Smart watch for blood pressure measurement

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 14 9月 2019.

血圧測定もできるスマートウォッチ

2019年9月発表のApple Watchの新機種に血圧測定機能を期待していたのだが、それは付かなかった。 今月末で消費税も上がるので、失意の中、次なる行動に移る。

友人が着けているのを見たスマートウォッチ、三千円ちょいで血圧測定機能が付いているという。 そこで、AppleWatchに加えてそれを買ってみた。

表示は四千円近いが、クーポンで実質3,100円ほど。 注文してから2日で届き、着けてみたところ、確かに血圧が測れる。心拍数も。 また、着けて寝るだけでも睡眠も自動で測ることができた。 もちろん、目安程度かもしれないが、便利。

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DrBonoDojo will be sold in JCA78

Written by Hidemasa Bono in drbonodojo on 金 13 9月 2019.

道場本は今年の第78回日本癌学会学術総会で販売開始

「生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析実践道場」こと道場本は本日いよいよ印刷に入った模様。 発売日は、2019年9月27日となっているが、2019年9月26日〜28日に京都国際会議場である第78回日本癌学会学術総会で販売されることに。 道場本の章立てに関しては以前のエントリに載せてありますので、そちらを参照。

なお著者自らも参加し、最終日の3日目9/28(土)に発表します。 その発表内容は道場本に沿ったものというよりは、むしろ生命科学データベース・ウェブツールこと統合TV本にあるレベルの内容で、その癌研究版となる予定。 なので、気軽に聴きにきてください!

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BioHackathon2019

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 07 9月 2019.

Biohack19

今年のBiohackathonは福岡で開催。 日曜日の公開シンポジウムで始まり、続く月曜日から土曜日まで丸1週間ハッカソンといういつものスタイル。

シンポジウムは去年に引き続き、Lightning talkの5分間をやらせていただく。 TogoeXというタイトルで、RefExAOE周りを紹介。

ハッカソンではTogoeXチームで、遺伝子発現データベース周りを色々と。 ROIS-DS-JOINTの研究費で来てもらうことが実現した共同研究者たちと議論しながら、それぞれの課題を鋭意進めることができた。

今回は学生さんが多数参加しており、2回あったバーベキューパーティーでそういった人と話す機会もあった。 非常に良い試みだったと思うので、よりさまざまな分野の学生さんの参加があるとよいなあと。 今後取り組んでいきたい。

それ以外にも、いろんな人を知っている者として、つなぐhubとして積極的にリンクを増やす老人力を発揮してみた。 すなわち、デフォルトお互いは知らないという前提で人を紹介していく作戦。 それがいい交流のキッカケとなっていればいいな。

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DrBonoDojo chapters

Written by Hidemasa Bono in drbonodojo on 水 04 9月 2019.

道場本の章立て

2019年9月4日に、Amazon.co.jpで「生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析実践道場」こと道場本の表紙イメージが公開された。 サムネールは準備中のようで現状出てないが、以下のリンクをたどると表紙イメージを見ることが出来る。

それもあってか、中身に関して訊かれることも多くなってきた。 そこで、出版社に許可をいただいたので、前のエントリで予告したように、道場本の章立てを紹介する。

  • 1章 準備編
    • 1.1 Mac を買おう
    • 1.2 Mac をセットアップしよう
    • 1.3 周辺機器の設定
  • 2章 基礎編
    • 2.1 UNIX コマンドラインを使ってみよう
    • 2.2 コマンドラインの基本操作
    • 2.3 シェルプログラミングのための環境構築
    • 2.4 ネットワークを介して遠隔のコンピュータを操作する
  • 3章 実践編
    • 3.1 …

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what is drbonodojo

Written by Hidemasa Bono in drbonodojo on 日 01 9月 2019.

