Press release for meta-analysis paper for oxidative transcriptomes

Written by Hidemasa Bono in misc on 火 07 12月 2021.

酸化ストレストランスクリプトームメタ解析論文のプレスリリース

今月(2021年12月)に出版されたトランスクリプトーム公共DBのメタ解析による酸化ストレスおよび低酸素ストレス応答遺伝子の比較論文プレスリリース

bonohulabからは2021年(度)2回目、自分が関係したものでは5回目のプレスリリース。

今回もrevisionの頃から原稿を準備していて、acceptedになった11月30日に広報グループに連絡して手続き開始したものの。 ちょっと間があいて12月3日にproofreadingを返したところ、その日中にはもうpublishedになってしまい、結局出版と同時のプレスリリースは今回も叶わず。 そして今日7日にリリースとなった。

今回も英語版を絶賛準備中。

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Comparison of Oxidative and Hypoxic Stress Responsive Genes from Meta-Analysis of Public Transcriptomes

Written by Hidemasa Bono in papers on 金 03 12月 2021.

トランスクリプトーム公共DBのメタ解析による酸化ストレスおよび低酸素ストレス応答遺伝子の比較論文

ほぼ1ヶ月前に投稿と同時にbioRxivで公開した論文が査読論文誌であるBiomedicinesに出版された。 火曜日にaccepted、木曜日の夜にProofreadingが送られてきて、それを翌金曜日の午前に送り返したら、その日の遅くに公開されてしまうというスピード感はこの出版社ならでは。 それに加えて、First authorの博士課程前期の大学院生がテキパキと対応してくれたおかげもあって、非常にスムーズに出版までたどり着けた感がある。

Comparison of Oxidative and Hypoxic Stress …

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November2021

Written by Hidemasa Bono in misc on 火 30 11月 2021.

2021年11月を振り返って

先月に引き続き、今月も人の行き来の多い月となった。 自分自身も今年度初の東京出張をしたり、それとはまた別に前職の研究所への出張もあったりで。 東広島に来ていただくだけでなく、自分からも出向くことも加わって、さらに多く&深く研究の打ち合わせをすることができ、研究が進んだ。

また、本務のバイオインフォマティクス講義もオンデマンド配信完了し、レポートの提出を待つのみとなった。

そして、半年前の2021年5月に低酸素トランスクリプトームのメタ解析の論文が出た直後から企画してきた実験医学のバイオDX特集が11月19日に出版されたほか、メタゲノムデータ解析のレシピ本である「メタゲノムデータ解析 16Sも! ショットガンも! ロングリードも! 菌叢解析が得意になる凄技レシピ」も本日2021年11月30日に出版された。

英語の論文としては、2021年11月のoutputとしてはプレプリント1本であるが、bonohulabからの論文がbioRxivに。 2021年11月末までに公開された全ての論文がのべ17本となった。

  • Comparison of Oxidative and Hypoxic Stress Responsive Genes from Meta-Analysis of Public Transcriptomes …

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Bioinformatics Lecture 21 over

Written by Hidemasa Bono in misc on 木 25 11月 2021.

バイオインフォマティクス講義終了

2021/11/24で2021年度の卓越大学院のバイオインフォマティクス講義15回目の配信を開始し、全ての公開を終えた。

今回は英語対応ということでテキストは英語、しゃべりも英語を交えてということで全面的に作り直したものの、中身としてはほぼ変わらず、アップデートのある部分のみの改訂となった。 2020年は2回に分けていた統合解析を1回に減らして13回目にエピゲノムを入れたのが一番大きな変更であった。 また、14回目のメタゲノムの回がちょうどメタゲノムデータ解析レシピ本のお披露目とかぶり、その影響を受けた内容になっているところも変更的だったかと。

前にも書いたが、昨年度(2020年度)の動画は弊学のStreamに入れる人なら「バイオインフォマティクス」で検索すれば視聴することができるようになっている。 今年度(2021年度)の動画も現在のタームが終わってレポート課題が出揃ったら同様にする予定である。

昨年度に続いて今年度もオンデマンド配信となったが、受講生は何度もわからないところは繰り返して見れたり、好きな時間に見れるという利点があったように思う。 しかしながらこのオンデマンド配信ではなく、できれば対面で演習形式にした方が良いのではないかと今回も思うことが多く。 来年度の課題としたい。

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What is MetaGenome data analysis recipe

Written by Hidemasa Bono in RecipeBook on 水 24 11月 2021.

メタゲノムデータ解析レシピ本とは

いよいよ、「メタゲノムデータ解析 16Sも! ショットガンも! ロングリードも! 菌叢解析が得意になる凄技レシピ」の発売が来週の2021年11月30日となった。 その翌日から開催される第44回日本分子生物学会年会でお披露目となる。

これまでのバリアントレシピ本(真ん中)とRNA-Seqデータ解析レシピ本(右)で対象としている公共データと並んで、公共データベース(Sequence Read Archive (SRA))にそれ対象の配列データが多いのがメタゲノムである。 それらのデータを利活用するドライ解析手法を指南してくれているのが、このメタゲノムデータ解析レシピ本である。

今回のレシピ本の編者プロフィールにも書いた、以下の想いがこの本を出版しようという原動力となった。

本書を企画したきっかけは、大量のメタゲノム配列データが公共データベースに登録されているにもかかわらず、メタゲノムデータ解析手法に関する情報が成書となってはいない現状に不満を感じたからです。 RNA-Seqやバリアントデータのようにデータ解析プロトコールをまとめてレシピ本にすれば、より多くの人の手によってメタゲノムがデータ解析されるだろう、そう願ってのことです。

しつこいようだが、本に掲載されている中身のレシピは、その道の達人たちがない時間を削って書いてくれたものである。 しかも、中身のレシピはその達人たちがご厚意で公開してくれたものであり、公開されて当然というわけではない。 そこに感謝して利用していただければと思う。

序文にも書かれている通り、この本のtwitterのハッシュタグは #MetaGenomeRecipeなので、このハッシュタグをつけて読者の皆さんも情報共有してください。 感想でもいいですし、(あまりあって欲しくないですが)間違いの指摘でも結構です …

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Research Field Trip

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 19 11月 2021.

