March2020
Written by Hidemasa Bono in misc on 火 31 3月 2020.
DBCLSでの約13年を振り返って
本日2020年3月31日をもってライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)を辞めました。 いつかはこの日が来るだろうと勤めだした …
eBooks for Dr Bono Series
Written by Hidemasa Bono in misc on 月 09 3月 2020.
DrBono本と道場本の電子版
先日公開したエントリ、生命科学データ解析の本ガイドでも紹介した以下の2冊の電子版が、医書.jpより本日2020年3月9日に発売開始に。
RNAseqRecipe 2nd print
Written by Hidemasa Bono in RecipeBook on 金 06 3月 2020.
RNAseqレシピ本第2刷
「RNA-Seqデータ解析 WETラボのための鉄板レシピ」（略称、RNAseqレシピ本）が早くも第2刷をするという連絡が出版社から。 2019年11月末（実際には12月頭）に上梓されたから、3ヶ月ほどで。
RNA-Seqデータ解析に特化した内容で、同時期に出たDRY解析教本2にもRNA-Seq解析の章があるから、正直売れ行きは厳しいかと …
26th Workflow Meetup
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 04 3月 2020.
26th Workflow Meetup
なんとか開催になった26回目。 リモート参加も可能だったが、いつも通り、東京会場にて。 ほとんどリモート参加かと …
Feburary2020
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 29 2月 2020.
2020年2月を振り返って
2020年2月は前半に共同研究打ち合わせの出張があった他は出張も少なく、懸案の論文執筆を進めたり、データ解析を進めたり、研究を進めることができた。
そして、先月に続いて、論文の公開 …
AirPods Pro
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 19 2月 2020.
AirPods Pro
ずっと欲しかったAirPods Pro。 自分への誕生日プレゼントと思い、Apple Storeに行った時に売っているかも、と思って何回か挑戦。 2020年1月頭に出張先のSan DiegoのApple Storeでも探したがやはり品切れ。
そこで観念して、帰国 …
Books for Biological Data Analaysis
Written by Hidemasa Bono in misc on 日 16 2月 2020.
生命科学データ解析の本ガイド
2019年に生命科学データ解析関連で4冊本を出版したため、「ぼうのうさんの本を読みました」と言われてもまず「どの本？」と訊き返すと …
25th Workflow Meetup
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 12 2月 2020.
25th Workflow Meetup
前回は大阪会場から参加。 25回目の今回はいつも通り、東京会場での参加。
今回は、学認クラウドのハンズオンがあり、実際に …
GLIS1 Paper Published
Written by Hidemasa Bono in papers on 水 12 2月 2020.
新規低酸素応答因子GLIS1の論文published
広島大学原爆放射線医科学研究所の谷本先生、廣橋先生のグループとの共同研究論文がadvance articleとして …
Copidosoma Polyembryony Paper Published
Written by Hidemasa Bono in papers on 火 11 2月 2020.
キンウワバトビコバチの多胚形成の論文published
去年(2019年)の3月に投稿して。 11ヶ月経ってようやくキンウワバトビコバチの多胚形成に関する論文が出版された。
Analysis of molecular mechanism for acceleration of polyembryony using gene functional annotation pipeline in Copidosoma floridanum. BMC Genomics 21:152 (2020) doi:
https://doi.org …
IT for Biological Data Analysis 1year
Written by Hidemasa Bono in IT4BDA on 日 09 2月 2020.
生命科学データ解析を支える情報技術 発売から1年
本日(2020年2月9日)で「生命科学データ解析を支える情報技術」（以下、IT4BDA）発売から …
January2020
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 31 1月 2020.
2020年1月を振り返って
2020年1月はPlant and Animal Genome Conference (PAG)に行った影響で、出張外泊数にして年頭から9泊にもなった（PAGでの詳細は、各日のブログエントリ参照。1日目、2日目、3日目、4日目、5日目）。
また、年末に …
Seminar at Osaka University
Written by Hidemasa Bono in RecipeBook on 金 31 1月 2020.
