三島勤務になった2014年以来、数えて来た「仕事で外泊」した日数。 年内の出張が全て終わって、2019年の日数が確定。 その結果、2019年は91泊で昨年より8泊増えて、さらに悪化。
| 年 | 泊数 |
|---|---|
| 2019 | 91 |
| 2018 | 83 |
| 2017 | 77 |
| 2016 | 77 |
| 2015 | 65 |
| 2014 | 50 |
今年も努めて抑制するようにして来たのだが、Biohackathon Europeに行くなどもあって逆に悪化。 確かにどこに居てもできる仕事といえばそういう側面もあるのだが…。
2019年もあと10日となって色々と振り返りモードな情勢。 私も振り返ってみたい。
2019年は、結果として4冊の本を世に出す結果となった。 去年の今頃、全て期限内に出せるか不安だったが、編集担当者や共著者のみなさんの協力もあり全てきちんと出すことができた。 それらの本のリストは以下の通り。
#IT4BDA#DrBonoDojo#RNAseqRecipe#NGS_DATなお、#のリンクはtwitterのハッシュタグではなく、このぼうのブログのそのカテゴリーのエントリにリンクしている。
全てが生命科学データ解析に関わる内容で、#IT4BDAがIT系のエンジニアさん向けの入門書、#DrBonoDojoが生命科学研究者向けの入門的なチュートリアルとなっている。
暮れに出した2冊は生命科学研究者向けのチュートリアルなのだが専門的で、#RNAseqRecipeがRNAseqデータ解析に特化しており、#NGS_DATは次世代シークエンサー(NGS)を利用したさまざまな解析のデータ解析に向けた内容となっている。
その4冊を並べて記念撮影。よく頑張りました。
前回は参加できなかったが、23回目の今回は参加。
HISAT2-StringTieによる新規transcript発見ワークフローを自分で作ろうとしたのだが、Live codingの話題としていただき、一気に進んだ！ あとは、持ち帰って実際に動かしてみるところに。 ありがとうございました。
最近、ミツバチのゲノム配列比較を共同研究でやっていることもあり、ミツバチサミット2019に参加。 ちょうど、本務先の会議が午前中で終わって、午後からその近くのつくばであったこともあり。
その日聞くべきセッションは1時間であっという間に終わり。 その合間に我々的にはアウトリーチと呼んでいるような展示やイベントを見たり参加したり。 学会の年会と異なり、ゆるい感じのスケジュールに開放感を覚えるなど。
著者の一人から献本いただいた、生物の科学遺伝の「ミツバチ新時代」特集を一通り読んでから参加したからある程度の予備知識があって楽しめた。 2日目の夜にあった懇親会も300人規模ということで、複数のフロアーに渡っての会場とか、前代未聞でおもしろかった。 もっとさまざまな人と話して交流できればよかったなあ、と。 それには、自分の知識と経験をもっと増やさないと。
今日で最終日で、展示会も半日で終了。 名前の入ったポスター発表も本日。 相変わらず熱心に発表していたようで、用意したハンドアウトをほぼ配り切ったらしく。 素晴らしい。
DRY2本の「再現」を自分の秘書さんにお願いしてくれた先生が声をかけてきてくれて、挨拶させていただくなど。 それ以外にも本売り場の近くに居る時に見つけられてサインしたことも何度か。 本を出すことの威力はやはり凄い。 だから、みなさん、書きましょう。
今回は自分でワークショップやフォーラムを企てることなく、またブース対応もバックアップに徹したが、特に問題なく回っていたようで、嬉しい限り。 そういうわけで、来年からはまた新しいこと始めませうかね。
今日は、午後1時から1時間、著書の合同サイン会ということで。
結果として、24冊の本にサインした。 サインした数としては、新刊の3冊はほぼ同数。
あとDrBono本と統合TV本がちょろっと。
ご購入いただいた方、ありがとうございました。
朝起きるとbioRxivから連絡があって、先週末にアップした論文は新規でなく、以前に出してcloseされてしまったプレプリントのバージョンアップということでまとめていただいた。 そこで、その処理をすると程なく公開。 文字通り、朝飯前となってしまった。
Meta-analysis of hypoxic transcriptomes from public databases. Hidemasa Bono, Kiichi Hirota bioRxiv 267310; doi:
https://doi.org/10.1101/267310
そして、朝食後、歩いて会場へ。 基本ブース近くに居たが、打ち合わせが2件あったり。 夜に虫の会のフォーラムで、「種間トランスクリプトーム比較による有用物質を生産する昆虫の機能解析」と題して前座を務める。 その後、虫の会本会は、楽天地のもつ鍋。 普段話しない人たちとの交流は大変刺激的。楽しかった。 最後は、閉店間際の長浜ナンバーワンのラーメンで締めた。
本日2019年12月4日より、今年の日本分子生物学会年会（分生）。
今年も基本的には、バイオデータベース(BioDB)コーナーのNBDC/DBCLSの出展ブースに。 日本で生命科学分野のDBをやっている関係各所が一堂に会するBioDBコーナーが展示会/ポスター会場の一角（入って右奥）にて、今年も特別企画として。 提供しているサービスの紹介とデモのほか、データ解析よろず相談をやってますので、参加される方はぜひお立ち寄りを。 いつものお願いですが、当方人見知りなので初対面の方には素っ気ないかもしれませんが、何卒ご容赦のほどを。
そして、夜のフォーラム時間帯には、研究倫理委員会企画・研究倫理フォーラム「研究成果発表のあるべき姿：オープンサイエンス推進の潮流」に。 bioRxivとは何か、の講演をさせていただく。 プレプリント、特にbioRxivに関して、非常に関心の高いことに驚いた。 「BioRxivとは何か」のブログエントリが一番見られているコンテンツとなっているのも納得。 何人かの方の要望もあり、使ったスライドはfigshareにアップ。
Bono, Hidemasa (2019): bioRxivとは何か?. figshare. Presentation.
