Mishima.syk 13th
Written by Hidemasa Bono in misc on 日 10 2月 2019.
Mishima.syk#13
8ヶ月ぶりに開催されたMishima.sykは今回13回目。 もうすぐ、三島に来て丸5年ということは、この勉強会も約6年やっているということになる。
今回は、知り合いの研究者が関東から遠征してき …
8ヶ月ぶりに開催されたMishima.sykは今回13回目。 もうすぐ、三島に来て丸5年ということは、この勉強会も約6年やっているということになる。
今回は、知り合いの研究者が関東から遠征してき …
本日(2019年2月9日)、「生命科学データ解析を支える情報技術」(以下、IT4BDA)発売。 調べてみたら …
論文を出すことを日常的にしている研究者にとって非常に関わりが深いことなのに、ほとんど知られてないの …
Kidle版も2019年2月6日に予約発売開始になっていた。PDF版はこれまでも経験あるが、自分の著書がKindle化されたのは実は初めて。うれしい。
出張で受け取れていなかった実物も手 …
そういうわけで、今週末(2/9)に発売予定の「生命科学データ解析を支え …
立春の今日(2/4)、今週末土曜日(2/9)に発売予定の「生命科学デー …
以前書いたブログエントリなどを現状に合わせて見直して再掲載シリーズ。
HISAT2でreference genomeにmappingして、genomeに対するアラインメントを得る場合。
HISAT2のウェブサイトにすでにindexずみのそれがある場合はしなくていいが、まずはindex作成。
hisat2-build
コマンドにて …
かつてCIBEXという遺伝子発現データベースがあった。 日本での遺伝子発現データベースということで、自分が …
以前書いたブログエントリを現状に合わせて見直して再掲載シリーズ。 リンク先にあるスクリプトがちゃんと動 …
以前書いたブログエントリを現状に合わせて見直して再掲載シリーズ、blastdbcmd版。
新規なモデル生物では、ゲノム配列が公 …
以前書いたブログエントリを現状に合わせて見直して再掲載シリーズ、BLAT版。
BLATはThe BLAST Like Alignment Toolというツールで …
前にも触れた遺伝子発現データのアーカイブ、Genomic Expression Archive (GEA)であるが、公開データも出てきている。
それらのデータはEBIの …
需要あるので、以前書いたブログエントリを現状に合わせて見直して再掲載。
BioHackathon2015で参加者たちがそれぞれに持って …
来月2019年2月9日に発売予定の「生命科学データ解析を支える情報技術」(以下、IT4BDA)、2019年1月22日にamazonにも表紙と …
DDBJがメンテナンスから戻ってきた。 メンテナンスの前に投げてあった遺伝子発現データのアーカイブ、Genomic Expression Archive (GEA)から正式に …
来月2019年2月9日に発売予定の「生命科学データ解析を支える情報技術」(以下、IT4BDA)、ぼうのブログで …
新しく買ったMacMini2018にサーバー移行作業。
基本、
にして手元のマシンから。 ブログ …
昨年(2018年)の冬休みは、ゲノム第4版の翻訳が冬休みの宿題で、
昨日のエントリで紹介した本「なぜ科学はストーリーを必要としているのか」のp266には、馴染みの深い論文誌PLOS ONEに関 …
2018/11/10-11/14に参加したアメリカ昆虫学会の年会。 そのkeynote speech speaker、Randy Olsonさんの著作、やっと完読。
研究者 …
あけましておめでとうございます。本年もよろしくお願いします。 年頭恒例にしているその年の計。「2019年、かくありたい …
年頭に書いた「2018年、かくありたい」に沿って、2018年の活動を振り返ってみたい。
引き続き、ずっと取り組んでいるメインの仕事、公共DBの全レコードを対象としたデータ解析研究に力を注ぎ、懸案の仕事を論文 …
予約販売開始は年越しと思われた「生命科学データ解析を支える情報 …
三島勤務になって以来、ここ5年数えて来た「仕事で外泊」した日数。2018年の日数が確定。
その結果、2018年は83泊で昨年より6泊増えて、さらに悪化。
年 | 泊数 |
---|---|
2017 | 77 |
2016 | 77 |
