Start Python Club 37th

Written by Hidemasa Bono in misc on 水 11 7月 2018.

みんなのPython勉強会#37

前回に続いて、連続参加。おとなしく、聴衆に戻った。

第37回目の今回はPython教育がテーマということで、社内で導入した例や勉強するためのさまざまなリソースの紹介。特に、最後の@terapyonさんの「Pythonの学びの段階を自覚し適切なステップアップ方法を見つけよう〜コミュニティやチュートリアルイベントを通じて感じたこと〜」は普段講習会の講師をやっている自分にとっても参考になる点が多々あり、グッときた。単に本を紹介するという感じではなく、そのための心構えやイベントへの積極的な参加姿勢などを学び取ったつもり。

終了後のビアバッシュのじゃんけん大会で勝ち残ってしまい、azureなTシャツをゲットした。これまで持っていないいい色合い。大事にします。

次回は仕事の都合上無理っぽいが、またタイミングが合えば会場で参加したい。

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AJACS 70th done

Written by Hidemasa Bono in drbonobon on 火 10 7月 2018.

統合データベース講習会:AJACS筑波4を終えて

つくばの物質・材料研究機構で開催された統合データベース講習会:AJACS筑波4において、「ゲノムデータベースとそれを活用した配列解析入門」と題した講習を行ってきた。講習用のテキストも参加者以外の誰にでも見れるようになっている。

昼休み休憩を挟んで2時間ほど。食堂がこむ時間帯の情報があり、午前はゲノムブラウザの実習だけで早めに切り上げ、午後にはウェブブラウザ 上でできるレベルの配列解析の入門を実習を交えながら講習した。

参考図書としてあげておいた「Dr. Bono の生命科学データ解析」 こと、Bono本を読めばほぼ全部載っている内容なのだが、講習ではできる限り「本に書いてあるから発言」をしないように気をつけた。自分のパートは想定外の事態は起こらず、とくに取り乱すようなことはなく淡々と。

全体的には、githubが一時落ちていたというトラブルがあったぐらいで大きなトラブルなく。公共DBの信頼性、網羅性を訊かれるいつもの質問以外は、今回もリアクションが薄く、できているのかそうでないのか、わからない状況。主体的に学ぶキッカケになってくれているのなら良いのだが。

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Navigating Metabolism

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 07 7月 2018.

代謝ナビゲーション

Nature Metabolismが2019年1月に発刊されるらしい。約20年前に日本生化学会の代謝マップを元にKEGGのデータを作成するお手伝いをしていた私にとってみると大変驚きの事実である。当時はシグナル伝達全盛で、なぜそんな時代遅れの代謝なんてやっているのかわからんといわれたものである。

今、代謝がアツい。実は2017年にDr.Bonoの生命科学データ解析と同じ出版社(メディカル・サイエンス・インターナショナル)から、代謝ナビゲーションという翻訳本がほぼ同時期に出版されている。

この本には、代謝パスウェイの知識をデータベース化していた90年代からの研究の進捗が加味されており、さらに深く代謝を知る上で大変参考になる。 例を挙げると、低酸素誘導因子(HIF)による代謝の調節がそれである。第10章「シグナル伝達と代謝」のp176辺りに「酸素とグルコースによる転写ネットワークの調節」の節で、2000年前後から解明が進んだこの分野の知見が綺麗にまとめられている。

原著はこちら。

より深く知りたい人のための文献として第3章「解糖系」ではKEGGのGlycolysis/gluconeogenesisのURLが紹介されているのは、感慨深いものがある。URLもこの種の教科書の重要なリファレンスとしてリストされるようになったのだ。

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11 years passed

Written by Hidemasa Bono in misc on 日 01 7月 2018.

DBCLS11年

この2018年7月で、2007年7月にDBCLSに移ってはや11年が過ぎた。 日本を代表する生命科学のデータベースセンターとしてやるべきだと思ったことを自分なりに自分のできる範囲でやり散らかしてきた。 その雑多な知識の体系として、ようやく2017年の9月に『Dr.Bonoの生命科学データ解析』という形で書籍化することができ、一区切り。

drbonobon

プロジェクトを開始した当時は、動画でDBを紹介することなんて考えてなく、紙媒体の教科書としてそれをまとめて形にすることを目論んでいた。 一周回って、11年目にしてやっとそれが達成された、という考え方もできるかも。

そして、その次へ。そうやって構造化した知識(11年前当時流行っていたキーワードでいうと、「知の構造化」)を、実際のこれからの生命科学研究で活用していくこと、である。 多くの人に使ってもらいたいが、自らももちろんやる。 それを実現化するためのいろいろのため、日々奔走している今日このごろ。 これからも前向きに精進していきたい。

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Shizuoka.ngs#1 done

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 30 6月 2018.

