第14回広島大学ホームカミングデー
広島大学ホームカミングデーのウェブサイト によると
広島大学ホームカミングデーは、広島大学と広島大学校友会が卒業生や元教職員などを招待して歓待するイベントとして、毎年１１月の第１土曜日に開催しております。在学生、教職員はもとより、市民の方々にもご参加いただき、大いに交流・情報交換をしていただく事業として展開いたします！
ということで、理学部生物科学科ではご出身の先生による講演会があったので、参加。
これに出るため、これまで週末の土日に続けてきたバイオインフォマティクス講義の収録を今日は取りやめ。
その分、今週あった祝日(11/3)に収録しておいたし。
内容はその先生のこれまでの研究人生に関してで、普段聞けないような話をうかがうことができた。
自分も頑張ろう、と思わせていただける内容で、やはり参加してとてもよかった。
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2020年10月を振り返って
これのためにここにいると言っても過言でない。卓越大学院のバイオインフォマティクス講義 シリーズがついに始まった。
しかしながら、オンデマンド講義のため、Zoomを使った独自の収録方法 で収録を続けているものの、反応がわからない。
本当、手探りである。
その収録も途中で途切れてはいけないので平日には作れない上に週2回のペースで作っていかないといけないため、土日に出て作る週末が続いている。
10月末時点で11回分を作成したので、残りはあと4回で先が見えてきた。
体力と気力の限界が来る前になんとか乗り切れそう。
その状況下で並行して科研費も書いて、共同研究者の方がの多大なる助力をいただいてなんとか締め切り前に提出できた。
7月以来となったが、共同研究の論文が一つ公表 され、2020年に出版された査読論文8本、プレプリント含めると14本となった。
TUATinsecta論文 （査読あり）https://doi.org/10.1038/s41598-020-74590-z
それ以外にも転職後初めて獲得した予算での依頼出張を共同研究者にお願いして来てもらったり、ついに自らの外泊を伴う出張の手配をしたり。
大学のホスティングサービスの移行に伴い、bonohulabのウェブサイトも引越しを行い、https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/
しかしなんといっても一番大きなイベントは、博士課程後期の学生がラボに入ったことだろう。
社会人大学院生のため普段からラボにいるわけではないものの、これまでの自分1人のラボという状態とは違う。
今後も人がさらに入る可能性を想定して、机や椅子、パーティションなどを買って準備したのも今月の大きな変化であった。
その結果、ラボに入って右側は激変し …
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バイオインフォマティクス講義収録折り返し
9月の中頃から始めた卓越大学院のバイオインフォマティクス講義 シリーズ全15回の8回目の収録を終え、ようやく半分の収録を終えたことに。
見ての通り、訪問者のない土日や祝日を利用して収録している。
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オンライン酒まつり2020
2020年10月10,11日はオンライン酒まつり2020 ということで。
先日買ってきた 限定酒で独り酒まつり。
来年はリアル酒まつりに参加したい。
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忙しい人のための代謝学
とあるきっかけで、忙しい人のための代謝学〜ミトコンドリアがわかれば代謝がわかる 田中文彦 羊土社をご恵送いただく。
網羅的な教科書というよりは「学び直し」のとっかかりを作ってくれる本で、ここで再び目にしたことを元に分厚い教科書の該当項目を見返す、そういう使い方が想定されているのではないだろうか。
これまで長年にわたって研究活動で代謝経路というか、代謝マップとにらめっこしてきた私にとってはもちろん断片的に知識として蓄えてきたことが多く書かれている。
しかしながら、この著者の先生の捉え方や医学的な経験を元に、非常に明快に各項目が解説されている。
医学的な視点というのはやはり自分には欠けており、これまでとは違う角度から代謝学を学び直すことができた。
これからも、いやこれからはもっと眺めることになるはずなので、この知識はきっと活かされることになるだろう。
素晴らしい本のご紹介、ありがとうございました！
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ゲノム編集で2020ノーベル化学賞！
昨年2019年10月7日に低酸素研究で共同研究者たちの師匠であるGregg L. Semenza先生が2019ノーベル生理学・医学賞を受賞された。
奇しくもその2週間前に日本癌学会学術総会と関西医科大学でダブルヘッダーで講演を拝聴 しており、自分がここ10年以上関わってきた分野での受賞をとても嬉しく思っていた。
そしてその一年後の同日、2020年10月7日。
今度はゲノム編集のための手法の開発でEmmanuelle CharpentierさんとJennifer A. Doudnaさんのお二人が2020ノーベル化学賞を受賞された。
この4月からゲノム編集の卓越大学院（ゲノム編集先端人材育成プログラム）のバイオインフォマティクス教育を本務として、ゲノム編集イノベーションセンターで仕事をさせていただいたおり、またもや近しい分野での受賞となってとても嬉しく。
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オンラインのトーゴーの日シンポジウム2020
10月5日は、トーゴーの日。
今年でついに10回目だが、やはり今年はトーゴーの日シンポジウムもオンラインに。
今年からはついに、なかのひとではなくなったがポスター発表を。
もはや「ポスター」という名称は不適切かな、とzoomの画面共有を使って受け答えしていて思った。
スクリーンショット取るな、とかそういう要請もどうなんだろう、と。