道場本とは

以前にも書いたように、「Dr. Bono の生命科学データ解析」ことBono本はこのぼうのブログを生命科学データ解析の教科書としてまとめたものである。

出版されてから多くの方に読んでいただき、読書会なるものまで開いていただいた。 その際要望として出てきたのが、書いてあることをなぞって(「写経」して)、中身のコマンドを学習できるテキストが欲しいということであった。

そのようなテキストとしては、次世代シークエンサー(NGS)から得られた配列データ解析のプロトコル本として2015年に清水厚志さんと監修で出した「次世代シークエンサーDRY解析教本」がある。

しかしながら、NGSが関係ないところでも配列解析のワザは必要とされている。 例えば、配列類似性検索(BLAST)、タンパク質ドメイン検索や系統樹作成などがそれである。 また、本格的なプログラミングをしなくても、コマンドラインでデータ解析は十分可能である。 それを実践的に紹介するコンテンツとして、今回の「生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析実践道場」こと道場本を執筆した。

今回の道場本は、教科書であるBono本の該当箇所のポインタもふんだんに含んでおり、Bono本同様ネタとなっているコンテンツはこのぼうのブログに原型があるものも多くある。 解析方法を網羅する形でなく、実際の論文の一部となったデータ解析を、実例をメインに紹介している。 結果としてBono本とほぼ同じページ数で、値段も同じとなった。

2019年9月26日〜28日に京都国際会議場である第78回日本癌学会学術総会がそのお披露目となる。 自分も参加し …

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DrBonoDojo dispatch

Written by Hidemasa Bono in drbonodojo on 木 29 8月 2019.

道場本第一報

今年(2019年)の年明けより書いていた原稿が「生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析実践道場」という名前の本になると正式決定。 著者による略称は、「道場本(どうじょうぼん)」とするつもり。

その日のうちにAmazonに出ていたので、取り急ぎここ(ぼうのブログ)にも書いておく。 なお、この本のtwitterのハッシュタグは #DrBonoDojo この本に関わるtweetはこのハッシュタグを是非。

経験上、(amazonでの購入の場合)早く読みたい場合は予約はお早めに。詳報は後日。

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IT for Biological Data Analysis: a half year

Written by Hidemasa Bono in IT4BDA on 土 17 8月 2019.

生命科学分野の最新のデータ表現方法としてのRDF

いつの間にか、「生命科学データ解析を支える情報技術」が発売されてから半年が過ぎていた。

それを思い出させたのは、先日のお盆thonの有識者会議。 第4章「テキストマイニング」の91ページからの4.2生命科学分野の最新のデータ表現方法は、データベース統合化の開発をしている人たちにとってよい(日本語)リソースとなっている、と聴いて。

有効に、しかも意図した通りに使われていて、著者かつ監修者の私を前にしてのお世辞かもしれないが、素直に嬉しい。

もし次があるとしたら。 それらをうまく使いこなす実例の手引書があるといいですね。

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19th Workflow Meetup 4

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 16 8月 2019.

お盆thon最終日

最終日の4日目も昨日に引き続き、vscodeでlive shareしつつ。 audioをonにするとwrap-upまでshareできてしまうという。

その際話題になったのが、condaで入れたcwltoolはバージョンが古いということだったが、どうもbiocondaチャンネルのcwltoolのバージョンが最新でも2018年製のそれでの模様。 conda-forgeチャンネルのは2019年製のそれにアップデートしているようだった。 なので、cwltoolのインストールは conda install -c conda-forge cwltool で良いのではないかと。

結果として、今回の目標だったRNA-seqデータの類似性検索の調べ物はそれほどはかどらなかったが、その周辺知識を色々と得ることができた。 4日間こもってmeetupに参加してコードに向き合うことで、個人的にはとてもよいリフレッシュになった。 議論がハイレベルで、興味深く、参加していて大変おもしろかったです。 お付き合いいただいた皆様、ありがとうございました。

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19th Workflow Meetup 3

Written by Hidemasa Bono in misc on 木 15 8月 2019.

お盆thon3日目

昨日に引き続き、vscodeでlive shareしつつ、みんなでCWL書き。

今日は、kallisto BUStoolsのチュートリアルを襷リレーでCWL化。 自分は、bustools-correct.cwlを書かせていただいた。 それ以外のCWLを含めたコードもここからすでに公開されていたり。

実はこのチュートリアル、今回の目標である、RNA-seqデータの類似性検索にどストライク系。 それ以外にもsingle cell データ解析関係で、以前に入れたCellFishing.jlを使うためにJuliaを最新版v1.1.1にしたり、今後、acceptableなファイルのフォーマットを調べるなど。

今日も色々充実した1日だった。

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19th Workflow Meetup 2

Written by Hidemasa Bono in misc on 水 14 8月 2019.

お盆thon2日目

実は、昨日にもやっていたのだが、vscodeのlive shareを使って、会場にいない人とも共同作業。 今日は、CWLを書くところを、Dockerfileを書くところから live codingしていただいて大変参考になった。 しかもlive shareにaudioまで加わって、実際にやっているところで話されている会話までもがshareされて。 近未来感を感じるmeetupであった。

その裏では、今回の目標に掲げた、RNA-seqデータの類似性検索に向けて、取り組んでいたり。 明日、CWL化を試みるというBUStools周りにも期待!

