Category: misc

Trinity in Docker

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 07 8月 2020.

TrinityをDocker上で実行する

新しいマシン環境で de novo transcriptome assembly のためにTrinityを動かす必要が出てきた。 Trinityをインストールするには多数のツールを入れる必要がある。

まっさらな環境に一度入れるだけならそれでいいのだが、他のプログラムも入れて使う際に問題が起こる。 つまり、各種プログラムで必要とされるツールのバージョンの違いの問題である。 前にあったのは、HomebrewでインストールしたTrinityではsalmonを必要としているのだが、そのsalmonのバージョンは微妙に古くて、別の目的で使う最新バージョンのsalmonとカチってしまう。

そこで、メモリを多く積んだマシンをせっかく用意したのだし、Docker上で動かそうということで。 Trinityの公式ウェブサイトにはそのやり方が丁寧に書いてあるページ Run Trinity Using Docker があってその通りに

#!/bin/sh
docker run --rm -v `pwd`:`pwd` trinityrnaseq/trinityrnaseq Trinity \
  --seqType fq \
  --left `pwd`/sample1.left.fq.gz,`pwd`/sample2.left.fq.gz  \
  --right …

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August 6th at Hiroshima

Written by Hidemasa Bono in misc on 木 06 8月 2020.

広島で8月6日

実は広島県人クオーターな私は、小さな頃からこの8月6日という日にあったことを学校教育だけでなく、親類にも刷り込まれて生きてきた。 そういうこともあって、毎年8月には意識して過ごしてきたが、ついに広島にきてから初めての広島原爆の日を迎えた。 かといって、前のところみたいにサイレンが8時15分には鳴り響くわけでもなく、静かに黙祷を。 特に何事もなく1日が終わったが、それは今年がCOVID-19で特殊だったからかもしれない。 感染症の猛威が収まり、人が自由に行き交える日常に戻れるよう、祈念したい。

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Invasive Species Book

Written by Hidemasa Bono in misc on 水 05 8月 2020.

侵略! 外来いきもの図鑑

今の勤務先になって、以前よりも昆虫をはじめとする生き物に遭遇することが多くなり。 自分は、外来生物に関して知識がないことを痛感していたので、他の注文と同時にtwitterのタイムラインで見かけた侵略! 外来いきもの図鑑を購入。

副題が「もてあそばれた者たちの逆襲」と穏やかではないが、イラスト満載で楽しめる内容。 夏休みの課題図書として読む予定。

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The Handbook of Cicadas

Written by Hidemasa Bono in misc on 月 03 8月 2020.

セミハンドブック

2020年4月からの勤務地は、梅雨の最中からヒグラシが夕方に大合唱。 セミの鳴き声を聴く機会が以前にも増して多くなった気がする。 そこで、少し詳しくなろうということで、Twitterを検索してみたところ、とても詳しい方が学内にいらっしゃることを知って。 しかも生物系の学科の方ではなく、数学系の先生の模様。 その方が出されたセミハンドブックを生協に注文したところ、ちょっと時間がかかったが、セミの最盛期には間に合った。

新書サイズで、それほど分厚くない本であるが、オールカラーで普通にセミの図鑑として楽しめる。 成虫だけでなく、抜け殻までどの種かわかるような「検索表」まで載ってて、素晴らしい。 鳴き声のデータへのQRコードがそれぞれのセミに対してあるなど、素晴らしい研究成果がまとめられている本。 これからのセミ観賞がますます楽しくなりそう。

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July2020

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 31 7月 2020.

2020年7月を振り返って

ひき続き予算獲得のための諸々がメインの毎日だが、共同研究者の来訪が相次いだ7月だった。 ようやく、この7月になって外部資金も一つ獲得できた

そして、6月は一本も論文発表がなかったが、7月に入ってからは合計3つの論文を公表した。

  1. FANTOM6国際共同研究論文 (査読あり)https://doi.org/10.1101/gr.254219.119
  2. ハダカデバネズミの老化細胞死論文(プレプリント) https://doi.org/10.1101/2020.07.02.155903
  3. BioHackathon-Europe 2019でのTogoEx活動報告論文 (プレプリント) https://doi.org/10.37044/osf.io/esrc9

また、10月のバイオインフォマティクス講義に向けて、資料作成のためにVScodeにMarp拡張を仕込んだり、今月届いたThinkPadにWindows Subsystems for …

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How to retrieve online information that helps you with genetic testing 2nd edition

Written by Hidemasa Bono in misc on 木 30 7月 2020.

遺伝子関連Web情報検索本第2版

医療に役立つ 遺伝子関連Web情報検索 第2版が出版。 実は、事前にご恵送いただいていた。 より多くの人に遺伝子関連の情報を利用してもらうには裾野を広げる必要があり、そこにフォーカスした本という印象。 超初学者向けにとても良い内容だと思う。

4年前の2016年に初版が出ていた本の第2版で、学会会場でもよく売れていた印象がある本。 前半よりも情報量が増えて、よりインターネット上の遺伝子関連情報を使いこなすガイドとして充実している。 とくに、第6章「遺伝学的検査の報告書と結果の解釈および資格について」は、他書にない本書の特長で、参考になった。

統合TVもp120に「その他の有用なデータベース一覧」に紹介されているが、その存在が描かれているだけ。 この本で紹介している有用なDBのほとんど全てに統合TVの使い方動画があり、それぞれに個別にDOIが付与されている。 なので、各DBは統合TV動画のDOI付きで紹介していただければ、なお初学者にフレンドリーでよかったのではないかと。

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WSL2 installed

Written by Hidemasa Bono in misc on 水 22 7月 2020.