RNA-Seqデータ解析セミナー＠大阪大学微生物病研究所
大阪大学微生物病研究所にセミナーで呼ばれたので、大阪大学吹田キャンパスまで遠征 …
bio info meeting around 10th
Written by Hidemasa Bono in misc on 火 28 1月 2020.
バイオとインフォの会10回目（くらい）
同業種飲み会であるバイオとインフォの会、だいぶご無沙汰していたが、今回予定が …
AOE paper published
Written by Hidemasa Bono in papers on 土 25 1月 2020.
公共遺伝子発現DB目次AOEの論文がPLOS ONEにpublished
2019年5月のCold Spring Harbor Laboratory Meeting、The Biology of Genomesに参加、ポスター発表する前に、学会発表する前にはその内容をbioRxivにアップすると …
Uber debut
Written by Hidemasa Bono in misc on 木 16 1月 2020.
Uberデビュー
空港からの行きは乗せてもらって、帰りは自分でアカウントを作って、今回のPAG出張でUberデビュー。 支払いに一切現金を使わず、運転手 …
Plant and Animal Genome Conference XXVIII day5
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 15 1月 2020.
PAGXXVIII day5
最終日の5日目も、朝8時からplenary lecture x2。 プレゼンテーションがよく見える前方に陣取るが、場所を移してもやはり寒い。 終了後、トイ …
Plant and Animal Genome Conference XXVIII day4
Written by Hidemasa Bono in misc on 火 14 1月 2020.
PAGXXVIII day4
今日も、朝8時からplenary lecture x2。 プレゼンテーションがよく見える座席は極寒の地でもあるが、着込んで我慢する。
休憩時間中に …
Plant and Animal Genome Conference XXVIII day3
Written by Hidemasa Bono in misc on 月 13 1月 2020.
PAGXXVIII day3
朝8時からplenary lecture x2。 その後、ポスター発表。 電子メールで通達された番号とアプリで検索して出てくる自分のポスター番号 …
Plant and Animal Genome Conference XXVIII day2
Written by Hidemasa Bono in misc on 日 12 1月 2020.
PAGXXVIII day2
朝8時からEBIのworkshop、Genome annotation resources at EMBL-EBIに参加。 知っていることも多いが、updateすべき情報も多く、ためになる。 途中から、Non-coding RNAのworkshopに。 R研のHさんの発表を拝聴する。
夕方、いつも通り最初のplenary lecture終了後、reception。
Plant and Animal Genome Conference XXVIII day1
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 11 1月 2020.
PAGXXVIII day1
4年ぶりのInternational Plant and Animal Genome Conference (PAG)参加。 朝8時からArthropod genomics and genome engineering のworkshopがあるなど。 これ以外にもArthropod関係のworkshopが複数、色々とあることが冒頭にアナウンスされ、予定に追加。
California roomの奥で時折PCを充電しつつ休憩。 かつてはこの奥で口頭発表してい …
Paper accepted: meta-analysis of hypoxic transcriptome
Written by Hidemasa Bono in papers on 水 08 1月 2020.
低酸素トランスクリプトームメタ解析論文が査読論文誌にaccpet
低酸素関係の研究会で始めて発表したのは、2006年にあった第3回がんと …
Plan 2020
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 01 1月 2020.
2020年の計
明けましておめでとうございます。 本年もよろしくお願いします。 年頭恒例にしている「一年の計は元旦にあり」。 今年 …
At the end of 2010's
Written by Hidemasa Bono in drbonobon on 火 31 12月 2019.
2010年代を終えるにあたり
今日で、2010年代が終わる。
この10年間自分は何してきたのだろう？ そう思って、このぼうのブログを見返してみると、10年前何をしていたのか、克明に記録されていた。 それをみることで記憶 …
Review 2019
Written by Hidemasa Bono in misc on 月 30 12月 2019.
2019年を振り返って
もう今年(2019年）もわずかということで、今年の年頭に書いた「2019年の計」に沿って、2019年を振り返ってみたい。
1 公共遺伝子発現DB目次の論文化
AOEの論文化は、結果として …
CommonWL for practical use 3
Written by Hidemasa Bono in IT4BDA on 土 28 12月 2019.