https://doi.org …
2019年は多くの日本語の本を出すこととなった。 まず年頭2月に、生命科学データ解析を支える情報技術(IT4BDA)を出版した。 システムエンジニア向けに生命科学データ解析に関して興味を持ってもらう狙いで書いた本だった。
そして秋になって、まず9月末に生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析実践道場（道場本）。 さらに、年末にRNA-Seqデータ解析 WETラボのための鉄板レシピ(RNAseqレシピ本)と次世代シークエンサーDRY解析教本 改訂第2版(DRY解析教本2)。
現時点で売り出されていない本も含めて、上記3冊は今週2019年12月3日〜6日まで福岡で開かれる第42回日本分子生物学会年会の会場において発売される。 しかも、年会3日目の5日にはこれらの本の著者・編集者（私だが）のサイン会が合同で行われることになった。 統合されたサイン会の詳細は以下の通り。
皆さんのお越しをお待ちしております！
秋になって出張も多くなって、長らく月末の振り返りエントリがご無沙汰だった。 調べてみると7月以来で、四ヶ月ぶり。
2019年11月は中盤からずっと出張で、出張外泊数にして13泊にもなった。 DBCLS柏でのAnnotathon2019(12)に始まって、それから連続での奄美大島での第4回ゲノムコホート研究における遺伝統計学(13-16)、さらに続けてのBiohackathon Europe 2019(17-24)、そして神戸出張(25-27)。 最後に三島でのSPARQLthon86(28-29)。
出張でのイベントややるべきことに集中しながらも、並行して進めている論文投稿やプレゼン準備などよくこなせたなあと。 11月最後の本日30日には、査読論文誌に投稿、bioRxivにも同時にそのプレプリントをアップロード。 別の論文のReviseも進行中で、再投稿間近、という状況。
12月頭の分セーに照準を合わせて出版準備してきた2冊の編集担当書籍（RNAseqレシピ本とDRY解析教本第2版）も、そのハードコピーが本日30日までに届くなど。
それにしても怒涛のような11月であった。
ようやく、朝起きるのが正常になった。 しかし、今日でBiohackathon Europe最終日。 Final wrap-upとして以下のまとめを。
やはり今日も、時差ボケでやはり朝早く起きてしまう。 このままボケたまま日本に帰れるか!?