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19th Workflow Meetup 1

Written by Hidemasa Bono in misc on 火 13 8月 2019.

お盆thon1日目

15回目に参加して以来、workflow meetupは3回連続して参加。 前回の18回目は大阪出張(AJACSa6河内)と重なり不参加となったが。 19回目の今回は、お盆中に4日間連続の「お盆thon」。

今回の目標: RNA-seqデータの類似性検索に向けて取り組む

ということで始めたが、初日の今日(8/13)はCWL実行環境を農研機構の横井翔さんに伝導。 前回このworkflow meetupで書いていた以下のブログをテキストに - Common Workflow Language(CWL)を使ってkallistoを実行する - Running salmon via CWL

カイコの公共RNA-seqデータの発現定量(by 横井さん)に向けて、大幅に前進したつもり。

その際に参加者の方々からいただいた、本日の学びは、

「自分でパッケージを極力入れない」

ということ。 具体的には「DockerもHomebrewで入る!」ということに驚愕。 今後、実践していこう。

あと …

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ROIS DS JOINT INSECT 3rd

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 09 8月 2019.

昆虫のゲノムデータベースとそれを活用したデータ解析3

ROIS-DS-JOINT共同研究集会として2017年度より始めた「昆虫のゲノムデータベースとそれを活用したデータ解析」が今年度も開催された。 今回はDBCLS三島が入っている国立遺伝学研究所にて、2019年8月8,9日に。 書類上オーガナイザーから外れ、できる限り参加者の一人として振る舞うようにし、運営には携わらないようにしていたが…。

研究会開催は、SPARQLthonの開催等普段からやっていることもあって比較的準備は馴れたものだったが、それでも毎回トラブルはつきもの。 今回は遺伝研の開催でシャトルバスに参加者が乗り切るか問題。結局、分散乗車を呼びかけてギリギリ乗り切ったのだが。 毎回もうこれで最後にしようと開催直前には思うのだが、終わってみればまたやろう、という気持ちになるのが不思議。

今回も何人かに長く話してもらい、他の参加者は5分間のライトニングトークをするという構成で、全員が話をするという形。 2019年3月に応用動物昆虫学会のつくば開催に合わせて、DBCLS柏で実施したハンズオン講習会がきっかけになってコマンドラインでのRNA-Seqデータ解析を始めたという参加者の話があり、やっといてよかったなと。

オーガナイザーの横井さん、仲里さん、そして参加者の皆さん、お疲れさまでした。

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July2019

Written by Hidemasa Bono in misc on 水 31 7月 2019.

2019年7月を振り返って

2019年7月は出張外泊多く、11泊にもなった。 前半は、国内版バイオハッカソンBH19.7で指宿、 後半は、統合データベース講習会AJACSa6河内などで大阪。 阪大医Python会の集まりで、関西のアクティブな人たちに会えたのはいい刺激になった。

校正がレターパックでしょっちゅう送られてきて、それを週末にやっつけて毎週のように撃ち返す状況。 収穫の秋に向けて準備中といったところ。

書き物としては、そういった日本語よりは本業の方の英語のそれに移行しつつある、そんな感じ。 bioRxivからone click submission(そんなものがあるのかw?)した論文も無事submitされたようだし。 こちらも楽しみ。

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AJACS advanced 6th done

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 27 7月 2019.

統合データベース講習会AJACSa6河内を終えて

大阪府枚方市の関西医科大学にて、2019年7月25-26日に開催した、中上級向け講習会AJACSadvanced(AJACSa)のAJACSa6河内が終了した。

salmonの実行だけなら30分ほどで終了してしまうセミナーとなってしまうところだが、RUNデータの取得やSRAからFASTQへのフォーマット変換、トリミングなどを説明、できる限り自分でやってもらって3時間ちょいの講習となった。 流石にRUNデータの取得は全員ではやらず、あらかじめ用意してきた外付けUSB HDからコピーで代用。 それ以外の中間ファイルもそこに入れてできなかった時はそこから使うという三分間クッキング方式で。 様子を見ながら進めたが、発現定量してデータを得るまでで割とお腹いっぱいになったようだったので、今回は基本的にはそこまでに。

そんなことは余裕でできて時間を持て余してしまった上級者向けに、先日のShizuoka.ngs#2でもやったCommon Workflow Language(CWL)を使ってkallistoを実行するハンズオンの別の発現定量化ツール版を用意した。 それを取り組んでくれた人も何人かいたようだが、コケない限りは我々に訊いてこない参加者たちだったため、完全には把握できず。

会をアレンジしていただいた関西医科大学の広田喜一先生には大変お世話になりました。 ありがとうございました。

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OUMed-python mokumoku kai

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 26 7月 2019.