作成したCWL ツール・ワークフローを実際に動かしてみた（その3）
stringtie-mergeができたものとして、次なるプロセスがmergeされたGFFから該当するFASTAファイルを作成すること。
このプ …
Introduction to Medicine
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 27 12月 2019.
はじめての医学
単行本「はじめての医学」を編集に携わられた編集者の方から年末滑り込みセーフでご恵贈いただい …
Nights in hotels 2019
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 25 12月 2019.
2019年出張外泊数
三島勤務になった2014年以来、数えて来た「仕事で外泊」した日数。 年内の出張が全て終わって、2019年の日数が確定。 その結果、2019年は91泊で昨年より8泊増えて、さ …
Books published in 2019
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 21 12月 2019.
2019年に出版した本
2019年もあと10日となって色々と振り返りモードな情勢。 私も振り返ってみたい。
2019年は、結果として4冊の本を世に出す結果となった。 去年の今頃、全て期限内に出せるか不安だったが、編集担当者や共著者の …
CommonWL for practical use 2
Written by Hidemasa Bono in IT4BDA on 金 20 12月 2019.
作成したCWL ツール・ワークフローを実際に動かしてみた（その2）
昨日のその1に引き続き、作成したHISAT2-StringTie2のワークフローを実際に動かした際のログを記す。
余談だが、次世 …
CommonWL for practical use 1
Written by Hidemasa Bono in NGS_DAT on 木 19 12月 2019.
作成したCWL ツール・ワークフローを実際に動かしてみた（その1）
次世代シークエンサーDRY解析教本 改訂第2版（以下、DRY解析教本2）の目次が …
23rd Workflow Meetup
Written by Hidemasa Bono in misc on 月 16 12月 2019.
23rd Workflow Meetup
前回は参加できなかったが、23回目の今回は参加。
HISAT2-StringTieによる新規transcript発見ワークフローを自分で作ろうとしたのだが、Live codingの話題としていただき、一気に進んだ！ あとは、持ち帰って実際に動かしてみるところに。 あ …
NGS_DAT2 for sale
Written by Hidemasa Bono in NGS_DAT on 土 14 12月 2019.
次世代シークエンサーDRY解析教本 改訂第2版 正式発売開始
福岡であった第42回日本分子生物学会年会(2019/12/3-6)ですでに先行発売されていたが、2019年12月14日に正式に発売開始。
Amazonから …
Bee Summit 2019
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 13 12月 2019.
ミツバチサミット2019
最近、ミツバチのゲノム配列比較を共同研究でやっていることもあり、ミツバチサミット2019に参 …
42rd annual meeting of the molecular biological society of Japan day4
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 06 12月 2019.
第42回日本分子生物学会年会4日目
今日で最終日で、展示会も半日で終了。 名前の入ったポスター発表も本日。 相変わらず熱心に発表していたようで …
42rd annual meeting of the molecular biological society of Japan day3
Written by Hidemasa Bono in misc on 木 05 12月 2019.
第42回日本分子生物学会年会3日目
今日は、午後1時から1時間、著書の合同サイン会ということで。
結果として、24冊の本にサインした。 サインした数としては、新刊の3冊はほぼ同数。
あとDrBono本と統合TV本がちょろっと。
ご購入い …
42rd annual meeting of the molecular biological society of Japan day2
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 04 12月 2019.
第42回日本分子生物学会年会2日目
朝起きるとbioRxivから連絡があって、先週末にアップした論文は新規でなく、以前に出してcloseされてしまったプレプリントのバージョンアップということでまとめていただいた。 そこで、その処理をすると程なく公開。 文字 …
42rd annual meeting of the molecular biological society of Japan day1
Written by Hidemasa Bono in misc on 火 03 12月 2019.