エンジニアのための生命科学データ解析の勉強会@静岡に参加しての雑感

このブログの過去のエントリにも書いたように、Shizuoka.ngs#1が開催された。2017年の12月に拙著『Dr.Bonoの生命科学データ解析』(通称Bono本)の読書会で得た雑感を元に、今回は生命科学ガチ初心でもできる!エンジニアのための生命科学データ解析の勉強会 Shizuoka.ngs#1 として企画。場所は、前回の読書会と同じ貸し会議室@静岡駅前で。

メインは、RNAの発現量を配列カウント数から推定するRNA-seqデータ解析のハンズオン。もっと手こずるかと思ったが、エンジニア向けということで参加者のコンピュータ・リテラシが高いのか、予想を遥かに上回るペースで進んだ。これは、主催者のOさんが貸出マシンやデータを予めダウンロードしてUSB外付けハードディスクに準備してくれたばかりか、jupyter notebookのファイルも用意してくれてて。参加者は、それを一行づつ追って確かめていけばよく、勉強になったからかと。

自分は、「エンジニアのための生命科学入門」と題して1時間弱話させていただいた。@no85jさんもライトニングトーク「遺伝子発現解析で何がわかるの?」をしてくださり、なぜそのようなデータ解析をしているのかがより明確にわかったのではないかと。

次世代シークエンサーDRY解析教本に載っているやり方とは異なるalignment freeな方法によるハンズオンは今回が初めてだった。これまでのやり方だと時間内には絶対終わらず三分間クッキング方式で、すでに解析したファイルを見てもらうだけだったが、これならMacBookAirでも発現定量解析が一応自分のマシンで完了できた。今後はこちらでやると良いのかもしれない。

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Mishima.syk 12th

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 23 6月 2018.

Mishima.syk#12

8ヶ月ぶりに開催されたMishima.sykは今回12回目。5年ほど前から開催されているので、年2-3回のペースということに。

今回は発表者も多く、話題が多岐にわたり、いろんな方の発表を聞かせてもらった。名指しでコメントを求められる場面もあったが、個人的にはその場では控えめなコメントに留めるようにしたつもり。「日々是精進」かと。

今回は国際塩基配列データベース見聞録ということで、2018年5月のNCBI出張で得た雑感をざっと。実は、8回目にも同じタイトルで2016年5月のEBI出張関係で話していて、続編的であったが、初めての人も多いということで基本的なところにとどめて、撮った写真を中心にビジュアルに話してみた。最後は来週2018年6月30日のShizuoka.ngs#1の宣伝で締めた。公開できる資料はMishima-sykのGitHubにアップしてある。

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素晴らしくオーガナイズされた懇親会(一次会、二次会)にて新しく参加してくれた人と話す機会があった。「次世代シークエンサーDRY解析教本を読んで勉強した」という話を聞いて嬉しい気持ち半分、そこからさらに発展させて最新のツールをサーベイして使ってみてよかったから(次のアップデートがあるのなら)それを載せてほしい、といったさらにツッコんだ話まで聞けなかったのが残念な気持ち半分、が正直なところ。このギョウカイの流行り廃りのペースは早く、日本語の情報はすでに古くなっているかも、という目で参考にしてほしい。自分一人だけで独学でデータ解析やシステム構築の勉強をやっていくのは辛いというのなら、そういう人が集まる勉強会、例えば来週2018年6月30日の …

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Like Nishino Japan Tonight

Written by Hidemasa Bono in misc on 火 19 6月 2018.