研究社会見学

bioRxivに論文をアップして一息、というタイミングで、SPARQLthonに参加していろんな人がさまざまな研究をしていることを身をもって知ってもらおうとDBCLS柏へ出張。 しかし、かつてほどあまり多く人が参加しておらず、ちょっと効果が薄かったかも。 それでも新しいことに触れて学ぶことは大いにあったようで良かった模様。

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Online seminar in the Japanese Association for Cancer and Hypoxia Research

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 13 11月 2021.

がんとハイポキシア研究会 オンライン講演会2021

がんとハイポキシア研究会オンライン講演会2021で「Bonohulab誕生 ~その経緯とこれから~」と題して話した。 毎年ほぼ欠かさず発表してきていたのが、ここ数年は他の学会と被ったり、コロナで会自体が流れたりで。

2020年の最初の論文ですらそこで発表してない状況だったので、ちょうど良い機会であった。 その後の2021年の論文bioRxivにアップしたばかりの論文も足して一通り。 今後の話についてもその後に話してとりあえず一通り。

第3回から発表したポスター(や口頭発表)タイトル一覧を出すなど、まとめ感が漂うプレゼンテーションとなってしまったが、もうこれで言い残すことはない。 今まで大変お世話になりました。 ありがとうございました。

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BioDX issue in Experimental Medicine

Written by Hidemasa Bono in papers on 木 11 11月 2021.

実験医学 バイオDX特集

2021年5月に低酸素トランスクリプトームのメタ解析の論文が出た直後から企画させていただいていた、実験医学のバイオDX特集が出版社のウェブサイトから表紙とその章立てが公開された。 また、Amazonにも掲載された。

企画から原稿締め切りまで時間も短く、執筆をお願いした方には大変な思いをさせてしまったが、個人的には公共データを利活用するという方向性のバイオDXを紹介することができ、興味深いコンテンツになったと満足している。 是非ご一読のほど。

(2021年11月11日追記) 実験医学2021年12月号のバイオDX特集号の出版に先立ち、坊農による概論の「バイオDXとは何か,なぜ今バイオDXなのか …

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MetaGenome data analysis recipe dispatch

Written by Hidemasa Bono in RecipeBook on 月 08 11月 2021.

メタゲノムデータ解析レシピ本第一報

2020年10月に広島で開催された劇的に人が少ない第79回日本癌学会学術総会。 その会場の大幅に縮小された本売り場にて発売されたばかりのバリアントレシピ本を前にしてメタゲノムもデータ解析レシピ本があるといいなあ、という話から始まったのがこのメタゲノムデータ解析レシピ本。 その後、2020年末より企画を開始して、多くの達人たちに依頼してできた、メタゲノムデータ解析のレシピ満載の本が、「メタゲノムデータ解析 16Sも! ショットガンも! ロングリードも! 菌叢解析が得意になる凄技レシピ」として今月(2021年11月)末に発売開始される。

その目次は出版社のページに。 今回も多くの達人たちに時間を割いていただき、その技を文書化していただいた。 ありがとうございました。

編者的には「メタゲノムデータ解析レシピ本」と「データ解析」を強調したいが、おそらく「メタゲノムレシピ本」とさらに短縮されるんだろうなあ。 なお、この本のtwitterのハッシュタグは #MetaGenomeRecipeのつもり。 この本に関わるtweetはこのハッシュタグを是非。

出版社のページだけでなく、すでにAmazonにも出ている

経験上、(amazonでの購入の場合)早く読みたい場合は予約はお早めに。詳報は後日。

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Home Coming Day 21

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 06 11月 2021.

第15回広島大学ホームカミングデー

広島大学ホームカミングデーのウェブサイトによると

広島大学ホームカミングデーは、広島大学と広島大学校友会が卒業生や元教職員などを招待して歓待するイベントとして、毎年11月の第1土曜日に開催しております。在学生、教職員はもとより、市民の方々にもご参加いただき、大いに交流・情報交換をしていただく事業として展開いたします!

ということで、去年に引き続きぶらっと散歩がてら。

マンホールの矢印に導かれ、先日論文が出版されて、さらにプレスリリースもしたキクタニギクの研究をされている統合生命科学研究科附属植物遺伝子保管実験施設なので、ちょうど良い機会と思い、お邪魔してきた。 広義キク属は言うまでもなく、ソテツ類も系統保存されていることは知らず。 知的好奇心を掻き立てられた見学であった(意味深)。

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The First Business Trip to Tokyo 21

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 05 11月 2021.

2021年度初東京出張

2020年12月以来、11ヶ月ぶりの東京出張。 もう普通にCOVID-19以前のラッシュに戻っていた。

全く電池が持たなくなって先月2021年10月にきたる出張に備えて買い替えたiPhoneであったが。 それにしてもiPhone13のカメラすごい。

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A new way of training students

Written by Hidemasa Bono in papers on 木 04 11月 2021.

