命の洗濯

Written by bonohu in misc on 木 23 3月 2017.

有給休暇扱いにして、ホームワーク。所属はしていないが勤務先のある研究所で開催される公開セミナーを聞きに職 …

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csvlookが使えない

Written by bonohu in misc on 月 20 3月 2017.

ある日、タブ区切りのデータを人に見せる必要があって、csvlookを使おうとしたら

zsh: /usr/local/bin/csvlook: bad interpreter: /usr/local/opt/python3/bin/python3.5: no such file or directory

というエラー …

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SPARQLthon54

Written by bonohu in misc on 月 13 3月 2017.

三島開催。だが、急用で1日目だけの参加。 引き続き、ArrayExpressにない、RNA-seqデータを回収する件。ArrayExpressのデータと同じようにTitle行をどう取得するか、悩みどころ。いろいろな不具合が見つかってバグ出しには貢献したものの、解 …

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丸6年経った今日

Written by bonohu in misc on 土 11 3月 2017.

黙祷。もう6年、つまり小学校を卒業するだけの年数が経ってしまったと考えると、本当に時が経つのは早いという印象 …

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あの頃の未来

Written by bonohu in misc on 金 10 3月 2017.

26年前の今日(1991/3/10)、大学の合格発表だった。その時から画一的な評価基準を離れ、好き勝手にやってきたわけだが。曲がりなりに …

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足元を見られる

Written by bonohu in misc on 木 09 3月 2017.

来週の講演に向けて、外行きの靴を買いに。まったくないわけではないが、良い機会なので。「足元を見られる」という話を …

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もっと並列に!

Written by bonohu in misc on 水 08 3月 2017.

多数のプロジェクトをかかえ、それぞれにさまざまな進捗状況になるのは当たり前。それをうまく並列に御して業績 …

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三人寄れば文殊の知恵

Written by bonohu in misc on 火 07 3月 2017.

お世話になっている研究所内部の共同研究プロジェクト打合せ。今回、痛感したのは、

  1. 公共DBに関する正確な知識のアップデートの重要性

  2. 研究者間でのデータ共有 …

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2月は逃げる

Written by bonohu in misc on 火 28 2月 2017.

本当に今年2017年の2月はそんな感じだった。1月のうちは、それほど予定も詰まっておらずじっくり研究に取り組めると思っていたのだが…蓋を開けてみると …

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出会いを大事に

Written by bonohu in misc on 土 18 2月 2017.

今回の東京連続出張の機会に複数の知り合いと再会。人との出会いの中から自分のアイデンティティを再確認。ちょ …

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SPARQLthon53 day2

Written by bonohu in misc on 金 17 2月 2017.

昨日でデータは取ってこれるようになったので、それを整形して必要なデータだけ抽出できるように。

まずは、BioProject(PRJから始まるID)と …

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SPARQLthon53 day1

Written by bonohu in misc on 木 16 2月 2017.

前回に引き続き、DBCLS SRAのAPIをいじる。AOE2.0に必要なデータを作成するパイプラインを作成するために。 前回上手くいかなかったREST APIによる大量データ取得を再度試みる。BioProjectのデータでGEO SeriesのIDを持つエントリとSRA中のRNA-seqエントリのメタ情報の取得ができるようになった。ポイントは1000件ごとのデータ取得。 ただ、取ってきた結果は改行を含んでいな …

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歴史は繰り返す

Written by bonohu in misc on 火 07 2月 2017.

約20年前、大学院生だったころと全く同じ手順を、対象配列セットを換え、ツールを換え、やっていることにふと気づく。かつ …

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RSEM (RNA-Seq by Expectation-Maximization)

Written by bonohu in misc on 月 06 2月 2017.
RSEM is a software package for estimating gene and isoform expression levels from RNA-Seq data.

というわけで、Trinityで遺伝子クラスターを作成した後に、Trinityがインストールされているディレクトリ(うちの環境だと /usr/local/Cellar/trinity/2.3.2/)中のutilディレクトリにある align_and_estimate_abundance.pl を実行する際に使 …

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WordPressテーマ変更

Written by bonohu in misc on 日 05 2月 2017.

鯖が復活して、WordPressの設定をいろいろいじっていて、気分転換にWordPressのテーマを変更してみた。バックアップ先"ぼうのブログ(Backup)"で使っていたテーマそのものだが、バナーの写真を伊 …

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bonohu.jp鯖復旧

Written by bonohu in misc on 土 04 2月 2017.

