京本部の地下会議室にて。 今年も参加して復習。
去年と比べて、さらに洗練された印象。 具体例はタイムリーなコンテンツを使っていて、わかりやすく。 今回の講習会もすべて録画されていて、後日統合TVから配信される予定なので、参加できなかった方は是非。
21回目の今回も参加。
cwltoolが古いかも疑惑があり、 conda install -c conda-forge cwltool でconda-forgeからインストールし直し。
ただ、達人的にはpipやapt-getによるインストールが推奨らしい。
Docker上で使うのが基本だからかな。
それを使って某再現を試みた。 各種ツールをインストールすることなく、解析結果が最終的に出るのはいいけど、何をやっているのかが分かりにくく。 やはり１行づつなぞっていくのがデータ解析内容を理解するには必須だなと。
ワークフローのテストについて、参加者全員で2時間ほどdiscussionしたが、普段テストらしいテストをやっていない自分でも実はテストっぽいことをやっていたり、それに関係することに手を染めているらしいことを認識。 それっぽい運用を自分自身でやってなかったけど、今後は発生しそうなので、その際にはきっちりやるようにしたい。