憂しと見し世ぞ 今は恋しき

奇跡の復活を果たした友人と。いろいろ絶望していたが、話しているとポロポロと良い考えが。何事も前向きに。

ご所望のバーに久しぶりに。自分の定番ばかりでなく、たまには新しいオススメを飲んでみるのも良いことだ、と。

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Suppression of mitochondrial oxygen metabolism mediated by the transcription factor HIF-1 alleviates propofol-induced cell toxicity

Written by Hidemasa Bono in papers on 火 12 6月 2018.

共同研究論文がScientific Reportsに掲載

関西医科大学 広田 喜一 学長特命教授を中心とした研究グループによる共同研究論文 “Suppression of mitochondrial oxygen metabolism mediated by the transcription factor HIF-1 alleviates propofol-induced cell toxicity” が Scientific Reports に掲載された。転写因子HIF-1によるミトコンドリアの酸素代謝の抑制がプロポフォールによって引き起こされる細胞毒性を緩和することを示した論文で、広田さんとの共同研究論文は2本目。

前回の論文のときと同様、RNA-seqデータ解析はその発現定量化などは、first authorの方が次世代シークエンサーDRY解析教本を元に自分でやり方を覚えてやってくれてて。とはいえ、自分でやってみて出てきた疑問点を中心にお答えする会を一度開いて教え込みましたが。

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それ以外にもFigure6のGene set enrichment analysisなど、データ解析で貢献。あと、今回は配列データの登録も(前回はSRAからデータを検索してきて再利用しただけだったので登録はなかった)。これはSequence Read Archive(SRA …

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AJACS 70th

Written by Hidemasa Bono in drbonobon on 月 11 6月 2018.

統合データベース講習会:AJACS筑波4

2018年7月10日(火)につくばの物質材料研究機構で開催される統合データベース講習会:AJACS筑波4の詳細が公開され、申込みも始まった。今回、「ゲノムデータベースとそれを活用した配列解析入門」と題した講習を、昼休み休憩を挟んで2時間ほど、受け持つことになった。配列解析をするために必要なゲノムデータベースの知識と、ウェブブラウザ 上でできるレベルの配列解析の入門を講習する予定。

参考図書として拙著、「Dr. Bono の生命科学データ解析」 こと、Bono本を挙げさせてもらった。講習でも何ページに詳しく載っているから、みたいなことを多数口走ると思うので。もちろん、講習用のテキストは別に準備するけれども。

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Start Python Club 36th

Written by Hidemasa Bono in misc on 月 04 6月 2018.

みんなのPython勉強会#36

2年前に初めて参加して以来、数ヶ月に一度ぐらいの割合で予定が合えば参加してきた、みんなのPython勉強会だが、ついに2018年6月の第36回で発表させていただいた。ネタとしては、生命科学データの可視化ということで、AOEを中心に概論と詳細を。前者を私が、後者を実際にシステムの構築をやってくれている大石さんにお話いただいた。

私に与えられた15分で、生命科学データとその可視化の概論をというのは、やはりきつかったというのが印象。少々時間オーバーして進行に迷惑もかけてしまった。ネット接続が切れてて、見せたかったゲノムブラウザの可視化も表示できず…。次回以降はまたおとなしく聴衆に戻ろう。

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The self taught programmer

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 02 6月 2018.

独学プログラマー Python言語の基本から仕事のやり方まで

YouTube Live越しにこっそりエア参加させていただいた2018年5月のみんなのPython勉強会で辻さんが紹介されていた独学プログラマー Python言語の基本から仕事のやり方まで。これまで必要に迫られてPythonで書かれたプログラムの吐くエラーからコードをちょこっと直したりはしてきたものの、Pythonプログラミングをガッツリ勉強したことは実はないので、一から学び直しで読んでみようと。

まだ自分も読み進めている段階ですが、「独学プログラマー」というだけあって、書き方が丁寧で 独学向き だなと。初学者向けの文章の書き方としても大変参考になっている。

http://theselftaughtprogrammer.io/

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MOVE book

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 01 6月 2018.

