第七回がんとハイポキシア研究会

Written by bonohu in misc on 日 06 12月 2009.

第7回 がんとハイポキシア研究会 - がんとハイポキシア研究会

今日は雨が降っていなかったので、四条通→木屋町通と行って三条大橋から鴨川の河川敷を北上するコースで丸太町通まで。その後は京大の構内を抜けて時計台の会場まで徒歩にて。ほぼ50分。

やっぱり1グループから一人の参加では充分に情報を吸収できなくてもったいない。次回からは一緒に研究している仲間をグループ内にも作って連れてきたい。

ポスター発表で言われたことは、各データの信頼性に関すること。データアーカイブという性格上、これまでの論文付きのデータに比して玉石混淆になるわけで、それらをどう区別していくか?やはり、データを見た人がどう思ったかをアノテーションしていくしかないだろう、と。そこの仕組みをうまく考えてより多くの人に見てもらえるようにしていかねば!

研究会の最後に会の世話人の先生から次回のがんとハイポキシアは札幌でという話の後に、研究コミュニティーの中で研究して生きているわけだから、会としてデータを共有しようというお話が。もちろんここで言う「共有」はそれぞれにてんでバラバラの「データ」を会としてまとめてコミュニティーのデータベースとして見られるようにしようというレベルで、急激に本当の意味での「共有」は難しいだろうから段階を追って最初は共同研究ベースでも構わないからそういう行動をとっていこうという提案だったかと。この研究会がいい試金石となれば、と思う。うまくいくように、死力を尽くしたい。というわけで何か有ればご相談ください。まずは、こちらから共有できそうなものを集めて見られるようにしますから。

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「がんと低酸素」

Written by bonohu in misc on 金 04 12月 2009.

四条烏丸のベースキャンプから雨のふる中、四条通→寺町通→御池通→川端通→二条通→東大路→東一条通を経由して、四十分ほどかけて歩行にて参陣。雨の四条通や琵琶湖疎水を見ると涙が出そうになるが、なんとかこらえて。シンポジウム参加。

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統合データベース講演会@静岡県立大学

Written by bonohu in misc on 金 04 12月 2009.

人の数こそ14,5人だったが、すでにLSDBのサービスを使っていらっしゃる方が複数居て、途中でも質問も出てくるなど活発な会となった。各サービスの全容を私なりに1.自然言語、2.セントラルドグマ言語、3.その他と分類して話した他はだいたいいつもどおりだったが、LANに接続しての高速インターネット接続が利用可能だったので結果として実演メインとなって理解はしやすかったのではないかと思う。使う側としてどうやったら使われていることが痕跡として残せるか、どうやって論文などに引用したらいいか書いておいてほしいとsupportiveな提案までいただけるなど、すでに便利に使っていてなくなられたら困ると思ってくれていることがとても嬉しかった。講演聞いてくれた人の数じゃなくてその質であることを実感した今日の講演会だった。

終了後、ラボでショートケーキをいただいて談話会。いろいろ話していくと、実は今日招いてくれた先生は自分でもコンピュータを使いこなす、使い倒し系のラボであることが判明。私が角2封筒からMBAを出しいれしていたところに学生さんたちの萌えポイントがあったらしいことも…。

その後、彼らの機転により静岡駅にダイレクトに行くのではなく大学最寄りの草薙駅から在来線を利用するルートをとることにより一時間に一本しかないひかりに時間を無駄にすることなく、うまいこと予定の列車に乗ることができた。皆さんの優しさに感謝。

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さんざんな一日

Written by bonohu in misc on 木 03 12月 2009.

プリンターのキューを消されたり、質問に誠実に答えようとして質問しているのに因縁をつけられたり。そこで言い訳してくるのが火に油を注ぐんですよ!

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カフスボタン比べ

Written by bonohu in misc on 木 03 12月 2009.

明後日用にそっち系のデータを抽出してTSで可視化していっちょ上げる。

来週のそれは、個々の比較よりも全体での比較をやろうという欲が出て、また計算待ちということに…

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カフスボタン

Written by bonohu in misc on 水 02 12月 2009.

までなんとか。ここまで動かしてデータ解釈ができることを示すスライドを来週までに一枚でもいいから作成したい。

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Wordpress始めました

Written by bonohu in misc on 水 02 12月 2009.

昨日お披露目したサイトをインディーズデビューさせることに。その際にいろいろと説明などを加えるCMSとして。別の某計画も睨んで。

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9002番から80番

Written by bonohu in misc on 水 02 12月 2009.

に変更。そのディレクトリ以下ですべてが収まるように時間があるときにちゃんとしないといけないが、とりあえずは放置。

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セミナー当番

Written by bonohu in misc on 火 01 12月 2009.

じっくり話したかったが海外学会報告もやったので、さらっと。初めて聞いた人には分かりづらかったことでしょうね…

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シンポジウムはしご

Written by bonohu in misc on 月 30 11月 2009.

午後に。今週来週とプレゼン目白押しなのに…。

前半には大変懐かしい方に二人もお会いできたし、他では聞けない話が聞けたのでよしとする。

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我田引水

Written by bonohu in misc on 金 27 11月 2009.

どうあがいても中に居る以上そうにしかみえない。これまでとくにそうしてこなかったのにその類いのことだけを発信して利用しようと目論んでいるようにしか見えないことがとても残念。自分の研究内容をきっちりわかりやすくありのままに情報発信することだけをしていくべし。そう、みんなが利用できる「水源地」を切り開くが如く。

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某承認

Written by bonohu in misc on 木 26 11月 2009.