WSL2 のインストール

先週届いた ThinkPad P15s に、Windows Subsystem for Linux 2 (WSL2)のインストールをついに完了。

実は、届いてすぐにqiitaの記事「WSL2導入|WinアップデートからWSL2を既定にするまでのスクショ」を参考にインストールを試みたのだが、Windows 10の「バージョン 2004」がインストールできず。 そのまま、放置していたのだが、今日また新たにWindows updateが来ていたので、もしや、と思い再度チャレンジ。

BIOSの設定で仮想化に関わる部分がオフになっていたようで、そこをオンに切り替える必要があったが、それ以外はほぼ上記の記事にある通り。 最終的にUbuntu 20.04 LTSが利用可能に。 試しに、blastnとうってEnterすると、 Command 'blastn' not found, but can be installed with:

sudo apt …

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iconv

Written by Hidemasa Bono in misc on 水 15 7月 2020.

iconv

TIBCO Spotfireで出力したデータそのもののテキストファイルはそのままではlessで見るとテキストなのに文字化け。 なのにvimで開くとバッチリ見える。 それはUTF-16になっているからのようで、普通にテキストファイルとして処理するためには、UTF-8に変換する必要がある。

そこで、今回はiconvコマンドを使って変換することにした。

% iconv -f utf16 hoge.txt > fuga.txt

ってな具合に。

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Kamotsuru plum wine

Written by Hidemasa Bono in misc on 日 12 7月 2020.

賀茂鶴 純米酒仕込 梅酒

今月(2020年7月)から移動解禁になったところも多く、東広島に来てくれたお客さんを西条酒蔵通りに案内する機会が増加。 狭いエリアに実に7つの酒蔵が「密」に存在していて、十分歩いて回れる。 じっくり見て聞いても半日もあれば回れる感じです。

それらの酒蔵の中でも賀茂鶴さんは、オバマ大統領が来日された際に安倍首相と東京・銀座のすし店「すきやばし次郎」での会食で飲まれた日本酒がそこのだったと、いうことでかつて話題になった酒蔵。

米 オバマ大統領と安倍首相会食の席に、大吟醸特製ゴールド賀茂鶴

また賀茂鶴さんは、見学スペースも広く、駅からも近い。 それゆえに、「仕込み」のブログエントリにもあるように、定番の立ち寄り場所となっており。 その時に自分も買ってみたのが、この賀茂鶴さんの純米酒仕込 梅酒

酒蔵の方に、ロックでどうぞ、と勧められたのでその通りにしてみると…とても美味い。 私にとって、自信を持って東広島に来てくれたお客さんにお勧めできる逸品となりました。

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dashidouraku

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 11 7月 2020.

出汁醤油道楽

kikkomanというとアメリカでは醤油が出て来るほど、醤油はキッコーマンが一番メジャーだというのはもちろん知っているが、日本各地で地域特色を生かした醤油が作られている。 この年度頭(2020年4月)からお世話になっている地域でもその例外でなかった。 こちらでは、江田島市の二反田醤油のだし道楽が有名らしい。

なんと、駅前に「だし」の自動販売機が設置されているほど(実は全国各地に設置されている)。

郷に入っては郷に従う、ということで、まずこのシリーズのうち「昆布入り」から入門。 この「昆布入り」は、Amazonには今出てないようだが、メーカーのオンラインショップで売っている模様。 卵かけご飯や豆腐にかけるほか、自炊の料理にも使ったりして、結局3ヶ月ちょっとで使い切った。

そこで次に、ということになって調べたところ、やはり江田島市の濱口醤油というところが「いりこの白だし」を出していて、こちらは近所のスーパーでも売っていた。

ということで、今回はこちらにチャレンジ開始! 本当、言葉通り、出汁道楽。

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Powerjc

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 10 7月 2020.

タワー式電源タップ

7月になって来客が増えて来た。 その度にお客さんから「これは何?」と言われるのが、このタワー式電源タップ。

USBポートの給電も直接できて、アダプタいらず。 左のPowerjcを自分のデスク用に、右の取手付きのそれを会議用長机において使用中。 待機電力を減らすためにスイッチも多く、給電されないと最初は戸惑う方も多いが、なれると便利に使っていただいている模様。

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ROIS-DS-JOINT 2020

Written by Hidemasa Bono in misc on 木 09 7月 2020.

ROIS-DS-JOINT 2020 採択

ROIS-DS-JOINT 2020に研究代表者として提案した研究課題「ゲノム編集データ解析のための公共データの統合化ワークフローの開発」が採択

情報・システム研究機構 データサイエンス共同利用基盤施設(ROIS-DS)ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)で執行するタイプの予算ではあるが、2020年4月に移ってから研究代表者として出したグラントとしては初めて。

教育活動が本務の現在ではあるが、研究助成いただけるわけなので、そちらにも力を入れて頑張っていきたい。

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Return of the Marp

Written by Hidemasa Bono in misc on 水 08 7月 2020.

Marp再び

昨年ぐらいまではこのMarpをmarkdownエディタとして愛用してきた。 しかし、エディタ機能はディスコンということで、Visual Studio Code(VS Code)を使うようになり、現在もVS Codeでこの文章も書いている。

Qiitaで「【VS Code + Marp】Markdownから爆速・自由自在なデザインで、プレゼンスライドを作る」という記事を見て、ちょうど今からやろうとしていることに役立ちそうと思い、やってみた。 Marpはmarkdownからプレゼン資料を作成する部分に特化したツールになっており、その思想を理解(ようやく)。

その上で、上述の記事を見つつ、まずはMarp for VS CodeプラグインをVS Codeにインストールして使ってみるも、プレビューはされるが、PDFやPPTXには変換できない。 そこで、

  1. Node.js公式サイトからインストール
  2. marp-cliをインストール % npm install --save-dev @marp-team/marp-cli
  3. Google chromeをインストール
  4. 変換テスト % npx @marp-team/marp-cli …

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Genome Editing Bluebacks

Written by Hidemasa Bono in misc on 月 06 7月 2020.

ゲノム編集とはなにか

講談社ブルーバックスから広島大学大学院統合生命科学研究科 山本卓教授による「ゲノム編集とはなにか」が2020年8月20日に出版される、とAmazonに出ていたので、取り急ぎここ(ぼうのブログ)に書いておく。

Amazonの書籍説明によると

本書では、ゲノム編集とはどんな技術なのか、既存の遺伝子組換え技術とはどんな違いがあるのかを、まず紐解いていく。本書を読めば、2012年に開発されたクリスパー・キャス9が、なぜノーベル賞を取る技術と考えられているのが理解できるだろう。さらに、応用分野でどのようなことが可能であるのか、あるいは既に技術が開発されているのか、具体例をあげながら解説していく。

とあって、大変楽しみ。

経験上、(amazonでの購入の場合)早く読みたい場合は予約はお早めに。

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Important is real discussion

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 03 7月 2020.

