Kaiko RefEx

Written by Hidemasa Bono in papers on 金 18 10月 2019.

カイコのリファレンストランスクリプトームデータ公開

微力ながら参画させていただいたカイコリファレンストランスクリプトームセットを作るプロジェクトの論文がbioRxivから公開

Reference transcriptome data in silkworm Bombyx mori https://doi.org/10.1101/805978

それに伴って、データも同時に全部オープンに。

  1. 生配列データは Sequence Read Archive (SRA)DRA008737
  2. アッセンブルしたトランスクリプトームデータ(配列)は、 Transcriptome Shotgun Assembly (TSA)ICPK01000001-ICPK01051926
  3. 遺伝子発現量は、Gene Expression Archive (GEA)E-GEAD-315
  4. 以上の公共データアーカイブに置けないデータは、JSTバイオサイエンスデータベースセンター(NBDC)DBarchivedoi:10.18908 …

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seminar at NARO NIAS 2019

Written by Hidemasa Bono in misc on 木 17 10月 2019.

生命科学データ解析セミナー@農研機構

農研機構の生物機能利用研究部門にセミナーで呼ばれたので、つくばまで遠征。 「生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析実践道場」が先月(2019年9月)に出版されたのがきっかけ。

生命科学データ解析をお題に60分。 どのような生命科学データ解析がなされているかという概論の後に、コマンドライン(CUI)とその活用として2つ事例を紹介。 一つ目は、遺伝子発現のDBとその活用ということで、ブタ成熟脂肪細胞の脱分化機構の網羅的解析の事例を。 二つ目は、リファレンス発現データセットとしてRefExに入っているFANTOM5のヒトトランスクリプトームデータを再利用した、生物種間比較トランスクリプトーム解析の実例(カイコ)を。 この種の要請はあればできる限りやっていくべきだなといつもながら感じた次第。

そして共同研究打ち合わせも併せて行い、bioRxivにカイコリファレンストランスクリプトーム論文submit。 (追記)その日が変わったぐらいに受理されて即公開されるという急展開。

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Japan Spotfire User Group Meeting 2019

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 11 10月 2019.

Japan Spotfire User Group Meeting 2019

去年はほぼ参加できなかったので、2年ぶりのJASPUG meeting。 160人ぐらい参加ということで、15年前ぐらいに始めた時と比べると人が格段に増えた。

分科会の盛り上がりは相変わらず。 GWAS Catalogのデータを再利用する発表があったのはとても嬉しく、そういった公共DB利用系の研究が製薬研究でも広まってくれるといいなと。 さらに別の有用な公共DBを使いやすくするツールを質問と見せかけて宣伝したり。 この機会に知ってもらって一人でも多く利用してくれれば、と。

ポスター発表も27演題もあったとのことで、とても盛況だった。 今回は講演もないので、話しやすくなるだろうと思って海外の学会で発表したポスターを持って行った。 ハンドアウト付きで。

Hidemasa Bono An integrated index of public gene expression databases and its application for meta-analysis of hypoxic transcriptomes https://doi.org/10.7490/f1000research …

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Symposium105 2019

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 05 10月 2019.

トーゴーの日シンポジウム2019

今年で9回目。 だが相変わらず、作る側の報告会的な色合いが強く感じられる。 使う側に向けた発表や企画をもっと打ち出して行くべきだろう、これまでの講習会などに加えて。 アウトリーチの頑張りどころかと。

chalkless氏による年表も「トーゴーの20年史」となり、時代を感じされせられる。

継続は力なり

派手さはないが、続けていって欲しい。

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20th Workflow Meetup

Written by Hidemasa Bono in misc on 月 30 9月 2019.

20th Workflow Meetup

今回も参加。 話を聞いて、塩基配列のPSSMはオワコンかと思っていたが、復権するかもしれないかもと思ったり。 zatsu-cwl-generatorを動かして感銘を受けたり。

個人的には某確認や某再現を試みた。 pitagora meetupとのmergeの回だったが、conflictは起きなかったということで。

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78th JCA day3

Written by Hidemasa Bono in togotv18 on 土 28 9月 2019.