まずは、昨日の続きでテストケースの計算をした後、これまで考えてきたことをさらに具体化、文書化してまとめた。
誘われて施設内にあるプールに行ってみたり。 プールだけでなく、ジャグジーやサウナもあって素晴らしい。 Biohackathonでいつも深刻な問題となっている運動不足が解消できた。
この日が最後の夜とあって、豪勢な夕食だったが、11月の第3木曜日ということでBeaujolais nouveau 2019が提供されるなど。 考えてみればこの日になるのは事前から判っていたはずだが、日本での一足先の解禁のニュースを見てひょっとして、と思っていた程度だった。 御当地フランスで解禁日を迎えたこと、いい思い出となることだろう。
やはり今日も、時差ボケでやはり朝早く起きてしまう。 3日目にして初めて、gitterというメッセージングツールが使われていることを知る。 そこに中間報告関係のサイトへのリンクがあって、我々の本家Biohackathonと同じくGoogle driveでプレゼン資料を作成。 ただし、時間は全体で1時間。 34プロジェクトあるから、1プロジェクトあたり、約2分とかなり短かったので、書いたことを読むぐらいでほぼ終了。
我々の 24 TogoEx: the integration of gene expression data の中間報告は以下の通り。
時差ボケでやはり朝早く起きてしまう。 感動的に美味い朝食のあと、午前9時からhack開始。
現在のさまざまな問題点をリストアップ。 それをもとにいろいろと議論。 夕方ごろにはやるべき方向性をほぼ決めた。 すなわち、「データ活用編」で、頑張っていくという結果として予定通りの路線。
ということで具体的な作業を開始したところで2日目は終了。
パリ市内から会場のある郊外へ。 順調に乗り換えれると約1時間半のところ、途中で1時間の待ちぼうけをくらった。 最寄駅からは歩くのは非推奨だったようだが、タクシーは当然止まってないので雨の降る中絶賛歩き。 15分ほどで会場に到着。
ランチのあと、午後から開始。
ハッシュタグは、#BH2019EUROPEということだが、微妙に違うのを流してしまう大失態。
Hacking projectとして34ノミネート。 私は、
24.TogoEx: the integration of gene expression data
のProject leadということで、2分間のプロジェクト説明。
Group photoのあと、宿舎へのチェックイン、そしてハック開始。 まずは場所ぎめから。
時差ボケでとても眠い中、夕食。 ディナーは、控えめに言ってもとてもうまい。 特にスープが。 やはり、本場は赤ワインがうまい。
Biohackathon Europe 2019に参加するため、今度はフランスシャルル・ド・ゴール空港(CDG)へ。 その移動時間、13時間余り。 パリは日本とは8時間の時差があるため、24+8=32時間の長い1日なので、あまりその移動時間の長さを気にすることなく。 しかし、本場は赤ワインがうまい。
3日目の最終日には、奄美文化センターにて市民公開講座。 コホートに参加いただいた人も含めて、一般の人向けにもセミナーが設定されているのは素晴らしい。 どういったことをそこで話されているのか興味津々で、拝聴する。 どの先生もわかりやすい話をされててさすがだなと。 ぜひとも見習いたい。
2日目の午前最後に自分の出番。 先日癌学会学術集会で紹介したツール群に加えて、NBDC/DBCLSの鉄板ツールを複数加えて紹介。 いつもの「統合TV知ってますか？」アンケートによるの統合TV認知度は6,7割だった。 実習ということで、やれる人は紹介したウェブサイトにアクセスしてやってみてくださいということで進めた。 しかしながら、講師（私）の方で実際にウェブブラウザを起動して実際にやってみると、反応が鈍く返ってこなかったり。 やはり、キッチリとスクリーンショットで準備してきておいてよかった。 そうやってハンズオンやってみたり時間調整をしながら、時間はほぼ予定通りの90分に収めた。
自分がやった実習以外にもUCSC Genome Browserのそれがあり、自分が普段やらないタイプの応用事例を知ることができて有益だった。
この2日目いっぱいでセミナー終了。 個人的には、遺伝統計学という主にヒトのvariantデータを扱う分野を学ぶ機会を得られてとてもよかった。
ゲノムコホート研究における遺伝統計学の朝は早い。 午前8時スタートいう気合の入りよう。 関係者入れて50人ほどの参加。
セミナー「第4回 ゲノムコホート研究における遺伝統計学」に「バイオデータベースの利活用」実習の講師として呼ばれたので、一路奄美大島へ。
90分の講習で、スライドが120枚と多いなあと思っていたら。 機上でアニメーション付けながらチェックすると大きなinsertionがあり。 それで減って116枚に。
Annotatho(n=Annotation+Marathon)もこれで3回目。
今回は、前回までの三島の遺伝研から場所を改めて、柏の葉キャンパス駅前のDBCLS柏にて。
会の詳細やそのログは、以下のGoogle documentに。
http://bit.ly/annotathon2019
