ブースアテンダー

Written by bonohu in misc on 火 13 12月 2011.

として。これまでとは違う陣容で。うちは統合DBの研究開発をやっていますと説明しても、NBDCとDBCLSは何が違うんですか、一つでいいんじゃないですか的な質問には苦しい応答。早く一つにまとめてスッキリ説明したいものですね。そのためにはどうしたらいいか?「世論」を高めていくぐらいしか自分にはできないかな。もっとユーザー側が声を上げて頂きたく。ソの手段として、今はtwitterもあるし(ハッシュタグは #DBCLS で)、LSQAもあるし、それもイヤならこちらからどぞ。そうじゃないととくに必要じゃないと判断されて無くなるかもよ、そのうちに。

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'119'

Written by bonohu in misc on 日 11 12月 2011.

血が止まらず…自分でこの番号をかけたのは多分初めて。大事に至らなくてよかったが。

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HJA-307IT

Written by bonohu in misc on 火 06 12月 2011.

歩数計が活動量計に。ログ管理が専用アプリからウェブブラウザ経由でクラウド上に。ますますログを取るのが簡単な世の中に。データ解析だけに集中できるように。

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統合TV論文

Written by bonohu in misc on 金 29 7月 2011.

ついに出た。

> > Tutorial videos of bioinformatics resources: online distribution trial in Japan named TogoTV > > > > Shin Kawano; Hiromasa Ono; Toshihisa Takagi; Hidemasa Bono > > > > Briefings in Bioinformatics 2011; doi: 10.1093/bib/bbr039 > > > >

オープンアクセス論文なので誰でもどこからでも要旨だけでなく全文読めます。たとえ論文にならなくても、いいものはいいと評価されるような世の中になることを目指して。さらに頑張らねば!

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K大K研究所K研究室

Written by bonohu in misc on 火 26 7月 2011.

7月の出張シリーズの最後。共同研究打ち合わせにかつて5年間在籍したところへ。おそらく5,6年ぶり。研究所の入り口も、研究室の場所も、いろいろ変わってしまっていて全く懐かしくない。

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秘境へ

Written by bonohu in misc on 水 20 7月 2011.

7月の出張シリーズも中盤。かつて4年間ちょい在籍したところへ。4年前に辞してから一度もセミナーなどしたこともなかったので、セミナーを。聞きに来てくれた人はかつて居た研究室の人とPIのみという感じ。話した内容を一番必要としているはずの若い研究者が居ないのか、はたまた質問をする元気がないのか…解釈に困るところ。

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831lab(再)

Written by bonohu in misc on 水 06 7月 2011.

去年の今日に開店した丸ビルのこの店の一周年ということで、ローストビーフを290円でいただく。考えてみると一年で4,5回しか来なかったなあ。海外出張時にはほぼデフォルトの食事となるBLTも、ここ日本は東京だとぐっとpriorityは下がるようで。グルメにとって東京は素晴らしい街であることを再認識。

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「特務機関」

Written by bonohu in misc on 火 05 7月 2011.

エヴァンゲリヲン的な流れでこれまでのプレゼンで使ってきたこの言葉、不穏当であるというご指摘をいただく。今後、気をつけねば。

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第二回神経情報基盤ワークショップ@大阪

Written by bonohu in misc on 火 21 6月 2011.

「情報基盤」ということで関係あるかもしれないということで参加しましたが、データベースとして共有するというフェーズまで道のりは長いようです。この種の議論に若者研究者がほとんど全く入っていないことに危機感を持ったということだけ外様の意見として書き記しておきたく。

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統合DBキックオフミーティング

Written by bonohu in misc on 金 10 6月 2011.

それぞれの課題をお互いに知るといったところ。「実務者連絡会」を別にするとのことなので、またそちらにて。「研究開発成果は積極的に外部発表してください」とのことだが、謝辞をきっちりいれるということはもちろんだが、論文の所属(Affiliation)にまでソコを加えるのには抵抗があるなあ。まあ、これまでの他の研究課題からの踏襲なんやろけど。後半の統合化推進プログラムのほうでは、綺麗にしたデータをデータベースにするという思想的背景が見え隠れする中、「大量データ」のオーダーの温度差を感じる一方、「金のかからない」システムを目指している部分で思わぬ共通点を見出したり、「データロンダリング」という言葉を思いついてしまったり。今後の実務者交流の機会が早く来ることを期待しています。

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RefExからGGRNAへ

Written by bonohu in misc on 木 09 6月 2011.