重要なのは対面の議論

出張が解禁になって、訪問者が増えてきた。 その人たちとの議論がとても重要だと今更ながらに気がついた。 予定していた議論をリアルにやることの重要さはもちろんのこと、予期していなかった話の展開が起きて思いもよらなかったアイデアが浮かぶことがままあり。 これまで飢えていたのはこの種のインタラクションなんだろうなあと。 失ってみて初めて気づく、そういう事例かと。

先日、自宅用に購入したノートパソコンスタンドが便利すぎて、職場用にも買うなど。 ノートパソコンを高い位置で使うことが可能になり、目線が高く保てるのは体の健康にとって重要なことのようだ。

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June2020

Written by Hidemasa Bono in misc on 火 30 6月 2020.

2020年6月を振り返って

予算獲得のためにいろいろ考えたり、書き物したりの毎日だった6月。

リモート参加しようと思っていた今月のSPARQLthonであるSPARQLthon93には顔を出すことができず。

その一方で物流が再開し、Amazonの書籍もまた在庫があるようなってきた。 新しい職場の生協でも初めて本を発注し、買ってみるなど。 月末には人間ドックも無事受けることができた。

そして列島移動できるようになって、訪問客が来るようになったのはこの6月の救いの一つだった。 来月7月にはそれがさらに活発になる予定が入っている。前向きに頑張っていかねば。

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BoYata

Written by Hidemasa Bono in misc on 日 21 6月 2020.

ノートパソコンスタンド導入

MacBookProでの作業はもう長い間やっているものの、長時間同じ姿勢を取ってしまいがち。 そこで自然と、体勢を変えたりして体が固まらないようにしてきたものの、出張が激減してずっとそれを続けるのも困難になってきた。 ちょうどそんな時、とあるtwitterフォロワーさんが、自分が使っているノートパソコンスタンドについてtweetしてた。 それを見て、ポチッと。

届いて見た感じ、予想よりも重厚で、しっかりした作りになっている。 セットアップしてみると、机での高さが調整できて猫背になっていたのが伸びる感じで、いい。 ずっとその姿勢は多分無理なので、またしばらくしたら高さを変えて。 そんな感じで長めに集中力が維持できるんじゃないかと、期待してます。

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Fermentation mash

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 06 6月 2020.

仕込み

県外から初の来客。 そういうわけで、やはり初の街のご案内。 数ヶ月前にも自分が紹介される側で来たのだが、今度は逆の立場。 まだ来て3ヶ月目に入ったばかりではあるが、復活したばかりの賀茂鶴の見学室直売所へご案内。 復活早々だったからか、開店直後だったせいか、客は我々だけだった。

仕込み

仕込みの展示を見て、bonohulabは、まさにそのフェーズだなあと。 「見えないところ」でかき回している、そういう段階。 「おいしい酒」を作るために頑張っていきたい。

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May2020

Written by Hidemasa Bono in misc on 日 31 5月 2020.

2020年5月を振り返って

StayHomeで家に缶詰の大型連休はかなり久しぶりではないだろうか。 その前から在宅続きのため、より長く感じたのは私だけではなかろう。

前半は、初の担当分の大学院講義の準備。 これまでの対面講義と違い、生徒のいない講義である上に自分で収録ということで、実施もその準備も、結構大変だったことを白状する。 スライドも英語、英語での説明も必要ということで、内容的には少し薄くなってしまったが。

それと並行して、毎日のようにこれまでほとんどやってこなかった系のモノ書きの傍ら、引き続きラボのセットアップも継続。 ディスプレイ(FlexScan EV2785-UNBK)を購入。 USB-Cでのディスプレイ接続でMacBookProの給電もでき、机の上のケーブルが減らせる素晴らしいモデル。

FlexScan EV2785

そして、購入作業を進めてきたMacProも月末に納入され、準備万端となった!

また、今月のSPARQLthon92はみんな遠隔から参加ということで、一部参戦してAOEのupdateに取り組むなども。

運動不足解消のため始めたプランク30日チャレンジも無事やり遂げ、引き続き腹筋30日チャレンジ中。 Twitterで監視される中、今も続いている。

今月(2020年5月)に出た論文は、Nanoporeによるヒト腸内メタゲノム解析(プレプリント) https://doi.org/10.1101/2020.05.06 …

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First lecture without students

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 15 5月 2020.

生徒のいない初授業

大学に転職して1ヶ月半、ついに本日(2020/05/15)についに初授業。 「先端生命技術概論」という毎回違う先生が自分の専門分野に関して話すオムニバス講義の番が回ってきた。 普通にちゃらっと話するのは馴れてはいたものの、英語化やオンラインでも理解度が深まるように、などいろいろと対応すべきことがあって。 そして何より、正規の授業としてやるのは初というのも大きかったかと。

スタンバイOK

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Statistical Genetics Seminar Book

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 09 5月 2020.

