「GEO目次による低酸素刺激前後のトランスクリプトームの種横断的解析」

Written by bonohu in misc on 土 21 7月 2012.

トーゴーの日シンポジウムにてポスター発表。個人的な研究テーマとしてやってきた低酸素刺激による比較トランスクリプトーム解析に、統合DBで開発維持管理してきたツールを活用してみたという応用事例を紹介します。

> > 遺伝子発現バンク(NCBI GEO)の開始以来、論文出版の条件としてDNAマイクロアレイの生データをGEOなどの遺伝子発現バンクへの登録を義務付けるという各論文誌のデータ共有に向けた協力体制もあり、2012年半ばの現在約10年ほどで4万近くのデータセットが登録されている。 > > > > DBCLSでは統合データベースプロジェクトの開始以来、GEOに登録されているデータを測定技術と材料の属性に基づいて整理するウェブツール「GEO目次」を開発し、維持してきた([http://lifesciencedb.jp/geo/](http://lifesciencedb.jp/geo/))。その結果、特定の生物種や発現解析プラットフォーム、キーワードで遺伝子発現データを検索可能なだけでなく、生物学的な興味に基づいて種横断的にデータが俯瞰できるようになってきている。 > > > > GEO目次を利用して、多くの生物種でデータが測定されている低酸素刺激前後でのトランスクリプトームを抽出し、種横断的に比較解析を行っている。 > > > > 本発表では、GEO目次のRSS機能を活用することで新規に登録されるデータを監視し続けるなど、その解析手法に力点を置いてデータベース統合化によって可能となった研究の事例を紹介する。 > > > >

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共同研究打ち合わせ

Written by bonohu in misc on 月 09 7月 2012.

解き明かしたい現象が共有できる研究テーマであれば、「解析請け負い」とか言われることはない。自分がやりたいこと、そのものだから。

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「新型シーケンサーから得られる大規模DNA配列データを解釈し活用する:統合データベースからのアプローチ」

Written by bonohu in misc on 金 06 7月 2012.

Ingenuity Pathways Analysis ユーザーミーティングにて2日目の2012/08/03に標記のお題で。本務でやっている新型シーケンサーから出てくるデータを利用する術を話します。

> > ここ数年、新型DNAシーケンサー(NGS: New (or Next) Generation Sequencer)が次々と発表され、その利用が広がってきている。一度に塩基配列数にしてヒトゲノム1~10人分といった、これまでにないオーダーのデータが産生される一方、それらを解釈し活用するツールの開発はお世辞にも追いついているとは言えない状況にあり、シーケンスされるデータ量に比してそのアウトプットは「便秘気味」なのが現状ではないだろうか。海外では研究費の制約上、論文発表の有無にかかわらずシーケンスしたデータは基本的にはすべてNGS向け塩基配列データの公共データベースであるSRA(Sequence Read Archive)に登録されているのであるが、似たデータがたくさんあったり、必要な情報に表記揺れがあったり、記載されている場所がデータによってまちまちだったり、オリジナルのサイトから興味あるデータを探すのは大変な作業となっている。 > > > > そのような状況下、ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS: Database Center for Life Science)では、JSTのバイオサイエンスデータベースセンター(NBDC: National Bioscience Database Center)の研究開発プログラム …

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内藤コンファレンス

Written by bonohu in misc on 金 29 6月 2012.

酸素生物学というテーマでガッツリ勉強させてもらった。とくに酸化ストレス方面はいろいろと。本業絡みのところでは、コンピュータ解析を実験道具として使う意識の普及、とくにバイオにアクセントのあるBIOinformaticsが必要とされている感、ひしひしと。比較ゲノムが大事だということを共有できる同志もいて大変楽しかった。研究分野での竜宮城体験をしてきたような、素晴らしい四日間でした。

その一方で、バイオインフォマティクスが出来る人材の教育の話になった時に、そのスキルをオールラウンドに持った人がいかに育ちにくいかと認識されていなかったようでビックリした。すべての種類のウェットの実験が得意な人がいないのと同じなんですよ。たとえると、「バイオインフォマティクス」がやりたいというのは、「球技」がやりたいと言っているようなもんなんだよ。サッカーか野球かバレーボールかを決めておくれ、まずは。

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BioMed Central Editors’ Summit 2012

Written by bonohu in misc on 日 17 6月 2012.

