Category: misc

電子媒体の可能性

Written by bonohu in misc on 火 07 4月 2009.

「はじめに線虫ありき―そして、ゲノム研究が始まった」アンドリュー・ブラウン著、長野敬+野村尚子訳p259より

マウスをほんの二回クリックするだけで、何の煩わしさもなしに、一つの遺伝子に関するあらゆる異なる見方の組み合わせが現れて、新しい世界の見方を示してくれる。こういうこと一切を可能にしてくれた生のデータ配列の方は、もっとも見つけにくい階層であり、もっとも何も教えてくれない情報であることは確かだ。

Continue reading »


紙媒体の限界

Written by bonohu in misc on 月 06 4月 2009.

「はじめに線虫ありき―そして、ゲノム研究が始まった」アンドリュー・ブラウン著、長野敬+野村尚子訳p258より

これはAceDBというもので、これとその後継ソフトであるワームベースで、現在の線虫に関するすべての知見を見ることができる。これらのソフトは、科学的知見が教科書に収められるものでなくなって、ウェブ上に移植しなければならなくなった時点をはっきり示している。

Continue reading »


某発射されてもWiiFit

Written by bonohu in misc on 日 05 4月 2009.

週末ということで、ヨガと筋トレのメニューほぼ全部。運動貯金60。ちょっとやりすぎたかも。今朝ももみ返しで難儀したが、明日の朝もなにかあるかも。。

Continue reading »


公衆便所のような公共DB

Written by bonohu in misc on 土 04 4月 2009.

「はじめに線虫ありき―そして、ゲノム研究が始まった」アンドリュー・ブラウン著、長野敬+野村尚子訳p252より

現在ヒトゲノムを研究中のドナ・アルバートソンは、物理マップで参照されたサンプルの約15%は違うラベルを貼られているか見逃されていると言う。九〇年代には誰もが関心を持って配列データを引き出し、いったんデータベースに移されると、もはや物理的基盤について誰も関心を払わなくなったからだ。それでもなお、配列を価値あるものにするのは、物理的マップへのリンクということだけである。

自分のテリトリーじゃないと思ったとたん、もはや綺麗にはしない。自分さえよければ他人がどうなってもいい的。

Continue reading »


温泉インフォマティクス研究会@厚木

Written by bonohu in misc on 土 04 4月 2009.

ほの香にて。入館料が普通のスーパー銭湯的温泉の倍ほどするがその価値はあった。とってもでかい岩盤浴(麦飯石サウナ)。焼いた麦飯石が出てくる仕組みはどうみても焼き場のシステムを流用しているとしか思えないのだが、すばらしい活用例かと。露天風呂も種類が多く、とりわけ炭酸風呂がなかなか。麦飯石サウナには走り回る子供が居ないなあーと思ったら、子供はNGらしい。そういう点も落ち着ける要因だったかも。

Continue reading »


公共投資と商業主義の対立

Written by bonohu in misc on 土 04 4月 2009.

「はじめに線虫ありき―そして、ゲノム研究が始まった」アンドリュー・ブラウン著、長野敬+野村尚子訳 p247より

サルストンが主張したかったのは、ゲノムの全てがわかってこそ初めてゲノム上に何があるのかわかるのに、どんな機能があるのかわからないから「ジャンク」DNAには何も機能がないと推定するのは思い上がりでしかないということだった。

Continue reading »



配置換え

Written by bonohu in misc on 金 03 4月 2009.

hono学兄の多大なるご協力により、珈琲サーバーやポットが載っていたテーブルをより機能するように。これでちょっとした議論が3-5人でできるスペースができた。4月採用だった2人のRAさんも「持ち場」らしきところに着けた感じで、それによる内部の人間へのフィードバックにも目を見張るものが。いいカンジにキノウし出した。

来週の某ミーティングはここでやってもいい気がするが、まあエラい先生だし会議室にしておくか。

Continue reading »


「機能する」アノテーション

Written by bonohu in misc on 木 02 4月 2009.

「はじめに線虫ありき―そして、ゲノム研究が始まった」アンドリュー・ブラウン著、長野敬+野村尚子訳 p239より

とはいえ、正真正銘の科学者たちが仕事をチェックしなければならない。全てが有効データとなる最終的な補正を行うのは、彼らでなければできない。だから機械が正しく解釈しているかどうかを確認するには、科学者が生データにアクセスできる必要があった。

Continue reading »


科学におけるオープンイノベーション

Written by bonohu in misc on 木 02 4月 2009.

「はじめに線虫ありき―そして、ゲノム研究が始まった」アンドリュー・ブラウン著、長野敬+野村尚子訳 p206より

八〇年代中頃までにソフトウェアがいったんできると、マップ計画はその分野の誰にも明らかに有用なものになり始めた。マップ計画が当初から開かれていて協力的だったことがこの成功の重要な部分をなしていた。科学における協力とは、競争を完全に排除する企てというよりも、むしろより効果的な競争の手段だったのだ。

Continue reading »




言語とゲノム

Written by bonohu in misc on 水 01 4月 2009.

「はじめに線虫ありき―そして、ゲノム研究が始まった」アンドリュー・ブラウン著、長野敬+野村尚子訳 p191より

初期の研究プロジェクトでは線虫遺伝学者は全員が、線虫のDNAを個々の遺伝子すなわち機能単位に分けるのに突然変異を利用していた。いわば言語を理解するのに、文章を個々の単語に分けて、異なる文脈の中で単語が現れてくるのを見ることで、文中での単語の意味を発見しようとするのに近いとも言えるだろう。

Continue reading »




ヴェンターが好んだ方法

Written by bonohu in misc on 火 31 3月 2009.

