統合DBキックオフミーティング

Written by bonohu in misc on 金 10 6月 2011.

それぞれの課題をお互いに知るといったところ。「実務者連絡会」を別にするとのことなので、またそちらにて。「研究開発成果は積極的に外部発表してください」とのことだが、謝辞をきっちりいれるということはもちろんだが、論文の所属(Affiliation)にまでソコを加えるのには抵抗があるなあ。まあ、これまでの他の研究課題からの踏襲なんやろけど。後半の統合化推進プログラムのほうでは、綺麗にしたデータをデータベースにするという思想的背景が見え隠れする中、「大量データ」のオーダーの温度差を感じる一方、「金のかからない」システムを目指している部分で思わぬ共通点を見出したり、「データロンダリング」という言葉を思いついてしまったり。今後の実務者交流の機会が早く来ることを期待しています。

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RefExからGGRNAへ

Written by bonohu in misc on 木 09 6月 2011.

リンクする簡単なお仕事。それに絡んでいくつかの点の改善をお願いしたり。これで相互リンクがなされ、行ったり来たりができるように。そして、いくつかの現実のデータにおける問題点が浮き彫りになったり。それを一つづつ対処して次なるキラーサービスとして打ち出していきたい今日この頃。でも、こういうのを維持していくことの方が新たなサービスを立ち上げるよりも重要だしはるかに大変なことなのだが、なかなか理解されていないような。

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粛々と

Written by bonohu in misc on 月 06 6月 2011.

単純にやれることだけを進めるだけじゃねぇ。それと、モノを売るわけじゃないけど、市場調査はきっちりしてから事を進めるべきかと。

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第二回製薬協フォーラム

Written by bonohu in misc on 金 03 6月 2011.

@職場。基盤技術開発プログラムの研究総括(PO:Project Organizer)が製薬系の方ということもあり、それに採択されたDBCLSの研究者と製薬協関係の数社の実務者の方々との交流会を仕切らせていただく。製薬企業側の方からは積極的な意見がいろいろと出たものの、逆側は受け身な姿勢しか現段階では感じ取れなかったのは残念。もちろん、この会の趣旨や背景がよく理解されていなかったということもあるだろうけど。今後に期待。

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ライフサイエンス分野の統合データベースの活用法とその演習(その弐)

Written by bonohu in misc on 月 30 5月 2011.

ということで、明治薬科大学にて「ライフサイエンス分野の統合データベースの活用事例の演習」ということで、遺伝子発現データベースの活用法をやらせていただきました。80分の講義時間ではちょっと苦しい部分もありましたが、実際にパソコンを自分で触りながらの講習はいい機会になったそうです。

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東京女子医科大学遺伝医学研究会講演会

Written by bonohu in misc on 金 27 5月 2011.

都営大江戸線の若松河田駅が最寄りの東京女子医科大学にて話す機会を頂き。結果として、これまでの統合DBプロジェクト終了後初めての外部講演で、今年度バージョン初のお披露目。こんな感じ。

統合データベースプロジェクト: オープンで知のめぐりの良い医学生物学を目指して [slideshare id=8157014&w;=425&h;=355&fb;=0&mw;=0&mh;=0≻=no]

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Slideshareのembedボタンから生成されるHTMLを貼り付けてみたけど、うまくいっているようだ!

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ライフサイエンス分野の統合データベースの活用法とその演習(その壱)

Written by bonohu in misc on 月 23 5月 2011.

ということで、明治薬科大学にてライフサイエンス分野の統合データベースの活用法(実演を交えた講義)をやらせていただきました。大学院講義の一部ということでしたが、それ以外にも参加してくれた人も多くいたようで、結果として約70人ほど、なかなかの入りでした。

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第10回Spotfireユーザー会 ワークショップ

Written by bonohu in misc on 月 09 5月 2011.

Spotfireはデータの統計解析と可視化のためのソフトウェアです。この会の会長を務めていることもあり、2011年7月1日に大阪、8日に東京にて話しします。

> > Title: Visualization and sharing of DNA sequence data from next generation sequencing(NGS) technology by TIBCO Spotfire Web Player(TIBCO Spotfire Web Playerを利用した次世代シーケンサーによる大規模ゲノム配列データの可視化と共有化) > > > > 要旨(アブストラクト):近年、ライフサイエンス分野のデータが公共データベースとして誰にでも利用可能となっているものの、それらを解釈して医学生物学的に有意な知見を得ることが困難になってきている。特に新型DNAシーケンサーの開発によってDNA塩基配列解読が超高速になり、個人のゲノム配列が低コストで解読可能となりつつある。一方、新型DNAシーケンサーから得られた配列データを納めるデータベースSRA(Sequence Read Archive)に関しては2011年2月にNCBIが1年以内に撤退することを告知するなどその先行きは不透明な情勢であるが、実際にSRAからメタデータに対して検索してDNA配列データを取得し、TIBCO Spotfire Web Playerを使って可視化、そして共有化する実例を紹介する。 > > > >

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魚の水を得たるが如し

Written by bonohu in misc on 金 22 4月 2011.