新しい大学院生の育成方法

2021年4月に入学した博士課程前期の大学院生による以下の論文がbioRxivから公開された。 今回はなぜか通常は24時間程度で終わるbioRxivのスクリーニングに時間がかかり、uploadしてから60時間目にメールが来るというのはこれまでの最長記録だったが。

Comparison of Oxidative and Hypoxic Stress Responsive Genes from Meta-Analysis of Public Transcriptomes https://doi.org/10.1101/2021.11.01.466837

公共DBから集めてきたヒト培養細胞の低酸素トランスクリプトームに対して先輩の大学院生が論文化した研究に引き続いて、酸化ストレスによるトランスクリプトーム変化のメタ解析を同様に研究してもらった。 酸化ストレスに関しては、また別の論文で昆虫に対して解析しており(実際はショウジョウバエとその比較対象の線虫)、今回はヒト培養細胞に対してそれを集めて解析しよう、というプロジェクトである。

これは、公共データベースのRNA-Seqデータの利活用を通して、On The Job Training (OJT) で、公共DBからデータを集めたり、それらをデータ解析したりという、ドライな研究手法の基礎体力を身につけてもらう狙いがあった。 しかしながら、学生さんがものすごく優秀で6月末までには一番難航が予想された酸化ストレストランスクリプトームデータのリストアップを終えた。 そこからRNA-Seqデータ解析パイプライン …

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October2021

Written by Hidemasa Bono in misc on 日 31 10月 2021.

2021年10月を振り返って

先月末で緊急事態宣言が解除されて、研究者の行き来が再開。 そういうわけで多くの共同研究者に東広島に来ていただき、研究の打ち合わせをすることができた。 また、所属プログラム必修のセミナーがあり、普段リモートで学業に励んでいる社会人大学院生も集結してオンサイトでセミナーに出席するなど、やはり東広島に来ていただく事態に。 研究室がここ数ヶ月とは違う様相を呈した10月であった。 しかしながら、バイオインフォマティクス講義の準備があり、自分は出張することはなかったが、来月11月にはそれも解禁となる予定。

それと同時に着々と実験室の整備も図っており、そちら方面も充実してきた。

2021年10月のoutputは、査読付き論文1本とプレプリント1本。 Communications Biologyにacceptedだった論文が公開されたほか、ハダカデバネズミの共同研究の論文がbioRxivに。

  • A chromosome-level genome sequence of Chrysanthemum seticuspe, a model species for hexaploid cultivated chrysanthemum https://doi.org/10.1038/s42003-021-02704-y
  • Resistance to chemical carcinogenesis induction via a …

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Bioinformatics Lecture 21 recording done

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 30 10月 2021.

バイオインフォマティクス講義収録完了

目下の最重要事項である卓越大学院のバイオインフォマティクス講義。 本日(10/30)で全15回の収録を終えた。

ここ2週間ほど来客ラッシュで土日も出てたり、平日もミーティングが多かったが、2/3撮り終えた時点での目標

今月の10月いっぱいに収録も終えることを目標に残り5回であるが頑張っていきたい。

はなんとか達成できた。

昨年は11月中頃に終えていたが、今年は平日の午前も利用して別室で収録するようになって、スピードアップした効果が現れている。

今回Teamsのチャットも活用することで質問を電子メール以外でも受けられるようにした。 すでに使ってくれている人もいてやはり設定しておいて良かったなあと。 講義自体は後1ヶ月配信されるので、これからも活用されることを期待している。

今年度(2021)はコンテンツは英語をメインにしたため、わかりにくくなった恐れもあり。 そこで、昨年度(2020)の講義動画もリンク貼る形で見れるようにした。 その副産物として、実はこの昨年度の動画は弊学のStreamに入れる人なら「バイオインフォマティクス」で検索すれば視聴することができるようになっている。 興味のある方はぜひ覗いてみてほしい。

生命科学データ解析と道場本の2冊でほぼカバーされる内容なのだが。

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Resistance to chemical carcinogenesis induction via a dampened inflammatory response in naked mole-rats

Written by Hidemasa Bono in papers on 日 24 10月 2021.

ハダカデバネズミの炎症反応の抑制による化学発がん誘導への抵抗性論文

Resistance to chemical carcinogenesis induction via a dampened inflammatory response in naked mole-rats https://doi.org/10.1101/2021.10.21.465383

日本時間の2021年10月24日、bioRxivにプレプリントとして公開された。 ハダカデバネズミは、炎症反応を抑制することで、強力な化学発がん誘発に対して並外れた抵抗性を示すということを報告している論文。

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BMS seminar 2021

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 23 10月 2021.

所属プログラム必修のセミナー

ということで、現在のラボの学生3人全員(M1,D1,D2それぞれ1人)が集合した初めての機会となった。 みなさんしっかりと自分の研究について発表できてて、素晴らしく。 指導教員として言うことなし。

去年はD1ひとりだけ、しかも10月入学したてで。 そして何よりも私が着任して初めて、ということもあり非常に疲労した。 それに比べて1年後の今回は2回目で勝手もわかっており、気が楽だった。 今後も公共DB使い倒し系の研究をこの場で披露し、より多くの研究者に自らの研究手法として使ってもらえるよう、広めていきたい。

防寒対策万全で臨んだが、今年は去年より寒さが厳しくなく。 それでも、街路樹の葉っぱは色づいてきていた。

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Getting cold immediately 2021

Written by Hidemasa Bono in misc on 日 17 10月 2021.

急激に寒くなった日曜日

暑い日がダラダラと続いていた2021年の秋。 数日前まで夜もクーラーをつけるかという日々だったのに、急に寒くなり。 やっと秋らしくなりそうだ。

布団も急遽、冬仕様に変更。 また冬がやってくる。。

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Cancer Genome Data Analysis book preview

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 16 10月 2021.

