23rd Workflow Meetup

Written by Hidemasa Bono in misc on 月 16 12月 2019.

23rd Workflow Meetup

前回は参加できなかったが、23回目の今回は参加。

HISAT2-StringTieによる新規transcript発見ワークフローを自分で作ろうとしたのだが、Live codingの話題としていただき、一気に進んだ! あとは、持ち帰って実際に動かしてみるところに。 あ …

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NGS_DAT2 for sale

Written by Hidemasa Bono in NGS_DAT on 土 14 12月 2019.

次世代シークエンサーDRY解析教本 改訂第2版 正式発売開始

福岡であった第42回日本分子生物学会年会(2019/12/3-6)ですでに先行発売されていたが、2019年12月14日に正式に発売開始。

Amazonから …

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November2019

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 30 11月 2019.

2019年11月を振り返って

秋になって出張も多くなって、長らく月末の振り返りエントリがご無沙汰だった。 調べてみると7月以来で、四ヶ月ぶり。

2019年11月は中盤からずっと出張で、出 …

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BioHackathon Europe 2019 day5

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 22 11月 2019.

#BH2019Europe day5

ようやく、朝起きるのが正常になった。 しかし、今日でBiohackathon Europe最終日。 Final wrap-upとして以下のまとめを。

  • Achievements:
    • 1 Clarified what is needed in the data production for gene expression data collection including FANTOM, GTEx and Human Cell Atlas …

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BioHackathon Europe 2019 day1

Written by Hidemasa Bono in misc on 月 18 11月 2019.

#BH2019Europe day1

パリ市内から会場のある郊外へ。 順調に乗り換えれると約1時間半のところ、途中で1時間の待ちぼうけをくらった。 最寄駅からは歩くのは非推奨だったよう …

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annotathon2019

Written by Hidemasa Bono in misc on 火 12 11月 2019.

アノテーソン2019

Annotatho(n=Annotation+Marathon)もこれで3回目。 今回は、前回までの三島の遺伝研から場所を改めて、柏の葉キャンパス駅前のDBCLS柏にて …

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what is RNAseqRecipe

Written by Hidemasa Bono in RecipeBook on 土 09 11月 2019.

RNAseqレシピ本とは

RNA-Seqが遺伝子発現測定手法として使われるようになって久しい。 2016年には、実験医学別冊としてRNA-Seq実験ハンドブックが出版され、RNA-Seqを利用したさまざまな実験手法が日本語で紹介された。 私も「RNA-seqはこうして誕生したーそしてデータ再利用へ」と題したコラムを寄稿させていただき、著者の一人となっている …

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NGS_DAT2 dispatch

Written by Hidemasa Bono in NGS_DAT on 水 06 11月 2019.

次世代シークエンサーDRY解析教本 改訂第2版 第一報

言わずと知れた「次世代シークエンサー DRY解析教本」であるが、2015年9月の出版で色々と古くなっていた点も多く。 特にRNAseqのTopHat→Cufflinksによるデータ解析など、使われなく …

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RNAseqRecipe dispatch

Written by Hidemasa Bono in RecipeBook on 火 05 11月 2019.

RNAseqレシピ本第一報

2018年末より企画を開始して、多くの達人たちに依頼してきたRNA-Seqデータ解析のレシピが詰まった本が「RNA-Seqデータ解析 WETラボのための鉄板レシピ」として今月(2019年11月)末に発売開始されることが決まった。

著者による略称は、「RNAseqレシピ本 …

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4th RDF tutorial

Written by Hidemasa Bono in misc on 木 31 10月 2019.

第4回RDF講習会

第4回RDF講習会が2019年10月31日に開催。 これまでと異なり、今年は市ヶ谷駅に近いほうのJSTではなく、JST東京本部の地下会議室にて。 今年も参加して復習。

去年と比べて、さらに洗練さ …

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rsync hacks

Written by Hidemasa Bono in misc on 火 29 10月 2019.

必要な拡張子のファイルだけをrsync

AOEのindexを作成するためにArrayExpressのメタデータだけをダウンロードして使っていたのが始まりだったが、DDBJとの協力関係の下、ArrayExpressのファイル全体をmirrorしてきた

しかしながら、諸事情あってそれを止めることになったので、AOEの更新のために必要なメタデータだけ取得することに。 同梱されて …

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Japan Spotfire User Group Meeting 2019

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 11 10月 2019.

Japan Spotfire User Group Meeting 2019

去年はほぼ参加できなかったので、2年ぶりのJASPUG meeting。 160人ぐらい参加ということで、15年前ぐらいに始めた時と比べると人が格段に増えた。

分科会の盛り上がりは相変わらず。 GWAS Catalogのデータを再利用 …

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Symposium105 2019

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 05 10月 2019.

トーゴーの日シンポジウム2019

今年で9回目。 だが相変わらず、作る側の報告会的な色合いが強く感じられる。 使う側に向け …

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78th JCA day3

Written by Hidemasa Bono in togotv18 on 土 28 9月 2019.

第78回日本癌学会学術総会3日目

3日目の最終日の午前にようやく自分の発表が。 「公共データベースを活用したDRYながん研究入門 / Introduction to DRY-intensive cancer research that makes full use of public databases」と題して、入門的な話をさせていただいた。 癌研究 …

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78th JCA day2

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 27 9月 2019.

第78回日本癌学会学術総会2日目

午前は、「モデル生物を用いたがん研究の最前線/Cutting edge of cancer research from model organisms」のシンポジウムに共同研究者の発表を聞きに …

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78th JCA day1

Written by Hidemasa Bono in drbonodojo on 木 26 9月 2019.

第78回日本癌学会学術総会1日目

2019年9月26日からの3日間、京都国際会館で開催された第78回日本癌学会学術総会に参加。 午前には、日本癌学会・日本医療情報学会 合同シンポジウム:がんゲノム医療 …

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