ゼロから実践する遺伝統計学セミナー

異動する前に出版社の方からご恵贈いただいていたのだが、バタバタで見させてもらうのが遅くなってしまった。 阪大医学部の岡田随象先生による遺伝統計学の教科書。

2019年の秋に「第4回 ゲノムコホート研究における遺伝統計学」セミナーに講師として参加したのであるが、大変勉強になったのを記憶している。

そういうわけで、まだまだ遺伝統計学は知らないことも多く、大変楽しみな気持ちで読ませていただいた。

岡田先生が咀嚼された遺伝統計学の知識が丁寧に書かれていて、大変参考になる。 先生と以前に大阪であった日本癌学会学術集会の際に参加させていただいた懇親会で一度お会いしたことがあるせいだろうか、彼の語り口調で頭に知識が入ってくる感じがした。

コマンドで打つべきところでスペースが必要なところは「豆腐」と呼んでいる■(四角マーク)がDRY解析教本などと同じように採用されており。 コマンドの最後に改行マークを入れて、ここでreturnを押すのだと指示しているのは、なるほど、と。

それに加えて第5章に「プログラミング入門」とかあってどういうことが書いてあるのか、興味津々だったが、主にコマンドラインインターフェースでプログラムを動かすやり方について書かれていた。

第6章でRの使い方が割と厚めに書かれていて。 コマンドに対する逐次のコメントは、そのコマンドで何やっているかがよくわかり、初学者にはとてもありがたいんですよね。 これもRで困っている人にはきっと参考になることだろう。 ただ、実際に使ったRのバージョンを明記した方が良いのではないかと思ったのは、主たる研究分野が異なるが故かな?

ざっと読ませてもらっただけなので、これからもじっくり読みたいと思った。 私にとって、今後も参考にさせていただくこと待ちがないない本だろう。 主に一通り勉強してみたい、実際のデータを自分で解析してみたい、そういう人に最適な本かと。

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Dishwasher dryer

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 08 5月 2020.

食器洗い乾燥機導入

Stay Home励行ということで、自炊が増えて、洗い物が増えた。 なかなか大変ということで、食器洗い乾燥機を検討してみようということで、比較して各種紹介しているサイトなどを調べた。 少ない容量でも洗えて、しかも工事不要というのが最近は出ているらしい。 しかも思ったよりも値段が高くない。 そこで買ってみた。

箸などの小物はもちろんのこと、小さめの割にはフライパンまで入れて洗うことができるのは驚きだった。 油分は紙で拭き取ったり、ある程度水洗いしてから食洗機にかけているからか、それほどメンテナンスらしいことはいらない。

ただ、付属の2l入るピッチャーで3回分、6lの水を毎回入れないといけないのは面倒だが。 それでも洗い物に使う水の量を節水できて、何より自分が洗わなくていいのが良い。 その空いた時間で他のことができる。

そういうわけで、私にとっては値段以上の価値があるのではないかと。 roombaの電池と並んで、ここ一ヶ月の一番いい買い物の一つであるのは間違いないだろう。

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roomba reloaded

Written by Hidemasa Bono in misc on 日 03 5月 2020.

ルンバ復活

6年前に買ったルンバ871。

他の掃除機との併用ぐらしでそんなに利用頻度は高くなかったものの、すぐに充電切れになるように。 特に絨毯の上に行くとダメになるようで。

そこで、電池を替えようと調べたところ、Amazonで純正でないものが売っているものの、コメントを読むと純正じゃないとまずいっぽく。 しかもAmazonで「純正品」と書いてあるのにそうでないものも売られているらしく。 そういうわけで、公式サイトに久しぶりにログインして、該当するバッテリーを注文。 ログインして気づいたのは、登録されている住所が2つ前のそれだったり。

数日後と、割とすぐに届いて、早速入れ替える。 プラスドライバーが必要だったが、まあとても簡単。 充電して、使ってみたところ、見違えるように力強く、しかも長く仕事してくれる。 メンテナンス、とても重要。 職場にも連れて行って仕事してもらうかな。

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R.I.P. James Taylor

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 02 5月 2020.

追悼James Taylorさん

TwitterにGalaxyの生みの親であるJames Taylorさんがなくなったと流れてきて、驚きを隠せなかった。 彼とは去年(2019年)のCold Spring Harbor Laboratoryでの The Biology of Genomes で会って、彼のポスター発表を聞きに行ったからだ。 Galaxy projectのステッカーもバッチリもらって、AnVILというプロジェクトを今進めようとしていると聞いて、その進展を楽しみにしていた。 その時はお互いソーダを飲みながら、私の拙い英語を聞いてくれたのだが。

彼に初めて会ったのは、2009年にBiohackathon2009で日本というか当時DBCLSがあった東大本郷キャンパスの淺野地区に来てもらった時だったと思う。 後輩のmn氏が興奮気味に紹介してくれたのが印象的でよく覚えている。

また別の機会に、Cold Spring Harborでのmeetingで、Twitterで今まさに講演している人への(どちらかというとnegativeな)意見を書いてて、その時は正直びっくりした。 その後、そのmeetingではTwitterでのディスカッションが公式となり、social mediaの活用が進んでいる。 時代の最先端を行く人だったんだな、と今振り返って、思う。

彼の追悼記事が早くもGenome Biologyに出ている。

Nekrutenko, A …

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April2020

Written by Hidemasa Bono in misc on 木 30 4月 2020.

2020年4月を振り返って

怒涛の1ヶ月が終わろうとしている。

ラボの立ち上げということでほぼゼロから始めていたものの。 移ってきてすぐに周りのラボの方との挨拶もそこそこで、前から企画されていた挨拶がてらに話すことになっていた交流セミナーも延期となってしまい。 そういう際、いかに近隣の方に助けられているか、ということを痛感した。 思うように進まない状況のストレスのせいか、減った体重がもとに戻らない。

なんとか馴れてきた頃、さらにテレワークで、ということになって(4/23から)。 それを予測して、早いうちにラボのマシンに外部からもVPN経由でsshや画面共有できるようにしておいた。 その準備が役に立ってはほしくなかったが、結果といてやっておいて本当よかった。

運動不足解消のため始めたプリスナートレーニング。 まさしく囚人のように、StayHomeで家に缶詰になっている自分に課したエクササイズ。 Twitterで監視される中、今回は(今のところ)続いている。

そんなドタバタの中、これまでやってきた共同研究は着実に成果となって出てきている。 今月(2020年4月)に出た論文は以下の4本。

  1. 関西医科大学産婦人科との共同研究論文 (査読あり)https://doi.org/10.1210/endocr/bqaa049
  2. Biohackathon15の論文 (査読あり)https://doi.org/10.12688/f1000research.18236 …

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Website for bonohulab

Written by Hidemasa Bono in misc on 水 29 4月 2020.