マシンも老朽化しているので、別の例にもあったようにマシンリプレイスが必要となるかと思いきや、単にInternet connectionが切れていただけ。約2週間ほどダウンしていたわけだが …

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Papers using RefEx

Written by bonohu in misc on 火 17 1月 2017.

RefExを使ってくれている論文たちを、2017年1月現在でリストアップ。PMCの全文検索、Google Schalor、そして出版社提供のalertによる定点観測から得たデータを総合。6本あって、やはり医学系ばかりという特徴。思ったよりも多かった印象。

  • Murine colon proteome and characterization of the protein …

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Papers using RefEx

Written by bonohu in misc on 月 16 1月 2017.

RefExを使ってくれている論文たちを、2017年1月現在でリストアップ。PMCの全文検索、Google Schalor、そして出版社提供のalertによる定点観測から得たデータを総合。

  • Murine colon proteome and characterization of the protein pathways. doi: 10.1186/1756-0381-5-11

  • Aberrant IDH3α expression promotes malignant tumor growth by inducing HIF-1-mediated metabolic reprogramming and angiogenesis. doi: 10.1038/onc.2014.411

  • Gene Expression …

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Identification of functional enolase genes of the silkworm Bombyx mori from

Written by bonohu in misc on 土 14 1月 2017.

public databases with a combination of dry and wet bench processes wordpress_id: 3081 categories:


2016年年末にacceptになったとブログエントリ「Pfamから得たプロファイルHMMでhmmsearch」で書いた論文、ついにpublish。

**Identification of functional enolase genes of the silkworm Bombyx mori from public databases with a combination of …

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DOIのすゝめ

Written by bonohu in misc on 火 10 1月 2017.

Nucleic Acids Research誌では、毎年年頭にデータベース特集号(Database issue)が刊行されている。いつからかは知らないが、私が大学院生の頃(20世紀末…)にはす …

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2016年出張外泊数

Written by bonohu in misc on 火 27 12月 2016.

一昨年から数えだしている「仕事で外泊」した日数。明日(12月28日)で2016年仕事納め、というわけで、2016年の日数確定。 なんと77泊。 1年は365日なので、単純に計算しても5日に1日は外泊している。2014年50泊、2015年65泊だったので …

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Trim Galore! のインストール

Written by bonohu in misc on 月 26 12月 2016.

Trim Galore! (trim_galore)を使うためにはfastqcとcutadaptのインストールが必要となる。cutadaptはpipでインストールできるのだが、そのpipはデフォルトでは入っていない。 pipのインストールには、いくつかのやり方があるが、ここではhomebrewでpython3を入れて、その際に入るpip3を利用する方法をとる。ここでpython3,pip3と末尾に3が付いているのは、pythonのバージョン3のそれ、というこ …

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Trinityの結果をtransdecoderでアミノ酸配列に翻訳する

Written by bonohu in misc on 月 19 12月 2016.

先日のAJACSadvanced講習会で、Trinityで得た結果をアミノ酸配列に翻訳するプログラムをここで言及していないのに気がついたので。Trinityで得られるのは塩基配列レベルの情報で、それをアミノ酸配列に翻訳してくれるのがこのtransdecoder

brew install -v transdecoder でインストールされる。

#!/bin/sh
TransDecoder.LongOrfs -t Trinity.fasta …

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BH16.12 1日目

Written by bonohu in misc on 月 12 12月 2016.

今日2016年12月12日から、国内版Biohackathon(BH16.12)、山口県湯田温泉にて。「公共遺伝子発現データ目次AOEを使ったデータ解析事例作成」というテーマで取り組む予定。遺伝子発現デ …

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'Mishima.syk #9'

Written by bonohu in misc on 土 10 12月 2016.

今回が9回目のMishima.syk(ミシマ・エス・ワイ・ケー、三島創薬勉強会)。今回は仮想環境の上のLinuxでTensorFlow(てんさーふろー、と読むらしい)と …

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ArrayExpressデータのFTPミラーサイト構築

Written by bonohu in misc on 月 28 11月 2016.

要するに、ArrayExpressのデータをコピった。やった事自体、簡単そうだが、転送量が数十TByteもあると、そう簡単にいかなかった。2016年5月に英国Cambridge郊外のHinxtonにあるEuropean Bioinformatics Institute(EBI)に行って打ち合わせして …

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SPARQLthon50 day2

Written by bonohu in misc on 火 22 11月 2016.

地震で飛び起きたSPARQLthon50の2日目。結局、ArrayExpressのmirrorは終わらず。来月のSPARQLthonへと持ち越し。それ以外のデータ収集手段についてupdateしていただき、より簡単に高速にデータを取得できる …

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