Meta-Analysis of Oxidative Transcriptomes in Insects

Written by Hidemasa Bono in papers on 火 02 2月 2021.

昆虫における酸化ストレス刺激のメタ解析

公共データベースからストレス刺激のtranscriptomeを集めてきてメタ解析をする研究をずっとしてきて、2020年1月に最初の査読論文を公開した(DOI: 10.3390/biomedicines8010010)。

そのシリーズ第二弾として、今回昆虫における酸化ストレス刺激のメタ解析を。 まず、2021年2月1日に論文をbioRxivにアップロードしたら、現在のような状況下であってもほぼ丸1日で公開。 素晴らしいスピード感。

Meta-Analysis of Oxidative Transcriptomes in Insects https://doi.org/10.1101/2021.02.01.427354

(2021年2月26日追記)

  • 1日 bioRxivアップロードと同時に査読論文誌に投稿
  • 13日 minor revisionの知らせ、期限18日までと
  • 14日 週末を使ってrevise、英文校閲に出す
  • 17日 英文校閲から戻ってきたので、早速再投稿
  • 18日 bioRxivもそのrevise版にアップデート
  • 22日 正式にaccept。投稿からジャスト3週間。
  • 24日 Proofread。期限24時間以内
  • 25日 …

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January2021

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 30 1月 2021.

2021年1月を振り返って

緊急事態宣言発令により、出張が全てキャンセルになってしまった。 職場のエリアには出なかったものの、出張先が発令されていたり、そうでなくても先方から断られたりで。 オンラインでの講演をお願いされていた第31回日本疫学会学術総会の外部講演(疫学研究における生命科学データベース利活用)のみとなった。

そのおかげで、論文の投稿準備に時間をかけることができ、今月いっぱい納品締め切りの研究費でなんとか英文校閲を出すことができた。 とっとと投稿に持っていきたい。

その一方で、先月からの流れで、ウェットな実験室整備をさらに進めた。

このワトソンの件はギリギリ影響を受けずにチューブを納入してもらえたのだが、世界的なワクチン需要の影響でフリーザーがとても品薄で、-80℃の超低温フリーザーだけでなく-20℃の冷凍庫までが品薄になっていて、モロに影響を受けるなど。

この1月は共同研究での論文が2本出版された。

  1. Cigarette smoke extract activates hypoxia-inducible factors in a reactive oxygen species-dependent …

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31st Annual Scientific Meeting of Japan Epidemiological Association

Written by Hidemasa Bono in misc on 水 27 1月 2021.

第31回日本疫学会学術総会

第28回疫学セミナー「ゲノム・オミックス解析技術の疫学研究への展開」にて

疫学研究における生命科学データベース利活用

と題して講演。 25分で是非とも活用して欲しいDBやウェブツールを色々と紹介したが、やはり59枚のスライドを使ってのお話はかなりフォローしづらかったかなと。 もうちょっとfocusして話しすべきだったかもしれないが、専門外の分野での学会発表だけにそれもできず。

すなわち、講演ではざっと概要を紹介して、詳しくは「バリアントデータ検索&活用 変異・多型情報を使いこなす達人レシピ」(バリアントレシピ本)を見てください、という2019年の日本癌学会学術総会でとった方式で。 案の定、その晩にはその当該分野「遺伝学・遺伝子工学」でのベストセラーとなってた。

400人以上登録があると伝えられていたが、実際Zoomでの視聴者数表示だと320人ほど。 それでも多くの方がネット越しに聞いていただいたようで、上述のAmazonでの売れ行きにも現れているように効果は大きかったようだ。

DBを実際使って、便利に利用してもらうところが第一歩であり、そこから全てが始まる。 だからこそ、この種のアウェーでの講演は非常に重要である。 このような機会をいただいたことに感謝したい。 ありがとうございました。

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Full-length 16S rRNA gene amplicon analysis of human gut microbiota using MinION nanopore sequencing confers species-level resolution

Written by Hidemasa Bono in papers on 火 26 1月 2021.

完全長16S rRNAをMinIONでアンプリコン配列解読

ヒト腸内細菌叢でそれを試したところ、種レベルの解像度で細菌の同定ができるという共同研究論文が出版。

Full-length 16S rRNA gene amplicon analysis of human gut microbiota using MinIONTM nanopore sequencing confers species-level resolution https://doi.org/10.1186/s12866-021-02094-5

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Python for Bioinformatics 2nd Eds in Japanese

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 23 1月 2021.

Pythonによるバイオインフォマティクス 原著第2版

Twitterでその出版予定を知る。 2021年2月末に出版されるらしい。

出版社のこの書籍のページの説明文に曰く、

これまでにもバイオインフォマティクスのためのプログラミング言語に関する書籍はいくつか出版されているが,バイオインフォマティクスにそれらの言語が有効であるとして,言語の解説に終始するというものが大半であった。その点本書は極力バイオ研究の話題を扱いながら,メモリ管理など,Python利用をつきつめると問題になる項目までをカバーしている。

この通りだとすると、個人的には大変楽しみである。 同じページにある目次を見るとその期待感が上昇。 その章だては以下の通り。

【I プログラミング …

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Anaconda package repository is paid for "large scale" commercial use

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 22 1月 2021.