そもそもCC-BYで「ポスター」コンテンツ出しているんだし。
チャット機能の無効化もなんか寂しい感じがした。
そこが荒れるのが嫌なのであれば、せめてハッシュタグ決めといてTwitterなどで場外議論とかを誘導してもよいんじゃないかと。
いろいろとモヤモヤが残ったオンラインなトーゴーの日だった。
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酒まつり2020前哨戦
10月1日にお客さんを連れて賀茂鶴さん に行くと、日本酒の日、ということで。
本来なら酒まつりで出すはずだったお酒が売っていたので、もう買うしか選択肢がなく。
今年は10/10,11にオンラインで酒祭り をやるということで。
盛り上げて参りましょう。
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第79回日本癌学会学術総会
今年2020年の癌学会学術総会は、広島での開催だった。
ちょうど自分が広島に異動して、いいタイミングで多くの人と再会し、またその前後に多くの人が新しいラボにきてくれるものだと思っていたのだが。。
COVID-19のため、多くはオンライン開催となり、シンポジウムなどの一部のみがオンサイト（オフライン）開催となった。
幸い自分の発表（演題名：Development of genome editing data analysis environment for cancer research）はシンポジウム（ゲノム編集によるがん研究と治療への展望）に選んでもらったため、オンサイトとなり、これまでの学会と同じように会場に行って話すこととなった。
ただ、聴衆の数は例年に比べてワンオーダー少なく、20人ほどだった。
自分の発表時には、オンラインでは40アカウントほどアクセスがあったらしいと聴いてくれた人から教えてもらった。
中身としてはこれからやっていく内容に関してちゃんと発表できたので、それはそれで良かったのだが。
企業展示もオンサイトではなく、唯一あったのが書籍販売だけ。
それも例年よりも小規模で、せっかくこの時を目指して「バリアントデータ検索&活用 変異・多型情報を使いこなす達人レシピ」 の出版を間に合わせたのにちょっと残念な感じで。
オンラインの方でもっと盛り上がってくれるとありがたい。
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ぼっちラボでなくなった?
大学院は10月入学もありまして。
生命医科学プログラム博士課程後期の社会人大学院生として入学された小野さんが、bonohulab 最初の学生として今月2020年10月から所属することになりました。
社会人大学院生はお仕事がメインでその合間に大学院での研究をされるというハードなものですが、それでも学びたいという熱意に敬服。
そういうわけで、学生が増えたものの、普段からラボに物理的に居るわけではなく、ぼっちラボは事実上継続。
また、来年2021年4月入学の博士課程前期（いわゆる修士課程）ならびに博士課程後期の学生、募集中です。
おそらく今月中頃には募集要項が出るのではないかと。
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2020年9月を振り返って
ついに来月10月からとなった本務中の本務である卓越大学院のバイオインフォマティクス講義 シリーズ全15回の準備がメインの毎日。
オンデマンド対応が必要となって、収録を開始するなど。
PowerPointのプレゼンテーションだけで完結せず、ウェブブラウザやターミナルを多用する講義に対応すべく、Zoomを使った独自の収録方法 を採用して。
また、今回初めての試みとして、WSL2を使うこと でWindows10上でも同様のコマンドライン操作ができるように配慮、実際にそれをできる限り確認しながら。
もちろん、ひき続き予算獲得のための諸々も並行して、月末には科研費も取り掛かり出した。
その合間に書き溜めてきていた、研究生活25年の節目を振り返る「ゲノムと私の四半世紀」 を公開。
それは、研究生活10年目の時に「RNAと私の10年」 として書いたものの流れで、今度はゲノムを、ということで。
今月(2020年9月)も先月に引き続き論文発表等なしだったが、ついに、このブログでも言及してきた ように、前職時代から企画してきた今月9月25日に「バリアントデータ検索&活用 変異・多型情報を使いこなす達人レシピ」 が出版。
凸版印刷様のソーシャルイノベーションニュースでbonohulabの取り組みを紹介 していただいたのも、今月9月のはじめに公開された。
結局今月も、転職後半年経ったものの、外泊を伴う出張はまだない。
しかし、外泊を伴う出張の予定が入りったり、外部での講演依頼が出始めてきた …
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WSL2でバイオインフォマティクス
Windows Subsystems for Linux2(WSL2)を使って、ubuntuをインストールしたことは2ヶ月ほど前のエントリ に書いた。
その際、いくつかのツールがaptの仕組みを使ってインストールできることも確認し、実際に重めのBLAST検索をやってみるなどもうまく行った。
実際のバイオインフォマティクスの現場で使えるか？
それを検証するためにこのqiitaの記事 とDockerのドキュメント を参考にDockerをインストール、cmatrixを動かしてみたり。
% docker run --rm --log-driver none -it beezu/cmatrix
これでMacと同様にDockerなツールをお試しで動かしてみるということもWSL2上でできるはず。
さらに使いやすくするために、Biocondaをインストールするなど。
普通にBiocondaのドキュメント の通りインストールするだけだが、特に何かコツがあるわけでもなくWindowsではなくLinuxとして インストールするということだけ。
Biocondaが入ったら
% conda install -c bioconda emboss
などとすると普通にEMBOSSがインストールできる。
これでEMBOSSのプログラム資産が利用できる。