トップジャーナル395編の型で書く医学英語論文

research for the best cure™::blogで紹介されていたのを見て、5月の連休前に注文。しかし、結局、連休後に手にすることになったのだが。

トップジャーナル395編の型で書く医学英語論文という名前だけあって、論文をテキストデータとして分析してevidence basedに書かれていて興味深い。Intorduction, Method, Results, Discussionの4つのパートからさらに細分化して分類し、12のパーツに分けてそれぞれに関する特徴を解説している

例文の英文や頻度分析結果等は後でじっくり見るつもりで、一通りさらっと。意外にすぐに読めてしまった。書いてあることは論文をこれまで書いてきた身にとっては経験的に知り得ている内容ではあったが、頭の中が整理された。次回論文を書く際にきっと無意識のうちに参考となるのではないかと。分野は医学系とはいえ、論文を書くすべての人に参考となる内容。おすすめ。

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May2018

Written by Hidemasa Bono in misc on 木 31 5月 2018.

2018年5月を振り返って

4月とうって変わって、宿泊回数10日。そのうち、海外出張で6泊で、大型連休期間もあり、あまり職場に居ない月となってしまった。その海外出張に間に合わせる形で、先月拡張に力を入れたAOEの更新版を公開した。その結果AOEは、ArrayExpressとGene Expression Omnibusの両方の遺伝子発現目次となった。

DB利活用の広報活動的な外部講演は、5月は2件。昨年のBono本出版が影響してか、今年度は出だしから続いている。できるだけ 月1回ぐらいのペースで、と考えていたが、5月でいきなり破ってしまった。

その分、自分自身の公共DBを使いこなした研究が低調になってしまったのが反省材料。来月6月はここを特に頑張りたい。

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Shizuoka.ngs#1

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 04 5月 2018.

エンジニアのための生命科学データ解析の勉強会@静岡

拙著『Dr.Bonoの生命科学データ解析』を題材に、生命科学データ解析の初学者や学び直したい方向けに歴史と現在の状況を理解する読書会が2017年12月に静岡で開かれた。静岡で開かれたにもかかわらずわりと盛況だったが、生命科学バックグラウンドの人が多く、そのエリアのシステムエンジニアさんの参加はほとんどなかった。

drbonobon

そこで今回、生命科学ガチ初心でもできる!エンジニアのための生命科学データ解析の勉強会 Shizuoka.ngs#1が企画された。2018年6月30日(土)、場所は前回の読書会と同じ静岡駅前。RNAの発現量を配列カウント数から推定するRNA-seqデータ解析は、生命科学初心者にも取っ付きやすいのではないかということと、次世代シークエンサーDRY解析教本にもそのやり方が載っているが、より新しい方法が使われるようになっていることなどから今回題材にあげることとなった。

NGS_DAT

私は「エンジニアのための生命科学入門」と題して最初にお話させていただきます。生命科学データ解析に触れてみたいエンジニアの皆さん、是非ご参加下さい。 申込みはconnpassのShizuoka.ngs#1のページから。会の終了後、懇親会も予定されていますので、そちらも是非。

2018年6月6日追記

ハンズオンでやる内容の資料が事前に公開されました。connpassのShizuoka.ngs#1のページからもリンクされていますが、ここです

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drbonobon is a textbook

Written by Hidemasa Bono in drbonobon on 火 01 5月 2018.

「Dr.Bonoの生命科学データ解析」は教科書

半年ほど前にも前のブログでも書いたが2017年9月に上梓した本、Dr.Bonoの生命科学データ解析(通称Bono本)に関して、教科書として執筆した ということが伝わってないかもしれないことが、やはり気になっている。

drbonobon

教科書なので、自分なりに咀嚼して、行間を埋めていく必要があるのだ。じっくりと本を読むことで基礎から学んで貰いたいという想いがあったのだが、そうではない人もおそらくは多いのだろう。以前に清水厚志さんと監修という形で上梓した次世代シークエンサーDRY解析教本のような載っているコマンドをそのまま指示通りに打ち込んだら、それができるノウハウ本というか、生命科学分野でよく使われている プロトコール本を求められている のかもしれない。もちろん、そういう方面の展開も考えてはいる。

しかしながら、分子生物学のウェットな実験のように画一的な操作でできるものは、すでにプログラム化されてしまっているのがドライ解析の常。繰り返し同じコマンドで処理する必要は減っているのである。その代わりに、手がける研究によって必要なコマンドライン処理が 多様になってくる (数年前のNatureのCommentでは、Routinely uniqueと上手く表現されている)。そうなってくると、生身の研究者がやるべき操作は 書いてあるとおり ではいかなくなってくるわけである。そういったルーチンワークではないことをどうこなしていけばよいか?そこが今問われていて、その解法の1つが、じっくり腰を据えて教科書を読んで勉強しなおすことではないかと。

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April2018

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 28 4月 2018.