阪医pythonもくもく会

2019年3月に三島合宿にきた阪医python会のyyoshiakiたちと、次に大阪に行った時には話する機会を作ろうと話していたのがきっかけで。

統合データベース講習会AJACSa6河内で大阪に行くことになり、有言実行 でそうすることになった。 それが今回の阪医pythonもくもく会となった。 そういうわけで、私は「生命科学研究としての公共遺伝子発現DBのメタ解析」と題して、長めに話させていただいた。 話としては、自己紹介の延長でバイオインフォマティクスということの私なりの定義から始まり、阪医Python会謹製のikraを利用した公共遺伝子発現データベースのメタ解析の話を、我々が普段本務で作っているサービスの紹介を交えながらさせていただいた。 熱心に聞いていただいていたようで、話す側としてもやってよかったなあという感触。 あとで見てくれる人も少なからずいるのではないかと思い、プレゼン資料も話に出したfigshareにアップロードして、会のウェブサイトから辿れるようにしたり。 こういった地方行脚を日本各地いろんなところでできるといいのかな、と思った次第。

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BH19.7

Written by Hidemasa Bono in misc on 月 08 7月 2019.

国内版バイオハッカソンBH19.7

2019年7月8日〜12日まで、鹿児島県指宿市の国民休暇村で開かれた国内版バイオハッカソンBH19.7に参加。

前半は、書きかけていたTrim Galore! v0.6.3のCWL書きを、CWLマスターに話をうかがいながら。

詰まった点は何点かあって、まずはdockerPull:の記法。 trim-galore:0.6.3--0のように--0をつけないと動かない模様。

また、元々のコマンドラインオプションとは別の名前にcwltoolで指定するオプションはしたほうがいいっぽいことも。

まだまだまずい点があるだろうけど、とりあえずは動くものとなった。 paired-end version(trim_galore.cwl)はこんな感じで。

cwlVersion: v1.0
class: CommandLineTool
hints:
  DockerRequirement:
    dockerPull: quay.io/biocontainers/trim-galore …

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MS-BIO2019

Written by Hidemasa Bono in misc on 日 07 7月 2019.

質量分析インフォマティクス研究会 2019年ハッカソン・プレ・ミーティング

2019年7月7日に、国内版バイオハッカソンBH19.7に先立って鹿児島県指宿市の国民休暇村で開催された質量分析インフォマティクス研究会 2019年ハッカソン・プレ・ミーティングで講演。

門外漢からの話題提供という役回りで、的外れな話だったかもしれない。 それぞれのオミックス研究での悩みどころというものの一端に触れることができたのはよかった。

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AJACS 77th

Written by Hidemasa Bono in togotv18 on 金 05 7月 2019.

統合データベース講習会AJACS番町3

10年以上やっている統合データベース講習会AJACS。 元々はDBCLSが「統合データベースプロジェクト」の一環でやっていたデータベース講習会から始まっており、最初は私がその任を担っていた。 2011年にJSTにバイオサイエンスデータベースセンター(NBDC)が発足し、それ以後はNBDCがAJACSを開催するようになっている。

通し番号で 77回目 の今回は、2019年8月7日(水)に、東京は市ヶ谷駅前のJST開催。 題して、統合データベース講習会:AJACS番町3。 今週その詳細が公開され、申込みも始まった。 今回、私は自分の専門であり、十八番である発現データベースに関する講習、「遺伝子発現データベース/遺伝子発現解析ツール」を1時間半、受け持つことになった。

統合TV本でも紹介されているRefExなどを活用したウェブベースの演習がメインになりますので、ぜひお越しを。 参加される場合には、2019年7月31日までにエントリする必要があるので、そちらも忘れずに。

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12 years passed

Written by Hidemasa Bono in misc on 月 01 7月 2019.