なんて素晴らしいことではありませんか。
その際 …
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私の講義動画作成方法
講義動画作成に頑張っていらっしゃる学校の先生方、おつかれさまです。
今年度からは自分もその立場となり、10月からは対面授業になるかもという淡い期待もくだかれて講義前の動画作成に励む毎日を送っています。
5月の初講義の際 には自分は、学生さんが講義をうける1週間前に1人で講義室に行ってビデオカメラで撮られるという無観客試合ならぬ、無生徒授業を。
ただ、このやり方は事務の方が動画を回収してアップロードして、という具合にコストが高く、また取り違えなどの心配もあってあまり推奨ではないイメージ。
それとは別のやり方でPowerpointの各スライドに音声を吹き込んで動画を作成するという手段が一番普及している模様だが、それでは先生の顔が見えないという苦情もあるらしく。
しかしながら自分の講義の場合、Powerpoint以外の他のアプリケーション（ウェブブラウザやターミナルなど）を多用し、またハードディスクなどの周辺機器を使ってみせることもあるので、Powerpointだけで完結しない。
だからこそ、演習形式での授業としたかったのであるが、こういう状況なのでしょうがあるまい。
そこで、どうしたらいいか、いろいろ考えたところ、身近なところにsolutionがあった。
Zoom である。
Zoomにはオンライン会議を収録して動画（mp4形式のファイル）で保存する機能がある。
すなわち、ひとりオンラインミーティングをして、それを動画として収録すれば良いだろうと。
Zoomで普通にオンラインミーティングをする感じで「新規ミーティング」を開始し、あとは「レコーディング」ボタンを押せば収録が開始される。
そのままの状態で画面の向こうの聴衆に話しかけたり、デバイスを見せたりもできるし、また「画面を共有」してスライドの画面やデスクトップを見せることもできる。
Zoomで良いのはそうやって「画面を共有」している間もこちらの様子が右上に小さく表示されることだ …
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純米吟醸まぼろし
昨日のエントリで紹介した大長檸檬酒 の中尾醸造と言えば、まぼろし 。
まずは、お膝元の道の駅たけはら で購入した、そのまぼろしの純米吟醸 から入門してみた。
日本酒っぽくなく、ちょっとフルーティーな印象。
うまい。
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大長檸檬酒
「おおちょうレモンしゅ」と読む。
客人がお土産として買って、逆に勧められた逸品。
メーカーの中尾醸造さんのウェブサイト によると、
国産レモン発祥の地といわれる瀬戸内海に浮かぶ大崎下島豊町。この地で、品質･栽培面積ともに全国一を誇る｢大長レモン｣のしぼりたて天然果汁をふんだんに使用し、独自の製法で発酵熟成させた世界的にも珍しい極めて純度の高いレモン酒です。(1本当たりレモン5～6個相当の果汁を使用)
レモン果汁を発酵させて作っているとのこと。
レモンリキュールにありがちな甘ったるい感じは無く、さっぱり。
リピートしそうな感じ。
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酒米ハンドブック
「ハダカデバネズミのひみつ」 で紹介されているdebalab がちょうど熊本に移り始めた時に、その熊本で開催された国内版バイオハッカソンBH17.11 の際に盛り上がっていた酒米のDB化の話。
きっと、広島開催のBH20.9 でもそのネタで盛り上がるに違いないと思って、自分も「酒米ハンドブック」 を買っておいた。
やはり、会場ではその話題になって、良い交流ネタになったようだ。
今後醸し出される展開に期待したい。
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ハダカデバネズミのひみつ
国内版バイオハッカソンBH14.14 の帰りにふと北大に寄り道したことがきっかけとなって始まったハダカデバネズミの共同研究。
それも始めてから早いもので5年になろうとしている。
その間に先方のラボ も熊本に移り、私も…。
そんな時に「ハダカデバネズミのひみつ」 という本が出るよと教えてもらって。
もちろん、長年に渡って共同研究しているので、生物学の研究において重要な「ドメイン知識」としていろいろ知っている。
しかしながら、その知識を埋めるいろいろなことはやはり知らないことも多々あるわけで。
一読して思ったのは、そういった知識の境目を埋めるのに最適な本だった。
p111に出てくるハダカデバネズミのiPS細胞の研究とかも一応co-authorでいっちょ噛んでいるわけだが、
特に彼女らが今育てているハダカデバネズミはどこから来たのか、その研究を始める前はどういった状況だったか、この機会に初めて知った。
なので、この動物に関して興味を持った人、是非読んでみては？
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Interview バイオ×デジタル
初のbonohulab紹介記事「バイオとデジタルの融合 バイオインフォマティクス」を、凸版印刷さんが出されているソーシャルイノベーションニュース という冊子の特集「ゲノム編集とデジタル技術が拓く未来」で出していただきました。
取材自体は写真撮影と90分ぐらいのインタビューの二回に分けて、後者はリモートでのオンラインで。
私がこれまでやってきたこと、その上でbonohulabでこれからやっていこうとしていることが客観的にまとめられています。
是非ご一読ください。
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2020年8月を振り返って
ひき続き予算獲得のための諸々と10月からのバイオインフォマティクスの授業準備がメインの毎日。
中旬は世間は夏休みだったが、体のメンテナンスのため有給休暇を（転職後初めて）1日いただいた他は、カレンダー通りに動いた。