2018年4月を振り返って

年度始めとあって出張が極めて少なく、宿泊回数も2日。その分、本務先で仕事を大幅に進めることができた。

とくに、AOEの拡張にかなりの時間を割いた。NCBI GEOのデータでArrayExpressには入ってなかった分を含める一連の仕組みを作成し、来月(2018年5月)から公開する。今年度はさらにSRAの検索系とのシステム的な融合を含めて、より使いやすくしていく予定。

それ以外に公共DBを利活用してもらうための広報活動も、本務としての担当を外れて久しいが、相変わらず独自ルートでも。今月は、1件外部でのセミナーをさせてもらった。昨年のBono本出版の影響もあってか、今年度は依頼も複数件来ているが、できるだけ 月1回ぐらい のペースで続けられたらと。

もちろん、自分自身でも公共DBを使いこなした研究も、昨年度までの流れを受けて、今年度も続けてやっていくつもり。

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Seminar at NCC

Written by Hidemasa Bono in misc on 月 23 4月 2018.

セミナー@国立がん研究センター

今年度、初の外部出張で、国立がん研究センターにてセミナー。10年近く前に行ったことがあるから大丈夫、と思っていたが、入り口がわからず見事に迷った。

セミナーの内容は、統合データベースプロジェクトで作成維持してきたDBカタログ、DB横断検索、DBアーカイブにつづいて統合TV、Allie、inMeXes、新着論文レビューと領域融合レビューの紹介。その後は塩基配列DB、遺伝子発現DBと紹介してその応用事例としての低酸素トランスクリプトームのメタ解析について話した。60分で話すには盛りだくさんすぎたようで、最後はだいぶ端折ってしまったが。

セミナーの入りは4,50人ほどで、公共DB利用に対する関心が高いのか、多かった。旧知の方も参加しに来てくれたり。統合TV、新着論文レビューに対する認識度も高く、聴衆の約9割ほど。だが、途中で割って質問してくるようなことはなく、おとなしめ。それもあってか、淡々と話してしまった印象が演者としては残っていたものの。

終了後に新しいサービスを知れてよかったという意見があったと後日うかがい、やっぱりやってよかったな、と。まだまだ広報活動は必要だし、DBの維持同様、継続してやっていくべきことだと改めて実感。また別の研究所や大学に話に行きたい。お忙しい中お呼びいただき、ありがとうございました。

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ぼうのブログ resumed

Written by Hidemasa Bono in misc on 日 08 4月 2018.

ぼうのブログ再開

ぼうのブログを復活させました。古いコンテンツのインポートを試みていますが、今のところWordPressのXMLからmarkdownへの変換がうまくいかないので、古いコンテンツはぼうのブログ(Backup)から見れるように残してあります。

技術的なメモは、bonohu blogに(英語)。ぼうのブログ(ここ)は日本語での雑記がメインになる予定。

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自宅鯖絶不調

Written by bonohu in misc on 金 05 1月 2018.

自宅鯖にしているMac miniの調子がここのところ悪い。今朝はおそらく早朝に勝手に再起動していたし、さっきはちょっと出かけている間に固まっていた。前者は瞬電の可能性もあるのでアレだが、後者は明らかに不調の表現型。wordpress.comのバックアップサイトを常時起動するようにしておくかな…。

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冬休みの宿題その1

Written by bonohu in misc on 木 04 1月 2018.

ある本の分担翻訳をひとまずやり遂げてしまった。打ち込んだ文字数の合計、約5万字ほど。冬休みの宿題として持ってきたが、おそらくこの休み中には終わらず、冬の週末にと思っていたのだが。

その分野のことを広く知ってもらうために、母国語である日本語に翻訳することは、研究者にとってボランティア活動のようなものだ。完全な無報酬、ではないからプロボノ(pro bono publico)ということにはならないのだろうけど、対価を考えると安いものである。基本、業績にならないし、勤務時間以外にやったし。

とはいえ、翻訳することで実は自分も勉強させていただいた。よく知っているはずの知識が補完され、さらに再構成されて。早目に出版されるといいのだが…。

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Bonoがbyobuで上手にbashのスクリプトを書いた

Written by bonohu in misc on 水 03 1月 2018.