がんゲノムデータ解析本の表紙公開

昨年2020年11月にがんゲノムデータ解析再現担当募集した、がんに特化したゲノム・オミックス解析の本の表紙が、2021年10月16日にあった日本人類遺伝学会大会のシンポジウムで講演された清水厚志さんによって披露。

とはいえまだ作業中で出版されるのは2022年3月の予定でまだ先なのですが。 これからも編集頑張ります。

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Web interface for BLAST in DDBJ suspended

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 15 10月 2021.

DDBJのBLASTウェブインターフェース停止

今日2021年10月15日に以下のようなアナウンスがDDBJよりあった。

いつかはそうなると思っていたが、このタイミングとは。 この川柳が身にしみる…。

いつまでも あるとおもうな そのサービス

今絶賛収録中の卓越大学院のバイオインフォマティクス講義では、これらのサービスを使わずにローカルに配列類似性検索(BLAST)や多重配列アラインメント(停止するサービスではClustalWとあるが、講義ではClustal-Omega)を行う方法を教えている。 特にBLASTに関しては、ウェブインターフェースが必要な場合、ローカルにsequenceserverを(Dockerを使うことで手軽に)立てて利用する方法を紹介している。 なので、直接的な影響は特にないのであるが、これらの講義の収録はちょうど終わったところでタイムリーな話題として話すことができず …

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Bioinformatics Lecture 21 two thirds done

Written by Hidemasa Bono in misc on 水 13 10月 2021.

バイオインフォマティクス講義収録2/3

目下の懸案である卓越大学院のバイオインフォマティクス講義シリーズ。 本日(10/13)で全15回の10回目の収録を終え、2/3の収録を終えた。

昨年はぼっちラボだったこともあり訪問者のない土日や祝日を利用しての収録でほぼ2本/週が限界だった。 しかし、今年は平日の午前も利用して別室で収録するようになって、スピードアップしている。

13回目には去年はなかったエピゲノムの回があり、現在その内容を検討しつつ作成。 そして、15回目の統合解析ではこの1年に色々論文として送り出した実例も盛り込んだアップデートを予定。 今月の10月いっぱいに収録も終えることを目標に残り5回であるが頑張っていきたい。

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Lunch at Gakusei-Kaikan

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 09 10月 2021.

学生会館でランチを

朝に(学生)会館食堂が土曜日もやっていること、そして他の食堂よりも多く集客したいというtweetを見て。 海鮮切り落とし丼、というメニューにも魅かれて、午前のバイオインフォマティクス講義7回目の収録後、初めて会館食堂に行ってみた。

この会館食堂、散歩がてらに何回か行ったことがあるものの、コロナで休業中だった。 なので営業している中入るのは初めて。 全然人がいなくて大変な状況なのだろうかと思っていたが、土曜日にもかかわらず、多数の学生であふれていた。 去年とは状況が異なるらしい。

それにしても、昨年(2020年)はバイオインフォマティクス講義の収録が終わるまで余裕なく張り詰めてたが、2年目の今年(2021年)は余裕あるようだ。 ここも去年とは状況が異なっている。 諸行無常。

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Mk1C is come

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 08 10月 2021.

Mk1Cがやってきた

7月末に発注してから2ヶ月以上かかってようやく、MinION Mk1Cが納品。 去年2020年の12月にMinION Mk1Bを買って以来

そしてタイミングの良いことにNanopore sequencingを(なぜか私が)教える会に間に合った。

一応無事シークエンスはできた模様。

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A chromosome-level genome sequence of Chrysanthemum seticuspe, a model species for hexaploid cultivated chrysanthemum

Written by Hidemasa Bono in papers on 木 07 10月 2021.

モデルギクの染色体レベルのゲノム配列 published

すでにbioRxivにアップロードしてあった6倍体栽培ギクのリファレンスとなる2倍体のモデルギクGojo-0 (Chrysanthemum seticuspe)の染色体レベルのゲノム配列の論文がCommunications Biologyから出版。

A chromosome-level genome sequence of Chrysanthemum seticuspe, a model species for hexaploid cultivated chrysanthemum https://doi.org/10.1038/s42003-021-02704-y

同じ研究科の草場先生との共同研究で、同じ研究科の別のグループとの共同研究による査読ずみ論文は初めて。 自分は、6倍体栽培ギクのRNA-Seqデータを公共DB(Sequence Read Archive)から集めてきて、新たに決定したゲノム配列にマッピングすることによるデータ解析で貢献させていただいた。

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BioDX special issue in JikkenIgaku

Written by Hidemasa Bono in misc on 水 06 10月 2021.

実験医学バイオDX特集

今では唯一の生命科学系月刊紙となった実験医学でバイオDXの特集を企画。 単行本はこれまで出してきたものの、実験医学の特集企画は初めて。 2021年12月号 Vol.39 No.19(2021年11月19日発行予定)ということで、日本分子生物学会年会での最新号に掲載となる予定。

現在のところ、その企画者はブンセーに行く予定ありませんが。

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Symposium105 21

Written by Hidemasa Bono in misc on 火 05 10月 2021.