そして、今月上旬に出していた広島県商工労働局による令和2年度 ものづくり価値創出支援事業 未来ニーズ探索型F/S研究開発補助金 に提案課題「バイオ×デジタルトランスフォーメーション（BioDX）を加速するデータ解析基盤技術の開発」を採択していただいた。
これで、ついにいわゆる「ウェット」な研究を開始できる。
本当、感謝しかない。
今月(2020年8月)は論文発表等なし。
色々出したからか、査読の依頼はまた来るようになり、まともそうなところだけ受けるように。
だいぶ以前のように戻ってきた感じがする。
しかし、結局今月も、転職後5ヶ月経ったものの、外泊を伴う出張はまだない。
10月の学会はシンポジウムでの発表に選んでもらったが、ハイブリッド開催で多くの人と再会できる感じもなく。
まだまだ元には戻ってはいない。
いつまでこの状況が続くのだろうか。
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第2回東広島100人論文
東広島市産学金官連携推進協議会、広島大学学術・社会連携室によるイベント。
そのウェブサイト による説明は以下の通り。
本イベントは、2015年から京都大学で「あなたの不得意は誰かの得意。そして逆に、あなたの得意は誰かの不得意。」として毎年開催されている学際的研究を創出するイベント「学内良縁プロジェクト 京大100人論文」を、広島大学と東広島市産学金官連携推進協議会の共催で行うものです。研究者（博士課程後期の大学院生含む）や企業の方に、オンラインでの交流の場を提供することを目的としています。
異動してきたばかりの私にはうってつけということで、「研究・事業紹介者として」エントリした。
この1週間でコメントはつかなかったが、いくつかコンタクトがあったり、こちらからしてみたり。
詳しく話を聞くフェーズにまでいった案件もあり。
とても良い交流の機会でした。
関係者の皆様、準備おつかれさまでした。
学内掲示板のみならず、メールによる配信や紙媒体で参加を呼びかけるチラシまで配られていた割には参加者が少なかった。
普段からすでにしていて不要なのか、異分野交流に興味がないのか、日常業務が激務すぎるのか。
今年に関しては、授業準備がオンライン対応で大変になっており、最後の可能性が高い気がするが。
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ゲノム編集のウェビナー参加
広島大学大学院統合生命科学研究科山本先生と佐久間先生によるゲノム編集に関するウェビナー に参加。
羊土社とメルクが主催ということで、2019年12月に出たゲノム編集実験スタンダード の宣伝が前面に出るのかと思っていたが、それだけでもなく。
他の出版された本 からの図や先日出版された「ゲノム編集とはなにか」 の話とかもあったりで。
むしろ、ウェビナーで配信して著作権的に大丈夫なんだろうかと思ったりもしたが。
内容としては、ウェビナーに参加することで大変勉強になった。
これまで本を読んでゲノム編集に関することを勉強してきたが、まだまだ抜けている知識は多数あるなあと。
実際の実験手法に関しては特に。
「六十の手習い」ということばもあるぐらい。
学ぶのに遅すぎることはない(It's never too late to learn)
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東京往還
通院で、約半年ぶりに東京というか関東へ。
前日の仕事終わってから飛んで宿泊という一泊二日のコース。
大手町の某有名チェーンのホテルが4,030円とか、あり得ない値段。
n=1の印象でしかないが、空港からの移動で感じたことは、前の同じ時間帯より人は減った感じだが、それでも思ったよりは人が多い印象。
翌朝も通勤ラッシュが怖かったので、皇居伝いに徒歩で移動するなど。
ラッシュ時間帯を避けて地下鉄も乗ってみたが、まあこれまでと変わらない印象。
でも、東京と地方を移動する人は少ないのか、予約していたフライトはキャンセルになって、2時間後の最終便になるなど。
ただ、そのおかげで急にやってきた書類仕事に余裕を持って対応することができたのは怪我の功名か？
それにしても、元に戻るのはいつごろになるのだろうか。
以前のように自由に出張できるように早くなって欲しい。
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ゆかり®味のり
朝食のご飯のともにいろいろな味付海苔を試してきたが、結果としてやま磯 というローカルな味付海苔メーカーの朝めし海苔に落ち着こうとしている。
そのやま磯が出しているラインナップにゆかり®味のりカップＲ という味のりを見つけた。
商品説明に曰く、
口どけのよい海苔に三島食品の人気商品「ゆかり」を使った調味だれで味付けし、美味しくさわやかな赤しそ風味の味付海苔に仕上げました。
でも、ゆかり® をふりかけたご飯に味付海苔で食べたら同じだろう、そんなふうに思っていた。
一度騙されたと思って、このゆかり®味のりを買って、食べてみたところ…。
味のりにゆかり®が仕込まれてて、また別のうまさが！
とてもうまいので、是非リピートしたいところだが、課題はコストパフォーマンスかな。
もちろん通販でも売っていますが、こちらのスーパーでは1個から売ってますので来られた際にはぜひ探して買っていただいてご賞味ください。
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連敗中
野球の話じゃなくて、自分のこと。
なかなかにむづかしい、研究費獲得。
もちろん現職は卓越大学院の教育が本務なので必須でないといえばそうなのだが。
研究活動を進めるには、それをやれるだけの原資がないことにはどうしようもない。
引き続き、がんばっていこう。
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統合牧場復活に向けて
人材育成の話の流れから、いつもこの話になる。
そう、「統合牧場 (togofarm )」を現職場でやろうという。
しかしながら、現在の「withコロナ」の状況では公にそういう企画には走れない。
統合牧場とは、2007年にライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS) ができた時からやっていた大学院生(Research Assistant: 略してRA)による組織である。