所用のため、1日目のみの参加。 1日目のテーマは、「最近のアノテーションをとりまく状況と知識共有」。 午前にやった 「アノテーション(annotation)とは」 「アノテーションとキュレーション(curation)の違い？」 のディスカッションは、それぞれの人が持つアノテーションに対する認識の違いがあらわになってとても良かった。 もちろん、午後のさまざまな方による話題提供もinformativeで素晴らしかった。
2日目の議論が盛り上がることを祈りつつ…。
分セーにあわせて今年も開催される「虫の会（本会）」の前座で話します（意訳：第42回日本分子生物学会年会で開かれる「虫の会（まじめ版）6：昆虫学のネクストステージ（現在から未来）」で話します）。 ちょうど、1ヶ月後の今日(2019年12月4日)。
前回は、ワークショップとして採択されて年会の昼の時間帯に開催されていたが、今回はフォーラムでの採択となったため、夜の開催。 場所、時間等詳細情報は以下の通り。
2F-15 虫の会（まじめ版）6：昆虫学のネクストステージ（現在から未来） 6th insect meeting: Entomology from present to future
日時：12月4日（水）18:30〜20:00 会場：第15会場（福岡国際会議場 2階 …
約1年前の2019年9月に書いたブログエントリ、BioRxivとは何かがわりと見られているようだ。 そのせいか、第42回日本分子生物学会年会の学会企画、研究倫理委員会企画・研究倫理フォーラムにて「bioRxivとは何か?」と題して話することになった。 ちょうど、1ヶ月後の今日(2019年12月3日)だ。
「研究成果発表のあるべき姿：オープンサイエンス推進の潮流」 日時: 2019年12月3日（火）18:30～20:00 会場:第12会場（福岡国際会議場2階201）
この時間帯の30分をいただいており、講演の要旨は以下の通り。
bioRxiv（バイオアーカイブ）をはじめとするプレプリントサーバの活用が生命科学分野においても急速に広まりつつある。演者も海外での学会発表の前などに複数回研究論文をアップロードしたことがある。しかしながら、その情報の質など問題点も多く指摘されている。そこで本講演では演者の実体験を交えながら、その利点と欠点に関してbioRxivを紹介する。
そのころと比べて、さらにbioRxivへの投稿数も増えている。 そのことは2019年1月のNatureのNews(What bioRxiv’s first 30,000 preprints reveal …
第4回RDF講習会が2019年10月31日に開催。 これまでと異なり、今年は市ヶ谷駅に近いほうのJSTではなく、JST東京本部の地下会議室にて。 今年も参加して復習。
去年と比べて、さらに洗練された印象。 具体例はタイムリーなコンテンツを使っていて、わかりやすく。 今回の講習会もすべて録画されていて、後日統合TVから配信される予定なので、参加できなかった方は是非。
21回目の今回も参加。
cwltoolが古いかも疑惑があり、 conda install -c conda-forge cwltool でconda-forgeからインストールし直し。
ただ、達人的にはpipやapt-getによるインストールが推奨らしい。
Docker上で使うのが基本だからかな。
それを使って某再現を試みた。 各種ツールをインストールすることなく、解析結果が最終的に出るのはいいけど、何をやっているのかが分かりにくく。 やはり１行づつなぞっていくのがデータ解析内容を理解するには必須だなと。
ワークフローのテストについて、参加者全員で2時間ほどdiscussionしたが、普段テストらしいテストをやっていない自分でも実はテストっぽいことをやっていたり、それに関係することに手を染めているらしいことを認識。 それっぽい運用を自分自身でやってなかったけど、今後は発生しそうなので、その際にはきっちりやるようにしたい。
AOEのindexを作成するためにArrayExpressのメタデータだけをダウンロードして使っていたのが始まりだったが、DDBJとの協力関係の下、ArrayExpressのファイル全体をmirrorしてきた。
しかしながら、諸事情あってそれを止めることになったので、AOEの更新のために必要なメタデータだけ取得することに。 同梱されているbamファイル全体の容量が巨大となってきて、それの転送に時間がかかるし、何よりローカルに持っておくスペースが…。
そこで、qiitaの記事rsyncでサブディレクトリ含む特定パターンのファイルのみコピーするを参考にそれが可能かを模索してみた。
より具体的には、.sdrf.txtと.idf.txtという拡張子をもつファイルだけを、rsync://anonymous@rsync.ebi.ac.uk/pub/databases/arrayexpress/data/experiment/以下から再帰的に探して取ってくることが以下のコマンドで出来た。
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bonohu.jpのブログ、マシンが通電して再開。
台風19号による停電で約1週間ダウン。
停電は早々に直ったようだがうまく自動再起動せず、結局手動で起動。