トーゴーの日シンポジウム2021

10月5日は、トーゴーの日。 昨年に続いて、トーゴーの日シンポジウムもオンラインに。 去年の状況を見てもうやめようかと思ったが、大きなプロジェクトを始めるにあたり、まだ発表できるようなブツはないがその内容をポスター発表しておくべきだろうということで。

今年はオンラインに合わせて形態も変えてきたようだが、締め切りがこれまで通りなのは準備の都合なのだろうか? もうちょっと遅くしてくれたら色々追加で説明も足せたと思うがしょうがない。

昨年はチャット機能が無効化されていたが、今年は有効だったようだ。 それを使って質問してきた人がいたけど、気づかない状況もあるんじゃないかと。

それにしても質問するなら名を名乗れよな。 ちゃんとそう指定されているのに所属と名前を書いてないのはどうかと。 それはここのルール以前に人としての常識だろうに。 そういうことが守れないような人には答える気も失せる。

去年とは別の意味でいろいろとモヤモヤが残ったオンラインなトーゴーの日だった。

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Bioinformatics Lecture 21 one third done

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 02 10月 2021.

バイオインフォマティクス講義収録1/3

昨年(2020年)と同じく、9月の中頃から始めた卓越大学院のバイオインフォマティクス講義シリーズ全15回の5回目の収録を終え、1/3の収録を終えた。 昨年と異なり、テキストは英語、しゃべりは日本語をベーシックにという方針で作り直したため、内容はほぼ昨年と変えてないものの、全て作り直し。 ということで収録も全てやり直し。 昨年はぼっちラボだったこともあり訪問者のない土日や祝日を利用して収録していたが、今年は自分以外もラボにいるので会議などのない平日の午前も利用して別室で収録する形で。 しかし、それだけでは全然足りないので、やはり土日祝日にも収録している。

昨年心配した点その1

10月頭から順次学生さんはみているはずだが、反応が見えず不安な感じ。 そもそも現状ついてきてくれているのか?

に関しては、提出してもらったレポートを見る限り、90%以上の学生がついて来てくれたようだった。 難易度的には問題がなかったと思って、特に簡単にすることはしてない。 しかし、さすがにHuman reference genomeを自分のマシンでBLASTのindex作成して検索の例にするのは今年は1番染色体だけにするなど変更した。 インストールがうまくいかない人が続出したsequenceserverに関しても最初からDockerで動かすことをデフォルトにするなど。

その2の、

どうしてもWindowsという人向けにWSL2上で同様のコマンドライン操作に関しても実際にそれをできる限り動作確認の上、言及して講義動画を作っているがちゃんと進められているだろうか? そもそもWSL2でやろうとしている人はどれぐらいいるのだろうか?

これに関しても、同じくレポートによると約半数弱がWindows10上のWSL2で挑んだらしいことがわかり、今年はよりWSL2に配慮した内容に …

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We are all alone

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 01 10月 2021.

bonohulab1年半

bonohulabを始めてから今日2021年10月1日で1年半。 そんなに感慨らしきものはなく、むしろ、なんとか科研費の申請書を仕上げたという感じの方が大きい感じ。

そして同時にぼっちラボでなくなったあの日から丸一年。 昨年2020年の10月に社会人博士課程後期入学した学生がD2となった。 その間、仕事の合間に研究、論文としてまとめて投稿、reviseを経て、すでに論文が出版されてはや4ヶ月。 その研究でラボ初の大学からのプレスリリースを出したのでした。

またその間に学生もさらにD1が1人とM1が1人増えて、合計3人。 共同研究プロジェクト関係の研究員も3人。 投資していた分はきっちりとoutputしていけるよう、頑張っていかねば。

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Ref16S report in BH21.8

Written by Hidemasa Bono in papers on 木 30 9月 2021.

Ref16S report in BH21.8

2021年8月に参加した国内版バイオハッカソンBH21.8 での Metagenome analysis workflow group の報告が2021年9月30日、BioHackrXivにプレプリントとして公開された。

Rapid metagenomic workflow using annotated 16S RNA dataset https://doi.org/10.37044/osf.io/gbt8p

かねてよりドッグランの大石さんと取り組んでいたメタゲノムデータ解析のワークフローで、まとまった時間が取れたBH21.8で主に取り組んだ。 前回は公開されるまでに半年かかったのだが、今回はsubmitしてから5日、ハッカソン後約1ヶ月での公開。

今後の研究開発の一つの方向性として、このメタゲノムデータ解析の研究も引き続きやっていくつもり。

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September2021

Written by Hidemasa Bono in misc on 木 30 9月 2021.

2021年9月を振り返って

先月から引き続いての緊急事態宣言。 どこにも行けないし、来てももらえない日々再び。 しかし、翌月から始まるバイオインフォマティクス講義の準備を始めないといけなかったため、それでもよかったのだが、そこにさらに今年から早くなった科研費の締め切りが。 結構大変だった1ヶ月という印象。

月頭にあった2種類の書き物の締め切りも、自分以外のそれも含めてほぼクリアできて、編集に迷惑をかけないですんだのはよかった。 いずれも予定通り発刊されるだろう。

また、講演を引き受けたAgilentさんのウェビナーも17日にあり、その前の週はその撮影などにも尽力した。 結果として多くの方、特に職場やその近くの皆様に見てもらえたようで、とてもよかった。

BH21.8で取り組み始めたメタゲノムデータ解析のワークフロー関係に関しては引き続き取り組み、ハッカソンのレポートとしての週末には論文も書き進めた9月であった。 そして、最後の週末にプレプリントとしてBioHackrXivにアップロード。 それが9月最後の日にapproveされて、公開された。

  • Rapid metagenomic workflow using …

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Kaiko transcriptomes paper press released

Written by Hidemasa Bono in papers on 木 30 9月 2021.