RAさんは、OJT（On-the-Job Training、オン・ザ・ジョブ・トレーニング）方式で、動画でDBやウェブツールを紹介する統合TV のコンテンツ作成や（当時その黎明期だった）NGSデータ解析、生命科学分野の日本語文献やPubMedのfulltextを使ったテキストマイニングなどを行っていた。
詳しくは以下の動画などを。
VIDEO
この動画は、2014年2月24日に開催した第5回統合牧場収穫祭で「統合牧場とは何だったのか?」と題して移転してなくなる直前に統合牧場に関して総括した発表で、その月末にそれまでの東大本郷キャンパスから統合牧場移転 となった。
それから6年経って、大学の教員に転職して、また統合牧場的な活動をやろうとしたら、学生さんにラボに来てもらってというようなことができない状況で。
当初は、統合TV作成に興味のある生命科学系の学生さんを呼び込んで、動画作成などのアルバイトから始めようと思っていたのだが …
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「ゲノム編集とはなにか」出版
講談社ブルーバックスから広島大学大学院統合生命科学研究科 山本卓教授による「ゲノム編集とはなにか」 が本日2020年8月20日に出版。
まだ入手してないので、ゲットしたら加筆の予定。
(2020年8月28日加筆)
読了。全体的にわかりやすくまとまっていた。
DBCLS時代に一部かかわった、CRISPR-Cas9のガイドRNA設計ツールCRISPRdirect についても図5-1で触れられており。
しかしながら、部分的には難しいところもあるんじゃないかと。
ある程度は知っているつもりだった私も、読み流すことができずにじっくり読んで理解しないといけない部分もいくつかあった。
逆にいうと、ゲノム編集に対する知識の補完をすることがことができ、非常に勉強になった。
ゲノム編集技術のCOVID-19に対する応用への期待まで触れて書かれている一般向けの文書って現状ないだろうから、是非読むべき。
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理系のアナタが知っておきたいラボ生活の中身〜バイオ系の歩き方
研究室生活（ラボライフ）を説明するのにいいリファレンスはないかと探したら、やはりあった。
自分のラボに毎年入ってくる学部4年生に読んでもらう文書を書籍化されたのがこの本らしい。
今から8年前の2012年の出版でちょっと古くなってしまっている部分はもちろんあるものの、
「研究室とは」や「研究室生活のマナー」など最低限知っておいて欲しいことが書いてあるので、
研究室にきた学生に一読しておいてもらうにはうってつけの内容。
これでうちに学部学生が入ってきても安心。
問題はその予定が今のところないことだが。
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広島大学オンラインオープンキャンパス2020
Withコロナの状況でのオンラインオープンキャンパスが今週(2020/08/17-23)開催されている。
https://open.campus.hiroshima-u.ac.jp/
からアクセス可能。
ちなみにゲノム編集イノベーションセンターは物理的にはこのマップの外に位置するのだが、マップ中の「理」、つまり理学部 からアクセス可能。
VIDEO
是非ご覧ください。
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データ視覚化のデザイン
データ可視化関係で、データ視覚化のデザイン という新刊があると聞いて、買ってみて読んでいる。
普段可視化する（グラフを作る）時に無意識のうちに心掛けていることが明示的に書かれていて、これから取り組む人にそれを教える時には便利だなと。
当方、デザインセンスがないので、第2章にある色の例とかが参考になる。
そういうわけで、色々役に立ちそうな一冊。
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応用昆虫学の教科書
今年(2020年)に「応用昆虫学」の教科書 が全面改訂されて出版されたということで、それを購入して勉強中。
前回の2016年の国際昆虫学会(International Congress of Entomology 2016)でお世話になった、今年度から摂南大学にうつられた石川先生 が書かれているということもあり。
石川先生は、教科書を著されるような先生にもかかわらず、自らRNA-Seqデータ解析を手掛けられるなど、積極的に新しい技術を習得されようとしていたのを応用動物昆虫学会年会の小集会で教える側として見ており、逆に自分もそうして行かないといけないな、と。
It's never too late to learn.(学ぶのに遅すぎることはない)
もちろん、部分的に調べて知っている部分ももちろんあるのだが、全容を通して学んだことはなく。
知識不足はいろんな局面で痛感していたので、この機会に一通り学ぼう、と。
読み進めると、自分が「木を見て森を見ず」の状態であることを気づかされる。
まとまった教科書の素晴らしさを痛感、ありがたく使わせていただく。
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TransDecoderをDocker上で実行してみたが
Trinityがうまくいったので、その塩基配列をアミノ酸配列に変換するTransDecoderを。
BiocontainersのTransdecoder を使わせてもらう。
#!/bin/sh
docker run --rm -v `pwd`:`pwd` quay.io/biocontainers/transdecoder:5.5.0--pl526_2 TransDecoder.LongOrfs \
-t `pwd`/$1 --output_dir `pwd`/transdecoder_dir
docker run --rm -v `pwd`:`pwd` quay.io/biocontainers/transdecoder:5.5.0--pl526_2 TransDecoder.Predict \