Anaconda パッケージリポジトリが「大規模な」商用利用では有償に

Twitterで流れてきて知る。 確かに最近Anacondaでのインストールが一発ではうまくいかないことが多く、数回時間を置いてから実行することが増えてたなあという実感はあった。

これは困ったと思ってソースのQiita記事「Anaconda パッケージリポジトリが「大規模な」商用利用では有償になっていた」を見たところ、確かにそうらしい。 また、

Miniconda + conda forge の運用であれば公式リポジトリに関する商用利用規約変更の影響は受けない

ということらしい。

NGSデータ解析で配列解析ツールをインストールする際にこれまでBiocondaを使う方法を紹介してきたが、それに影響受けるかもと。 道場本で記したやり方だと、Minicondaをインストールしてからconda configコマンドを以下の順番に叩くやり方となっている。

% conda config --add channels defaults
% conda config --add channels conda-forge
% conda config --add channels bioconda

このうち、2行目のそれでconda-forgeを使うことになっているんだが、1行目のdefaultsを入れておくと問題らしい。 これに関しては~/.condarcに書かれているので、問題になる場合にはここからdefaults …

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DrBonoDojo 2nd print

Written by Hidemasa Bono in drbonodojo on 金 15 1月 2021.

道場本重版

2020年の年末に生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析実践道場(道場本)の重版するという連絡が出版社からきた。

それが今日、出版社にブツが届いたらしい。

出版から1年と4ヶ月あまりが経っているが、着実に売れて来た模様。 教科書であるDr.Bonoの生命科学データ解析(Bono本)のかげに隠れてしまっているが、実際にハンズオンで手を動かして入門するには実践書であるこちらの本が最適であろう。

蛇足的だが、その他の本も含めた生命科学データ解析の本ガイドに詳細を記してある。

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1 liner of 210114

Written by Hidemasa Bono in misc on 木 14 1月 2021.

今日のワンライナー

今日重宝したワンライナー。

gene1
gene2
gene3
...

みたいなfile.txtというファイルに書き込まれた改行区切りのリストをコンマ区切りで横に並べたいとき。

% perl -pe 's/\n/, /g' file.txt

で処理すると画面に出るが、末端処理が必要。

% paste -sd, file.txt

だと末端処理もなしで良いとtwitterで教えてもらった。ありがたい

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1 liner of 210106

Written by Hidemasa Bono in misc on 水 06 1月 2021.

今日のワンライナー

今日重宝したワンライナー。

gene1 -2.0
gene2 -1.5
gene3 1
...

みたいなデータから-1以下の行だけ抽出。

% perl -anle 'print $_ if(@F[1] < -1)' DEG.txt

Gene set enrichment analysisするときに

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CSE activates HIFs in a ROS-dependent manner in human endometrium stroma cells

Written by Hidemasa Bono in papers on 日 03 1月 2021.

共同研究論文が Antioxidants 誌に出版

初出勤よりも早く、査読ずみ論文として、関西医科大学の広田さんとの共同研究論文が出版。 タバコの煙によって誘導されるhypoxia-inducible factorsの活性化をヒト子宮内膜由来の間質細胞とその培養細胞系で調べた、という論文。

Cigarette smoke extract activates hypoxia-inducible factors in a reactive oxygen species-dependent manner in stroma cells from human endometrium https://doi.org/10.3390/antiox10010048

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Plan 2021

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 01 1月 2021.

2021年の計

明けましておめでとうございます。 本年もよろしくお願いします。 年頭恒例にしている「一年の計は元旦にあり」。 今年も宣言したいと思います。

  1. 統合牧場」をこちらで復活させ、教育活動を本格化する
  2. 人を雇用できる研究費を獲得する
  3. ウェット実験系を立ち上げて結果を出す
  4. 健康に過ごす

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Review 2020 latter part

Written by Hidemasa Bono in misc on 木 31 12月 2020.

2020年を振り返って(後編)

2020年の振り返り、「前編」に引き続き。 こちらでは主に、今年の年頭に書いた「2020年の計」に沿って、今年2020年を振り返ってみたい。

1 公共DBのメタ解析結果にもとづいた新しい研究方向性を見出し、その筋道をつける

2 そこで必要となる新しい研究手段を開発する

2020年1月に出版した論文によるメタ解析結果から見つけた候補を他の手法でもそれが示せるようにということで、ドライ方面とウェット方面の両方からのアプローチを開始。 これまで実質無理だった自ラボでその両方の実験系を持つというもの。 この2020年4月に自分がPIになったことでそれが可能となった!

まずは、先立つものからということで、下の項目とも関係するが、研究費の獲得を頑張ったつもり。 ウェットラボの立ち上げに取り掛かったところで、新しい研究手段の開発はさらにその先にある、これからの課題ということで。

3 国際的な共同研究にも注力する

外的要因のせいにはしたくないが、転職1年目でまずは本業をこなすことで精一杯。 さらに追い討ちをかけるようにコロナ禍。 これは厳しかった。はっきり言って、ほとんど何もできなかった。 学会のオンライン化で、海外の学会に出る敷居は下がったものの、日本に居ながらにして時差のある生活は厳しそう。 この状況が続くとすると、時差がほとんどない地域との連携を深めるというところからか? さらに検討を続けたい。

4 研究代表者としてグラント獲得する

これを達成するために今年は頑張ったと思う。 4月以降転職してPIとなってからは、誰に気兼ねする必要もなくなり。 ただ年齢制限に引っかかることも多くあったが、いろんな助成金に応募しまくった。 その結果、ROIS-DS-JOINT2020と …

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Review 2020 1st part

Written by Hidemasa Bono in misc on 水 30 12月 2020.