カイコリファレンストランスクリプトーム論文プレスリリース

Insectsに論文を出版していたカイコリファレンストランスクリプトーム論文

Reference transcriptome data in silkworm Bombyx mori https://doi.org/10.3390/insects12060519

に関して、本日2021年9月30日に、以下の3カ所から同時に「カイコ遺伝子発現データの拡張・公開 - 昆虫活用技術開発やデータ駆動型研究促進に期待 -」プレスリリース。

  1. 農研機構
  2. 広島大学
  3. 情報・システム研究機構(DBCLS)

気づけば、2021年度、この半年で3回目のプレスリリースであった。

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drbonodojo 2years

Written by Hidemasa Bono in drbonodojo on 日 26 9月 2021.

道場本出版2年

今日(2021/09/26)で日本癌学会学術総会の会場で売り始めてから丸2年。

去年も丸1年のエントリを書いたが、この1年でさらに状況が変わった。 それは、本当に大学院博士課程前期(つまり修士課程)の学生がbonohulabに入ってきて、新しく来たプロジェクトの研究員も含めてこの道場本のセミナーを週1回、約5ヶ月にわたって一通りやり遂げたことである。 もちろんそういう状況を想定して書いたには間違いないが、まさか自分の研究室でそうすることになるとは想定外であった。 初めてということもあってやり方は手探りで、教え込むだけでなく、もっと積極的に手を動かしてもらうようにした方が良かったと反省。 来年度もまた新入生が入っているので、改善したやり方でやりたいと思っている。

2年で利用するDB側が変わってしまっていて、説明を根本から変えないといけない部分も出てきている。 また、多くのユーザが配列データ解析に参入してもらえるきっかけになりそうなWSL2での使用にも問題ないように対応させたいとも思っている。 ただ、Macの方がこれまでとは異なる自社製のチップとなって、それらの環境でちゃんと使えるのかをいまだに試せていない。 メモリが十分に搭載されたモデルが発売されるといいのであるが、2021年9月末の現在においてはそれは出てない。 コロナの状況と同じく「待ち」の段階。 こちらも状況が変わることを期待している。

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zotero can export a file in bibTeX format

Written by Hidemasa Bono in misc on 日 12 9月 2021.

ZoteroでbibTeX出力

最近は、論文の引用リストを作るのに大変お世話になっているfreeの引用管理ソフトZotero。 実はエクスポートのフォーマットにbibTeX形式も選ぶことができる。

それを使って、BioHackrXivの論文を書くのに必要な文献リストを作ることができたので、ここに。 前回そこに出したときには、文献数も少なかったので手動で入力したのだが。

文献データの収集は、Chromeの拡張機能のZotero Connectorを使って、PubMedのエントリなどを表示して拡張機能のボタンを押すだけで貯めることができる。 あとはそれをエクスポートするだけ。 とても簡単。

(2021年9月13日追記) better bibTeX for Zoteroを入れた方がいいというコメントをいただきました。

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Cancer-Hypoxia 21

Written by Hidemasa Bono in misc on 木 09 9月 2021.

がんとハイポキシア研究会 オンライン講演会2021

第3回の2006年以来ほぼ毎回参加してきたがんとハイポキシア研究会。 それから今年でもう15年にもなるが、COVID-19の影響で去年に引き続いて今年も研究会はオンサイトでは開催されず。 だが、研究会を予定していた2021年11月13日(土)にオンライン講演会をやるということで、お声がけいただいた。

Bonohulab誕生 ~その経緯とこれから~

と題して話をさせていただくことに。

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Importance of outreach activity

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 04 9月 2021.

アウトリーチ活動の重要性

漫画家で医師の永田礼路先生による「ワクチンなんだろう」。

ワクチンなんで効くのか全くわからん、て人向け

とあるが、同種の説明を求められたときにとても役立つコンテンツかと。

アウトリーチ活動の重要性について考えさせられた。 自分も何かできればいいのだが。

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Bonohulab Dojo 21 finished

Written by Hidemasa Bono in drbonodojo on 木 02 9月 2021.

21年度bonohulab道場終了

今年の年頭(2021年1月)に2刷が出た生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析実践道場(道場本)。 その道場本を使って、大学院生が所属するようになったbonohulabでは週1回約1時間ほどセミナーをしてきた。 セミナーといっても基本は私が解説して、可能ならハンズオンをやるという形式。 4月から始めて、途中お休みの週もあったものの、約5ヶ月で終えた。

実際にセミナーをやり通してみて、こちらのラボの修士1年生やウェットラボで学位をとったポスドク1年生の初心者にはちょうどいい内容だった。 医学系だとGWASなどのデータ解析が初心者には必要とされるからか、この本では不満もある模様だが。

来年度も4月から新たなM1やポスドクが入ってきたら、またこの道場本で特訓する予定。 この秋に新しい機種が発売されたらApple siliconのMacを入手して、それで取り組みたい。

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bonohulab member++

Written by Hidemasa Bono in misc on 水 01 9月 2021.

bonohulabメンバー++

ちょうど5ヶ月前の2021年4月1日にボッチラボではなくなり、 この9月1日にさらに新しいメンバーが1人追加された。

もちろん、ラボのメンバーが多ければ良いとは断じて思ってないが、ある程度はいた方が活気があって良いなあと、去年度一年たった一人でこの4月にどっと増えた今そう思う。

研究費獲得、そのための論文出版、そしてそれの根底にある研究推進、頑張っていきたい。

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August2021

Written by Hidemasa Bono in misc on 火 31 8月 2021.

