BioHackathon2018 hackathon day6

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 15 12月 2018.

Biohack18 6日目

午前は今回やったことをdocumentathon。

個人的にはAOE関係でやろうと思っていたことが他のプロジェクトとの兼ね合いで進めれなかったものの、CWLで書くことを教わるということで別の形で自分のプロジェクトを進めることができた。 また、oec014さんが主に進めてくれたCellFishing.jlの件も、これまでスタックしていた案件が今後につながる形で再 …

Continue reading »




BioHackathon2018 hackathon day3

Written by Hidemasa Bono in misc on 水 12 12月 2018.

Biohack18 3日目

ようやく、Common Workflow Language(CWL)でAOEのindex作成ワークフローを書いてみる。 ネットワークづたいにデータを取ってくるからか、cwlファイルはvalidであっても、コケる。

発現類似性検索プロジェク …

Continue reading »


BioHackathon2018 hackathon day2

Written by Hidemasa Bono in misc on 火 11 12月 2018.

Biohack18 2日目

Common Workflow Language(CWL)でAOEのindex作成ワークフローを書き直したいとふと思って、取り組む。 cwltoolが入らず。typingが入らないというエラーだったため、一度消去した上でpipで入れ直したり。 テストコードは …

Continue reading »





















16th cancer hypoxia

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 10 11月 2018.

16th cancer hypoxia

がんとハイポキシア研究会に今年も参加。 今回の会場は前回と打って変わって、JR京葉線海浜幕張駅前のアウトレットの真ん前のホテル。 今回は合宿形式ではなかっ …

Continue reading »


3rd RDF tutorial

Written by Hidemasa Bono in misc on 木 01 11月 2018.

第3回RDF講習会

第3回RDF講習会が2018年11月1日に開催。 一昨年昨年に続き、今年も市ヶ谷のJSTにて。 今年も参加して復習。 二週間前に申し込みサイトがオープンになった …

Continue reading »


drbonobon 1year and 1month

Written by Hidemasa Bono in drbonobon on 日 28 10月 2018.

Bono本出版1年と1ヶ月

明日(2018/10/29)で出版から1年と1ヶ月。 去年の今頃の時点では、まだ2刷を、という話はなかったようだが。 1年経ってみると3刷まで出ているなど、先月末に判明した2018年5月までで1刷りの分を上回る冊数が売れた模様。

ただ …

Continue reading »










Trami

Written by Hidemasa Bono in misc on 火 02 10月 2018.

ぼうのブログ復電

ぼうのブログをホストしているマシンが41時間ぶりに通電して復活。 台風による停電はおそらく初めて。 これまでは瞬電が …

Continue reading »


September2018

Written by Hidemasa Bono in misc on 日 30 9月 2018.

2018年9月を振り返って

9月は出張が多かった。 まず月初めから8月末からの熊本出張があり、その翌週には蓼科での若手支援技術講習会、広島でのゲノム編集特化型講習会、獣医学会のシ …

Continue reading »




ROIS Tachikawa

Written by Hidemasa Bono in misc on 火 18 9月 2018.

ROIS立川

研修で初めてROIS立川へ。 国立極地研究所と統計数理研究所が都内から移転してきて、現在ここに。

多摩都市モノレールも初 …

Continue reading »


What is BioRxiv

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 15 9月 2018.

BioRxivとは何か

BioRxivにアップした論文をポスター発表していたら意外な質問が。

「このBioRxivって何ですか?」

そもそも読み方からして知られていない。「バ …

Continue reading »






drbonobon 3rd print

Written by Hidemasa Bono in drbonobon on 月 13 8月 2018.

Dr.Bonoの生命科学データ解析第3刷

早いもので来月(2018年9月)末で、Dr.Bonoの生命科学データ解析(Bono本)上梓から丸1年となる。 それを待たずして2018年8月に第3刷と相成った。 typoのほとんどは第2刷の時点で訂正されており、3刷においては2刷の後に見つかったtypoと以下の二点が追加されている。

  • EnsemblとEnsemblGenomesは別物だという追記(p46)
  • ArrayExpressがGEOデータの取り込みを止めた件に関する追記(p52)

Alignment-freeなRNAseqデータ解析に関しても追記した方がよかったかもしれないが、これは次回(or第2版)があれば検討し …

Continue reading »


ROIS DS JOINT INSECT 2nd

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 10 8月 2018.

昆虫のゲノムデータベースとそれを活用したデータ解析2

ROIS-DS-JOINT共同研究集会として去年度より始めた「昆虫のゲノムデータベースとそれを活用したデータ …

Continue reading »



July2018

Written by Hidemasa Bono in misc on 火 31 7月 2018.

2018年7月を振り返って

出張が少なかった6月と打って変わって、7月は5月と同じ宿泊回数10日。 国内版バイオハッカソン@徳島がその半分以上の6泊。結果として、AOE関係の仕事はとても進んだのでよかったのだが。

あと、統合データベース講 …

Continue reading »