2020年を振り返って(前編)

もう今年(2020年)も振り返りエントリ。 2020年は13年ぶりに転職したので、盛りだくさん。 年頭の「2020年の計」に対する振り返りは「後編」にて。

まずはいうまでもなく、大きく変わったのは本業。 具体的には、本業が公共データベースの大規模データ解析手法の開発とその普及活動からバイオインフォマティクス教育に変わった。 これまでのように出張で出回り1年の1/4ほど外泊ということもなく、主に託されたバイオインフォマティクス講義15回をやり通すことがミッションだった。 なので、今年2020年世界をおそったコロナ禍がなくても大きく出張回数は減っていたことだっただろう。

新たな本業としての講義は、5月に1回(「先端生命技術概論」で「生命科学データベースの活用法」)、10-11月に15回(「バイオインフォマティクス」)。 特に後者の準備にはかなり時間をかけたこともあり、自分としては上出来だったと思う。

それ以外にも大学院の教員として2020年10月からは学生を受け入れることになり、その指導も。 社会人大学院生でしかも遠隔ではあるが、SlackとGitHubを使いこなすことで今のところはうまくできていると思う。

そして、研究活動としては公共データベースからのメタ解析を引き続き継続して。 これに関しては、上述の大学院生がこのテーマで頑張ってくれることになり、低酸素トランスクリプトームのメタ解析はそちらでやってもらうことに。 自らは別テーマで空き時間に進めており、それを現在論文にまとめているところ。

今年は論文が大豊作で、結果として16本(査読付きが10本)で、昨年の2倍に。 このうち、3本がfirst&corresponding …

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December2020

Written by Hidemasa Bono in misc on 火 29 12月 2020.

2020年12月を振り返って

書類上の出勤日は昨日28までということで、少し早めの12月の振り返りエントリ。

先月からの流れで、(ウェットな)実験室整備を着々と進めた2020年12月であった。 特に注文していたMinIONが届いたり

そんな中、JSTの「共創の場形成支援プログラム」に広島大学が代表機関として採択、プロジェクト拠点名は「広島から世界最先端のバイオエコノミー社会を実現する Bio x Digital Transformation(バイオDX)産学共創拠点」。 現在いるゲノム編集イノベーションセンターがバイオDXな産学共創拠点となって動き出すことに。 今年(2020年)の4月に東広島に来た当初からその構想を練り準備してきただけに大変嬉しく。 実験室整備に産学共創の場としての機能も付加され、準備していくことに。

さらに、広島県のものづくり価値創出支援補助金(第2次公募)に三島食品さんが採択され、bonohulabがその共同研究先としてゲノム・トランスクリプトーム解析で協力してやっていくことに。

今月ついに転職してから9ヶ月目にして初めての出張で古巣のDBCLSの柏の葉方面への一泊二日。かなり久しぶり感があり。 それ以外でもオンラインで2つの講演があった。

  1. 公共データベースからの低酸素発現変動遺伝子のメタ解析, 坊農秀雅, データ駆動型研究の推進と課題, 2020年12月01日, 招待, 日本語, JST バイオサイエンスデータベースセンター(NBDC)
  2. 生命科学研究におけるプレプリントやSNS活用の現状と課題, 坊農秀雅, 第2回 …

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Machine Learning for Life Science

Written by Hidemasa Bono in misc on 日 27 12月 2020.

機械学習を生命科学に使う!

ヒトゲノム解読プロジェクトが始まった1990年代から、ニューラルネットワークや隠れマルコフモデル(HMM)などの機械学習を生命科学データに適用することは行われてきた。 当初は解読したゲノム配列の中のどこに遺伝子があるかを見つけるGene Findingや、RNAの二次構造予測などに。 そのうちいくつかは実用的なアプリケーションとして今も使われており、特に私などはHMMを実装したツールHMMERを使ってきた。 HMMERを使って興味のある機能を持つタンパク質の持つ配列の特徴を記述し、またそのHMMを塩基配列から予測したアミノ酸配列に対して検索することで新たな生物種でのその遺伝子配列を見出すなどしてきた。

その後四半世紀経って、対象するデータも広がり、データ量も増えてきている昨今。 このような「機械学習を生命科学に使う!」というようなタイトルの「実験医学増刊」が出版されることにこの分野の変化を感じる。 生命科学を研究する上で、必須の実験手法になっているのだ。

これも、じっくり読んで勉強したい。

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Python Interactive Data Visualization Book

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 26 12月 2020.

Python インタラクティブ・データビジュアライゼーション入門

この本の作成時に査読をされた、という辻さんのtweet

を見て、これは発売されたら中身をチェックせねばと、MacとiPhoneで共有している「メモ」に書名を書き残しておいた。

Pythonインタラクティブデータビジュアライゼーション入門

と。

別の用事のあとで生協に行くことができた時に本のチェックを運よく思い出したので、最新刊のコーナーにおいてあったこの本の中身をチェック。 普段TIBCO Spotfireを使ってよく行う可視化手法が、Pythonで実現する方法が書かれていたのと、Cytoscapeのことまで言及されていたので、これはもう買うしかないということで。

これも、じっくり読んで、自分で試して、勉強します。

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Nights in hotels 2020

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 25 12月 2020.

2020年出張外泊数

2014年から去年(2019年)までの6年間では単調増加だった「仕事で外泊」した日数は、2019年には91泊にも達した。

今年はコロナと転職して職種が変わったこともあり、激減!。 1月から3月までで14泊、4月以降は9ヶ月でわずかに(12月に)1泊。 ということで、2020年は15泊ということで確定。

今後はもうこれを数える意味もないかな…。

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Genome editing book for child

Written by Hidemasa Bono in misc on 木 24 12月 2020.

ゲノム編集まるわかりBOOK

現在の所属のゲノム編集イノベーションセンターのセンター長より、アウトリーチのリソースとして紹介された子供の科学2021年1月号の別冊付録「ゲノム編集まるわかりBOOK」。

Amazonにあったのですぐにポチっておいた。 因果なものでクリスマスイブの12月24日に、それが届いた(笑)。

昨日聞いたとある講演で演者の方が言っていたように、バラエティーとかそういうコンテクストでなく、この本も科学的に正しいことをきっちりと紹介してある。 アウトリーチ活動での正しい姿勢を学びとった感。 あとは自分も実践をするのみであるが…。

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Plant picture book in the city

Written by Hidemasa Bono in misc on 水 23 12月 2020.