bonohulabウェブサイト

bonohulabのウェブサイトは、着任当初は来たばかりで大学で提供されているサービス等全くわからなかったこともあって、自鯖上に作った。

http://bonohu.jp/lab/

が最初のURLである。今でも有効であるが、以下の現在のそれにリダイレクトされるようになっている。 このウェブサイトは、着任する直前に突貫工事で暫定的に作ったもので、このぼうのブログと同じテーマのものとなっていた。

コンテンツを書き加えていく余裕もなかったが、大学の情報メディア教育研究センターにホームページ作成・公開のサービスがあることを知り、程なくそちらに暫定コンテンツを移した。

https://home.hiroshima-u.ac.jp/bonohu/

がそれである。

さらにホスティングサービスまであることを知り、申請だけしてあったが、設定までに辿り着けず。 今回、それにようやく取り掛かることができ、サブドメインbonohuを設定。

http://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/

もactiveになった。 しかし、現時点ではHTTPSなウェブサーバーとなっていないので、今は上述のHTTPSなURLにリダイレクトする設定になっており、結果としてこのどのURLにアクセスしてもこちらにリダイレクトされる。

それもあって …

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Convict Conditioning Started

Written by Hidemasa Bono in misc on 日 19 4月 2020.

プリズナートレーニング開始

ようやく、生活も落ち着いてきたと思ったら、「週末・平日に関わらず外出を自粛」要請ということで。 家にいると動かなくて、メシだけ食っててヤバい感じ。 運動不足が深刻になる前に家でできることということで、bonohulab立ち上げのwishlistからのプレゼントで、本をいただいていた「プリズナートレーニング(Covict Conditioninig)」を始めてみた。

とりあえず、Step1を一通り、と思って6種類やってみようとしたものの、ウォール・ヘッドスタンドは現状不可能。 本当鈍っているなあ…orz

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launching bonohulab

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 10 4月 2020.

bonohulabの立ち上げ

埼玉医大でのきしょいラボ(2003年)やDBCLS(2007年)など、新しい研究室のセットアップをこれまで何度か経験してきたが、今回はいろんな意味で異なっている。

一つは自分が研究室主宰者ということで、全ての決定権が自分にあるということ。 そのおかげで、いろいろ自由にできる反面、責任も伴う。 研究するために必要なお金のことがこれまで以上に気にしないといけなくなった。

そして、完全にぼっちラボだということ。 産学連携コーディネーターの方が足しげく来ていろいろ手伝ってくれているが、研究者としては私一人。 指示する人もいなければ、指示してくる人もいない。

多くの方に公開したwishlistにあるブツを送っていただいた。 この場を借りて御礼申し上げたい。 ありがとうございました!

今週でようやく所属研究科である統合生命科学研究科の公式のウェブサイトにも名前が載った。 そこから、先週末に格闘していろいろ追記した研究者総覧の自分のエントリにリンクしている。 研究者総覧へのresearchmapからのデータ取り込みはできないようで、まだ業績の入力が途中だけれども。

また、VPN接続も割と簡単に先週末にすぐ使えるようになって、そのVPNを利用してラボのマシンへのsshでの接続もセットアップ完了した。 つまり、出張先からもラボのマシンへのアクセスが可能となった。

最後に、先週末にお願いした名刺も届いた。 これで出張してもバッチリだが、しばらく出張は禁止の模様。 このご時勢、それはいつになるのだろうか。

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March2020

Written by Hidemasa Bono in misc on 火 31 3月 2020.

DBCLSでの約13年を振り返って

本日2020年3月31日をもってライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)を辞めました。 いつかはこの日が来るだろうと勤めだした頃から思っていましたが、12年と9ヶ月もの長きに渡って居ることになるとはその時には想像してませんでした。

DBCLSに参画する前は、理化学研究所でマウス完全長cDNAクローン作成とその配列解読プロジェクト(現在もその後継は続いており、FANTOMとして知られているプロジェクト)に関わったあと、典型的な生命医科学分野の実験メインの研究を埼玉の秘境にある大学の研究センターで行なっていました。 より詳しくいうと、ゲノムも解読され、ゲノムや遺伝子アノテーションもしっかり付けられ、おまけに全ての遺伝子に対してRNAiのライブラリが利用可能だった線虫(C.elegans)を使って、脂肪細胞分化とクロストークする低酸素刺激による遺伝子制御ネットワークをトランスクリプトーム測定(当時はマイクロアレイ)によって研究していました。

しかし他の生物種との比較解析を行おうとした時に、そのアノテーション状況をはじめとしたデータベースの不備が障害となって、その場しのぎの突貫工事ばかりでなかなかうまくは進められずにいました。 そんな中、生命科学分野のデータベース(DB)を統合して誰でも自由に無償で使えるようにしようというプロジェクトがあると聞いて関わるようになりました。 その場しのぎではなく、きちんと生命科学研究におけるインフラとなる高速道路を作って、アイデアが出た時にすぐに必要なデータを統合して研究ができるようにしたかったからです。 だから、最初は以前の所属のまま、教材を作成する仕組みを作るプロジェクトに参画しました(2006年度)。 教材づくりをやったのは、統合DBプロジェクトとして教育をやって欲しいという意向があったからで、今も変わらぬ同志であるかずさDNA研究所(現・国立遺伝学研究所)の …

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eBooks for Dr Bono Series

Written by Hidemasa Bono in misc on 月 09 3月 2020.

DrBono本と道場本の電子版

先日公開したエントリ、生命科学データ解析の本ガイドでも紹介した以下の2冊の電子版が、医書.jpより本日2020年3月9日に発売開始に。

Kindle版ではなく、独自の形式での販売なのでご注意を。 Amazonからは相変わらず紙版のみ販売…。

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26th Workflow Meetup

Written by Hidemasa Bono in misc on 水 04 3月 2020.

