参照発現データ閲覧システム

Written by bonohu in misc on 月 01 3月 2010.

明日の内部お披露目(仁義切り)に向けてとりあえずの見てくれだけを整えるもまだまだ精査できておらず、アルファ版どまり。各組織ごとに発現の高いものから順にリストアップできるところまで作ったらベータ公開するつもり。

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サクラサク

Written by bonohu in misc on 月 01 3月 2010.

もう弥生。もしや、東京大学工学部1号館前の早咲きの桜は…と思ってランチがてら前を通ったところ、1,2分咲きといったかんじ。

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明日

Written by bonohu in misc on 土 27 2月 2010.

何かが起こるらしい、と。めでたい話だが、一抹の寂寥感もあったり。でも、さすが私とは違っているな…。

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医学と芸術展

Written by bonohu in misc on 金 26 2月 2010.

招待券を戴いていたこともあり、行ってみる。博物館ではなく、森美術館での展示だが、普通なら見ごたえある内容だったと思う。ただ、普段からアナトモグラフィー/Bodyparts3Dの作成現場が間近にあるため、それほど斬新感はなかったのだが。ただ、artとしてmedicineを見るという切り口は素晴らしいし、今後ますます注目されていくのだろうなあと思うと同時に、もっと最先端のことをより多くの人に分かってもらえるようにリソースを整備すべきだという使命感も湧いてきたというのが正直なところ。

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早くもそういう時期

Written by bonohu in misc on 木 25 2月 2010.

昨日で一人、今日で二人がRA最後だったり。彼女らに大いに助けられたからこそ、統合TVは今日のコンテンツ数およびカバー率になったことは忘れてはならない。その彼女らの「卒業制作」を見守りながら、某入力インターフェースの続きを粛々と進める。お陰さまで最後のページまで大体できた。

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local統合TV

Written by bonohu in misc on 水 24 2月 2010.

の秘伝を継承者に授ける。これでますますコンテンツ消滅の確率が低くなりにけり。あんな僅かな設定の変更だけでこうも簡単にウェブサイトの複製ができてしまうApacheの凄さを知るとともに、いろいろと応用がきくように自分でもいぢりたおして欲しい。

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某入力インターフェース

Written by bonohu in misc on 水 24 2月 2010.

の続き。checkboxなデータ受け渡しができなくてはまりかけるが、いくつかサンプルコードを見ていてうまくいけるようになる。今週中にはとりあえずの形にしたい。ときおり、患者さんにやってもらうはずのアンケートの内容を入力していてそれ以外のその兆候のある身近な人にやらせたくなる衝動にかられたり。

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創業は易く守成は難し

Written by bonohu in misc on 月 22 2月 2010.

昨日の衝撃が間違いでなかったか、もう一度確認の解析。それがわかって今後どうするか考えねばならないのだが…。

明日打ち合わせがあるので発現統合の来年度やることをまとめたり。誰がどこまでやるかがポイントになりそう。また、某入力インターフェースのページ遷移方法を考えて実装したり。こちらはそうそうにとりあえずのものは作れそう。

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電光石火

Written by bonohu in misc on 月 22 2月 2010.

GEO目次+Biomart+Tibco Spotfireで遅れを取り戻すべく。とりあえずこれまでできていた、見るべき可視化まではたどりついた。これらのツール神すぎる。

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某解析@HOME

Written by bonohu in misc on 日 21 2月 2010.

家事と並行しながら。これまで用意してきたからだが、あっけなくヒストグラムがかけた。そちらはよかったのだが、もうひとつの方は原因不明でその先に進めず…

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YUZ reloaded

Written by bonohu in misc on 水 17 2月 2010.

発掘作業を行って。とりあえず、動くレベルまでは確認。平行して行っていた某計算の結果から対応付けを行ってアレなサイトを作って(ry

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肩透かし

Written by bonohu in misc on 水 17 2月 2010.

IDの件で連絡なく。そのまま進めて方針転換されてもアレなので、PCクラスタにジョブを投げるテストをしつつ。新しいRAさんに統合TVづくりを通して統合データベースプロジェクトを知ってもらおうと。

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二月も後半戦

Written by bonohu in misc on 月 15 2月 2010.

へ突入。不義理を返すべく。まずはマシンからだが、余っているlinuxなソレもなく、postgreSQLでやろうという野望はひとまずお預け。というわけで、MacOSXのmysqlで作り始めるも、mysql.sock周りでスタック。なんとかsymlinkをはるやり方で凌いで、今日はそこまで。

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センセイ

Written by bonohu in misc on 金 12 2月 2010.

と呼ばれるとハッとする。でもそれは呼ばれる人によりけり、なんだろうな、とも。一緒に仕事している「仲間」からはそう呼ばれたくはないものだ、これまでもこれからも。

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SayaMatcherTNG

Written by bonohu in misc on 金 12 2月 2010.

核内レセプターの結合サイトをゲノム中から見つけてリストアップするところから始まったSayaMatcherだが、次世代シーケンサー時代になりそれに対応した解析パイプラインの構築を目指して書き直しを始めた。まずは下流領域も考慮するように変更。EMBOSSの新しいバージョンの出力にも対応せねばならなかったり。次はChIP-Xなデータとの重なりを。

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SOHO

Written by bonohu in misc on 木 11 2月 2010.

マシンはさておき、やっぱり安定したインターネット回線は必要だな。

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’Surrender or suffer’ ではなくて

Written by bonohu in misc on 火 09 2月 2010.

立花宗茂の言葉。「大将がいかに采配をとって、ただ“進め”とか“死ね”とか言ってみても、そのような下知に従う者はいない。常々上は下を子のごとく情をかけ、下は上を親のように思うように人を使えば、下知をしなくとも思い通りに動くものだ」

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論文仕分け

Written by bonohu in misc on 月 08 2月 2010.

ツン読してきたのを。二度と読まないかもしれないものを紙媒体で取っておくのは検索も出きないし。なにより場所をとってそれなりに質量もあるのがいただけない。「論文」を意味する単語は'paper'なんだけどね。。

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WindowsXP@MBA via Bootcamp

Written by bonohu in misc on 金 05 2月 2010.

専用Superdriveを拝借して、まず雪豹化して。この辺を参考に、初BootCamp。SP3のアップデートにつまるが、「負うた子」に御教授いただき、最終的には事なきを得る。

しかし、SP3に上げてからもアップデートをして再起動する度に新しいアップデートが現れる、そんな永久機関のようなアップデートの印象。ま、幸い永久機関ではなく一応終わったが。

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