第78回日本癌学会学術総会3日目

3日目の最終日の午前にようやく自分の発表が。 「公共データベースを活用したDRYながん研究入門 / Introduction to DRY-intensive cancer research that makes full use of public databases」と題して、入門的な話をさせていただいた。 癌研究者が使いそうなツールを中心に五月雨式に紹介していった50分だったが、大きく分けて

  1. Gene expression
  2. Variant
  3. Cancer

の3つのカテゴリに分けて、8種類のツール群を紹介した。 その詳細は以下のスライドの通り。 100枚を超えるスライド数になったが、ちゃんと時間の50分に収まった。

公共データベースを活用したDRYながん研究入門で紹介した各ツールと統合TV本
で対応する章

基本、拙著生命科学データベース・ウェブツール(通称:統合TV本)の後半で紹介したデータベースやウェブツールを紹介したのだが、見ての通り対応する章がない項目もある。 それでも統合TVにはチュートリアル動画があるものばかりなので、「ツール名」+「統合TV」のキーワードでインターネット検索してください、と。 動画を見れば使えるようになると思うが、本を買って学ぶやり方もあり、ということで。

ここで紹介したウェブツールが使いこなせるようになったら、この癌学会学術総会で発売開始した「生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析実践道場」こと道場本や …

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78th JCA day2

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 27 9月 2019.

第78回日本癌学会学術総会2日目

午前は、「モデル生物を用いたがん研究の最前線/Cutting edge of cancer research from model organisms」のシンポジウムに共同研究者の発表を聞きに行く。

午後は、今年も開催された若手企画「若手企画1:続・10年後のがん研究/Re: Cancer Research in the next 10 years」に。 問題の深刻さ、癌研究者/学会が認識し適切な対処をしないと癌患者/癌医療/癌研究を守れないとのこと、会場の人には伝わったと思います。 twitterで頻繁にお見かけするO先生による「嘘の癌情報/詐欺的治療があふれる日本の現状」の報告。 実はフォローしてなかったことがわかり、すぐにフォローさせていただくなど。 さらに彼はブログで発信もされており、これもアンテナに追加。 そしてさらに実はそのブログのエントリの一つはすでにみていたと判明…。 本当、世の中狭いものです。

夜は、若手飲み会 …

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78th JCA day1

Written by Hidemasa Bono in drbonodojo on 木 26 9月 2019.

第78回日本癌学会学術総会1日目

2019年9月26日からの3日間、京都国際会館で開催された第78回日本癌学会学術総会に参加。 午前には、日本癌学会・日本医療情報学会 合同シンポジウム:がんゲノム医療時代における医療情報を。 データの置き場に関して大問題になっていることはここでも認識されていることを再確認できた。

また、午後には「腫瘍内微小環境ストレス」のシンポジウムで、Gregg Semenza先生の講演 Hypoxia-inducible factors mediate immune evasion by cancer cells を拝聴する。 2018年に発表された論文、Chemotherapy induces enrichment of CD47+/CD73+/PDL1+ immune evasive triple-negative breast cancer cellsとその続きの話がメインだったかと。

そして、同日(2019年9月26日)、「生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析実践道場」こと道場本発売開始

それなりに手に取って見ていただけているようで、書いた人間としては大変満足。 コマンドラインの使い方がハイライトされた内容でちょっとマニアックかなと思っていたが …

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How did I write drbonodojo

Written by Hidemasa Bono in drbonodojo on 火 24 9月 2019.

どうやって道場本を書いたか?

本日(2019年9月24日)、ついに出版社に印刷された「生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析実践道場」こと道場本納品された模様Dr.Bonoの生命科学データ解析(Bono本)の実践書という位置付けの道場本だが、本を書き上げていったやり方は、2年前のBono本の時とは異なるやり方を今回試してみた。

Bono本の著者は私1人であったものの、編集者とのやり取りの即時性、ファイルでやり取りした際に原稿に複数のバージョンが生まれてしまうバージョニングの問題を鑑みて、クラウド(Google drive)を活用した原稿のグループ共有を実践した。 テキスト情報のみならず、本に使う図に関しても、クラウドを使うことでファイルサイズが大きすぎて電子メールで送れない問題を回避した。 また、校正のファイルの受け渡しに関してもクラウドを利用することで、かなりスムーズにデータの受け渡しが行われた。 ただし、最終的なゲラに関しては、実際に印刷した感じがどうなるかということもあって(フォントが画面で見たときや手元で印刷したものだと異なることもあって)、紙に印刷したものを送ってもらってチェックしたのだが。

