2014年仕事始め
Written by bonohu in misc on 月 06 1月 2014.
年末の出張の事務書類を出すところからスタート。その後、大ボスに呼び出されるなど。某仕様書、急ぎます。遅れていて …
2014年の計
Written by bonohu in misc on 日 05 1月 2014.
昨年2013年は、以前より進めてきた
-
次世代シーケンサからのデータアーカイブSequence Read Archive(SRA)を使い倒すための仕組みDBCLS SRAの論文
双方向ベストヒットを取る
Written by bonohu in misc on 火 22 10月 2013.
何エントリか前に紹介した遺伝子対応表を作る際に、一般的には双方向ベストヒットということをよくやります。こ …
配列セットを取得する(getentry編)
Written by bonohu in misc on 月 21 10月 2013.
前回の配列セットを取得するはTogoWSを使うものでした。TogoWSは汎用で前回例で示した塩基配列データベース以外のデータベースにも使えるので便利なのですが、取得が1エントリづつで遅いという欠点がありました。
塩基配列に限っては、DDBJのgetentryを使うという方法が数万のエントリ取得において劇的に早いことが関係者の方の手助けを得て分かりました。 前回紹介したAK377185-AK388575の連番エントリを一気に取るには、以下のコマンド(curl)でいいよう …
配列セットを取得する(TogoWS編)
Written by bonohu in misc on 木 17 10月 2013.
cDNA配列のセット(多くの場合数万のオーダーの配列群)が論文発表されたのに、それがウェブサイト上にないとかいう話をよく聞き …
localBLASTで遺伝子対応表作成
Written by bonohu in misc on 木 25 7月 2013.
本日(2013年7月25日)、PLOS ONEから論文を発表しました。お世辞にもいい機能アノテーションがなされているとは言えない「非モデル」生物種カイコにお …
RでPCA
Written by bonohu in misc on 土 13 7月 2013.
マイクロアレイデータを再利用する際、遺伝子方向のみならずサンプル方向のデータの相関が気になってくると思 …
エントリ数を数える
Written by bonohu in misc on 月 01 7月 2013.
ファイルが何行あるか知りたいだけなら、いちいちテキストファイルをWordで開いて文字カウントツールを使うまでもありません。そのファイルをfile.txtとするとコマンドラインでは [shell] wc -l file.txt [/shell] で良く …
コマンドラインで快適なデータ解析を
Written by bonohu in misc on 土 29 6月 2013.
最近のバイオなデータ解析では、ファイルサイズが大きすぎたり、または多すぎたりで、GUIな環境では快適にファイル操作できないこともあって、コマンドラインでデータ解 …
justRMAでnormalize
Written by bonohu in misc on 月 17 6月 2013.
マイクロアレイデータを再利用する場合、それらのデータのnormalizeは必須です。 GeneChipの場合、normalizeしたいCEL形式のファイル群を同じディレクトリに入れておいて、一気にやってしまうことがjustRMAで可能です。
まずRが入っているかどうか。入っていな …
クロスプラットフォーム問題
Written by bonohu in misc on 日 16 6月 2013.
2010年代になった今でも相変わらず使用しているプラットフォーム(主にOS)の違いによって受渡したデータが閲覧できない等の問題は多く発生しているようです。
一番顕著なのはAJACS名古屋のテキストで詳しく書いた …
fastacmdの後継者: blastdbcmd
Written by bonohu in misc on 土 15 6月 2013.
遺伝子上流配列など、ゲノム配列の任意の場所を切り出すのには、BLATパッケージに含まれている nibFrag をこれまで勧めてきました。FASTAフォーマットの配列ファイルに対して別個にnibインデックスを作らないといけなくて管理が面倒なのと、やはりBLATはfor profitには有償という大きな難点がありました(ライ …
Mountain Lion で local BLAST
Written by bonohu in misc on 土 08 6月 2013.
MountainLion(MacOSX10.8.4)のhomebrewでBLASTがとくにいぢらなくても入るようになった模様です。バージョンの確認は、左上のリンゴマークメニューから「この Mac について」を選んで出てくるウインドウ …
ウチバリカン
Written by bonohu in misc on 日 12 5月 2013.