26th Workflow Meetup

なんとか開催になった26回目。 リモート参加も可能だったが、いつも通り、東京会場にて。 ほとんどリモート参加かと思いきや、意外にも10人近く会場に集まり。 新規参加者が多かったこともあり、live codingでCWLの書き方が実演され、個人的には復習がてら参加。

また、HISAT2-StringTieによる新規transcript発見ワークフローで得られたreference transcriptome配列セットに対して、salmonのバージョン1系で定量するCWLに引き続き取り組んだ。

lib_typeに関して、inputBinding:position: 1を指定して前にオプション指定しないとダメらしい。 それでとりあえず動くCommandLineToolとなった。 以下はsingle-endの場合で、paired-endもほぼ同じ。

cwlVersion: v1.0
class: CommandLineTool
label: "Salmon quant: quantifying the samples"

hints:
  DockerRequirement:
    dockerPull: combinelab/salmon:1.1.0

baseCommand: [salmon, quant …

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Feburary2020

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 29 2月 2020.

2020年2月を振り返って

2020年2月は前半に共同研究打ち合わせの出張があった他は出張も少なく、懸案の論文執筆を進めたり、データ解析を進めたり、研究を進めることができた。

そして、先月に続いて、論文の公開が続いた。 とはいえ、今月のは先方メインの共同研究論文ばかりだが。

  1. キンウワバトビコバチの多胚形成の論文 (査読あり)https://doi.org/10.1186/s12864-020-6559-3
  2. 新規低酸素応答因子GLIS1の論文 (査読あり)https://doi.org/10.1093/carcin/bgaa010
  3. Biohackathon15の論文(プレプリント) https://doi.org/10.12688/f1000research.18236.1

これで、2020年すでに論文5本(査読あり4本)。 かつて頑張った成果なだけ、引き続き頑張ろう。

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AirPods Pro

Written by Hidemasa Bono in misc on 水 19 2月 2020.

AirPods Pro

ずっと欲しかったAirPods Pro。 自分への誕生日プレゼントと思い、Apple Storeに行った時に売っているかも、と思って何回か挑戦。 2020年1月頭に出張先のSan DiegoのApple Storeでも探したがやはり品切れ。

そこで観念して、帰国後注文。 届くまでに1ヶ月かかると表示されていたが、昨今のコロナウイルス騒ぎの影響を受けず、きっちり予定日に送られてきた。 宅配業者のログを見ると、上海から始まって、深センを経由して日本に送られてきているようだ。

まず驚いたのは、装着すると周りの雑音がさっと消える。 そして、音楽に集中できる。 AirPodsと比べてより耳にフィットするようにゴムのイヤーパッドが付いているのはそのためだろう。

これまではノイズキャンセリングヘッドホンを長いフライトの出張時には持っていっていたが、これで代用できるかも。 しばらく使って試したい。

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Books for Biological Data Analaysis

Written by Hidemasa Bono in misc on 日 16 2月 2020.

生命科学データ解析の本ガイド

2019年に生命科学データ解析関連で4冊本を出版したため、「ぼうのうさんの本を読みました」と言われてもまず「どの本?」と訊き返すところから始まることが多く。 また、「どれを読めばいいですか?」という質問も多いので、自分で出版に関わった本のガイドらしきエントリを。

なお、#のリンクはtwitterのハッシュタグではなく、このぼうのブログのそのカテゴリーのエントリにリンクしている。

オールラウンド向け

Dr.Bonoの生命科学データ解析 #DrBonoBon

バイオインフォマティクスの教科書として、MountさんによるBioinformaticsの翻訳本が2000年代にあったが、それもoriginalが改訂されることなく絶版に。 そこで、その本の内容のうち、配列解析に関わる部分を中心に、次世代シーケンサーからの塩基配列データが溢れる2010年代向けに書かせていただいた本がこの #DrBonoBon。 2008年から始めた統合データベース講習会AJACSでの講師経験や、実際の共同研究での実戦経験が元となっていて我ながらコンパクトにまとまっている。 2017年9月出版で、これまでに多くの方に読んでいただいた(と思われる)。

コマンド等もたくさん書いてあるものの、本書はあくまで教科書で、それをターミナルに打ち込んでもうまく動かないことが多く。 その要望を受ける形で以下に紹介する#DrBonoDojoが出版されることとなった。

生命科学データベース・ウェブツール #TogoTV18

統合TVは動画で生命科学分野のデータベースやウェブツールを紹介するサービスで、DBCLSに我々が来た2007年7月から続けている古参のサービスでもある。 統合TVはウェブ上のサービスだし、それを本にするなんておこがましいと思ってきたが、それではリーチしない生命科学者層があることに学会年会などの展示ブースでひしひしと感じていた。 そこで、統合TVの中でも人気の動画を紹介する紙媒体の本を出そうということで、2018年11月に出版したのがこの …

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25th Workflow Meetup

Written by Hidemasa Bono in misc on 水 12 2月 2020.

25th Workflow Meetup

前回は大阪会場から参加。 25回目の今回はいつも通り、東京会場での参加。

今回は、学認クラウドのハンズオンがあり、実際に使ってみた。 Jupyter notebookから使えることに驚き。 このやり方というかインターフェース、他にも応用できるなあと。 続いて行われたマニアックな使い方にも驚き。 NFSがそんなところに張れるとは…。 (利用料金などは抜きにして)技術のすごさに脱帽です。

また、HISAT2-StringTieによる新規transcript発見ワークフローに関して、CWLがちゃんと動かないところに取り組んできたがgive upして識者に訊いてみた。 実は前のslackの続きに書いていただいていたようで、見逃していた…。 CWL化するのにファイルのリストを書いたファイルのファイル名を引数に渡すやり方は無理っぽい。全てのファイル名を引数として渡す必要があるとのことで。解決してスッキリ。

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January2020

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 31 1月 2020.

2020年1月を振り返って

2020年1月はPlant and Animal Genome Conference (PAG)に行った影響で、出張外泊数にして年頭から9泊にもなった(PAGでの詳細は、各日のブログエントリ参照。1日目2日目3日目4日目5日目)。

また、年末にrevised versionを出してあった低酸素トランスクリプトームのメタ解析論文がacceptされ、published

Bono H, Hirota K. Meta-Analysis of Hypoxic Transcriptomes from Public Databases. Biomedicines 8(1): 10 (2020) https://doi.org/10.3390/biomedicines8010010

さらに、次の後半には年末にacceptとなっていた別の論文(AOEの論文)もpublished

Bono H …

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bio info meeting around 10th

Written by Hidemasa Bono in misc on 火 28 1月 2020.