街のスキマ植物図鑑

実は、大学院で理学研究科生物科学専攻を出てて、しかも今も生物科学科の教員もしているにもかかわらず、その辺りの草木の種名が全然わからない。 知りたいとは思っているものの、なかなかパッと見てその種名を答えられる域には達してない。

そういう状況下で、Twitterで見かけてすぐ予約したこの本。

読んで勉強します。

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SPARC Japan seminar 2020 2nd done

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 18 12月 2020.

第2回SPARC Japan セミナー2020「プレプリントは学術情報流通の多様性をどこまで実現できるのか?」で講演

オールオンラインで企画されたSPARC Japanセミナー、第2回 SPARC Japan セミナー2020「プレプリントは学術情報流通の多様性をどこまで実現できるのか?」で講演。

今回は、2年前の私のSPARC Japanでの講演との差分という形で、25分の口頭発表とパネラーとして、プレプリントとResearchGateの利用の実際を話してきた。

前半では前回プレプリントとしてbioRxivにアップロードした論文がその後査読論文となったことや、F1000ResearchのManaging Director の Rebecca Lawrence さんのお話を聞いて感銘を受けた後に、

プレプリントの次は、F1000Researchを試すべきなんだろうな、と。

と思っていたF1000Researchに偶然共著論文を出すことになったことを話した。 後半にはResearchGateの実例として私が体験してきたことを簡単に紹介。

オンライン開催ではオンデマンド授業と同じく、話してても聴衆の反応がわからず、辛かった。 それでなんか盛り上がりに欠けているように思われてしまったかもしれない。

プレゼン資料は上にもリンクしたこの会のウェブサイトですでに公開されており、後日講演動画も公開される予定。 皆さんのなんらかの参考になっていただければ幸いである。

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COI-NEXT started

Written by Hidemasa Bono in misc on 火 15 12月 2020.

共創の場形成支援プログラム「育成型」採択

2020年4月に東広島に来た当初からその構想を練り、準備して来た「共創の場形成支援プログラム」に広島大学が代表機関として採択。

採択されたプロジェクトの拠点名称は、「広島から世界最先端のバイオエコノミー社会を実現する Bio x Digital Transformation(バイオDX)産学共創拠点」。 まさに現在ゲノム編集イノベーションセンターでやろうとしている方向性そのもの。

「育成型」という「本格型」へのステップアップを目指す枠で、まずはしっかり準備をするということで、そういう意味でもぴったり。 がんばって「準備」していきます。

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RNAseqRecipe Annual Update 2020

Written by Hidemasa Bono in RecipeBook on 月 14 12月 2020.

RNAseqレシピ本 Annual Update 2020

「RNA-Seqデータ解析 WETラボのための鉄板レシピ」(略称、RNAseqレシピ本)が出版されて1年が経った。

Mac界隈は相変わらず日進月歩である。 その短い間に新しいバージョンのOSが2度もリリースされて、デフォルトのシェルがbashからzshに変更されるなど、RNAseqレシピ本販売直後から「書いてあるとおり入力しても動きません」が起きてしまったり。 さらには、Apple M1チップを搭載したMacが販売開始されたり、などと。

このRNAseqレシピ本の目玉の一つであるAnnual Updateの第1回目が、本日2020年12月14日に公開された。 Annual Updateとは、そのような日進月歩の状況に対処するべく提供されたサービスで、

大なり小なりアップデートされていくデータ解析の手法を少しでも快適に実践いただくため、本書ではウェブ付録として、著者から更新情報が届く「Annual Updateサービス」をご利用いただけます(更新は出版から3年間、年1回を予定)

という、新しい企画。

今回提供されたのがその記念すべき第1回目で、すでに登録されたユーザーにはメールでお知らせがいっているかと。 本は持っているけど、まだ登録してないよ、という方は、RNAseqレシピ本のp8にある説明を読んで登録していただきたい。 書いてある通りやってもうまくいかなくて困っているとか、何かが変更されてしまったようで最近同じようにやっても動かなくなったという方、参考にしていただければと。

大変お忙しい中、今回のAnnual Updateを書いてくれた著者の皆さん、ありがとうございました …

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The First Business Trip 2020

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 11 12月 2020.

2020年度初出張

転職後初の出張で、古巣へ。 つまり、2020年度初の出張ということなのだが、去年度まで100日近い出張宿泊日数であった自分。 それからすると、激変した今年であったわけで。 COVID-19が主な原因ではあるが、転職というのも大きなファクターであったことは間違いない。

今回の出張は、共同研究の打ち合わせと講義の一部を受け持つ形でお話しするなど。 それ以外にも行き帰りの途中で、ブツの受け渡しなどのミッションを無事完了。

行きの飛行機ではビジネスクラスはほぼ満席なのに、エコノミーはガラガラというのが印象的であった。 が、通過した都内は昼間の空いている時間を狙ったものの、いつも通りの混雑度合いだった印象。 あとは望まぬお土産をいただいてきてないか、それを祈るのみ…。

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43th annual meeting of the molecular biological society of Japan skipped

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 05 12月 2020.

年会の新しいスタイルを模索しよう

第43回日本分子生物学会年会(ブンセー)は、多分に漏れず、オンライン開催だった。 去年の年会最終日のブログエントリに書いた通り

今回は自分でワークショップやフォーラムを企てることなく、またブース対応もバックアップに徹したが、特に問題なく回っていたようで、嬉しい限り。 そういうわけで、来年からはまた新しいこと始めませうかね。

ということで、新しいことを始めており、今年は特に発表することもなく。 また、去年のbioRxivの話をしてくれというようなこともなかったので、もともとブンセーに参加する予定はなかった。

それでも、前職の仲間たちは今年もオンラインで毎年のように「ブース対応」していた。 もちろん、ブースはリアルにはないのだが。 誰も来ないということがTwitterを介して窺い知れた。 ひどい場合には、会期中1人も来なかったような「ブース」もあったらしい。 オンラインでうまくいっている企画もあると思うが、このままだと展示料を払って出してくれるところはなくなるかもしれない。

来年からは元に戻ります、ということで今年だけのその場しのぎなのかもしれないが。 今後、オンライン開催で継続するなら、なんらかの対策を練らないとまずい。 ブンセーのように参加者が多い会は、今後も完全にこれまでのスタイルに戻すことが困難だろうし。

年会の新しいスタイルを模索する

2012年のブンセーの副題にあった、これを是非。

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Mariner-like elements in Apis

Written by Hidemasa Bono in papers on 火 01 12月 2020.