2021年8月を振り返って

先月からまたCOVID-19感染者が増えて、月末にはまた緊急事態宣言。 そんな中、転職して初めてのお盆休みをとることができ、また月末には国内版バイオハッカソンBH21.8にフル参加することができた。 その一方で、シンポジウムの講師をお願いされオンサイトでの参加を予定していた第61回生命科学夏の学校はオンライン参加となった(そのおかげで、BH21.8はフル参加できることになったのだが)。

そのBH21.8では、2年前のバイオハッカソンから構想していたラボの大学院生に参加してもらうという悲願も達成できただけでなく、自らも持ち込んだ懸案もいくつか解決できた。 やはり一所に集まって直接話合えた効果は絶大だった。 特にメタゲノムデータ解析のワークフロー関係に関しては、関係者の皆さまの多大なるご協力もあって、すぐにその成果をJST NBDC 生命科学系データベースアーカイブから公開することができた。

2021年8月に公開された論文は以下の2本。

  1. Inhibiting SARS-CoV-2 infection …

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Neurosecretory protein GL-induced fat accumulation is accompanied by repressing the immune-inflammatory response in the adipose tissue of mice

Written by Hidemasa Bono in papers on 日 29 8月 2021.

NPGLによる脂肪蓄積のトランスクリプトーム解析

マウスの脂肪組織におけるNPGL(Neurosecretory protein GL)による脂肪蓄積のトランスクリプトーム解析の論文がbioRxivから公開された。

Neurosecretory protein GL-induced fat accumulation is accompanied by repressing the immune-inflammatory response in the adipose tissue of mice. https://doi.org/10.1101/2021.08.27.457926

同じ研究科の浮穴先生の研究で、今回はじめてトランスクリプトーム解析を一部手伝わせていただいた共同研究。 今後の研究の発展が楽しみ。

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Talk in 61st Summer School for Life Science

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 28 8月 2021.

第61回生命科学夏の学校での講演

前にもブログに書いたとおり、オンラインのみの開催となった生化学若い研究者の会による第61回生命科学夏の学校のシンポジウム「データの統合と共有」にて「公共データベースをフル活用した研究のすすめ」と題して講演。 やはりオンラインということもあって臨場感がなく、話した実感もない。 そろそろ、「シンクロ率の低下」で起動しなくなりそうなぐらい。 オンラインのみのやりがいのなさとの戦いはこれからも続きそうだが。 今後は、スパッと断ることも考えないといけないかもしれないな。

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BH21.8

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 27 8月 2021.

国内版バイオハッカソン BH21.8

コロナ禍のバイオハッカソン2回目。 今年も本来なら国際版のそれをやるところを国内版に振り替えての開催で、国内版バイオハッカソン BH21.8となった。 去年は、新たに地元となった広島開催のBH20.9で、初日は台風上陸で自分はたどり着くことができなかった。 その去年の以上にその開催が危ぶまれた2021年の今年であったが、(個人的にも紆余曲折あったが)結果として今回はフル参加できた(2年ぶり)。

思えば2年前2019年の国内版バイオハッカソン BH19.7は、大雨のつめあとの残るエリアを通って指宿での開催。 すでに転職を決意して今後どうするかを砂に埋れながら考えていたなあと、今回も温泉に浸かりながら思い返したり。

その時からすでに構想していた、バイオハッカソンにラボの学生を連れてくることを今回ついに実現。 一緒に参加してくれたbonohulabの2人の大学院生もそれぞれに得るものがとてもあった様子。 大学院生の参加者は少なかったこともあり、かつての同僚をはじめとして多くの参加者の皆さんに親身に教えていただきました。ありがとうございました。

個人的にはやろうと思って持ってきた課題を全てそれなりに進めることができた上に、それ以外の新規の課題にも着手することができて、大変満足。 やはり、集中して開発する期間を持てることはとても大事だと今回も実感。

まさか、初めてのコロナウイルスPCR検査をバイオハッカソンでやることになるとは思ってなかった。 その手配等も含めて、今回は特にたいへんだったとおもわれるその準備、オーガナイズしていただいたDBCLSの皆さんに感謝したい。 お疲れさまでした&ありがとうございました …

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Developing new ideas based on study of the past

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 20 8月 2021.

温故知新

Agilentさんのウェビナーシリーズ、アジレントゲノミクスVirtualユーザーミーティングで講師をすることに。 トランスクリプトーム解析編ということで、「ゲノム編集時代のトランスクリプトーム解析~マイクロアレイの賢い使い方~」と題して、2021年09月17日 (金曜日)の午前10時から30分ほどの講演とその後20分ほどの質疑応答を。

登録もすでに受け付けている模様

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Inhibiting SARS-CoV-2 infection in vitro by suppressing ACE2 via AHR signal published

Written by Hidemasa Bono in papers on 火 17 8月 2021.

AHRシグナルを介したACE2の抑制によるSARS-CoV-2感染のin vitroでの抑制

2021年3月にbioRxivにアップロードした論文

Inhibiting SARS-CoV-2 infection in vitro by suppressing its receptor, angiotensin-converting enzyme 2, via aryl-hydrocarbon receptor signal. https://doi.org/10.1101/2021.03.04.433658

が、査読論文誌にpublished。

Inhibiting SARS-CoV-2 infection in vitro by suppressing its receptor, angiotensin-converting enzyme 2, via aryl-hydrocarbon receptor signal. https://doi.org …

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Github Access by Token

Written by Hidemasa Bono in misc on 日 15 8月 2021.

git pushできなくなった!?