バイオとインフォの会10回目(くらい)

同業種飲み会であるバイオとインフォの会、だいぶご無沙汰していたが、今回予定があったのでかなり久しぶりに参加した。

知り合いにまだ知り合いでない私の知り合いを紹介するというミッションを担って、できる限り紹介して回ったつもり。 実にこの会は、業界内の人の流動性が高まることに寄与しているように思う。 現に、お会いした知り合いは前にあった時と所属が変わっていることが多く。

今回、会をセッティングしてくれた服部さんとコニカミノルタのみなさんに感謝いたします。

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Uber debut

Written by Hidemasa Bono in misc on 木 16 1月 2020.

Uberデビュー

空港からの行きは乗せてもらって、帰りは自分でアカウントを作って、今回のPAG出張でUberデビュー。 支払いに一切現金を使わず、運転手とお金のやり取りをしない点が一番驚いた。 また、事前に料金の概算が出てて、乗車後すぐに確定することも。 それらのreceiptも全て電子メールですぐに送られてくるのも、ペーパーレスで素晴らしい。

しかし、やはり1回目は心理的な障壁が高く、これまでに使ったことがある人と一緒だったから気軽に使えたというのが間違いなくある。 アカウントの作成時にPayPalのアカウントをすでに持っていたから簡単だったが、それも今回の渡米中にトローリーに乗るためのアプリで必要だったためにその場で作成したものであった。

スマホのアプリは、日本だとポイントカードがわりで普及していることが多い印象だが、こちらは実際の支払いとカップルさせて使われている一端を身を以て知った今回のアメリカ出張だった。

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Plant and Animal Genome Conference XXVIII day5

Written by Hidemasa Bono in misc on 水 15 1月 2020.

PAGXXVIII day5

最終日の5日目も、朝8時からplenary lecture x2。 プレゼンテーションがよく見える前方に陣取るが、場所を移してもやはり寒い。 終了後、トイレに駆け込むいつもの展開。

その後、Digital Toolのworkshop。 途中で抜けてランチ。 そして、PacBioのWorkshopでGoogle Healthなお話をうかがう。 最後は、Honeybee Genomicsのworkshopへ。

午後7時ぴったりに例年通り懇親会開始。 懇親会中のアナウンスで、参加者は3,500人ほどであったこと、日本77人で国別参加者で6位らしいことなどを知る。 参加者はまだまだ増加しているようだ。 きっと今後もまた来るだろうな。

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Plant and Animal Genome Conference XXVIII day4

Written by Hidemasa Bono in misc on 火 14 1月 2020.

PAGXXVIII day4

今日も、朝8時からplenary lecture x2。 プレゼンテーションがよく見える座席は極寒の地でもあるが、着込んで我慢する。

休憩時間中にIlluminaのブースで、昨日まではDRAGENが置いてあった場所で、NextSeq2000の実機にお目にかかるなど。

その後、Bioinformaticsのworkshopに参加するが、Bioinformaticsとはいえ、ほぼGenome assembly。 色々と情報をアップデートした。

ランチを挟んで、徒歩8分ぐらいの別会場のホテルでBeyond DrosophilaというDipteraのworkshopに。 やっぱり、Arthropod関係のセッションが増えている。

その後戻って、Gene expression analysisのWorkshop。 とはいえ、植物ばっかりがターゲットだったが。

今日は全く空き時間がなく、あっと言う間に終わってしまった感。

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Plant and Animal Genome Conference XXVIII day3

Written by Hidemasa Bono in misc on 月 13 1月 2020.

PAGXXVIII day3

朝8時からplenary lecture x2。 その後、ポスター発表。 電子メールで通達された番号とアプリで検索して出てくる自分のポスター番号が違っているという謎。 前者の番号の場所に貼ったが、30枚用意したハンドアウトは全て売り切れてしまったのに、特に質問されることはなく。

通し番号で1100ぐらいまであったが、貼っていないのも多く。 自分のもそうだったが、duplicationもいくつかあった模様。

昆虫のとあるポスターのタイトルに萌えた。

Every species can be a model

現にそういう状況になっているからこそのタイトルだった。

午後一で、NCBIのworkshop。

NCBI Sequence Archives are FAIR

というIleneさんのスライドから始まって、SRAなどのDBに関して紹介があった。 そして、Benがラストバッターで、冒頭からBen節が爆裂! 彼もData Sharingの重要性を説くところから始まって、色々と名言を。

Use 'tblastx' instead of 'blastn'

これは私が共同研究先の学生さんに教えることの一つ。 また、

With Better Metadata, Batch Effects …

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Plant and Animal Genome Conference XXVIII day2

Written by Hidemasa Bono in misc on 日 12 1月 2020.

PAGXXVIII day2

朝8時からEBIのworkshop、Genome annotation resources at EMBL-EBIに参加。 知っていることも多いが、updateすべき情報も多く、ためになる。 途中から、Non-coding RNAのworkshopに。 R研のHさんの発表を拝聴する。

夕方、いつも通り最初のplenary lecture終了後、reception。

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Plant and Animal Genome Conference XXVIII day1

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 11 1月 2020.

PAGXXVIII day1

4年ぶりのInternational Plant and Animal Genome Conference (PAG)参加。 朝8時からArthropod genomics and genome engineering のworkshopがあるなど。 これ以外にもArthropod関係のworkshopが複数、色々とあることが冒頭にアナウンスされ、予定に追加。

California roomの奥で時折PCを充電しつつ休憩。 かつてはこの奥で口頭発表していたのが、今回は手前で、仕切りまできっちり出来てたり。 ちなみに、スマホ専用のロッカー型充電器が学会のために協賛企業のdonationで設置されており、誰でも利用可能であった。

ランチに噂のBeyond Burgerを食す。 全く問題なく、普通にうまい。 4年前に来た時の劇マズのランチからかなり反省した感がある。

18:20からもApplication of New Genomic Tools and Techniques in Arthropodsのworkshopが20:30まで。 Arthropod関係増えてきた? 前回自分が気づいてなかっただけかもしれないが。

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Plan 2020

Written by Hidemasa Bono in misc on 水 01 1月 2020.