Evolutionary insights into Mariner-like elements in Apis species

着任後まもない、この4月に一度bioRxivにアップロードしてあったApis(ミツバチ属)のMariner-like elementに関する論文(プレプリント)をアップデート。 とはいえ、ほぼ全てfirstかつcorresponding authorの横井翔さんがほぼやってくれたのであるが。

Evolutionary insights into Mariner-like elements in Apis species https://doi.org/10.1101/2020.04.15.035063

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November2020

Written by Hidemasa Bono in misc on 月 30 11月 2020.

2020年11月を振り返って

9月から本格的に取り掛かってきた卓越大学院のバイオインフォマティクス講義シリーズのオンデマンド講義の収録が終わり、それらの公開もまた終了した。 なんとか、体力と気力の限界が来る前になんとか乗り切れた。 出来立てホヤホヤの動画を一つづつすぐにチェックしてくれたラボメンバーに感謝。

10月に引き続き、11月も共同研究の論文が公開された。

  1. デバBAT論文(査読あり)https://doi.org/10.1038/s41598-020-74929-6
  2. FANTOM-DB20周年の論文(査読あり) https://doi.org/10.1093/nar/gkaa1054)

今月は2本で、2020年に出版された査読論文10本、プレプリント含めると16本(EuropePMCでは一本ダブルカウントされているため、17本と出る模様)となり、2003年以来の年間2桁到達(査読論文)となった! 数多くの共同研究の成果が出るとのがたまたま今年に重なっただけとは思うが。

しかしなんといっても一番大きなイベントは、埼玉医大時代以来13年半ぶりのウェット再開へと動き出したことだろう。 まずは、0からの実験室整備が必要だが。 多くの共同研究者の御助力の下、きちんと進めていく所存。 bonohulabは、ウェット&ドライのラボに!

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Love your neighbor

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 27 11月 2020.

汝の隣人を愛せよ

これまで足を踏み入れたことがなかった学内の研究所にお邪魔して実験機器を見せてもらい、色々教えてもらう。 前職ではなかなかそういったことができなかった反省から、今回は受身でなくそれを自ら進んでやってみた感じ。 事実上ぼっちラボである以上、全部自分がやらないと研究は進まないということも再認識。 かなり久しぶりだが、知識だけはなんとか。 うまくいくかどうかはやってみないとわからないが。

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Lay the groundwork

Written by Hidemasa Bono in misc on 木 26 11月 2020.

根回し重要

本日、2つの講演依頼が来た。 1つはかねてより他の機会にその話を聞いていたもの、他方は今日初めて「寝耳に水」的にしかも学会事務局から事務的に来たものであった。 結果は言うまでもない、前者は受けて、後者はお断りした。 趣旨も説明がなくわからない、しかも学会事務局から急にとかだと、こちらもお受けしづらい状況になっており。 何事も根回し重要ということを実体験で知った1日であった。

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Bioinformatics Lecture 2020 done

Written by Hidemasa Bono in drbonobon on 水 25 11月 2020.

芸は身を助く

卓越大学院のバイオインフォマティクス講義の最終回がオンデマンド配信され、講義が終了した。 10月の最初から週2回で配信が順に開始され、2ヶ月かけて全15回の配信が11月末の25日に完了した。 一回あたり90分弱の内容は15回全部で、合計19時間16分8秒、スライド数にして491枚であった。

「Dr.Bonoの生命科学データ解析」(Bono本)を教科書に、「生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析実践道場」(道場本)を参考書にということで講義は進めた。 「芸は身を助く」の言葉通り、以前に監訳した本が絶版になって自分1人で書きあげたこの2冊に救われた。

この本があったからオンデマンド配信で個別に勉強することになった学生さんもさらに理解が深められたのではないかと思う。 講義に使った資料もPDFで配布し、授業を聴いていれば本は買わなくても理解できるように努めたが、それでもやはり講義で説明しきれない内容は本で補完することができたのではないかと思っている。

また逆に、本の間違い(主にtypo)にも新たに気づくことが。 出版から3年経って、多くのウェブサイトがHTTPS化したことや、URL自体が変わってしまっていることなど、気がついたアップデートは山ほど見つかった。 これらは出版社に連絡して正誤表に反映してもらわないと。

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A walk in the campus

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 21 11月 2020.

キャンパス内徘徊

毎週末やっていたバイオインフォマティクス講義の収録も先週で完了したので、物理的にも精神的にも余裕が。 そういうわけで、コンビニまで公共料金を支払いに行くのを主目的に、散歩。 いつもと違う方向にちょっと遠出してみた。

結果として大学キャンパス内を徘徊することに。 ちょうどお昼時だったので、土曜日も空いていた学食でランチ。 一度来たことがあったものの、そのころはまだ人が戻ってきておらず、学生の入りもまばらであったが、土曜日にもかかわらず学生がたくさんいて活気がある感じ。 もっとも食べるところは半個室の味集中仕様となっていたが。

久しぶりに長めに歩いていい運動になった。

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FANTOM enters 20th year

Written by Hidemasa Bono in papers on 木 19 11月 2020.