2019年10月20日の道場本読書会にギリギリ間に合った。
農研機構の生物機能利用研究部門にセミナーで呼ばれたので、つくばまで遠征。 「生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析実践道場」が先月(2019年9月)に出版されたのがきっかけ。
生命科学データ解析をお題に60分。 どのような生命科学データ解析がなされているかという概論の後に、コマンドライン(CUI)とその活用として2つ事例を紹介。 一つ目は、遺伝子発現のDBとその活用ということで、ブタ成熟脂肪細胞の脱分化機構の網羅的解析の事例を。 二つ目は、リファレンス発現データセットとしてRefExに入っているFANTOM5のヒトトランスクリプトームデータを再利用した、生物種間比較トランスクリプトーム解析の実例（カイコ）を。 この種の要請はあればできる限りやっていくべきだなといつもながら感じた次第。
そして共同研究打ち合わせも併せて行い、bioRxivにカイコリファレンストランスクリプトーム論文submit。 （追記）その日が変わったぐらいに受理されて即公開されるという急展開。
去年はほぼ参加できなかったので、2年ぶりのJASPUG meeting。 160人ぐらい参加ということで、15年前ぐらいに始めた時と比べると人が格段に増えた。
分科会の盛り上がりは相変わらず。 GWAS Catalogのデータを再利用する発表があったのはとても嬉しく、そういった公共DB利用系の研究が製薬研究でも広まってくれるといいなと。 さらに別の有用な公共DBを使いやすくするツールを質問と見せかけて宣伝したり。 この機会に知ってもらって一人でも多く利用してくれれば、と。
ポスター発表も27演題もあったとのことで、とても盛況だった。 今回は講演もないので、話しやすくなるだろうと思って海外の学会で発表したポスターを持って行った。 ハンドアウト付きで。
Hidemasa Bono An integrated index of public gene expression databases and its application for meta-analysis of hypoxic transcriptomes
https://doi.org/10.7490/f1000research …
今年で9回目。 だが相変わらず、作る側の報告会的な色合いが強く感じられる。 使う側に向けた発表や企画をもっと打ち出して行くべきだろう、これまでの講習会などに加えて。 アウトリーチの頑張りどころかと。
chalkless氏による年表も「トーゴーの20年史」となり、時代を感じされせられる。
継続は力なり
派手さはないが、続けていって欲しい。
今回も参加。 話を聞いて、塩基配列のPSSMはオワコンかと思っていたが、復権するかもしれないかもと思ったり。 zatsu-cwl-generatorを動かして感銘を受けたり。
個人的には某確認や某再現を試みた。 pitagora meetupとのmergeの回だったが、conflictは起きなかったということで。
午前は、「モデル生物を用いたがん研究の最前線／Cutting edge of cancer research from model organisms」のシンポジウムに共同研究者の発表を聞きに行く。
午後は、今年も開催された若手企画「若手企画1：続・10年後のがん研究／Re: Cancer Research in the next 10 years」に。 問題の深刻さ、癌研究者/学会が認識し適切な対処をしないと癌患者/癌医療/癌研究を守れないとのこと、会場の人には伝わったと思います。 twitterで頻繁にお見かけするO先生による「嘘の癌情報/詐欺的治療があふれる日本の現状」の報告。 実はフォローしてなかったことがわかり、すぐにフォローさせていただくなど。 さらに彼はブログで発信もされており、これもアンテナに追加。 そしてさらに実はそのブログのエントリの一つはすでにみていたと判明…。 本当、世の中狭いものです。
夜は、若手飲み会 …
前回のShizuoka.ngsとはまた別の貸し会議室＠静岡駅前で、Shizuoka.ngsもくもく会が開催された。
これまでのRNA-seqではなく、今回はメタゲノムデータ解析に用いられるQiime2のチュートリアルをみんなでやろうということで。 Oさんをはじめとして参加者によって、チュートリアルにあるコマンド等をGithubにログとして残しつつ、各々チュートリアルを実行した。
それぞれに勉強になったのではないかと。
個人的にはウェブブラウザでの可視化をどう実現しているか、プロットを色々カスタマイズしてみたりして調べてみるなど。
14回目となったMishima.sykは7ヶ月ぶりに。 場所はいつものプラザヴェルデ4階の会議室にて。
今回は、ちょうど阪医Python会の3人が三島合宿にきていたということもあり、彼らにも話してもらう機会を得た。 彼らには、この1週間でやっていたことに関する発表をしてもらった。 ブッツケ本番でやったが、うまく発表できていたのは、さすがだなあと。
自分は、ここのところ本業で関わっているCWLの紹介をさせていただいた。 すぐに終わるつもりだったが、どういうものか、どう使うべきと考えているか、など話していたら、割と時間がかかってしまい、質疑入れると予定していた30分ちょうどぐらいに。