東京ドームホテルにて。BMC GenomicsのAssociate Editorをしている関係上、参加させていただく。研究成果をオープンアクセスにしていくことは「知のめぐり」をよくしていく上で非常に重要であり、どういう業態(営利・非営利)であれ、それを支援してきたい気持ちも大きいので、いろいろ思っていたことをBMC上層部に伝えてきた(英語が拙いので伝わっていないという危険性もあるが…)。

その場で聞いたどの論文誌が適切かを判定してくれるツールについては後日調べたらフリーでアクセスできるものだったので、ここにURLを貼っとく。

screenshot

日本人は論文を出していくことをもっと積極的にやらないとね、自戒を込めて。

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「バイオインフォマティクス:データベース統合化によるアプローチ」

Written by bonohu in misc on 金 08 6月 2012.

というタイトルで、日本人類遺伝学会第57回大会の教育講演で話す抄録(以下)。英語のタイトルも登録時に必要だったので'Bioinformatics: an integrated database approach'とした。

> > DNAマイクロアレイや新型シーケンサーに代表される大規模解析は、かつては大型プロジェクトに限定されていたが、コストダウンやコモディティの整備がすすみ、一般のウェット系研究室でも実行可能となっている。また我が国ではまだ不十分であるが、今後、解析情報の共有と公開原則の意識が浸透すれば、インターネット上に公開データの蓄積がすすみ、それを活用することにより、解析コストをかけずに大規模データを研究に資することができるようになると考えられる。しかしこうした実験のデータ量は膨大であり、そのデータハンドリングは実験生物学者には困難であることが現状の問題である。 > > > > また、論文発表によって公開されたデータがデータベース(以下、DBと略す)として登録されているとはいうものの、どういったものが今利用可能でどう使ったらいいのかよくわからない状態となっている。この状況下で、文部科学省による「統合データベースプロジェクト」が平成18年度から5年間の年限プロジェクトとして立ち上げられ、その中核機関であったライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS:Database Center for Life Science)が中心になって医学生物学研究を支えるDBインフラを整備してきた。平成23年度には科学技術振興機構(JST)にバイオサイエンスデータベースセンター(NBDC)が設置され、現在ではDDBJ(DNA Data Bank of Japan)とも協調してDB統合化が進められている …

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「知のめぐりの良い生命科学研究者の10の心得」

Written by bonohu in misc on 土 02 6月 2012.

というタイトルで、第52回生命科学夏の学校にて話す抄録(以下)。若手へのメッセージも合わせて。

> > 各種情報は「ネット検索」によって10秒もかからないうちに簡単に得られるようになり、生命科学研究者の身の回りでも学会年会等への交通手段やホテルの手配だけでなく、抄録登録までもがネットからできるようになっている。 > > > > その一方で10年前に解読完了の論文が出ているはずのヒトゲノム配列をはじめとするさまざまな利用可能なはずの公共データを利用しそれぞれの個別研究に活かしていく「知のめぐり」はお世辞にも良いといえる状態ではない(それにはもちろん生命科学分野における、とくに母国語である日本語での情報発信が不十分という状況もあるのだが…)。 > > > > 本講演では、参加者の皆さんに「知のめぐりの良い生命科学研究者」となってもらうべく、生命科学分野におけるデータベース統合化の取り組みを中心に「10の心得」を提唱する。さらに、論文発表され誰でも自由に使える遺伝子発現データを出発点とした演者の個人研究についても言及したい。 > > > > 知のめぐりを良くする起爆剤として、考えるヒントにしていただければ幸いである。 > > > >

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2012年の計

Written by bonohu in misc on 日 01 1月 2012.

普段から思って口にもしていることだが、明文化して後で振り返る際のマイルストーンとなるように。

  1. 個別ラボだとやらない(やれない)ことを主に進める

  2. 提供するサービスは、「とりあえず動く」や「使える」というレベルにとどまらず、「ないと困る」レベルにまで持っていく

  3. それでもって、それらを「実際に」「現場で」使った論文等を世に送り出し、旧来の評価基準にものるようにする

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農業生物資源研究所

Written by bonohu in misc on 月 19 12月 2011.

共同研究打ち合わせで、大わしの方へ。近くにはよく来たのだが、入ったのは初めて。11年前&六ヶ月しか住んでいなかったので記憶は薄れているが、真夜中に山水にラーメン食べに来たこと、ウッディスワに送迎に来た時そこにあった新聞に自分たちがやっていた機能アノテーション会議(FANTOM)のことが書かれていて驚いたことを思い出した。打ち合わせ自体はいい議論が出来たのではないかと。今後の新たな共同研究の種も蒔いてこれたし。

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フォーラム「もし分子生物学者がGoogle+の招待を受けたら When molecular biologists meet Google+」

Written by bonohu in misc on 木 15 12月 2011.