-t `pwd`/$1 --output_dir `pwd`/transdecoder_dir
（Windows環境では …
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TrinityをDocker上で実行する
新しいマシン環境で de novo transcriptome assembly のためにTrinityを動かす必要が出てきた。
Trinityをインストールするには多数のツールを入れる必要がある。
まっさらな環境に一度入れるだけならそれでいいのだが、他のプログラムも入れて使う際に問題が起こる。
つまり、各種プログラムで必要とされるツールのバージョンの違いの問題である。
前にあったのは、HomebrewでインストールしたTrinityではsalmonを必要としているのだが、そのsalmonのバージョンは微妙に古くて、別の目的で使う最新バージョンのsalmonとカチってしまう。
そこで、メモリを多く積んだマシンをせっかく用意したのだし、Docker上で動かそうということで。
Trinityの公式ウェブサイトにはそのやり方が丁寧に書いてあるページ
Run Trinity Using Docker
があってその通りに
#!/bin/sh
docker run --rm -v `pwd`:`pwd` trinityrnaseq/trinityrnaseq Trinity \
--seqType fq \
--left `pwd`/sample1.left.fq.gz,`pwd`/sample2.left.fq.gz \
--right …
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広島で8月6日
実は広島県人クオーターな私は、小さな頃からこの8月6日という日にあったことを学校教育だけでなく、親類にも刷り込まれて生きてきた。
そういうこともあって、毎年8月には意識して過ごしてきたが、ついに広島にきてから初めての広島原爆の日を迎えた。
かといって、前のところみたいにサイレンが8時15分には鳴り響くわけでもなく、静かに黙祷を。
特に何事もなく1日が終わったが、それは今年がCOVID-19で特殊だったからかもしれない。
感染症の猛威が収まり、人が自由に行き交える日常に戻れるよう、祈念したい。
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侵略! 外来いきもの図鑑
今の勤務先になって、以前よりも昆虫をはじめとする生き物に遭遇することが多くなり。
自分は、外来生物に関して知識がないことを痛感していたので、他の注文と同時にtwitterのタイムラインで見かけた侵略! 外来いきもの図鑑 を購入。
副題が「もてあそばれた者たちの逆襲」と穏やかではないが、イラスト満載で楽しめる内容。
夏休みの課題図書として読む予定。
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セミハンドブック
2020年4月からの勤務地は、梅雨の最中からヒグラシが夕方に大合唱。
セミの鳴き声を聴く機会が以前にも増して多くなった気がする。
そこで、少し詳しくなろうということで、Twitterを検索してみたところ、とても詳しい方が学内にいらっしゃることを知って。
しかも生物系の学科の方ではなく、数学系の先生の模様。
その方が出されたセミハンドブック を生協に注文したところ、ちょっと時間がかかったが、セミの最盛期には間に合った。
新書サイズで、それほど分厚くない本であるが、オールカラーで普通にセミの図鑑として楽しめる。
成虫だけでなく、抜け殻までどの種かわかるような「検索表」まで載ってて、素晴らしい。
鳴き声のデータへのQRコードがそれぞれのセミに対してあるなど、素晴らしい研究成果がまとめられている本。
これからのセミ観賞がますます楽しくなりそう。
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2020年7月を振り返って
ひき続き予算獲得のための諸々がメインの毎日だが、共同研究者の来訪が相次いだ7月だった。
ようやく、この7月になって外部資金も一つ獲得できた 。
そして、6月は一本も論文発表がなかったが、7月に入ってからは合計3つの論文を公表した。
FANTOM6国際共同研究論文 （査読あり）https://doi.org/10.1101/gr.254219.119
ハダカデバネズミの老化細胞死論文（プレプリント） https://doi.org/10.1101/2020.07.02.155903
BioHackathon-Europe 2019でのTogoEx活動報告論文 （プレプリント） https://doi.org/10.37044/osf.io/esrc9
また、10月のバイオインフォマティクス講義に向けて、資料作成のためにVScodeにMarp拡張を仕込んだ り、今月届いたThinkPadにWindows Subsystems for …
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遺伝子関連Web情報検索本第2版
医療に役立つ 遺伝子関連Web情報検索 第2版 が出版。
実は、事前にご恵送いただいていた。
より多くの人に遺伝子関連の情報を利用してもらうには裾野を広げる必要があり、そこにフォーカスした本という印象。
超初学者向けにとても良い内容だと思う。
4年前の2016年に初版が出ていた本の第2版で、学会会場でもよく売れていた印象がある本。
前半よりも情報量が増えて、よりインターネット上の遺伝子関連情報を使いこなすガイドとして充実している。
とくに、第6章「遺伝学的検査の報告書と結果の解釈および資格について」は、他書にない本書の特長で、参考になった。
統合TVもp120に「その他の有用なデータベース一覧」に紹介されているが、その存在が描かれているだけ。
この本で紹介している有用なDBのほとんど全てに統合TVの使い方動画があり、それぞれに個別にDOIが付与されている 。
なので、各DBは統合TV動画のDOI付きで紹介していただければ、なお初学者にフレンドリーでよかったのではないかと。
