曖昧配列パターン検索

Written by bonohu in misc on 金 05 5月 2017.

配列パターン検索はUNIX的にはgrepでできるが、バイオな配列に対してだと、パターン中に改行が入った場合やヘッダ行中の「誤爆」を防ぎたい …

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samtools indexも並列化

Written by bonohu in misc on 火 02 5月 2017.

割とすぐに終わるからこれまで特に気にしていなかったが。調べてみたら、やはりsamtools indexもスレッドオプションがあった。他のコマンドと同じで-@のあと …

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BAMからCRAMへのバッチ変換

Written by bonohu in misc on 金 28 4月 2017.

ファイル変換weekになってしまったので、BAMからCRAMへのバッチスクリプトも紹介しておく。 SAMBAM変換とは異なり、リファレンスゲノム配列が必要で、それは各環境で違う場所にあると思うので、それは自分の環 …

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SAMからBAMへのバッチ変換

Written by bonohu in misc on 木 27 4月 2017.

SAMからBAMに変換して、そのまま中間ファイルを作らずにBAMをソートする。それをバッチで処理するには。 SAMファイルの置いてあるディレクトリに移動(cd)してから、以下のようなスクリプトを実行 …

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満を持して

Written by bonohu in misc on 月 24 4月 2017.

ついにこの日がやってきた。各所に働きかけた末に。

That's one small step for (a) man, one giant leap for mankind.

ただの盛り上がったミーティングに …

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背水の陣

Written by bonohu in misc on 金 21 4月 2017.

配列データ解析、頑張らないと。それを後押しする事象発生。折しもそれ関連の計算を始めていたのは、虫が知らせたか …

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SPARQLthon55 day2

Written by bonohu in misc on 金 14 4月 2017.

AWSに移設したAOE2の更新ができるように、いろいろと準備してもらいつつ。昨日やったことのまとめ。 AWSにsshできるように/Users/hoge/.ssh/configに以下の設定を追記。

host fuga
 user ec2-user
 hostname xxx.xxx.xxx.xxx
 identityfile /Users/hoge/.ssh/fuga.pem

そして [shell …

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SPARQLthon55 day1

Written by bonohu in misc on 木 13 4月 2017.

AOE2いよいよ公開へ。セキュリティ強化と停電のないサーバーでのサービスを、ということでAWS化を急遽。達人たちに教えてもらい、AWSでセットアップしてもらう。いろいろと …

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Trinity実行時のFASTQヘッダ問題

Written by bonohu in misc on 月 10 4月 2017.

Trinityを実行する際にFASTQのヘッダが問題となる事例。以前から同様の事が起きており、その場合は、 [shell] bzcat file.fq.bz2 | awk '{if(NR%4==3) $0=sprintf("'"+${index}%d"'",(1+i++)); print;}' | awk '{if(NR%4==1) $0=sprintf("'"@${index}%d"'",(1+i++)); print;}' | bzip2 …

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諸行無常

Written by bonohu in misc on 日 09 4月 2017.

未来永劫続くプロジェクトやデータベースはないとはわかっていても、その継続を仮定してしまうのはなぜだろう …

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国立遺伝学研究所一般公開2017年

Written by bonohu in misc on 土 08 4月 2017.

DBCLSが三島の国立遺伝学研究所に移転した2014年から毎年の参加で、これで4回目。しかしながら、雨になったのは初めてと。 去年に引き続き、公開講演会の撮影補助。もちろん撮影にかかわる …

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春の嵐

Written by bonohu in misc on 日 02 4月 2017.

三島も4年目に突入。年度頭から締め切りに追われているが、ブレインストーミングに温泉インフォマティクス研究会単独開催 …

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2017年第1四半期終了

Written by bonohu in misc on 金 31 3月 2017.

2017年も三ヶ月が終了した。その実感はやはりない。あっという間に終わってしまった感。 本務の共同研究に関わる打合せが多かった他、科研費 …

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説明会、その後

Written by bonohu in misc on 金 24 3月 2017.

説明会。この種のそれは約十年勤めてきて初めて。わかったことは、現状今後のことはよくわからないということ。 終了 …

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命の洗濯

Written by bonohu in misc on 木 23 3月 2017.

有給休暇扱いにして、ホームワーク。所属はしていないが勤務先のある研究所で開催される公開セミナーを聞きに職 …

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csvlookが使えない

Written by bonohu in misc on 月 20 3月 2017.

ある日、タブ区切りのデータを人に見せる必要があって、csvlookを使おうとしたら

zsh: /usr/local/bin/csvlook: bad interpreter: /usr/local/opt/python3/bin/python3.5: no such file or directory

というエラー …

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SPARQLthon54

Written by bonohu in misc on 月 13 3月 2017.

三島開催。だが、急用で1日目だけの参加。 引き続き、ArrayExpressにない、RNA-seqデータを回収する件。ArrayExpressのデータと同じようにTitle行をどう取得するか、悩みどころ。いろいろな不具合が見つかってバグ出しには貢献したものの、解 …

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丸6年経った今日

Written by bonohu in misc on 土 11 3月 2017.

黙祷。もう6年、つまり小学校を卒業するだけの年数が経ってしまったと考えると、本当に時が経つのは早いという印象 …

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あの頃の未来

Written by bonohu in misc on 金 10 3月 2017.

26年前の今日(1991/3/10)、大学の合格発表だった。その時から画一的な評価基準を離れ、好き勝手にやってきたわけだが。曲がりなりに …

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足元を見られる

Written by bonohu in misc on 木 09 3月 2017.

来週の講演に向けて、外行きの靴を買いに。まったくないわけではないが、良い機会なので。「足元を見られる」という話を …

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もっと並列に!

Written by bonohu in misc on 水 08 3月 2017.

多数のプロジェクトをかかえ、それぞれにさまざまな進捗状況になるのは当たり前。それをうまく並列に御して業績 …

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三人寄れば文殊の知恵

Written by bonohu in misc on 火 07 3月 2017.

お世話になっている研究所内部の共同研究プロジェクト打合せ。今回、痛感したのは、

  1. 公共DBに関する正確な知識のアップデートの重要性

  2. 研究者間でのデータ共有 …

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2月は逃げる

Written by bonohu in misc on 火 28 2月 2017.

本当に今年2017年の2月はそんな感じだった。1月のうちは、それほど予定も詰まっておらずじっくり研究に取り組めると思っていたのだが…蓋を開けてみると …

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