SPARQLthon50 day1

Written by bonohu in misc on 月 21 11月 2016.

久しぶりの参加。ArrayExpressのmirrorに関しても目処がついて、次期開発に向けてのちょうど良いタイミング。RDFやSPARQLの利用実例として実用的なものに発展させていければいいな。 50回目のキリ番SPARQLthonのためか、参加者が多く、annexの柏での作業スペースでの参加。仲間と議論するのは楽しいが …

Continue reading »



Aspera ascp

Written by bonohu in misc on 水 16 11月 2016.

普通のftpやrsyncでコピーするとしたら、数ヶ月単位かかるような数十Tbyteのデータを転送する必要があり、先方にAsperaを設定してもらい。ascpというコマンドラインのプログラムをネット上からググって探してダウンロードインストールして、以下のようなコマンドで実行。 [shell] ascp -p -k 1 -QT -l 1G --overwrite=diff+older hoge@xxxx:hoged …

Continue reading »


第14回がんとハイポキシア研究会2日目

Written by bonohu in misc on 土 05 11月 2016.

今年(2016年)の3月に急逝したLorenz Poellinger氏の追悼シンポジウム(Professor Lorenz Poellinger Memorial Symposium)で縁の深かった方々によるプレゼンテーションは、泣きそうになる一方、彼らの研究の遍歴がうかがい知れて勉強になっ …

Continue reading »




'Update of the FANTOM web resource: high resolution transcriptome of diverse

Written by bonohu in misc on 土 29 10月 2016.

cell types in mammals' wordpress_id: 2863 categories:


READFANTOMDB論文以来、なんと15年ぶりにNucleic Acids Research (NAR) Database issueに名前が入った標記の論文が掲載。

Nucl. Acids Res. (2016) doi: 10.1093/nar/gkw995 First published online: October 27, 2016

Advance accessなのでページ数は付いてないが、DOIのcitationは変わらないので、こちらで是非。 「データ …

Continue reading »





ファイルの捜し物

Written by bonohu in misc on 日 16 10月 2016.

MacOSXだとSpotlight検索が中身まで検索対象になっていて便利だが、ファイル名でのみ検索したいときがある。しかもコマンドラインで。そういう時に使っているのがlocateコマンド。 [shell] locate hoge [/shell] でhogeを …

Continue reading »






1 month past rsyncing ArrayExpress data

Written by bonohu in misc on 月 12 9月 2016.

ArrayExpressのdataをrsync開始してから今日でちょうど一ヶ月。前回と変わらず、experimentディレクトリのミラーが終わらない。データ転送量的には、合計1.5Tbyteほど。もう1thread増やしてやっているものの。約44Tbyteと書かれている全体のデータを信じれば、あと2年半。対策を考えねば。

Continue reading »



Trailblazer

Written by bonohu in misc on 土 10 9月 2016.

昨日のセミナーで知った言葉だが、どうも気にかかると思ったら、やはり自分たちが果たしてきた役割をいう言葉だ …

Continue reading »



3 weeks past rsyncing ArrayExpress data

Written by bonohu in misc on 金 02 9月 2016.

ArrayExpressのdataをrsync開始してから3週間。だが、experimentディレクトリのミラーが終わらない。データ転送量的には、合計0.9Tbyteほどで、約44Tbyteと書かれている全体のデータからするとやはりまだまだ。thread数を増やしてみましたが、果たして。

Continue reading »



Trinityがコケる

Written by bonohu in misc on 月 29 8月 2016.

single end readsのTrinityの実行がこけて、hoge.fq.readcountファイルに以下のような記述が。

Error, cannot convert fastq file to fasta since cannot recognize read orientation as /1 or /2 (instead: F)

このエラーメッセージでググると同じ目にあった人のQAが …

Continue reading »




trim_galoreでトリミングとQC

Written by bonohu in misc on 火 23 8月 2016.

トリミングしたうえでfastqcをかけてくれるソフトがこのtrim_galore。CutadaptとFastQCがすでにインストールされていることが必須(以下の使い方だと)。 singleの場合

[shell] trim_galore --fastqc --trim1 hoge.fq [/shell]

ペアエンドの場合

[shell] trim_galore --fastqc --trim1 --paired hoge_1.fq hoge_2.fq [/shell]

Continue reading »


1 week past rsyncing ArrayExpress data

Written by bonohu in misc on 金 19 8月 2016.