DBCLS12年

この2019年7月で、2007年7月にDBCLSに移って一回り、すなわち12年が過ぎた。 昨年の今日のブログにも書いたことだが、 プロジェクトを開始した当時は、動画でDBを紹介することなんて考えてなく、紙媒体の教科書としてそれをまとめて形にすることを目論んでいた。 出版業界の事情もあり、それらは実現してこなかったが、Dr.Bonoの生命科学データ解析を出したおかげで、本の出版話が来るようになった。

そして。この一年で、DBCLSに来て始めた統合TVに関する本、生命科学データベース・ウェブツールを出版することができた。 さらに、システムエンジニアに生命科学分野のデータ解析について知ってもらうための書籍、生命科学データ解析を支える情報技術も上梓できた。 共に多くの同志に協力していただいたからこそ、実現した書籍化であった。

さまざまなバックグラウンドの人に知ってもらうという活動が少しづつ広がりだしたが、まだまだ道半ばである。 その一方で、構造化した知識(約10年前当時流行っていたキーワードでいうと、「知の構造化」)を、実際のこれからの生命科学研究で活用していくことも進めていかねばならない。 誰かにやってもらうのではなく、自らもそれの先頭にたって。

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June2019

Written by Hidemasa Bono in misc on 日 30 6月 2019.

2019年6月を振り返って

前半は、5月から実行してきたメタ解析。 Dockerなスクリプトのikraを使ったわけだが、FASTQの取得を別でやったこともあって最初に書いたらそれで終わり、というわけにはいかなかった。 取得失敗するエントリのrecover等、手動の作業も多く。 しかし、学会参加等で出かけていた裏で実行したこともあり、時間が有効に活用できた。 Docker使ったため、ソフトウェアのインストール等しなくてよかったのだが、やはりCWLで動かしたい熱がむしろ高くなるキッカケに。

上述の学会参加も含めて、2019年6月は宿泊回数5泊。 日帰りも多く、この数字以上に出張に行っていたかんじがする。 6月11日には東京農工大で集中講義で、大学院生にガッツリ「Dr.Bonoの生命科学データ解析」を講義した。 6月22日にはShizuoka.ngs#2で静岡エリアのエンジニアさん向けに生命科学データ解析の話とRNA-seqデータ解析のハンズオン。

また、母国語での執筆活動は相変わらず続いていて、だらだらと書いてきたのをとりあえず脱稿。 まだいくつか書き物の仕上げが残っているものの、今後は監修業に専念できるかな。

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QuickLook

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 29 6月 2019.

less-less なファイル操作

ファイルシステムにあるファイル(多くはダウンロードしてきたファイルだが)の中身を確認することはしょっちゅうある。 テキストファイル(とそれが圧縮されたファイル)であれば、CUIだとターミナル上でlessコマンドで中身を見るだろう。 Finderのwindow中やデスクトップにそのファイルのアイコンがある場合、それを選択して(シングルクリック)、スペースを押せば中身がプレビューできる。 それがQuickLook(クイックルック)である。 lessコマンドをあまり使わなくてすむ(less)機能ではないかと。 Mojaveだとテキストだけでなく、画像や動画ファイルでさえ見れるようになっている。

QuickLookを便利に使うためのプラグインなんていうのもある。 ここで紹介されているのは全部入れてあって、結果としてQuickLookでコンマ区切り(csv)やタブ区切りテキスト(tsv)を綺麗にフォーマットして表示され、非常に重宝している。 また、markdownはそのコードではなく、フォーマットされた状態でプレビューできるのでこれまた便利。 次は、CWLかな。

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17th Workflow Meetup

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 28 6月 2019.

17th Workflow Meetup

15回目に参加して以来、3回連続。

今回は17回目。 CommandLineToolを単体で動かすところだけだが、Shizuoka.ngs#2で人に紹介したりして、なんとなくCWLの活動に貢献できてきたかなと。

さらに調子に乗って、CWLでsalmonを動かしてみるコンテンツを作ることなどをしていた。 これは、2019年7月25日にやるAJACSa6河内にて早く課題が出来てしまった上級者向けにやってもらう予定。 今回は生命科学者向けということと、より多くの人に見てもらうために日本語のここ(ぼうのブログ)ではなく、英語のブログの方に。

それも出来て、やっと自分でもCWLを書こうという状況になってきた。 以下のエントリが参考になりそう。

役立つコンテンツを公開いただき、ありがとうございます。

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AJACS advanced 6th

Written by Hidemasa Bono in misc on 火 25 6月 2019.