企画&司会させて頂きました。参加者は自分が勘定した時点で約80名。午後8時台というありえない時間設定の割には集まりは良かったかなあ、と。まだ見ていない方はまずは見てください。この順番で見ることをお勧めします。講演動画は統合TV on YouTubeでどぞ↓。

[youtube https://www.youtube.com/watch?v=4Fl4Vj5Y0Nc&w;=560&h;=315]

[youtube https://www.youtube.com/watch?v=8drWDLcc3xc&w;=560&h;=315]

[youtube https://www.youtube.com/watch?v=05Cp4mztVus&w;=560&h;=315]

全くなんにも打ち合わせしていないのに、猫教授が素晴らしい締めをしてくれて良い感じにまとまった(と自画自賛)。

講演の内容を映像で記録することにすら待ったのかかる旧態依然とした学会事務局でしたが、最終的にはオーガナイザーが全責任を取るという念書を提出することで納得して頂きました。もっとオープンな学会年会を、これからの学会年会を運営していくエライさんたちに切にお願いしたい。こういうところから知のめぐりを良くしないとな。

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ワークショップ「役に立つデータベース、役に立たないデータベース」

Written by bonohu in misc on 水 14 12月 2011.

講演させて頂きました。内容は英語版コンテンツのDBCLS&NBDC紹介といったところですが、結果として大阪弁(!)で紹介というアレ。スライドはslideshareでどぞ↓。

Integrated database biology with well-curated and circulated knowledge [slideshare id=10653750&w;=425&h;=355&fb;=0&mw;=0&mh;=0≻=no]

View more presentations from Hidemasa Bono

それにしても某I社さんのランチョンセミナーでも統合牧場謹製のSRAsがpublicなシーケンスデータを探すツールとして紹介されたりと、我々の活動もジワジワ浸透していっているようである(写真はその時の弁当)。もうちょっと中長期的な戦略を練らんとあかん時期に来ていることを実感した次第です。

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ブースアテンダー

Written by bonohu in misc on 火 13 12月 2011.

として。これまでとは違う陣容で。うちは統合DBの研究開発をやっていますと説明しても、NBDCとDBCLSは何が違うんですか、一つでいいんじゃないですか的な質問には苦しい応答。早く一つにまとめてスッキリ説明したいものですね。そのためにはどうしたらいいか?「世論」を高めていくぐらいしか自分にはできないかな。もっとユーザー側が声を上げて頂きたく。ソの手段として、今はtwitterもあるし(ハッシュタグは #DBCLS で)、LSQAもあるし、それもイヤならこちらからどぞ。そうじゃないととくに必要じゃないと判断されて無くなるかもよ、そのうちに。

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'119'

Written by bonohu in misc on 日 11 12月 2011.

血が止まらず…自分でこの番号をかけたのは多分初めて。大事に至らなくてよかったが。

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HJA-307IT

Written by bonohu in misc on 火 06 12月 2011.

歩数計が活動量計に。ログ管理が専用アプリからウェブブラウザ経由でクラウド上に。ますますログを取るのが簡単な世の中に。データ解析だけに集中できるように。

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統合TV論文

Written by bonohu in misc on 金 29 7月 2011.

ついに出た。

> > Tutorial videos of bioinformatics resources: online distribution trial in Japan named TogoTV > > > > Shin Kawano; Hiromasa Ono; Toshihisa Takagi; Hidemasa Bono > > > > Briefings in Bioinformatics 2011; doi: 10.1093/bib/bbr039 > > > >

オープンアクセス論文なので誰でもどこからでも要旨だけでなく全文読めます。たとえ論文にならなくても、いいものはいいと評価されるような世の中になることを目指して。さらに頑張らねば!

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K大K研究所K研究室

Written by bonohu in misc on 火 26 7月 2011.

7月の出張シリーズの最後。共同研究打ち合わせにかつて5年間在籍したところへ。おそらく5,6年ぶり。研究所の入り口も、研究室の場所も、いろいろ変わってしまっていて全く懐かしくない。

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秘境へ

Written by bonohu in misc on 水 20 7月 2011.

7月の出張シリーズも中盤。かつて4年間ちょい在籍したところへ。4年前に辞してから一度もセミナーなどしたこともなかったので、セミナーを。聞きに来てくれた人はかつて居た研究室の人とPIのみという感じ。話した内容を一番必要としているはずの若い研究者が居ないのか、はたまた質問をする元気がないのか…解釈に困るところ。

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