2020年の計

明けましておめでとうございます。 本年もよろしくお願いします。 年頭恒例にしている「一年の計は元旦にあり」。 今年も宣言したいと思います。

  1. 公共DBのメタ解析結果にもとづいた新しい研究方向性を見出し、その筋道をつける
  2. そこで必要となる新しい研究手段を開発する
  3. 国際的な共同研究にも注力する
  4. 研究代表者としてグラント獲得する

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Review 2019

Written by Hidemasa Bono in misc on 月 30 12月 2019.

2019年を振り返って

もう今年(2019年)もわずかということで、今年の年頭に書いた「2019年の計」に沿って、2019年を振り返ってみたい。

1 公共遺伝子発現DB目次の論文化

AOEの論文化は、結果として二段階で行われた。 まず5月にあったCold Spring Harbor Meeting の The Biology of Genomes 2019で発表する前にbioRxivにプレプリントとしてアップした。

そして、bioRxivの'Submit bioRxiv Preprint to a …

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Introduction to Medicine

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 27 12月 2019.

はじめての医学

単行本「はじめての医学」を編集に携わられた編集者の方から年末滑り込みセーフでご恵贈いただいた(出版社のページ)。 著者は、かつての大ボスの研究室出身の木南凌先生で、面識はないもののよく話は伺っている先生。

目次をみると、よくある病気の概略と症例、治療薬、病態や薬効の説明が章ごとに、19の章でカバーされている。 医学の知識が体系的に、ではなく、「がん細胞と正常細胞はどこが違うのか(18章)」などのトピックベースに各章10ページほどで短くまとめられており、肩肘張らずに読むことができる。

本のカバーには、「はじめて医学を学ぶ人のナビゲーションBook」や「医学生だけなく、保健学科や生命科学系の学生、院生にも役立つ」と書かれている。 実際読んでみると、医者ではない生命科学研究者の私が持っている断片的な情報が、それぞれの疾患という観点から編み直されていく感じで知識が整理された。 また、難しい専門用語の解説が豊富でそれ以外にも平易な日本語表現になるよう徹底されており、学びはじめた医学生に向けたつもりが、保健学科や生命科学系の学生、院生向けにもなっているのを実感した。 自分が院生の時にこういう本があったらよかったな…。

章のタイトルは以下の通り。

  • 第1章 「イライラ,ドキドキ」となるバセドウ病はホルモンの病気
  • 第2章 上腹部の痛みや不快感を感じたら,胃潰瘍を疑ってみよう
  • 第3章 どうして見えにくくなるのか,緑内障
  • 第4章 …

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Nights in hotels 2019

Written by Hidemasa Bono in misc on 水 25 12月 2019.

2019年出張外泊数

三島勤務になった2014年以来、数えて来た「仕事で外泊」した日数。 年内の出張が全て終わって、2019年の日数が確定。 その結果、2019年は91泊で昨年より8泊増えて、さらに悪化。

泊数
2019 91
2018 83
2017 77
2016 77
2015 65
2014 50

今年も努めて抑制するようにして来たのだが、Biohackathon Europeに行くなどもあって逆に悪化。 確かにどこに居てもできる仕事といえばそういう側面もあるのだが…。

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Books published in 2019

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 21 12月 2019.

2019年に出版した本

2019年もあと10日となって色々と振り返りモードな情勢。 私も振り返ってみたい。

2019年は、結果として4冊の本を世に出す結果となった。 去年の今頃、全て期限内に出せるか不安だったが、編集担当者や共著者のみなさんの協力もあり全てきちんと出すことができた。 それらの本のリストは以下の通り。

なお、#のリンクはtwitterのハッシュタグではなく、このぼうのブログのそのカテゴリーのエントリにリンクしている。

全てが生命科学データ解析に関わる内容で、#IT4BDAがIT系のエンジニアさん向けの入門書、#DrBonoDojoが生命科学研究者向けの入門的なチュートリアルとなっている。 暮れに出した2冊は生命科学研究者向けのチュートリアルなのだが専門的で、#RNAseqRecipeがRNAseqデータ解析に特化しており、#NGS_DATは次世代シークエンサー(NGS)を利用したさまざまな解析のデータ解析に向けた内容となっている。

その4冊を並べて記念撮影。よく頑張りました。

記念撮影

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23rd Workflow Meetup

Written by Hidemasa Bono in misc on 月 16 12月 2019.

23rd Workflow Meetup

前回は参加できなかったが、23回目の今回は参加。

HISAT2-StringTieによる新規transcript発見ワークフローを自分で作ろうとしたのだが、Live codingの話題としていただき、一気に進んだ! あとは、持ち帰って実際に動かしてみるところに。 ありがとうございました。

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Bee Summit 2019

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 13 12月 2019.

ミツバチサミット2019

最近、ミツバチのゲノム配列比較を共同研究でやっていることもあり、ミツバチサミット2019に参加。 ちょうど、本務先の会議が午前中で終わって、午後からその近くのつくばであったこともあり。

その日聞くべきセッションは1時間であっという間に終わり。 その合間に我々的にはアウトリーチと呼んでいるような展示やイベントを見たり参加したり。 学会の年会と異なり、ゆるい感じのスケジュールに開放感を覚えるなど。

著者の一人から献本いただいた、生物の科学遺伝の「ミツバチ新時代」特集を一通り読んでから参加したからある程度の予備知識があって楽しめた。 2日目の夜にあった懇親会も300人規模ということで、複数のフロアーに渡っての会場とか、前代未聞でおもしろかった。 もっとさまざまな人と話して交流できればよかったなあ、と。 それには、自分の知識と経験をもっと増やさないと。

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