統合データベース講習会AJACSa6河内

毎年やっている中上級向け講習会AJACSadvanced(AJACSa)を今年も開催。 今年は、大阪府枚方市の関西医科大学にて、2019年7月25-26日に。 詳細は案内のウェブサイトを。

今回は、医科大学での開催ということもあって、ヒトにおける発現解析と疾患・表現型データベースに焦点を当てて。 RNA-seqデータから転写単位ごとの遺伝子発現を定量化する方法を学ぶハンズオンを。 生命科学データ解析を支える情報技術(IT4BDA)の「第2章 解析環境の構築」の 「2.8 遺伝子発現データ解析の実際」にも取り上げられている内容だが、また別の定量化プログラムを使った演習とする予定。

蛇足ながら、中上級向けということで、UNIX操作を一通りマスターした人が対象。 次世代シークエンサーDRY解析教本のLevel1の2「コマンドラインの使い方」にある程度を一通りやった方を想定して話を進める予定。 もちろん、Dr.Bonoの生命科学データ解析(Bono本)の第3章の3.1「基本リテラシ」にある内容でも構わないのだが。

余裕でできて時間を持て余してしまう上級者向けに、先日のShizuoka.ngs#2 …

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Shizuoka.ngs#2 done

Written by Hidemasa Bono in misc on 日 23 6月 2019.

Shizuoka.ngs#2に参加しての雑感

このブログの過去のエントリにも書いたように、Shizuoka.ngs#2が開催された。 場所は、前回の読書会と同じ貸し会議室@静岡駅前で。

生命科学データ解析に触れてみたいエンジニアの皆さんに向けて、それを広く紹介しようということで、エンジニアのための生命科学入門的なコンテンツで話をさせてもらった。 主に生命科学データ解析を支える情報技術(IT4BDA)の第1章「生命科学データ解析入門」に書いた内容ベースで話をさせてもらった。 しかしながら、生命科学をこれまであまり知らなかった人にとっては理解するために知るべきことが多く、大変なのだろうなあということは話していてもヒシヒシと。 もっと分かりやすくする努力をしないといけないのだろうなあと痛感した。

その後、RNAの発現量を配列カウント数から推定するRNA-seqデータ解析は、生命科学初心者にも取っ付きやすいのではないかということで、IT4BDAにも遺伝子発現データ解析の実際として「第2章 解析環境の構築」の 「2.8 遺伝子発現データ解析の実際」に取り上げられており、それをハンズオンとしてみんなでやった。 初対面ということでなかなかリアクションがわからないケースもあったが、事前にサイズの大きな(数GB)配列ファイルを外付けハードディスクとして用意し、環境をmacOSだけとして揃えることでほぼ全員が動かせられた模様。 中身の解釈に関してもうちょっと説明が加えられるよう準備しておくべきだったとこちらも反省。

単にそれだけでは申し訳ないということで、Common Workflow Language(CWL)を使ってkallistoを実行するハンズオン …

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Running kallisto via CWL

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 22 6月 2019.

Common Workflow Language(CWL)を使ってkallistoを実行する

このエントリは、Shizuoka.ngs#2で行われたワークショップの上級者用コンテンツです。

生命科学データ解析を支える情報技術」の 「第2章 解析環境の構築」の 「2.8 遺伝子発現データ解析の実際」にあるkallistoを実行する手順をCommon Workflow Language (CWL)を使って動かしてみよう。

実行に必要な配列セット(1. queryの配列(FASTQ形式)、2. 検索対象のtranscriptome配列セット(FASTA形式))はすでにあるものとする。 ここでは例として以下の配列セットを用いる。

  1. 生命科学データ解析を支える情報技術」p48にあるSRR7300567(タモキシフェン投与したMCF-7細胞株)
  2. transcriptome配列セットとしては(上記のMCF-7はヒト由来の細胞株であるので)EnsemblのhumanのTranscript sequences ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-96/fasta/homo_sapiens …

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Install pelican with markdown

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 21 6月 2019.

PelicanをMarkDown付きでinstall

condaの不具合から一度全部アンインストール。 そのため、このブログが更新できなくなってしまったので、再度pelicanをインストール。 単純にpelicanをcondaで入れればいいだけでなく、MarkDownも必要。

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2
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#!/bin/sh
conda install pelican
conda install MarkDown

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Lecture on insect physiological chemistry

Written by Hidemasa Bono in misc on 火 11 6月 2019.