リンクする簡単なお仕事。それに絡んでいくつかの点の改善をお願いしたり。これで相互リンクがなされ、行ったり来たりができるように。そして、いくつかの現実のデータにおける問題点が浮き彫りになったり。それを一つづつ対処して次なるキラーサービスとして打ち出していきたい今日この頃。でも、こういうのを維持していくことの方が新たなサービスを立ち上げるよりも重要だしはるかに大変なことなのだが、なかなか理解されていないような。

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粛々と

Written by bonohu in misc on 月 06 6月 2011.

単純にやれることだけを進めるだけじゃねぇ。それと、モノを売るわけじゃないけど、市場調査はきっちりしてから事を進めるべきかと。

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第二回製薬協フォーラム

Written by bonohu in misc on 金 03 6月 2011.

@職場。基盤技術開発プログラムの研究総括(PO:Project Organizer)が製薬系の方ということもあり、それに採択されたDBCLSの研究者と製薬協関係の数社の実務者の方々との交流会を仕切らせていただく。製薬企業側の方からは積極的な意見がいろいろと出たものの、逆側は受け身な姿勢しか現段階では感じ取れなかったのは残念。もちろん、この会の趣旨や背景がよく理解されていなかったということもあるだろうけど。今後に期待。

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ライフサイエンス分野の統合データベースの活用法とその演習(その弐)

Written by bonohu in misc on 月 30 5月 2011.

ということで、明治薬科大学にて「ライフサイエンス分野の統合データベースの活用事例の演習」ということで、遺伝子発現データベースの活用法をやらせていただきました。80分の講義時間ではちょっと苦しい部分もありましたが、実際にパソコンを自分で触りながらの講習はいい機会になったそうです。

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東京女子医科大学遺伝医学研究会講演会

Written by bonohu in misc on 金 27 5月 2011.

都営大江戸線の若松河田駅が最寄りの東京女子医科大学にて話す機会を頂き。結果として、これまでの統合DBプロジェクト終了後初めての外部講演で、今年度バージョン初のお披露目。こんな感じ。

統合データベースプロジェクト: オープンで知のめぐりの良い医学生物学を目指して [slideshare id=8157014&w;=425&h;=355&fb;=0&mw;=0&mh;=0≻=no]

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Slideshareのembedボタンから生成されるHTMLを貼り付けてみたけど、うまくいっているようだ!

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ライフサイエンス分野の統合データベースの活用法とその演習(その壱)

Written by bonohu in misc on 月 23 5月 2011.

ということで、明治薬科大学にてライフサイエンス分野の統合データベースの活用法(実演を交えた講義)をやらせていただきました。大学院講義の一部ということでしたが、それ以外にも参加してくれた人も多くいたようで、結果として約70人ほど、なかなかの入りでした。

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第10回Spotfireユーザー会 ワークショップ

Written by bonohu in misc on 月 09 5月 2011.

Spotfireはデータの統計解析と可視化のためのソフトウェアです。この会の会長を務めていることもあり、2011年7月1日に大阪、8日に東京にて話しします。

> > Title: Visualization and sharing of DNA sequence data from next generation sequencing(NGS) technology by TIBCO Spotfire Web Player(TIBCO Spotfire Web Playerを利用した次世代シーケンサーによる大規模ゲノム配列データの可視化と共有化) > > > > 要旨(アブストラクト):近年、ライフサイエンス分野のデータが公共データベースとして誰にでも利用可能となっているものの、それらを解釈して医学生物学的に有意な知見を得ることが困難になってきている。特に新型DNAシーケンサーの開発によってDNA塩基配列解読が超高速になり、個人のゲノム配列が低コストで解読可能となりつつある。一方、新型DNAシーケンサーから得られた配列データを納めるデータベースSRA(Sequence Read Archive)に関しては2011年2月にNCBIが1年以内に撤退することを告知するなどその先行きは不透明な情勢であるが、実際にSRAからメタデータに対して検索してDNA配列データを取得し、TIBCO Spotfire Web Playerを使って可視化、そして共有化する実例を紹介する。 > > > >

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