今回はさらに一歩進めて、原稿はmarkdownで記述し、GitHubを使って編集者と原稿をやり取りすることを試みた。 というのも、ちょうど原稿を書き始めようとしていた2019年の年頭頃にGitHubが無料でプライベートリポジトリを無制限に作れるようになったという衝撃のニュースがあり、これまでずっと公開レポジトリしか使ってこなかった自分もプライベートレポジトリを使ってみようかという気になったというもある。 また、ほぼ同じ頃に公開された世の中の小説作家と編集者は今すぐ Word や G Suite …

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DrBonoDojo for whom

Written by Hidemasa Bono in drbonodojo on 月 23 9月 2019.

道場本の想定読者とは?

「生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析実践道場」こと道場本がついに今週発売される。

Dr.Bonoの生命科学データ解析(Bono本)を出版した時にも書いた想定読者について、今回の道場本でも著者の狙いを書いてみようと思う。それによると、

Bono本の想定読者であるが、基本的には生命科学分野の大学院生やポスドクを想定している。

とあるが、道場本に関しても基本的には全く同じである。 ただ特にR18指定する意図はなくw、データ解析に興味のある中学生や高校生にも十分読める内容ではないかと著者は思っている。 より具体的には、公共データベースを利用した生命科学データ解析をもっと利用したいと思っているが、どこから手をつけたらいいかわからない、どうやったらいいかわからない、そういった方を想定している。

準備、基礎、実践の3つの「編」で構成されており、最初の二編は通読を想定している一方、最後の実践編は興味のある順に読み進めるとよいかと。 詳しい章立ては、過去のブログエントリを参照にしてほしい。

第1章「準備編」で、データ解析するためのコンピュータ環境についてマシンの選び方から設定方法まで書いている。 特に、「1.3周辺機器の設定」などはなかなかモノの本には載ってない内容ではないかと。

続く第2章「基礎編」はUNIXコマンドラインの使い方の説明となっている。 これまで紙面を割いて書くことができなかった内容に関して詳細に書くことができた。 例えば、LANの中のマシンへのリモートログインやbyobuの使い方がそれである。

最後の第3章 …

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Shizuoka.ngs mokumoku-kai

Written by Hidemasa Bono in misc on 日 22 9月 2019.

Shizuoka.ngsもくもく会

前回のShizuoka.ngsとはまた別の貸し会議室@静岡駅前で、Shizuoka.ngsもくもく会が開催された。

これまでのRNA-seqではなく、今回はメタゲノムデータ解析に用いられるQiime2のチュートリアルをみんなでやろうということで。 Oさんをはじめとして参加者によって、チュートリアルにあるコマンド等をGithubにログとして残しつつ、各々チュートリアルを実行した。

それぞれに勉強になったのではないかと。

taxa-bar-plots.qzv

個人的にはウェブブラウザでの可視化をどう実現しているか、プロットを色々カスタマイズしてみたりして調べてみるなど。

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Mishima.syk 14th

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 21 9月 2019.

Mishima.syk#14

14回目となったMishima.sykは7ヶ月ぶりに。 場所はいつものプラザヴェルデ4階の会議室にて。

今回は、ちょうど阪医Python会の3人が三島合宿にきていたということもあり、彼らにも話してもらう機会を得た。 彼らには、この1週間でやっていたことに関する発表をしてもらった。 ブッツケ本番でやったが、うまく発表できていたのは、さすがだなあと。

自分は、ここのところ本業で関わっているCWLの紹介をさせていただいた。 すぐに終わるつもりだったが、どういうものか、どう使うべきと考えているか、など話していたら、割と時間がかかってしまい、質疑入れると予定していた30分ちょうどぐらいに。

最後にはちゃっかり「生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析実践道場」こと道場本の宣伝も。

夜の部は、いつも通り素晴らしくオーガナイズされており、まさしく時間を忘れていろんなネタで盛り上がった。

(2019/09/23追記) 阪医Python会の彼らはさらに1週間学んだことを素晴らしいレポートにまとめてくれた。 短い期間のうちに色々吸収してくれたんだなあと、レポートを見返してシミジミ思う。 おつかれさまでした。

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DrBonoDojo preface

Written by Hidemasa Bono in drbonodojo on 木 19 9月 2019.