かつて紹介したbyobuであるが重宝している。とくに遠隔からたまにネットワークが切れたりすることが前提の環境における使い方で。

その場合、ローカルな手持ちのマシンではなく、遠隔のサーバーでbyobuを起動して、いくつかの時間のかかる処理を実行するわけである。私の場合、httpdのログのtail -fな監視であったり、時間のかかるデータベースのミラー作業であったり、(bashスクリプト化した)transcritopme assemblyの計算であったり、ハードディスク間のrsyncであったりする。いずれの場合も再接続した時点で現在行われている処理がリアルタイムにわかるので大変便利。

この場合、すなわちサーバーにbyobuがインストールされていないといけないのであるが、某スパコンとかでこれをやっているわけではなく、自分で管理しているマシンで立ち上げている。そうでないマシンに関してはそこから都度sshして使っている。もちろん、停電等でそのマシンが落ちてしまったらすべてのプロセスが死んでしまうのであるが。

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Trinity前処理

Written by bonohu in misc on 火 02 1月 2018.

遠隔作業が可能なので、時間のかかる処理を仕込みつつ。

fastq-dumpでヘッダを変えたFASTQでは、Trim Galore!(cutadapt)によるトリミングが失敗するようなので、仕方がなくTrinity(v2.5.1)が実行できるようなヘッダに書き換える以下のようなフィルタ(for_trinity.pl)を書いて処理。ペアエンドのみの対応。

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#!/usr/bin/perl
my $c = 0;
my $strand = shift(@ARGV); # 1 or 2
# STDIN: fastq file …

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2018年の計

Written by bonohu in misc on 月 01 1月 2018.

年頭恒例にしているその年の計。「2018年、かくありたい」

  1. 引き続き、ずっと取り組んでいるメインの仕事、公共DBの全レコードを対象としたデータ解析研究に力を注ぎ、懸案の仕事を論文化したい。

  2. その上でそれを利用した研究を進め、グラントを獲得できるようにしたい。

  3. SNSに割く時間を減らして、考えていることの情報発信をこのブログなど、他の便利ツールに頼らないやり方でより発信していきたい。

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2017年を振り返って

Written by bonohu in drbonobon on 日 31 12月 2017.

2017年を振り返って。今年は収穫の年であった。

ここのところの懸案だったDBCLSでのメインの仕事の論文が2本出版された。quanto論文RefEx論文である。それぞれGigaScience、Scientific Dataというデータジャーナルと呼ばれる雑誌形態の論文誌。我々の活動を報告する場として今後もお世話になりそう。

このぼうのブログで書いてきたことをまとめた本も紙媒体で出版できた。それがDr.Bonoの生命科学データ解析である。

また、がんとハイポキア研究会つながりの共同研究で初めて名前の入った論文(HIF-1-mediated suppression of mitochondria electron transport chain function confers resistance to lidocaine-induced cell death)が出版された。10年以上この研究会への参加を続けて、議論してきた結果。2018年にはまた別に何本か続くはず。

昆虫関係の共同研究も継続して論文(Identification of functional enolase genes of the silkworm Bombyx mori …

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2017年反省会@温泉インフォマティクス研究会

Written by bonohu in misc on 金 29 12月 2017.

温泉インフォマティクス研究会を単独開催して、2017年の反省会。場所はいつものところに。頭の整理をするために、この温泉に度々来た2017年であった。

Bono本の構想もここで考え、湯船で考えた末に思いついたことを脱衣所でメモったこともあった。第2章と第3章を入れ替えた方が良いかもと思いついたのもこの温泉で考えた末だった。

今回はそういう構想を練るとかいうよりは、現在進行しているプロジェクトを頭のなかで整理して「やきなます」イメージで。優先順位の確認というか。「確認」ばっかりしていて進んでない気もするので、もっと2018年はせめて行かねばね。

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2017年出張外泊数

Written by bonohu in misc on 水 27 12月 2017.