統合牧場にご来客。駆け込み寺的な訪問は何気に初めてだったかも。目論んでいた情報のHUB的な役割をも果たし出しているのは非常にいい傾向。

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'[DBCLS] 書きとどめよ 議論したことは風の中に吹き飛ばしてはいけない'

Written by bonohu in misc on 月 18 4月 2011.

ようやく今年度からの統合牧場新入生を統合牧場メーリングリストに付け加え完了。早速事務的な連絡を流す。みんなで教えあう姿は、見ていて大変微笑ましい。これからも教えあう仲であり続けて欲しい。私は主にこのようにブログとしてやったことを書き残すことを新入生にはお願いすることに終始していた感じ。さらに注文としてみんなにお願いしたように、自分でも[DBCLS]タグを付けてみるテスト。

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初心忘るべからず

Written by bonohu in misc on 金 15 4月 2011.

今日までの希望者の分をまとめて承認していただく。合計11名が来月5月から統合牧場に正式にRAもしくは技術補佐員として働いてくれることに。すでに活動を開始している新人さんたちもチラホラ出てきていますが、最初の心持ちを忘れずに取り組んでいってもらいたい。

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衆寡敵せず

Written by bonohu in misc on 水 13 4月 2011.

さらに1人。二桁にいくことがこれで確実に。効果的に動いてもらうようにしないといけない。司令の力量が問われる…。

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渡りに舟

Written by bonohu in misc on 水 13 4月 2011.

さらに二人分。またもや、同郷の人がいることが判明。オープンに開発していってもらえる感じはやはり統合牧場ならではであり、これからもそうありつづけたい。

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人を見て法を説け

Written by bonohu in misc on 月 11 4月 2011.

アルバイト希望者さんたちの履歴書を取りまとめる。12日現在で、すでに7枚。今年は特に学部三年生の希望者が多くてとても頼もしい。

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急いては事を仕損じる

Written by bonohu in misc on 月 11 4月 2011.

年度が替わって初めての全体会。この4月からDBCLSがやることになったライフサイエンスデータベース統合推進事業の基盤技術開発プログラム「データベース統合に関わる基盤技術開発」のうち、身共が担当となった「大規模ゲノム配列データの利用技術開発」と「統合データベースに関わるコンテンツの作成、整備」を説明。昼には都内某所でやはり統合DB関係の会議。いろんなレベルでいろんな人に広く知ってもらうことに尽力するのはいただいている予算的根拠が変わっても不変。急がず焦らず、がんばっていこう、これまでどおりに。

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灯台下暗し

Written by bonohu in misc on 金 08 4月 2011.

ふと口走ったことが本当にあったとはな…。やはり、コミュニケーションが大事だということをここでも認識することに。

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ぢつと手を見る

Written by bonohu in misc on 木 07 4月 2011.

内部某打ち合わせ、某会議、面接(というか見学)一件。年度が替わってますますそういう仕事が増えてきたのは気のせいではあるまい…。

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書き入れ時

Written by bonohu in misc on 火 05 4月 2011.

まさに書類を提出するピーク、かも。講演関係の派遣依頼状や抄録、また別の研究計画書や承諾書などいろいろ。事務も巻き込んでしまって…出来る限り手間をかけないように努力はしているものの、まだまだだな…反省。フォワードする際にこちらの判断でいらないだろうというのはよろしくないことを今日は学習した(つもり)。

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隗より始めよ

Written by bonohu in misc on 月 04 4月 2011.

これから何をどうやっていくかディスカッション。方向性は見えたものの、具体的に何がサービスできるのかはまだまだこれから。そして、RA候補者見学2セット。大漁大漁。

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「統合DBプロジェクト」から「オールジャパンの統合DB」へ

Written by bonohu in misc on 金 01 4月 2011.

今日で今の職場ができて丸4年。今のオフィスに引越してきて丸3年。g86なRAさんたちが活発に活動を始めて丸2年。そして、予算上は統合DBプロジェクトが昨日2011年3月31日で終わり、今日から新しくバイオサイエンスデータベースセンター(NBDC)がJSTに設立され、そこの統括のもと、日本の統合DBが動いていく…。その中で、DBCLSは基盤技術開発と呼ばれる研究開発を担当していくことになりました。不肖ぼうのうもそのDBCLSでそれを推進していく機会を得られましたので、大規模データの利用技術開発、統合データベースに関わるコンテンツの作成整備を中心にこれからもバイオサイエンス分野のデータベースを使いやすくすることに死力を尽くしたいと思います。今後ともご支援、ご協力のほどよろしくお願いします。

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