最後にはちゃっかり「生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析実践道場」こと道場本の宣伝も。
夜の部は、いつも通り素晴らしくオーガナイズされており、まさしく時間を忘れていろんなネタで盛り上がった。
(2019/09/23追記) 阪医Python会の彼らはさらに1週間学んだことを素晴らしいレポートにまとめてくれた。 短い期間のうちに色々吸収してくれたんだなあと、レポートを見返してシミジミ思う。 おつかれさまでした。
半年前の春合宿に引き続き、 阪大医Python会の優秀なる2人の医学部生が、秋合宿と称して職場に来襲。 9/17-21までの5日間滞在。 ただし、最終日は職場でなく、Mishima.syk#14に参加して発表というハードなスケジュール。
その様子は今回も、かつての統合牧場を彷彿する様子で、GitHubにログを残していってくれている。
これから、どう展開していくか、とっても楽しみ。
2019年9月発表のApple Watchの新機種に血圧測定機能を期待していたのだが、それは付かなかった。 今月末で消費税も上がるので、失意の中、次なる行動に移る。
友人が着けているのを見たスマートウォッチ、三千円ちょいで血圧測定機能が付いているという。 そこで、AppleWatchに加えてそれを買ってみた。
表示は四千円近いが、クーポンで実質3,100円ほど。 注文してから2日で届き、着けてみたところ、確かに血圧が測れる。心拍数も。 また、着けて寝るだけでも睡眠も自動で測ることができた。 もちろん、目安程度かもしれないが、便利。
今年のBiohackathonは福岡で開催。 日曜日の公開シンポジウムで始まり、続く月曜日から土曜日まで丸1週間ハッカソンといういつものスタイル。
シンポジウムは去年に引き続き、Lightning talkの5分間をやらせていただく。 TogoeXというタイトルで、RefExとAOE周りを紹介。
ハッカソンではTogoeXチームで、遺伝子発現データベース周りを色々と。 ROIS-DS-JOINTの研究費で来てもらうことが実現した共同研究者たちと議論しながら、それぞれの課題を鋭意進めることができた。
今回は学生さんが多数参加しており、2回あったバーベキューパーティーでそういった人と話す機会もあった。 非常に良い試みだったと思うので、よりさまざまな分野の学生さんの参加があるとよいなあと。 今後取り組んでいきたい。
それ以外にも、いろんな人を知っている者として、つなぐhubとして積極的にリンクを増やす老人力を発揮してみた。 すなわち、デフォルトお互いは知らないという前提で人を紹介していく作戦。 それがいい交流のキッカケとなっていればいいな。
最終日の4日目も昨日に引き続き、vscodeでlive shareしつつ。 audioをonにするとwrap-upまでshareできてしまうという。
その際話題になったのが、condaで入れたcwltoolはバージョンが古いということだったが、どうもbiocondaチャンネルのcwltoolのバージョンが最新でも2018年製のそれでの模様。
conda-forgeチャンネルのは2019年製のそれにアップデートしているようだった。
なので、cwltoolのインストールは
conda install -c conda-forge cwltool
で良いのではないかと。
結果として、今回の目標だったRNA-seqデータの類似性検索の調べ物はそれほどはかどらなかったが、その周辺知識を色々と得ることができた。 4日間こもってmeetupに参加してコードに向き合うことで、個人的にはとてもよいリフレッシュになった。 議論がハイレベルで、興味深く、参加していて大変おもしろかったです。 お付き合いいただいた皆様、ありがとうございました。
昨日に引き続き、vscodeでlive shareしつつ、みんなでCWL書き。
今日は、kallisto BUStoolsのチュートリアルを襷リレーでCWL化。
自分は、bustools-correct.cwlを書かせていただいた。
それ以外のCWLを含めたコードもここからすでに公開されていたり。
実はこのチュートリアル、今回の目標である、RNA-seqデータの類似性検索にどストライク系。 それ以外にもsingle cell データ解析関係で、以前に入れたCellFishing.jlを使うためにJuliaを最新版v1.1.1にしたり、今後、acceptableなファイルのフォーマットを調べるなど。
今日も色々充実した1日だった。
実は、昨日にもやっていたのだが、vscodeのlive shareを使って、会場にいない人とも共同作業。 今日は、CWLを書くところを、Dockerfileを書くところから live codingしていただいて大変参考になった。 しかもlive shareにaudioまで加わって、実際にやっているところで話されている会話までもがshareされて。 近未来感を感じるmeetupであった。
その裏では、今回の目標に掲げた、RNA-seqデータの類似性検索に向けて、取り組んでいたり。 明日、CWL化を試みるというBUStools周りにも期待！