道場本の序文公開

「生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析実践道場」こと道場本の序文が出版社のウェブサイトの道場本のページより公開。 ここには以前のエントリでも紹介した、道場本章立ても公開されている。

「非プログラマのバイオ系」のDr.Bonoならでは、の内容となっている。 序文に曰く、

生命科学データを題材としてPythonなどのプログラミング言語を紹介する書籍はあるものの,それらのプログラミングだけできても生命科学データ解析の達人にはなれない。それならば,生命科学データ解析のためのコンピュータリテラシーをきっちりと身につけられるコンテンツにしたほうがよいだろうと考えた。

「自分もそうだ」と思う方はどのようなことが書かれているか、章立てのみならず、是非中身を覗いてみてください。 特に第3章「実践編」を。

また、この序文はAmazonの「内容紹介」の欄にも掲載されている。

いよいよ発売される感が出てきた。

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OUM-python club in-turn 2019 autumn

Written by Hidemasa Bono in misc on 火 17 9月 2019.

阪大医Python会秋合宿@三島

半年前の春合宿に引き続き、 阪大医Python会の優秀なる2人の医学部生が、秋合宿と称して職場に来襲。 9/17-21までの5日間滞在。 ただし、最終日は職場でなく、Mishima.syk#14に参加して発表というハードなスケジュール。

その様子は今回も、かつての統合牧場を彷彿する様子で、GitHubにログを残していってくれている。

これから、どう展開していくか、とっても楽しみ。

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Smart watch for blood pressure measurement

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 14 9月 2019.

血圧測定もできるスマートウォッチ

2019年9月発表のApple Watchの新機種に血圧測定機能を期待していたのだが、それは付かなかった。 今月末で消費税も上がるので、失意の中、次なる行動に移る。

友人が着けているのを見たスマートウォッチ、三千円ちょいで血圧測定機能が付いているという。 そこで、AppleWatchに加えてそれを買ってみた。

表示は四千円近いが、クーポンで実質3,100円ほど。 注文してから2日で届き、着けてみたところ、確かに血圧が測れる。心拍数も。 また、着けて寝るだけでも睡眠も自動で測ることができた。 もちろん、目安程度かもしれないが、便利。

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DrBonoDojo will be sold in JCA78

Written by Hidemasa Bono in drbonodojo on 金 13 9月 2019.

道場本は今年の第78回日本癌学会学術総会で販売開始

「生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析実践道場」こと道場本は本日いよいよ印刷に入った模様。 発売日は、2019年9月27日となっているが、2019年9月26日〜28日に京都国際会議場である第78回日本癌学会学術総会で販売されることに。 道場本の章立てに関しては以前のエントリに載せてありますので、そちらを参照。

なお著者自らも参加し、最終日の3日目9/28(土)に発表します。 その発表内容は道場本に沿ったものというよりは、むしろ生命科学データベース・ウェブツールこと統合TV本にあるレベルの内容で、その癌研究版となる予定。 なので、気軽に聴きにきてください!

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BioHackathon2019

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 07 9月 2019.

Biohack19

今年のBiohackathonは福岡で開催。 日曜日の公開シンポジウムで始まり、続く月曜日から土曜日まで丸1週間ハッカソンといういつものスタイル。

シンポジウムは去年に引き続き、Lightning talkの5分間をやらせていただく。 TogoeXというタイトルで、RefExAOE周りを紹介。

ハッカソンではTogoeXチームで、遺伝子発現データベース周りを色々と。 ROIS-DS-JOINTの研究費で来てもらうことが実現した共同研究者たちと議論しながら、それぞれの課題を鋭意進めることができた。

今回は学生さんが多数参加しており、2回あったバーベキューパーティーでそういった人と話す機会もあった。 非常に良い試みだったと思うので、よりさまざまな分野の学生さんの参加があるとよいなあと。 今後取り組んでいきたい。

それ以外にも、いろんな人を知っている者として、つなぐhubとして積極的にリンクを増やす老人力を発揮してみた。 すなわち、デフォルトお互いは知らないという前提で人を紹介していく作戦。 それがいい交流のキッカケとなっていればいいな。

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DrBonoDojo chapters

Written by Hidemasa Bono in drbonodojo on 水 04 9月 2019.