実は、断片的にしかホスト役の彼のことを知らなかったことを知る。それと同時に彼のことをとても心配しているボスの温情についても知ることとなった。その辺を語り合う時間があればよいが…

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定例会議

Written by bonohu in misc on 木 26 11月 2009.

それぞれのサービスごとに目指すべき「レベル」というものがあるのだ。議論すべきはそこじゃない。

人を動かすにはそれなりの流儀がある。「面舵いっぱい」きられても急にはついてこれないわけで。それをあの場できっちり指摘したのは大変に素晴らしかったと。まじ、見直した。

如何に内部のサービスについて知らないことよ。その無知を知った上で、できるかぎりそのときまで一つでも多く深く知る努力を怠ってはならない。自戒も含めて。

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某サポート

Written by bonohu in misc on 木 26 11月 2009.

三島より入電。ついには電話に。今後は直接Google Chatで来そうな予感。お礼は、今度一緒にお食事とか、いかが?

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キャリアパスセミナー@東北大

Written by bonohu in misc on 火 24 11月 2009.

なるものをやることに。「生命科学分野のデータベースを統合する仕事:落ちこぼれ大学生が.DB(Doctor of the database)にいたるまで」。日時は来年1月8日(金)の予定。以下にその要旨。

演者は、大学院受験で第一志望にいけず、また博士学位取得も3年の年限できっちりとれず、二度の'continue'を使いながらも、現在、ライフサイエンス統合データベースセンターにて生命科学分野のデータベースの統合化とその利用支援、ならびに教育・普及・広報活動を行ない、統合TVというデータベースやウェブツールの使い方の動画コンテンツの発信を行なっています。本講演では、そこに至るまでの「パスウェイ」について体験談を中心にお話したいと考えています。皆さんのキャリアパスを築く上で何かしらの参考にしていただければ幸いです。

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可視化してみると

Written by bonohu in misc on 火 17 11月 2009.

やはりデータのあらが気になる。TSをカスタマイズしてBLAT計算結果へ直リンク張ってみるとuniqueにmapされたところだけ抽出しているはずなのにそうはならず…。どうもrm関係らしい。そういえば、かつてこれを計算したときrmかけないと計算が終わらず断念した記憶がよみがえってきた。

そこで、rmしていないのをダウンロードして、それらを先週RAさんに構築してもらった計算パイプラインを利用して再計算してみる。とりあえずの計算はp=4で実時間4時間ほどで終了。不可能だったのが可能になったばかりか、計算量もおそらく少なく。動くことはわかったので実際に計算したいqueryを使って、計算結果を回収してまた再び可視化にもっていくのみ。がんばろう。

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可視化するために

Written by bonohu in misc on 月 16 11月 2009.

トロントで貰ってきた宿題を、とりあえずのバナーもどきを作って完了、提出。模様眺めモードに移行。

それと、某再計算。ちょっとした計算だが、わりとかかる。先月覚えてきたツール系に移行していかねばな…。その途中に元データがきっちりとSRAに入っていることを検索してみて知り、そちらからのダウンロードもしつつ。そして、可視化へ。

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事業仕分け

Written by bonohu in misc on 金 13 11月 2009.

ネット上で模様を眺めながら自分の方も。g86たちにやってもらう分、自分自身でやる分。共に大きな進捗があった一日だった。

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セミナー三連ちゃん

Written by bonohu in misc on 木 12 11月 2009.

日常業務に復帰…と思いきや。セミナーはもっと聴衆を考えて用意してこようよ…。もちろん、いろいろな要因はあるのだろうけど。。

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Spotfireユーザー会2日目

Written by bonohu in misc on 水 11 11月 2009.

昨日に引き続き。午後一で講演。MBAからの外部モニタ出力が機能せず、PDFをWindowsマシンで一枚ずつみせて話をすることに。ま、しょうがない。

無事(?)、これからユーザー会会長をやることになってしまった。本当に私なんかでいいのだろうか?

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統合データベース講演会@東京農大

Written by bonohu in misc on 日 08 11月 2009.

これまで見た中で一番広い100人は入れるコンピュータ実習室にて。参加者は主に大学院生約30人。会場が広いこともあって、サイドモニターにプレゼンの画面を写しての講演。WindowsなLANにつながったマシンでの実演画面と切り替えつつ。ざっと統合データベースプロジェクトとそのサービスを紹介した90分だったが、質問も学生さんから出て結構盛況。アルバイト募集にも興味を示してくれたり。その後のコンタクトが楽しみ。SPAMに落として見落とさないよう気をつけねば。

帰り着くと講演会をアレンジしていただいた先生から早速受講者のコメントがメールで。今日の疲れがふっとぶような励まされるコメントばかりでとても嬉しくなった。そして、がっつり紹介できる看板コンテンツを自らの手で作りたい意欲が沸々と湧いて来た。また、がんばろう。次回はそれを中心に講習会ができるように目指して。

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Go for it

Written by bonohu in misc on 日 08 11月 2009.

とにかく、前につきすすんでいくしかない。生きている限り。できるところまで、できるかぎり、死力を尽くして。

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AJACSりんくう

Written by bonohu in misc on 金 06 11月 2009.

初めての関西開催。ホスト大学の大阪府立大学以外の参加者も5名ほど居たりで関心は高かったのかもしれないが…。毎回反省することが多い。今後の活動に活かしていきたい。

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