「はじめに線虫ありき―そして、ゲノム研究が始まった」アンドリュー・ブラウン著、長野敬+野村尚子訳 p250より

それでも彼らは一九八六年にケンブリッジで一年過ごした小原雄治に、既に配列決定されている一連の遺伝子をいくつか同定する方法としてcDNAに取り組むように勧めた。これもまた膨大な仕事量だったが、小原はほぼ七万のESTを調べ、七千五百近くの遺伝子を発見した。

Continue reading »



出張明けのWiiFit

Written by bonohu in misc on 月 30 3月 2009.

一人温泉インフォマティクス研究会のおかげもあって、出張前並みにとりあえず戻る。

運動貯金21。腹筋とインナーマッスル系は欠かさず。

Continue reading »


スタートラインを前に置く

Written by bonohu in misc on 月 30 3月 2009.

「はじめに線虫ありき―そして、ゲノム研究が始まった」アンドリュー・ブラウン著、長野敬+野村尚子訳 p241より

「それに独力で遺伝子を手に入れなければならなかったら、皆争って得ようとするだろう。違う方向からこぞってその遺伝子に向かって、結局は同じ遺伝子の配列決定しようということになってしまう。でもその遺伝子を彼らに渡してしまえば、結局多かれ少なかれその遺伝子について様々に違う方向性を追求することになった。それがボトルネックだった。わかるでしょう。配列が手に入りさえすれば、みんな自分のやり方で自分の夢を追求できた」。

Continue reading »


サルストン曰く

Written by bonohu in misc on 土 28 3月 2009.

「はじめに線虫ありき―そして、ゲノム研究が始まった」アンドリュー・ブラウン著、長野敬+野村尚子訳 p233より

> > 「上司と部下がいることを正当化できる唯一の道は、部下ができること全部、あるいはそれ以上のことを上司ができるかどうかということだ」

Continue reading »


農ゲイ化学会年会3日目

Written by bonohu in misc on 土 28 3月 2009.

ランチョンセミナー当日の昨日よりも来客はぐっと少ない。予定よりも一時間も早く店じまいに。

振り返って思うに、ブースで短焦点プロジェクターが大活躍したと思う。stillなパネルよりも表現力が格段に高い。とくに動画が見せられる点や、(光で映し出すのだから当然なのだが)画面が明るいという点も大きなadvantage。もう一台ぐらいは置いて客寄せ用の別のコンテンツをendlessで流し続けるようにすべき。それ用の「統合CM」も。さっそく作成検討を開始。いろんなサービスを5-15秒ぐらいで紹介して行って興味のあったサービスを訊き出して、その参考詳細資料をお持ち帰りいただくみたいな流れがいいのかな.もちろん、どかっとワンセット渡すことも一通り資料が欲しい企業の研究員の方等向けに重要であることには違いないが。

Continue reading »


ウォーターストン曰く

Written by bonohu in misc on 土 28 3月 2009.

「はじめに線虫ありき―そして、ゲノム研究が始まった」アンドリュー・ブラウン著、長野敬+野村尚子訳 p240より

「われわれが情報を出せば出すほど、問題は少なくなった。(反対に)情報を限定すればするほど、われわれと交渉せねばと思ったり、特別にアクセスできるかとか、人より先にスタートを切れるだろうかなどと算段する人が増えてしまう。情報をただ出ししてしまえば、万人が同じ基盤を得て、情報について自由に語れる。全情報がそこにあるのだから」。

Continue reading »



「比較」ゲノミクス

Written by bonohu in misc on 金 27 3月 2009.

ゲノミクス

ゲノミクス

「ゲノミクス」Lesk著 坊農秀雅 監訳 三枝小夜子 訳 p298 より

> > ハエと哺乳類を比較することで、異なる生物種のそれぞれの複雑さの中で見落とされがちな、共通の基本的な特徴が見えて来る可能性がある。 > > > >

Continue reading »





祝!出版

Written by bonohu in misc on 木 26 3月 2009.

ちなみに、単著ではなく、翻訳。そのうち修正されるとは思うが…。

ゲノミクス

ゲノミクス

上のリンクから辿れるamazonではもう予約できるが、来週ぐらいから書店に並ぶのではないか、と出版社の人談。練習問題が豊富で、大学院生の授業なんかにいいんじゃないかと。ええ、自画自賛です(w

Continue reading »



全てがハードワーク

Written by bonohu in misc on 水 25 3月 2009.

「はじめに線虫ありき―そして、ゲノム研究が始まった」アンドリュー・ブラウン著、長野敬+野村尚子訳 p184より

「科学はますます当たり前のものになってきた。つまり味気ないものになった。オーケー、さあこれが遺伝子。行ってシークェンスしなさい。で、シークェンスしたら今度はどの細胞で遺伝子が活性になっているか、どこにRNAがあるか調べなさい…面白くもおかしくもない。(中略)私は本当に面白い科学上の疑問を問いかけることができたし、次の日に答えが得られた。それが今では労働者チーム一つで四年間研究して、やっと何かが得られるご時世だ。」

Continue reading »