道場本の章立て

2019年9月4日に、Amazon.co.jpで「生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析実践道場」こと道場本の表紙イメージが公開された。 サムネールは準備中のようで現状出てないが、以下のリンクをたどると表紙イメージを見ることが出来る。

それもあってか、中身に関して訊かれることも多くなってきた。 そこで、出版社に許可をいただいたので、前のエントリで予告したように、道場本の章立てを紹介する。

  • 1章 準備編
    • 1.1 Mac を買おう
    • 1.2 Mac をセットアップしよう
    • 1.3 周辺機器の設定
  • 2章 基礎編
    • 2.1 UNIX コマンドラインを使ってみよう
    • 2.2 コマンドラインの基本操作
    • 2.3 シェルプログラミングのための環境構築
    • 2.4 ネットワークを介して遠隔のコンピュータを操作する
  • 3章 実践編
    • 3.1 …

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what is drbonodojo

Written by Hidemasa Bono in drbonodojo on 日 01 9月 2019.

道場本とは

以前にも書いたように、「Dr. Bono の生命科学データ解析」ことBono本はこのぼうのブログを生命科学データ解析の教科書としてまとめたものである。

出版されてから多くの方に読んでいただき、読書会なるものまで開いていただいた。 その際要望として出てきたのが、書いてあることをなぞって(「写経」して)、中身のコマンドを学習できるテキストが欲しいということであった。

そのようなテキストとしては、次世代シークエンサー(NGS)から得られた配列データ解析のプロトコル本として2015年に清水厚志さんと監修で出した「次世代シークエンサーDRY解析教本」がある。

しかしながら、NGSが関係ないところでも配列解析のワザは必要とされている。 例えば、配列類似性検索(BLAST)、タンパク質ドメイン検索や系統樹作成などがそれである。 また、本格的なプログラミングをしなくても、コマンドラインでデータ解析は十分可能である。 それを実践的に紹介するコンテンツとして、今回の「生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析実践道場」こと道場本を執筆した。

今回の道場本は、教科書であるBono本の該当箇所のポインタもふんだんに含んでおり、Bono本同様ネタとなっているコンテンツはこのぼうのブログに原型があるものも多くある。 解析方法を網羅する形でなく、実際の論文の一部となったデータ解析を、実例をメインに紹介している。 結果としてBono本とほぼ同じページ数で、値段も同じとなった。

2019年9月26日〜28日に京都国際会議場である第78回日本癌学会学術総会がそのお披露目となる。 自分も参加し …

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DrBonoDojo dispatch

Written by Hidemasa Bono in drbonodojo on 木 29 8月 2019.

道場本第一報

今年(2019年)の年明けより書いていた原稿が「生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析実践道場」という名前の本になると正式決定。 著者による略称は、「道場本(どうじょうぼん)」とするつもり。

その日のうちにAmazonに出ていたので、取り急ぎここ(ぼうのブログ)にも書いておく。 なお、この本のtwitterのハッシュタグは #DrBonoDojo この本に関わるtweetはこのハッシュタグを是非。

経験上、(amazonでの購入の場合)早く読みたい場合は予約はお早めに。詳報は後日。

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IT for Biological Data Analysis: a half year

Written by Hidemasa Bono in IT4BDA on 土 17 8月 2019.

生命科学分野の最新のデータ表現方法としてのRDF

いつの間にか、「生命科学データ解析を支える情報技術」が発売されてから半年が過ぎていた。

それを思い出させたのは、先日のお盆thonの有識者会議。 第4章「テキストマイニング」の91ページからの4.2生命科学分野の最新のデータ表現方法は、データベース統合化の開発をしている人たちにとってよい(日本語)リソースとなっている、と聴いて。

有効に、しかも意図した通りに使われていて、著者かつ監修者の私を前にしてのお世辞かもしれないが、素直に嬉しい。

もし次があるとしたら。 それらをうまく使いこなす実例の手引書があるといいですね。

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19th Workflow Meetup 4

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 16 8月 2019.