中5週間。今週外部での講演もあるので。
GUIとCUI
Written by bonohu in misc on 火 30 4月 2013.
GUIとはGraphical User Interfaceの略で、今使っているInternet ExplorerやGoogle Chromeなどのウェブブラウザのように主にマウス操作と最小限のキーボード入力でコンピュータが動いてくれるインターフェースのことです。ウェブブラウザ以外だと、表計算以外の目的でも頻繁に使われているExcelとか遺伝子発現解析ソフトウェアの定番GeneSpringなどがGUIなソフトウェアということになります。それらの操作法 …
バイオインフォマティクスの広がり
Written by bonohu in misc on 木 25 4月 2013.
電子化されコンピュータ上で扱えるデータが主に核酸配列とそれを翻訳して得られるアミノ酸配列だったことも …
ウチバリカン
Written by bonohu in misc on 日 07 4月 2013.
中7週間。大分暖かくなってきたので。
はじめに
Written by bonohu in misc on 日 07 4月 2013.
私は、約十年前に「初心者でもわかる!バイオインフォマティクス入門―やさしいUNIX操作から遺伝子・タンパク質解析まで」と題した本を …
ブログ再開
Written by bonohu in misc on 土 06 4月 2013.
twitterを使うようになって、ブログをあまり書かなくなった。しかし、やはり、まとめた考えを発信したいと思い、「某のウェブログ」改め「ぼうのブロ …
ウチバリカン
Written by bonohu in misc on 日 17 2月 2013.
中4週間。今回はうちで。
若手研究集会
Written by bonohu in misc on 金 15 2月 2013.
なる会議を100kmほど離れた別部署にて。相互理解が深まったのではないかと勝手に確信。
生物オフ会
Written by bonohu in misc on 土 02 2月 2013.
学会(の年会)じゃないタイミングで参加するのはおそらく初めて。主賓の一人も神戸でのオフ会で知り合った人だっ …
またジムへ
Written by bonohu in misc on 日 27 1月 2013.
復帰2回目。有酸素運動にウォーキング25分、筋トレ、水泳25m往復12回。利用券を使い果たしたので、早速次を頼んでおく。
進捗報告会
Written by bonohu in misc on 火 22 1月 2013.
昨年と打って変わって、不気味なほどにdisられず、むしろ恐ろしい。総評で言われた「対等なコラボをして、biologistだけじゃできない成果を出す」ことの実現に向け …
ソトバリカン
Written by bonohu in misc on 土 19 1月 2013.
セルフウチバリカン続きでおかしくなったところを補正に。ちょうど割引券もあったので。しかし、何年ぶりだろう、お …
ジムへ
Written by bonohu in misc on 金 18 1月 2013.
秘境を退去して以来、5年半以上ぶりかも。その頃と同じぐらいの体重になってきたのと、スキーのための筋力づくりのため。主に上半身 …
Bono Conference day 3rd
Written by bonohu in misc on 月 14 1月 2013.
雪のお陰で帰り道が封鎖という事態にはなったものの、そのお陰で普段見れない景色が見れたと思えば。
Bono Conference day 2nd
Written by bonohu in misc on 日 13 1月 2013.
メインの日。世間的にも三連休の中日とあってそれなりに混んでいたものの。皆さん、いい顔しています。
Bono Conference day 1st
Written by bonohu in misc on 土 12 1月 2013.
ずっとやりたいね、で終わっていた合宿。トーゴーの日の打ち上げの場で話が出てその場で日程を決めて。ついに実現 …
第二成人式
Written by bonohu in misc on 金 11 1月 2013.
ということで、職場でも祝っていただき…感無量でした。「四十にして惑わず」ということで、何事も「とりあえず」ではなく「ま …
2013年の計
Written by bonohu in misc on 月 31 12月 2012.
去年に立てた「計」はある程度は達成できたものの、3番目に掲げた「実際に、現場で、使った論文等を世に送り出す」ことが達成できなか …
無観客試合
Written by bonohu in misc on 木 27 12月 2012.