ArrayExpressのdataをrsync開始してから1週間。atlasディレクトリは終わったものの、残りの2つ、arrayとexperimentは終わらない。データ転送量的には、合計0.4Tbyteほどで、約44Tbyteと書かれている全体のデータからすると1/100ほど。ただ、全部ミラーしたらこの容量になるのかどうかも今のとこ …

Continue reading »



inodeの枯渇

Written by bonohu in misc on 土 13 8月 2016.

ストレージの容量は多くの場合ファイルサイズで問題になることが多いが、たくさんファイルを作るようなプログ …

Continue reading »




TIBCO Spotfire アカデミックフリー化

Written by bonohu in misc on 火 09 8月 2016.

先日の沼津でのワークショップで伺った、嬉しいニュース。

アカデミアの方々などに無料でご利用頂けるようになりました。 TIBCO started free of charge Spotfire License. http://spotfire.tibco.com/better-world-donation-program/

本当かと思 …

Continue reading »




SPARQLthon46 day2

Written by bonohu in misc on 火 26 7月 2016.

昨日の続き。直で職場のサーバーにsshできないのはやはり不便だ。 やはり、1日経ってもファイルリストの取得、終わっていない…。定期的にrsyncするように早くしたい。が、昼前に終わったので、実体の取得を開始 …

Continue reading »


SPARQLthon46 day1

Written by bonohu in misc on 月 25 7月 2016.

今回はいつもと違い、DBCLSではなく新潟大学での開催ということで、RDFやSPARQLの入門的な講習会がほぼ1日開催された。こういうスタイルは新しいが、こういう形の地方行脚重要。 こちらはいつものハッカソンで …

Continue reading »


SPARQLthon@新潟大学

Written by bonohu in misc on 日 24 7月 2016.

明日、明後日(2016/7/25-26)に、新潟大学にてSPAQRLthon開催(SPARQLthon46)。いつもの柏とは別の地域で開催することは、RDFの普及という意味で重要だと思う今日このごろ。そういった研究活動をしてい …

Continue reading »


非モデル生物から新規モデル生物へ

Written by bonohu in misc on 土 23 7月 2016.

前職では、基礎と臨床を医学の研究をやろうということで、ノーベル賞を取った線虫(C.elegans)を使ったprogramed cell deathの研究が当時もてはやされていたこともあってそちら方面の可能性を探っていた(ちなみに、「き …

Continue reading »


アクセッション番号のバージョン

Written by bonohu in misc on 金 22 7月 2016.

データベース(DB)、とくに塩基配列DBは公共DBに登録しないと論文が受理されないこともあって、DBのアクセッション番号(ID)に関する認知度は高いようである。しかしながら、アクセッション番号のバー …

Continue reading »





'Shizuoka.py #5'

Written by bonohu in misc on 日 10 7月 2016.

- Docker

静岡県富士市吉原で開催されたShizuoka.py #5に参加してきた。第3回目から参加しているものの、自分でscratchからPythonのコードを書くことは少なく、そのリソースを利用させてもらって何かを …

Continue reading »





SayaMatcherはどうなったのか?

Written by bonohu in misc on 金 01 7月 2016.

かつて埼玉県狭山地方に勤務していた時にSayaMatcherという計算する仕組みを作って、転写因子結合配列などをゲノム配列から探しだし、それらをBED形式やらで出力し、ゲノム …

Continue reading »


2016年前半戦終了

Written by bonohu in misc on 木 30 6月 2016.

今年も早いもので前半戦終了。出張はかなり多かったようで、外泊数がなんと合計43泊。一月に約7泊ということで、勤務日の約1/3は外勤だったという計算。どこ …

Continue reading »




2016 BioHackathon 4日目

Written by bonohu in misc on 木 16 6月 2016.

一昨日に仕込んだArrayExpress(AE)のファイルリストの取得が終わったので、AOE1の更新を続き。もうちょっとファイルリストが高速に得られれ …

Continue reading »