お盆thon最終日

最終日の4日目も昨日に引き続き、vscodeでlive shareしつつ。 audioをonにするとwrap-upまでshareできてしまうという。

その際話題になったのが、condaで入れたcwltoolはバージョンが古いということだったが、どうもbiocondaチャンネルのcwltoolのバージョンが最新でも2018年製のそれでの模様。 conda-forgeチャンネルのは2019年製のそれにアップデートしているようだった。 なので、cwltoolのインストールは conda install -c conda-forge cwltool で良いのではないかと。

結果として、今回の目標だったRNA-seqデータの類似性検索の調べ物はそれほどはかどらなかったが、その周辺知識を色々と得ることができた。 4日間こもってmeetupに参加してコードに向き合うことで、個人的にはとてもよいリフレッシュになった。 議論がハイレベルで、興味深く、参加していて大変おもしろかったです。 お付き合いいただいた皆様、ありがとうございました。

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19th Workflow Meetup 3

Written by Hidemasa Bono in misc on 木 15 8月 2019.

お盆thon3日目

昨日に引き続き、vscodeでlive shareしつつ、みんなでCWL書き。

今日は、kallisto BUStoolsのチュートリアルを襷リレーでCWL化。 自分は、bustools-correct.cwlを書かせていただいた。 それ以外のCWLを含めたコードもここからすでに公開されていたり。

実はこのチュートリアル、今回の目標である、RNA-seqデータの類似性検索にどストライク系。 それ以外にもsingle cell データ解析関係で、以前に入れたCellFishing.jlを使うためにJuliaを最新版v1.1.1にしたり、今後、acceptableなファイルのフォーマットを調べるなど。

今日も色々充実した1日だった。

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19th Workflow Meetup 2

Written by Hidemasa Bono in misc on 水 14 8月 2019.

お盆thon2日目

実は、昨日にもやっていたのだが、vscodeのlive shareを使って、会場にいない人とも共同作業。 今日は、CWLを書くところを、Dockerfileを書くところから live codingしていただいて大変参考になった。 しかもlive shareにaudioまで加わって、実際にやっているところで話されている会話までもがshareされて。 近未来感を感じるmeetupであった。

その裏では、今回の目標に掲げた、RNA-seqデータの類似性検索に向けて、取り組んでいたり。 明日、CWL化を試みるというBUStools周りにも期待!

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19th Workflow Meetup 1

Written by Hidemasa Bono in misc on 火 13 8月 2019.

お盆thon1日目

15回目に参加して以来、workflow meetupは3回連続して参加。 前回の18回目は大阪出張(AJACSa6河内)と重なり不参加となったが。 19回目の今回は、お盆中に4日間連続の「お盆thon」。

今回の目標: RNA-seqデータの類似性検索に向けて取り組む

ということで始めたが、初日の今日(8/13)はCWL実行環境を農研機構の横井翔さんに伝導。 前回このworkflow meetupで書いていた以下のブログをテキストに - Common Workflow Language(CWL)を使ってkallistoを実行する - Running salmon via CWL

カイコの公共RNA-seqデータの発現定量(by 横井さん)に向けて、大幅に前進したつもり。

その際に参加者の方々からいただいた、本日の学びは、

「自分でパッケージを極力入れない」

ということ。 具体的には「DockerもHomebrewで入る!」ということに驚愕。 今後、実践していこう。

あと …

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ROIS DS JOINT INSECT 3rd

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 09 8月 2019.