三島に勤務しだした2014年から数えている「仕事で外泊」した日数。本日(12月28日)で仕事納め、というわけで、2017年の日数確定。 去年と同数の77泊。2014年50泊、2015年65泊、と年々増加してきたので、今年は抑制気味にしていたのだが、結局減らなかったという結果。さらなる抑制が必要。自重もだが。

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dockerでfastq-dump(続き)

Written by bonohu in misc on 火 26 12月 2017.

- Docker

前のエントリを書いたら、pfastq-dumpを作っている@iNutさんからまた別のFASTQファイルを生成するdockerコンテナを教えてもらった。

docker run --rm -v "$(pwd)":/data -w /data 
inutano/sra-toolkit fastq-dump --split-files SRR1864696.sra

こちらの場合は、コマンドラインを見ての通り、すでにSRAファイル(.sra)を前もってローカルにダウンロードしておかねばならないが、この方がネットワークトラフィックも少なく、かなり高速である。前の例では約1時間かかった17Mreadほどのこれも3分程で。

また、この例のSRR1864696はPaired end readなので、ペアごとに別のFASTQファイルに分割する必要があるが、そのオプションである--split-filesも上記の例のように足せば問題なく反映される。

そして、データ取得も海外からではなく、日本の遺伝研にあるDDBJにあるSequence Read Archive(SRA) からダウンロードしてくることで高速になる …

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dockerでfastq-dump

Written by bonohu in misc on 火 26 12月 2017.

- Docker

SRAデータの再利用で困っているのでよく聞くのが、FASTQファイルが得られないという声。FASTQファイルでの配布は新規にはされていないので、SRA(.sra)形式でのファイルを取ってきてfastq-dumpコマンドを実行する必要があるわけであるが、このコマンドのインストールが上手く行かなかったりする模様。

そこでdockerを使ってコマンドを直接インストールすることなく実行できるようにできないかと考えたが、やはりすでにやっている人がいた

このページにある通り、SRR-ID.txtというファイルにrunのIDを改行区切りで書いて、dockerが起動している状態で

docker run -v '/Users/bono/Downloads':/tmp cyverseuk/fastq-dump SRR-ID.txt

のようなコマンドを実行するとfastq-dumpをインストールすることなしにそのrunIDのFASTQファイルがダウンロードできる。していたディレクトリ(この例の場合、/Users/bono/Downloads)の中に、SRA_downloadという名前のディレクトリが作成され、その中にFASTQが生成される。ただ、物凄く容量が大きいうえに非圧縮のテキストファイルがそのままダウンロードされてくるため、(17Mほどのreadであったが)1時間ほどダウンロードにかかったが…。

もちろん、dockerが手元のマシンにインストールされていないとダメだが、WindowsでもMacでも簡単に使えるようになっているので、とくにWindowsでデータ取得をしたい場合にはこれであっても便利かもしれない。

(続く)

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Trinityが動かない問題再燃

Written by bonohu in misc on 月 25 12月 2017.

Trinityが動かない問題再燃。使っているバージョンは2.4.0。

以前に言及したFASTQヘッダの問題かと思ってfastq-dumpをいじってみた。

fastq-dump --defline-seq '@$sn[_$rn]/$ri' --split-files hoge.sra

が、そうして生成されたFASTQファイルは逆に、trimming(Trim Galore!)が動かなくなった。そこで、普通にfastq-dumpして得たFASTQファイルにtrimming後、FASTQファイルのヘッダファイルを改変するようにフィルタを書いてやってみたところ、動かない。その際、ご丁寧にbzip2圧縮していたのだが、どうもそれがまずいような気がした。というのも、実行がすぐに終わり、結果ファイルがちゃんと出来てないからだ。そこで圧縮を解いたファイルを指定してみると…。bzip2圧縮されていることが障害になっていた模様。ひょっとするとgzip圧縮なら問題ないのかもしれないが。

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英語版プレスリリースの威力

Written by bonohu in misc on 土 23 12月 2017.

RefExの論文を2017年8月末に出したが、その英語版プレスリリースを11月頭に出してもらった。

すると、英語版のそういったニュースにも取り上げてもらい、その種の英語の著名なブログでもネタとして採用していただき。結果として論文のaltmetricsのスコアが上昇。その準備や手続きは大変だったものの、やってよかった感が非常にあった。

もし出してもらえるのなら英語のプレスリリースも是非検討すべき。次回からは必ずそうしたい。

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