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WSL2 のインストール
先週届いた ThinkPad P15s に、Windows Subsystem for Linux 2 (WSL2)のインストールをついに完了。
実は、届いてすぐにqiitaの記事「WSL2導入｜WinアップデートからWSL2を既定にするまでのスクショ」 を参考にインストールを試みたのだが、Windows 10の「バージョン 2004」がインストールできず。
そのまま、放置していたのだが、今日また新たにWindows updateが来ていたので、もしや、と思い再度チャレンジ。
BIOSの設定で仮想化に関わる部分がオフになっていたようで、そこをオンに切り替える必要があったが、それ以外はほぼ上記の記事にある通り。
最終的にUbuntu 20.04 LTSが利用可能に。
試しに、blastnとうってEnterすると、
Command 'blastn' not found, but can be installed with:
sudo apt …
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iconv
TIBCO Spotfireで出力したデータそのもののテキストファイルはそのままではlessで見るとテキストなのに文字化け。
なのにvimで開くとバッチリ見える。
それはUTF-16になっているからのようで、普通にテキストファイルとして処理するためには、UTF-8に変換する必要がある。
そこで、今回はiconvコマンド を使って変換することにした。
% iconv -f utf16 hoge.txt > fuga.txt
ってな具合に。
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賀茂鶴 純米酒仕込 梅酒
今月(2020年7月)から移動解禁になったところも多く、東広島に来てくれたお客さんを西条酒蔵通り に案内する機会が増加。
狭いエリアに実に7つの酒蔵が「密」に存在していて、十分歩いて回れる。
じっくり見て聞いても半日もあれば回れる感じです。
それらの酒蔵の中でも賀茂鶴さん は、オバマ大統領が来日された際に安倍首相と東京・銀座のすし店「すきやばし次郎」での会食で飲まれた日本酒がそこのだったと、いうことでかつて話題になった酒蔵。
米 オバマ大統領と安倍首相会食の席に、大吟醸特製ゴールド賀茂鶴
また賀茂鶴さんは、見学スペースも広く、駅からも近い。
それゆえに、「仕込み」のブログエントリ にもあるように、定番の立ち寄り場所となっており。
その時に自分も買ってみたのが、この賀茂鶴さんの純米酒仕込 梅酒 。
酒蔵の方に、ロックでどうぞ、と勧められたのでその通りにしてみると…とても美味い。
私にとって、自信を持って東広島に来てくれたお客さんにお勧めできる逸品となりました。
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出汁醤油道楽
kikkomanというとアメリカでは醤油が出て来るほど、醤油はキッコーマンが一番メジャーだというのはもちろん知っているが、日本各地で地域特色を生かした醤油が作られている。
この年度頭(2020年4月)からお世話になっている地域でもその例外でなかった。
こちらでは、江田島市の二反田醤油のだし道楽 が有名らしい。
なんと、駅前に「だし」の自動販売機 が設置されているほど（実は全国各地に設置されている）。
郷に入っては郷に従う、ということで、まずこのシリーズのうち「昆布入り」から入門。
この「昆布入り」は、Amazonには今出てないようだが、メーカーのオンラインショップで売っている 模様。
卵かけご飯や豆腐にかけるほか、自炊の料理にも使ったりして、結局3ヶ月ちょっとで使い切った。
そこで次に、ということになって調べたところ、やはり江田島市の濱口醤油 というところが「いりこの白だし」を出していて、こちらは近所のスーパーでも売っていた。
ということで、今回はこちらにチャレンジ開始！
本当、言葉通り、出汁道楽。
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タワー式電源タップ
7月になって来客が増えて来た。
その度にお客さんから「これは何？」と言われるのが、このタワー式電源タップ。
USBポートの給電も直接できて、アダプタいらず。
左のPowerjcを自分のデスク用に、右の取手付きのそれを会議用長机において使用中。
待機電力を減らすためにスイッチも多く、給電されないと最初は戸惑う方も多いが、なれると便利に使っていただいている模様。
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ROIS-DS-JOINT 2020 採択
ROIS-DS-JOINT 2020 に研究代表者として提案した研究課題「ゲノム編集データ解析のための公共データの統合化ワークフローの開発」が採択 。
情報・システム研究機構 データサイエンス共同利用基盤施設(ROIS-DS) のライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS) で執行するタイプの予算ではあるが、2020年4月に移ってから研究代表者として出したグラントとしては初めて。
教育活動が本務の現在ではあるが、研究助成いただけるわけなので、そちらにも力を入れて頑張っていきたい。
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Marp再び
昨年ぐらいまではこのMarpをmarkdownエディタとして愛用してきた。
しかし、エディタ機能はディスコンということで、Visual Studio Code(VS Code)を使うようになり、現在もVS Codeでこの文章も書いている。
Qiitaで「【VS Code + Marp】Markdownから爆速・自由自在なデザインで、プレゼンスライドを作る」という記事 を見て、ちょうど今からやろうとしていることに役立ちそうと思い、やってみた。
Marpはmarkdownからプレゼン資料を作成する部分に特化したツールになっており、その思想を理解（ようやく）。