昆虫のゲノムデータベースとそれを活用したデータ解析3

ROIS-DS-JOINT共同研究集会として2017年度より始めた「昆虫のゲノムデータベースとそれを活用したデータ解析」が今年度も開催された。 今回はDBCLS三島が入っている国立遺伝学研究所にて、2019年8月8,9日に。 書類上オーガナイザーから外れ、できる限り参加者の一人として振る舞うようにし、運営には携わらないようにしていたが…。

研究会開催は、SPARQLthonの開催等普段からやっていることもあって比較的準備は馴れたものだったが、それでも毎回トラブルはつきもの。 今回は遺伝研の開催でシャトルバスに参加者が乗り切るか問題。結局、分散乗車を呼びかけてギリギリ乗り切ったのだが。 毎回もうこれで最後にしようと開催直前には思うのだが、終わってみればまたやろう、という気持ちになるのが不思議。

今回も何人かに長く話してもらい、他の参加者は5分間のライトニングトークをするという構成で、全員が話をするという形。 2019年3月に応用動物昆虫学会のつくば開催に合わせて、DBCLS柏で実施したハンズオン講習会がきっかけになってコマンドラインでのRNA-Seqデータ解析を始めたという参加者の話があり、やっといてよかったなと。

オーガナイザーの横井さん、仲里さん、そして参加者の皆さん、お疲れさまでした。

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July2019

Written by Hidemasa Bono in misc on 水 31 7月 2019.

2019年7月を振り返って

2019年7月は出張外泊多く、11泊にもなった。 前半は、国内版バイオハッカソンBH19.7で指宿、 後半は、統合データベース講習会AJACSa6河内などで大阪。 阪大医Python会の集まりで、関西のアクティブな人たちに会えたのはいい刺激になった。

校正がレターパックでしょっちゅう送られてきて、それを週末にやっつけて毎週のように撃ち返す状況。 収穫の秋に向けて準備中といったところ。

書き物としては、そういった日本語よりは本業の方の英語のそれに移行しつつある、そんな感じ。 bioRxivからone click submission(そんなものがあるのかw?)した論文も無事submitされたようだし。 こちらも楽しみ。

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AJACS advanced 6th done

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 27 7月 2019.

統合データベース講習会AJACSa6河内を終えて

大阪府枚方市の関西医科大学にて、2019年7月25-26日に開催した、中上級向け講習会AJACSadvanced(AJACSa)のAJACSa6河内が終了した。

salmonの実行だけなら30分ほどで終了してしまうセミナーとなってしまうところだが、RUNデータの取得やSRAからFASTQへのフォーマット変換、トリミングなどを説明、できる限り自分でやってもらって3時間ちょいの講習となった。 流石にRUNデータの取得は全員ではやらず、あらかじめ用意してきた外付けUSB HDからコピーで代用。 それ以外の中間ファイルもそこに入れてできなかった時はそこから使うという三分間クッキング方式で。 様子を見ながら進めたが、発現定量してデータを得るまでで割とお腹いっぱいになったようだったので、今回は基本的にはそこまでに。

そんなことは余裕でできて時間を持て余してしまった上級者向けに、先日のShizuoka.ngs#2でもやったCommon Workflow Language(CWL)を使ってkallistoを実行するハンズオンの別の発現定量化ツール版を用意した。 それを取り組んでくれた人も何人かいたようだが、コケない限りは我々に訊いてこない参加者たちだったため、完全には把握できず。

会をアレンジしていただいた関西医科大学の広田喜一先生には大変お世話になりました。 ありがとうございました。

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OUMed-python mokumoku kai

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 26 7月 2019.

阪医pythonもくもく会

2019年3月に三島合宿にきた阪医python会のyyoshiakiたちと、次に大阪に行った時には話する機会を作ろうと話していたのがきっかけで。

統合データベース講習会AJACSa6河内で大阪に行くことになり、有言実行 でそうすることになった。 それが今回の阪医pythonもくもく会となった。 そういうわけで、私は「生命科学研究としての公共遺伝子発現DBのメタ解析」と題して、長めに話させていただいた。 話としては、自己紹介の延長でバイオインフォマティクスということの私なりの定義から始まり、阪医Python会謹製のikraを利用した公共遺伝子発現データベースのメタ解析の話を、我々が普段本務で作っているサービスの紹介を交えながらさせていただいた。 熱心に聞いていただいていたようで、話す側としてもやってよかったなあという感触。 あとで見てくれる人も少なからずいるのではないかと思い、プレゼン資料も話に出したfigshareにアップロードして、会のウェブサイトから辿れるようにしたり。 こういった地方行脚を日本各地いろんなところでできるといいのかな、と思った次第。

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