大学院講義 昆虫生理化学特論

東京農工大学農学府にて、大学院の集中講義として。

基本的には、Dr.Bonoの生命科学データ解析(Bono本)の内容に沿った内容で。

この内容に沿って自分で講義するのは、出版から1年と9ヶ月あまり経つというのに、実は初めてという不思議な状況。 需要がないのか、供給が足りているからなのか、どっちなのだろうか。

もちろん、それだけでは大学院講義の内容としては最新のコンテンツに欠けるので、その部分も盛り込んで、丸1日。 そういうわけで新ネタで、出来具合が納得のいかないパートもあって、それは今後の課題に。 諸事情あってという部分もあり、それは時間が解決してくれるかと…。

講義資料は、公開するには色々と問題あるものが多く。 そういうわけで、見たい方々はぜひ講義に呼んでくださいw。 半期や年に一回限りの講義であれば、できる限り対応します。

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IT for Biological Data Analysis 4months

Written by Hidemasa Bono in IT4BDA on 日 09 6月 2019.

生命科学データ解析を支える情報技術 発売4ヶ月

2019年2月9日に「生命科学データ解析を支える情報技術」(以下、IT4BDA)が発売されてから早4ヶ月。 amazonのランキング見ているとまあそれなりには売れているような印象。 個人的にはエンジニアさん向けの本もありますよ、と紹介できるようになってとても満足しているところである。

昨年(2018年)から静岡エリアで生命科学データ解析をエンジニアさん向けに知ってもらうとする自主的な勉強会Shizuoka.ngsが開催されている。 去年の第一回目(Shizuoka.ngs#1)に続いて、今年も6月に企画されており、その名もShizuoka.ngs#2

去年は、ちょうどIT4BDAを執筆している真っ最中で、書きかけの内容をチョイだしして皆さんの反応を参考にさせてもらった。 今回は、テキストとして予想される内容の概要がすでに成書として出版されており、どんな会であるかはわかりやすく、参加しやすくなったのではないかと。 その反面、話す方としては同じ内容というわけにもいかず。 もちろん、IT4BDA全部はカバーできないものの、ハードルが高いと思われる第1章のイントロダクションのところを中心によりわかりやすく、そして最新の内容を盛り込んで話したいと思っています。 また、ハンズオンのワークショップも基本的には第2章の最後にあるチュートリアルを基本にやる予定なので、是非参加してみてください。 そこに関しても何かプラスαを仕込んでますので、本を読んでしまった人でも楽しめるように考えていますので。

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JSGEDIT 4th

Written by Hidemasa Bono in misc on 水 05 6月 2019.

日本ゲノム編集学会第4回大会

東京(船堀)開催だったというのもあって、初めて参加。 有用物質生産や育種での応用を調査する目的で。 アウェーだと思って行ったわけだが、割と知っている方もそれなりに居て。

未発表のデータが多く発表されているなどよかった。 つまり、参加しないとわからない情報が数多くあったということ。 それゆえに当然だけど、プレプリントとかはまだ出ていないのがほぼ全てだった。

funding情報を明らかにしてない発表も多かったのがちょっと気になった。 論文出すときに明記するようになってきているように、それも貴重な情報源かと。

また、全体的にゲノム情報ありきで話が進められている印象。 編集する元のゲノム情報をケアした発表がもっとあっても良いかなと。

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May2019

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 31 5月 2019.

2019年5月を振り返って

前半は、4月から準備してきた、Cold Spring Harbor Meeting on Biology of the Genomes関係。 AOEの論文をプレプリントとしてbioRxivにアップロードしたり。 おかげで、CSHL meetingの時に大変説明しやすく。 帰国後はメタ解析の方を重点的に。

それ以外は国内出張は少なかったが、2019年5月は宿泊回数9泊。

また、母国語での執筆活動は、月始めに某脱稿して一段落。 それ以外の方もそろそろ出番が出てきそうな感じ。 6月は集中講義もあるし、頑張っていこう。

ぼうのブログの2018年1月以前のコンテンツを現在のサーバーの方に移行したおかげか、アクセス数が増えた。 傾向としては、これまでtwitterからの流入が多かったのが、インターネット検索からと思われるアクセスが増え、 また、PCとモバイルからのアクセスがほぼ半々だったのが、PCからのアクセスが増えた。 最近は、技術的なメモは英語版の方に書くようにしているのでそちらで。

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