15回目に参加して以来、workflow meetupは3回連続して参加。 前回の18回目は大阪出張(AJACSa6河内)と重なり不参加となったが。 19回目の今回は、お盆中に4日間連続の「お盆thon」。
今回の目標： RNA-seqデータの類似性検索に向けて取り組む
ということで始めたが、初日の今日(8/13)はCWL実行環境を農研機構の横井翔さんに伝導。 前回このworkflow meetupで書いていた以下のブログをテキストに - Common Workflow Language(CWL)を使ってkallistoを実行する - Running salmon via CWL
カイコの公共RNA-seqデータの発現定量（by 横井さん）に向けて、大幅に前進したつもり。
その際に参加者の方々からいただいた、本日の学びは、
「自分でパッケージを極力入れない」
ということ。 具体的には「DockerもHomebrewで入る！」ということに驚愕。 今後、実践していこう。
あと …
ROIS-DS-JOINT共同研究集会として2017年度より始めた「昆虫のゲノムデータベースとそれを活用したデータ解析」が今年度も開催された。 今回はDBCLS三島が入っている国立遺伝学研究所にて、2019年8月8,9日に。 書類上オーガナイザーから外れ、できる限り参加者の一人として振る舞うようにし、運営には携わらないようにしていたが…。
研究会開催は、SPARQLthonの開催等普段からやっていることもあって比較的準備は馴れたものだったが、それでも毎回トラブルはつきもの。 今回は遺伝研の開催でシャトルバスに参加者が乗り切るか問題。結局、分散乗車を呼びかけてギリギリ乗り切ったのだが。 毎回もうこれで最後にしようと開催直前には思うのだが、終わってみればまたやろう、という気持ちになるのが不思議。
今回も何人かに長く話してもらい、他の参加者は5分間のライトニングトークをするという構成で、全員が話をするという形。 2019年3月に応用動物昆虫学会のつくば開催に合わせて、DBCLS柏で実施したハンズオン講習会がきっかけになってコマンドラインでのRNA-Seqデータ解析を始めたという参加者の話があり、やっといてよかったなと。
オーガナイザーの横井さん、仲里さん、そして参加者の皆さん、お疲れさまでした。
2019年7月は出張外泊多く、11泊にもなった。 前半は、国内版バイオハッカソンBH19.7で指宿、 後半は、統合データベース講習会AJACSa6河内などで大阪。 阪大医Python会の集まりで、関西のアクティブな人たちに会えたのはいい刺激になった。
校正がレターパックでしょっちゅう送られてきて、それを週末にやっつけて毎週のように撃ち返す状況。 収穫の秋に向けて準備中といったところ。
書き物としては、そういった日本語よりは本業の方の英語のそれに移行しつつある、そんな感じ。 bioRxivからone click submission（そんなものがあるのかw?）した論文も無事submitされたようだし。 こちらも楽しみ。
大阪府枚方市の関西医科大学にて、2019年7月25-26日に開催した、中上級向け講習会AJACSadvanced(AJACSa)のAJACSa6河内が終了した。
salmonの実行だけなら30分ほどで終了してしまうセミナーとなってしまうところだが、RUNデータの取得やSRAからFASTQへのフォーマット変換、トリミングなどを説明、できる限り自分でやってもらって3時間ちょいの講習となった。 流石にRUNデータの取得は全員ではやらず、あらかじめ用意してきた外付けUSB HDからコピーで代用。 それ以外の中間ファイルもそこに入れてできなかった時はそこから使うという三分間クッキング方式で。 様子を見ながら進めたが、発現定量してデータを得るまでで割とお腹いっぱいになったようだったので、今回は基本的にはそこまでに。
そんなことは余裕でできて時間を持て余してしまった上級者向けに、先日のShizuoka.ngs#2でもやったCommon Workflow Language(CWL)を使ってkallistoを実行するハンズオンの別の発現定量化ツール版を用意した。 それを取り組んでくれた人も何人かいたようだが、コケない限りは我々に訊いてこない参加者たちだったため、完全には把握できず。
会をアレンジしていただいた関西医科大学の広田喜一先生には大変お世話になりました。 ありがとうございました。
2019年3月に三島合宿にきた阪医python会のyyoshiakiたちと、次に大阪に行った時には話する機会を作ろうと話していたのがきっかけで。
統合データベース講習会AJACSa6河内で大阪に行くことになり、有言実行 でそうすることになった。 それが今回の阪医pythonもくもく会となった。 そういうわけで、私は「生命科学研究としての公共遺伝子発現DBのメタ解析」と題して、長めに話させていただいた。 話としては、自己紹介の延長でバイオインフォマティクスということの私なりの定義から始まり、阪医Python会謹製のikraを利用した公共遺伝子発現データベースのメタ解析の話を、我々が普段本務で作っているサービスの紹介を交えながらさせていただいた。 熱心に聞いていただいていたようで、話す側としてもやってよかったなあという感触。 あとで見てくれる人も少なからずいるのではないかと思い、プレゼン資料も話に出したfigshareにアップロードして、会のウェブサイトから辿れるようにしたり。 こういった地方行脚を日本各地いろんなところでできるといいのかな、と思った次第。