FANTOM20周年論文公開

2020年11月19日、Nucleic Acids Research のdatabase issueに FANTOM resource の論文が公開された。

FANTOM enters 20th year: expansion of transcriptomic atlases and functional annotation of non-coding RNAs https://doi.org/10.1093/nar/gkaa1054

論文の内容に関してはFANTOM5と6のリソースを紹介するもので、今年2020年7月にでたFANTOM6論文を補完する内容となっている。 今年2020年でFANTOMを2000年に始めて20周年ということで、名付け親の自分としてはなんとも感慨深い。

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SPARC Japan seminar 2020 2nd

Written by Hidemasa Bono in misc on 水 18 11月 2020.

第2回SPARC Japan セミナー2020「プレプリントは学術情報流通の多様性をどこまで実現できるのか?」

今年はオープンアクセスウィーク中には実施できなかったものの、毎年そのタイミングで国立情報学研究所 国際学術情報流通基盤整備事業SPARC Japanセミナーが開催されている。 このたび、第2回 SPARC Japan セミナー2020「プレプリントは学術情報流通の多様性をどこまで実現できるのか?」の講演要請が来て、2018年の2回目以来2年ぶりに話すことになった。

しかし、去年2019年は日本分子生物学会年会で「BioRxivとは何か」という講演をさせていただいたせいか、毎年話している感が拭えない

今回は、前回bioRxivに出したとご報告した論文のその後についてなど後日談的な部分と、プレプリントに対する無知や知っていても評価軸は動かず頑なに変わらない現状の話をしたいと思っている。 また、前回印象的だったF1000ResearchのManaging Director の Rebecca Lawrence さんのお話を聞いて受けた

プレプリントの次は、F1000Researchを試すべきなんだろうな、と。次の標的が定まった感。

のあと、プロジェクトの論文がたまたまF1000Researchに出すことになったことなどもいい経験談になるかと。

研究者用SNSであるResearchGateの利用に関しても話が聞きたいということだったので …

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Cancer_DAT call for subject

Written by Hidemasa Bono in misc on 月 16 11月 2020.

がんゲノムデータ解析再現担当募集

このたびMEDSiからがんに特化したゲノム・オミックス解析の本を出すことになりました。 つきましては、再現担当者を広く募集いたします。 我こそは、という方は12月31日までに所属とアピール文章400文字をcancer_dat@medicalgenome.infoまでお送りください。

応募条件

  • 意欲があること
  • 最低限のPCスキルがあること
  • 一方でバイオインフォマティシャンではないこと
  • DRY解析を自身で進め、原稿に向かう十分な時間が取れること

応募に際して必要な情報

  • 実名、ただし書籍での表示はアカウント名等可
  • 所属・職位
  • メールアドレス
  • 応募に際してのアピール(400字程度)

以下、参考のtweets。

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Bioinformatics Lecture 2020 completed

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 14 11月 2020.

バイオインフォマティクス講義収録終了

9月の中頃から始めた卓越大学院のバイオインフォマティクス講義シリーズ全15回の収録を終た。 収録にほぼ2ヶ月かかったことに。

これでようやく土日や祝日に収録に出てくる必要はなくなる。 と言っても自由になるわけでなく次のミッションが待っているわけであるが。

授業の動画としてアップロードする前に全て見てチェックしてくれた大学院生の小野さんには感謝しかない。 ありがとうございました。

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Characterization of brown adipose tissue thermogenesis in the naked mole-rat

Written by Hidemasa Bono in papers on 火 10 11月 2020.

ハダカデバネズミの褐色脂肪論文

Characterization of brown adipose tissue thermogenesis in the naked mole-rat (Heterocephalus glaber), a heterothermic mammal https://doi.org/10.1038/s41598-020-74929-6

2020年4月末にbioRxivにプレプリントとして公開されていたハダカデバネズミの褐色脂肪論文が査読論文誌である Scientific Reports に出版された。 個人的には、今回初めて発現定量値をDDBJのGenomics Expression Archive(GEA)に登録(E-GEAD-294)、それが公開された例となった。 ただ、プレプリントとして論文をアップロードした際にすでにデータは公開してあるので、このタイミングで公開した、というわけではないのではあるが。

これもまた、老化細胞死論文の時にも書いたように、first authorの(当時)学生さんがデータ解析方法を覚えて自らやってくれた実例で、そちらの意味でも大変嬉しい。 繰り返しになるが …

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Home Coming Day 2020

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 07 11月 2020.

第14回広島大学ホームカミングデー

広島大学ホームカミングデーのウェブサイトによると

広島大学ホームカミングデーは、広島大学と広島大学校友会が卒業生や元教職員などを招待して歓待するイベントとして、毎年11月の第1土曜日に開催しております。在学生、教職員はもとより、市民の方々にもご参加いただき、大いに交流・情報交換をしていただく事業として展開いたします!

ということで、理学部生物科学科ではご出身の先生による講演会があったので、参加。 これに出るため、これまで週末の土日に続けてきたバイオインフォマティクス講義の収録を今日は取りやめ。 その分、今週あった祝日(11/3)に収録しておいたし。 内容はその先生のこれまでの研究人生に関してで、普段聞けないような話をうかがうことができた。 自分も頑張ろう、と思わせていただける内容で、やはり参加してとてもよかった。

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October2020

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 31 10月 2020.