その上で、上述の記事を見つつ、まずはMarp for VS CodeプラグインをVS Codeにインストールして使ってみるも、プレビューはされるが、PDFやPPTXには変換できない。
そこで、
Node.js公式サイトからインストール
marp-cliをインストール % npm install --save-dev @marp-team/marp-cli
Google chromeをインストール
変換テスト
% npx @marp-team/marp-cli …
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ゲノム編集とはなにか
講談社ブルーバックスから広島大学大学院統合生命科学研究科 山本卓教授による「ゲノム編集とはなにか」が2020年8月20日に出版される、とAmazonに出ていた ので、取り急ぎここ(ぼうのブログ)に書いておく。
Amazonの書籍説明によると
本書では、ゲノム編集とはどんな技術なのか、既存の遺伝子組換え技術とはどんな違いがあるのかを、まず紐解いていく。本書を読めば、2012年に開発されたクリスパー・キャス9が、なぜノーベル賞を取る技術と考えられているのが理解できるだろう。さらに、応用分野でどのようなことが可能であるのか、あるいは既に技術が開発されているのか、具体例をあげながら解説していく。
とあって、大変楽しみ。
経験上、(amazonでの購入の場合)早く読みたい場合は予約はお早めに。
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重要なのは対面の議論
出張が解禁になって、訪問者が増えてきた。
その人たちとの議論がとても重要だと今更ながらに気がついた。
予定していた議論をリアルにやることの重要さはもちろんのこと、予期していなかった話の展開が起きて思いもよらなかったアイデアが浮かぶことがままあり。
これまで飢えていたのはこの種のインタラクションなんだろうなあと。
失ってみて初めて気づく、そういう事例かと。
先日、自宅用に購入したノートパソコンスタンド が便利すぎて、職場用にも買うなど。
ノートパソコンを高い位置で使うことが可能になり、目線が高く保てるのは体の健康にとって重要なことのようだ。
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2020年6月を振り返って
予算獲得のためにいろいろ考えたり、書き物したりの毎日だった6月。
リモート参加しようと思っていた今月のSPARQLthonであるSPARQLthon93 には顔を出すことができず。
その一方で物流が再開し、Amazonの書籍 もまた在庫があるようなってきた。
新しい職場の生協 でも初めて本を発注し、買ってみるなど。
月末には人間ドックも無事受けることができた。
そして列島移動できるようになって、訪問客が来るようになったのはこの6月の救いの一つだった。
来月7月にはそれがさらに活発になる予定が入っている。前向きに頑張っていかねば。
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ノートパソコンスタンド導入
MacBookProでの作業はもう長い間やっているものの、長時間同じ姿勢を取ってしまいがち。
そこで自然と、体勢を変えたりして体が固まらないようにしてきたものの、出張が激減してずっとそれを続けるのも困難になってきた。
ちょうどそんな時、とあるtwitterフォロワーさんが、自分が使っているノートパソコンスタンドについてtweet してた。
それを見て、ポチッと。
届いて見た感じ、予想よりも重厚で、しっかりした作りになっている。
セットアップしてみると、机での高さが調整できて猫背になっていたのが伸びる感じで、いい。
ずっとその姿勢は多分無理なので、またしばらくしたら高さを変えて。
そんな感じで長めに集中力が維持できるんじゃないかと、期待してます。
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仕込み
県外から初の来客。
そういうわけで、やはり初の街のご案内。
数ヶ月前にも自分が紹介される側で来たのだが、今度は逆の立場。
まだ来て3ヶ月目に入ったばかりではあるが、復活したばかりの賀茂鶴の見学室直売所 へご案内。
復活早々だったからか、開店直後だったせいか、客は我々だけだった。
仕込みの展示を見て、bonohulabは、まさにそのフェーズだなあと。
「見えないところ」でかき回している、そういう段階。
「おいしい酒」を作るために頑張っていきたい。
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2020年5月を振り返って
StayHomeで家に缶詰の大型連休はかなり久しぶりではないだろうか。
その前から在宅続きのため、より長く感じたのは私だけではなかろう。
前半は、初の担当分の大学院講義の準備。
これまでの対面講義と違い、生徒のいない講義 である上に自分で収録ということで、実施もその準備も、結構大変だったことを白状する。
スライドも英語、英語での説明も必要ということで、内容的には少し薄くなってしまったが。
それと並行して、毎日のようにこれまでほとんどやってこなかった系のモノ書きの傍ら、引き続きラボのセットアップも継続。
ディスプレイ(FlexScan EV2785-UNBK )を購入。
USB-Cでのディスプレイ接続でMacBookProの給電もでき、机の上のケーブルが減らせる素晴らしいモデル。
そして、購入作業を進めてきたMacPro も月末に納入され、準備万端となった！
また、今月のSPARQLthon92 はみんな遠隔から参加ということで、一部参戦してAOEのupdateに取り組むなども。
運動不足解消のため始めたプランク30日チャレンジも無事やり遂げ、引き続き腹筋30日チャレンジ中。
Twitterで監視される中、今も続いている。
今月(2020年5月)に出た論文は、Nanoporeによるヒト腸内メタゲノム解析（プレプリント） https://doi.org/10.1101/2020.05.06 …
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