第42回日本分子生物学会年会1日目
本日2019年12月4日より、今年の日本分子生物学会年会（分生）。
今年も基本的には、バイオデータベース(BioDB)コーナーのNBDC/DBCLSの出展ブースに。 日本で生命 …
autograph session at MBSJ42
Written by Hidemasa Bono in misc on 日 01 12月 2019.
著者編者サイン会＠第42回日本分子生物学会年会
2019年は多くの日本語の本を出すこととなった。 まず年頭2月に、生命科学データ解析を支える情報技術(IT4BDA)を出版した。 システムエンジニア向け …
November2019
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 30 11月 2019.
2019年11月を振り返って
秋になって出張も多くなって、長らく月末の振り返りエントリがご無沙汰だった。 調べてみると7月以来で、四ヶ月ぶり。
2019年11月は中盤からずっと出張で、出 …
RNAseqRecipe for sale
Written by Hidemasa Bono in RecipeBook on 金 29 11月 2019.
RNAseqレシピ本発売開始
ついに2019年11月29日。 「RNA-Seqデータ解析 WETラボのための鉄板レシピ」（略称、RNAseqレシピ本）が発売開始。 amazonでの発売開始が同時でなく、2019年12月4日とあってtwitterでは反応は鈍いものの。
去年の分子生物学会年会で実質的に企画を始めて …
RNAseqRecipe for whom
Written by Hidemasa Bono in RecipeBook on 土 23 11月 2019.
RNAseqレシピ本の想定読者
いよいよ来週末の2019年11月29日に「RNA-Seqデータ解析 WETラボのための鉄板レシピ」（以下、RNAseqレシピ本）が発売となる。
流通の関係で、Amazonでの発売はそれより遅くなるとのこと。 早く手に入れたい方 …
BioHackathon Europe 2019 day5
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 22 11月 2019.
#BH2019Europe day5
ようやく、朝起きるのが正常になった。 しかし、今日でBiohackathon Europe最終日。 Final wrap-upとして以下のまとめを。
- Achievements:
- 1 Clarified what is needed in the data production for gene expression data collection including FANTOM, GTEx and Human Cell Atlas …
BioHackathon Europe 2019 day4
Written by Hidemasa Bono in misc on 木 21 11月 2019.
#BH2019Europe day4
やはり今日も、時差ボケでやはり朝早く起きてしまう。 このままボケたまま日本に帰れるか!?
まずは、昨日の続きで …
BioHackathon Europe 2019 day3
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 20 11月 2019.
#BH2019Europe day3
やはり今日も、時差ボケでやはり朝早く起きてしまう。 3日目にして初めて、gitterというメッセージングツールが使われていることを …
BioHackathon Europe 2019 day2
Written by Hidemasa Bono in misc on 火 19 11月 2019.
#BH2019Europe day2
時差ボケでやはり朝早く起きてしまう。 感動的に美味い朝食のあと、午前9時からhack開始。
現在のさまざまな問題点をリストア …
BioHackathon Europe 2019 day1
Written by Hidemasa Bono in misc on 月 18 11月 2019.
#BH2019Europe day1
パリ市内から会場のある郊外へ。 順調に乗り換えれると約1時間半のところ、途中で1時間の待ちぼうけをくらった。 最寄駅からは歩くのは非推奨だったよう …
BioHackathon Europe 2019 day0
Written by Hidemasa Bono in misc on 日 17 11月 2019.
#BH2019Europe day0
Biohackathon Europe 2019に参加するため、今度はフランスシャルル・ド・ゴール空港(CDG)へ。 その移動時間、13時間余り。 パリは日本とは8時間の時差があるため、24+8 …
Statistical genetics 2019 day3
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 16 11月 2019.
第4回 ゲノムコホート研究における遺伝統計学 3日目
3日目の最終日には、奄美文化センターにて市民公開講座。 コホートに参加いただいた …
Statistical genetics 2019 day2
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 15 11月 2019.
第4回 ゲノムコホート研究における遺伝統計学 2日目
2日目の午前最後に自分の出番。 先日癌学会学術集会で紹介したツール群に加えて、NBDC/DBCLSの鉄板ツールを複数加えて紹介。 いつもの …