2020年10月を振り返って

これのためにここにいると言っても過言でない。卓越大学院のバイオインフォマティクス講義シリーズがついに始まった。 しかしながら、オンデマンド講義のため、Zoomを使った独自の収録方法で収録を続けているものの、反応がわからない。 本当、手探りである。 その収録も途中で途切れてはいけないので平日には作れない上に週2回のペースで作っていかないといけないため、土日に出て作る週末が続いている。 10月末時点で11回分を作成したので、残りはあと4回で先が見えてきた。 体力と気力の限界が来る前になんとか乗り切れそう。

その状況下で並行して科研費も書いて、共同研究者の方がの多大なる助力をいただいてなんとか締め切り前に提出できた。

7月以来となったが、共同研究の論文が一つ公表され、2020年に出版された査読論文8本、プレプリント含めると14本となった。

  1. TUATinsecta論文 (査読あり)https://doi.org/10.1038/s41598-020-74590-z

それ以外にも転職後初めて獲得した予算での依頼出張を共同研究者にお願いして来てもらったり、ついに自らの外泊を伴う出張の手配をしたり。

大学のホスティングサービスの移行に伴い、bonohulabのウェブサイトも引越しを行い、https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/のURLでアクセスできるように。

しかしなんといっても一番大きなイベントは、博士課程後期の学生がラボに入ったことだろう。 社会人大学院生のため普段からラボにいるわけではないものの、これまでの自分1人のラボという状態とは違う。 今後も人がさらに入る可能性を想定して、机や椅子、パーティションなどを買って準備したのも今月の大きな変化であった。 その結果、ラボに入って右側は激変し …

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VariantRecipe 1month

Written by Hidemasa Bono in RecipeBook on 日 25 10月 2020.

バリアントレシピ本出版1ヶ月

2020年9月25日に「バリアントデータ検索&活用 変異・多型情報を使いこなす達人レシピ」(以下、バリアントレシピ本)が出版されてから早いもので1ヶ月が経過した。 無事、Amazonでの発売も開始され、今月(2020年10月)頭に広島であった日本癌学会学術総会でもお披露目がなされた。 例年であればこの時期に色々行われる学会年会や大会などで書籍展示があり、そこで実際に手に取って見てもらう機会があって、twitter上でその反応があったりするのを楽しみにしていたのだが。 今年はしょうがないですね。 それでも何度かその分野「遺伝学・遺伝子工学」でのベストセラーとなってたり。

どんな中身か、ちょっと見てみたい方向けに、TogoVarの解説の部分がWeb立ち読みコンテンツとして公開されているようなので、そちらを読んで雰囲気を確認し、まだお持ちでない方はぜひポチってください。

ヒト関係の研究者だと(おそらくもうすでに)バリアントデータ解析は避けては通れない事項になっているし、またそうでない分野の研究者であっても以下のtweetに書かれているようにすぐに必要となる解析かと。

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TUATinsecta paper

Written by Hidemasa Bono in papers on 木 15 10月 2020.

TUAT insecta論文公開

2020年10月15日、TUATinsectaデータベースの論文が公開された。 昆虫とそれが食べる植物(食草)の関係をデータベース化して、そこから見つけてきたことを掘り下げてまとめる、というDB利用の理想的なカタチにまとまっている。

Construction of TUATinsecta database that integrated plant and insect database for screening phytophagous insect metabolic products with medicinal potential https://doi.org/10.1038/s41598-020-74590-z

東京農工大学大学院 農学研究院生物生産科学部門 動物生化学(昆虫系)研究室との共同研究だが、あくまで先方がメイン。 私はその公開にあたり、TOGODBを使うことを勧めたりとか、そういう脇役での貢献。

2020年は、これで査読論文8本目、プレプリント含めると14本目。 そして …

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Bioinformatics Lecture 2020 halfway

Written by Hidemasa Bono in misc on 日 11 10月 2020.

バイオインフォマティクス講義収録折り返し

9月の中頃から始めた卓越大学院のバイオインフォマティクス講義シリーズ全15回の8回目の収録を終え、ようやく半分の収録を終えたことに。 見ての通り、訪問者のない土日や祝日を利用して収録している。

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Relearn Metabolism

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 09 10月 2020.

忙しい人のための代謝学

とあるきっかけで、忙しい人のための代謝学〜ミトコンドリアがわかれば代謝がわかる 田中文彦 羊土社をご恵送いただく。 網羅的な教科書というよりは「学び直し」のとっかかりを作ってくれる本で、ここで再び目にしたことを元に分厚い教科書の該当項目を見返す、そういう使い方が想定されているのではないだろうか。

忙しい人のための代謝学

これまで長年にわたって研究活動で代謝経路というか、代謝マップとにらめっこしてきた私にとってはもちろん断片的に知識として蓄えてきたことが多く書かれている。 しかしながら、この著者の先生の捉え方や医学的な経験を元に、非常に明快に各項目が解説されている。 医学的な視点というのはやはり自分には欠けており、これまでとは違う角度から代謝学を学び直すことができた。

これからも、いやこれからはもっと眺めることになるはずなので、この知識はきっと活かされることになるだろう。 素晴らしい本のご紹介、ありがとうございました!

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2020 Nobel Prize in Chemistry

Written by Hidemasa Bono in misc on 水 07 10月 2020.

ゲノム編集で2020ノーベル化学賞!

昨年2019年10月7日に低酸素研究で共同研究者たちの師匠であるGregg L. Semenza先生が2019ノーベル生理学・医学賞を受賞された。 奇しくもその2週間前に日本癌学会学術総会と関西医科大学でダブルヘッダーで講演を拝聴しており、自分がここ10年以上関わってきた分野での受賞をとても嬉しく思っていた。

そしてその一年後の同日、2020年10月7日。 今度はゲノム編集のための手法の開発でEmmanuelle CharpentierさんとJennifer A. Doudnaさんのお二人が2020ノーベル化学賞を受賞された。 この4月からゲノム編集の卓越大学院(ゲノム編集先端人材育成プログラム)のバイオインフォマティクス教育を本務として、ゲノム編集イノベーションセンターで仕事をさせていただいたおり、またもや近しい分野での受賞となってとても嬉しく。

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Symposium105 2020

Written by Hidemasa Bono in misc on 月 05 10月 2020.