2021年8月13日でパスワードアクセスができなくなる、それは知っていた。 で、事前にpasswordの代わりとなるTokenの準備までしていた。 しかし、git pushした途端、

remote: Support for password authentication was removed on August 13, 2021. Please use a personal access token instead.
remote: Please see https://github.blog/2020-12-15-token-authentication-requirements-for-git-operations/ for more information.
fatal: unable to access 'https://github.com/bonohu/xxx.git …

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61st Summer School for Life Science Online Only

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 06 8月 2021.

第61回生命科学夏の学校オンライン開催のみに

生化学若い研究者の会による第61回生命科学夏の学校が2021年8月27〜29日に愛媛県松山市にて開催され、その2日目の28日に行われるシンポジウム「データの統合と共有」にてお話しさせていただくことになっていたのだが。

ということで、ハイブリッド開催中止でオンラインのみに。 それに伴って、松山出張も消滅。

オンサイトで研究者の卵たちと議論できるのを楽しみにしていたが、COVID-19の猛威のためにしょうがない。 せめて、オンラインの講演でそれが伝えられたら。 準備頑張ります。

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COVID-19 Vaccine 2nd shot

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 31 7月 2021.

コロナウイルスワクチン注射2回目

職域接種で、2回目。  

特にその場では何もフェノタイプはあらわれず。

(その後追記) 打ってから12時間後ぐらいから寒気で起きてしまう。 その後も薬を飲むと下がるが、油断すると39℃付近になるを繰り返す。 40時間経過してもまだ37℃台の微熱。 ようやく56時間経過して解熱剤なしでも平熱に戻った。

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July2021

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 30 7月 2021.

2021年7月を振り返って

先月から出ていた緊急事態宣言などの規制が解かれて、今年度初の出張をすることができた月だった。 また、外部の人がラボにきてくれてオンサイトな議論の重要性に気づかされた。

しかしながらその一方で、緊急事態宣言発令中の東京への出張はできず。 15日にあった統合データベース講習会AJACSオンライン7の収録に行くことは叶わず。 いつものZoomを使ったやり方で自分で録画して、動画を送ることに。 そして、ちょうど月末の今日30日に統合TVの動画コンテンツとして公開された。

梅雨入りがかなり早かったが7月中旬まで雨が長引き、梅雨明け宣言がされてからもしばらく雨という状況だった。 しかし、そのおかげで本格的な暑さがやってくるまでにクーラーの修理が完了。 そういう意味では本当によかったが。  

2021年7月に公開された論文はなし。 あとに出したM社のjournalの論文はすでにpublishされてしまっており、某N社系のjournalは査読が相対的に遅い印象がさらに色濃く感じられる今日この頃。

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The First Business Trip 2021

Written by Hidemasa Bono in misc on 水 21 7月 2021.

2021年度初出張

前回の2020年度初出張(にして唯一の出張)以来、実に7ヶ月ぶりの出張。 もちろん、20201度初の出張。 本来であれば、日本ゲノム編集学会第6回大会などの出張もあったはずであるが…。 昨年度同様、COVID-19が主な原因。

今回の出張は、共同研究の打ち合わせで、前回とは逆の西へ。 人出もだいぶ増えてきているようだが、その人たちはすでにワクチン接種ずみだったのだろうか。 すでに1回目は打ってあるものの、今回も望まぬお土産をいただいてきてないか、それを祈るのみ…。

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To Docker or Not to Docker

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 17 7月 2021.

Dockerを使うべきか、使わざるべきか

AlphaFoldの論文発表で、これをDockerで動かすというのがtwitterで話題になっていた。 Dockerで新規なツールを動かしてみることはだいぶ普及してきたのかなあ、と思う一方で意外にもそうでもないということを一連のtwitter timelineで知ったり。

思い起こしてみると、北海道札幌市の定山渓で2015年2月に開催された国内版バイオハッカソンBH14.14で本格的に使う方法に触れて、それ以後徐々に利用頻度が上がって今では計算する必要があるときにはほぼ欠かさず使うようになったDocker(余談だが、その帰りに北海道大学に寄って議論したことから、今も継続しているハダカデバネズミの共同研究が始まったのであった)。 思い起こしてみると6年半も前になっている事実に驚いたが、当時は(今ものだが)メモリを食う上に、最初にダウンロードしてくるDockerイメージが巨大でネットワーク的に太くないと使えないということで積極的には使っていなかった。

もちろん、使わなくてもエラーメッセージを自分で解釈して「災害復旧」して使えるのであれば無理にDockerで使わなくてもいいだろう。 しかし、そのツールのインストールに難があるとか、ヘテロな実行環境での利用を教える必要がある時など、ものすごくメリットがある。 特に、新たなツールを導入するときによく起きるすでにインストールされている他のツールとの競合、よくあるのがSAMToolsやsalmonのバージョン違いでうまくインストールできなかったり、既存のツールが動かなくなったりがそれである。 あとバージョンの違う同じツールを使ってみたいときなど(例えば、sequenceserverの1.0系と2.0系)、Dockerでそれを動かすことが非常に重宝する。

Docker自体の完成度が上がり、また手元のコンピュータのスペック(CPUの性能やメモリ容量)が向上してきた今、特にためらうことはないのではないかと思う。 そういうわけで今年度(2021年度)の私のバイオインフォマティクス講義 …

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Onsite discussion again

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 16 7月 2021.

オンラインでない議論も重要

共同研究者の方がいらしてくださり、オンサイトな議論。 オンラインで済むことも多いが、新規のメンバーを紹介してその話を聞いてもらったり、ラボの進捗を見てもらったりはオンラインでは厳しい。 例えば、研究室の部屋の入退室管理にSESAME3を使っていることも、実際に来てもらって見てもらって初めて知ってもらえたことの一つ。

やはり、オンサイトな議論、重要。

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