ならぬ、聴衆のいない講演。とはいえ、がんプロフェッショナル養成プランの収録講義なので当たり前なのだが。約4年半前に撮ったもののを今回アップデート。統 …
おつかれさまでした
Written by bonohu in misc on 土 15 12月 2012.
朝一から共同研究者の発表。学会デビューでいきなり口頭発表ということで緊張しただろうけど発表自体はうまく …
夏草や兵どもが夢の跡
Written by bonohu in misc on 土 15 12月 2012.
昨日までと打って変わってもの寂しい。企業展示ブースも半分ほどになり、空いたスペースが休憩所。屋台、タリーズコ …
隗より始めよ
Written by bonohu in misc on 木 13 12月 2012.
ブースアテンド最終日。さすがに4日も基本立ちっぱなしだと脚が痛くなる。この日だけはポスター発表と企業ブース展示の時間が被っていたのだが、ブース …
ワークショップ「データベースから始まる分子生物学~研究の新しいスタイルを模索する~」
Written by bonohu in misc on 水 12 12月 2012.
企画したワークショップ。どんな演者がどんなタイトルで話したかは以下のスライドの3枚目に。自分も前座として、データ …
夜ゼミを楽しみたい！
Written by bonohu in misc on 火 11 12月 2012.
そのためにはまず夜の時間を作ることかと。今回は初めての企画だったからしょうがないかもしれないが、普通にポ …
無線LAN狂想曲
Written by bonohu in misc on 火 11 12月 2012.
予想した以上に自分のを含め各抄録にイイネが付いて行く。自分が使っていた限りは会場のネット環境は概ね良好 …
ウチバリカン
Written by bonohu in misc on 日 09 12月 2012.
中3週間。今週は今年の山場である分セー。それに備えてちょっと早めだが。
ウチバリカン
Written by bonohu in misc on 日 18 11月 2012.
中5週間。外部での講演や学会がまたやってくるので。
第57回日本人類遺伝学会大会 教育講演
Written by bonohu in misc on 金 26 10月 2012.
2012年10月26日に「バイオインフォマティクス:データベース統合化によるアプローチ」 と題して行った講演のWeb supplemental materials置き場です。講演要旨はこち …
某ユーザー会
Written by bonohu in misc on 金 19 10月 2012.
いい道具なのだが…。使い続けられるかどうか、黄色信号。
ウチバリカン
Written by bonohu in misc on 日 14 10月 2012.
中4週間。明日からまたまた学会などなので。
情報断食
Written by bonohu in misc on 日 07 10月 2012.
好みの音楽を聞きながら静かに暮れていく山の風景を見ながら。至福の時間。
ライフサイエンスデータベース統合の医学への応用を探る
Written by bonohu in misc on 金 05 10月 2012.
今年のテーマは標記のとおりだったが、はっきり言ってその応用の道は遠い。データベースが実際の発見の助けにな …
RCGM10周年によせて
Written by bonohu in misc on 水 03 10月 2012.
以前の職場の記念誌に寄稿を依頼されたので。普段からブログでまとめる頻度が減ってパッと書けなくなっている …
第71回日本癌学会学術総会
Written by bonohu in misc on 火 18 9月 2012.
しばらく会っていなかった人に再会というのが多く。初めて座長なるものをやったり。進むべき方向性を考える意味 …
ウチバリカン
Written by bonohu in misc on 月 17 9月 2012.
しばらくぶりに。明日からまた学会なので。
統合データベース高校特別講習
Written by bonohu in misc on 土 15 9月 2012.
統合データベース講習会の公募に応募してきてくれた唯一の高校にて特別講習。マイクロアレイデータ解析の補助 …
「データベース統合による知のめぐりの良い生命医科学」
Written by bonohu in misc on 金 14 9月 2012.
同志社大学京田辺校地にて講演。同志社ローム記念館というところで。90分タップリあると思って丁寧めに説明していたら途中でそれほどゆっくりやれなくなってきて、結果としてちょうどいいぐらいの時間に収 …