オンラインのトーゴーの日シンポジウム2020

10月5日は、トーゴーの日。 今年でついに10回目だが、やはり今年はトーゴーの日シンポジウムもオンラインに。 今年からはついに、なかのひとではなくなったがポスター発表を。

もはや「ポスター」という名称は不適切かな、とzoomの画面共有を使って受け答えしていて思った。 スクリーンショット取るな、とかそういう要請もどうなんだろう、と。 そもそもCC-BYで「ポスター」コンテンツ出しているんだし。 チャット機能の無効化もなんか寂しい感じがした。 そこが荒れるのが嫌なのであれば、せめてハッシュタグ決めといてTwitterなどで場外議論とかを誘導してもよいんじゃないかと。

いろいろとモヤモヤが残ったオンラインなトーゴーの日だった。

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pre sakamatsuri

Written by Hidemasa Bono in misc on 日 04 10月 2020.

酒まつり2020前哨戦

10月1日にお客さんを連れて賀茂鶴さんに行くと、日本酒の日、ということで。

本来なら酒まつりで出すはずだったお酒が売っていたので、もう買うしか選択肢がなく。 今年は10/10,11にオンラインで酒祭りをやるということで。 盛り上げて参りましょう。

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79th JCA

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 03 10月 2020.

第79回日本癌学会学術総会

今年2020年の癌学会学術総会は、広島での開催だった。 ちょうど自分が広島に異動して、いいタイミングで多くの人と再会し、またその前後に多くの人が新しいラボにきてくれるものだと思っていたのだが。。

COVID-19のため、多くはオンライン開催となり、シンポジウムなどの一部のみがオンサイト(オフライン)開催となった。 幸い自分の発表(演題名:Development of genome editing data analysis environment for cancer research)はシンポジウム(ゲノム編集によるがん研究と治療への展望)に選んでもらったため、オンサイトとなり、これまでの学会と同じように会場に行って話すこととなった。 ただ、聴衆の数は例年に比べてワンオーダー少なく、20人ほどだった。 自分の発表時には、オンラインでは40アカウントほどアクセスがあったらしいと聴いてくれた人から教えてもらった。 中身としてはこれからやっていく内容に関してちゃんと発表できたので、それはそれで良かったのだが。

企業展示もオンサイトではなく、唯一あったのが書籍販売だけ。 それも例年よりも小規模で、せっかくこの時を目指して「バリアントデータ検索&活用 変異・多型情報を使いこなす達人レシピ」の出版を間に合わせたのにちょっと残念な感じで。 オンラインの方でもっと盛り上がってくれるとありがたい。

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You are (not) alone

Written by Hidemasa Bono in misc on 木 01 10月 2020.

ぼっちラボでなくなった?

大学院は10月入学もありまして。 生命医科学プログラム博士課程後期の社会人大学院生として入学された小野さんが、bonohulab最初の学生として今月2020年10月から所属することになりました。

社会人大学院生はお仕事がメインでその合間に大学院での研究をされるというハードなものですが、それでも学びたいという熱意に敬服。 そういうわけで、学生が増えたものの、普段からラボに物理的に居るわけではなく、ぼっちラボは事実上継続。

また、来年2021年4月入学の博士課程前期(いわゆる修士課程)ならびに博士課程後期の学生、募集中です。 おそらく今月中頃には募集要項が出るのではないかと。

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September2020

Written by Hidemasa Bono in misc on 水 30 9月 2020.

2020年9月を振り返って

ついに来月10月からとなった本務中の本務である卓越大学院のバイオインフォマティクス講義シリーズ全15回の準備がメインの毎日。 オンデマンド対応が必要となって、収録を開始するなど。 PowerPointのプレゼンテーションだけで完結せず、ウェブブラウザやターミナルを多用する講義に対応すべく、Zoomを使った独自の収録方法を採用して。 また、今回初めての試みとして、WSL2を使うことでWindows10上でも同様のコマンドライン操作ができるように配慮、実際にそれをできる限り確認しながら。

もちろん、ひき続き予算獲得のための諸々も並行して、月末には科研費も取り掛かり出した。 その合間に書き溜めてきていた、研究生活25年の節目を振り返る「ゲノムと私の四半世紀」を公開。 それは、研究生活10年目の時に「RNAと私の10年」として書いたものの流れで、今度はゲノムを、ということで。

今月(2020年9月)も先月に引き続き論文発表等なしだったが、ついに、このブログでも言及してきたように、前職時代から企画してきた今月9月25日に「バリアントデータ検索&活用 変異・多型情報を使いこなす達人レシピ」が出版。

凸版印刷様のソーシャルイノベーションニュースでbonohulabの取り組みを紹介していただいたのも、今月9月のはじめに公開された。

結局今月も、転職後半年経ったものの、外泊を伴う出張はまだない。 しかし、外泊を伴う出張の予定が入りったり、外部での講演依頼が出始めてきた …

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WSL2 for Bioinformatics

Written by Hidemasa Bono in misc on 日 27 9月 2020.

WSL2でバイオインフォマティクス

Windows Subsystems for Linux2(WSL2)を使って、ubuntuをインストールしたことは2ヶ月ほど前のエントリに書いた。 その際、いくつかのツールがaptの仕組みを使ってインストールできることも確認し、実際に重めのBLAST検索をやってみるなどもうまく行った。

実際のバイオインフォマティクスの現場で使えるか? それを検証するためにこのqiitaの記事Dockerのドキュメントを参考にDockerをインストール、cmatrixを動かしてみたり。

% docker run --rm --log-driver none -it beezu/cmatrix

これでMacと同様にDockerなツールをお試しで動かしてみるということもWSL2上でできるはず。

さらに使いやすくするために、Biocondaをインストールするなど。 普通にBiocondaのドキュメントの通りインストールするだけだが、特に何かコツがあるわけでもなくWindowsではなくLinuxとしてインストールするということだけ。 Biocondaが入ったら

% conda install -c bioconda emboss

などとすると普通にEMBOSSがインストールできる。 これでEMBOSSのプログラム資産が利用できる。 なんて素晴らしいことではありませんか。

その際 …

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