2015 | 65 … |
農研機構に2018年10月にできたばかりの農業情報研究センターを訪問。 内閣府や内閣総理大臣官邸が …
関西学院大学の藤博幸先生編集による「よくわかるバイオインフォマテ …
早いもので、忘年会が行われれる、もうそんな季節に。 隣のセンターの長の交代や統合牧場第三のチルドレンの加入 …
午前は今回やったことをdocumentathon。
個人的にはAOE関係でやろうと思っていたことが他のプロジェクトとの兼ね合いで進めれなかったものの、CWLで書くことを教わるということで別の形で自分のプロジェクトを進めることができた。 また、oec014さんが主に進めてくれたCellFishing.jlの件も、これまでスタックしていた案件が今後につながる形で再 …
この5日間でやり散らしたことをwrap-up。 結果として、AOEのCommon Workflow Language化がメインとなった今回。
AOEのCWL化に取り組む(CWLizationと呼んでる)。 CommandLineToolを2つ組み合わせて、1つのWorkFlowとした単純なものから。
色々なトラップがあったものの、プロフェッショナルの多大なる助言をいただいて、動くようになった。 GitHubにアップロードしてあるので、自動的に可 …
ようやく、Common Workflow Language(CWL)でAOEのindex作成ワークフローを書いてみる。 ネットワークづたいにデータを取ってくるからか、cwlファイルはvalidであっても、コケる。
発現類似性検索プロジェク …
Common Workflow Language(CWL)でAOEのindex作成ワークフローを書き直したいとふと思って、取り組む。
cwltoolが入らず。typing
が入らないというエラーだったため、一度消去した上でpipで入れ直したり。
テストコードは …
会場は引き続き、松江のホテル、バイオハッカソン開始。 AOE周りのやるべき項目をまず、リストアップ。 SRAのRNA-seq取り込み周りは、他との兼ね合いで後回しに。
そこで、CellFishingを …
今年は松江で開催のBiohackthon。 しかし電車が人身事後で3時間ほど遅延して、大遅刻。 YouTube Live発信でネット参加しつつ、午後からシンポジウム会場へ。 自分の …
ふとしたキッカケから、「がん免疫療法の誕生 科学者25人の物語」を献本いただいた。
この本を翻訳 …
統合TV本こと、「生命科学データベース・ウェブツール 図解と動画で使い方がわかる!研究がはかどる定番18選」が正式に …
今年も日本分子生物学会年会(分生)が終わった。
例年通り、NBDC/DBCLSはブース出展、今年も日本で生命科学分野のDBをやっている関係各所が一堂に会するBioDBコーナーの一部で展示会 …
本日11月30日(金)で、最終日の3日目。
昨日はオーガナイズしたワークショップ、2PW1-15 いかにして公共データベースを生命科学研 …
本日11月29日(木)、2日目。
今年も日本で生命科学分野のDBをやっている関係各所が一堂に会するBioDBコーナーを展示会/ポスター会場の一角にてやっており、NBDC/DBCLSもブース出展しております。 提供している …
本日2018年11月28日より、今年の日本分子生物学会年会(分生)。 そして、自らの執筆し、監修した本「生命科学データベース・ウェブツー …
いよいよ今年の日本分子生物学会年会(分生)が明日2018年11月28日から。
例年通り、NBDC/DBCLSはブース出展、今年も日本で生命科学分野のDBをやっている関係各所が一堂に会するBioDBコーナーの一部で …
統合TV本こと、「生命科学データベース・ウェブツール 図解と動画で使い方がわかる!研究がはかどる定番18選」に関し …
Amazonのレコードによると「生命科学データベース・ウェブツール 図解と動画で使い方がわかる!研究がはかどる定番18選 …
先日、Amazonに出てしまった 「生命科学データベース・ウェブツール 図解と動画で使い方がわかる!研究がはかどる定番18選」だが、本日 …
最終日の11/14には、あったPrenary lectureはRyan Churchさんという方で、またもやハリウッド関係という。どんだ …
「生命科学データベース・ウェブツール 図解と動画で使い方がわかる!研究がはかどる定番18選」。Amazonに出てしまったので、取り急ぎ …