2019年7月8日〜12日まで、鹿児島県指宿市の国民休暇村で開かれた国内版バイオハッカソンBH19.7に参加。
前半は、書きかけていたTrim Galore! v0.6.3のCWL書きを、CWLマスターに話をうかがいながら。
詰まった点は何点かあって、まずはdockerPull:の記法。
trim-galore:0.6.3--0のように--0をつけないと動かない模様。
また、元々のコマンドラインオプションとは別の名前にcwltoolで指定するオプションはしたほうがいいっぽいことも。
まだまだまずい点があるだろうけど、とりあえずは動くものとなった。
paired-end version(trim_galore.cwl)はこんな感じで。
cwlVersion: v1.0
class: CommandLineTool
hints:
DockerRequirement:
dockerPull: quay.io/biocontainers/trim-galore …2019年7月7日に、国内版バイオハッカソンBH19.7に先立って鹿児島県指宿市の国民休暇村で開催された質量分析インフォマティクス研究会 2019年ハッカソン・プレ・ミーティングで講演。
門外漢からの話題提供という役回りで、的外れな話だったかもしれない。 それぞれのオミックス研究での悩みどころというものの一端に触れることができたのはよかった。
この2019年7月で、2007年7月にDBCLSに移って一回り、すなわち12年が過ぎた。 昨年の今日のブログにも書いたことだが、 プロジェクトを開始した当時は、動画でDBを紹介することなんて考えてなく、紙媒体の教科書としてそれをまとめて形にすることを目論んでいた。 出版業界の事情もあり、それらは実現してこなかったが、Dr.Bonoの生命科学データ解析を出したおかげで、本の出版話が来るようになった。
そして。この一年で、DBCLSに来て始めた統合TVに関する本、生命科学データベース・ウェブツールを出版することができた。 さらに、システムエンジニアに生命科学分野のデータ解析について知ってもらうための書籍、生命科学データ解析を支える情報技術も上梓できた。 共に多くの同志に協力していただいたからこそ、実現した書籍化であった。
さまざまなバックグラウンドの人に知ってもらうという活動が少しづつ広がりだしたが、まだまだ道半ばである。 その一方で、構造化した知識（約10年前当時流行っていたキーワードでいうと、「知の構造化」）を、実際のこれからの生命科学研究で活用していくことも進めていかねばならない。 誰かにやってもらうのではなく、自らもそれの先頭にたって。
前半は、5月から実行してきたメタ解析。 Dockerなスクリプトのikraを使ったわけだが、FASTQの取得を別でやったこともあって最初に書いたらそれで終わり、というわけにはいかなかった。 取得失敗するエントリのrecover等、手動の作業も多く。 しかし、学会参加等で出かけていた裏で実行したこともあり、時間が有効に活用できた。 Docker使ったため、ソフトウェアのインストール等しなくてよかったのだが、やはりCWLで動かしたい熱がむしろ高くなるキッカケに。
上述の学会参加も含めて、2019年6月は宿泊回数5泊。 日帰りも多く、この数字以上に出張に行っていたかんじがする。 6月11日には東京農工大で集中講義で、大学院生にガッツリ「Dr.Bonoの生命科学データ解析」を講義した。 6月22日にはShizuoka.ngs#2で静岡エリアのエンジニアさん向けに生命科学データ解析の話とRNA-seqデータ解析のハンズオン。
また、母国語での執筆活動は相変わらず続いていて、だらだらと書いてきたのをとりあえず脱稿。 まだいくつか書き物の仕上げが残っているものの、今後は監修業に専念できるかな。
less-less なファイル操作ファイルシステムにあるファイル（多くはダウンロードしてきたファイルだが）の中身を確認することはしょっちゅうある。
テキストファイル（とそれが圧縮されたファイル）であれば、CUIだとターミナル上でlessコマンドで中身を見るだろう。
Finderのwindow中やデスクトップにそのファイルのアイコンがある場合、それを選択して（シングルクリック）、スペースを押せば中身がプレビューできる。
それがQuickLook（クイックルック）である。
lessコマンドをあまり使わなくてすむ(less)機能ではないかと。
Mojaveだとテキストだけでなく、画像や動画ファイルでさえ見れるようになっている。
QuickLookを便利に使うためのプラグインなんていうのもある。 ここで紹介されているのは全部入れてあって、結果としてQuickLookでコンマ区切り(csv)やタブ区切りテキスト(tsv)を綺麗にフォーマットして表示され、非常に重宝している。 また、markdownはそのコードではなく、フォーマットされた状態でプレビューできるのでこれまた便利。 次は、CWLかな。